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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1321 | 2026-07-01 |
Global Thyroid Cancer Patterns and Predictive Analytics: Integrating Machine Learning for Advanced Diagnostic Modelling
2025-07, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70676
PMID:40596746
|
研究论文 | 本研究通过整合机器学习方法,分析甲状腺癌的分子特征并验证诊断标志物,以促进早期检测和靶向治疗开发 | 结合单细胞转录组学和计算诊断算法(如Ridge、Lasso惩罚回归模型),揭示以骨髓细胞为中心的通讯网络在甲状腺癌发展中的关键作用 | 需要在前瞻性、多样化的患者群体中进行验证以确认临床实用性并优化实施策略 | 探究甲状腺癌的分子发病机制并验证诊断标志物 | 甲状腺癌标本及其非恶性相邻组织 | 机器学习 | 甲状腺癌 | 单细胞转录组学、定量PCR、ELISA | Ridge回归、Lasso回归 | 基因表达数据、转录组数据、细胞因子浓度数据 | GSE27155外部验证数据集及其他甲状腺癌标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 高分辨率单细胞转录组学 |
| 1322 | 2026-07-01 |
Mendelian randomization combined with single-cell sequencing data analysis of chemokines and chemokine receptors and key genes and molecular mechanisms associated with epilepsy
2025-06-04, Neuroreport
IF:1.6Q4
DOI:10.1097/WNR.0000000000002168
PMID:40298633
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研究论文 | 结合孟德尔随机化与单细胞测序数据,分析趋化因子及其受体相关基因在癫痫中的作用和潜在调控机制 | 首次将孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序数据结合,系统评估趋化因子受体相关基因与癫痫的因果关系,并鉴定关键基因及潜在治疗药物 | 样本量可能有限,且研究基于公开数据集,需进一步验证关键基因和免疫细胞在癫痫中的功能 | 探索趋化因子和趋化因子受体相关基因在癫痫中的功能和潜在调控机制 | 趋化因子受体相关基因及癫痫患者单细胞数据中的细胞类型 | 机器学习 | 癫痫 | RNA-seq | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 未明确提及样本数量,但涉及六种细胞簇的数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1323 | 2026-07-01 |
Machine Learning-Assisted Analysis of the Oral Cancer Immune Microenvironment: From Single-Cell Level to Prognostic Model Construction
2025-06, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70637
PMID:40457149
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研究论文 | 利用机器学习方法结合单细胞测序数据分析口腔癌免疫微环境,构建免疫浸润预测模型以指导个性化治疗和预后评估 | 将单细胞测序与多种机器学习算法(Lasso回归、随机森林、梯度提升机)联合应用,深入解析口腔癌免疫微环境异质性并构建可靠的预后模型 | 未明确说明外部验证集的规模及模型在真实临床场景中的应用验证,且C-index仅提供于补充材料中,正文缺乏具体数值 | 构建基于免疫浸润的口腔癌预后预测模型,为个性化治疗和预后评估提供理论依据 | 口腔癌患者的临床基因组数据和单细胞测序数据 | 机器学习 | 口腔癌 | 单细胞测序 | Lasso回归、随机森林、梯度提升机 | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 1324 | 2026-07-01 |
Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.14.653262
PMID:40661452
|
研究论文 | 通过纵向单细胞RNA测序揭示慢性髓系白血病微观与宏观状态的演变 | 建立理论框架解释离散疾病表型在单细胞尺度隐藏但在宏观水平清晰显现的机制,利用状态转移理论揭示细胞类型特异性贡献 | 未明确提及 | 阐明单细胞数据中离散疾病定义状态的形成机制 | 慢性髓系白血病(CML)进展模型 | 自然语言处理 | 白血病 | 单细胞RNA测序, RNA-seq, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1325 | 2026-07-01 |
Biological sex affects gene expression and functional variation across the human genome
2025-Apr-14, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.09.03.24313025
PMID:39281750
|
研究论文 | 利用480个淋巴母细胞系单细胞RNA-seq数据,鉴定人类基因组中性别偏倚表达基因及其功能变异 | 首次系统揭示性别对基因表达影响的广泛性,发现1200个性别偏倚基因,并建立核心基因集(21个基因)在多种组织和数据集中一致表达;通过机器学习识别关键转录因子(FOSL1、ZNF730等),发现X染色体数目调控这些因子 | 独立数据集的验证证据较弱,且性别偏倚eQTL复制率有限 | 探究生物性别如何影响人类基因组中的基因表达和功能变异 | 人类淋巴母细胞系及GTEx多组织样本 | 基因组学 | 自身免疫性疾病(如多发性硬化) | 单细胞RNA-seq | 机器学习、线性建模 | 单细胞转录组数据 | 480个淋巴母细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1326 | 2026-07-01 |
Unleashing the Power of Multiomics: Unraveling the Molecular Landscape of Peripheral Neuropathy
2025-04, Annals of clinical and translational neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/acn3.70019
PMID:40126913
|
综述 | 追踪基因组技术在外周神经病变研究中的演变,强调多组学整合在揭示分子景观中的作用 | 全面分析新兴多组学技术(如RNA测序和蛋白质组学)与传统基因组方法的整合,推动对外周神经病变病理生理学的整体理解 | 多组学技术临床标准化面临挑战,需要稳健指南以最大化临床效用 | 综述基因组技术在外周神经病变中的应用,探索多组学整合对诊断和治疗的意义 | 外周神经病变的分子机制和遗传变异 | 自然语言处理 | 外周神经病变 | NGS, ONT, 单细胞测序, RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1327 | 2026-07-01 |
A high-resolution view of the immune and stromal cell response to Haemophilus ducreyi infection in human volunteers
2025-03-12, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03885-24
PMID:39882906
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组学,高分辨率解析人类志愿者感染杜克雷嗜血杆菌后的免疫与基质细胞反应 | 首次在单细胞水平上定义人类皮肤对细胞外细菌病原体感染的免疫浸润特征,揭示了脓疱形成过程中的细胞类型和空间定位 | NA | 表征人类皮肤感染杜克雷嗜血杆菌后的细胞免疫反应,确定差异表达转录本的细胞来源 | 五名人类志愿者的皮肤活检样本(脓疱和模拟感染伤口) | 数字病理学 | 软下疳(生殖器溃疡疾病) | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | RNA序列数据、空间转录组数据 | 5名志愿者(scRNA-seq),其中4名同时用于空间转录组分析 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序和10x Visium空间转录组学 |
| 1328 | 2026-07-01 |
Single-Cell RNA Sequencing to Guide Autologous Preterm Cord Mesenchymal Stromal Cell Therapy
2025-03, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202403-0569OC
PMID:39586004
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析早产脐带间充质干细胞转录组,指导自体细胞治疗支气管肺发育不良 | 首次利用单细胞RNA测序比较足月与早产脐带间充质干细胞的转录组差异,并关联妊娠并发症对治疗潜力的影响,发现NEGR和NRNX信号通路在治疗性干细胞中的独特作用 | 未明确提及样本量较小对结果普适性的限制,以及体内实验仅使用大鼠模型可能无法完全模拟人类BPD病理 | 探究妊娠相关并发症(先兆子痫和绒毛膜羊膜炎)是否改变脐带间充质干细胞的治疗潜力 | 足月与早产脐带间充质干细胞,以及人新生儿真皮成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 5名足月供体、16名早产供体的脐带间充质干细胞,以及人新生儿真皮成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA测序、单核RNA测序 | NA | 使用公开新生儿肺单核RNA测序数据 |
| 1329 | 2026-07-01 |
Cluster replicability in single-cell and single-nucleus atlases of the mouse brain
2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639959
PMID:40060489
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研究论文 | 评估小鼠大脑单细胞和单核图谱中细胞簇的可重复性 | 利用转录组范围邻居投票方法,在两个大型小鼠大脑图谱中识别出2009个相互匹配的细胞簇对,并验证其空间定位和协调基因表达的一致性 | 下丘脑异质性限制了细胞簇的一致性,区分相近细胞簇仍具挑战性 | 确定单细胞RNA测序研究中细胞簇的生物学稳健性与跨研究可重复性 | 两个大型小鼠大脑图谱(单细胞RNA测序和单核RNA测序图谱),涵盖超过400万个细胞和5000多个簇 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过400万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 1330 | 2026-06-30 |
Multi-omics characterization of autophagy-related molecular features in intrahepatic cholestasis of pregnancy†
2025-12-16, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf184
PMID:40796229
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研究论文 | 通过多组学方法系统表征妊娠期肝内胆汁淤积症中与自噬相关的分子特征 | 首次结合非靶向脂质组学、单细胞RNA测序和RNA测序数据,系统揭示自噬在ICP胎盘中的脂质改变、细胞和基因表达,并发现自噬基因TNFSF10可作为潜在治疗靶点 | NA | 阐明自噬在妊娠期肝内胆汁淤积症发病机制中的作用 | 妊娠期肝内胆汁淤积症患者的胎盘组织、细胞及动物模型 | 机器学习 | 妊娠期肝内胆汁淤积症 | 非靶向脂质组学、单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | 测序数据、脂质组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1331 | 2026-06-30 |
eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis
2025-10, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC
PMID:40126452
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研究论文 | 本研究探讨eNAMPT作为人类和小鼠肺纤维化新型DAMP及治疗靶点的作用 | 首次证明eNAMPT中和抗体ALT-100在人类和小鼠肺纤维化中的治疗潜力,并揭示其逆转肺泡II型上皮细胞扩增及内皮/上皮-间质转化的机制 | 仅基于体外和小鼠模型,缺乏大规模临床试验验证;未明确eNAMPT/TLR4信号通路在其他纤维化疾病中的通用性 | 评估eNAMPT作为特发性肺纤维化治疗靶点的可行性 | 人类IPF患者血液、PBMC和肺组织;博来霉素诱导的C57Bl6小鼠肺纤维化模型 | 机器学习 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | 未见明确模型类型 | 基因表达数据、组织学图像 | 人类IPF患者样本(具体数量未说明);小鼠模型(C57Bl6小鼠) | 未见明确 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | 未见明确 | NA |
| 1332 | 2026-06-30 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies a Unique Macrophage Population in a Mouse Model of Ozone-induced Asthma Exacerbation
2025-10, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0358OC
PMID:40106801
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序鉴定小鼠臭氧诱导哮喘加重模型中独特的巨噬细胞群体 | 首次通过单细胞RNA测序无偏分析臭氧暴露后过敏性肺部炎症中的免疫细胞群,发现与臭氧诱导气道高反应性相关的独特巨噬细胞和单核细胞亚群 | NA | 探究臭氧吸入触发哮喘气道高反应性的免疫细胞机制 | 小鼠肺部免疫细胞,特别是肺泡巨噬细胞和单核细胞 | 单细胞测序 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1333 | 2026-06-30 |
A Functional Variant rs2122031 in ATG7 Is Associated with the Risk of Radiation Pneumonitis
2025-08, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0238OC
PMID:39847703
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研究论文 | 研究发现ATG7基因的功能性变异rs2122031与放射性肺炎风险相关 | 首次发现自噬相关基因的功能性遗传变异与放射性肺炎风险之间的关联 | 样本量较小(301名患者),需要更大规模研究验证 | 探究自噬相关基因的遗传变异是否与放射性肺炎相关 | 301名接受放疗的患者 | 机器学习和生物信息学 | 放射性肺炎 | MassArray测序, Sanger测序, qRT-PCR, 免疫组化, 单细胞RNA测序 | 多变量Cox风险分析 | 基因型数据, 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 301名患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1334 | 2026-06-30 |
Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human BAL Cells by Single-Cell RNA Sequencing
2025-07, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA
PMID:40392631
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研究论文 | 比较基于液滴和微孔两种方法对冷冻保存的人支气管肺泡灌洗液细胞进行单细胞RNA测序的分析效果 | 首次系统比较了液滴法和微孔法在冷冻保存人BALF细胞进行单细胞RNA测序中的性能差异,并评估了两种方法对不同细胞类型的转录本捕获能力 | 样本量较小(仅4例BALF样本),且液滴法初始需要更多细胞用于固定和冷冻保存 | 克服使用新鲜人样本进行单细胞RNA测序的后勤挑战,比较两种冷冻保存和测序方法的可行性 | 人支气管肺泡灌洗液细胞,包括肺泡巨噬细胞、上皮细胞、肥大细胞、T细胞、中性粒细胞和嗜酸性粒细胞 | 单细胞转录组学 | 肺部疾病(支气管肺泡灌洗相关诊断) | 单细胞RNA测序,液滴法,微孔法 | NA | 单细胞转录组数据 | 4例人支气管肺泡灌洗液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 液滴法使用10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 1335 | 2026-06-30 |
Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis
2025-06, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC
PMID:39642371
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研究论文 | 揭示表观遗传调节因子CBX5促进肺成纤维细胞代谢重编程并抑制肺纤维化的机制 | 首次发现CBX5连接表观遗传异常与代谢失调,驱动成纤维细胞持续活化,并验证其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,需进一步在人体中验证CBX5抑制剂的疗效和安全性 | 阐明表观遗传调节因子CBX5如何调控成纤维细胞代谢反应,促进肺纤维化进展 | 特发性肺纤维化(IPF)患者和博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中的肺成纤维细胞 | 机器学习 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫组织化学、代谢评估 | NA | 基因表达数据、组织切片图像 | IPF患者肺组织和小鼠肺组织样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序平台用于单细胞RNA测序,Illumina NovaSeq用于批量RNA测序 |
| 1336 | 2026-06-30 |
Comprehensive Multi-Omics Analysis of Copper Metabolism Related Molecular Subtypes and Prognostic Risk Stratification in Colon Adenocarcinoma
2025-05, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70591
PMID:40391581
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研究论文 | 对结肠腺癌中铜代谢相关分子亚型进行综合多组学分析并构建预后风险分层模型 | 首次基于铜代谢相关基因全面分析结肠腺癌的分子亚型并构建预后风险模型,结合单细胞测序揭示铜代谢基因在肿瘤微环境中的空间和细胞分布,并通过体外实验验证COX19基因促进肿瘤细胞侵袭和增殖的功能 | 研究主要基于公共数据库数据,缺乏大规模独立临床样本的外部验证,体外实验未进行动物模型验证 | 探究铜代谢相关基因在结肠腺癌预后和肿瘤微环境中的作用机制 | 结肠腺癌细胞和组织样本 | 机器学习 | 结肠癌 | RNA-seq, 单细胞测序, western blot, PCR, siRNA, 集落形成实验, Transwell实验 | 风险模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | TCGA和GEO数据库中的结肠腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1337 | 2026-06-30 |
Deciphering the Complexities of Pulmonary Hypertension: The Emergent Role of Single-Cell Omics
2025-01, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0145PS
PMID:39141563
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综述 | 本文综述了单细胞组学在肺动脉高压研究中的关键进展,深入探讨了这些技术如何开启理解这一复杂疾病的新纪元 | 通过单细胞转录组学技术,以更高分辨率解析肺部的细胞生态系统,识别传统批量分析中隐藏的新型治疗靶点,并利用连接组分析揭示细胞相互作用和亚型转化 | 包括需要提高单细胞RNA测序分辨率以捕捉更细微的细胞变化,克服人体组织样本处理的后勤障碍,以及整合多种组学方法的必要性 | 阐述单细胞组学在肺动脉高压研究中的应用和前景,推动精准医疗的实现 | 肺动脉高压相关的细胞类型,如内皮细胞、平滑肌细胞、周细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 综述论文,未涉及具体样本量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1338 | 2026-06-29 |
Integrated single-cell and machine learning analysis identifies PMAIP1 as a novel biomarker for predicting prognosis and immunotherapy response in colorectal cancer
2025-Dec-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-32933-8
PMID:41436831
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序与机器学习分析,鉴定PMAIP1作为结直肠癌预后和免疫治疗反应的新型生物标志物 | 首次揭示凋亡相关基因PMAIP1作为连接细胞凋亡与免疫微环境重塑的关键调控节点,并发现其具有招募免疫细胞与上调免疫检查点分子的双重矛盾功能 | 未提及具体局限性 | 利用多维计算生物学方法识别结直肠癌中调控凋亡与免疫互作的核心基因,并探索其作为预后标志物和潜在治疗靶点的临床价值 | 结直肠癌原发性肿瘤和肝转移组织 | 机器学习, 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 实时定量PCR(RT-qPCR) | LASSO, 随机森林, XGBoost | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | 来自TCGA数据库的批量转录组数据和临床样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1339 | 2026-06-29 |
Multi-omics analysis reveals the role of tumor-infiltrating CD4+CCR7+ T cells in EGFR antibody resistance and prognosis of hepatocellular carcinoma
2025-Nov-29, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-15276-5
PMID:41318392
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研究论文 | 通过多组学分析揭示CD4+CCR7+肿瘤浸润T细胞在肝细胞癌EGFR抗体耐药与预后中的作用 | 首次在肝细胞癌中通过PDX模型联合单细胞RNA测序和全外显子测序,发现CD4+CCR7+ T细胞富集与EGFR抗体耐药及免疫抑制微环境相关,并构建了基于九基因特征的预后风险模型 | PDX模型样本量有限(14例),且耐药机制验证主要基于关联分析,缺乏直接的因果实验证据 | 探究肝细胞癌中肿瘤浸润T细胞特征与EGFR抗体(尼妥珠单抗)治疗反应及预后的关联 | 14例肝细胞癌患者的患者源性异种移植(PDX)模型及其肿瘤组织和肿瘤浸润淋巴细胞 | 数字病理 | 肝细胞癌 | 全外显子测序、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、流式细胞术、LASSO回归分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据、测序数据、免疫荧光图像 | 14例PDX模型,外加2个外部验证数据集(ICGC-JP和GSE141202) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1340 | 2026-06-29 |
The co-location of MARCO + macrophages and SPOCK1 + fibroblasts contributes to the poor prognosis and undesirable immunotherapy response in colorectal cancer
2025-Nov-28, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-15397-x
PMID:41316065
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研究论文 | 本研究通过整合bulk、单细胞和空间转录组学数据,揭示了MARCO+巨噬细胞与SPOCK1+成纤维细胞在结直肠癌中的共定位与不良预后及免疫治疗反应的关系 | 首次发现MARCO+巨噬细胞和SPOCK1+成纤维细胞的共定位现象,并阐明其通过SPP1/EGF和C3-C3AR1信号通路相互促进的机制 | NA | 探究结直肠癌中巨噬细胞表型异质性、空间分布和细胞互作对预后的影响 | 结直肠癌组织中的巨噬细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 图像 | NA | 10x Genomics, NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序, 10x Visium空间转录组学 |