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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1301 2026-07-04
Efficient Predictor for Immunotherapy Efficacy: Detecting Pan-Clones Effector Tumor Antigen-Specific T Cells in Blood by Nanoparticles Loading Whole Tumor Antigens
2025-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 利用负载全肿瘤抗原的纳米颗粒检测血液中泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞,以预测免疫治疗效果 提出一种基于纳米颗粒负载全细胞肿瘤抗原的方法,可高效激活并检测泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞,将ETASTs与其他T细胞的差异转化为激活与非激活状态,并通过测量激活状态和细胞毒性功能标志物进行区分 NA 开发一种高效、非侵入性的生物标志物,用于预测肺癌及其他癌症的免疫治疗效果 肺癌患者、健康个体及良性肺结节患者血液中的效应肿瘤抗原特异性T细胞 机器学习 肺癌 纳米颗粒负载全肿瘤抗原、单细胞测序 NA 生物标志物数据 肺癌患者、健康个体及良性肺结节患者样本 NA 单细胞测序 NA NA
1302 2026-07-04
Deficiency of FABP7 Triggers Premature Neural Differentiation in Idiopathic Normocephalic Autism Organoids
2025-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 通过正常头围自闭症患者类器官模型,发现FABP7缺乏引发神经干细胞过早分化,并揭示FABP7/MEK通路在自闭症发病中的作用 首次在正常头围自闭症患者的脑类器官模型中鉴定出FABP7表达下调及其通过MEK通路调控神经干细胞过早分化的分子机制 主要基于体外类器官模型和动物实验,需要进一步在人体组织中验证FABP7/MEK通路的临床相关性 探究正常头围自闭症患者神经干细胞异常分化的分子机制 来自前瞻性出生队列的正常头围自闭症患者诱导多能干细胞来源的脑类器官 数字病理学 自闭症谱系障碍 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据、组织形态学数据 多个细胞系和时间序列样本 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'试剂盒进行scRNA-seq
1303 2026-07-04
Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease
2025-01, Journal of Alzheimer's disease : JAD
研究论文 利用空间基因表达技术研究早期阿尔茨海默病模型中背侧缝核的基因表达差异 首次在早期阿尔茨海默病的小鼠模型中应用空间转录组学技术,发现背侧缝核内不同亚区域对tau蛋白病理性损害的差异性易感,并鉴定了相关长链非编码RNA Map2k3os的可能调控作用 需要进一步研究Map2k3os的相互作用机制,并强调汇聚数据验证以克服空间转录组学技术的局限性 识别5-羟色胺神经元对阿尔茨海默病病理性损害的易感或抵抗的潜在遗传因素 过表达人tau蛋白的htau小鼠的背侧缝核 数字病理学 阿尔茨海默病 空间转录组学、RNAscope、免疫组化 NA 基因表达数据、图像 htau小鼠(早期阿尔茨海默病临床前模型)的背侧缝核组织样本 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium Visium空间基因表达平台
1304 2026-07-03
Beyond FoxP3-Identification of a Chicken Regulatory T Cell Signature
2025-12, European journal of immunology IF:4.5Q2
研究论文 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序分析鸡脾细胞中的CD4+亚群,定义了一种新的鸡调节性T细胞标志组合 首次描述了鸡特异性CTLA-4抗体,该抗体仅能在细胞内区室中染色CTLA-4,与哺乳动物中的定位方式不同 CTLA-4的细胞内表达限制了其在功能实验中的可用性 定义可靠标志物以鉴定和表征鸡调节性T细胞 鸡脾细胞中的CD4+ T细胞亚群 机器学习 NA RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA 基因表达数据 未明确提及样本数量 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
1305 2026-07-03
Wnt1's Differential Effects on Craniofacial Bone and Tooth Development
2025-11, Journal of dental research IF:5.7Q1
研究论文 研究Wnt1信号对颅面骨和牙齿发育的不同影响 揭示了Wnt1在颅面骨和牙齿发育中的差异性作用,特别是基于骨起源的差异,并通过体内外实验证明了Wnt1对破骨细胞生成的剂量依赖性抑制 主要基于小鼠模型,且长期胚胎诱导导致出生后死亡,限制了部分表型观察 探究Wnt1信号在颅面骨和牙齿发育中的具体作用和机制 小鼠门齿中的颅面骨和牙齿组织 机器学习 NA 单细胞测序、批量RNA测序、微计算机断层扫描 转基因小鼠模型 单细胞测序数据、基因表达数据、三维影像数据 公开的小鼠门齿单细胞测序数据及转基因小鼠样本 NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
1306 2026-07-03
Single-Cell Atlas of Immune Microenvironment in Orthodontic Tooth Movement
2025-11, Journal of dental research IF:5.7Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序解析正畸牙齿移动过程中的免疫微环境 首次在单细胞水平上全面描绘正畸牙齿移动过程中的免疫景观,揭示免疫细胞动态变化、功能及细胞间相互作用 研究仅基于小鼠模型,需进一步在人体中验证;未分析其他免疫细胞与基质细胞的相互作用 更全面地揭示正畸牙齿移动过程中的免疫微环境动态变化及细胞互作机制 正畸牙齿移动小鼠的牙周组织免疫细胞 单细胞组学 无特定疾病 scRNA-seq NA 单细胞转录组数据 小鼠样本,具体数量未提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1307 2026-07-03
Dual oxic-anoxic co-culture enables direct study of anaerobe-host interactions at the airway epithelial interface
2025-05-14, mBio IF:5.1Q1
研究论文 描述了一种双有氧-无氧共培养方法,用于直接研究厌氧菌与气道上皮细胞在转录水平上的相互作用 提出双有氧-无氧共培养方法,能够同时维持厌氧菌和宿主细胞的活性,从而克服实验模型中厌氧菌和宿主细胞对氧气需求冲突的限制 共培养时间限于约48小时,且主要聚焦于单一厌氧菌模型,可能限制了长期相互作用和其他厌氧菌种类的普适性 研究厌氧菌与气道上皮细胞在疾病中的相互作用机制 厌氧菌(如具核梭杆菌)和气道气道上皮细胞 数字病理学 气道疾病 RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA 转录组数据 NA NA 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
1308 2026-07-03
The trabecular and compact myocardium of adult vertebrate ventricles are transcriptionally similar despite morphological differences
2025-03, Annals of the New York Academy of Sciences IF:4.1Q1
研究论文 揭示了成年脊椎动物心室中致密心肌和小梁心肌在转录组水平上的相似性,尽管形态存在差异 通过空间转录组学和多物种转录组比较,首次系统证明成年心脏中致密层与小梁层心肌的转录组高度相似,挑战了传统认为致密心肌具有内在独特性的观点 未明确说明,但可能包括样本量有限、无法完全排除细微差异以及功能验证不足 研究脊椎动物心室致密心肌与小梁心肌在转录水平上是否存在根本差异 成年小鼠、人类胚胎、成年斑胸草雀、斑马鱼和金枪鱼的心脏组织 数字病理学 心血管疾病 空间转录组学、单细胞转录组学 NA 转录组数据 小鼠胚胎和成年心脏样本,人类胚胎心脏数据,以及成年斑胸草雀、斑马鱼和金枪鱼的心脏样本 10x Genomics 空间转录组学, 单细胞RNA-seq 10x Visium 10x Visium空间转录组技术用于小鼠胚胎心脏;单细胞转录组数据来自人类胚胎
1309 2026-07-03
Integrated single-cell and bulk transcriptomic analysis reveals shared pathogenesis and prognostic biomarkers in breast and thyroid cancers
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 整合单细胞和批量转录组分析揭示了乳腺癌和甲状腺癌的共享致病机制及预后生物标志物 通过整合单细胞与批量RNA测序数据,首次系统揭示乳腺癌和甲状腺癌共享的分子机制,并构建了基于101种机器学习算法的预后模型,发现SMR3B作为共享预后基因 研究主要基于生物信息学分析,功能性验证仅在细胞水平进行,缺乏临床样本和体内实验的进一步验证 阐明乳腺癌和甲状腺癌的共享发病机制,并鉴定共同的预后生物标志物和治疗靶点 乳腺癌和甲状腺癌的共享分子特征及肿瘤微环境 数字病理学 乳腺癌, 甲状腺癌 RNA-seq, 单细胞转录组测序 机器学习算法 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
1310 2026-07-02
Neoadjuvant therapy-associated malignant phenotype score predicts prognosis and highlights the roles of MIF signaling and DUXAP8 in ESCC
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过整合单细胞和批量转录组数据,建立新辅助治疗相关的恶性表型评分,预测食管鳞癌预后并揭示MIF信号通路和DUXAP8的作用 首次构建基于恶性上皮细胞转录重塑的新辅助治疗相关恶性表型评分,并整合单细胞和批量转录组数据,识别了MIF信号通路和长链非编码RNA DUXAP8作为潜在治疗靶点 未提及明确的局限性,但可能包括样本量有限、缺乏独立外部验证队列以及功能验证仅针对单一基因DUXAP8 开发基于恶性细胞内在分子特征的预后评分,并探索与新辅助治疗反应相关的分子机制,以改善食管鳞癌患者的预后分层和个体化治疗决策 食管鳞癌患者在术前行新辅助治疗前后的恶性上皮细胞 机器学习 食管癌 单细胞RNA测序、批量RNA测序、LASSO-Cox回归、免疫组织化学、qRT-PCR LASSO-Cox回归模型 单细胞转录组数据、批量转录组数据 单细胞RNA测序数据(ESCC患者治疗前后)、TCGA和GEO队列的批量RNA-seq数据,以及TCGA-ESCA和GSE53624队列用于验证 NA 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq NA NA
1311 2026-07-02
TIMP1 as a context-dependent biomarker linking cancer progression and cardiovascular disorders: a multi-level and bioinformatics study
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过多层级生物信息学分析,揭示TIMP1作为连接癌症进展与心血管疾病的上下文依赖性生物标志物的作用 首次系统性地跨疾病分析TIMP1在多种癌症与心血管疾病中的表达模式、调控机制及功能差异,发现其作为连接肿瘤生物学与心血管疾病的潜在中介分子 主要基于公开数据库的生物信息学分析,细胞系实验仅用于靶向验证,缺乏体内动物模型和临床试验验证 探究TIMP1在癌症与心血管疾病中的系统性表达模式及其作为跨疾病生物标志物的潜力 结直肠癌、胃癌、动脉粥样硬化、心力衰竭等疾病的组织样本及细胞系 生物信息学 结直肠癌, 胃癌, 动脉粥样硬化, 心力衰竭 微阵列分析, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学, Western blotting, Transwell实验 NA 转录组数据, 单细胞数据, 基因表达数据, 临床数据 公共数据库多队列数据,包括TCGA/GTEx及GEO数据集(如GSE63032, GSE100927, GSE5406),具体样本量未明确 Illumina 微阵列, 单细胞RNA-seq Illumina微阵列, 单细胞测序平台(未具体说明) 基于公开数据集的分析,平台细节未完全提供
1312 2026-07-02
Integrating single-cell RNA sequencing with spatial transcriptomics reveal the fibrosis-related genes in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 整合单细胞RNA测序与空间转录组学揭示肝细胞癌中纤维化相关基因 首次通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA-seq多组学数据,系统鉴定肝细胞癌肿瘤微环境中纤维化相关的预后基因,并通过细胞实验验证YIPF4基因促进肝癌细胞增殖和迁移的功能 NA 鉴定肝细胞癌肿瘤微环境中与纤维化相关的预后基因,为临床治疗决策提供依据 肝细胞癌患者的肿瘤组织样本及单细胞、空间转录组数据 数字病理学 肝癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk RNA测序、随机生存森林算法、EDU掺入实验、Transwell迁移实验、CCK-8增殖实验 随机生存森林 基因表达数据、空间转录组数据 GSE149614和GSE245908数据集中的肝细胞癌样本 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk RNA-seq NA NA
1313 2026-07-02
Multimodal analysis of TAAD pathogenesis: SHAP-enhanced interpretable models and single-cell sequencing analysis reveal immune microenvironment alterations
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过整合多组学转录组数据和单细胞测序数据,结合SHAP可解释性机器学习模型,揭示了Stanford A型主动脉夹层(TAAD)的免疫微环境改变和发病机制 首次利用SHAP增强的可解释机器学习模型结合单细胞测序技术,系统鉴定出SIX4、SCNN1B和PCDH11X三个关键调控基因,并明确SIX4在血管平滑肌细胞表型转换和免疫信号调控中的核心作用 未明确说明,但可能包括样本量有限、功能验证仅在体外进行、缺乏体内实验验证等 阐明Stanford A型主动脉夹层的分子机制并识别可靠的生物标志物 Stanford A型主动脉夹层患者样本及健康对照 机器学习 心血管疾病 RNA-seq, 单细胞RNA-seq LASSO, 随机森林, SVM-RFE 转录组数据, 单细胞转录组数据 整合了4个转录组数据集和2个单细胞转录组数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1314 2026-07-02
Decoding cellular stress states for toxicology using single-cell transcriptomics
2025, NAM journal
研究论文 利用单细胞转录组学技术分析化学物质诱导的细胞应激状态,揭示毒性反应中的动态细胞转变 首次将单细胞转录组技术应用于环境毒理学领域,系统解析了多种应激反应通路在单细胞水平的异质性响应模式,并发现细胞在稳态、适应性反应和终末状态间动态转变的证据 仅使用HepaRG细胞系,未涉及原代细胞或体内模型;仅检测24小时单一时间点,无法捕捉长期或动态响应;化学物质浓度范围有限,可能遗漏低剂量效应 评估单细胞转录组学在毒理学中解码细胞应激状态的能力,揭示化学物质诱导的细胞适应性与终末状态转变机制 HepaRG细胞系暴露于依托泊苷、布雷菲德菌素A、放线菌酮、鱼藤酮、tBHQ、曲格列酮和衣霉素 数字病理学 NA 单细胞转录组测序 (scRNA-seq) NA 基因表达矩阵 约40,000个HepaRG细胞,暴露于7种化学物质,每种化学物质3个浓度梯度 BioSpyder 单细胞RNA-seq TempO-LINC® TempO-LINC®单细胞转录组平台
1315 2026-07-01
A Large-Scale Single-Cell Atlas Reveals the Peripheral Immune Panorama of Bacterial Pneumonia
2025-12, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1
research paper 通过大规模单细胞转录组图谱揭示了细菌性肺炎的外周免疫全景 首次构建了涵盖不同严重程度细菌性肺炎患者外周血免疫细胞的单细胞转录组图谱,并系统揭示了疾病严重程度相关的免疫细胞重塑机制,如经典单核细胞对细胞因子风暴的调控、CD8 T细胞衰竭及体液免疫的作用 未提及具体局限性 解析细菌性肺炎发病和免疫应答机制中驱动疾病严重程度的关键细胞和分子因素,为免疫调节治疗提供潜在靶点 100名个体的外周血免疫细胞,包括39名重症、31名轻度和30名健康对照 single-cell genomics bacterial pneumonia 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 100份外周血样本(39名重症、31名轻症、30名健康对照) NA single-cell RNA-seq NA NA
1316 2026-07-01
Durable B-Cell Impairment While Sparing IgA B Cells After Ocrelizumab Therapy in Multiple Sclerosis
2025-11, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1
研究论文 评估奥克雷珠单抗治疗复发缓解型多发性硬化症期间B细胞亚群的早期变化,特别是对IgA B细胞的保留作用 首次通过光谱流式细胞术和单细胞RNA测序揭示奥克雷珠单抗治疗在保留IgA B细胞的同时导致B细胞功能持久损伤,并发现治疗后B细胞恢复呈现炎症和迁移表型 样本量较小(18名患者和10名健康志愿者),停药后B细胞重建分析仅3例患者 探究奥克雷珠单抗在多发性硬化症中的作用机制及疾病病理生理学 复发缓解型多发性硬化症患者和健康志愿者 机器学习 多发性硬化症 光谱流式细胞术,单细胞RNA测序 NA 细胞表型数据,基因表达数据 18名患者(治疗前后及停药后),10名健康志愿者,3名停药患者(单细胞RNA测序) NA 单细胞RNA测序 NA NA
