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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1181 | 2026-07-29 |
Which dominates recurrence: tumor or microenvironment?
2025-10-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07193-9
PMID:41152880
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研究论文 | 本研究结合机器学习方法分析肺鳞状细胞癌复发中肿瘤内在因素和肿瘤微环境的作用 | 利用单细胞RNA测序和机器学习整合分析,识别出高MKI67 Tregs等免疫细胞亚型作为复发关键驱动因素,并首次将病理缓解率(PRR)和Treg_MKI67表达作为预后预测标志物 | 样本量有限(119例患者),且数据来源单一,可能限制结论的泛化性 | 探究肺鳞状细胞癌复发中肿瘤内在因素与肿瘤微环境的主导作用 | 119例肺鳞状细胞癌患者的生存元数据和51种免疫细胞亚型比例数据 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 数值型数据(免疫细胞比例和生存数据) | 119例肺鳞状细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1182 | 2026-07-29 |
Single-cell map of the healthy human immune system across the lifespan reveals unique infant immune signatures
2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.28.667181
PMID:40766403
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研究论文 | 绘制了从婴儿到老年人的健康人类免疫系统单细胞图谱,揭示了独特的婴儿免疫特征 | 首次通过scRNA-seq和snATAC-seq技术,对涵盖2个月至88岁年龄段的95名健康个体进行系统分析,揭示了MAIT和γδT细胞的“上升-下降”模式以及婴儿期独特的免疫细胞组成和基因表达特征 | 未提供具体局限性信息 | 描绘人类一生中免疫系统的动态变化轨迹,特别关注婴儿免疫系统的独特性 | 95名健康个体的外周血单个核细胞(PBMCs),包括婴儿、儿童、成人和老年人 | 自然语言处理、机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核ATAC测序(snATAC-seq) | NA | 单细胞转录组数据、单细胞表观基因组数据 | 95名健康个体,年龄从2个月到88岁,其中婴儿27人、儿童23人、成人18人、老年人27人 | 10x Genomics, Illumina, BGI, MGI | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq, BGI MGISEQ, MGI DNBSEQ | 10x Chromium单细胞3'试剂盒、单核ATAC测序、Illumina NovaSeq测序平台、BGI MGISEQ系统、MGI DNBSEQ系统 |
| 1183 | 2026-07-29 |
Dynamics of zoosporic parasites in summer phytoplankton communities of the Baltic Sea
2025-Jul-14, FEMS microbiology ecology
IF:3.5Q2
DOI:10.1093/femsec/fiaf081
PMID:40795206
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研究论文 | 本研究通过DNA宏条形码、单细胞测序和显微镜技术,首次对波罗的海夏季浮游植物群落中的动物孢子寄生虫进行了群落水平定性和定量评估 | 首次在波罗的海夏季浮游植物中提供动物孢子寄生虫的群落水平定性和定量评估,结合多种技术揭示了宿主丰度与寄生虫相互作用的生态相关性 | 研究未深入探讨寄生虫在浮游植物水华动态中的具体作用机制,且样本仅限于波罗的海北部六个沿岸站点 | 探索波罗的海夏季浮游植物群落中微生物群落和寄生虫互作的生态特征 | 波罗的海北部六个沿岸站点的夏季浮游植物及动物孢子寄生虫 | 微生物生态学 | NA | DNA宏条形码、单细胞测序、显微镜观察 | NA | 测序数据、显微图像 | 六个沿岸站点 | NA | DNA宏条形码、单细胞测序 | NA | NA |
| 1184 | 2026-07-29 |
Molecular evidence for pre-chordate origins of ovarian cell types and neuroendocrine control of reproduction
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.24.644836
PMID:40196654
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研究论文 | 利用海星作为非脊索动物后口动物代表,通过单细胞RNA测序和3D成像揭示卵巢细胞类型及其空间组织,为卵子发生和神经内分泌控制进化提供分子证据 | 首次在非脊索动物后口动物海星中发现与哺乳动物相似的卵原干细胞、颗粒样细胞和膜样细胞,并证实存在类似脊椎动物下丘脑-垂体-性腺轴的内在神经内分泌系统 | 未提供具体限制信息 | 探究卵巢细胞类型及其信号相互作用的进化起源 | 海星卵巢细胞类型 | 数字病理学 | 未涉及 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 海星卵巢组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序结合高分辨率3D成像 |
