单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1261	2025-03-23	Activated polyreactive B cells are clonally expanded in autoantibody positive and patients with recent-onset type 1 diabetes 2025-Mar-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115425 PMID:40117290	研究论文	本文研究了自身反应性B细胞在1型糖尿病（T1D）中的作用，通过单细胞RNA测序和BCR测序分析了胰岛抗原反应性B细胞的基因表达和克隆扩展	揭示了自身抗体阳性和新发T1D患者中胰岛抗原反应性B细胞的基因表达和克隆扩展的变化，并发现这些B细胞具有多反应性	研究样本量有限，且未涵盖所有T1D患者亚群	探讨自身反应性B细胞在1型糖尿病中的作用及其作为疾病风险生物标志物的潜力	非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发T1D供体的外周血中的胰岛抗原反应性B细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序，BCR测序	NA	RNA测序数据，BCR序列数据	非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发T1D供体的外周血样本
1262	2025-03-23	Single-cell transcriptomic analysis reveals CD8 + T cell heterogeneity and identifies a prognostic signature in cervical cancer 2025-Mar-18, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13901-x PMID:40102789	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了宫颈癌中CD8+ T细胞的异质性，并构建了一个基于CD8+ T细胞转录组特征的预后风险模型	首次在宫颈癌微环境中系统性地描述了CD8+ T细胞的异质性、发育轨迹、调控网络和细胞间通讯，并构建了一个包含八个核心基因的预后风险模型	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能实验的全面验证	研究宫颈癌微环境中CD8+ T细胞的异质性及其功能，并构建预后风险模型	宫颈癌微环境中的CD8+ T细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	机器学习	RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的宫颈癌肿瘤样本
1263	2025-03-23	Increased melanin induces aberrant keratinocyte - melanocyte - basal - fibroblast cell communication and fibrogenesis by inducing iron overload and ferroptosis resistance in keloids 2025-Mar-18, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02116-z PMID:40102920	研究论文	本研究探讨了黑色素在促进瘢痕疙瘩成纤维细胞纤维化中的作用及其机制，并评估了干预黑色素治疗瘢痕疙瘩的潜在治疗效果	首次揭示了黑色素通过诱导铁过载和抗铁死亡来促进瘢痕疙瘩成纤维细胞纤维化的机制，并提出了降低黑色素作为瘢痕疙瘩治疗新靶点的可能性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其治疗效果	研究黑色素在瘢痕疙瘩成纤维细胞纤维化中的作用及其机制，并探索其作为治疗靶点的潜力	瘢痕疙瘩患者的皮肤组织和细胞	皮肤病学	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Masson-Fontana染色、铁定量检测、细胞活力检测、脂质ROS检测、丙二醛检测	NA	RNA测序数据、染色数据、细胞实验数据	瘢痕疙瘩患者的皮肤组织和细胞，以及瘢痕疙瘩裸鼠模型
1264	2025-03-23	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal the heterogeneity and intercellular communication of cancer-associated fibroblasts in gastric cancer 2025-Mar-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06376-8 PMID:40102930	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其与恶性上皮细胞间的细胞间通讯	首次在胃癌中全面表征了CAF的异质性，并揭示了CAF亚群与恶性细胞之间的复杂细胞间网络	样本量相对较小（24个胃癌样本），可能限制了结果的普遍性	研究胃癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	胃癌样本中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和恶性上皮细胞（ECs）	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，空间转录组学，多色免疫组化	NA	单细胞测序数据，空间转录组数据	24个胃癌样本
