单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1161	2025-03-26	Chronic Rejection After Kidney Transplantation 2025-Apr-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000005187 PMID:39192468	research paper	本文探讨了肾脏移植后慢性排斥反应的机制及潜在治疗方法	强调了自然杀伤细胞（NK细胞）在抗体介导排斥反应（AMR）中的关键作用，并探索了靶向CD38的单克隆抗体felzartamab的治疗潜力	尽管有初步积极结果，但felzartamab的疗效仍需进一步关键性试验验证	研究肾脏移植后慢性排斥反应的免疫机制及治疗策略	肾脏移植患者及相关的免疫机制	NA	肾脏疾病	免疫组化、批量转录组学、空间转录组学、功能遗传学	NA	分子和形态学数据	NA
1162	2025-03-26	Spatial Transcriptomics and Proteomics Profiling After Ischemic Stroke Reperfusion: Insights Into Vascular Alterations 2025-Apr, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.048085 PMID:40052263	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学分析，探讨了缺血性中风再灌注后脑血管变化的分子机制	首次结合空间转录组学和蛋白质组学技术，系统研究了缺血性中风再灌注后脑血管的分子变化模式	研究仅在小鼠模型中进行，样本量较小(n=5)，且仅观察了24小时内的早期变化	探究缺血性中风再灌注后脑血管变化的分子机制	13-14周龄C57BL/6JRj雄性小鼠的脑实质内皮细胞和周细胞	神经科学	缺血性中风	空间转录组学，蛋白质组学，免疫组织化学半定量分析	小鼠大脑中动脉闭塞模型	基因表达数据，蛋白质表达数据	5只13-14周龄C57BL/6JRj雄性小鼠
1163	2025-03-26	Map3k3 I441M Knock-In Mouse Model of Cerebral Cavernous Malformations 2025-Apr, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.049935 PMID:40127145	研究论文	本研究建立了一个Map3k3 I441M敲入小鼠模型，用于研究脑海绵状血管瘤（CCMs）的发病机制及治疗	首次建立了Map3k3I441M敲入小鼠模型，模拟人类CCMs的单等位基因突变，并揭示了PI3K信号通路在CCMs形成中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	研究脑海绵状血管瘤的发病机制及探索潜在治疗方法	Map3k3I441M敲入小鼠模型及Map3k3I441M; Ptenfl/fl小鼠模型	病理学	脑海绵状血管瘤	磁共振成像、单细胞RNA测序、免疫染色	小鼠模型	影像数据、基因表达数据	未明确说明具体数量，但涉及多种基因型小鼠
1164	2024-11-07	Metabolic reprogramming landscape of pan-cancer by single-cell transcriptome data integration 2025-Mar-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2024.10.026 PMID:39500689	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1165	2025-03-26	SOX2 commands LIM homeobox transcription factors in choroid plexus development and tumorigenesis 2025-Mar-25, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf085 PMID:40128799	研究论文	本研究探讨了转录因子SOX2在脉络丛发育和肿瘤形成中的作用	揭示了SOX2通过调控LMX1A和LMX1B的表达维持祖细胞特性，在脉络丛肿瘤形成中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索脉络丛肿瘤的分子机制和潜在治疗靶点	脉络丛肿瘤（包括CPP和CPC）	肿瘤生物学	脑肿瘤	单细胞转录组学、表观遗传学、空间转录组学	小鼠模型	基因组数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量，包括小鼠模型和人类肿瘤样本
1166	2025-03-26	Local DIO2 Elevation Is an Adaption in Malformed Cerebrovasculature 2025-Mar-25, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325857 PMID:40130314	研究论文	本文研究了甲状腺激素信号在脑血管畸形中的作用，发现DIO2的局部升高是畸形脑血管的一种适应性变化	揭示了DIO2介导的甲状腺激素信号在脑血管畸形中的新适应机制，并提出了靶向TH信号作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	探究甲状腺激素信号在脑血管畸形病理中的作用机制	人类脑血管畸形样本（海绵状血管瘤和动静脉畸形）及小鼠模型（Pdcd10 KO和KrasG12D）	脑血管疾病研究	脑血管畸形	单细胞转录组分析、腺相关病毒介导的基因操作、药物处理	基因敲除小鼠模型（Pdcd10 KO）、基因突变小鼠模型（KrasG12D）	转录组数据、组织切片	人类脑血管畸形样本及多种基因修饰小鼠
1167	2025-03-26	Mesenchymal stem cells and fibroblasts contribute to microvascular proliferation in glioblastoma and are correlated with immunosuppression and poor outcome 2025-Mar-25, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743 PMID:40131028	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其与免疫抑制和不良预后的关联	揭示了间充质干细胞和成纤维细胞在胶质母细胞瘤微血管增殖中的作用，并发现了PDGFRB作为驱动基因的角色	样本量较小（16例患者样本），且仅针对胶质母细胞瘤	探究胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其临床意义	胶质母细胞瘤患者的血管/血管周围基质细胞和免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	16例原发性胶质瘤患者样本
1168	2025-03-26	Single-cell transcriptome analyses of PBMCs reveal the immunological characteristics of individuals with phlegm-dampness constitution 2025-Mar-24, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1113-3 PMID:40126771	research paper	通过单细胞转录组分析揭示痰湿体质个体的免疫学特征	首次使用单细胞RNA测序技术分析痰湿体质个体的外周血单核细胞，揭示其免疫学特征	样本量较小，仅为初步研究	探索痰湿体质个体的免疫学特征，为中医体质分类提供分子免疫学基础	痰湿体质个体的外周血单核细胞(PBMCs)	digital pathology	metabolic disorders	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	痰湿体质个体的PBMCs样本(具体数量未提及)
1169	2025-03-26	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-Mar-24, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究探讨了产前PFOS暴露对子代大鼠肺发育和功能的影响，结合形态学、功能学和单细胞测序分析	首次结合单细胞RNA测序技术揭示PFOS暴露对肺细胞组成和分子反应的详细影响，并识别出Fam111a和Stk35基因在PFOS诱导的肺损伤和修复过程中的作用	研究仅在大鼠模型中进行，结果可能无法完全适用于人类	探究PFOS暴露对肺发育的细胞和分子机制	子代大鼠的肺组织	环境毒理学	肺损伤	单细胞RNA测序	大鼠模型	基因表达数据、形态学数据、功能学数据	不同剂量组(0, 0.01, 0.1, 1 mg/kg/day)的孕鼠及其子代，在出生后0、4、14、21和60天进行分析
1170	2025-03-26	Neural ensembles that encode nocifensive mechanical and heat pain in mouse spinal cord 2025-Mar-24, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01921-6 PMID:40128392	研究论文	该研究通过遗传捕获、活动操纵和单细胞RNA测序技术，识别了成年小鼠脊髓中编码机械性和热痛的不同神经集合	揭示了脊髓神经回路如何区分不同性质的伤害性信息，并发现了控制急性疼痛的共享前馈抑制机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证在人类中的适用性	探索脊髓神经回路对伤害性信息的编码机制	成年小鼠脊髓神经回路	神经科学	疼痛相关疾病	遗传捕获、活动操纵、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、行为数据	成年小鼠
1171	2025-03-26	Dissecting endothelial cell heterogeneity with new tools 2025-Mar-23, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00223-3 PMID:40121354	综述	本文综述了当前对内皮细胞异质性的理解，包括器官内和器官间的异质性，并探讨了新技术如单细胞RNA测序和血管类器官在研究中的应用	整合单细胞RNA测序与高通量测序技术，探索内皮细胞异质性在表观遗传水平和空间分辨背景下的表现，以及利用血管类器官研究人类内皮细胞异质性	未提及具体实验数据或样本量的限制	深入理解内皮细胞异质性及其对人类血管疾病的影响	血管内皮细胞	生物医学	血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 高通量测序, 血管类器官	NA	转录组数据	NA
1172	2025-03-26	Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data to characterize the heterogeneity of glycan-lipid metabolism polarization in hepatocellular carcinoma 2025-Mar-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06347-z PMID:40121455	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，研究肝细胞癌中糖脂代谢极化的异质性	首次识别出两种异质性代谢亚型（糖-HCC和脂-HCC），并开发了基因特征、放射组学、CEUS和血清生物标志物用于亚型确定	未提及具体样本量限制或技术局限性	揭示肝细胞癌的代谢异质性并开发临床转化策略	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、放射组学、CEUS	NA	RNA测序数据、影像数据、血清生物标志物	内部队列和公共HCC队列（具体数量未提及）
1173	2025-03-26	Single-cell RNA sequencing reveals a new mechanism of endothelial cell heterogeneity and healing in diabetic foot ulcers 2025-Mar-22, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00628-9 PMID:40121493	研究论文	利用单细胞RNA测序技术分析糖尿病足溃疡患者皮肤细胞异质性和内皮细胞转录组特征，揭示其与溃疡愈合和进展相关的关键细胞群和基因	发现内皮细胞在糖尿病足溃疡中的转录组差异，特别是与炎症反应和血管生成相关的信号通路，并验证了SH3BGRL3基因在高糖条件下对内皮细胞增殖、迁移和血管生成能力的促进作用	NA	揭示糖尿病足溃疡的发病机制，为开发新的治疗策略提供科学依据	糖尿病足溃疡患者的皮肤细胞和内皮细胞	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1174	2025-03-26	Systems biology of Haemonchus contortus - Advancing biotechnology for parasitic nematode control 2025-Mar-22, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108567 PMID:40127743	综述	本文综述了Haemonchus contortus的分子生物学、遗传多样性和宿主-寄生虫相互作用的关键进展，强调了其在与自由生活线虫Caenorhabditis elegans的比较研究中的价值	整合了基因组学、转录组学和蛋白质组学技术的最新发展，利用机器学习算法和人工智能驱动的蛋白质结构预测等先进生物信息学工具，以及单细胞测序和空间转录组学技术，深入解析宿主-寄生虫相互作用的分子机制	NA	推动寄生虫线虫控制的生物技术发展，特别是在抗寄生虫药物广泛耐药的情况下，探索新型抗寄生虫药物或疫苗的潜在靶点	Haemonchus contortus（一种反刍动物的吸血线虫）及其与宿主的相互作用	分子寄生虫学	寄生虫感染	基因组学、转录组学、蛋白质组学、单细胞测序、空间转录组学	机器学习算法、人工智能驱动的蛋白质结构预测	基因组、转录组、蛋白质组数据	NA
1175	2025-03-26	Protocol for directly selecting cell type marker genes for single-cell clustering analyses by Festem 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103514 PMID:39700012	研究论文	介绍了一种名为Festem的协议，用于直接选择细胞类型标记基因以进行单细胞RNA测序数据的聚类分析	Festem方法通过期望最大化测试直接选择细胞类型标记基因，简化了下游单细胞RNA测序数据的聚类过程	NA	优化单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据中的细胞类型标记基因	生物信息学	NA	scRNA-seq	Festem	基因表达数据	NA
1176	2025-03-26	Protocol for high-resolution 3D spatial transcriptomics using Open-ST 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103521 PMID:39708325	研究论文	介绍了一种使用Open-ST进行高效高分辨率2D/3D空间转录组学的实验方案	将Illumina流动池重新利用为空间条形码捕获区域，并详细描述了生成与组织学数据对齐的2D/3D分子图谱的计算工作流程	未提及具体的实验样本数量或验证结果	开发一种高效高分辨率的空间转录组学方法，以揭示健康和疾病中的分子机制	任何组织，包括临床样本	空间转录组学	NA	Open-ST, Illumina流动池重新利用	NA	分子图谱, 组织学数据	NA
1177	2025-03-26	Protocol for investigating intracellular microbial diversity using single-cell RNA-seq in immune cells of SARS-CoV-2-positive and recovered patients 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103546 PMID:39786999	研究论文	本文提出了一种利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究SARS-CoV-2阳性及康复患者免疫细胞中细胞内微生物多样性的详细步骤	提供了一种从样本收集到文库制备的完整工作流程，包括PBMC分离、单细胞标记、盒式芯片准备和细胞裂解等步骤，并详细说明了scRNA-seq数据分析方法	未提及该方法的检测灵敏度和特异性，也未讨论可能的技术限制	开发一种检测免疫细胞中非可培养状态微生物的方法	SARS-CoV-2阳性及康复患者的免疫细胞	数字病理学	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，但研究对象为SARS-CoV-2阳性及康复患者的PBMC
1178	2025-03-26	Protocol for transcriptomic and epigenomic analyses of tip-like endothelial cells using scRNA-seq and ChIP-seq 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103326 PMID:39799578	研究论文	本文提出了一种用于培养内皮细胞中尖端样细胞的转录组和表观基因组分析的实验方案	该方案结合了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq），适用于多种组学研究	实验方案的具体执行细节需参考Miyamura等人的完整说明	研究尖端样内皮细胞的转录组和表观基因组特征	人脐静脉内皮细胞（HUVECs）	生物信息学	NA	scRNA-seq, ChIP-seq	NA	转录组数据, 表观基因组数据	NA
1179	2025-03-26	Protocol for the isolation of silk glands from silkworms for snRNA-seq and spatial transcriptomics 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103581 PMID:39804771	研究论文	本文提出了一种从蚕中分离丝腺细胞核并进行空间转录组学分析的实验方案	开发了一种新的实验流程，能够在单细胞分辨率下探索丝腺细胞的空间分布	未提及该方案在非模式蚕种或其他昆虫中的适用性	建立蚕丝腺细胞核分离和空间转录组学分析的标准实验方案	蚕的丝腺组织	空间转录组学	NA	snRNA-seq, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
1180	2025-03-26	Protocol to boost the robustness and accuracy of spatial transcriptomics algorithms using ensemble techniques 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103608 PMID:39879360	研究论文	提出了一种使用加权集成方法（WEST）增强空间转录组学算法稳健性和准确性的协议	使用集成技术提升现有算法的稳健性和准确性，通过相似性矩阵识别空间域并获得新的嵌入	未提及具体实验验证结果或与其他方法的比较	提升空间转录组学算法的稳健性和准确性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	加权集成方法（WEST）	基因表达数据	NA