| 1185 | 2026-07-28 |
Multi-omics profiling identifies ESM1 as a key mediator of immunoevasion through the SPP1 pathway in bladder cancer
2025-12-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27222-3
PMID:41366275
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研究论文 | 通过多组学分析发现ESM1通过SPP1通路在膀胱癌中介导免疫逃逸,并评估其作为早期诊断和免疫预测生物标志物的潜力 | 首次系统鉴定了ESM1在膀胱癌中通过SPP1信号通路介导免疫逃逸的机制,并结合多组学数据(ChIP-Seq、ATAC-seq、单细胞测序等)揭示其表观遗传调控和细胞间通讯作用 | 研究主要基于公开数据集和回顾性临床样本,ESM1作为免疫预测标志物的临床转化价值需前瞻性研究验证 | 阐明ESM1在膀胱癌免疫逃逸中的分子机制及其作为早期诊断和免疫预测生物标志物的价值 | 膀胱癌组织和正常组织样本(共1753例,包括1558例临床样本和195例内部样本) | 数字病理学 | 膀胱癌 | ChIP-Seq, ATAC-seq, 单细胞测序, 免疫组化, GSEA | NA | 基因表达数据, 表观基因组数据, 单细胞转录组数据 | 1753例临床样本(1558例用于mRNA分析,195例进行蛋白验证) | NA | 单细胞RNA-seq, ChIP-Seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 1186 | 2026-07-28 |
PPIF+ neutrophils promote mtROS driven NETosis mediated progression of colorectal cancer
2025-11-11, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07267-8
PMID:41219985
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研究论文 | 探索肿瘤相关中性粒细胞胞外陷阱(NETs)驱动结直肠癌进展的机制,并分析肿瘤微环境中的细胞亚群 | 首次揭示PPIF+中性粒细胞亚群通过促进线粒体活性氧产生驱动NETs形成,进而促进结直肠癌进展,并发现RACK1可能作为关键生态位基因 | 主要依赖公共数据库的单细胞RNA-seq数据,缺乏体外和体内实验验证 | 阐明NETs在结直肠癌进展中的作用机制,识别潜在治疗靶点 | 结直肠癌肿瘤微环境中的细胞亚群,特别是中性粒细胞亚群 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自GEO数据库的公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1187 | 2026-07-28 |
Integrated clinical and single-cell profiling of BCMA CAR-T therapy in relapsed/refractory multiple myeloma
2025-11-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07106-w
PMID:41214679
|
研究论文 | 通过对6例复发/难治性多发性骨髓瘤患者进行自体BCMA CAR-T细胞治疗的单臂试验,结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序,评估其安全性与疗效,并揭示CAR-T细胞异质性、克隆适应性和免疫调节的作用 | 首次在BCMA CAR-T治疗中整合单细胞RNA测序和T细胞受体测序,揭示持久应答者中CD8+ T细胞亚群的功能专化性和克隆进化,以及早期CAR-T耗竭和调节性T细胞增加与复发的关联 | 样本量较小(仅6例患者),单臂试验设计缺乏对照组,且临床结局差异的机制仅基于两名患者的比较分析 | 评估本地生产的BCMA CAR-T细胞在复发/难治性多发性骨髓瘤中的安全性和疗效,并通过单细胞测序解析CAR-T细胞的异质性和免疫动力学 | 6例复发/难治性多发性骨髓瘤患者 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), T细胞受体测序(TCR-seq) | NA | 基因表达数据, T细胞受体序列数据 | 6例复发/难治性多发性骨髓瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序, scRNA-seq, TCR-seq | NA | NA |
| 1188 | 2026-07-28 |
A PCD-related prognostic signature and the oncogenic role of TRIM8 in osteosarcoma progression
2025-11-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07305-5
PMID:41214770
|