1265	2025-03-23	Transcriptomic and metabolic profiling reveals the effects of long-term microwave exposure on testicular tissue 2025-Mar-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118040 PMID:40086029	研究论文	本研究通过转录组和代谢组分析，揭示了长期微波暴露对睾丸组织的损害及其对精子活力、形态、激素水平和能量代谢的影响	首次结合bulk RNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序和转座酶可及染色质测序技术，全面解析微波辐射对睾丸损伤的转录和代谢图谱	研究仅基于大鼠模型，未涉及人类样本，且微波暴露剂量和时长可能不具普遍代表性	探讨长期微波暴露对男性生殖系统的影响	大鼠睾丸组织	生物医学	男性生殖系统疾病	bulk RNA测序, 代谢组学, 单细胞RNA测序, 转座酶可及染色质测序	NA	RNA序列数据, 代谢物数据	大鼠暴露于30 mW/cm²微波辐射（2.856 GHz）六周
1266	2025-03-23	DNTT-mediated DNA damage response drives inotuzumab ozogamicin resistance in B-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Mar-13, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026085 PMID:39791601	研究论文	本文探讨了DNTT介导的DNA损伤反应如何驱动B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）对inotuzumab ozogamicin（InO）的耐药性	通过全基因组CRISPR筛选发现DNTT的缺失是InO耐药性的主要驱动因素，并揭示了DNTT在白血病细胞中对InO诱导的DNA损伤反应、细胞周期阻滞和线粒体凋亡启动的关键作用	研究主要基于体外实验和患者来源的异种移植模型，尚未在更大规模的患者群体中进行验证	研究B-ALL患者对InO治疗反应的遗传基础，特别是DNTT在耐药性中的作用	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者及其白血病细胞	癌症研究	白血病	全基因组CRISPR筛选、单细胞RNA测序	患者来源的异种移植模型	基因表达数据	参与儿童肿瘤学组试验AALL1621的B-ALL患者及其白血病细胞
1267	2025-03-23	Embracing the heterogeneity of neural stem cells in the subventricular zone 2025-Mar-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102452 PMID:40118056	研究论文	本文通过整合六个已发表的单细胞RNA测序数据集，探讨了不同方法在识别小鼠脑室下区神经干细胞（NSCs）时的选择性差异	首次比较了不同NSC标记物在识别特定NSC状态时的选择性，并提供了一个优化NSC状态富集方法的框架	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类数据，且未验证所有可能的NSC标记物	探讨不同方法在识别脑室下区神经干细胞时的选择性差异，并优化NSC状态富集方法	小鼠脑室下区的神经干细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	六个已发表的小鼠脑室下区单细胞RNA测序数据集
1268	2025-03-23	SAMD4A inhibits abdominal aortic aneurysm development and VSMC phenotypic transformation through targeting KDM2B 2025-Mar-11, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.018 PMID:40081568	研究论文	本文研究了RNA结合蛋白SAMD4A在抑制血管平滑肌细胞（VSMC）表型转化和腹主动脉瘤（AAA）形成中的作用	首次揭示了SAMD4A通过靶向KDM2B抑制AAA发展和VSMC表型转化的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	确定SAMD4A是否抑制VSMC表型转化并抑制AAA形成	血管平滑肌细胞（VSMC）和腹主动脉瘤（AAA）	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA免疫沉淀（RIP）测序、染色质免疫沉淀（ChIP）-qPCR	小鼠AAA模型	RNA测序数据	小鼠模型
1269	2025-03-23	Spatiotemporal transcriptome atlas of developing mouse lung 2025-Mar-10, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.03.012 PMID:40118721	研究论文	本文通过高通量空间转录组学技术，构建了小鼠肺发育的时空转录组图谱，涵盖了从E12.5到P0的关键发育事件	首次报道了小鼠肺发育的全面时空转录组图谱，整合了单细胞RNA测序数据，识别了10个对功能性肺组织至关重要的空间域	研究局限于小鼠模型，未直接涉及人类肺发育	研究小鼠肺发育过程中的空间和时间转录组变化	小鼠肺发育过程中的细胞类型及其状态	生物信息学	NA	高通量空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从小鼠E12.5到P0的肺组织样本
1270	2025-03-23	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4397799/v1 PMID:40092444	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）和高胆固醇血症如何共同诱导内皮细胞重编程为免疫样细胞和泡沫细胞	首次验证了紊乱血流和高胆固醇血症共同作用下的内皮细胞重编程假说，并发现了内皮细胞向免疫样细胞（EndIT）和泡沫细胞（EndFT）的转变	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中完全验证	研究紊乱血流和高胆固醇血症在动脉粥样硬化形成中的作用机制	小鼠内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学染色	小鼠模型	单细胞RNA测序数据，免疫组织化学数据	95只小鼠，98,553个单细胞
1271	2025-03-23	ENACT: End-to-End Analysis of Visium High Definition (HD) Data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf094 PMID:40053700	研究论文	本文介绍了一种名为ENACT的端到端分析管道，用于处理Visium高清晰度（HD）数据，以提高空间转录组学研究的细胞分辨率	ENACT管道整合了先进的细胞分割技术与Visium HD转录组学数据，引入了新的bin-to-cell分配方法，提高了单细胞转录估计的准确性	尽管ENACT在合成和真实数据集上进行了验证，但其在更广泛的组织类型和条件下的适用性仍需进一步验证	开发一种能够准确映射转录本到细胞并根据转录数据分配细胞类型的工具，以支持高分辨率的空间转录组学研究	组织切片中的细胞	数字病理学	NA	Visium HD转录组学	NA	转录组数据	数十万细胞的样本
1272	2025-03-23	Scale-Up of Human Amniotic Epithelial Cells Through Regulation of Epithelial-Mesenchymal Plasticity Under Defined Conditions 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408581 PMID:39804851	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了不同孕周和传代次数的人羊膜上皮细胞的增殖机制，揭示了上皮-间质可塑性在细胞增殖中的作用，并优化了体外培养系统	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了人羊膜上皮细胞增殖与上皮-间质可塑性的关系，并开发了一种新的体外培养系统，使细胞扩增50倍	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境对细胞增殖的影响	研究人羊膜上皮细胞的增殖机制及其在疾病治疗中的应用潜力	人羊膜上皮细胞（hAECs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	不同孕周和传代次数的人羊膜上皮细胞
1273	2025-03-23	Single-Cell Landscape of Bronchoalveolar Lavage Fluid Identifies Specific Neutrophils during Septic Immunosuppression 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406218 PMID:39887584	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了脓毒症患者支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞景观，揭示了中性粒细胞驱动的肺部免疫抑制程序	首次在脓毒症免疫抑制阶段的中性粒细胞中发现了CXCR2和CD274IL1RN亚群的显著增加，并揭示了从CXCR2到CD274IL1RN中性粒细胞亚群的发展轨迹	研究主要基于支气管肺泡灌洗液的样本，可能无法全面反映全身免疫状态	探索脓毒症免疫抑制阶段的肺部免疫细胞变化及其潜在治疗靶点	脓毒症患者的支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	脓毒症患者的支气管肺泡灌洗液样本
1274	2025-03-23	A comprehensive spatio-cellular map of the human hypothalamus 2025-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08504-8 PMID:39910307	研究论文	本文通过单核测序和空间转录组学技术，生成了人类下丘脑的综合空间细胞转录图谱'HYPOMAP'	首次结合单核测序和空间转录组学技术，生成了人类下丘脑的详细空间细胞转录图谱，并发现了与BMI相关的基因簇和效应基因	研究主要基于转录组数据，可能未涵盖所有细胞类型和功能	生成人类下丘脑的综合空间细胞转录图谱，并识别与BMI相关的基因	人类下丘脑细胞	基因组学	代谢紊乱	单核测序，空间转录组学	NA	转录组数据	433,369个人类下丘脑细胞
1275	2025-03-23	Lepidopteran scale cells derive from sensory organ precursors through a canonical lineage 2025-Mar-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204501 PMID:40052482	研究论文	本文通过发育和转录组学证据，揭示了鳞翅目昆虫鳞片的分化源自感觉器官前体细胞（SOP）	首次通过活体成像和单核RNA测序技术，揭示了鳞翅目昆虫鳞片分化的细胞谱系和基因表达模式，并发现了一个新的转录因子pdm3在鳞片分化中的作用	研究主要基于鳞翅目昆虫的早期蛹期翅膀，可能无法完全代表其他发育阶段或物种的鳞片分化机制	探索鳞翅目昆虫鳞片的起源和分化机制	鳞翅目昆虫的鳞片和感觉器官前体细胞（SOP）	发育生物学	NA	活体成像、单核RNA测序	NA	基因表达数据、影像数据	早期蛹期翅膀的细胞样本
1276	2025-03-23	Lymphocyte Subpopulations in the Healthy Human Lacrimal Gland and Their Variations With Age and Sex, Systematic Review 1960-2023 2025-Mar, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70167 PMID:40105662	系统综述	本文通过系统综述和荟萃分析，探讨了健康人类泪腺中淋巴细胞亚群及其随年龄和性别变化的规律	首次系统性地回顾了1960年至2023年间关于健康人类泪腺中淋巴细胞亚群的研究，并进行了荟萃分析	研究中40岁以下个体和女性的代表性不足，且不同研究对泪腺淋巴细胞浸润的定义和量化标准存在较大差异	明确健康人类泪腺中主要淋巴细胞亚群及其随年龄和性别的变化	健康人类泪腺	免疫学	NA	苏木精和伊红染色、免疫组织化学、免疫荧光	NA	文献数据	774名健康个体（其中722名为尸体）
1277	2025-03-23	Heterozygous GAA knockout is nonconsequential on metabolism and the spatial liver transcriptome in high-fat diet-induced obese and prediabetic mice 2025-Mar, Physiological reports IF:2.2Q3 DOI:10.14814/phy2.70276 PMID:40108792	研究论文	本研究探讨了在高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠中，杂合性GAA敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响	首次使用空间转录组学分析揭示了高脂饮食对门静脉周围和静脉周围肝细胞基因丰度的影响，并发现杂合性GAA敲除对这些影响无显著改变	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探讨GAA敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响	高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠	代谢研究	肥胖和糖尿病	空间转录组学分析	小鼠模型	基因表达数据	高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠
1278	2025-03-23	Aberrant Hematopoiesis and CD8+ T-Cell Activation in Thymoma-Associated Pure Red Cell Aplasia 2025-Mar, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.70046 PMID:40109027	研究论文	本文通过单细胞RNA测序等技术，研究了胸腺瘤相关纯红细胞再生障碍性贫血（PRCA）中的造血异常和CD8+ T细胞激活机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了胸腺瘤相关PRCA患者骨髓中红细胞祖细胞的显著减少和粒细胞-单核细胞祖细胞的增加，并发现CD8+ T细胞激活的增强与炎症性骨髓环境相关	研究样本量较小，且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性	探讨胸腺瘤相关PRCA的免疫机制，特别是CD8+ T细胞激活对红细胞生成的影响	胸腺瘤相关PRCA患者和健康对照者的骨髓细胞及外周血CD8+ T细胞	免疫学	纯红细胞再生障碍性贫血	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、流式细胞术、细胞因子分析	NA	RNA测序数据、流式细胞术数据、细胞因子数据	胸腺瘤相关PRCA患者和健康对照者的骨髓细胞及外周血CD8+ T细胞
1279	2025-03-23	Single-cell and spatial transcriptomic analyses reveal transcriptional cell lineage heterogeneity in extracranial arteriovenous malformation 2025-Feb-24, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.02.005 PMID:40118698	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组分析，揭示了颅外动静脉畸形（eAVMs）中细胞谱系的转录异质性	首次在单细胞水平上揭示了eAVMs中内皮细胞、血管周围细胞和免疫细胞的不同状态及其相互作用	样本量较小，仅包括9个eAVMs样本和2个非病变组织样本	生成eAVMs在单细胞水平上的分子信息概览	颅外动静脉畸形（eAVMs）	数字病理学	血管畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq），10x Visium空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	9个eAVMs样本和2个非病变组织样本
1280	2025-03-23	Altered immune landscape of cervical lymph nodes reveals Epstein-Barr virus signature in multiple sclerosis 2025-02-21, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adl3604 PMID:39982975	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和细胞转录组及表位测序技术，揭示了多发性硬化症（MS）患者深颈淋巴结（dcLNs）的免疫景观变化，特别是EB病毒（EBV）感染在MS发病机制中的关键作用	首次结合单细胞RNA测序和细胞转录组及表位测序技术，详细描述了MS患者dcLNs的免疫景观，并发现EBV驱动的B细胞失调是MS发病的关键机制	研究样本仅限于新诊断未治疗的MS患者，未涵盖其他阶段或治疗中的患者	探讨多发性硬化症（MS）的发病机制，特别是EB病毒（EBV）感染在其中的作用	新诊断未治疗的多发性硬化症（MS）患者	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序，细胞转录组及表位测序	NA	RNA测序数据，唾液样本	新诊断未治疗的MS患者的深颈淋巴结（dcLNs）样本