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当前共找到 10799 篇文献，本页显示第 1301 - 1320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1301 | 2025-12-24 |
Advances in artificial intelligence for spatial transcriptomics in cancer: Special focus on Yin Yang 1 (YY1) and Raf kinase inhibitor protein (RKIP)
2025-Nov, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189456
PMID:40992707
|
综述 | 本文综述了人工智能在癌症空间转录组学中的应用，特别聚焦于YY1和RKIP蛋白，探讨了机器学习、人工智能和统计方法在解析空间转录组数据、推动癌症分类、临床结果预测及个性化医疗方面的作用 | 通过整合机器学习、人工智能和统计方法，为空间转录组数据提供新的解析视角，特别以YY1和RKIP为例，展示了这些技术在揭示癌基因驱动因子、癌症异质性和个性化治疗途径中的创新应用 | 作为一篇综述文章，主要基于现有研究进行总结和讨论，未涉及原始数据或实验验证，可能无法覆盖所有最新技术进展 | 探讨人工智能和机器学习方法在癌症空间转录组学研究中的应用，以提升对癌症微环境、基因表达及个性化治疗的理解 | 空间转录组学数据，特别关注YY1和RKIP蛋白在癌症中的表达和作用 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学技术 | 支持向量机(SVM), 随机森林(RF), 聚类, 降维方法(PCA, t-SNE, UMAP) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1302 | 2025-12-24 |
Single-cell sequencing uncovers sensory neuron-mediated CGRP signaling as a driver of sarcoma progression
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2500161122
PMID:41118222
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示感觉神经元介导的CGRP信号在肉瘤进展中的驱动作用 | 首次发现肿瘤相关感觉神经元在骨癌中除痛觉外还具有调节功能，并验证了通过抑制神经支配或CGRP信号可显著减缓肉瘤生长 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本分析虽支持结论但需进一步验证 | 探索感觉神经元在骨肉瘤进展中的调控机制及潜在治疗靶点 | 小鼠骨肉瘤模型及人类骨肉瘤样本 | 单细胞测序 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学、多模态多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据、多组学数据 | 小鼠模型及人类骨肉瘤样本（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1303 | 2025-12-24 |
A defined bacterial consortium and spatial transcriptomics highlight the complex interaction between Campylobacter jejuni and the murine intestine
2025-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.23.678081
PMID:41040308
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研究论文 | 本研究通过建立定义的细菌联合体并结合空间转录组学技术，揭示了空肠弯曲菌与小鼠肠道之间复杂的相互作用 | 首次使用定义的13种细菌联合体（C13）和空间转录组学技术，高分辨率地解析了感染诱导的基因表达空间分布和宿主-微生物-病原体互作 | 研究基于无菌小鼠模型，可能无法完全反映自然状态下复杂微生物群落的影响，且样本量有限 | 阐明特定肠道细菌与空肠弯曲菌介导的宿主反应之间的相互作用机制 | 无菌C57BL/6小鼠、定义的13种细菌联合体（C13）、空肠弯曲菌81-176菌株 | 空间转录组学 | 肠道感染 | 16S rRNA基因测序、荧光原位杂交（FISH）、RNAscope、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、微生物组成数据 | 三组无菌小鼠（C13组、C13+空肠弯曲菌组、无菌对照组），具体数量未明确 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1304 | 2025-12-24 |
Multi-step genomics on single cells and live cultures in sub-nanoliter capsules
2025-Sep-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.642839
PMID:40166192