研究论文 | 基于程序性细胞死亡相关基因构建骨肉瘤预后模型并验证TRIM8的致癌作用 | 首次综合运用突变分析、生存分析、机器学习算法及单细胞RNA测序数据构建基于程序性细胞死亡的骨肉瘤预后模型,并通过湿实验验证模型基因TRIM8促进肿瘤增殖和迁移的功能 | 模型验证主要依赖TARGET-OS队列,未提及在其他独立外部队列中的验证;湿实验仅针对单个模型基因TRIM8,未全面验证其他16个基因的功能 | 开发可可靠预测骨肉瘤患者预后及评估治疗反应的PCD相关生物标志物模型 | 骨肉瘤患者及肿瘤样本 | 机器学习 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序、突变分析、生存分析、机器学习 | Cox回归、LASSO回归、随机森林等组合模型 | 基因表达数据、突变数据、单细胞转录组数据 | TARGET-OS队列(具体样本数未在摘要中提及) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1189 | 2026-07-28 |
Multi-omics analyses identify mannose phosphate isomerase-centered hypoxia-induced angiogenesis signature in colorectal cancer
2025-11-07, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07291-8
PMID:41204349
|
研究论文 | 通过多组学分析发现结直肠癌中甘露糖磷酸异构酶驱动的缺氧诱导血管生成特征 | 首次构建基于缺氧诱导血管生成相关基因的预后评分系统,并发现MPI通过JAK2/STAT3信号通路促进结直肠癌增殖和血管生成 | 未提及具体限制,可能包括样本量有限、缺乏外部验证等(根据摘要推断) | 探索结直肠癌中缺氧诱导血管生成相关基因的调控网络、分子机制及预后价值 | 结直肠癌患者和细胞系 | 机器学习, 数字病理学 | 结直肠癌 | ChIP-seq, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 微阵列 | ssGSEA, SRGA, 一致性聚类 | 多组学数据(包括图像、文本) | 来自结直肠癌患者和细胞系的多组学数据(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1190 | 2026-07-28 |
Integrating genetics and transcriptome analyses identify potential biomarkers and immune interactions in metabolic syndrome-related sarcopenia
2025-11-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07191-x
PMID:41194111
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研究论文 | 通过整合遗传学和转录组分析,识别代谢综合征相关肌少症的潜在生物标志物和免疫相互作用 | 从遗传学角度揭示了代谢综合征与肌少症共病机制,发现了共享的遗传架构和免疫相互作用 | 未在论文标题和摘要中明确说明 | 探索代谢综合征与肌少症之间的潜在机制和生物标志物 | 代谢综合征和肌少症相关特征 | 机器学习和生物信息学 | 代谢综合征,肌少症 | 全基因组关联研究,转录组关联研究,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA(未提供具体样本数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1191 | 2026-07-28 |
Conserved sphingolipid metabolism under transcriptomic diversity: a prognostic and therapeutic target in triple-negative breast cancer
2025-11-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07264-x
PMID:41188946
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研究论文 | 本研究在转录组多样性背景下鉴定出保守的鞘脂代谢通路,并评价其作为三阴性乳腺癌预后标志物和治疗靶点的潜力 | 首次在转录组高度异质性的三阴性乳腺癌中鉴定出鞘脂代谢作为保守通路,并通过多组学分析(单细胞RNA测序、空间转录组学)和功能实验验证其作为可靠预后标志物和治疗靶点的可行性 | 未提及患者样本来源、模型验证范围及潜在通用性,可能限制结论的广泛适用性 | 在三阴性乳腺癌中识别异质性但保守的分子通路,为克服治疗抵抗提供可靠靶点 | 三阴性乳腺癌患者肿瘤样本及细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、KEGG富集分析、ssGSEA | 非负矩阵分解、细胞通讯分析、预后模型 | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、基因组数据 | TCGA-TNBC队列(样本量未明确)、GSE176078单细胞RNA测序数据集、多区域TNBC数据集 | Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Illumina NovaSeq | 未提供具体配置细节 |
| 1192 | 2026-07-28 |
Fragile X mental retardation 1 gene FMR1 promotes proliferation, migration, and invasion of gastric cancer cells via c-MYC
2025-11-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07140-8
PMID:41184982
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研究论文 | 研究FMR1基因通过c-MYC信号通路促进胃癌细胞增殖、迁移和侵袭的作用机制 | 首次揭示FMR1在胃癌中高表达并通过与c-MYC蛋白相互作用、抑制其蛋白酶体降解来稳定c-MYC,进而促进肿瘤进展的分子机制 | 研究主要依赖体外细胞实验和生物信息学分析,缺乏体内动物模型验证 | 探究FMR1在胃癌中的表达、功能及其分子机制 | 胃癌细胞系及临床胃癌组织样本 | 机器学习 | 胃癌 | qRT-PCR, Western blotting, 免疫组化, 单细胞转录组学, co-IP, 蛋白质合成抑制实验 | NA | 基因表达数据, 临床病理数据, 免疫浸润数据 | TCGA队列胃癌及正常胃组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1193 | 2026-07-28 |
Dissecting FAP+ Cell Diversity in Pancreatic Cancer Uncovers an Interferon-Response Subtype of Cancer-Associated Fibroblasts with Tumor-Restraining Properties
2025-07-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3252
PMID:40215177
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析胰腺癌中FAP阳性细胞多样性,发现一种具有肿瘤抑制特性的干扰素应答癌症相关成纤维细胞亚型 | 首次发现并表征了一种此前未描述的干扰素应答癌症相关成纤维细胞(ifCAF)亚型,并证明STING激动剂可诱导该表型从而抑制肿瘤侵袭性 | 未提及 | 解析胰腺导管腺癌中基质细胞的异质性,寻找可抑制肿瘤进展的成纤维细胞亚型及其调控机制 | 胰腺导管腺癌患者的癌症相关成纤维细胞 | 单细胞测序 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类胰腺癌样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 1194 | 2026-07-28 |
Combining Spatial Transcriptomics, Pseudotime, and Machine Learning Enables Discovery of Biomarkers for Prostate Cancer
2025-07-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0269
PMID:40293712
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研究论文 | 结合空间转录组学、伪时间分析和机器学习,发现前列腺癌生物标志物 | 利用空间转录组数据构建伪时间模型,整合前列腺癌的恶性转化过程,并通过机器学习在尿液样本中识别出具有高诊断效能的生物标志物,AUC达到0.92 | 仍需在前瞻性研究中进一步验证 | 发现可常规检测的前列腺癌早期诊断生物标志物 | 前列腺癌患者和对照组的血清、前列腺组织和尿液样本 | 机器学习 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | 机器学习预测模型 | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 超过2000名前列腺癌患者和对照组 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1195 | 2026-07-28 |
Single-Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma In Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition
2025-06-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3023
PMID:40101158
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析导管原位癌(DCIS)与正常乳腺组织,揭示DCIS在向浸润性乳腺癌转化过程中复杂的基因型-表型关系以及上皮细胞组成的改变 | 首次在单细胞水平上揭示DCIS内肿瘤异质性及其与基因表达差异的关联,发现肿瘤转化后细胞分化持续存在,并鉴定出与基底膜完整性丧失相关的关键细胞群体变化 | NA | 识别导管原位癌中导致浸润性癌发生的早期事件 | 导管原位癌病灶及配对正常乳腺组织 | 单细胞转录组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1196 | 2026-07-28 |
Biology and Pathophysiology of Placenta Accreta Spectrum Disorder
2025-06-01, Obstetrics and gynecology
IF:5.7Q1
DOI:10.1097/AOG.0000000000005903
PMID:40209229
|
综述 | 该综述探讨了胎盘植入谱系障碍的生物学和病理生理学,从正常胎盘形成到子宫瘢痕导致的异常植入机制,并讨论了当前诊断与预防策略 | 结合新兴单细胞RNA测序和蛋白质组学分析,为生物标志物和靶向干预提供新见解,并强调再生医学与生物工程在改善瘢痕愈合和降低PAS风险中的前景 | 未明确提及具体研究或数据局限,但作为综述,其结论依赖于现有文献,可能缺乏原始实验验证 | 全面阐述胎盘植入谱系障碍的病理生理机制,以指导临床检测、治疗和预防 | 胎盘植入谱系障碍相关的生物学过程及病理变化 | 数字病理学 | 产科疾病 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学分析 | NA | 文本、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1197 | 2026-07-28 |
A Comprehensive Analysis of Epoxide Hydrolase 2 (EPHX2) in Pan-Cancer
2025-03, Cancer reports (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/cnr2.70188
PMID:40129060
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研究论文 | 全面分析环氧化物水解酶2 (EPHX2) 在泛癌中的表达、预后及免疫浸润作用 | 首次系统评估EPHX2在泛癌中的预后意义及其与肿瘤微环境中免疫浸润的关系,并预测其免疫治疗和药物敏感性 | 主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于qPCR检测多种癌细胞系中的EPHX2表达 | 详细呈现EPHX2在泛癌中的预后图谱并探索其与肿瘤微环境中免疫浸润的潜在关系 | 33种肿瘤类型及其相应正常组织 | 数字病理学 | 癌症 | qPCR | NA | 基因表达数据 | 多种癌细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 1198 | 2026-07-28 |
Keeping an Eye Out for Autophagy in the Cornea: Sample Preparation for Single-Cell RNA-Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2023_502
PMID:37930627
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研究论文 | 描述了一种利用单细胞RNA测序研究角膜缘上皮干细胞及自噬作用的样本制备方案 | 首次将单细胞RNA测序技术用于分析自噬缺陷小鼠模型的角膜组织,并提供了详细的样本制备流程 | 未提及明显局限性 | 探究单细胞RNA测序在检查角膜缘上皮干细胞群体及自噬对其功能影响中的应用 | 角膜缘/角膜组织中的单细胞悬浮液,尤其是角膜缘上皮干细胞 | 机器学习和数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用Beclin1杂合小鼠模型,具体样本数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1199 | 2026-07-27 |
Consensus spectral clustering with weighted similarity functions for single-cell RNA sequencing data
2025-Nov-16, Communications in statistics: Simulation and computation
DOI:10.1080/03610918.2025.2578269
PMID:42491860
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研究论文 | 本文探索了一种基于加权相似函数的共识谱聚类方法,用于单细胞RNA测序数据的无监督聚类分析 | 提出了基于随机采样的共识聚类框架与流形谱聚类相结合,并引入测地距离度量和两种加权度量改进相似性核函数,从而提升单细胞RNA-seq数据的聚类性能 | 未说明局限性,但可能存在对数据集变异类型的依赖,且未提及跨平台验证或大规模数据集的可扩展性 | 开发一种有效的无监督聚类算法,以解决单细胞RNA-seq数据的高维度、稀疏性和噪声问题,从而准确识别细胞类型和状态 | 单细胞RNA测序数据集(包含不同变异类型) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 谱聚类(共识聚类框架结合流形谱聚类) | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA-seq数据集(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | NA |
| 1200 | 2026-07-27 |
Covariate-moderated Empirical Bayes Matrix Factorization
2025, Advances in neural information processing systems
PMID:42433297
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研究论文 | 提出了一种协变量调节的经验贝叶斯矩阵分解方法(cEBMF),用于在多元数据中利用侧信息提升潜在结构估计 | cEBMF 是一个模块化框架,可接受任何可由概率模型或神经网络处理的侧信息类型,并通过不同先验适应数据,突破现有方法在数据类型和参数模型上的限制 | 未明确提及具体局限性 | 利用侧信息改进多元数据中潜在结构的推断与估计 | 空间转录组数据和协同过滤数据等多变量数据集 | 机器学习 | NA | 矩阵分解 | 矩阵分解 | 图像、文本、图结构数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |