单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1101	2025-03-28	Sox9 and nuclear factor I transcription factors regulate the timing of neurogenesis and ependymal maturation in dopamine progenitors 2025-Mar-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204421 PMID:39995267	研究论文	研究Sox9和核因子I转录因子如何调控多巴胺祖细胞中神经发生和室管膜细胞成熟的时间	揭示了Sox9和核因子I转录因子在多巴胺祖细胞进入细胞周期停滞（G0）和室管膜细胞成熟过程中的关键作用	未探讨这些转录因子在其他类型祖细胞中的作用	探究多巴胺祖细胞中神经发生和室管膜细胞成熟的调控机制	中脑多巴胺（mDA）神经元祖细胞	神经生物学	NA	单细胞RNA测序、组织学分析	NA	基因表达数据、组织学图像	不同胚胎阶段的中脑多巴胺祖细胞
1102	2025-03-28	Mucosal Macrophages Govern Intestinal Regeneration in Response to Injury 2025-Mar-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.01.252 PMID:40086603	研究论文	本研究揭示了巨噬细胞在辐射诱导的肠炎中如何促进肠道再生	发现巨噬细胞通过分泌neuregulin 1和osteopontin促进肠道干细胞区室周围的上皮细胞胎儿样重编程和增殖	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	探究辐射诱导肠炎中肠道再生的机制	小鼠和人类肠道类器官与巨噬细胞的互作	NA	辐射性肠炎	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术, 成像技术	NA	基因表达数据, 影像数据	小鼠模型和人类肠道类器官
1103	2025-03-28	scSAMAC: saliency-adjusted masking induced attention contrastive learning for single-cell clustering 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf128 PMID:40131310	研究论文	本文提出了一种名为scSAMAC的新方法，用于单细胞数据的聚类分析，通过结合对比学习和负二项损失函数到变分自编码器中，提高了聚类的鲁棒性和泛化能力	scSAMAC方法创新性地整合了对比学习和负二项损失到变分自编码器中，采用基因特征显著性调整的负样本生成方法构建掩码模块，并开发了包含软k均值损失、Wasserstein距离和对比损失的新型损失函数，以提高聚类性能	NA	提高单细胞数据聚类的准确性和鲁棒性，以更好地支持下游分析	单细胞测序数据	机器学习	NA	单细胞测序技术	变分自编码器（VAE）	单细胞测序数据	NA
1104	2025-03-28	A Comprehensive Analysis of Epoxide Hydrolase 2 (EPHX2) in Pan-Cancer 2025-Mar, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.70188 PMID:40129060	research paper	该研究全面分析了环氧水解酶2（EPHX2）在泛癌中的表达、诊断和预后意义，并探讨了其在肿瘤免疫微环境中的作用	首次详细描绘了EPHX2在泛癌中的预后景观，并探索了其与肿瘤免疫浸润的潜在关系	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于qPCR在多种癌细胞系中的表达验证	详细描述EPHX2在泛癌中的预后景观，并探索其在肿瘤免疫微环境中的潜在关系	环氧水解酶2（EPHX2）及其在多种癌症中的作用	生物信息学	泛癌	基因集变异分析（GSVA）、qPCR、单细胞测序	NA	基因表达数据、免疫浸润数据	33种肿瘤的遗传变异数据及多种癌细胞系的qPCR验证
1105	2025-03-28	Utilizing sc-linker to integrate single-cell RNA sequencing and human genetics to identify cell types and driver genes associated with non-small cell lung cancer 2025-Jan-23, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13525-1 PMID:39849454	研究论文	利用sc-linker整合单细胞RNA测序和人类遗传学数据，识别与非小细胞肺癌相关的细胞类型和驱动基因	结合scRNA-seq、表观基因组SNP-to-gene映射和GWAS摘要统计，推断遗传变异影响的潜在细胞类型和疾病	研究依赖于sc-linker框架的准确性，且样本来源和数量可能影响结果的普适性	识别与非小细胞肺癌相关的特定细胞类型和驱动基因，以揭示致病机制和开发治疗策略	非小细胞肺癌（NSCLC）相关的细胞类型和基因	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, GWAS, MAGMA	sc-linker	单细胞RNA测序数据、表观基因组数据、GWAS摘要统计数据	NA
