单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1281	2025-03-23	IL-4 induces CD22 expression to restrain the effector program of virtual memory T cells 2025-02-07, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk4841 PMID:39919198	研究论文	本文研究了IL-4如何通过诱导CD22表达来限制虚拟记忆T细胞的效应程序	首次发现CD22作为IL-4诱导的T细胞的选择性表面标记，并揭示了CD22在调节IL-4诱导的CD8 T细胞效应程序中的内在作用	IL-4依赖的T细胞激活和扩展的具体机制仍未完全明确	探讨IL-4依赖的T细胞激活和扩展的调控机制	虚拟记忆CD8 T细胞	免疫学	寄生虫感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1282	2025-03-23	Starfysh integrates spatial transcriptomic and histologic data to reveal heterogeneous tumor-immune hubs 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02173-8 PMID:38514799	研究论文	本文介绍了一种名为Starfysh的计算工具箱，它利用深度生成模型整合空间转录组学和组织学数据，以揭示肿瘤-免疫异质性中心	Starfysh无需单细胞RNA测序数据作为参考，能够利用已知细胞类型标记物和组织学图像，表征已知或新的组织特异性细胞状态，并比较不同组织间的空间中心	NA	研究目的是通过整合空间转录组学和组织学数据，揭示肿瘤-免疫异质性中心	研究对象包括原发性雌激素受体阳性乳腺癌、三阴性乳腺癌和化生性乳腺癌组织	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	深度生成模型	图像、基因表达数据	NA
1283	2025-03-23	Gene trajectory inference for single-cell data by optimal transport metrics 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02186-3 PMID:38580861	研究论文	本文提出了一种名为GeneTrajectory的方法，通过最优传输距离在细胞-细胞图上计算基因分布之间的距离，以提取基因程序并定义其基因伪时间顺序	GeneTrajectory方法通过识别基因轨迹而非细胞轨迹，解决了现有方法在存在并发基因过程和技术噪声时难以准确推断基因动态的问题	未明确提及具体局限性	研究单细胞RNA测序数据中的基因动态和细胞状态转换	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	最优传输距离	单细胞RNA测序数据	未明确提及样本数量
1284	2025-03-23	The covariance environment defines cellular niches for spatial inference 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02193-4 PMID:38565973	研究论文	本文介绍了一种名为COVET的表示方法，利用细胞邻域内基因-基因协变结构来捕捉细胞间相互作用的多变量性质，并开发了ENVI模型，用于联合嵌入空间和单细胞RNA测序数据	提出了COVET表示方法和基于最优传输的距离度量，开发了ENVI模型，能够将空间信息投射到单细胞数据上，并在多种空间数据集上优于其他基因表达推断方法	未明确提及具体局限性	解决高分辨率空间分析技术中细胞邻域或生态位特征的表示问题	细胞邻域或生态位	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序	条件变分自编码器（ENVI）	空间和单细胞RNA测序数据	数百万细胞
1285	2025-03-23	Exploring the therapeutic potential of fibroadipogenic progenitors in muscle disease 2025 Jan-Feb, Journal of neuromuscular diseases IF:3.2Q2 DOI:10.1177/22143602241298545 PMID:39973455	综述	本文探讨了纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）在肌肉疾病中的治疗潜力	通过单细胞RNA测序等技术深入解析FAPs的功能和特化，揭示其在健康和疾病中的作用	未具体提及研究的具体局限性	探索FAPs在肌肉疾病中的作用及其作为治疗靶点的潜力	纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）及其在肌肉再生和疾病中的作用	肌肉生物学	肌肉疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1286	2025-03-23	Single-cell RNA-seq reveals disease-specific CD8+ T cell clonal expansion and a high frequency of transcriptionally distinct double-negative T cells in diabetic NOD mice 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317987 PMID:40106422	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病NOD小鼠中CD8+ T细胞的克隆扩增和转录上独特的双阴性T细胞的高频率存在	首次在单细胞水平上揭示了T1D进展过程中T细胞的克隆扩增和转录特征，并发现了与疾病相关的TCR序列和潜在生物标志物	研究仅限于NOD小鼠模型，未在人类样本中验证	识别与1型糖尿病（T1D）进展相关的T细胞克隆扩增和转录特征	非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的T细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NOD小鼠的外周血和胰岛组织
1287	2025-03-23	A single-cell RNA sequencing atlas of the healthy canine lung: a foundation for comparative studies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1501603 PMID:40114924	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，构建了健康犬肺组织的细胞图谱，揭示了细胞和分子异质性，并鉴定了46个转录上不同的细胞亚群	首次对健康犬肺组织进行单细胞RNA测序分析，揭示了新的细胞亚群和标记物，并提供了犬肺疾病的分子基础	研究样本仅来自四只犬，样本量较小，可能限制结果的普适性	构建健康犬肺组织的单细胞RNA测序图谱，为犬肺疾病的研究提供分子基础，并促进与人类肺疾病的比较研究	健康犬肺组织	单细胞RNA测序	肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	四只犬的26,278个细胞
1288	2025-03-23	Targeting glycolysis in esophageal squamous cell carcinoma: single-cell and multi-omics insights for risk stratification and personalized therapy 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1559546 PMID:40115255	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多组学方法，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）中糖酵解介导的机制，重点关注风险分层和治疗机会	提出了一个基于糖酵解的七基因风险评分模型，用于ESCC患者的风险分层和个性化治疗指导	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨ESCC中糖酵解代谢的作用及其在风险分层和个性化治疗中的应用	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、Western blotting	非负矩阵分解（NMF）、Cox回归	RNA测序数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的数据集
1289	2025-03-22	Ibudilast Protects Retinal Bipolar Cells From Excitotoxic Retinal Damage and Activates the mTOR Pathway 2025-May, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24657 PMID:39916387	研究论文	本文研究了Ibudilast在保护视网膜双极细胞免受兴奋性毒性视网膜损伤中的作用，并探讨了其激活mTOR通路的机制	首次在兴奋性毒性视网膜损伤模型中验证了Ibudilast的神经保护作用，并通过单细胞RNA测序揭示了其作用机制	研究仅基于鸡的视网膜损伤模型，未在人类或其他哺乳动物模型中进行验证	探讨Ibudilast在视网膜神经元保护中的作用及其机制	鸡的视网膜神经元，特别是双极细胞和Müller胶质细胞	神经科学	视网膜疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），光谱域光学相干断层扫描（SD-OCT），电生理学	兴奋性毒性视网膜损伤模型	RNA测序数据，光学成像数据，电生理数据	未明确提及具体样本数量，但使用了鸡的视网膜损伤模型
1290	2025-03-22	Hydrogen sulfide improves depression-like behaviors in CUMS-induced mice by regulating autophagy 2025-May, Psychoneuroendocrinology IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.psyneuen.2025.107418 PMID:40023886	研究论文	本研究探讨了硫化氢通过调节自噬改善慢性不可预测轻度应激（CUMS）诱导的小鼠抑郁样行为的机制	首次揭示了硫化氢通过激活PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制自噬并改善突触可塑性损伤的抗抑郁机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨硫化氢在抑郁症中的抗抑郁机制及其治疗潜力	慢性不可预测轻度应激（CUMS）诱导的抑郁小鼠	神经科学	抑郁症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	CUMS诱导的抑郁小鼠
1291	2025-03-22	Endothelial RUNX3 controls LSEC dysfunction and angiocrine LRG1 signaling to prevent liver fibrosis 2025-Apr-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001018 PMID:39042837	研究论文	本研究探讨了内皮RUNX3在肝窦内皮细胞（LSEC）功能障碍和肝纤维化中的作用，揭示了RUNX3通过调控LRG1信号通路在肝纤维化中的关键作用	首次揭示了RUNX3在LSEC中的功能及其通过调控LRG1信号通路在肝纤维化中的作用，提出了LRG1作为抗纤维化治疗的新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	研究RUNX3在肝窦内皮细胞中的功能及其在肝纤维化中的作用	小鼠模型、人永生化LSEC、小鼠原代LSEC	生物医学	肝纤维化	单细胞RNA测序、定量RT-PCR	NA	基因表达数据	小鼠模型和体外培养的LSEC
1292	2025-03-22	Mesenchymal stem cells alleviate mouse liver fibrosis by inhibiting pathogenic function of intrahepatic B cells 2025-Apr-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000831 PMID:38546278	研究论文	本文研究了间充质干细胞（MSCs）通过抑制肝内B细胞的致病功能来缓解小鼠肝纤维化的机制	揭示了MSCs通过外泌体调控肝内B细胞的增殖和细胞因子产生，从而抑制肝纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨MSCs在肝纤维化治疗中的作用及其机制	小鼠肝纤维化模型	生物医学	肝纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型
1293	2025-03-22	The Effect of Cuproptosis-Related Proteins on Macrophage Polarization in Mesothelioma is Revealed by scRNA-seq 2025-Apr, Biological trace element research IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12011-024-04333-y PMID:39177724	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了铜死亡相关蛋白对间皮瘤中巨噬细胞极化的影响	首次揭示了铜死亡相关基因在间皮瘤中的表达差异及其对巨噬细胞极化的影响，并构建了一个3基因特征用于预测患者生存时间	研究主要基于TCGA和GEO数据集，样本来源有限，且需要进一步实验验证	探讨铜死亡相关基因在间皮瘤中的作用及其对肿瘤免疫的影响	间皮瘤患者及其相关基因表达数据	数字病理学	间皮瘤	scRNA-seq	LASSO回归	单细胞RNA测序数据	TCGA和GEO数据集中的间皮瘤患者数据
1294	2025-03-22	Integrative single-cell and spatial transcriptomic analyses identify a pathogenic cholangiocyte niche and TNFRSF12A as therapeutic target for biliary atresia 2025-Apr-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001064 PMID:39178365	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，揭示了胆道闭锁（BA）中胆管细胞的致病作用，并提出了TNFRSF12A作为潜在治疗靶点	首次通过单细胞和空间转录组分析，识别出BA中胆管细胞富集的致病微环境，并发现TNFRSF12A作为关键信号分子	样本量较小，仅包含12个肝脏组织和4个肝脏切片，且主要基于小鼠模型和人类胆道类器官的研究	研究胆道闭锁（BA）中胆管细胞的致病机制，并探索潜在的治疗靶点	胆道闭锁（BA）患者和小鼠模型的肝脏组织及胆道类器官	数字病理	胆道闭锁	单细胞RNA测序，空间转录组分析	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	12个肝脏组织（9个BA，3个对照），4个肝脏切片（2个BA，2个对照）
1295	2025-03-22	Impact of lymph node metastasis on immune microenvironment and prognosis in colorectal cancer liver metastasis: insights from multiomics profiling 2025-Apr, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02921-2 PMID:39753715	研究论文	本研究旨在探讨淋巴结转移（LNM）对结直肠癌肝转移（CRLM）患者预后的影响，并通过多组学分析揭示潜在的免疫机制	通过整合bulk RNA测序、单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，首次全面比较了有无LNM患者的肿瘤引流淋巴结（TDLNs）、原发肿瘤和肝转移的免疫特征	研究依赖于回顾性队列数据，可能存在选择偏倚；多组学数据的整合分析复杂，可能引入技术误差	探讨LNM对CRLM患者预后的影响及其免疫机制	结直肠癌肝转移患者	数字病理学	结直肠癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、蛋白质组学	NA	RNA测序数据、蛋白质组学数据	来自美国SEER队列和中国多中心队列的CRLM患者
1296	2025-03-22	Single-cell RNA sequencing reveals ECM remodeling-tumor stiffness-FAK as a key driver of vestibular schwannoma progression 2025-Apr, Progress in neurobiology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.pneurobio.2025.102730 PMID:39988022	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了前庭神经鞘瘤（VS）进展中ECM重塑-肿瘤硬度-FAK信号的关键作用	首次将单细胞RNA测序应用于前庭神经鞘瘤，揭示了ECM重塑-肿瘤硬度-FAK信号在肿瘤进展中的关键作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探讨肿瘤硬度-FAK信号在前庭神经鞘瘤进展中的作用	前庭神经鞘瘤细胞	数字病理学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1297	2025-03-22	Cancer-associated fibroblasts in breast cancer in the single-cell era: Opportunities and challenges 2025-Apr, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189291 PMID:40024607	综述	本文探讨了乳腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在肿瘤微环境中的作用，并强调了单细胞RNA测序技术在分析CAF亚群中的应用	利用单细胞RNA测序技术对CAFs进行高分辨率分析，揭示了CAFs的异质性及其在乳腺癌进展中的具体作用	主要集中于乳腺癌中的CAFs，未涉及其他类型癌症或更广泛的肿瘤微环境研究	探讨CAFs在乳腺癌中的异质性及其在肿瘤微环境中的作用，为靶向治疗提供潜在方向	乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1298	2025-03-22	Microvascular aberrations found in human polycystic kidneys are an early feature in a Pkd1 mutant mouse model 2025-Mar-21, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.052024 PMID:40114603	研究论文	本文研究了常染色体显性多囊肾病（ADPKD）中肾脏微血管异常的特征及其在Pkd1突变小鼠模型中的早期表现	通过单细胞转录组学、三维成像及多模态磁共振成像技术，首次在ADPKD肾脏中识别出分子特征独特的微血管亚群，并在Pkd1突变小鼠模型中验证了这些异常特征的早期存在	研究主要依赖于小鼠模型，人类样本仅来自晚期ADPKD患者，可能限制了早期病理特征的全面理解	探讨ADPKD中肾脏微血管异常的起始和性质，为治疗策略提供依据	人类ADPKD肾脏及Pkd1突变小鼠肾脏	数字病理学	多囊肾病	单细胞转录组学、三维成像、多模态磁共振成像	Pkd1突变小鼠模型	图像、转录组数据	人类ADPKD肾脏样本及Pkd1突变小鼠肾脏样本
1299	2025-03-22	Intercellular Communication Network of CellChat Uncovers Mechanisms of Kidney Fibrosis based on Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar-20, Kidney & blood pressure research IF:2.3Q2 DOI:10.1159/000545209 PMID:40112793	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了Empagliflozin在非糖尿病慢性肾病模型中对肾纤维化的影响及其潜在机制	利用单细胞RNA测序技术揭示了Empagliflozin通过调节TGF-β信号通路和抑制细胞间通讯网络，减缓肾纤维化的新机制	研究仅限于非糖尿病慢性肾病模型，未涉及其他类型的肾病或糖尿病相关肾病	探讨Empagliflozin在非糖尿病慢性肾病中对肾纤维化的影响及其作用机制	5/6肾切除大鼠模型	数字病理学	慢性肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	5/6肾切除大鼠模型，分为三组：假手术组、安慰剂组和Empagliflozin治疗组
1300	2025-03-22	Screening Therapeutic Core Genes in Sepsis Using Network Pharmacology and Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar-20, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11075-6 PMID:40113718	研究论文	本研究采用网络药理学和单细胞RNA测序技术，筛选脓毒症中的核心治疗基因，并探讨金银花的潜在治疗机制	结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，首次系统性地筛选并验证了脓毒症中的核心治疗基因及其与金银花成分的潜在相互作用	研究结果需要进一步的实验验证，特别是金银花成分与核心基因的具体作用机制尚未明确	阐明金银花在脓毒症中的潜在治疗机制，并筛选核心治疗基因	脓毒症患者和健康对照者的血液样本	生物信息学	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、网络药理学	NA	RNA测序数据	22名脓毒症患者和10名健康对照者