1317 2026-07-01
spammR: an R package designed for analysis and integration of spatial multi-omic measurements
2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出了一个用于分析和整合空间多组学测量的R包spammR,特别针对质谱衍生数据 spammR专注解决质谱空间组学数据的小样本量、空间稀疏性和高缺失率问题,采用完全数据驱动方法,无需先验知识 目前主要针对质谱衍生空间组学数据,在其他平台适用性有待验证 开发一个通用的空间多组学分析工具,填补质谱空间组学数据分析工具的空白 空间多组学测量数据,包括转录本、蛋白质、代谢物和翻译后修饰的空间分布 机器学习 NA 质谱成像 NA 空间组学数据(质谱成像数据) NA NA 空间组学 NA NA
1318 2026-07-01
A single-cell transcriptomic atlas of the pigtail macaque placenta in late gestation
2025-Aug-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 构建了妊娠晚期猪尾猕猴胎盘的单细胞转录组图谱 首次构建了猪尾猕猴胎盘三个组织(绒毛膜绒毛、羊膜绒毛膜和母体蜕膜)的单细胞RNA-Seq图谱,并揭示了与人类胎盘高度相似的细胞组成 未明确说明局限性 比较非人灵长类与人类胎盘在单细胞水平上的细胞类型和功能相似性 妊娠晚期猪尾猕猴母胎界面的三个组织:绒毛膜绒毛、羊膜绒毛膜和母体蜕膜 单细胞转录组学 妊娠相关疾病 scRNA-Seq NA 单细胞转录组数据 未明确说明样本数量 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Genomics单细胞RNA-Seq文库构建及Seurat数据分析流程
1319 2026-07-01
Molecular Subtypes and Risk Prediction Model Based on Malignant Cell Differentiation Trajectories in Breast Cancer
2025-08, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2
研究论文 基于乳腺癌恶性细胞分化轨迹构建分子亚型及风险预测模型 整合单细胞RNA测序、空间转录组和大量RNA测序数据,首次基于恶性细胞分化轨迹构建乳腺癌分子分型系统(四种亚型)并建立预后模型,同时识别骨转移相关调控网络和潜在药物 预后模型的准确性中等(AUC=0.708),可能需要更多独立验证 揭示乳腺癌恶性细胞分化轨迹与分子异质性,构建新的分子分型系统和预后预测模型 乳腺癌(BRCA)患者的肿瘤组织样本,包括TCGA-BRCA队列的1097个大量RNA测序样本、单细胞RNA测序和空间转录组数据 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、大量RNA测序、UMAP分析、Monocle 2伪时间分析、LASSO回归 Cox比例风险模型、LASSO回归模型 基因表达数据、空间转录组数据 1097个TCGA-BRCA大量RNA测序样本,2493个恶性斑点(空间转录组),单细胞RNA测序样本数量未明确 10x Genomics 单细胞RNA测序、空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞RNA测序和10x Visium空间转录组学
1320 2026-07-01
The Key Role of COA6 in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma: Metabolic Reprogramming and Regulation of the Immune Microenvironment
2025-07, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2
研究论文 研究了COA6在胰腺导管腺癌中的代谢重编程及免疫微环境调节作用 首次通过SMR/HEIDI分析结合多数据库识别COA6为PDAC关键基因,并利用单细胞RNA测序和空间转录组学构建细胞相互作用网络 需要进一步研究开发靶向COA6的疗法 探索COA6在胰腺导管腺癌代谢重编程和免疫微环境调节中的作用及治疗潜力 胰腺导管腺癌细胞系SW1990和PANC-1 机器学习和数字病理学 胰腺导管腺癌 SMR/HEIDI分析、单细胞RNA测序、空间转录组学、药物预测与分子对接 NA 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 SW1990和PANC-1细胞系 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
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