单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1221	2025-03-25	AMPK-dependent Parkin activation suppresses macrophage antigen presentation to promote tumor progression 2025-Mar-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn8402 PMID:40117357	research paper	该研究揭示了Parkin通过AMPK依赖性激活抑制巨噬细胞抗原呈递，从而促进肿瘤进展的机制	发现了Parkin在肿瘤免疫微环境中调控巨噬细胞与T细胞相互作用的新机制，并证明Parkin缺失可增强免疫检查点阻断治疗效果	研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证仍需进一步研究	探究Parkin在肿瘤免疫微环境中的调控作用及其机制	小鼠模型和人类固体肿瘤患者样本	肿瘤免疫学	固体肿瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、流式细胞数据	未明确说明具体样本数量，涉及基因工程小鼠和人类患者数据
1222	2025-03-25	Influence of experimental variables on spheroid attributes 2025-Mar-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92037-1 PMID:40118968	research paper	本文通过分析32,000个球体图像，系统性地研究了影响3D细胞培养模型可靠性的关键参数	大规模分析揭示了氧气水平、培养基成分和血清浓度对球体特性的显著影响，并整合了单细胞RNA测序和自动图像分析技术	研究未涉及所有可能的实验变量，且结果可能受特定细胞类型或培养条件限制	提高3D细胞培养模型的可靠性和可重复性，以促进其在药物测试、个性化医疗和肿瘤生物学中的应用	三维(3D)细胞培养系统中的球体	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序, 自动图像分析	NA	图像, 基因表达数据	32,000个球体图像
1223	2025-03-25	DNA methylation changes during acute COVID-19 are associated with long-term transcriptional dysregulation in patients' airway epithelial cells 2025-Mar-21, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00215-5 PMID:40119174	研究论文	本研究通过DNA甲基化和单细胞RNA测序技术，探讨了COVID-19患者急性期DNA甲基化变化与长期转录调控异常的关系	首次揭示了COVID-19急性期DNA甲基化变化与长期呼吸道基因表达失调的关联，特别是纤毛功能相关基因的持续抑制	样本量相对较小(n=19患者)，长期随访样本更少(n=5)	阐明SARS-CoV-2感染后持续健康影响的分子机制	COVID-19患者和对照组的鼻上皮细胞	表观遗传学	COVID-19	酶促DNA甲基化测序，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组甲基化数据，单细胞转录组数据	急性期：19例患者(14例scRNA-seq)和14例对照(10例scRNA-seq)；随访期：3个月(n=7)和12个月(n=5)；验证队列：15例(感染后6个月)
1224	2025-03-25	Runx2 drives Schwann cells repair phenotype switch through chromatin remodeling and Sox2 activation after nerve injury 2025-Mar-21, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01142-4 PMID:40119274	research paper	本研究探讨了Runx2通过染色质重塑和Sox2激活调控雪旺细胞修复表型转换的机制	揭示了Runx2通过染色质重塑和转录因子激活调控雪旺细胞表型转换的新机制	研究主要基于大鼠模型，人类细胞中的机制尚需进一步验证	探究Runx2在神经损伤后雪旺细胞表型转换中的表观遗传调控机制	雪旺细胞	分子生物学	神经损伤	qPCR, ATAC测序, CUT&Tag测序, 单细胞RNA测序, 双荧光素酶报告基因检测	NA	转录组数据, 表观遗传数据, 单细胞RNA测序数据	健康成年Sprague-Dawley大鼠(100-150g)
1225	2025-03-25	Exploring cell-to-cell variability and functional insights through differentially variable gene analysis 2025-Mar-20, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00507-z PMID:40113778	research paper	本文介绍了一种名为spline-DV的统计框架，用于通过单细胞RNA测序数据进行差异变异性分析，以探索细胞间变异性和功能见解	提出了spline-DV方法，专注于分析单细胞基因表达数据的变异性，而非仅关注平均表达水平	未提及具体的技术限制或数据局限性	开发一种新的统计方法，以更深入地理解细胞系统的变异性	单细胞RNA测序数据中的基因表达变异性	生物信息学	肥胖、纤维化和癌症	scRNA-seq	spline-DV	基因表达数据	NA
1226	2025-03-25	RNA m7G methylation regulators and targets significantly contribute to chronic obstructive pulmonary disease 2025-Mar-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93901-w PMID:40113900	研究论文	本研究首次通过整合生物信息学方法探讨了m7G RNA甲基化调节因子在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的联合作用	首次发现m7G甲基化调节因子及其靶标在COPD中的重要作用，并鉴定出METTL1-CAT轴作为关键调控机制	研究结果需要进一步的实验验证	探讨m7G RNA甲基化在COPD发病机制中的作用	COPD患者和细胞早衰模型	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	生物信息学分析，单细胞测序，qRT-PCR，GSEA	机器学习算法	基因表达数据	未明确说明样本数量
1227	2025-03-25	Intratumoral microbiota-aided fusion radiomics model for predicting tumor response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer 2025-Mar-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06369-7 PMID:40114207	研究论文	本研究开发了一种基于瘤内微生物组和放射组学的融合模型，用于预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫疗法的病理完全缓解	首次结合瘤内微生物组特征和多时间点MRI放射组学特征构建预测模型，显著提高了预测准确性	样本量相对有限（124例患者），需要更大规模的研究验证	开发预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫疗法反应的非侵入性工具	早期三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	16S rDNA测序、单细胞RNA测序、MRI影像分析	融合放射组学模型	微生物组数据、单细胞RNA测序数据、MRI影像数据	124例患者（训练集88例，验证集36例）
1228	2025-03-25	Integrated multi-omics profiling characterizes the crucial role of human dental epithelium during tooth development 2025-Mar-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115437 PMID:40120109	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和分泌组学分析，研究人类胎儿牙齿发育过程中的关键上皮细胞作用	首次构建了人类牙齿发育的多层次时空图谱，识别了具有独特基因表达谱和空间定位的上皮亚群，揭示了上皮-间充质相互作用的动态变化	研究仅关注胎儿牙齿发育阶段，未涉及成人牙齿再生或疾病模型	解析人类牙齿发育的细胞和分子机制	人类胎儿牙齿原基	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、分泌组学分析	NA	转录组数据、空间表达数据、分泌蛋白数据	未明确提及具体样本数量（人类胎儿牙齿组织）
1229	2025-03-25	Ozone-induced lung injury and inflammation: Pathways and therapeutic targets for pulmonary diseases caused by air pollutants 2025-Mar-20, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109391 PMID:40121788	review	本文综述了臭氧（O3）引起的肺损伤和炎症的机制及其在空气污染物引发的肺部疾病中的治疗靶点	揭示了臭氧诱导的氧化应激、细胞死亡途径及其引发的炎症反应机制，并利用单细胞转录组学数据定位了臭氧损伤感应和信号通路基因	未涉及臭氧与其他空气污染物协同作用的具体机制	探讨臭氧诱导的肺损伤和炎症的病理途径及其治疗策略	臭氧暴露引起的呼吸道上皮细胞损伤和炎症反应	NA	lung cancer	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
1230	2025-03-25	Periarteriolar niches become inflamed in aging bone marrow, remodeling the stromal microenvironment and depleting lymphoid progenitors 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412317122 PMID:40063797	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了衰老骨髓中LepR细胞和内皮细胞的变化及其对造血干细胞微环境的影响	首次发现衰老骨髓中动脉周围微环境炎症化现象，并阐明其通过干扰素依赖性机制重塑基质微环境并耗竭淋巴祖细胞	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究骨髓基质细胞在衰老过程中的变化及其对造血功能的影响	小鼠骨髓基质细胞（LepR细胞和内皮细胞）	细胞生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2月龄、12月龄和24月龄小鼠骨髓基质细胞
1231	2025-03-25	Cell type and region-specific transcriptional changes in the endometrium of women with RIF identify potential treatment targets 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421254122 PMID:40063812	研究论文	通过空间转录组学分析，识别了复发性植入失败（RIF）女性子宫内膜中区域和细胞类型特异的基因表达差异，并提出了潜在的治疗靶点	首次使用空间转录组学技术对RIF患者子宫内膜进行区域和细胞类型特异的基因表达分析，并发现不同区域和细胞类型之间存在显著差异	样本量较小（每组8人），且仅针对特定时间点的子宫内膜进行分析	探索复发性植入失败的分子机制并寻找潜在治疗靶点	复发性植入失败（RIF）患者和生育能力正常女性（FC）的子宫内膜组织	生殖医学	不孕症	空间转录组学	NA	基因表达数据	8名RIF患者和8名生育能力正常女性的子宫内膜活检样本
1232	2025-03-25	Integrative single-cell and bulk RNA-seq analysis identifies lactylation-related signature in osteosarcoma 2025-Mar-12, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01559-4 PMID:40072643	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA-seq分析，识别骨肉瘤中与乳酸化相关的基因特征	首次整合单细胞和批量RNA-seq数据，识别与乳酸代谢相关的基因特征，并构建风险模型以预测骨肉瘤患者的预后	研究依赖于公共数据集，未进行实验验证	阐明乳酸化相关基因在骨肉瘤中的作用，以提高预后准确性和增强免疫治疗效果	骨肉瘤患者	生物信息学	骨肉瘤	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	LASSO算法, uni-Cox回归	RNA-seq数据	公共数据集中的样本（具体数量未提及）
1233	2025-03-25	SENSITIVITY BASED MODEL AGNOSTIC SCALABLE EXPLANATIONS OF DEEP LEARNING 2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639516 PMID:40093081	research paper	本文介绍了一种名为SensX的模型无关可解释AI框架，用于解释深度学习模型的内部机制	SensX在准确性和计算时间上优于当前最先进的XAI方法，并能扩展到解释具有超过150,000个特征的视觉变换器模型	NA	开发一种可扩展的模型无关解释方法，以揭示深度学习模型从数据中学到的机制关系	深度学习模型（特别是视觉变换器模型和用于单细胞RNA-seq数据注释的DNNs）	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	DNNs, ViT	gene expression data, facial images	NA
1234	2025-03-25	Analysis of Head and Neck Cancer scRNA-seq Data Identified PRDM6 Promotes Tumor Progression by Modulating Immune Gene Expression 2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.641548 PMID:40093183	研究论文	通过分析头颈癌单细胞RNA测序数据，发现PRDM6通过调节免疫基因表达促进肿瘤进展	首次揭示了PRDM6在促进肿瘤细胞增殖中的新作用，并发现HPV病毒致癌蛋白上调PRDM6表达	研究样本量有限，未进行大规模临床验证	探索头颈鳞状细胞癌中免疫应答基因的调控机制及其在肿瘤进展中的作用	头颈鳞状细胞癌患者样本	生物信息学	头颈癌	scRNA-seq	IRIS3	单细胞RNA测序数据	NA
1235	2025-03-25	Systematic evaluation of single-cell multimodal data integration for comprehensive human reference atlas 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.637075 PMID:40093094	research paper	本文系统评估了单细胞多模态数据整合方法，用于构建全面的人类参考图谱	开发了可解释的机器学习工具scOMM，并系统评估了整合策略，提高了细胞类型识别和分辨率	研究主要关注肾脏皮层，可能不适用于所有复杂组织	评估单细胞多模态数据整合方法在构建人类参考图谱中的应用	119,744个高质量核/细胞，来自19名捐赠者的肾脏皮层	single-cell analysis	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq	interpretable machine learning (scOMM)	single-cell multimodal data	119,744个高质量核/细胞，来自19名捐赠者
1236	2025-03-25	Efficient count-based models improve power and robustness for large-scale single-cell eQTL mapping 2025-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.01.18.25320755 PMID:40093202	research paper	提出了一种名为jaxQTL的高效单细胞eQTL映射框架，用于分析大规模单细胞转录组数据	jaxQTL使用高效的基于计数的模型，能够识别低表达eGenes，并提高了对远端eQTLs的检测能力	虽然jaxQTL提高了eQTL的检测能力，但尚未完全解决GWAS与eQTLs之间的缺失联系	开发一种高效的单细胞eQTL映射方法，以识别疾病相关的eQTLs	单细胞转录组数据中的eQTLs	生物信息学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	负二项模型	单细胞转录组数据	982个样本
1237	2025-03-25	Asymmetric Histone Inheritance Regulates Differential Transcription Re-initiation and Cell Fate Decisions in Mouse Olfactory Horizontal Basal Cells 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.02.641101 PMID:40093102	研究论文	本研究探讨了小鼠嗅觉上皮中细胞分裂模式和组蛋白遗传模式，揭示了不对称组蛋白遗传在成年干细胞谱系中的生物学意义	首次在哺乳动物成年干细胞谱系中发现不对称组蛋白遗传现象，并阐明其与组织再生和动物行为的关联	研究仅聚焦于小鼠嗅觉水平基底细胞，其他干细胞系统的适用性尚待验证	探索哺乳动物中表观遗传的机制及其在细胞命运决定中的作用	小鼠嗅觉上皮的水平基底细胞(HBCs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠嗅觉上皮组织
1238	2025-03-25	Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.640006 PMID:40093165	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，解码了果蝇腿部运动神经元回路的发育过程	开发了新型计算工具ConnectionMiner，首次实现了通过整合转录组和连接组数据来解析神经回路组装机制	研究仅针对果蝇腿部运动系统，结论在其他神经系统中的普适性有待验证	解析运动神经元回路在发育过程中如何建立连接	果蝇腿部运动神经元和前运动神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)，电子显微镜连接组学	ConnectionMiner(新型计算工具)	基因表达数据，神经连接数据	多个时间点的果蝇腿部运动神经元单细胞数据
1239	2025-03-25	MOSim: bulk and single-cell multilayer regulatory network simulator 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf110 PMID:40116657	research paper	介绍了一个名为MOSim的R包，用于模拟批量（bulk）和单细胞（single-cell）多组学数据	MOSim能够模拟多种组学数据（如RNA-seq、ATAC-seq等），并支持不同的实验设计，包括基因共表达模式、生物学重复和条件间差异表达	未明确提及具体限制	开发一个工具，用于生成真实且多样化的多组学数据集，以支持方法测试和基准测试	批量（bulk）和单细胞（single-cell）多组学数据	machine learning	NA	RNA-seq, ATAC-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq	NA	multi-omics data	NA
1240	2025-03-25	AttentionGRN: a functional and directed graph transformer for gene regulatory network reconstruction from scRNA-seq data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf118 PMID:40116659	研究论文	提出了一种基于图变换器的新型模型AttentionGRN，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络	利用软编码增强模型表达能力，设计了面向GRN的消息聚合策略，以捕捉有向网络结构信息和功能信息	NA	提高从scRNA-seq数据中推断基因调控网络的准确性	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	scRNA-seq	图变换器（graph transformer）	单细胞RNA测序数据	88个数据集