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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1181 | 2026-01-07 |
Multienzymatic nanocatalysts attenuate acute pancreatitis via dual modulation of pyroptotic pathways and autodigestion blockade
2025-Nov-23, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03783-3
PMID:41276804
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研究论文 | 本研究设计了一种多酶纳米催化剂,通过双重调节细胞焦亡通路和阻断胰腺自消化来治疗急性胰腺炎 | 开发了表面修饰有胰蛋白酶抑制剂Rhamnetin的单原子钴基纳米酶(Rh@SAE),首次将催化疗法应用于急性胰腺炎治疗,并同时靶向细胞焦亡和胰腺酶过度激活两个关键病理过程 | 研究主要基于动物模型,尚未进行临床试验;纳米材料的长期生物安全性需要进一步评估 | 开发新型纳米药物治疗急性胰腺炎,改善临床预后 | 急性胰腺炎(AP)和重症急性胰腺炎(SAP)的病理过程 | 纳米医学 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1182 | 2026-01-07 |
SpaMWGDA: Identifying spatial domains of spatial transcriptomes using multi-view weighted fusion graph convolutional network and data augmentation
2025-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013667
PMID:41223185
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研究论文 | 本文提出了一种基于多视图加权融合图卷积网络和数据增强的新型深度学习模型SpaMWGDA,用于空间转录组数据的空间域识别 | 通过多视图加权融合图卷积网络和数据增强,成功捕获了spot特征的全面邻域信息,并自适应地学习空间信息与基因特征之间的依赖关系 | 未在摘要中明确提及 | 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性和效率 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 多视图加权融合图卷积网络(GCN) | 基因表达和空间信息数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1183 | 2026-01-07 |
An integrative analysis of transcriptome, methylome and single-cell RNA sequencing data identifies UBE2H as a marker of oxaliplatin resistance in colorectal cancer
2025-Oct-31, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03996-4
PMID:41174727
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研究论文 | 本研究通过整合转录组、甲基化组和单细胞RNA测序数据,识别出UBE2H作为结直肠癌对奥沙利铂耐药的潜在标志物 | 首次将多组学数据(转录组、甲基化组、单细胞RNA测序)整合分析,系统揭示了UBE2H在奥沙利铂耐药中的作用及其与免疫微环境、细胞分化和增殖状态的关联 | 研究主要基于细胞系和公共数据集,缺乏前瞻性临床队列验证;耐药机制的具体分子通路尚未完全阐明 | 识别结直肠癌对奥沙利铂耐药的生物标志物并探索其生物学机制 | 结直肠癌细胞系、TCGA和GEO数据库中的结直肠癌样本、正常结肠组织单细胞数据 | 生物信息学 | 结直肠癌 | RNA-seq, DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序 | Cox比例风险模型, 差异表达分析 | 转录组数据, 甲基化数据, 单细胞基因表达数据 | 多个公共数据集(TCGA及5个GEO数据集)及细胞系数据,具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, DNA甲基化测序 | NA | NA |
| 1184 | 2026-01-07 |
[Progress of scRNA-seq technology in nasopharyngeal carcinoma research]
2025-Sep, Lin chuang er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Journal of clinical otorhinolaryngology head and neck surgery
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术在鼻咽癌研究中的应用进展 | 总结了scRNA-seq技术在揭示鼻咽癌肿瘤细胞亚群、进化轨迹及肿瘤微环境细胞功能与相互作用方面的新思路 | NA | 探讨scRNA-seq技术在鼻咽癌发病机制、肿瘤异质性、肿瘤微环境、耐药性及治疗反应研究中的应用 | 鼻咽癌 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1185 | 2026-01-07 |
Multi-region spatial transcriptomics reveals region specific differences in response to amyloid beta (Aβ) plaque induced changes in Alzheimer's Disease (AD)
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.31.667719
PMID:40766691
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研究论文 | 本研究利用多区域空间转录组学结合Aβ免疫荧光染色,揭示了阿尔茨海默病中不同脑区对Aβ斑块诱导变化的区域特异性差异 | 首次在多个脑区同时进行空间转录组学与Aβ斑块分析,识别了抑制性神经元和细胞通讯网络的区域特异性变化 | 样本量较小(仅两名患者),且局限于Braak III和Thal 4阶段的AD病例,可能无法代表疾病全谱 | 探究阿尔茨海默病中脑区特异性对Aβ斑块诱导变化的脆弱性和恢复力的细胞与分子机制 | 两名Braak III和Thal 4阶段阿尔茨海默病患者的多个脑区组织,包括内嗅、枕颞、背外侧前额和纹状皮质 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,免疫荧光染色 | NA | 空间转录组数据,免疫荧光图像 | 两名患者,覆盖四个脑区 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1186 | 2026-01-07 |
Intrinsic OASL expression licenses interferon induction during influenza A virus infection
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643375
PMID:40166309
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研究论文 | 本文通过分析流感A病毒感染细胞的单细胞RNA测序数据,揭示了宿主因子OASL的内在表达对IFNL诱导的关键作用 | 开发了一种分析时间序列单细胞RNA测序数据的方法,以识别调控细胞间干扰素诱导异质性的宿主因子,并首次发现干扰素刺激基因OASL的内在表达是流感A病毒感染中IFNL稳健诱导所必需的 | 未明确说明样本量或实验设计的详细限制,可能局限于流感A病毒感染的特定模型 | 识别在病毒感染中调控细胞间干扰素诱导异质性的宿主因子 | 流感A病毒感染的细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1187 | 2026-01-07 |
Spatially distinct cellular and molecular landscapes define prognosis in triple negative breast cancer
2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637503
PMID:39990419
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,深入分析了三阴性乳腺癌中不同预后患者的细胞和分子异质性 | 首次利用空间转录组学技术,系统揭示了三阴性乳腺癌不同预后背后的空间和分子异质性,并识别出能高精度分类预后的上皮基因特征 | 研究样本量相对较小(32例),且为回顾性设计,可能限制结果的普遍性 | 探究三阴性乳腺癌不同预后的细胞和分子基础,以推动精准诊断和治疗策略 | 三阴性乳腺癌患者的FFPE组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 卷积神经网络(CNN) | 空间转录组数据 | 32例女性患者(17例良好预后,15例不良预后) | NA | 空间转录组学 | GeoMX® Digital Spatial Profiler | GeoMx人类全转录组图谱(WTA)面板 |
| 1188 | 2026-01-07 |
The Single-Cell Landscape of Peripheral and Tumor-infiltrating Immune Cells in HPV- HNSCC
2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.632928
PMID:39868329
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据,揭示了HPV阴性头颈鳞状细胞癌中免疫细胞的动态变化及其与疾病进展的关系 | 首次整合两个单细胞RNA测序数据集,全面分析HPV阴性HNSCC中免疫细胞的分子特征和细胞间通讯模式,并发现细胞毒性免疫细胞作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 样本量相对较小(29个样本),且仅针对HPV阴性HNSCC,可能无法推广到其他亚型 | 探索HPV阴性头颈鳞状细胞癌的复杂免疫景观,以识别潜在的治疗靶点 | HPV阴性头颈鳞状细胞癌患者的外周血单个核细胞和肿瘤浸润免疫细胞 | 单细胞组学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,高度多重免疫荧光检测 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫荧光图像 | 29个样本,近300,000个免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1189 | 2026-01-07 |
An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations
2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.08.631962
PMID:39829764
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序和空间转录组学数据,构建了甲状腺癌进展的图谱,识别了与疾病进展相关的成纤维细胞亚群 | 结合单细胞测序、空间转录组学和批量RNA测序,首次在甲状腺癌中定义了炎症性和肌成纤维性癌症相关成纤维细胞亚群及其空间分布 | NA | 研究甲状腺癌进展过程中的基质细胞亚群和肿瘤-基质相互作用 | 甲状腺癌样本,包括分化良好和未分化的类型 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,批量RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,批量RNA-seq | NA | NA |
| 1190 | 2026-01-07 |
Construction and validation of an anoikis-related prognostic model for lung adenocarcinoma based on bulk and single-cell transcriptomic data
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335788
PMID:41187171
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研究论文 | 本研究基于批量转录组和单细胞转录组数据,构建并验证了一个与失巢凋亡相关的肺腺癌预后模型 | 首次结合批量转录组和单细胞RNA测序数据,利用机器学习方法开发了一个包含7个基因的失巢凋亡相关预后模型,并深入探讨了TIMP1在肿瘤微环境中的作用 | 模型仅在GEO数据库的两个队列中进行了验证,需要更多独立队列和前瞻性研究来确认其临床适用性 | 开发并验证一个用于肺腺癌预后预测的失巢凋亡相关基因模型 | 肺腺癌患者及其转录组数据 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组化, 多重免疫荧光 | Cox回归, LASSO回归, 随机森林 | 转录组数据 | 来自GEO数据库的两个肺腺癌队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1191 | 2026-01-06 |
G protein inhibitory alpha subunits 1 and 3 regulate Wnt/beta-catenin signaling to promote osteogenesis and bone formation
2025-Dec-30, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf143
PMID:41273070
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研究论文 | 本研究揭示了Gαi1/3蛋白通过调控Wnt/β-catenin信号通路促进成骨作用与骨形成的新机制 | 首次发现Gαi1/3(而非Gαi2)介导Wnt/β-catenin信号通路,并阐明其通过结合Axin1并招募至细胞膜使β-catenin降解复合体失活的具体分子机制 | 研究主要基于小鼠胚胎成骨前体细胞模型,人体组织验证及临床转化潜力需进一步探索 | 探究Gαi1/3蛋白是否及如何介导Wnt/β-catenin信号通路以调控骨形成 | 小鼠胚胎成骨前体细胞及不同Gαi1/3表达水平的小鼠模型 | 分子细胞生物学 | 骨质疏松症 | 单细胞测序分析、病毒转染、基因编辑、免疫共沉淀、共聚焦显微镜、Western blot、碱性磷酸酶染色、茜素红染色、显微CT | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1192 | 2026-01-06 |
Single-Cell RNA sequencing identifies NAMPT as a potential therapeutic target in autoimmune uveitis
2025-Dec-29, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.12.030
PMID:41475661
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了NAMPT在自身免疫性葡萄膜炎中的关键作用,并探讨了其作为潜在治疗靶点的机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术全面分析NAMPT在自身免疫性葡萄膜炎中对免疫细胞亚群、转录程序和细胞间通讯网络的影响,并验证了NAMPT-Hif1α轴在人类疾病中的保守性 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本,需要更大规模的人类临床试验来验证NAMPT抑制剂的疗效和安全性 | 探究NAMPT在自身免疫性葡萄膜炎中的作用及其潜在机制,以发现新的治疗靶点 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠的颈引流淋巴结细胞、VKH病患者的PBMCs以及健康对照 | 单细胞测序 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、过继转移实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 包括正常、EAU和NAMPT抑制剂处理的EAU小鼠的CDLN细胞,以及VKH患者和健康对照的PBMCs | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1193 | 2026-01-06 |
Cre-dependent gene expression enables thymic development of autoreactive tumor-associated antigen targeting CAR-T cells
2025-Dec-24, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.12.047
PMID:41445186
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研究论文 | 本研究开发了一种通过基因工程改造造血干细胞,使其在胸腺微环境中持续产生CAR-T细胞的平台,以解决CAR-T细胞体内持久性不足和肿瘤复发的问题 | 首次利用胸腺微环境支持造血干细胞分化为T细胞的特性,建立可诱导表达CAR的基因工程平台,通过调节共刺激信号和内源性T细胞受体库来规避胸腺阴性选择,实现自体反应性CAR-T细胞的胸腺内发育 | 研究主要在小鼠模型中进行,尚未在人体验证;长期安全性和对正常组织的潜在影响仍需进一步评估;诱导表达系统的精确调控和时效性需要优化 | 开发能够持续在体内生成、具有自我更新能力的CAR-T细胞疗法,以克服现有CAR-T细胞治疗中持久性不足和肿瘤复发的挑战 | 基因工程改造的造血干细胞和祖细胞、胸腺微环境、CD19 CAR-T细胞 | 细胞与基因治疗 | 癌症 | 单细胞RNA测序、连续移植研究、基因工程 | NA | 单细胞RNA测序数据、移植实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1194 | 2026-01-06 |
Senescent CD8 T Effector Memory Cells are Functionally Impaired, Enriched in Aging and Disease, and a Barrier to Immunotherapy
2025-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.16.694716
PMID:41446063
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研究论文 | 本文研究了表达SA-βGal的CD8 T效应记忆细胞的衰老状态、功能特性及其在衰老和疾病中的作用 | 首次在单细胞水平上揭示了SA-βGal表达CD8 T细胞的独特转录特征,并证明T细胞衰老与T细胞耗竭不同且占主导地位,限制了免疫疗法的反应 | 研究主要基于人类样本,未涉及动物模型验证;样本来源和疾病类型可能有限,需要进一步扩大验证 | 探究CD8 T细胞的衰老状态及其在衰老、疾病和免疫疗法反应中的功能影响 | 人类CD8 T细胞,特别是表达SA-βGal的效应记忆T细胞 | 免疫学 | 衰老相关疾病、癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 来自老年供体、年龄相关疾病患者、癌症患者和吸烟者的CD8 T细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1195 | 2026-01-06 |
Integrated Single-cell Analysis Uncovers Regulatory Logic of Cranial Ectoderm Development
2025-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.17.694990
PMID:41446274
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据分析,揭示了颅部外胚层发育的调控逻辑,重点关注转录因子下游活性及跨胚层信号网络 | 首次在鸡中脑轴向水平发育系列中,通过高分辨率单细胞转录组分析,识别了与特定发育域时空限制相关的泛表达染色质修饰因子,并建立了分析scRNAseq数据以理解组织模式的新框架 | 研究基于鸡胚胎模型,可能不完全适用于其他物种;且主要依赖计算推断,需实验验证 | 探究颅部外胚层发育过程中,相邻组织间时空协调的基因调控机制 | 鸡胚胎中脑轴向水平从原肠胚形成到神经胚后阶段的发育系列细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1196 | 2026-01-06 |
scCotag: Diagonal integration of single-cell multi-omics data via prior-informed co-optimal transport and regularized barycentric mapping
2025-Dec-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.11.693589
PMID:41446270
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研究论文 | 本文提出了一种名为scCotag的深度学习框架,用于单细胞多组学数据的对角线整合,通过先验信息引导的协同最优传输和正则化重心映射来解决现有方法的局限性 | 提出了一种基于协同最优传输的深度学习框架,能够迭代推断细胞对齐和特征对应关系,并利用先验信息,同时通过正则化重心映射和图重加权联合学习细胞和特征嵌入,特别擅长处理并非所有细胞都可对齐的模拟不平衡场景 | 未明确提及 | 开发一种更稳健的单细胞多组学数据对角线整合方法,以促进更精细的生物学解释和调控机制推断 | 单细胞多组学数据(RNA-seq和ATAC-seq) | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 深度学习框架(基于协同最优传输) | 单细胞多组学数据 | 涉及人脑、骨髓和血液数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1197 | 2026-01-06 |
Considerations for Spatial Omics, Metabolite Analyses, and Tissue-Harvesting Artifacts
2025-Dec, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.70315
PMID:41347273
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评论 | 本文讨论了空间组学、代谢物分析及组织采集过程中可能产生的伪影问题 | 强调了在空间生物学新兴技术背景下,组织采集和酶失活方法对保持神经化学物质完整性和避免伪影生成的重要性 | 本文为社论性质,未提供具体实验数据或案例研究 | 探讨空间分子分析技术应用中组织准备的关键考虑因素 | 空间组学和代谢物分析技术 | 空间生物学 | NA | 空间质谱成像、空间转录组学、激光显微切割、单细胞类型分析、下一代RNA测序 | NA | 空间分子数据、代谢物数据 | NA | NA | 空间质谱成像、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1198 | 2026-01-06 |
Comparative Single-Cell Transcriptomics Uncovers Shared and Distinct Molecular Signatures in Cystic Fibrosis and Primary Ciliary Dyskinesia
2025-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.17.688876
PMID:41332697
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研究论文 | 本研究通过比较单细胞转录组学分析,揭示了囊性纤维化和原发性纤毛运动障碍在分子特征上的异同 | 首次使用预训练的transformer模型(scGPT)进行基因调控网络分析,通过差异注意力分析识别两种疾病间注意力分数改变的基因和通路 | 研究依赖于公开可用数据及本团队生成的数据,可能存在样本选择偏差,且未进行实验验证 | 比较囊性纤维化和原发性纤毛运动障碍的分子特征,以指导个性化治疗策略 | 囊性纤维化和原发性纤毛运动障碍患者的呼吸道细胞 | 自然语言处理 | 囊性纤维化,原发性纤毛运动障碍 | 单细胞RNA-seq | transformer (scGPT) | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1199 | 2026-01-06 |
Rationale, design and baseline characteristics of REMODEL, a mechanism-of-action trial with semaglutide in people with type 2 diabetes and chronic kidney disease
2025-Oct-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association
DOI:10.1093/ndt/gfaf114
PMID:40608494
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研究论文 | 本文介绍了REMODEL试验的设计和基线特征,该试验旨在研究索马鲁肽在2型糖尿病和慢性肾脏病患者中的肾脏特异性效应和作用机制 | 该试验首次结合了MRI成像、肾脏活检以及单核和空间转录组学等多维度方法,以探索GLP-1受体激动剂在肾脏保护中的机制 | 样本量相对较小(106名参与者),且试验周期为52周,可能无法完全捕捉长期效应 | 研究索马鲁肽在2型糖尿病和慢性肾脏病患者中的肾脏特异性效应及作用机制 | 2型糖尿病和慢性肾脏病的成年患者 | 数字病理学 | 2型糖尿病和慢性肾脏病 | 磁共振成像(MRI)、单核转录组学、空间转录组学、病理学和组织学评估 | NA | 医学影像、组织样本、临床数据 | 106名参与者(其中33名为肾脏活检亚组) | NA | 单核转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1200 | 2026-01-06 |
Identification of lipid metabolism-related signature in nonalcoholic fatty liver: evidences from transcriptomics and single cell RNA-sequencing analysis
2025-Oct-13, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03215-w
PMID:41084051
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研究论文 | 本研究通过转录组学和单细胞RNA测序分析,识别了与非酒精性脂肪肝相关的脂质代谢基因,构建了诊断模型并探索了其免疫浸润机制 | 结合转录组学、单细胞RNA测序和机器学习算法,识别了PRKAA2和ME1作为NAFLD的关键脂质代谢基因,并构建了高诊断性能的列线图模型 | 研究依赖于公共数据库数据,实验验证仅针对ME1基因,样本来源和多样性可能有限 | 识别脂质代谢相关基因,构建NAFLD诊断模型,并揭示其潜在机制 | 非酒精性脂肪肝疾病(NAFLD) | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝 | 转录组学,单细胞RNA测序,qRT-PCR,Western blotting | 机器学习算法,列线图模型 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |