单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1321	2025-03-21	Effect of tumor microenvironment in pancreatic cancer on the loss of β-cell mass: implications for type 3c diabetes 2025-Apr, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-024-02204-w PMID:39760782	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境（TME）与β细胞质量减少之间的复杂相互作用，进一步阐明了3c型糖尿病（T3cDM）发病机制	通过单细胞RNA测序分析PDAC TME，揭示了肿瘤细胞、免疫细胞和成纤维细胞与内分泌细胞的相互作用，以及内分泌细胞中凋亡途径的激活	研究主要基于PDAC患者的样本，可能不适用于其他类型的胰腺癌或糖尿病	探讨PDAC TME对β细胞质量减少的影响及其在T3cDM发病中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的肿瘤微环境（TME）和β细胞	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、TUNEL染色、RT-qPCR、CCK8检测	NA	RNA测序数据、病理学数据	来自供体的正常胰腺组织、非糖尿病（NDM）和T3cDM患者的副肿瘤组织
1322	2025-03-21	Trends in Research of Odontogenic Keratocyst and Ameloblastoma 2025-Apr, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241282256 PMID:39876078	综述	本文综述了牙源性角化囊肿（OKC）和成釉细胞瘤（AM）研究的最新进展和趋势	利用单细胞和空间组学技术深入理解OKC和AM的肿瘤微环境和细胞异质性，以及3D培养技术在AM亚型分析中的应用	尽管AM已有可靠的临床前模型，但OKC的可靠体外和体内模型仍然稀缺	探讨OKC和AM的生物学行为机制及其潜在治疗靶点	牙源性角化囊肿（OKC）和成釉细胞瘤（AM）	数字病理学	口腔颌面部疾病	单细胞组学、空间转录组学、3D培养技术、人工智能（机器学习和深度学习）	NA	NA	NA
1323	2025-03-21	SPRY1 regulates macrophage M1 polarization in skin aging and melanoma prognosis 2025-Apr, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102331 PMID:40023001	研究论文	本研究探讨了SPRY1在皮肤老化中的作用，特别是其对巨噬细胞M1极化的影响，并探索其作为缓解皮肤老化和黑色素瘤治疗靶点的潜力	首次揭示了SPRY1在皮肤老化中的关键作用，特别是通过促进巨噬细胞M1极化加速皮肤老化，并发现其在黑色素瘤中的表达与患者生存率相关	研究主要基于体外实验，缺乏体内验证，未来需要进一步探索其调控网络	研究SPRY1在皮肤老化中的功能及其作为治疗靶点的潜力	RAW264.7小鼠单核/巨噬细胞白血病细胞和NIH/3T3小鼠皮肤成纤维细胞	生物信息学	黑色素瘤	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞测序、基因转染、CCK-8实验、qRT-PCR、ROS和SOD活性测量	NA	基因表达数据、细胞实验数据	GTEx和GEO数据库中的数据集，以及RAW264.7和NIH/3T3细胞系
1324	2025-03-21	Islet single-cell transcriptomic profiling during obesity-induced beta cell expansion in female mice 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112031 PMID:40104055	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了肥胖诱导的雌性小鼠胰岛β细胞扩增过程中的分子机制	揭示了Xbp1和Myc在缓解未折叠蛋白反应（UPR）和刺激β细胞增殖中的协调转录机制	研究仅限于雌性小鼠，未涉及雄性小鼠或其他物种	探索肥胖诱导的β细胞增殖的分子机制，以寻找新的治疗靶点	雌性小鼠的胰岛β细胞	单细胞转录组学	糖尿病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	雌性KO小鼠的胰岛β细胞
1325	2025-03-21	Chemokine (C-C Motif) Ligand 2 Expressing Adventitial Fibroblast Expansion During Loeys-Dietz Syndrome Aortic Aneurysm Formation 2025-Mar-20, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322069 PMID:40109260	研究论文	本文研究了Loeys-Dietz综合征（LDS）主动脉瘤形成过程中，外膜成纤维细胞的转录组变化及其在疾病中的作用	揭示了LDS主动脉瘤形成中外膜成纤维细胞的促炎状态转变及其与巨噬细胞招募的关系，与Marfan综合征的机制不同	样本量较小，人类样本仅5例LDS和2例对照	探讨LDS主动脉瘤形成中的细胞状态转变和转录组变化	小鼠和人类LDS主动脉样本	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、RNA原位杂交、免疫荧光、免疫组化	Tgfbr2G357W/+小鼠模型	转录组数据	小鼠模型和5例LDS人类样本、2例对照样本，共超过30,000个细胞
1326	2025-03-21	De novo TANC2 variants caused developmental and epileptic encephalopathy and epilepsy 2025-Mar-20, Epilepsia IF:6.6Q1 DOI:10.1111/epi.18358 PMID:40110879	研究论文	本研究探讨了TANC2基因与癫痫的关联及其表型变异的机制	首次将TANC2基因与癫痫和发育性癫痫性脑病（DEE）关联起来，并通过果蝇模型和单细胞RNA测序验证了其功能	样本量较小，仅包括六例不相关的病例	探索TANC2基因与癫痫的关联及其表型变异的机制	癫痫患者和果蝇模型	遗传学	癫痫	外显子测序、单细胞RNA测序	果蝇模型	基因序列数据、RNA表达数据	六例不相关的癫痫患者
1327	2025-03-21	NKG2D-mediated cytotoxicity of CD4 cytotoxic T cells in multiple myeloma 2025-Mar-19, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025875 PMID:40106762	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，研究了多发性骨髓瘤患者骨髓中CD4+ T细胞的细胞毒性作用及其与NKG2D的关系	发现了CD4+细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）在多发性骨髓瘤患者中的显著增加和克隆扩展，并揭示了其通过NKG2D介导的细胞毒性作用	研究局限于多发性骨髓瘤患者，未涉及其他类型的癌症	探讨CD4+ T细胞在多发性骨髓瘤中的抗肿瘤免疫作用	多发性骨髓瘤患者的骨髓CD4+ T细胞	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，T细胞受体测序	NA	RNA序列数据	多发性骨髓瘤患者骨髓样本
1328	2025-03-21	Identification of NETs-related genes as diagnostic biomarkers in ischemic stroke using RNA sequencing and single-cell analysis 2025-Mar-19, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10117-z PMID:40107980	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞分析，识别了与缺血性中风相关的NETs相关基因，并评估了其作为诊断生物标志物的潜力	首次结合RNA测序和单细胞RNA测序技术，系统地研究了NETs在缺血性中风中的作用，并识别了新的生物标志物和治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明NETs在缺血性中风进展中的作用，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	小鼠脑组织样本	生物信息学	缺血性中风	RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据	小鼠脑组织样本
1329	2025-03-21	Single-cell transcriptomics reveals a compartmentalized antiviral interferon response in the nasal epithelium of mice 2025-Mar-18, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01413-24 PMID:39902863	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，揭示了小鼠鼻上皮中抗病毒干扰素反应的区室化特征	首次揭示了上呼吸道不同上皮细胞亚型对III型和I型干扰素的依赖差异，特别是在嗅觉上皮细胞中III型干扰素的优势作用	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究上呼吸道不同上皮细胞亚型在抗病毒保护中对III型和I型干扰素的依赖差异	小鼠鼻上皮细胞	单细胞转录组学	呼吸道病毒感染	单细胞转录组学分析	NA	转录组数据	小鼠鼻上皮细胞
1330	2025-03-21	Conventional and antibody-enhanced DENV infection of human macrophages induces differential immunotranscriptomic profiles 2025-Mar-18, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01962-24 PMID:39902963	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了在抗体依赖性增强（ADE）条件下与传统感染条件下，登革病毒（DENV-2）感染人类单核细胞衍生巨噬细胞的转录组差异	首次在单细胞水平上揭示了ADE条件下DENV感染的转录组特征，并发现这些变化与细胞内病毒RNA量无关，而是反映了细胞内在的免疫反应	研究仅针对DENV-2感染，未涵盖其他DENV血清型，且样本来源为体外培养的单核细胞衍生巨噬细胞，可能与体内情况存在差异	探究抗体依赖性增强（ADE）条件下DENV感染的细胞内在机制及其对疾病严重性的影响	人类单核细胞衍生巨噬细胞	生物信息学	登革热	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及体外培养的人类单核细胞衍生巨噬细胞
1331	2025-03-21	BubR1 Controls Heart Development by Promoting Expression of Cardiogenesis Regulators 2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.038286 PMID:40055864	研究论文	本文研究了BubR1在心脏发育中的作用，揭示了其通过促进心脏生成调节因子的表达来调控心脏发育的机制	首次揭示了BubR1在心脏发育中的关键作用，特别是其在心脏成熟和形态发生中的调控机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨BubR1在心脏发育中的分子机制及其对先天性心脏缺陷的影响	小鼠胚胎心脏	发育生物学	先天性心脏缺陷	单细胞RNA测序，轨迹分析，CellChat分析	NA	RNA测序数据	小鼠胚胎心脏样本
1332	2025-03-21	Spatial transcriptomics in the adult Drosophila brain and body 2025-Mar-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92618 PMID:40100257	研究论文	本文介绍了在成年果蝇大脑和身体中应用空间转录组学的研究，旨在解决单核测序中丢失的空间信息问题	首次在成年果蝇中应用空间转录组学，成功定位了150种mRNA的空间位置，并发现了肌肉细胞中mRNA定位和转录多样性的新原则	研究中使用的基因面板是有限的，可能无法覆盖所有感兴趣的mRNA	解决单核测序中丢失的空间信息问题，并探索mRNA在细胞中的空间定位和转录多样性	成年果蝇的大脑和身体	空间转录组学	NA	空间转录组学，单核测序	NA	mRNA空间定位数据	成年果蝇的大脑和身体样本
1333	2025-03-21	Targeting HIF-2α in glioblastoma reshapes the immune infiltrate and enhances response to immune checkpoint blockade 2025-Mar-17, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05642-8 PMID:40095115	研究论文	本文研究了HIF-2α在胶质母细胞瘤（GBM）中的免疫抑制作用，并探讨了HIF-2α抑制剂PT2385在调节肿瘤微环境（TME）中的应用	首次揭示了HIF-2α在GBM免疫抑制中的关键作用，并展示了HIF-2α抑制剂PT2385与免疫检查点阻断（ICB）联合使用的协同效应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索HIF-2α在GBM免疫抑制中的作用及其抑制剂PT2385的潜在治疗效果	胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤微环境（TME）	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	GL261小鼠GBM模型	RNA测序数据、流式细胞数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GL261小鼠模型
1334	2025-03-21	Transcriptional heterogeneity shapes stress-adaptive responses in yeast 2025-Mar-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57911-6 PMID:40097446	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了酵母在渗透适应过程中的转录动态，揭示了渗透响应程序的高度异质性及其对细胞适应策略的影响	首次系统地研究了酵母在渗透适应过程中转录异质性的分子机制及其对细胞适应策略的影响，并通过RNA条形码删除突变体分析确定了影响转录异质性的遗传因素	研究仅限于酵母模型，未涉及其他生物或更复杂的多细胞系统	揭示酵母在渗透适应过程中转录异质性的分子机制及其对细胞适应策略的影响	酵母细胞	分子生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	超过300个RNA条形码删除突变体
1335	2025-03-21	Unraveling shared diagnostic genes and cellular microenvironmental changes in endometriosis and recurrent implantation failure through multi-omics analysis 2025-Mar-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93146-7 PMID:40097519	研究论文	本研究通过整合转录组和单细胞测序数据，识别了子宫内膜异位症（EMs）和反复植入失败（RIF）之间的共享诊断基因和细胞微环境变化	首次通过多组学分析揭示了EMs和RIF之间的共享诊断基因和细胞微环境变化，并利用机器学习算法筛选出PDIA4和PGBD5作为共享诊断生物标志物	研究结果需要在更大的队列中进行验证，并进一步探索其治疗潜力	探索EMs和RIF之间的共享诊断基因和细胞微环境变化，以提供早期诊断和靶向治疗的新途径	子宫内膜异位症（EMs）和反复植入失败（RIF）	生物信息学	子宫内膜异位症	转录组测序、单细胞测序、机器学习算法（RF和XGBoost）、基因集富集分析（GSEA）、竞争性内源RNA（ceRNA）网络分析	Random Forest (RF)、XGBoost	转录组数据、单细胞测序数据	NA
1336	2025-03-21	Exploring mitochondrial and ferroptotic mechanisms for systemic lupus erythematosus biomarker identification and therapy 2025-Mar-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93872-y PMID:40097571	研究论文	本研究通过分析系统性红斑狼疮（SLE）的线粒体和铁死亡相关机制，探索了SLE的生物标志物识别和治疗方法	结合单细胞RNA测序、高维加权相关网络分析和机器学习算法，开发了高预测准确性的诊断模型，并提出了Doxorubicin可能通过影响诊断生物标志物发挥治疗作用的新见解	研究主要依赖于公开的微阵列数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索系统性红斑狼疮的分子机制，开发有效的治疗策略	系统性红斑狼疮（SLE）患者	生物信息学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高维加权相关网络分析（hdWGNCA）、机器学习算法、分子对接研究	预测诊断模型	基因表达数据	从Gene Expression Omnibus (GEO)数据库下载的微阵列数据集
1337	2025-03-21	Neutrophil extracellular trap-derived double-stranded RNA aggravates PANoptosis in renal ischemia reperfusion injury 2025-Mar-17, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02145-8 PMID:40098148	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞外陷阱（NETs）衍生的双链RNA在肾缺血再灌注损伤（IRI）中加剧PANoptosis的机制	首次揭示了NETs通过其衍生的双链RNA和TLR3受体在肾IRI中加剧PANoptosis的具体机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索肾缺血再灌注损伤中PANoptosis的具体机制及其调控因素	肾缺血再灌注损伤模型小鼠的近端肾小管上皮细胞（PTs）	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	使用NETs缺失的Pad4小鼠模型
1338	2025-03-21	Metabolic state uncovers prognosis insights of esophageal squamous cell carcinoma patients 2025-Mar-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06087-0 PMID:40098145	研究论文	本研究通过整合代谢物-蛋白质相互作用网络和多尺度转录组数据，首次全面绘制了食管鳞状细胞癌（ESCC）微环境的代谢景观	首次全面绘制ESCC微环境的代谢景观，并重新定义了ESCC的预后亚型，识别了关键的代谢物-蛋白质相互作用途径	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索ESCC微环境中的代谢状态及其与预后的关系	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	癌症代谢	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	64个ESCC样本中的208,659个细胞，以及两个独立队列中的79和119个样本
1339	2025-03-21	Exploring and mitigating shortcomings in single-cell differential expression analysis with a new statistical paradigm 2025-Mar-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03525-6 PMID:40098192	研究论文	本文提出了一种新的统计框架GLIMES，用于改进单细胞转录组学中的差异表达分析，解决了现有方法在零值过多、标准化、供体效应和累积偏差方面的主要挑战	提出了GLIMES框架，利用UMI计数和零比例在广义泊松/二项混合效应模型中考虑批次效应和样本内变异，显著改进了差异表达分析的性能	尽管GLIMES在多个实验场景中表现出色，但其在不同单细胞数据集上的通用性和计算效率仍需进一步验证	改进单细胞转录组学中的差异表达分析方法，解决现有方法的局限性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	广义泊松/二项混合效应模型	单细胞RNA测序数据	三个案例研究和模拟实验，涉及不同细胞类型、组织区域和细胞状态的比较
1340	2025-03-21	New insights into cancer immune checkpoints landscape from single-cell RNA sequencing 2025-Mar-13, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189298 PMID:40088992	review	本文综述了单细胞RNA测序在揭示癌症免疫检查点景观中的新见解，特别是在免疫检查点阻断治疗前后的免疫浸润模式	利用单细胞RNA测序技术高分辨率描绘了免疫检查点之间的功能相互作用，揭示了免疫检查点阻断治疗中肿瘤微环境的异质性	未提及具体的研究样本量或实验数据，可能缺乏定量分析	探讨免疫检查点阻断治疗在肿瘤免疫治疗中的效果及其失败的原因	肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	NA