单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1341	2025-03-21	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies APOC1 as a biomarker and therapeutic target for G0/G1 cell cycle arrest in cholangiocarcinoma 2025-Mar-08, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111028 PMID:40064358	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序技术，识别出APOC1作为胆管癌G0/G1细胞周期阻滞的生物标志物和治疗靶点	首次将APOC1识别为胆管癌G0/G1期细胞的特征基因，并通过实验验证其通过抑制Wnt/β-catenin信号通路诱导G0/G1期阻滞的机制	未明确APOC1在胆管癌G0/G1期细胞中的具体分子机制	探索胆管癌G0/G1期细胞的生物标志物及其分子机制	胆管癌细胞	生物信息学	胆管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulkRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确样本数量
1342	2025-03-21	Independent signaling pathways provide a fail-safe mechanism to prevent tumorigenesis 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640798 PMID:40093137	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究了促增殖信号对上皮细胞稳态的影响，揭示了EGFR-Ras和Hh信号通路在肿瘤发生中的独立作用	揭示了非相互作用的信号通路在转录水平上如何汇聚以防止恶性细胞行为的新机制	研究主要基于果蝇滤泡细胞系，可能需要在哺乳动物系统中进一步验证	研究促增殖信号对上皮细胞稳态的影响及其在肿瘤发生中的作用	果蝇滤泡细胞系	分子生物学	肿瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
1343	2025-03-21	A Phase I Clinical Trial Adding OX40 Agonism to In Situ Therapeutic Cancer Vaccination in Patients with Low-Grade B-cell Lymphoma Highlights Challenges in Translation from Mouse to Human Studies 2025-Mar-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2770 PMID:39745391	研究论文	本文报告了一项I期临床试验，评估将OX40激动剂加入原位治疗性癌症疫苗对低级别B细胞淋巴瘤患者的效果	首次在临床试验中将OX40激动剂与TLR9激动剂SD101联合使用，探索其在人类中的效果	临床结果未达到预期的临床前效果，可能由于临床前和临床试剂的差异以及T细胞亚群的复杂生物学特性	测试OX40激动剂与TLR9激动剂SD101联合治疗低级别B细胞淋巴瘤的安全性和有效性	低级别B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	B细胞淋巴瘤	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	临床数据	14名患者
1344	2025-03-21	The trabecular and compact myocardium of adult vertebrate ventricles are transcriptionally similar despite morphological differences 2025-Mar, Annals of the New York Academy of Sciences IF:4.1Q1 DOI:10.1111/nyas.15296 PMID:39934982	研究论文	本研究通过转录组学方法探讨了成年脊椎动物心室中致密心肌和小梁心肌的转录相似性，尽管它们在形态上存在差异	揭示了成年心脏中致密心肌和小梁心肌在转录水平上的相似性，挑战了传统观点	研究主要基于转录组数据，未涉及功能验证实验	探讨成年脊椎动物心室中致密心肌和小梁心肌的转录相似性	小鼠、人类、斑马雀、斑马鱼和金枪鱼的心脏组织	生物信息学	NA	转录组学、空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	多种脊椎动物的心脏组织样本
1345	2025-03-21	Comprehensive biomarker profiles in hematological malignancies: improving diagnosis, prognosis, and treatment 2025-Mar, Biomarkers in medicine IF:1.9Q3 DOI:10.1080/17520363.2025.2471745 PMID:40015744	综述	本文综述了血液系统恶性肿瘤中的生物标志物，及其在诊断、预后和治疗中的应用	介绍了新兴的生物标志物，如PCR和NGS等先进分子技术，以及质谱和单细胞RNA测序技术，这些技术显著提高了诊断准确性并推动了靶向治疗的发展	NA	提供血液系统恶性肿瘤中生物标志物的全面概述，探讨其诊断和治疗应用及未来发展方向	血液系统恶性肿瘤	数字病理学	血液系统恶性肿瘤	PCR, NGS, 质谱, 单细胞RNA测序	NA	分子数据	NA
1346	2025-03-21	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from bronchopulmonary dysplasia 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70276 PMID:40097329	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T/B细胞受体分析，揭示了支气管肺发育不良（BPD）的免疫机制，并在小鼠模型中验证了BTLA-TNFRSF14信号轴在疾病发病中的关键作用	首次整合单细胞RNA测序与T/B细胞受体分析，揭示了BPD中免疫细胞的代谢重编程和细胞间通讯网络的关键变化，并提出了BTLA-TNFRSF14信号轴作为潜在治疗靶点	研究主要基于早产儿样本和小鼠模型，结果在成人或其他物种中的适用性尚需进一步验证	阐明支气管肺发育不良（BPD）的免疫机制，并探索潜在的治疗靶点	早产儿的外周血单核细胞（PBMCs）和小鼠BPD模型	数字病理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序，T/B细胞受体分析	NA	RNA测序数据	早产儿PBMCs样本和小鼠BPD模型