1106	2025-03-28	The multi-target mechanism of action of Selaginella doederleinii Hieron in the treatment of nasopharyngeal carcinoma: a network pharmacology and multi-omics analysis 2025-01-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83921-3 PMID:39747499	研究论文	本研究通过网络药理学和多组学分析探讨了石上柏在治疗鼻咽癌中的多靶点作用机制	结合网络药理学、多组学分析及分子对接技术，揭示了石上柏活性成分通过多靶点、多途径协同作用治疗鼻咽癌的潜在机制	研究主要基于生物信息学分析，需进一步实验验证	探究石上柏治疗鼻咽癌的多靶点作用机制	鼻咽癌相关靶基因及石上柏活性成分	网络药理学	鼻咽癌	WGCNA分析、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据	GSE53819数据集（具体样本数未提及）
1107	2025-03-28	Spatiotemporal Cellular Dynamics of Germinal Center Reaction in Coronavirus Disease 2019 Lung-Draining Lymph Node Based on Imaging-Based Spatial Transcriptomics 2025-01, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2024.102180 PMID:39522760	研究论文	本研究利用基于成像的空间转录组学技术，揭示了SARS-CoV-2感染非人灵长类动物后，肺引流淋巴结中免疫细胞组成和组织结构形成的动态变化	首次使用成像空间转录组学技术解析COVID-19康复期和再感染过程中生发中心形成的免疫细胞动态变化	研究对象仅限于非人灵长类动物，未涉及人类患者	阐明SARS-CoV-2感染后淋巴结构恢复的细节及其对免疫记忆的影响	SARS-CoV-2感染的非人灵长类动物的肺引流淋巴结	空间转录组学	COVID-19	成像空间转录组学	NA	空间转录组数据	非人灵长类动物样本（具体数量未提及）
1108	2025-03-28	Myosin 1f and Proline-rich 13 are transcriptionally upregulated yet functionally redundant in CD4+ T cells during blood-stage Plasmodium infection 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0320375 PMID:40132035	研究论文	研究在疟疾实验模型中，CD4+ T细胞中Myo1f和Prr13基因的转录上调及其功能冗余性	首次在T辅助细胞中鉴定并研究了Myo1f和Prr13基因的功能，尽管这些基因在效应和记忆分化过程中转录上调，但在功能上是冗余的	研究仅限于小鼠模型中的Plasmodium chabaudi chabaudi AS感染，可能不适用于其他疟原虫物种或人类感染	探究CD4+ T细胞在疟疾感染期间的分化机制，特别是Myo1f和Prr13基因的作用	CD4+ T细胞，特别是Plasmodium特异性TCR转基因PbTII细胞	免疫学	疟疾	scRNA-seq, 条件性基因敲除	小鼠感染模型	基因表达数据	NA
1109	2025-03-28	Single-cell and transcriptome analyses revealed CTHRC1 a potential therapeutic target mediating invasion and tumor microenvironment in TNBC: experimental validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1534981 PMID:40134434	研究论文	研究CTHRC1在三阴性乳腺癌(TNBC)肿瘤微环境中的关键作用及其作为潜在治疗靶点的可能性	首次系统性地研究了CTHRC1在TNBC中的表达特征及其通过调节M2型巨噬细胞影响肿瘤免疫微环境的机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索CTHRC1在TNBC肿瘤微环境中的作用及其治疗潜力	三阴性乳腺癌(TNBC)患者样本和肿瘤微环境	肿瘤生物学	乳腺癌	RNA转录组分析、单细胞测序、多重免疫荧光分析	NA	RNA测序数据、单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的TNBC患者样本数据
1110	2025-03-28	Jing-Yin-Gu-Biao formula protects mice from postinfluenza Staphylococcus aureus infection by ameliorating acute lung injury and improving hypercoagulable state via inhibiting NETosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567522 PMID:40134435	研究论文	本研究探讨了荆银固表方（JYGBF）对流感后金黄色葡萄球菌感染的保护作用及其机制	首次发现JYGBF通过抑制NETosis改善急性肺损伤和高凝状态	研究仅限于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	评估JYGBF对流感后金黄色葡萄球菌感染的保护作用及相关机制	流感后金黄色葡萄球菌感染的小鼠模型	医学	急性呼吸道感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠感染模型	体内和体外实验数据	未明确说明具体样本数量
1111	2025-03-28	Differential neuropilin isoform expressions highlight plasticity in macrophages in the heterogenous TME through in-silico profiling 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1547330 PMID:40134439	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了神经纤毛蛋白（NRP）异构体NRP1和NRP2在肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的差异表达及其在肿瘤微环境（TME）中的不同作用机制	首次在单细胞水平上揭示了NRP1和NRP2在ccRCC和SKCM肿瘤中的差异表达模式，并发现了与这两种异构体过表达相关的特定基因集	研究仅基于两种癌症类型（ccRCC和SKCM）的数据，可能无法完全代表其他癌症类型中NRP异构体的表达模式	探究NRP1和NRP2在肿瘤相关巨噬细胞中的差异表达及其在肿瘤微环境中的作用机制	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）和皮肤黑色素瘤（SKCM）中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肾癌, 黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 差异基因表达分析（DEGA）	聚类算法	RNA测序数据	来自ccRCC和SKCM肿瘤的样本（具体数量未明确说明）
1112	2025-03-28	Discrepancies between human and murine model cerebral aneurysms at single-cell resolution 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1512938 PMID:40134579	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术比较了人类和小鼠模型脑动脉瘤的细胞和分子差异	首次在单细胞分辨率下系统地比较了人类和小鼠模型脑动脉瘤的差异，揭示了表型可修饰细胞的关键不同	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未进行功能验证实验	探究人类和小鼠模型脑动脉瘤的细胞和分子差异	人类和小鼠模型的脑动脉瘤组织	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
1113	2025-03-28	Application and Progression of Single-Cell RNA Sequencing in Diabetes Mellitus and Diabetes Complications 2025, Journal of diabetes research IF:3.6Q2 DOI:10.1155/jdr/3248350 PMID:40135071	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在糖尿病及其并发症研究中的应用和进展	强调了scRNA-seq在糖尿病研究中识别新型生物标志物和免疫治疗靶点的潜力	未提及具体实验数据或样本量的限制	探讨scRNA-seq在糖尿病及其并发症研究中的应用	糖尿病及其并发症（如糖尿病视网膜病变、糖尿病心肌病和糖尿病肾病）	digital pathology	糖尿病	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
1114	2025-03-27	Erythroblastic island: the niche for erythroid terminal differentiation and beyond 2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000228 PMID:40129604	review	本文综述了关于红细胞岛（EBI）的最新发现，探讨了其潜在的免疫功能，并提供了未来研究的视角	挑战了传统观点，提出红细胞岛可能支持其他造血谱系细胞，并发现了红细胞岛巨噬细胞的新标记——促红细胞生成素受体	尚不清楚免疫倾向性红细胞母细胞是否及如何在红细胞岛中成熟	探讨红细胞岛的功能及其在造血系统中的潜在作用	红细胞岛（EBI）及其细胞组成	NA	NA	谱系追踪小鼠模型、成像流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
1115	2025-03-27	PRMT1 Ablation in Endothelial Cells Causes Endothelial Dysfunction and Aggravates COPD Attributable to Dysregulated NF-κB Signaling 2025-Mar-26, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411514 PMID:40135804	研究论文	本文研究了PRMT1在内皮细胞中的作用，特别是在慢性阻塞性肺病（COPD）发病机制中的角色	揭示了PRMT1作为肺内皮细胞功能的关键调节因子，防止NF-κB驱动的内皮功能障碍和衰老	PRMT1在内皮细胞中的具体作用机制仍需进一步研究	探讨PRMT1在内皮细胞中的作用及其在COPD发病机制中的影响	内皮细胞和慢性阻塞性肺病（COPD）	分子生物学	慢性阻塞性肺病（COPD）	RNA测序（bulk RNA sequencing和single-cell RNA sequencing）	内皮特异性PRMT1敲除小鼠	基因表达数据	小鼠模型和肺内皮细胞
