单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1301	2025-03-22	The Role of Coagulation-Related Genes in Glioblastoma: A Comprehensive Analysis of the Tumor Microenvironment, Prognosis, and Treatment 2025-Mar-20, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11086-3 PMID:40113719	研究论文	本研究全面分析了凝血相关基因在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用，包括肿瘤微环境、预后和治疗反应	首次从肿瘤微环境、凝血功能差异、治疗和预后等多个角度全面探讨了凝血相关基因在GBM中的作用，并构建了基于五个CRGs的风险特征模型	研究主要依赖于公开数据集和体外实验，缺乏大规模的临床验证	探讨凝血相关基因在GBM中的作用及其对预后和治疗的影响	胶质母细胞瘤（GBM）患者及其肿瘤微环境	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、免疫组化、CCK8实验、伤口愈合实验、克隆形成实验	LASSO回归、随机生存森林分析	SNP、拷贝数变异数据、单细胞RNA测序数据	461例GBM患者（TCGA队列）和CGGA693队列
1302	2025-03-22	SPARROW reveals microenvironment-zone-specific cell states in healthy and diseased tissues 2025-Mar-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101235 PMID:40112778	研究论文	SPARROW是一种计算框架，用于在健康和疾病组织中揭示微环境区域特定的细胞状态	SPARROW通过联合学习细胞类型和细胞组织的潜在嵌入和软聚类，解决了当前分析工具在细胞类型推断和细胞邻域识别方面的局限性	NA	提供跨尺度、样本和条件的组织特征的全面表征	人类和小鼠组织	数字病理学	NA	空间分辨转录组学和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
1303	2025-03-22	Downregulated STAT3 and STAT5B are prognostic biomarkers for colorectal cancer and are associated with immune infiltration 2025-Mar-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02085-2 PMID:40100436	研究论文	本研究探讨了STAT家族在结直肠癌中的表达、预后价值及免疫功能，发现STAT3和STAT5B在结直肠癌中显著下调，并与较好的预后相关	首次系统地评估了STAT家族在结直肠癌中的表达水平和预后价值，并探索了其与免疫功能和免疫浸润水平的关系	研究主要依赖于公共数据库和有限的临床样本，可能影响结果的普遍性	研究STAT家族在结直肠癌中的表达、预后价值及免疫功能	结直肠癌样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学技术	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库644样本、GTEx数据库308样本、中国临床样本30样本
1304	2025-03-22	AI-Driven Analysis Unveils Functional Dynamics of Müller Cells in Retinal Autoimmune Inflammation 2025-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640907 PMID:40093069	研究论文	本文通过AI驱动的单细胞RNA测序分析，揭示了在视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能动态	利用AI辅助的单细胞分析工具SCassist，首次识别了九种不同的Müller细胞亚群和五种T细胞亚群，并揭示了激活的Müller细胞在炎症视网膜中的主要功能	研究主要基于Aire-/-小鼠模型，可能不完全适用于人类视网膜炎症的情况	探索在视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能和动态变化	Müller细胞和T细胞	数字病理学	视网膜自身免疫炎症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	AI辅助分析工具SCassist	单细胞RNA测序数据	Aire-/-小鼠的视网膜样本
1305	2025-03-22	[Comprehensive analysis of the structural phenotypes and functional characteristics of B cells in oral lichen planus and oral lichenoid lesions through single-cell and spatial transcriptomics] 2025-Mar-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20241220-00500 PMID:40015701	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术，全面分析了口腔扁平苔藓（OLP）和口腔苔藓样病变（OLL）中B细胞的结构表型和功能特征	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，深入探讨了OLP/OLL中B细胞的表型和功能，揭示了B细胞在口腔黏膜微环境中的免疫调节机制	样本量较小，仅包括2例侵蚀性OLP、3例非侵蚀性OLP和1例健康对照，且功能机制尚需进一步研究	揭示B细胞在OLP/OLL中的表型和功能特征，探讨其在口腔黏膜微环境中的免疫调节机制	口腔扁平苔藓（OLP）和口腔苔藓样病变（OLL）患者及健康对照	数字病理学	口腔疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间转录组数据	2例侵蚀性OLP、3例非侵蚀性OLP、1例健康对照，以及3例OLP/OLL患者和3例健康对照的病理标本
1306	2025-03-22	Erythroid progenitor cell-mediated spleen-tumor interaction deteriorates cancer immunity 2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417473122 PMID:40014568	研究论文	本文揭示了红细胞祖细胞（EPCs）在脾脏和肿瘤之间的相互作用中如何抑制肿瘤免疫并促进肿瘤进展	首次识别了EPCs在脾脏和肿瘤之间建立连接的新机制，并揭示了其在肿瘤进展中的免疫调节作用	研究主要集中于头颈部鳞状细胞癌，未涵盖其他癌症类型	优化免疫疗法的有效性，揭示肿瘤发展过程中系统性免疫的动态变化	红细胞祖细胞（EPCs）及其在脾脏和肿瘤之间的相互作用	免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及头颈部鳞状细胞癌患者
1307	2025-03-22	Recent Innovations and Technical Advances in High-Throughput Parallel Single-Cell Whole-Genome Sequencing Methods 2025-Mar, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202400789 PMID:38979872	综述	本文综述了高通量单细胞全基因组测序（scWGS）方法的技术进展，包括策略设计、数据效率、并行处理平台及其在人类基因组上的应用	总结了高通量单细胞全基因组测序方法的最新技术创新，特别是在基因组覆盖、并行通量和集成水平方面的进展	总成本仍然是一个限制因素	探讨高通量单细胞全基因组测序方法的技术进步及其应用	单细胞全基因组测序方法	基因组学	NA	单细胞全基因组测序（scWGS）	NA	基因组数据	NA
1308	2025-03-22	Bidirectional epigenetic editing reveals hierarchies in gene regulation 2025-Mar, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02213-3 PMID:38760566	研究论文	本研究开发了一种名为CRISPRai的双向表观遗传编辑系统，用于同时在同一细胞中对两个位点进行激活和抑制扰动，并结合单细胞RNA测序技术研究混合单细胞群体中的扰动效应	开发了CRISPRai系统，首次实现了在同一细胞中同时进行双向表观遗传编辑，并结合单细胞RNA测序技术进行扰动研究	研究主要集中于特定基因和细胞类型，尚未广泛验证于其他基因和细胞环境	研究基因调控层次和非编码疾病相关变异	造血谱系转录因子SPI1和GATA1，以及IL2基因在Jurkat T细胞、原代T细胞和CAR T细胞中的调控	基因编辑	NA	CRISPRa, CRISPRi, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	混合单细胞群体
1309	2025-03-22	Integrating Metabolic RNA Labeling-Based Time-Resolved Single-Cell RNA Sequencing with Spatial Transcriptomics for Spatiotemporal Transcriptomic Analysis 2025-Mar, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401297 PMID:39390840	研究论文	本文展示了将基于代谢RNA标记的时间分辨单细胞RNA测序与空间转录组学整合用于时空转录组分析的新范式	首次将时间分辨scRNA-seq与空间转录组学整合，用于揭示胶质母细胞瘤（GBM）中EZH2介导的间质转化机制	该技术未能揭示细胞在组织中的空间组织，而空间组织通过细胞间通讯调节基因表达	研究胶质母细胞瘤（GBM）中基因表达的时空动态和复杂基因调控网络	胶质母细胞瘤（GBM）细胞	单细胞RNA测序	胶质母细胞瘤	代谢RNA标记、时间分辨单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
1310	2025-03-22	New Multiomic Studies Shed Light on Cellular Diversity and Neuronal Susceptibility in Parkinson's Disease 2025-Mar, Movement disorders : official journal of the Movement Disorder Society IF:7.4Q1 DOI:10.1002/mds.30097 PMID:39812497	研究论文	本文探讨了帕金森病中细胞多样性和神经元易感性的新发现，通过多组学方法揭示了致病机制	利用多组学方法（包括空间转录组学、表观基因组学和蛋白质组学）研究帕金森病，提供了新的致病机制见解	需要进一步的技术进步和复杂的计算工具来揭示神经元易感性网络并优先考虑疾病修饰因子	研究帕金森病的致病机制和神经元易感性	帕金森病患者和啮齿动物模型中的神经元和胶质细胞	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序、空间转录组学、表观基因组学、蛋白质组学	NA	多组学数据	NA