1347	2025-03-21	Intratumoral Heterogeneity and Immune Microenvironment in Hepatoblastoma Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70482 PMID:40099956	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了肝母细胞瘤的瘤内异质性和免疫微环境	首次提供了肝母细胞瘤的单细胞图谱，揭示了瘤内异质性和免疫微环境的关键见解	研究仅基于一个患者的样本，样本量较小	研究肝母细胞瘤的瘤内异质性和免疫微环境，以推进对该肿瘤生物学的理解并提供精准医学的新方向	肝母细胞瘤患者的肿瘤区域和邻近正常组织	数字病理学	肝母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	43,592个细胞，来自一个肝母细胞瘤患者的三个肿瘤区域和邻近正常组织
1348	2025-03-21	Recent advances in basic research on prostate cancer: Where we are heading? 2025-Mar, International journal of urology : official journal of the Japanese Urological Association IF:1.8Q3 DOI:10.1111/iju.15628 PMID:39474871	综述	本文综述了前列腺癌基础研究的最新进展，重点关注前列腺癌细胞及其肿瘤微环境	强调了雄激素受体信号通路的复杂机制、基因组分析在精准医学中的应用、液体活检在实时肿瘤监测中的潜力，以及肿瘤微环境的免疫抑制特性与免疫疗法的结合	未提及具体的研究局限性	探讨前列腺癌基础研究的现状和未来方向，推动个性化医学和癌症治疗策略的发展	前列腺癌细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、液体活检	NA	基因组数据、循环肿瘤DNA、细胞外囊泡	NA
1349	2025-03-21	Role of cancer stem cell heterogeneity in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Feb-28, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1286 PMID:40104739	研究论文	本研究探讨了癌症干细胞异质性在肝内胆管癌（ICC）中的作用，通过单细胞RNA测序技术分析了不同细胞亚群的信号通路活动和细胞间通讯	利用单细胞RNA测序技术深入探索了ICC中癌症干细胞的异质性，揭示了不同亚群对肿瘤进展和患者预后的影响	研究依赖于公开的数据库数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究ICC中癌症干细胞异质性对预后的影响	肝内胆管癌（ICC）患者	数字病理学	胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自GEO数据库的scRNA-seq数据集GSE142784和TCGA数据库的Bulk RNA-seq数据
1350	2025-03-21	Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr 2025-Feb-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5921338/v1 PMID:40060050	研究论文	本文介绍了一种名为crumblr的可扩展统计方法，用于分析细胞类型组成的变化	crumblr方法在细胞谱系层次结构的多个级别上进行统计测试，采用多变量方法提高检测能力	NA	开发一种统计方法来识别细胞类型频率的变化	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序	线性混合模型	RNA测序数据	NA
1351	2025-03-21	Cluster replicability in single-cell and single-nucleus atlases of the mouse brain 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639959 PMID:40060489	研究论文	本文评估了小鼠大脑图谱中通过单细胞RNA测序和单核测序识别的细胞簇的可重复性	通过转录组范围的邻居投票方法，识别了2009对具有一致空间定位和协调基因表达的互配簇，这些簇在多个物种的数据集中也被观察到	下丘脑的异质性限制了簇的一致性，且使用标记基因区分紧密簇比区分大多数其他簇更具挑战性	评估小鼠大脑图谱中细胞簇的可重复性，以确定其生物学稳健性	小鼠大脑中的细胞簇	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序, 单核测序	NA	RNA测序数据	超过400万个细胞，分为5000多个簇
1352	2025-03-21	Cell Type-Agnostic Transcriptomic Signatures Enable Uniform Comparisons of Neurodevelopment 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639936 PMID:40060479	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，开发了一种细胞类型无关的转录组特征模型，用于比较不同背景、模型系统和物种间的神经发育	提出了一种细胞类型无关的模型，能够准确预测细胞自主成熟度，并在不同细胞类型和数据集中捕捉发育动态	尽管模型在人类神经类器官和小鼠大脑中表现出良好的泛化能力，但其在其他物种或更广泛的应用场景中的有效性仍需进一步验证	开发一种统一的框架，用于比较不同背景、模型系统和物种间的神经发育	人类大脑发育数据集和小鼠大脑发育数据	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	正则化回归模型	单细胞转录组数据	超过280万个细胞
1353	2025-03-21	Human Pancreatic Cancer Single-Cell Atlas Reveals Association of CXCL10+ Fibroblasts and Basal Subtype Tumor Cells 2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2183 PMID:39636224	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）构建了人类胰腺癌的单细胞图谱，揭示了CXCL10+成纤维细胞与基底亚型肿瘤细胞之间的关联	发现了CXCL10+癌症相关成纤维细胞与基底肿瘤细胞之间的新型富集和空间关联，并揭示了这些细胞类型在PDAC肿瘤微环境中的关系	研究主要依赖于公开的原始数据，可能受到数据质量和一致性的限制	开发基因组资源，以统计学严谨的方式识别新的潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST），多重免疫染色	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	229例患者样本，744例bulk RNA-seq样本，22例空间转录组样本，总计70万个细胞
1354	2025-03-21	Transcriptional determinants of goal-directed learning and representational drift in the parahippocampal cortex 2025-Jan-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115175 PMID:39792551	研究论文	本文研究了目标导向学习中的转录决定因素以及海马旁皮层中表征漂移的机制	揭示了即刻早期基因（IEG）定义的网络在形成刺激-结果关联中的作用，并发现脑源性神经营养因子在任务学习中的关键作用	研究主要局限于海马旁皮层的特定区域，未涉及其他可能相关的脑区	探讨任务学习中的表征漂移及其分子机制	海马旁皮层中的神经元	神经科学	NA	双光子钙成像、空间转录组学	NA	钙成像数据、基因表达数据	未明确提及样本数量
1355	2025-03-21	SeqBMC: Single-cell data processing using iterative block matrix completion algorithm based on matrix factorisation 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70003 PMID:39943646	研究论文	本文提出了一种基于矩阵分解的迭代块矩阵补全算法SeqBMC，用于处理单细胞RNA测序数据中的缺失值	SeqBMC算法通过矩阵分块和矩阵分解技术，有效补全单细胞RNA测序数据中的缺失值，并保留可能存在的生物零值	算法依赖于机器学习方法，可能需要更多的生物学先验知识来进一步提高效果	提高单细胞RNA测序数据中基因表达矩阵的分类性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	矩阵分解	基因表达矩阵	NA
1356	2025-03-21	Integrative analysis of semaphorins family genes in colorectal cancer: implications for prognosis and immunotherapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1536545 PMID:40103807	研究论文	本文通过整合分析结肠癌中的semaphorins家族基因，探讨了其在预后和免疫治疗中的潜在价值	开发了一种新的机器学习框架，结合了10种机器学习算法及其101种组合，构建了SEMAs相关评分（SRS），并进行了多组学分析，包括单细胞RNA测序和空间转录组分析	未明确提及研究的局限性	探讨semaphorins家族基因在结肠癌中的预后价值和免疫治疗潜力	结肠癌患者及其相关基因	机器学习	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组（ST）	机器学习算法组合	基因表达数据，单细胞数据，空间转录组数据	未明确提及样本数量
1357	2025-03-21	Single-cell RNA sequencing of shoot apex reveals the mechanism of cyclin regulating cell division via auxin signaling pathway in Populus alba 2025, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2025.1555388 PMID:40104035	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了白杨顶端分生组织的细胞分裂和分化过程，揭示了细胞周期蛋白通过生长素信号通路调控细胞分裂的机制	首次在单细胞水平上揭示了白杨顶端分生组织中细胞分裂和分化的分子调控机制，特别是生长素信号通路在叶片组织发育中的作用	研究仅基于两个生物学重复，样本量较小，可能影响结果的普适性	研究白杨顶端分生组织中细胞分裂和分化的分子调控机制	白杨顶端分生组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	29,011个细胞，来自两个生物学重复
1358	2025-03-21	Multi-omics approach reveals the impact of prognosis model-related genes on the tumor microenvironment in medulloblastoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1477617 PMID:40104502	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了预后模型相关基因对髓母细胞瘤肿瘤微环境的影响	开发了一个与肿瘤微环境相关的风险评分模型（TMErisk），并利用单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间RNA分析验证了结果	NA	预测髓母细胞瘤患者的预后并阐明生物学机制	髓母细胞瘤患者	数字病理学	髓母细胞瘤	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）、空间RNA分析	LASSO-COX模型、COX回归模型	RNA测序数据	322个天坛样本和763个GSE85217样本
1359	2025-03-21	Spatial proteomics and transcriptomics characterization of tissue and multiple cancer types including decalcified marrow 2025-Jan, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592241308757 PMID:40109220	研究论文	本研究旨在通过优化空间生物学技术方法，解决不同组织和肿瘤类型的前分析挑战，包括开发一种适用于FFPE骨髓核心样本的去钙化协议，以保留核酸用于有效的空间蛋白质组学和转录组学研究	开发了一种分子和蛋白质友好的去钙化协议，支持下游空间生物学研究，并展示了PhenoCycler-Fusion高plex空间蛋白质组学和Xenium空间转录组学平台在各种肿瘤类型上的良好应用	缺乏系统的方法来确保组织质量、标记完整性和数据可重复性	优化空间生物学技术方法，解决不同组织和肿瘤类型的前分析挑战	多癌组织微阵列（TMA）和FFPE骨髓核心样本	数字病理学	多种癌症类型	PhenoCycler高plex免疫组织化学（IHC），Xenium空间转录组学	NA	空间蛋白质组学和转录组学数据	多癌组织微阵列（TMA）和FFPE骨髓核心样本
1360	2025-03-20	Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Molecular Features Underlying the Disrupted Neurogenesis Following Traumatic Brain Injury 2025-May, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24671 PMID:39760225	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了创伤性脑损伤（TBI）后神经干细胞（NSCs）向胶质细胞分化的分子机制，并发现Tubb3基因表达的NSC-4亚群的减少是神经生成受阻的原因	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了TBI后NSCs向胶质细胞分化的分子机制，并发现Dlx2转录因子的下调是神经生成受阻的关键因素	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	揭示TBI后神经干细胞分化异常的分子机制	小鼠脑室下区（SVZ）的神经干细胞及其衍生细胞	单细胞测序	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠脑室下区的神经干细胞及其衍生细胞