单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202501-202512] [清除筛选条件]
当前共找到 10796 篇文献,本页显示第 101 - 120 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
101 2026-02-05
Unraveling the Role of PTGIR in Atrial Fibrillation: Insights From Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization
2025-Nov-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2
研究论文 本研究结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法,揭示了PTGIR等基因在心房颤动发病机制中的关键作用 首次整合单细胞测序与孟德尔随机化分析,系统鉴定心房颤动相关的成纤维细胞特异性基因及其因果关联 样本量相对有限,动物模型验证仍需进一步临床研究证实 探究心房颤动的分子机制,特别是成纤维细胞在其中的作用 心房颤动患者样本和对照样本,以及大鼠模型 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 NA 单细胞转录组数据 47,565个细胞(来自AF和对照样本) NA 单细胞RNA-seq NA NA
102 2026-02-05
Single-cell sequencing reveals cellular composition and tumor microenvironment alterations across risk stratification in cutaneous squamous cell carcinoma
2025-Nov-25, International journal of surgery (London, England)
研究论文 本研究通过单细胞测序揭示了皮肤鳞状细胞癌(cSCC)中肿瘤微环境的细胞组成和风险分层相关的动态变化 首次在cSCC中整合单细胞测序与临床风险分层,揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞(iCAFs)的富集和γδT细胞的耗竭是驱动肿瘤侵袭性的核心因素,并提出了CXCL8/TGFβ/IGFBP7失调作为风险分层的生物标志物框架 未明确说明样本量、测序平台的具体技术细节或模型类型,可能限制了结果的普适性和技术可重复性 解析cSCC肿瘤微环境在风险分层中的动态变化,为个性化治疗提供分子基础 皮肤鳞状细胞癌(cSCC)患者肿瘤样本 数字病理学 皮肤鳞状细胞癌 单细胞测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
103 2026-02-05
Systematic correlation analysis of human CD molecules reveals upregulated co-expression of CD58, CD63, and CD147 in patients with primary Sjögren's syndrome
2025-Oct-14, Immunologic research IF:3.3Q3
研究论文 本研究通过生物信息学方法系统分析了人类CD分子在免疫细胞中的表达相关性,并在原发性干燥综合征患者中验证了CD58、CD63和CD147在T细胞中的共表达上调 首次系统性地研究了386个蛋白编码CD分子在多种免疫细胞中的共表达和互斥表达模式,并验证了Pearson和Spearman相关性分析仅适用于共表达分析,而不适用于互斥表达分析 研究主要基于RNA测序数据,蛋白质水平的验证仅限于少数CD分子;样本量未在摘要中明确说明 揭示免疫细胞表型库的共表型和丢失表型,探索CD分子共表达与原发性干燥综合征的关联 人类CD4 T细胞、CD8 T细胞、B细胞、NK细胞和单核细胞 生物信息学 原发性干燥综合征 生物信息学分析、流式细胞术 相关性分析网络 RNA测序数据、流式细胞术数据 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
104 2026-02-05
Drought recovery in plants triggers a cell-state-specific immune activation
2025-Aug-29, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过RNA测序、单核转录组分析和空间转录组技术,揭示了植物在干旱恢复过程中细胞类型特异性免疫激活的机制 首次在植物干旱恢复中识别出细胞类型特异性转录状态,并发现恢复诱导的自主免疫系统激活,增强了多种植物的病原体抗性 研究主要基于模式植物拟南芥和番茄,可能未涵盖所有植物物种的干旱恢复机制 探究植物从干旱中恢复的分子机制,特别是细胞类型特异性响应和免疫激活 拟南芥、野生番茄和驯化番茄的叶片细胞 植物生物学 NA RNA测序、单核转录组分析、空间转录组学、MERFISH NA 转录组数据、空间基因表达数据 未明确指定样本数量,但涉及多种植物叶片细胞类型 NA 单核转录组分析、空间转录组学 NA NA