1311	2025-03-22	A platform for multimodal in vivo pooled genetic screens reveals regulators of liver function 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.624217 PMID:39605605	研究论文	本文开发了一种结合成像和测序的方法，用于构建大规模、多模态的基因型-表型图谱，以研究组织中的基因扰动	通过结合成像和单细胞测序技术，同时测量基因扰动对细胞基因表达和亚细胞形态的影响，揭示了肝细胞分区和肝脏未折叠蛋白反应的调控因子	研究主要局限于小鼠肝脏，尚未在其他组织或生物体中验证	研究基因扰动对细胞和组织表型的遗传控制，以理解组织功能的遗传基础	小鼠肝脏中的数百种基因扰动	生物信息学	NA	成像技术、单细胞测序	NA	图像、基因表达数据	数百种基因扰动的小鼠肝脏样本
1312	2025-03-22	High CD44 expression and enhanced E-selectin binding identified as biomarkers of chemoresistant leukemic cells in human T-ALL 2025-Feb, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02473-7 PMID:39580584	研究论文	本文研究了T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）中化疗耐药细胞的生物标志物，特别是高CD44表达和增强的E-selectin结合能力	通过单细胞RNA测序技术，识别出了一种具有静止状态和高CD44表达的化疗耐药白血病细胞（CLCs），并揭示了其与E-selectin结合的关联	研究样本量较小（39个T-ALL样本），且未涉及长期临床疗效的验证	探索T-ALL中化疗耐药细胞的生物标志物及其机制，以改善患者预后	人类T-ALL细胞，特别是化疗耐药的白血病细胞（CLCs）	癌症研究	T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	39个T-ALL样本
1313	2025-03-22	[Nafamostat Mesylate Alleviates Renal Ischemia-Reperfusion Injury in a Rat Model Through HMGB1 Modulation: An Omics Analysis -Based Study of the Protective Effect and the Mechanisms Involved] 2025-Jan-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition DOI:10.12182/20250160506 PMID:40109453	研究论文	本研究探讨了甲磺酸萘莫司他（NM）在肾缺血再灌注损伤（RIRI）模型中的器官保护作用及其潜在机制	通过单细胞RNA测序技术分析了NM对RIRI模型中HMGB1介导的巨噬细胞功能异常的调节作用	研究仅使用了雄性SD大鼠，未考虑性别差异对结果的影响	探讨NM在RIRI模型中的保护作用及其机制	21只健康雄性Sprague-Dawley（SD）大鼠	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序、免疫荧光、Western blotting	NA	血清样本、肾组织样本	21只SD大鼠，分为3组，每组7只
1314	2025-03-22	Identification of a Subpopulation of Astrocyte Progenitor Cells in the Neonatal Subventricular Zone: Evidence that Migration is Regulated by Glutamate Signaling 2025-Jan-09, Neurochemical research IF:3.7Q2 DOI:10.1007/s11064-024-04326-2 PMID:39789409	研究论文	本研究通过基因工程小鼠模型，探索了新生儿脑室下区星形胶质细胞前体细胞的亚群及其迁移机制，特别是谷氨酸信号在其中的调控作用	首次发现并描述了新生儿脑室下区星形胶质细胞前体细胞的亚群，并提供了谷氨酸信号调控这些细胞迁移的新证据	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探索新生儿脑室下区星形胶质细胞前体细胞的亚群及其迁移机制	基因工程小鼠模型中的星形胶质细胞前体细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、器官型切片培养	NA	基因表达数据、荧光成像数据	1-3天大的小鼠皮质星形胶质细胞培养物
1315	2025-03-22	LKB1 inactivation promotes epigenetic remodeling-induced lineage plasticity and antiandrogen resistance in prostate cancer 2025-Jan, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-024-01025-z PMID:39743630	研究论文	本文探讨了LKB1失活在前列腺癌中促进表观遗传重塑诱导的谱系可塑性和抗雄激素耐药性的分子机制	揭示了LKB1失活导致AR独立的谱系可塑性和全局DNA低甲基化，并提出了通过靶向DNA低甲基化的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序，尚未在人类临床试验中验证	研究AR独立谱系可塑性的分子机制，并探索潜在的治疗策略	人类和小鼠前列腺癌样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、全基因组亚硫酸氢盐测序	基因工程小鼠模型	RNA测序数据、DNA甲基化数据	人类和小鼠前列腺癌样本
