单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-04-11	Integrating single-cell sequencing and clinical insights to explore malignant transformation in odontogenic keratocyst 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.027 PMID:40206344	研究论文	通过整合单细胞测序和临床数据，探索牙源性角化囊肿恶性转化的机制	首次在COKC中鉴定了两个特定的上皮亚群，并揭示了它们在OKC癌变中的关键作用，同时发现了成纤维细胞和巨噬细胞的表型转变可能参与癌变过程	样本量较小（仅3个COKC样本），且未探讨治疗干预对恶性转化的影响	探索牙源性角化囊肿(OKC)恶性转化为癌性牙源性角化囊肿(COKC)的分子机制和临床特征	牙源性角化囊肿(OKC)和癌性牙源性角化囊肿(COKC)	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据、临床数据、影像学数据和病理学数据	3个COKC样本和公共OKC数据集中的22,509个单细胞
102	2025-04-11	Integrating multi-omics and machine learning methods reveals the metabolism of amino acids and derivatives-related signature in colorectal cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1565090 PMID:40206583	研究论文	本研究通过整合多组学和机器学习方法，揭示了氨基酸及其衍生物代谢在结直肠癌中的作用，并识别了潜在的治疗靶点	整合了批量转录组和单细胞转录组数据，结合多种机器学习方法构建预后模型，并实验验证了关键基因LSM8的作用	未明确说明样本量大小，且实验验证仅针对单一基因LSM8	探索氨基酸及其衍生物代谢在结直肠癌进展中的作用，并识别潜在治疗靶点	结直肠癌相关的氨基酸及其衍生物代谢基因	机器学习	结直肠癌	转录组分析、单细胞转录组分析、机器学习	多种机器学习方法	转录组数据	NA
103	2025-04-11	Identification of FDFT1 and PGRMC1 as New Biomarkers in Nonalcoholic Steatohepatitis (NASH)-Related Hepatocellular Carcinoma by Deep Learning 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S505752 PMID:40206734	研究论文	本研究通过深度学习等方法鉴定出FDFT1和PGRMC1作为非酒精性脂肪性肝炎(NASH)相关肝细胞癌(HCC)的新型生物标志物	首次结合深度学习、WGCNA和PPI网络分析筛选出FDFT1和PGRMC1作为NASH-HCC的新型生物标志物，并验证了胆固醇代谢通路在NAFLD中的重要作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中进行大规模验证	探索NASH相关HCC的新型生物标志物	非酒精性脂肪性肝炎(NASH)相关的肝细胞癌(HCC)	生物信息学	肝细胞癌	深度学习、WGCNA、PPI网络分析、实时定量PCR	神经网络(NNs)	基因组数据	NAFLD小鼠模型
104	2025-04-11	Neutrophils in Rheumatoid Arthritis Synovium: Implications on Disease Activity and Inflammation State 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S503144 PMID:40206809	研究论文	该研究探讨了类风湿性关节炎（RA）滑膜中中性粒细胞的存在与疾病活动性和炎症状态的关系	研究发现中性粒细胞在RA滑膜中的存在与更高的疾病活动性和更差的治疗反应相关，支持中性粒细胞在难治性疾病中的作用	研究样本量较小（55例患者），且为回顾性分析	探讨中性粒细胞在RA滑膜中的存在及其与疾病活动性和炎症状态的关系	55例RA患者的滑膜组织和临床数据	风湿病学	类风湿性关节炎	H&E染色和单细胞RNA测序	NA	组织病理学数据和临床数据	55例RA患者
105	2025-04-11	Prognostic and immunotherapeutic potential of disulfidptosis-associated signature in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1568976 PMID:40207217	research paper	该研究探讨了二硫键凋亡（disulfidptosis）在胰腺癌中的预后和免疫治疗潜力，并建立了一个8基因的预后特征	首次在胰腺导管腺癌中研究二硫键凋亡的意义，并建立了一个新的预后特征模型	研究结果需要进一步的实验验证，样本量相对较小	阐明二硫键凋亡在胰腺导管腺癌中的意义及其在免疫治疗中的潜在应用	胰腺导管腺癌患者	digital pathology	pancreatic cancer	bulk RNA sequencing, single-cell RNA sequencing, spatial transcriptome, microarray	LASSO-Cox regression	RNA sequencing data, transcriptome profiles	20对PDAC样本及邻近正常组织
106	2025-04-11	CD14+ monocytes: the immune communication hub in early vasculitis symptoms of Kawasaki disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1557231 PMID:40207219	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了川崎病（KD）病程中免疫细胞通讯的变化，并识别了潜在的生物标志物	揭示了CD14+单核细胞在KD血管炎早期免疫细胞通讯中的核心作用，并识别了SELPLG和ITK作为重要的通讯信号基因	样本量较小（仅7名儿科患者），可能影响结果的普遍性	研究川崎病病程中免疫细胞通讯的变化并识别潜在生物标志物	川崎病患者的免疫细胞（特别是CD14+单核细胞）	免疫学	川崎病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	7名儿科患者
107	2025-04-11	Integrating machine learning and multi-omics analysis to reveal nucleotide metabolism-related immune genes and their functional validation in ischemic stroke 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561544 PMID:40207230	研究论文	本研究整合机器学习和多组学分析，揭示了与缺血性卒中相关的核苷酸代谢相关免疫基因，并进行了功能验证	首次结合机器学习与多组学分析，识别出CFL1、HMCES和GIMAP1等关键免疫相关基因作为缺血性卒中的潜在生物标志物和治疗靶点	研究样本来源于公开数据库，可能受限于原始数据的质量和样本量	探索核苷酸代谢相关基因在缺血性卒中中的作用机制，寻找新的诊断和治疗策略	缺血性卒中患者的基因表达数据和核苷酸代谢相关基因	生物信息学	缺血性卒中	WGCNA、LASSO回归、SVM-RFE、Random Forest、CIBERSORT、scRNA-seq、分子对接	机器学习模型（LASSO、SVM-RFE、Random Forest）	基因表达数据	GEO数据库中的缺血性卒中基因表达数据（具体样本量未明确说明）
108	2025-04-10	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and interactions of immune cells and Müller glia during zebrafish retina regeneration 2025-Dec-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-02083 PMID:38934409	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示斑马鱼视网膜再生过程中免疫细胞和Müller胶质细胞的异质性及相互作用	首次发现两种静止状态的Müller胶质细胞（MG1和MG2）在视网膜损伤后的不同命运转变，以及三种小胶质细胞亚型在损伤后的动态变化	研究局限于斑马鱼模型，结果向哺乳动物的推广需要进一步验证	探究炎症如何调控Müller胶质细胞重编程以促进视网膜再生	斑马鱼视网膜中的免疫细胞和Müller胶质细胞	数字病理学	视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
109	2025-04-10	Dynamic development of microglia and macrophages after spinal cord injury 2025-Dec-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00063 PMID:39101644	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了脊髓损伤后小胶质细胞和巨噬细胞的动态发展及其在疾病进程中的不同作用	首次在单细胞水平上区分了小胶质细胞和巨噬细胞在脊髓损伤后的不同演化路径，并发现了它们各自的特异性功能表型和细胞间通讯模式	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明脊髓损伤后继发性损伤过程中小胶质细胞和巨噬细胞的动态变化及其功能差异	脊髓损伤后的小胶质细胞和巨噬细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
110	2025-03-11	Corrigendum to "ScRNA-seq reveals trained immunity-engaged Th17 cell activation against Edwardsiella piscicida-induced intestinal inflammation in teleost" [Microbiol. Res. 289 (2024) 127912] 2025-Jul, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2025.128137 PMID:40058996	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
111	2025-04-10	FoxO1 mediates odontoblast differentiation of hDPSCs via B cell-derived ANGPTL1 in dental caries: A laboratory investigation 2025-May, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14206 PMID:39904951	research paper	本研究探讨了B细胞及其分泌因子ANGPTL1在龋齿条件下促进人牙髓干细胞(hDPSCs)向成牙本质细胞分化的作用，重点关注FoxO1的激活	揭示了B细胞分泌的ANGPTL1通过上调FoxO1促进hDPSCs向成牙本质细胞分化的新机制	研究主要基于实验室数据，尚未进行临床验证	探索龋齿环境下牙髓修复和再生的分子机制	人牙髓干细胞(hDPSCs)和B细胞	dental research	dental caries	scRNA-Seq, ELISA, 免疫荧光染色, 双荧光素酶报告基因检测, 染色质免疫沉淀	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	NA
112	2025-04-10	Generation of induced alveolar assembloids with functional alveolar-like macrophages 2025-Apr-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58450-w PMID:40199883	研究论文	开发了一种结合人类多能干细胞衍生的肺泡上皮类器官和诱导巨噬细胞的共培养系统，创建了功能性诱导肺泡组装体	首次创建了功能性诱导肺泡组装体，用于研究肺泡上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用及其在健康和疾病中的作用	研究结果尚未在体内环境中验证，且组装体的长期稳定性和功能需要进一步研究	研究人类肺发育、免疫和疾病中的肺泡上皮细胞与巨噬细胞的相互作用	人类多能干细胞衍生的肺泡上皮类器官和诱导巨噬细胞	干细胞与再生医学	肺部疾病	单细胞RNA测序、功能分析	共培养系统	基因表达数据、功能分析数据	NA
113	2025-04-10	Applications of spatial transcriptomics in studying spermatogenesis 2025-Apr-09, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70043 PMID:40202007	综述	本文综述了空间转录组学在研究精子发生过程中的应用	探讨了空间转录组学技术在保留组织背景下研究细胞类型分子特征及其相互作用的新方法	未提及具体技术实施的限制或样本量不足等问题	增进对精子发生调控机制的理解，探索男性不育的潜在原因	哺乳动物睾丸中的细胞类型及其分子特征	空间转录组学	男性不育	空间转录组学技术	NA	空间转录组数据	NA
114	2025-04-10	Identification of DNA damage and repair gene-related markers in pancreatic ductal adenocarcinoma by single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Apr-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02293-w PMID:40198431	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序识别胰腺导管腺癌中与DNA损伤和修复基因相关的标志物	创新性地整合了批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了与DNA损伤反应相关的预后模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	研究胰腺导管腺癌中DNA损伤反应相关基因标志物及其对预后和免疫治疗反应的预测价值	胰腺导管腺癌(PDAC)患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, LASSO, 单变量Cox回归分析	预后风险模型	RNA测序数据	来自GSE212966、TCGA和GTEx数据库的数据
115	2025-04-10	Acinar cells modulate the tumor microenvironment through the promotion of M1 macrophage polarization via macrophage endocytosis in pancreatic cancer 2025-Apr-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02244-5 PMID:40198509	研究论文	本研究探讨了胰腺腺泡细胞通过促进M1巨噬细胞极化调控胰腺癌肿瘤微环境的机制	首次发现PRSS1和CTRB1作为腺泡细胞标志基因通过巨噬细胞内吞作用促进M1极化	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	寻找激活胰腺癌中M1巨噬细胞表型的新方法	胰腺导管腺癌(PDA)肿瘤微环境中的腺泡细胞和M1巨噬细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	CIBERSORT免疫细胞浸润分析、WGCNA、PPI网络分析、单细胞测序分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA-PAAD队列和ICGC-PACA队列数据
116	2025-04-10	Opposite regulation of intestinal and intrahepatic CD8+ T cells controls alcohol-associated liver disease progression 2025-Apr-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334412 PMID:40199574	research paper	该研究探讨了肠道和肝内CD8+ T淋巴细胞在酒精相关性肝病（ALD）中的调控作用及其对疾病进展的贡献	揭示了CD8+ T细胞在肠道和肝脏中的相反调控机制及其在ALD中的关键作用，提出了通过恢复这些细胞功能治疗ALD的新策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	阐明肠道和肝内CD8+ T细胞在ALD发病机制中的调控作用	ALD患者和小鼠模型	免疫学	酒精相关性肝病	单细胞RNA测序（scRNA seq）	Cd8 Bcl-2转基因小鼠和Cd8 -/-小鼠	基因表达数据和功能研究数据	ALD患者和小鼠模型
117	2025-04-10	JAK3 A573V and JAK3 M511I mutations in peripheral T-cell lymphoma mediating resistance to anti-PD-1 therapy through the STAT3/PD-L1 pathway 2025-Apr-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010783 PMID:40199606	研究论文	本研究探讨了外周T细胞淋巴瘤（PTCL）中JAK3 A573V和JAK3 M511I突变通过STAT3/PD-L1通路介导抗PD-1治疗耐药的机制	首次揭示了JAK3突变通过STAT3/PD-L1通路导致抗PD-1治疗耐药的分子机制，并验证了Tofacitinib对JAK3突变PTCL患者的潜在疗效	研究样本量相对有限（109例患者），且机制研究主要在细胞系和小鼠模型中进行	阐明PTCL患者抗PD-1治疗耐药的分子机制并探索潜在治疗策略	复发/难治性外周T细胞淋巴瘤（r/r PTCL）患者	肿瘤免疫治疗	外周T细胞淋巴瘤	靶向二代测序（440个癌症相关基因）、单细胞转录组学、Western blotting、流式细胞术	Jurkat和BA/F3细胞系模型、JAK3突变同源小鼠模型	基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据	109例r/r PTCL患者
118	2025-04-10	ROICellTrack: A deep learning framework for integrating cellular imaging modalities in subcellular spatial transcriptomic profiling of tumor tissues 2025-Apr-08, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf152 PMID:40199763	研究论文	开发了一个名为ROICellTrack的深度学习框架，用于更好地整合细胞成像与空间转录组分析	提出了一种新的深度学习框架，将细胞成像与空间转录组分析相结合，以分析肿瘤异质性	研究样本量较小，仅分析了56个ROI	提高对肿瘤异质性的理解，以支持个性化和靶向治疗	膀胱尿路上皮癌（UCB）和上尿路尿路上皮癌（UTUC）的肿瘤组织	数字病理学	膀胱癌	空间转录组技术（如GeoMx Digital Spatial Profiler）	深度学习	图像和转录组数据	56个ROI
119	2025-04-10	Identification of Crosstalk Genes Between Primary Sjögren's Syndrome and Primary Biliary Cirrhosis by Transcriptome Analysis 2025-Apr-08, Digestive diseases and sciences IF:2.5Q2 DOI:10.1007/s10620-025-08917-z PMID:40199818	研究论文	通过转录组分析识别原发性干燥综合征（pSS）与原发性胆汁性胆管炎（PBC）之间的串扰基因	首次利用转录组学方法识别了pSS和PBC之间的7个关键串扰基因，并揭示了NK细胞、CD4+ T细胞和CD8+ T细胞在疾病机制中的重要作用	研究依赖于公开数据库的转录组数据，未进行实验验证	探究pSS和PBC两种自身免疫性疾病之间的分子联系	原发性干燥综合征（pSS）和原发性胆汁性胆管炎（PBC）患者	生物信息学	自身免疫性疾病	转录组分析、差异表达分析、WGCNA、LASSO回归、ssGSEA、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	两个GEO数据集（GSE66795和GSE119600）
120	2025-04-10	LRP8-dependent cholesterol metabolism modulates mTORC1 signaling and apoptotic pathways in multiple myeloma 2025-Apr-08, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07625-w PMID:40199866	研究论文	本研究探讨了LRP8依赖的胆固醇代谢在多发性骨髓瘤(MM)中对mTORC1信号和凋亡途径的调控作用	首次发现LRP8是MM中胆固醇代谢的关键调节因子，并揭示了其通过mTORC1通路影响细胞凋亡和自噬的分子机制	研究主要基于实验室模型和有限的患者数据，需要更大规模的临床验证	阐明胆固醇代谢异常在MM进展中的作用机制并寻找潜在治疗靶点	多发性骨髓瘤细胞及703例新诊断MM患者	肿瘤代谢	多发性骨髓瘤	转录组分析、单细胞RNA-seq、小鼠异种移植肿瘤模型	动物模型	临床数据、RNA-seq数据	703例新诊断MM患者