105 2026-02-05
Dissecting the heterogeneity and tumor-associated dynamics of human liver group I ILC via scRNA sequencing data
2025-Aug-23, Immunologic research IF:3.3Q3
研究论文 本研究通过整合分析小鼠和人类肝脏免疫细胞的单细胞转录组数据,鉴定了人类肝脏ILC1s,并揭示了其在肝癌微环境中的动态变化和功能异质性 首次在单细胞水平上系统鉴定了人类肝脏ILC1s,发现了一个兼具NK细胞和ILC1s特征的中间固有淋巴细胞亚群,并揭示了EOMES转录因子在人类与小鼠模型中的表达差异及其调控意义的变化 研究主要基于单细胞转录组数据,缺乏功能实验的直接验证;样本来源和数量可能限制了结论的普适性 探究人类肝脏I型固有淋巴细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的动态变化 人类和小鼠的肝脏免疫细胞,特别是I型固有淋巴细胞及其在肝细胞癌中的亚群 单细胞组学 肝细胞癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确说明具体样本数量,涉及小鼠和人类肝脏免疫细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
106 2026-02-05
SPP1 + macrophages facilitate pancreatic cancer progression via ITGB6-mediated interactions: evidence from integrated multi-omics analysis and experimental validation
2025-Jul-28, Immunologic research IF:3.3Q3
研究论文 本研究通过整合多组学分析和实验验证,揭示了SPP1+巨噬细胞通过ITGB6介导的相互作用促进胰腺癌进展的机制 建立了基于基底膜相关基因的新型胰腺癌亚型分类和预后标志物,并首次在单细胞水平上描绘了肿瘤相关巨噬细胞的图谱,阐明了SPP1+巨噬细胞通过ITGB6介导的相互作用驱动肿瘤进展的新机制 研究主要基于公共数据库数据,实验验证可能受样本量限制,且机制研究集中在ITGB6,其他潜在分子通路有待进一步探索 探究基底膜和肿瘤相关巨噬细胞在胰腺癌进展中的作用机制,并开发预后预测模型 胰腺癌组织和细胞 生物信息学 胰腺癌 单细胞RNA测序,多组学分析,机器学习算法 LASSO,生存SVM RNA-seq数据,单细胞RNA-seq数据 来自公共数据库的胰腺癌队列数据,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq NA NA
107 2026-02-05
The impact of neddylation on prognosis in the immune microenvironment of neuroblastoma: a single-cell transcriptomic analysis
2025-Jul-17, Immunologic research IF:3.3Q3
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析,探讨了neddylation在神经母细胞瘤免疫微环境中的预后影响,并建立了一个neddylation相关的预后特征 首次在神经母细胞瘤中结合单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析,构建neddylation相关预后特征,并揭示其与免疫微环境及治疗响应的关联 研究基于回顾性数据,需要前瞻性临床验证来确认预后特征的普遍适用性 评估neddylation在神经母细胞瘤预后中的作用,并开发一个相关的预后特征以指导个性化治疗 神经母细胞瘤患者 数字病理学 神经母细胞瘤 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 单样本基因集富集分析 NA 基因表达数据, 单细胞转录组数据 171,992个细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
108 2026-02-05
ShinySC: An R/Shiny-based desktop application for seamless analysis of scRNA-Seq data
2025-Jul-01, Biomedical journal IF:4.1Q2
研究论文 本文介绍了一款基于R/Shiny的桌面应用程序ShinySC,旨在通过直观的图形界面简化单细胞RNA测序数据的全面分析 ShinySC整合了多种自动细胞类型注释方法(包括基于参考的SingleR、基于标记的ScType和scCATCH,以及基于GPT的GPTCelltype),并支持并排比较和手动标签优化,为无编程经验的用户提供了一个统一、可扩展的平台 分析性能受限于标准桌面系统的硬件配置(如64 GB RAM),且分析时长依赖于具体任务和注释方法,可能不适用于超大规模数据集 开发一个用户友好的工具,以降低单细胞RNA测序数据分析的门槛,提高可访问性和可重复性 单细胞RNA测序数据,包括来自PBMC和干扰素刺激数据集的示例 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 基准测试表明可处理多达200,000个细胞的数据集 10x Genomics, BD Biosciences 单细胞RNA-seq 10x Chromium, BD Rhapsody 支持多种输入格式,包括10x Genomics、BD Rhapsody、Seurat、Scanpy和CellView
109 2026-02-05
Single-nucleus transcriptional and chromatin accessibility analyses of maturing mouse Achilles tendon uncover the molecular landscape of tendon stem/progenitor cells
2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞转录组和染色质可及性分析,揭示了小鼠跟腱成熟过程中肌腱干细胞/祖细胞的分子特征,并鉴定了新的表面抗原标记物CD55和CD248 首次结合单细胞RNA测序与单核RNA及ATAC测序分析,识别出CD55和CD248作为TSPCs的新表面抗原标记物,并验证了其功能特性 研究仅基于小鼠模型,样本量有限(2周和6周龄),且未在人类组织或更广泛的年龄范围进行验证 探索肌腱干细胞/祖细胞的分子特征,以改善肌腱损伤后的功能恢复 小鼠跟腱细胞,特别是肌腱干细胞/祖细胞 单细胞组学 肌腱和韧带损伤 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, ATAC测序 NA 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 2周和6周龄小鼠的跟腱细胞 NA 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, ATAC-seq NA NA
110 2026-02-05
An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression
2025-05-23, Science immunology IF:17.6Q1
研究论文 本研究通过工程化改造疱疹病毒蛋白TIP,使其能够招募LCK激酶直接激活T细胞中的STAT5蛋白,从而在无细胞因子的情况下维持CD8+ T细胞的存活和功能,并增强其在实体瘤中的抗肿瘤效果 首次利用工程化的病毒蛋白TIP作为平台,强制招募LCK激酶至STAT蛋白,实现了细胞因子非依赖性的靶向STAT激活,并重编程了T细胞内的信号通路 研究主要基于体外和动物模型,其临床转化效果和长期安全性尚未在人体中得到验证 旨在克服T细胞疗法中因JAK-STAT信号失调导致的功能受损问题,增强T细胞在实体瘤中的持久性和功能性 工程化病毒蛋白TIP、LCK激酶、STAT5蛋白、CD8+ T细胞、实体瘤模型 免疫工程、合成生物学 实体瘤 单细胞转录组学、蛋白质工程、体内肿瘤模型 NA 基因表达数据、功能实验数据 NA NA 单细胞转录组学 NA NA
111 2026-02-05
A comprehensive analysis of scRNA-Seq and RNA-Seq unveils B cell immune suppression in the AAV-loaded brain
2025-Mar-05, Immunologic research IF:3.3Q3
研究论文 本研究通过整合转录组和单细胞RNA测序数据,结合孟德尔随机化分析,揭示了XBP1蛋白通过MDK-NCL配体-受体对及相关基因介导大脑中B细胞免疫抑制的潜在机制 首次利用scRNA-seq和RNA-seq数据结合孟德尔随机化分析,识别出XBP1在AAV载体诱导的大脑B细胞免疫抑制中的关键作用,并揭示了MDK-NCL配体-受体对的介导途径 研究主要基于转录组数据分析,缺乏体内或体外实验验证,且免疫抑制机制的具体调控网络和通路仍需进一步探索 探究AAV载体在大脑中引发的免疫反应,特别是B细胞免疫抑制的机制,以优化脑部基因治疗策略 AAV载体处理的大脑组织,重点关注免疫细胞(如B细胞、小胶质细胞)及其转录组变化 生物信息学 神经疾病 scRNA-seq, RNA-seq, 孟德尔随机化分析 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
112 2026-02-05
A Temporal and Spatial Atlas of Adaptive Immune Responses in the Lymph Node Following Viral Infection
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究介绍了一种名为AIR-SPACE的整合方法,结合高分辨率空间转录组学与配对的高保真长读长T/B细胞受体测序,用于解析病毒感染后淋巴结内适应性免疫应答的时空动态 开发了AIR-SPACE这一创新方法,首次实现了在原生空间背景下同时分析细胞转录组和适应性免疫受体库,并构建了病毒感染后淋巴结适应性免疫应答的全面时空图谱 研究目前仅应用于小鼠模型和痘苗病毒感染场景,尚未在人类样本或其他病原体感染中得到验证 解析病毒感染后淋巴结内适应性免疫应答的时空动态和组织结构 小鼠腘窝淋巴结在痘苗病毒感染后的适应性免疫细胞 空间转录组学 病毒感染 空间转录组学,长读长测序,T/B细胞受体测序 NA 空间转录组数据,受体序列数据 五个不同时间点的小鼠腘窝淋巴结样本 NA 空间转录组学,单细胞多组学 NA NA
113 2026-02-05
Frizzled5 controls murine intestinal epithelial cell plasticity through organization of chromatin accessibility
2025-02-03, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 本研究揭示了Frizzled5(Fzd5)作为Wnt通路受体,通过调控染色质可及性来控制小鼠肠道上皮细胞的可塑性,影响干细胞自我更新和谱系生成 首次整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序分析,阐明Fzd5通过组织染色质可及性来调控肠道上皮细胞命运,特别是在干细胞和祖细胞中 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类样本或临床验证,且机制细节仍需进一步探索 探究Fzd5在肠道上皮细胞可塑性中的调控作用 小鼠肠道上皮细胞,包括Lgr5标记的肠道干细胞和Krt19标记的细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞ATAC测序(scATAC-seq) NA 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据 NA NA 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq NA NA
114 2026-02-05
HPV integration in head and neck cancer: downstream splicing events and expression ratios linked with poor outcomes
2025-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过分析头颈鳞状细胞癌的RNA-seq数据,探讨HPV整合对临床预后的影响,并识别相关生物标志物 首次基于RNA特征(如HPV-人类融合转录本和HPV基因转录比例)对HPV整合阳性患者进行分类,并揭示其与较差临床结局的关联 研究主要依赖RNA数据,DNA整合事件仅来自部分队列,可能未全面覆盖所有整合模式 探究HPV整合在头颈癌中的致癌机制及其与临床预后的关系 头颈鳞状细胞癌患者样本 数字病理学 头颈癌 RNA-seq NA RNA序列数据 261个HPV相关HNSCC样本(包括bulk和单细胞RNA-seq)及102名HPV阳性参与者的DNA整合事件 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
115 2026-02-05
The role of mitophagy-related genes in prognosis and immunotherapy of cutaneous melanoma: a comprehensive analysis based on single-cell RNA sequencing and machine learning
2025-Jan-11, Immunologic research IF:3.3Q3
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法,阐明了线粒体自噬相关基因在皮肤黑色素瘤预后和免疫治疗中的作用,并开发了一个预测模型 首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法,构建了一个基于线粒体自噬相关基因的皮肤黑色素瘤预后模型,并揭示了其与免疫微环境及治疗响应的关联 研究依赖于公开数据库数据,未进行大规模独立临床队列验证,且模型在外部验证中的泛化能力有待进一步确认 阐明线粒体自噬相关基因在皮肤黑色素瘤中的作用,并开发预后预测模型 皮肤黑色素瘤患者的数据及细胞系 机器学习 皮肤黑色素瘤 单细胞RNA测序,RT-qPCR 多种机器学习算法(包括但不限于ssGSEA, WGCNA) 单细胞RNA测序数据,批量转录组数据,临床数据 未明确指定样本数量,但使用了公开数据库中的皮肤黑色素瘤数据 NA 单细胞RNA测序 NA NA
116 2026-02-05
A novel tumor-progressing fibroblast signature derived from single-cell RNA sequencing enables prognostic stratification and reveals RNF11 as a functional regulator in bladder cancer