1316	2025-03-22	Identification and Evaluation of Lipocalin-2 in Sepsis-Associated Encephalopathy via Machine Learning Approaches 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S504390 PMID:40109658	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，识别并评估了在脓毒症相关脑病中起关键作用的Lipocalin-2（LCN2）基因	首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法，识别出LCN2作为中性粒细胞诱导的脓毒症相关脑病的关键基因，并通过体内实验验证了其作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	识别与脓毒症相关脑病（SAE）相关的关键基因，并探索潜在的治疗靶点	脓毒症患者和小鼠模型	机器学习	脓毒症相关脑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting、行为测试	多种二分类机器学习算法	基因表达数据、行为数据	脓毒症患者和小鼠模型
1317	2025-03-22	Integrated single-cell analysis reveals the regulatory network of disulfidptosis-related lncRNAs in bladder cancer: constructing a prognostic model and predicting treatment response 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1527036 PMID:40110199	研究论文	本研究通过单细胞测序和RNA测序数据，构建了一个与膀胱癌（BLCA）患者预后相关的二硫化物死亡相关长链非编码RNA（DRLs）模型	首次将二硫化物死亡相关基因（DRGs）与长链非编码RNA（lncRNAs）结合，构建了一个新的预后模型，并探讨了其在膀胱癌中的潜在应用	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨二硫化物死亡相关长链非编码RNA（DRLs）作为膀胱癌（BLCA）患者预后标志物的潜力	膀胱癌（BLCA）患者	生物信息学	膀胱癌	单细胞测序，RNA测序，RT-qPCR	LASSO回归，Cox回归	单细胞测序数据，RNA测序数据，临床信息	来自GEO和TCGA数据库的样本
1318	2025-03-22	Aspartate beta-hydroxylase is a prognostic factor in gallbladder cancer with the function of promoting tumorigenesis and chemoresistance 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1452345 PMID:40110547	研究论文	本研究探讨了天冬氨酸β-羟化酶（ASPH）在胆囊癌中的预后价值及其在促进肿瘤发生和化疗耐药中的作用	首次通过RNAseq数据集分析、孟德尔随机化、免疫组化、单细胞测序和网络药理学等多种方法，全面评估了ASPH在胆囊癌中的功能和潜在治疗靶点	研究主要基于临床样本和数据库分析，缺乏体内实验验证	探索胆囊癌的预后标志物及其在肿瘤发生和化疗耐药中的作用	胆囊癌患者及其组织样本	癌症生物学	胆囊癌	RNAseq、孟德尔随机化、免疫组化、单细胞测序、网络药理学	NA	RNAseq数据、临床样本数据、单细胞测序数据	215名胆囊癌患者
1319	2025-03-21	Single-cell RNA sequencing-guided engineering of mitochondrial therapies for intervertebral disc degeneration by regulating mtDNA/SPARC-STING signaling 2025-Jun, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.02.036 PMID:40104024	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据指导，开发了一种针对椎间盘退变的仿生疗法，并在动物模型中进行了验证	提出了线粒体移植作为一种新的治疗策略，并设计了具有抗氧化和抗炎活性的生物活性大分子，增强了治疗效果	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中验证其安全性和有效性	开发针对椎间盘退变的新型治疗方法	人类髓核组织和动物模型	数字病理	椎间盘退变	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类髓核组织和动物模型
1320	2025-03-21	Double-target magnetic stimulation attenuates oligodendrocyte apoptosis and oxidative stress impairment after spinal cord injury via GAP43 2025-Apr, The spine journal : official journal of the North American Spine Society DOI:10.1016/j.spinee.2024.12.025 PMID:39701305	研究论文	本研究评估了双靶点（大脑和脊髓）磁刺激（DTMS）治疗对脊髓损伤（SCI）大鼠的功能恢复和神经回路改善的影响，并探讨了DTMS对胶质细胞调节的作用	揭示了DTMS通过调节GAP43在少突胶质细胞中的抗凋亡和抗氧化应激作用，促进少突胶质细胞的分支和成熟以及轴突再生，从而改善SCI后的神经回路功能	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	评估DTMS对脊髓损伤后功能恢复和神经回路改善的影响，并探讨其作用机制	脊髓损伤模型大鼠	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、透射电子显微镜、Western blotting、免疫荧光染色、TUNEL染色、Annexin V-FITC凋亡试剂盒、脂质ROS试剂盒	NA	行为评估数据、组织染色数据、单细胞RNA测序数据	脊髓损伤模型大鼠