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研究论文 | 本文开发了一种名为CAGEs的胶囊技术，用于在单细胞水平上进行高通量多步基因组学分析，包括活细胞培养与全基因组读出的结合 | 创新点在于利用具有两亲性凝胶外壳的胶囊，选择性保留细胞和大分析物，同时允许培养基、酶和试剂自由进入，从而实现了高通量多步活细胞分析 | 未明确提及具体限制，但可能涉及胶囊技术的优化、应用范围的扩展或与其他单细胞技术的兼容性 | 研究目的是开发一种新方法，以支持高通量多步基因组学分析，特别是结合活细胞培养与全基因组读出的功能基因组学方法 | 研究对象为单细胞和活细胞培养物，通过胶囊技术进行捕获和分析 | 基因组学 | NA | 单细胞测序、全基因组读出、活细胞培养 | NA | 转录组数据 | 数万个扩展克隆的转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1305 | 2025-09-07 |
Comment on "Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network pharmacology"
2025-Sep-06, Urolithiasis
IF:2.0Q2
DOI:10.1007/s00240-025-01839-5
PMID:40913665
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1306 | 2025-12-24 |
The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.16.647417
PMID:40568142
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了前庭毛细胞中动纤毛的分子特征，结合免疫染色和活体成像，证明了动纤毛兼具初级纤毛和运动纤毛的分子特性，并具有主动运动能力 | 首次通过单细胞RNA测序揭示前庭毛细胞动纤毛的分子双重身份，并证实其具有主动运动能力，填补了结构、分子组成和功能上的知识空白 | NA | 阐明前庭毛细胞动纤毛的结构、分子组成和功能特性 | 成年小鼠、斑马鱼、人类的前庭毛细胞以及牛蛙和小鼠的壶腹嵴毛细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像 | NA | RNA测序数据、图像数据 | 成年小鼠、斑马鱼、人类的前庭毛细胞以及牛蛙和小鼠的壶腹嵴毛细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1307 | 2025-12-24 |
EnrichSci: Transcript-guided Targeted Cell Enrichment for Scalable Single-Cell RNA Sequencing
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651937
PMID:40654882
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为EnrichSci的可扩展单细胞RNA测序平台，用于靶向富集和解析复杂组织中稀有细胞类型的转录组动态 | 结合杂交链式反应RNA FISH与组合索引技术，实现了无需微流控的靶向细胞富集，并首次在单细胞水平揭示了衰老过程中少突胶质细胞亚型的转录后调控特征 | 研究目前仅在小鼠脑衰老模型中验证，尚未在人类样本或其他疾病模型中广泛应用 | 开发可扩展的靶向单细胞转录组测序技术，以解析复杂组织中稀有细胞类型的分子动态 | 衰老小鼠脑组织中的少突胶质细胞及其亚型 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序，杂交链式反应RNA FISH，组合索引 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | EnrichSci | 结合杂交链式反应RNA FISH与组合索引的微流控-free单核转录组测序平台 |
| 1308 | 2025-12-24 |
Integrative analysis of taurine metabolism-related genes prognostic signature with immunotherapy and identification of ABCB1 and GORASP1 as key genes in nasopharyngeal carcinoma
2025-Apr-24, Amino acids
IF:3.0Q3
DOI:10.1007/s00726-025-03452-7
PMID:40272558
|
研究论文 | 本研究通过整合多数据库数据，构建了与牛磺酸代谢相关基因的预后特征模型，并验证了其在鼻咽癌中的预后价值及与免疫治疗和药物敏感性的关联 | 首次报道了牛磺酸代谢相关基因在鼻咽癌中的作用，并构建了一个基于三个关键基因的预后模型，同时通过分子对接和单细胞测序验证了其可靠性 | 研究主要基于数据库分析和实验验证，样本量可能有限，且模型在临床广泛应用前需进一步验证 | 探究牛磺酸代谢相关基因在鼻咽癌中的预后价值及其与免疫治疗和药物敏感性的关系 | 鼻咽癌患者 | 生物信息学 | 鼻咽癌 | 基因表达分析、Cox回归、LASSO回归、免疫组化、分子对接、单细胞测序 | 预后特征模型 | 基因表达数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1309 | 2025-12-24 |
High-throughput single cell -omics using semi-permeable capsules
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.642805
PMID:40166174
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研究论文 | 本文介绍了一种基于半透性胶囊（SPCs）的通用技术，用于多种高通量单细胞组学分析，包括数字PCR、基因组测序、单细胞RNA测序以及基于核酸标记的FACS分选 | 开发了基于半透性胶囊（SPCs）的通用技术，克服了液滴微流控系统在长期单细胞培养和克隆扩增方面的根本限制，并展示了其在单细胞RNA测序（CapSeq）中具有优异的转录本捕获能力 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种通用、可定制、高灵敏度且广泛适用的高通量单细胞组学技术平台 | 造血系统疾病患者的白细胞，特别是急性髓系白血病（AML）样本中的成熟粒细胞和单核细胞 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq），数字PCR，基因组测序，FACS | NA | 核酸序列数据，转录组数据 | 未在摘要中明确说明具体数量，但涉及患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基于半透性胶囊（SPCs）的胶囊测序方法（CapSeq） |
| 1310 | 2025-12-24 |
SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data
2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637514
PMID:39990434
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaceBar的细胞条形码策略，能够同时实现克隆追踪和空间转录组学分析 | 开发了一种使用96个合成条形码序列的细胞条形码策略，通过成像空间转录组学（seqFISH）检测，实现克隆追踪与空间基因表达分析的结合 | NA | 在复杂组织环境中区分克隆动态与环境驱动的转录调控 | 黑色素瘤细胞在肿瘤异种移植模型中的应用 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 成像空间转录组学（seqFISH），细胞条形码技术 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1311 | 2025-12-23 |
Bronchial epithelial transcriptome reveals dysregulated interferon and inflammatory responses to rhinovirus in exacerbation-prone pediatric asthma
2025-Dec-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197711
PMID:41217821
|
研究论文 | 本研究通过器官型支气管上皮细胞培养，结合bulk和单细胞转录组学及靶向蛋白分析，揭示了易急性加重儿童哮喘患者对鼻病毒感染的易感性机制 | 首次在器官型支气管上皮细胞模型中，结合bulk和单细胞转录组学，系统揭示了易急性加重儿童哮喘患者对鼻病毒感染的易感性机制，并发现低基线IFN状态是关键可调控因素 | 研究样本量有限，且基于体外细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂环境 | 探究儿童哮喘患者对鼻病毒感染易感性的宿主因素 | 哮喘儿童和健康儿童的支气管上皮细胞 | 数字病理学 | 哮喘 | bulk转录组学, 单细胞转录组学, 靶向蛋白分析 | NA | 转录组数据, 蛋白数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1312 | 2025-12-23 |
MAGIC: A Multimodal Adaptive GRN Inference Constructor
2025-Dec-22, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.5c02370
PMID:41329984
|
研究论文 | 本研究提出了一种名为MAGIC的多模态自适应基因调控网络推断方法，通过整合基因表达、序列和语义特征来改进单细胞RNA测序数据的GRN推断 | MAGIC首次将基因表达、序列和语义特征进行多模态对齐与整合，并构建共识相似性网络与已知GRN形成双拓扑网络，同时采用共享图注意力权重对齐模块和知识感知多模态融合模块来应对数据稀疏性问题 | 方法依赖于已知GRN和生物知识库的准确性，且在非常稀疏的单细胞数据中性能可能受限 | 改进单细胞RNA测序数据中的基因调控网络推断 | 基因调控网络 | 生物信息学 | 膀胱癌, 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 图注意力网络, 多模态融合模型 | 基因表达数据, 序列数据, 语义特征 | 七个单细胞RNA测序数据集和两个空间转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1313 | 2025-12-23 |
Islet amyloid disrupts MHC class II antigen presentation and delays autoimmune diabetes in NOD mice
2025-Dec-22, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-025-06622-0
PMID:41423547
|