1116	2025-03-27	IFN-γand donor leukocyte infusions for relapsed myeloblastic malignancies after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation  2025-Mar-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.190655 PMID:40131369	研究论文	本研究探讨了IFN-γ联合供体白细胞输注（DLI）在异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤中的安全性和初步疗效	首次在临床试验中评估IFN-γ联合DLI治疗异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤的效果，并通过单细胞RNA测序技术验证了IFN-γ对恶性髓系细胞的体内作用机制	样本量较小（n=7），仅为I期临床试验结果，需要更大规模研究验证疗效	评估IFN-γ联合DLI治疗异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤的安全性和初步疗效	异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病或骨髓增生异常综合征患者	血液肿瘤学	急性髓系白血病/骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	临床数据/基因表达数据	7名患者（6名接受DLI治疗）
1117	2025-03-27	Role and Validation of Lactylation-Related Gene Markers in Postmenopausal Osteoporosis 2025-Mar-25, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-025-05216-1 PMID:40131629	研究论文	本研究探讨了乳酸化相关基因标记在绝经后骨质疏松症中的作用及其验证	首次利用单细胞RNA测序数据和转录组数据，结合机器学习算法，揭示了乳酸化相关基因在绝经后骨质疏松症中的重要作用，并构建了诊断模型	研究样本量有限，且未进行实验验证	探究乳酸化相关基因在绝经后骨质疏松症中的作用，并寻找潜在的诊断生物标志物	绝经后骨质疏松症患者	数字病理学	骨质疏松症	scRNA-seq, 转录组测序, Mendelian randomization (MR) 分析	机器学习算法组合	单细胞RNA测序数据, 转录组数据	未明确提及具体样本数量
1118	2025-03-27	Macrophage Subpopulation Promotes Skeletal Muscle Regeneration Through HGF/MET Signaling-Mediated Skeletal Muscle Stem Cell Proliferation 2025-Mar-25, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70042 PMID:40132988	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了巨噬细胞亚群Mac_1通过HGF/MET信号通路促进骨骼肌干细胞增殖，从而促进骨骼肌再生的机制	首次鉴定出促进骨骼肌再生的巨噬细胞亚群Mac_1，并阐明其通过HGF/c-Met信号通路抑制Cdkn1b表达来促进肌肉卫星细胞增殖的分子机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究骨骼肌再生过程中巨噬细胞亚群的作用及其分子机制	年轻(8周龄)和老年(24月龄)小鼠的骨骼肌组织和肌肉卫星细胞	细胞生物学	肌肉疾病	单细胞RNA测序	3D肌肉类器官模型	基因表达数据	年轻和老年小鼠的骨骼肌组织
1119	2025-03-27	Single-cell sequencing combined with urinary multi-omics analysis reveals that the non-invasive biomarker PRDX5 regulates bladder cancer progression through ferroptosis signaling 2025-Mar-24, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13881-y PMID:40122834	研究论文	本研究通过单细胞测序和尿液多组学分析揭示了非侵入性生物标志物PRDX5通过铁死亡信号调控膀胱癌进展的机制	首次结合单细胞RNA测序和尿液多组学数据，系统研究了PRDX5在膀胱癌中的表达特征及其通过调控ROS水平和铁死亡通路促进肿瘤进展的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	阐明过氧化物酶5(PRDX5)在膀胱癌中的表达特征及其生物学意义，特别是研究其通过调控活性氧(ROS)水平和激活铁死亡通路对膀胱癌进展的影响	膀胱癌组织和细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、尿液蛋白质组学、转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞测序数据	TCGA数据库中的膀胱癌组织样本和单细胞测序数据
1120	2025-03-27	Checkpoint kinase 1 in colorectal cancer: Upregulation of expression and promotion of cell proliferation 2025-Mar-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v16.i3.101725 PMID:40130044	研究论文	本研究探讨了检查点激酶1（CHEK1）在结直肠癌（CRC）中的表达及其对癌细胞增殖的促进作用	首次通过单细胞RNA测序和组织微阵列数据全面分析CHEK1在CRC中的表达和功能，并探索其作为治疗靶点的潜力	数据集多样性有限，需要进一步研究其具体机制	研究CHEK1在CRC中的表达和功能，探索其作为新型治疗靶点的潜力	结直肠癌细胞和组织	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、分子对接、CRISPR敲除实验	NA	RNA测序数据、组织微阵列数据、公共数据库mRNA表达数据	GSE144735数据集中的CRC细胞及多个公共数据库中的mRNA表达数据