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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1101 | 2026-04-03 |
Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.29.564555
PMID:39677775
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研究论文 | 本研究探讨了乳腺浸润性小叶癌中MDC1作为ER共调节因子的新功能,及其与DNA修复功能障碍和PARP抑制剂敏感性的关联 | 发现MDC1在ILC细胞中作为ER共调节因子的新活性,这种活性与典型的DNA修复功能失调相关,但缺乏传统DNA修复缺陷特征,并揭示了ILC中一种独特的HR功能障碍形式 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型,临床样本验证有限,且未详细探讨MDC1-ER相互作用的分子机制 | 探究MDC1在乳腺浸润性小叶癌中的双重功能及其与DNA修复和PARP抑制剂敏感性的关系 | 乳腺浸润性小叶癌细胞及肿瘤组织 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析、DNA修复活性分析、蛋白质相互作用组分析 | NA | 转录组数据、蛋白质相互作用数据、功能实验数据 | 多个ILC异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1102 | 2026-04-03 |
TEAD3 and TEAD4 play overlapping role in bovine preimplantation development
2025-03-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-24-0307
PMID:39679917
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研究论文 | 本研究揭示了在牛胚胎植入前发育过程中,TEAD3和TEAD4转录因子在滋养外胚层命运决定中发挥重要且重叠的功能 | 首次在牛中发现TEAD3特异性表达于滋养外胚层细胞,并证明TEAD3与TEAD4在牛胚胎植入前发育中具有冗余作用,这与小鼠中TEAD4的直接调控作用不同 | 研究主要聚焦于牛胚胎植入前发育阶段,未探讨TEAD3和TEAD4在其他发育阶段或物种中的功能 | 确定TEAD3在牛胚胎植入前发育中的功能角色 | 牛胚胎植入前发育过程中的胚胎细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,RNA干扰,碱基编辑技术,RNA测序分析,免疫荧光分析 | NA | RNA测序数据,免疫荧光图像数据 | 未明确指定样本数量,但涉及牛胚胎植入前发育阶段的胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1103 | 2026-04-03 |
Key glycometabolism during oocyte maturation and early embryonic development
2025-03-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-24-0275
PMID:39846956
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综述 | 本综述探讨了葡萄糖代谢在卵母细胞成熟和早期胚胎发育中的核心作用,及其对能量产生、发育决策和表观遗传调控的影响 | 揭示了葡萄糖、脂肪酸、氨基酸和核苷酸之间的复杂相互作用,并探索了非侵入性代谢监测如何革新胚胎选择和个性化辅助生殖技术 | NA | 推进生殖医学和胚胎学,通过研究代谢过程改善生育治疗结果 | 哺乳动物配子和早期胚胎 | 生殖医学 | 生育障碍 | 单细胞测序、代谢组学、生物信息学 | NA | 代谢数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1104 | 2026-04-02 |
Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in FFPE tissues
2025-Nov-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64990-y
PMID:41266321
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研究论文 | 本文系统性地比较了三种商业成像空间转录组学平台在FFPE组织中的性能 | 首次在包含多种肿瘤和正常组织的组织微阵列上,对10X Xenium、Vizgen MERSCOPE和Nanostring CosMx三种iST平台进行综合技术性能与生物性能基准测试 | 研究仅基于组织微阵列的连续切片,可能未完全反映实际临床应用中的组织异质性,且平台比较受限于匹配基因集 | 评估和比较不同成像空间转录组学平台在FFPE组织中的性能,为研究者在珍贵样本研究中提供方法选择指导 | 包含17种肿瘤和16种正常组织类型的组织微阵列的连续切片 | 空间转录组学 | 多种肿瘤 | 成像空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 组织微阵列包含33种组织类型(17种肿瘤和16种正常) | 10X Genomics, Vizgen, Nanostring | 成像空间转录组学 | 10X Xenium, Vizgen MERSCOPE, Nanostring CosMx | 商业成像空间转录组学平台应用于FFPE组织切片 |
| 1105 | 2026-04-02 |
Mechanisms of lactylation-related biomarker in neonatal hypoxic-ischemic brain damage analyzed through multi-omics data
2025-Oct-30, Pediatric research
IF:3.1Q1
DOI:10.1038/s41390-025-04538-4
PMID:41168403
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研究论文 | 本研究通过多组学数据分析,探讨了乳酸化相关基因在新生大鼠缺氧缺血性脑损伤中的作用,并筛选出关键生物标志物GFAP和LCP1,验证了银杏内酯B和橘皮素的神经保护作用 | 首次在新生大鼠缺氧缺血性脑病模型中采用多组学方法,并研究了乳酸代谢相关基因的作用,为药物开发提供了新靶点和方向 | 研究基于大鼠模型,结果向人类临床转化需进一步验证 | 探究乳酸化相关基因在新生儿缺氧缺血性脑损伤中的机制,并寻找潜在治疗靶点 | 新生SD大鼠的脑组织 | 机器学习和多组学分析 | 新生儿缺氧缺血性脑损伤 | 转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、分子对接 | 机器学习 | 转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据 | SD大鼠模型,具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1106 | 2026-04-02 |
Engineering unnatural cells with a 21st amino acid as a living epigenetic sensor
2025-Oct-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64448-1
PMID:41130980
|
研究论文 | 本文开发了能够生物合成和遗传编码乙酰赖氨酸的自主细胞,作为活体表观遗传传感器,用于实时监测活体动物中的蛋白质翻译后修饰动态 | 利用遗传密码扩展技术,首次在活体动物中实现了基于21种氨基酸的工程化细胞作为非侵入性表观遗传传感器,用于实时跟踪去乙酰化酶活性和抑制剂效果 | 未明确说明传感器在复杂生物环境中的长期稳定性或潜在免疫反应,且可能仅限于乙酰化修饰的监测 | 开发非侵入性方法以实时监测活体动物中蛋白质翻译后修饰的动态变化 | 工程化的原核和真核细胞,以及活体动物模型 | 合成生物学 | NA | 遗传密码扩展技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1107 | 2026-04-02 |
Concerted changes in Epithelium and Stroma: a multi-scale, multi-omics analysis of progression from Barrett's Esophagus to adenocarcinoma
2025-Oct-20, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.034
PMID:40695287
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研究论文 | 本研究通过多组学分析,揭示了从巴雷特食管到食管腺癌进展过程中上皮与基质细胞的协同变化 | 首次整合单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学和空间蛋白质组学,系统描绘了从鳞状上皮到腺癌的多阶段进展特征 | 样本量相对有限(26例患者),且为观察性研究,需要更大队列验证 | 阐明巴雷特食管向食管腺癌进展的分子与细胞机制 | 食管组织样本(包括鳞状上皮、化生、异型增生和腺癌阶段) | 数字病理学 | 食管腺癌 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、空间蛋白质组学、组织力学分析 | 多组学整合分析 | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、空间蛋白表达数据、力学测量数据 | 107个样本来自26例患者(两个独立队列) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 1108 | 2026-04-02 |
Precisely defining disease variant effects in CRISPR-edited single cells
2025-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09313-3
PMID:40702188
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研究论文 | 本文提出了一种多组学单细胞测序方法,用于精确评估CRISPR编辑后疾病相关等位基因的功能效应 | 开发了一种结合基因组DNA编辑识别、转录组分析和细胞表面蛋白表达测量的多模态单细胞测序方法,能够直接检测疾病等位基因的功能后果 | 未明确说明样本量或实验重复次数,可能受限于编辑效率和培养条件引起的非特异性转录变化 | 旨在克服CRISPR编辑中效率低、编辑结果异质性和非特异性转录变化的限制,以识别疾病相关非编码等位基因的因果变异和功能 | 人类T细胞中的基因破坏、调控区域缺失、非编码单核苷酸多态性等位基因以及多重编辑 | 单细胞多组学 | 自身免疫性疾病 | CRISPR-Cas编辑,单细胞测序 | NA | 基因组DNA,转录组,蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞多组学测序 | NA | NA |
| 1109 | 2026-04-02 |
Robust and adaptive non-parametric tests for detecting general distributional shifts in gene expression
2025-Sep-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101147
PMID:40902592
|
研究论文 | 本文提出了一种名为QRscore的非参数框架,用于检测基因表达中的分布变化,包括均值偏移和方差偏移 | QRscore通过从负二项分布和零膨胀负二项分布中推导模型信息权重,扩展了Mann-Whitney检验,能同时检测均值和方差偏移,具有高统计功效和错误发现率控制 | NA | 开发一种强大的非参数测试方法,用于检测基因表达中的一般分布偏移 | 基因表达数据,包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 非参数框架(QRscore) | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1110 | 2026-04-02 |
Chromoanagenesis in Osteosarcoma
2025-06-07, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15060833
PMID:40563473
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综述 | 本文综述了染色体灾难性事件(chromoanagenesis)在骨肉瘤中的作用机制及其对肿瘤进展的影响 | 系统阐述了染色体碎裂和染色体再合成等关键机制如何源于复制应激和DNA修复缺陷,并推动骨肉瘤的基因组不稳定性 | 针对骨肉瘤的靶向治疗仍难以实现,且基于染色体灾难性事件的临床转化策略尚处探索阶段 | 阐明染色体灾难性事件在骨肉瘤发生发展中的分子机制,并探索其作为治疗靶点的潜力 | 骨肉瘤(儿童和青少年中最常见的恶性骨肿瘤)及其相关的基因组重排事件 | 基因组学 | 骨肉瘤 | 下一代测序(NGS)、光学基因组图谱、单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1111 | 2026-04-02 |
Mechanisms and strategies of immunosenescence effects on non-small cell lung cancer (NSCLC) treatment: A comprehensive analysis and future directions
2025-02, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2025.01.001
PMID:39793777
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综述 | 本文全面分析了免疫衰老对非小细胞肺癌(NSCLC)进展及治疗影响的分子、细胞和遗传机制,并探讨了针对老年患者的未来治疗策略 | 系统性地整合了免疫衰老在NSCLC中的作用机制,并重点探讨了如何利用单细胞测序、CRISPR-Cas9等新兴技术来理解并靶向免疫衰老,以优化老年患者的免疫治疗 | 本文是一篇综述性文章,未涉及原始实验数据或具体的临床研究,主要基于现有文献进行分析和展望 | 阐明免疫衰老如何影响NSCLC的进展和治疗反应,并探索改善老年NSCLC患者治疗效果的未来方向 | 非小细胞肺癌(NSCLC),重点关注老年患者群体及其衰老的免疫系统 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞测序,CRISPR-Cas9 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1112 | 2026-04-02 |
Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Provides Insights into IgA Nephropathy
2025-01-29, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15020191
PMID:40001494
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在IgA肾病研究中的应用进展 | 利用scRNA-seq技术揭示了IgA肾病中免疫特征的全景,包括外周血B细胞和Th细胞活化、细胞毒性T细胞耗竭、肾脏浸润细胞亚型,以及系膜细胞和内皮细胞在肾损伤早期的关键作用 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在IgA肾病研究中的进展,以理解其复杂分子机制并开发生物标志物和特异性治疗策略 | IgA肾病(IgAN) | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1113 | 2026-04-02 |
Integrated single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq analysis to investigate key adipogenesis genes in adipose-derived stem cells
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335152
PMID:41325391
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq数据,探索了脂肪来源干细胞(ADSCs)在脂肪生成过程中的关键基因及其阶段特异性调控网络 | 整合了bulk和单细胞RNA-seq数据,识别了脂肪生成早期和晚期的阶段特异性调控基因,并构建了包含mRNA、miRNA和lncRNA的ceRNA调控网络 | 研究主要基于转录组数据,未涉及蛋白质水平或功能验证,且样本来源和数量可能有限 | 探究ADSCs脂肪生成过程中的关键调控基因和阶段特异性转录调控网络 | 脂肪来源干细胞(ADSCs) | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, qPCR | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1114 | 2026-04-01 |
Lactylated histone H4K8 regulation of MFN2/Wnt signaling integrates glycolytic metabolism and Müller cell activation in the pathogenesis of glaucoma
2025-12, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107178
PMID:41197676
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白H4K8乳酸化通过调控MFN2/Wnt信号通路,整合糖酵解代谢与Müller细胞活化,在青光眼发病机制中的作用 | 首次发现乳酸化组蛋白H4K8在青光眼视网膜中特异性富集于MFN2启动子区,并揭示了一个连接线粒体动力学与Wnt/β-catenin信号通路的乳酸响应性表观遗传回路 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未在人类患者中进行验证;MFN2作为治疗靶点的具体干预策略和安全性有待进一步探索 | 探究青光眼发病过程中代谢压力、表观遗传调控与神经胶质-神经元相互作用的分子机制 | 青光眼视网膜组织、Müller胶质细胞、视网膜神经节细胞、光感受器细胞 | 表观遗传学与代谢神经科学 | 青光眼 | CUT&Tag全基因组分析、单细胞RNA测序、体内实验 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1115 | 2026-04-01 |
Pancreatic hypersecretion of amyloid-forming human amylin dysregulates the neuro-immune axis and B cell development in a model of type-2 diabetes
2025-11, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107153
PMID:41135632
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研究论文 | 本研究探讨了2型糖尿病中胰腺过度分泌的人胰淀素如何通过影响外周和神经免疫反应,特别是B细胞发育,导致免疫失调和神经退行性变化 | 首次揭示了人胰淀素在2型糖尿病中通过下调脑血管ICAM-1和上调B细胞CXCR4表达,导致免疫细胞迁移减少和B细胞发育缺陷,并发现CXCL12/CXCR4信号轴作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于转基因动物模型,人类数据仅通过单细胞测序初步验证,慢性暴露机制和临床转化需进一步探索 | 探究2型糖尿病中胰腺人胰淀素积累如何影响外周和神经免疫反应,特别是与认知衰退和神经退行性变相关的机制 | 转基因大鼠和小鼠模型,以及2型糖尿病患者的单细胞测序数据 | 免疫学与神经科学交叉研究 | 2型糖尿病 | 单细胞测序,转基因动物模型,免疫细胞分析 | 转基因动物模型(大鼠和小鼠) | 基因表达数据,免疫细胞计数数据 | 转基因大鼠和小鼠模型,以及2型糖尿病患者单细胞测序样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1116 | 2026-04-01 |
Identification of tumor initiating cells and early marker genes in normal colonic epithelium that lead to neoplastic transformation
2025-Oct-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7914753/v1
PMID:41282138
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,在正常结肠上皮中识别了肿瘤起始细胞及其早期标志基因,揭示了从正常组织向癌前病变转变的分子机制 | 首次在组织学正常的结肠黏膜中识别出肿瘤起始细胞,并揭示了这些细胞在肿瘤发生早期的转录和通路重编程事件 | 样本量较小(仅7名受试者),且研究主要基于单细胞转录组数据,需要进一步的功能验证 | 识别结肠癌发生早期的肿瘤起始细胞和分子标志物,以理解肿瘤起始机制 | 人类结肠组织,包括正常外观黏膜、腺瘤和腺癌 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,RNA-FISH | NA | 单细胞转录组数据 | 7名人类受试者的配对正常和病变结肠组织活检 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10X Genomics平台 | NA |
| 1117 | 2026-04-01 |
Single-cell transcriptomic profiling of C. elegans Q neuroblast lineage during migration and differentiation
2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.09.675151
PMID:40964368
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,对秀丽隐杆线虫Q神经母细胞谱系在迁移和分化过程中的转录组进行解析,揭示了其发育的分子机制 | 首次构建了Q神经母细胞谱系的高分辨率转录组分化图谱,发现了新的基因表达模式,并揭示了Wnt信号通路在左右不对称迁移中的作用 | 研究主要基于转录组数据,功能验证相对有限,且样本来自特定发育阶段,可能未覆盖所有动态变化 | 探究神经母细胞迁移和分化的分子机制,以理解神经系统发育 | 秀丽隐杆线虫的Q神经母细胞谱系细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,FACS | NA | 单细胞转录组数据 | 不同发育阶段的Q谱系细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1118 | 2026-04-01 |
SWIFT-seq enables comprehensive single-cell transcriptomic profiling of circulating tumor cells in multiple myeloma and its precursors
2025-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-01006-0
PMID:40781193
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SWIFT-seq的单细胞测序工作流程,用于对多发性骨髓瘤及其前体疾病中的循环肿瘤细胞进行全面的单细胞转录组分析 | 开发了SWIFT-seq工作流程,首次实现了对多发性骨髓瘤中循环肿瘤细胞的全面单细胞转录组和B细胞受体测序分析,并建立了基于测序的CTC计数策略和分类器 | 未明确说明样本处理或数据分析的具体技术限制 | 开发非侵入性血液检测方法,以改善多发性骨髓瘤的诊断、监测和预后评估 | 多发性骨髓瘤患者及其前体疾病患者的循环肿瘤细胞和骨髓细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, B细胞受体测序 | 分类器 | 单细胞转录组数据 | 101名患者和健康捐赠者的配对骨髓和循环肿瘤细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1119 | 2026-04-01 |
Spatial transcriptomics: a bibliometric analysis with large language model on English literatures
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf553
PMID:41139313
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文献计量分析 | 本文利用大语言模型对空间转录组学领域的英文文献进行了文献计量分析 | 首次结合大语言模型对空间转录组学领域进行文献计量分析,使分析结果更全面和具体 | 分析仅基于Web of Science数据库的1197篇文献,可能未涵盖所有相关研究 | 分析空间转录组学领域的研究趋势、期刊分布和关键词,以识别关键研究领域 | 2015年至2024年间Web of Science数据库中的1197篇空间转录组学相关出版物 | 生物信息学 | 癌症 | 文献计量分析,大语言模型 | 大语言模型 | 文本 | 1197篇出版物 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1120 | 2026-04-01 |
Quantum Annealing for Enhanced Feature Selection in Single-Cell RNA Sequencing Data Analysis
2025-Aug-15, ArXiv
PMID:40832053
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研究论文 | 本研究提出了一种基于量子退火的QUBO方法,用于单细胞RNA测序数据中的特征选择,以识别与细胞分化及抗癌药物耐药性相关的关键基因 | 首次将量子退火赋能的二次无约束二进制优化(QUBO)应用于单细胞RNA测序数据的特征选择,能够揭示传统方法可能遗漏的复杂基因表达模式 | 未提及具体的数据集规模、量子硬件实现细节或与传统方法的定量比较结果 | 开发增强单细胞RNA测序数据分析与解释的特征选择方法 | 人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 量子退火赋能的QUBO(二次无约束二进制优化) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |