单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1121	2025-03-28	Unleashing the Power of Multiomics: Unraveling the Molecular Landscape of Peripheral Neuropathy 2025-Mar-24, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.70019 PMID:40126913	综述	本文回顾了基因组技术在周围神经病变(PN)研究中的演变，强调了NGS在揭示遗传复杂性中的关键作用，并探讨了多组学技术在PN病理生理学中的潜在应用	整合多组学技术（如RNA测序和蛋白质组学）为PN病理生理学提供全面见解，可能揭示新的生物标志物和治疗靶点	标准化这些技术用于临床应用的挑战和问题尚未解决，需要强有力的指南以最大化其临床效用	推进对周围神经病变(PN)的理解，改善诊断和治疗方法	周围神经病变(PN)及其相关分子机制	基因组学与多组学	周围神经病变	NGS, 长读长/单细胞测序, RNA测序, 蛋白质组学	NA	基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据	NA
1122	2025-03-28	Unveiling the role of PPIF and macrophage subtypes in LSCC progression via single-cell and exosome RNA sequencing 2025-Mar-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93584-3 PMID:40128571	研究论文	通过单细胞和外来体RNA测序揭示PPIF和巨噬细胞亚型在LSCC进展中的作用	首次揭示了Macrophage-C1-C1QC亚群中PPIF上调与其抗炎表型增强及促进F11R-F11R信号传导的关系，为LSCC提供了新的治疗靶点	未进行体内实验验证PPIF的功能机制	探究喉鳞状细胞癌(LSCC)肿瘤微环境(TME)的细胞特征及PPIF在其中的作用	喉鳞状细胞癌组织样本中的肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
1123	2025-03-28	Prognostic and immunological implications of protein kinases in gastric cancer: a focus on hub gene ABL2 and its impact on the polarization of M2 macrophages 2025-Mar-24, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00636-9 PMID:40128818	research paper	该研究通过分析胃癌患者中蛋白激酶的转录谱，构建了一个基于差异表达激酶基因的模型（DE-KGsM），并探讨了其与患者生存、肿瘤微环境及免疫治疗反应的关系，同时揭示了ABL2基因在M2巨噬细胞极化中的作用	研究首次构建了基于差异表达激酶基因的预后模型（DE-KGsM），并发现ABL2基因在调节M2巨噬细胞极化及促进胃癌进展中的关键作用	研究主要基于公共数据库的转录组数据，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验和更大规模的临床样本验证	探讨蛋白激酶在胃癌中的预后和免疫学意义，特别是ABL2基因对M2巨噬细胞极化的影响	胃癌患者和胃癌细胞系	肿瘤免疫学	胃癌	转录组分析、scRNA-seq分析、TIMER算法、体外实验	机器学习模型（DE-KGsM）	转录组数据、单细胞RNA测序数据	来自GEO和TCGA数据库的胃癌患者数据
1124	2025-03-28	Dietary emulsifier carboxymethylcellulose-induced gut dysbiosis and SCFA reduction aggravate acute pancreatitis through classical monocyte activation 2025-Mar-24, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02074-1 PMID:40128912	research paper	该研究探讨了食品乳化剂羧甲基纤维素（CMC）对急性胰腺炎（AP）的有害影响及其通过Akkermansia muciniphila或丁酸盐补充的潜在缓解作用	揭示了CMC通过肠道菌群失调和短链脂肪酸减少加重急性胰腺炎的机制，并提出了Akkermansia muciniphila或丁酸盐作为潜在治疗途径	研究主要基于小鼠模型，人类样本分析有限，需要进一步临床验证	探究CMC对急性胰腺炎的影响及其潜在治疗策略	C57BL/6小鼠和急性胰腺炎患者	生物医学	急性胰腺炎	16S rRNA基因扩增子测序、单细胞RNA测序、粪便微生物移植（FMT）	小鼠模型	分子和免疫参数、肠道菌群组成、单细胞RNA测序数据	C57BL/6小鼠和急性胰腺炎患者的样本
1125	2025-03-28	EGFR-mediated local invasiveness and response to Cetuximab in head and neck cancer 2025-Mar-22, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02290-1 PMID:40121428	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了EGFR介导的头颈部鳞状细胞癌局部侵袭的基因调控网络，并探讨了其对西妥昔单抗反应的预测潜力	发现了一个由INHBA和SNAI2等基因组成的局部侵袭基因调控网络(invGRN)，并验证了该网络的功能互连性及其对西妥昔单抗反应的预测价值	研究主要基于细胞3D模型和患者来源的异种移植模型，尚未在更大规模的临床队列中验证	探索EGFR驱动的头颈部鳞状细胞癌进展的分子网络，以寻找潜在的治疗靶点和预测标志物	复发/转移性头颈部鳞状细胞癌(R/M-HNSCC)	数字病理学	头颈癌	RNA-seq, scRNA-seq	3D细胞模型	基因表达数据	患者来源的异种移植(PDX)和R/M-HNSCC患者样本
1126	2025-03-28	Sox9 and nuclear factor I transcription factors regulate the timing of neurogenesis and ependymal maturation in dopamine progenitors 2025-Mar-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204421 PMID:39995267	研究论文	研究Sox9和核因子I转录因子如何调控多巴胺祖细胞中神经发生和室管膜细胞成熟的时间	揭示了Sox9和核因子I转录因子在多巴胺祖细胞进入细胞周期停滞（G0）和室管膜细胞成熟过程中的关键作用	未探讨这些转录因子在其他类型祖细胞中的作用	探究多巴胺祖细胞中神经发生和室管膜细胞成熟的调控机制	中脑多巴胺（mDA）神经元祖细胞	神经生物学	NA	单细胞RNA测序、组织学分析	NA	基因表达数据、组织学图像	不同胚胎阶段的中脑多巴胺祖细胞
1127	2025-03-28	Mucosal Macrophages Govern Intestinal Regeneration in Response to Injury 2025-Mar-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.01.252 PMID:40086603	研究论文	本研究揭示了巨噬细胞在辐射诱导的肠炎中如何促进肠道再生	发现巨噬细胞通过分泌neuregulin 1和osteopontin促进肠道干细胞区室周围的上皮细胞胎儿样重编程和增殖	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	探究辐射诱导肠炎中肠道再生的机制	小鼠和人类肠道类器官与巨噬细胞的互作	NA	辐射性肠炎	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术, 成像技术	NA	基因表达数据, 影像数据	小鼠模型和人类肠道类器官
1128	2025-03-28	scSAMAC: saliency-adjusted masking induced attention contrastive learning for single-cell clustering 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf128 PMID:40131310	研究论文	本文提出了一种名为scSAMAC的新方法，用于单细胞数据的聚类分析，通过结合对比学习和负二项损失函数到变分自编码器中，提高了聚类的鲁棒性和泛化能力	scSAMAC方法创新性地整合了对比学习和负二项损失到变分自编码器中，采用基因特征显著性调整的负样本生成方法构建掩码模块，并开发了包含软k均值损失、Wasserstein距离和对比损失的新型损失函数，以提高聚类性能	NA	提高单细胞数据聚类的准确性和鲁棒性，以更好地支持下游分析	单细胞测序数据	机器学习	NA	单细胞测序技术	变分自编码器（VAE）	单细胞测序数据	NA
1129	2025-03-28	A Comprehensive Analysis of Epoxide Hydrolase 2 (EPHX2) in Pan-Cancer 2025-Mar, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.70188 PMID:40129060	research paper	该研究全面分析了环氧水解酶2（EPHX2）在泛癌中的表达、诊断和预后意义，并探讨了其在肿瘤免疫微环境中的作用	首次详细描绘了EPHX2在泛癌中的预后景观，并探索了其与肿瘤免疫浸润的潜在关系	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于qPCR在多种癌细胞系中的表达验证	详细描述EPHX2在泛癌中的预后景观，并探索其在肿瘤免疫微环境中的潜在关系	环氧水解酶2（EPHX2）及其在多种癌症中的作用	生物信息学	泛癌	基因集变异分析（GSVA）、qPCR、单细胞测序	NA	基因表达数据、免疫浸润数据	33种肿瘤的遗传变异数据及多种癌细胞系的qPCR验证
1130	2025-03-28	Utilizing sc-linker to integrate single-cell RNA sequencing and human genetics to identify cell types and driver genes associated with non-small cell lung cancer 2025-Jan-23, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13525-1 PMID:39849454	研究论文	利用sc-linker整合单细胞RNA测序和人类遗传学数据，识别与非小细胞肺癌相关的细胞类型和驱动基因	结合scRNA-seq、表观基因组SNP-to-gene映射和GWAS摘要统计，推断遗传变异影响的潜在细胞类型和疾病	研究依赖于sc-linker框架的准确性，且样本来源和数量可能影响结果的普适性	识别与非小细胞肺癌相关的特定细胞类型和驱动基因，以揭示致病机制和开发治疗策略	非小细胞肺癌（NSCLC）相关的细胞类型和基因	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, GWAS, MAGMA	sc-linker	单细胞RNA测序数据、表观基因组数据、GWAS摘要统计数据	NA
1131	2025-03-28	The multi-target mechanism of action of Selaginella doederleinii Hieron in the treatment of nasopharyngeal carcinoma: a network pharmacology and multi-omics analysis 2025-01-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83921-3 PMID:39747499	研究论文	本研究通过网络药理学和多组学分析探讨了石上柏在治疗鼻咽癌中的多靶点作用机制	结合网络药理学、多组学分析及分子对接技术，揭示了石上柏活性成分通过多靶点、多途径协同作用治疗鼻咽癌的潜在机制	研究主要基于生物信息学分析，需进一步实验验证	探究石上柏治疗鼻咽癌的多靶点作用机制	鼻咽癌相关靶基因及石上柏活性成分	网络药理学	鼻咽癌	WGCNA分析、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据	GSE53819数据集（具体样本数未提及）
1132	2025-03-28	Spatiotemporal Cellular Dynamics of Germinal Center Reaction in Coronavirus Disease 2019 Lung-Draining Lymph Node Based on Imaging-Based Spatial Transcriptomics 2025-01, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2024.102180 PMID:39522760	研究论文	本研究利用基于成像的空间转录组学技术，揭示了SARS-CoV-2感染非人灵长类动物后，肺引流淋巴结中免疫细胞组成和组织结构形成的动态变化	首次使用成像空间转录组学技术解析COVID-19康复期和再感染过程中生发中心形成的免疫细胞动态变化	研究对象仅限于非人灵长类动物，未涉及人类患者	阐明SARS-CoV-2感染后淋巴结构恢复的细节及其对免疫记忆的影响	SARS-CoV-2感染的非人灵长类动物的肺引流淋巴结	空间转录组学	COVID-19	成像空间转录组学	NA	空间转录组数据	非人灵长类动物样本（具体数量未提及）
1133	2025-03-28	Myosin 1f and Proline-rich 13 are transcriptionally upregulated yet functionally redundant in CD4+ T cells during blood-stage Plasmodium infection 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0320375 PMID:40132035	研究论文	研究在疟疾实验模型中，CD4+ T细胞中Myo1f和Prr13基因的转录上调及其功能冗余性	首次在T辅助细胞中鉴定并研究了Myo1f和Prr13基因的功能，尽管这些基因在效应和记忆分化过程中转录上调，但在功能上是冗余的	研究仅限于小鼠模型中的Plasmodium chabaudi chabaudi AS感染，可能不适用于其他疟原虫物种或人类感染	探究CD4+ T细胞在疟疾感染期间的分化机制，特别是Myo1f和Prr13基因的作用	CD4+ T细胞，特别是Plasmodium特异性TCR转基因PbTII细胞	免疫学	疟疾	scRNA-seq, 条件性基因敲除	小鼠感染模型	基因表达数据	NA
1134	2025-03-28	Single-cell and transcriptome analyses revealed CTHRC1 a potential therapeutic target mediating invasion and tumor microenvironment in TNBC: experimental validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1534981 PMID:40134434	研究论文	研究CTHRC1在三阴性乳腺癌(TNBC)肿瘤微环境中的关键作用及其作为潜在治疗靶点的可能性	首次系统性地研究了CTHRC1在TNBC中的表达特征及其通过调节M2型巨噬细胞影响肿瘤免疫微环境的机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索CTHRC1在TNBC肿瘤微环境中的作用及其治疗潜力	三阴性乳腺癌(TNBC)患者样本和肿瘤微环境	肿瘤生物学	乳腺癌	RNA转录组分析、单细胞测序、多重免疫荧光分析	NA	RNA测序数据、单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的TNBC患者样本数据
1135	2025-03-28	Jing-Yin-Gu-Biao formula protects mice from postinfluenza Staphylococcus aureus infection by ameliorating acute lung injury and improving hypercoagulable state via inhibiting NETosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567522 PMID:40134435	研究论文	本研究探讨了荆银固表方（JYGBF）对流感后金黄色葡萄球菌感染的保护作用及其机制	首次发现JYGBF通过抑制NETosis改善急性肺损伤和高凝状态	研究仅限于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	评估JYGBF对流感后金黄色葡萄球菌感染的保护作用及相关机制	流感后金黄色葡萄球菌感染的小鼠模型	医学	急性呼吸道感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠感染模型	体内和体外实验数据	未明确说明具体样本数量
1136	2025-03-28	Differential neuropilin isoform expressions highlight plasticity in macrophages in the heterogenous TME through in-silico profiling 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1547330 PMID:40134439	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了神经纤毛蛋白（NRP）异构体NRP1和NRP2在肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的差异表达及其在肿瘤微环境（TME）中的不同作用机制	首次在单细胞水平上揭示了NRP1和NRP2在ccRCC和SKCM肿瘤中的差异表达模式，并发现了与这两种异构体过表达相关的特定基因集	研究仅基于两种癌症类型（ccRCC和SKCM）的数据，可能无法完全代表其他癌症类型中NRP异构体的表达模式	探究NRP1和NRP2在肿瘤相关巨噬细胞中的差异表达及其在肿瘤微环境中的作用机制	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）和皮肤黑色素瘤（SKCM）中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肾癌, 黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 差异基因表达分析（DEGA）	聚类算法	RNA测序数据	来自ccRCC和SKCM肿瘤的样本（具体数量未明确说明）
1137	2025-03-28	Discrepancies between human and murine model cerebral aneurysms at single-cell resolution 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1512938 PMID:40134579	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术比较了人类和小鼠模型脑动脉瘤的细胞和分子差异	首次在单细胞分辨率下系统地比较了人类和小鼠模型脑动脉瘤的差异，揭示了表型可修饰细胞的关键不同	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未进行功能验证实验	探究人类和小鼠模型脑动脉瘤的细胞和分子差异	人类和小鼠模型的脑动脉瘤组织	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
1138	2025-03-28	Application and Progression of Single-Cell RNA Sequencing in Diabetes Mellitus and Diabetes Complications 2025, Journal of diabetes research IF:3.6Q2 DOI:10.1155/jdr/3248350 PMID:40135071	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在糖尿病及其并发症研究中的应用和进展	强调了scRNA-seq在糖尿病研究中识别新型生物标志物和免疫治疗靶点的潜力	未提及具体实验数据或样本量的限制	探讨scRNA-seq在糖尿病及其并发症研究中的应用	糖尿病及其并发症（如糖尿病视网膜病变、糖尿病心肌病和糖尿病肾病）	digital pathology	糖尿病	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
1139	2025-03-27	Erythroblastic island: the niche for erythroid terminal differentiation and beyond 2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000228 PMID:40129604	review	本文综述了关于红细胞岛（EBI）的最新发现，探讨了其潜在的免疫功能，并提供了未来研究的视角	挑战了传统观点，提出红细胞岛可能支持其他造血谱系细胞，并发现了红细胞岛巨噬细胞的新标记——促红细胞生成素受体	尚不清楚免疫倾向性红细胞母细胞是否及如何在红细胞岛中成熟	探讨红细胞岛的功能及其在造血系统中的潜在作用	红细胞岛（EBI）及其细胞组成	NA	NA	谱系追踪小鼠模型、成像流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
1140	2025-03-27	PRMT1 Ablation in Endothelial Cells Causes Endothelial Dysfunction and Aggravates COPD Attributable to Dysregulated NF-κB Signaling 2025-Mar-26, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411514 PMID:40135804	研究论文	本文研究了PRMT1在内皮细胞中的作用，特别是在慢性阻塞性肺病（COPD）发病机制中的角色	揭示了PRMT1作为肺内皮细胞功能的关键调节因子，防止NF-κB驱动的内皮功能障碍和衰老	PRMT1在内皮细胞中的具体作用机制仍需进一步研究	探讨PRMT1在内皮细胞中的作用及其在COPD发病机制中的影响	内皮细胞和慢性阻塞性肺病（COPD）	分子生物学	慢性阻塞性肺病（COPD）	RNA测序（bulk RNA sequencing和single-cell RNA sequencing）	内皮特异性PRMT1敲除小鼠	基因表达数据	小鼠模型和肺内皮细胞