2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析膀胱癌中的癌症相关成纤维细胞,构建了一个基于四个基因的肿瘤进展成纤维细胞风险评分模型,用于预后分层,并验证了RNF11在膀胱癌进展中的功能调节作用 整合单细胞RNA测序与批量转录组学数据,构建了一个新的CAF相关预后模型(TPFR),并首次在膀胱癌中功能验证了RNF11作为肿瘤进展调节因子的作用 研究样本量相对有限(单细胞数据来自8名患者),且模型验证主要依赖于回顾性队列,需要在前瞻性临床队列中进一步验证 开发一个基于癌症相关成纤维细胞分子特征的预后分层模型,以改善膀胱癌患者的风险预测和精准医疗策略 膀胱癌患者、膀胱癌细胞系(T24和5637) 数字病理学 膀胱癌 单细胞RNA测序、批量RNA测序、shRNA敲低、增殖/迁移/侵袭实验、转录组分析 非负矩阵分解共识聚类、LASSO-Cox回归、逐步选择模型 单细胞RNA测序数据、批量转录组数据 单细胞数据:8名BLCA患者;训练队列:359个TCGA-BLCA样本;验证队列:476个E-MTAB-4321样本;细胞实验:T24和5637膀胱癌细胞系 NA 单细胞RNA-seq NA NA
117 2026-02-05
Single-cell transcriptomics reveals mechanisms of Galt gene editing-induced liver injury involving HGF-VEGF-mediated intercellular signaling in mice
2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 本研究通过构建Galt基因编辑小鼠模型,利用单细胞转录组学揭示了Galt基因编辑诱导肝损伤的分子机制,涉及HGF-VEGF介导的细胞间信号传导 首次结合CRISPR/Cas9基因编辑技术与单细胞转录组学分析,系统阐明了Galt基因缺陷通过HGF和VEGF信号通路增强导致肝细胞水肿和肝损伤的新机制 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类样本或临床环境中验证,且机制研究仍处于探索阶段,需要进一步功能实验确认 阐明Galt基因编辑诱导肝损伤的分子机制,为半乳糖血症的发病机制提供新见解 Galt基因编辑小鼠(GAL小鼠)模型 单细胞转录组学 半乳糖血症 CRISPR/Cas9基因编辑,单细胞RNA-seq,qRT-PCR,Western blotting,H&E染色 小鼠疾病模型 单细胞转录组数据,基因表达数据,组织病理学图像 未明确指定样本数量,但基于GAL小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
118 2026-02-05
Adiponectin receptor T-cadherin emerges as a novel regulator of adipose stem cell quiescence and adipogenesis
2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA-seq分析揭示了T-cadherin在脂肪干细胞静息和脂肪生成中的调控作用 首次将T-cadherin鉴定为脂肪干细胞中一个具有干细胞特性的独特亚群的调控因子,并阐明其通过DPP4维持干细胞状态的新机制 研究主要基于体外实验,未在体内模型中验证T-cadherin的功能;样本来源仅限于人类皮下脂肪组织 探究脂肪组织细胞和间充质干细胞的异质性,特别是T-cadherin在脂肪干细胞静息和脂肪生成中的调控作用 人类皮下脂肪组织来源的间充质干细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA-seq, 慢病毒转导, 长期活细胞成像, 脂肪生成分化实验 NA 单细胞RNA-seq数据, 图像数据 未明确样本数量的人类皮下脂肪组织来源MSCs NA 单细胞RNA-seq NA NA
119 2026-02-05
Commentary: Analysis of head and neck cancer scRNA-seq data identified PRDM6 promotes tumor progression by modulating immune gene expression
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
120 2026-02-05
Unveiling the IL-1β/CXCL2 axis: a shared therapeutic target in periodontitis and inflammatory bowel disease
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合牙周炎和炎症性肠病的转录组数据,揭示了IL-1β/CXCL2轴作为两种疾病共有的炎症治疗靶点 首次整合牙周炎和炎症性肠病的批量与单细胞RNA-seq数据,识别出跨疾病的髓系细胞为中心的IL-1β/趋化因子炎症程序,并验证了IL-1β-CXCL2通路作为潜在治疗靶点 功能阻断研究尚未进行,需要进一步实验验证治疗因果关系 揭示牙周炎与炎症性肠病之间共享的细胞和分子机制,以寻找共同的治疗靶点 牙周炎患者和炎症性肠病患者的转录组数据,以及双炎症啮齿动物模型 生物信息学 牙周炎和炎症性肠病 单细胞RNA-seq, 批量转录组分析, 免疫组织化学 NA 转录组数据, 单细胞RNA-seq数据, 图像数据 两个牙周炎队列(GSE16134和GSE10334),18个炎症性肠病样本的51,322个细胞 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
回到顶部