研究论文 | 本研究探讨了胰岛淀粉样蛋白如何通过下调胰岛巨噬细胞中的MHC II类抗原呈递基因，从而延缓NOD小鼠的自身免疫性糖尿病 | 揭示了IAPP聚集体在减少MHC II类抗原呈递中的新作用，并表明尽管巨噬细胞对IAPP聚集体有已知的促炎反应，但早期淀粉样蛋白形成期间的摄取会破坏β细胞自身免疫并延缓糖尿病 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证；机制细节如吞噬作用依赖性途径需更深入探索 | 理解胰岛淀粉样蛋白对胰岛巨噬细胞和β细胞自身免疫的影响 | NOD小鼠、胰岛巨噬细胞、树突状细胞、胰岛淀粉样多肽（IAPP） | 免疫学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传敲入、过继转移研究、体外抗原呈递细胞分析 | NA | 基因表达数据、免疫表型数据 | 使用hIAPP转基因和遗传敲入的NOD小鼠及同窝对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1314 | 2025-12-23 |
Dynamic Landscape of H3K4me3 and H3K27me3 Modification During Postnatal Leydig Cell Fate Determination
2025-Dec-22, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.70165
PMID:41424239
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、CUT&Tag测序、批量RNA测序和免疫组化技术，揭示了小鼠出生后Leydig细胞分化过程中H3K4me3和H3K27me3修饰的动态变化 | 首次系统性地描绘了出生后Leydig细胞分化过程中H3K4me3和H3K27me3修饰的阶段性动态景观，并提出了H3K4me3/H3K27me3-转录因子-靶基因轴作为核心调控机制 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类或其他物种中的普适性尚未验证，且未深入探讨其他组蛋白修饰的潜在影响 | 阐明出生后Leydig细胞分化过程中H3K4me3和H3K27me3修饰的动态变化 | 小鼠出生后Leydig细胞 | 表观遗传学 | NA | 单细胞RNA测序, CUT&Tag测序, 批量RNA测序, 免疫组化 | NA | RNA测序数据, 表观遗传数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1315 | 2025-12-23 |
Dysfunctional Dendritic Cells in Radiation-Induced Jaw Injury: Insights From Single-Cell Transcriptomic Analysis of the Osteoimmune Microenvironment
2025-Dec-22, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.70088
PMID:41424393
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了辐射诱导下颌骨损伤中的骨免疫微环境，揭示了树突状细胞功能失调及其与SPP1信号通路的关系 | 首次在单细胞分辨率下描绘辐射诱导下颌骨损伤的转录景观，鉴定出迁移性树突状细胞亚群，并发现SPP1/CD44/NF-κB信号通路在调节树突状细胞成熟中的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足；机制研究主要聚焦SPP1通路，其他潜在调控因素未充分探索 | 阐明辐射诱导下颌骨损伤中骨免疫微环境的细胞和分子机制 | 辐射处理后的小鼠下颌骨骨髓细胞 | 数字病理学 | 头颈部放疗并发症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量的小鼠下颌骨骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1316 | 2025-12-23 |
Data mining based on multiomic data integration to explore the mechanism by which a proprietary Chinese medicine improves cardiac hypertrophy in heart failure
2025-Dec-22, Histology and histopathology
IF:2.5Q2
DOI:10.14670/HH-25-025
PMID:41427476
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据，探索了心阳片改善心力衰竭中心肌肥大的机制 | 首次结合UHPLC-MS、网络药理学、RNA-seq和scRNA-seq等多组学方法，系统揭示了心阳片通过靶向HDAC2抑制AKT/GSK-3β信号通路来减轻氧化应激和心肌肥大的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，临床转化仍需进一步验证；多组学数据的整合分析可能存在技术偏差 | 阐明心阳片在心力衰竭中治疗心肌肥大的作用机制，重点关注氧化应激和肥厚通路 | TAC诱导的心力衰竭小鼠模型和AngII处理的HL-1心肌细胞 | 多组学整合分析 | 心血管疾病 | UHPLC-MS, RNA-seq, scRNA-seq, 网络药理学, 组织学染色, 氧化应激标记物检测 | NA | 多组学数据（代谢组、转录组）、图像、分子数据 | 小鼠模型和HL-1细胞系，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1317 | 2025-12-23 |
Integrating epidemiological and bioinformatics analyses identified the effects of organophosphate pesticides accelerating biological aging
2025-Dec-22, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004589
PMID:41427534
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研究论文 | 本研究通过流行病学与生物信息学分析，揭示了有机磷农药暴露与生物衰老加速之间的关联及其潜在机制 | 首次整合大规模人群队列（NHANES）、孟德尔随机化、单细胞测序分析和体外实验，系统阐明有机磷农药通过炎症和磷酸化介导的细胞凋亡通路加速生物衰老 | 横断面研究设计无法完全确定因果关系，环境暴露测量可能存在误差，体外实验结果需在体内进一步验证 | 探究有机磷农药暴露与生物衰老加速之间的关联及分子机制 | NHANES队列参与者（发现队列9,795人，验证队列2,494人）及体外细胞模型 | 生物信息学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序，qPCR，Western blot，RNA干扰，流式细胞术 | 多元线性回归，限制性立方样条，孟德尔随机化，网络毒理学 | 流行病学数据，基因组数据，转录组数据，蛋白质数据 | 总样本12,289人（发现队列9,795人，验证队列2,494人） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1318 | 2025-12-23 |
Multi-omics analysis identifies SMPD1 as a key contributor in sphingolipid pathway for Type 2 diabetes pathogenesis
2025-Dec-22, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01727-7
PMID:41428198
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研究论文 | 本研究通过多组学分析，识别出SMPD1作为鞘脂代谢通路中的关键因子，在2型糖尿病发病机制中发挥重要作用 | 首次通过整合基因组、转录组和代谢组数据，结合孟德尔随机化分析和体内实验，系统性地证实了SMPD1在2型糖尿病发病中的因果作用和致病机制 | 研究主要基于小鼠模型和人类关联数据，尚未在更广泛的人群中进行临床验证，且SMPD1的具体调控机制和下游信号通路有待进一步阐明 | 识别并表征导致2型糖尿病发病的关键鞘脂通路成分 | 小鼠模型（瘦型和ob/ob型）、人类2型糖尿病患者数据、代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）肝组织样本 | NA | 2型糖尿病 | 多组学分析（基因组学、转录组学、代谢组学）、孟德尔随机化分析、全基因组关联研究（GWAS）、RNA-seq（bulk和单细胞） | NA | 基因组数据、转录组数据、代谢组数据、RNA-seq数据 | 涉及小鼠模型和人类患者数据，具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1319 | 2025-12-23 |
CD168 Identifies Proliferating Pancreatic Islet Cells in Murine and Human
2025-Dec-21, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202510590
PMID:41422437
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研究论文 | 本文发现CD168作为小鼠和人类胰岛中增殖细胞的保守表面标志物，用于富集活体增殖β细胞 | 首次鉴定CD168为特异性富集小鼠和人类胰岛增殖细胞的表面标志物，并开发了CD168-CreERT2小鼠模型进行谱系追踪 | NA | 研究糖尿病治疗中通过增殖恢复功能性β细胞质量的目标 | 小鼠和人类胰岛细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫染色、谱系追踪、多组学分析 | CD168-CreERT2小鼠模型 | RNA-seq数据、图像数据、谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1320 | 2025-12-23 |
Multi-omics integration and machine learning define robust molecular subtypes and prognostic signatures in hepatocellular carcinoma
2025-Dec-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07574-0
PMID:41423668
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习算法，定义了肝细胞癌的分子亚型并构建了预后签名 | 结合十种聚类算法和十种机器学习算法进行多组学整合分析，并利用单细胞RNA测序和空间转录组学数据揭示关键基因的细胞来源和空间表达模式 | 需要前瞻性临床验证来确认模型的预测性能 | 改进肝细胞癌的分子分型和预后预测 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 多组学整合分析，单细胞RNA测序，空间转录组学 | 机器学习算法（未指定具体模型） | 多组学数据，单细胞RNA测序数据，空间转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |