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当前共找到 10473 篇文献,本页显示第 1101 - 1120 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1101 2025-12-05
Single-cell RNA sequencing reveals a cellular atlas of the sheep testis
2025-Nov-29, Genomics IF:3.4Q2
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术构建了绵羊睾丸的高分辨率细胞图谱,揭示了精子发生过程中的细胞异质性和分化轨迹 首次在绵羊睾丸中应用单细胞RNA测序技术,识别了六种体细胞亚型和五种生殖细胞亚型,并通过伪时间分析提出Leydig细胞和管周肌样细胞可能起源于共同的祖细胞谱系 研究仅基于三只6月龄性成熟绵羊的样本,样本量较小,且未涉及不同年龄或生理状态的比较 解析绵羊睾丸的细胞组成和精子发生过程 绵羊睾丸细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 15,826个睾丸细胞,来自三只6月龄性成熟绵羊 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Genomics Chromium™ scRNA-seq
1102 2025-12-05
Decoding CNS regeneration: Insights from single-cell RNA sequencing in SCI and TBI across multiple species
2025-Nov-26, Neuroscience IF:2.9Q2
综述 本文综述了利用单细胞RNA测序技术研究脊髓损伤和创伤性脑损伤后中枢神经系统再生机制的多物种研究成果 通过整合哺乳动物、青蛙和斑马鱼等多种物种的scRNA-seq数据,进行跨物种比较分析,揭示了中枢神经系统损伤后保守的细胞反应和再生机制 研究主要基于现有文献综述,缺乏原始实验数据验证;时间范围限定在2010-2025年,可能遗漏早期重要研究 深入理解中枢神经系统损伤与修复的分子和细胞机制,为未来治疗策略提供见解 脊髓损伤和创伤性脑损伤模型,涵盖哺乳动物、青蛙和斑马鱼等多种物种 数字病理学 神经系统损伤 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1103 2025-12-05
CelLink: integrating single-cell multi-omics data with weak feature linkage and imbalanced cell populations
2025-Nov-26, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文提出了一种名为CelLink的新型单细胞多组学数据整合方法,旨在解决特征弱链接和细胞群体不平衡的挑战 CelLink通过特征归一化与平滑处理,结合多阶段最优传输算法迭代优化细胞对应关系,动态排除不可靠匹配的细胞,从而有效适应弱特征链接和不平衡细胞群体,并支持细胞亚型注释、错误标记细胞校正及空间转录组分析 NA 开发一种高效整合单细胞多组学数据的方法,以应对特征弱链接和细胞群体不平衡的问题 单细胞RNA测序数据、空间蛋白质组学数据以及配对的CITE-seq数据 机器学习 NA 单细胞多组学技术 最优传输算法 单细胞多组学数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学, CITE-seq NA NA
1104 2025-12-05
Intraductal Papillary Mucinous Neoplasm Cellular Plasticity is Linked with Repeat Element Dysregulation
2025-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用空间转录组学技术,结合定制重复元件探针,探讨了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)的组织学亚型、重复元件失调与不同细胞群分子谱之间的关系 首次在IPMN中应用单细胞空间分子成像技术,揭示了从胃型向肠型和胰胆型分支的细胞状态可塑性连续体,并发现重复元件表达与高级别异型增生相关 样本量相对较小(18例患者),且仅针对手术切除的IPMN病变进行分析,可能无法完全代表所有临床情况 探究IPMN组织学亚型、重复元件失调与分子特征之间的关联,以理解其进展机制 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)的52个病变样本 数字病理学 胰腺癌 空间转录组学,单细胞空间分子成像,重复元件表达分析 NA 空间转录组数据,单细胞成像数据 52个病变样本来自18例患者 NA 空间转录组学,单细胞空间分子成像 GeoMx, CosMx GeoMx用于全转录组空间分析,CosMx用于单细胞空间分子成像,均使用LINE1、HSATII、HERVK和HERVH重复元件探针
1105 2025-12-05
ARCADIA Reveals Spatially Dependent Transcriptional Programs through Integration of scRNA-seq and Spatial Proteomics
2025-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为ARCADIA的生成式框架,用于整合单细胞RNA测序和空间蛋白质组学数据,以揭示空间依赖的转录程序 提出了一种无需细胞条形码配对且不假设特征间直接对应关系的跨模态整合生成框架,通过识别模态特异性原型并最小化其细胞类型组成差异来实现对齐 方法在独立数据集上的应用效果依赖于数据质量,且未在更广泛的生物组织或疾病模型中验证 开发一种整合单细胞转录组和空间蛋白质组数据的方法,以解析空间微环境如何塑造细胞转录程序 人类扁桃体组织细胞 计算生物学 NA 单细胞RNA测序,空间蛋白质组学 变分自编码器 单细胞基因表达数据,空间蛋白质表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间蛋白质组学 NA NA
1106 2025-12-05
Genetic dissection of microglia cannibalism reveals an IL10 signaling axis controls microglia lifespan
2025-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过大规模CRISPR筛选揭示了IL10信号轴如何通过调控溶酶体酸化来控制小胶质细胞的寿命和同类相食行为 首次在小胶质细胞中鉴定出IL10信号通路通过溶酶体酸化调控细胞寿命的机制,并提出了坏死性凋亡-同类相食过程作为小胶质细胞更新的质量控制机制 研究主要基于斑马鱼模型,虽然在小鼠中进行了验证,但人类小胶质细胞中的机制仍需进一步探索 探究小胶质细胞在清除细胞碎片后命运调控的遗传机制 斑马鱼和小鼠的小胶质细胞 神经免疫学 NA CRISPR筛选、单细胞RNA测序、机器人共聚焦显微镜 NA 基因表达数据、显微镜图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1107 2025-12-05
Single Cell and Spatial Transcriptomics Identify Novel Immune-Stromal Interactions in Cardiac Allograft Vasculopathy
2025-Nov-21, Research square
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术,分析了心脏同种异体移植血管病变(CAV)中冠状动脉的转录特征,揭示了免疫-基质细胞相互作用在疾病进展中的关键作用,并发现干扰素阻断剂Ruxolitinib在小鼠模型中能显著降低CAV发生率 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,全面表征了CAV的独特细胞和转录景观,并识别出I型干扰素介导的炎症通路作为潜在治疗靶点 研究基于人类和小鼠模型,可能无法完全反映所有临床情况;样本量相对有限,需要更大规模验证 旨在阐明CAV的发病机制,识别关键细胞类型和分子信号,以开发新的治疗策略 人类冠状动脉样本(包括CAV、动脉粥样硬化冠状动脉疾病和非疾病对照)以及小鼠CAV模型 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA RNA测序数据, 空间转录组数据 未明确指定具体样本数量,但涉及人类冠状动脉样本和小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
1108 2025-12-05
Lymphotoxin-driven cancer cell eradication by tumoricidal CD8 + TIL
2025-Nov-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过患者来源的TIL-黑色素瘤共培养系统,鉴定并表征了一种新型CD8+ TIL亚群,该亚群能够进行HLA I类非依赖性癌细胞裂解,并揭示了淋巴毒素β受体和干扰素感应通路在TIL介导的癌细胞杀伤中的关键作用 首次识别出一种新型CD8+ TIL亚群,该亚群具有HLA I类非依赖性癌细胞裂解能力,并通过全基因组CRISPR筛选确定了淋巴毒素β受体和干扰素感应通路为TIL介导癌细胞杀伤的关键决定因素 研究主要基于患者来源的TIL-黑色素瘤共培养系统,可能未完全反映体内肿瘤微环境的复杂性,且临床样本量有限 探究肿瘤浸润淋巴细胞疗法中关键TIL亚群及其介导癌细胞杀伤的分子机制 患者来源的肿瘤浸润淋巴细胞和黑色素瘤细胞 免疫肿瘤学 黑色素瘤 全基因组CRISPR筛选、单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 NA 单细胞测序数据、CRISPR筛选数据 患者来源的TIL和黑色素瘤细胞样本 NA 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq NA NA
1109 2025-12-05
A Multimodal Atlas Reveals the Anatomical Distribution of Medium Spiny Neuron Subtypes and a Novel RGS6+ Population in the Primate Striatum
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究结合单核多组学测序和高通量空间转录组学,构建了猕猴纹状体中型多棘神经元的全面图谱,揭示了新的神经元亚型和疾病风险关联 首次在灵长类纹状体中结合多组学和空间转录组学技术,识别出两个新的腹侧纹状体亚型(D1-VS-RGS6和D2-VS-RGS6),并揭示了细胞类型沿头尾轴的梯度分布 研究主要基于猕猴模型,结果向人类直接推广需谨慎;空间转录组学分辨率可能不足以捕捉所有细胞亚型细节 构建灵长类纹状体中型多棘神经元的综合图谱,以理解其细胞多样性、解剖分布及与疾病机制的关联 猕猴纹状体中的中型多棘神经元 数字病理学 帕金森病、物质使用障碍、精神分裂症、双相情感障碍 单核多组学测序、空间转录组学、ATAC-seq NA 单细胞多组学数据、空间转录组数据 约540万个空间解析细胞,覆盖纹状体全头尾和背腹范围 NA 单核多组学测序、空间转录组学 NA NA
1110 2025-12-05
CBKMR: A Copula-based Bayesian Kernel Machine Regression Framework for Optimal Marker Detection in Omics Data
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种基于Copula的贝叶斯核机器回归框架,用于优化组学数据中的生物标志物检测 提出了CBKMR模型,通过使用适合离散结果的边际分布和捕获观测间核诱导依赖性的高斯Copula,解决了传统BKMR在处理离散结果时的偏差和不稳定性问题,并进一步引入了基于最近邻高斯过程的NNCBKMR变体以提高计算效率 NA 开发一个能够捕获非线性基因-结果关系和高阶相互作用,同时具备自动相关性确定和不确定性量化的生物标志物检测框架 高通量组学数据中的生物标志物检测 机器学习 NA 单细胞RNA测序 贝叶斯核机器回归,高斯Copula,最近邻高斯过程 组学数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1111 2025-12-05
sc4D: spatio-temporal single-cell transcriptomics analysis through embedded optimal transport identifies joint glial response to Alzheimer's disease pathology
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究提出了一个名为sc4D的生物可解释性时空分析框架,用于整合单细胞转录组数据,以研究阿尔茨海默病中的胶质细胞反应机制 开发了结合自编码器嵌入与最优传输的时空(4D)分析框架,能够联合建模疾病过程中的细胞状态、空间环境与时间动态,并预测干预措施 当前计算方法在联合建模复杂动态或从扰动实验中推断细胞轨迹方面能力有限 阐明疾病机制并预测能够改善细胞反应的候选干预措施 阿尔茨海默病小鼠模型的纵向空间转录组样本 数字病理学 阿尔茨海默病 单细胞转录组学,空间转录组学 自编码器,最优传输 单细胞转录组数据,空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1112 2025-12-05
CDH3 as a Novel Therapeutic Target in Basal-like Double-Negative Prostate Cancer
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究探讨了CDH3在基底样前列腺癌中的作用,并评估了针对CDH3的抗体药物偶联物和CAR T细胞治疗策略 首次将CDH3识别为基底样前列腺癌的关键标志物和功能驱动因子,并开发了针对CDH3的ADC和CAR T细胞疗法,展示了在临床前模型中的显著疗效 研究主要基于小鼠模型和临床前实验,尚未在人类临床试验中验证,且样本量有限 阐明CDH3在基底样前列腺癌中的作用,并评估CDH3靶向治疗策略的潜力 基底样(双阴性)前列腺癌 癌症研究 前列腺癌 单细胞RNA测序、转录组分析、抗体药物偶联物和CAR T细胞技术 基因工程小鼠模型、异种移植模型 转录组数据、单细胞RNA测序数据 小鼠前列腺癌模型和人类前列腺癌数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1113 2025-12-05
Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Neutrophil Clusters Associated with Autoimmune Neuroinflammation
2025-Nov-19, Research square
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了与自身免疫性神经炎症相关的嗜中性粒细胞簇,并发现Saa3/SAA1作为潜在生物标志物和治疗靶点 首次在EAE模型中利用scRNA-Seq揭示嗜中性粒细胞在CNS炎症中的异质性,并识别出Saa3/SAA1作为MS的潜在生物标志物 研究基于小鼠EAE模型,结果在人类MS中的直接适用性需进一步验证 探究嗜中性粒细胞在自身免疫性神经炎症(如多发性硬化症)中的具体作用和异质性 小鼠EAE模型中的嗜中性粒细胞,以及多发性硬化症患者的血浆样本 单细胞组学 多发性硬化症 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) NA 单细胞转录组数据 小鼠小脑和脊髓的嗜中性粒细胞,以及MS患者和健康对照的血浆样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1114 2025-12-05
Comparative Single-Cell Transcriptomics Uncovers Shared and Distinct Molecular Signatures in Cystic Fibrosis and Primary Ciliary Dyskinesia
2025-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过比较单细胞转录组学分析,揭示了囊性纤维化(CF)和原发性纤毛运动障碍(PCD)之间的共享和独特分子特征 利用预训练的transformer模型(scGPT)进行微调,并通过差异注意力分析识别两种疾病之间注意力分数改变的基因和通路,首次在单细胞水平上比较CF和PCD的分子机制 研究依赖于公开可用的测序数据,可能受数据质量和样本来源的限制,未涉及长期临床结果验证 比较CF和PCD的细胞异质性、分子通路和基因网络差异,以揭示其不同的分子机制 囊性纤维化(CF)和原发性纤毛运动障碍(PCD)患者的呼吸道细胞 自然语言处理 囊性纤维化 单细胞RNA-seq transformer(scGPT) 文本(基因表达数据) NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1115 2025-12-05
Analysis of clinical, single cell, and spatial data from the Human Tumor Atlas Network (HTAN) with massively distributed cloud-based queries
2025-Nov-17, Research square
研究论文 本文介绍了人类肿瘤图谱网络(HTAN)开发的基于云的基础设施,用于整合和分析大规模、多模态的癌症数据集 引入了两个关键创新:1)基于来源的HTAN ID表,简化了队列构建和跨检测整合;2)新颖地适配了BigQuery的地理空间功能用于空间生物学,实现了肿瘤微环境的邻域和相关性分析 未明确提及具体的技术或计算限制 开发一个云基础设施,以降低整合、探索和分析大规模多模态癌症数据集的技术和计算障碍 人类肿瘤图谱网络(HTAN)生成的数据集,包括单细胞转录组学、蛋白质组学、多重成像数据以及临床数据 空间生物学 癌症 单细胞转录组学、蛋白质组学、多重成像 NA 单细胞数据、空间数据、临床数据、元数据 NA Google 单细胞RNA-seq、空间转录组学 Google BigQuery 基于Google BigQuery的云基础设施,托管于系统生物学研究所癌症云网关(ISB-CGC)
1116 2025-12-05
Multiscale Cell-Cell Interactive Spatial Transcriptomics Analysis
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本文提出了一种多尺度细胞-细胞交互空间转录组学分析方法,用于整合基因表达谱与空间位置信息 首次在空间转录组学分析中系统性地整合了多尺度细胞-细胞相互作用,并结合了多尺度拓扑表示与前沿空间深度学习技术 NA 开发一种能够捕捉多尺度细胞-细胞相互作用的空间转录组学分析方法 空间转录组学数据 空间转录组学 NA 空间转录组学 空间深度学习技术 空间转录组学数据 37个基准空间转录组学数据集 NA 空间转录组学 NA NA
1117 2025-12-05
Decipherment of disulfidptosis-related mutation profile, chemosensitivity, and prognosis in diffuse large B-cell lymphoma
2025-Nov, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
研究论文 本研究通过分析弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)及其他多种肿瘤的转录组、体细胞突变和单细胞RNA测序数据,探索了二硫键死亡相关基因(DRGs)的表达谱、突变特征及其与预后和化疗敏感性的关联,并构建了一个新的DRGs风险评分模型 首次在DLBCL中系统研究了二硫键死亡相关基因(DRGs)的表达、突变及其临床意义,并构建了一个新的DRGs风险评分模型,该模型在DLBCL及泛癌分析中显示出良好的预后预测和化疗敏感性评估价值 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要前瞻性临床研究进一步验证DRGs评分模型的临床应用价值 探索二硫键死亡相关基因(DRGs)在弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的表达、突变特征及其与患者预后、化疗敏感性的关系 弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者及其他30种肿瘤类型的转录组、体细胞突变和单细胞RNA测序数据 生物信息学 弥漫性大B细胞淋巴瘤 转录组测序,单细胞RNA测序(scRNA-seq),体细胞突变分析,分子对接分析 风险评分模型 转录组数据,突变数据,单细胞RNA测序数据 涉及DLBCL患者及30种肿瘤类型的转录组和突变数据,具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1118 2025-12-05
Adenylate Uridylate- (AU-) Rich Element Gene-Based Prognostic Signature and Molecular Subtypes of Prostate Adenocarcinoma: Implications for Prognosis and Immune Microenvironment
2025-Nov, Archivos espanoles de urologia IF:0.6Q4
研究论文 本研究基于腺苷酸尿苷酸富集元件基因构建了一个前列腺腺癌的预后特征和分子亚型,用于预测预后和反映免疫微环境特征 首次利用AREGs基因(ACSM3、ACTG2、DES)构建前列腺腺癌的预后模型,并关联免疫微环境分析 研究主要基于公共数据集和生物信息学分析,实验验证仅限于qRT-PCR,缺乏更深入的体内外功能验证 开发前列腺腺癌的预后预测模型并探索其与免疫微环境的关系 前列腺腺癌患者 生物信息学 前列腺癌 加权基因共表达网络分析、Cox回归、LASSO正则化、CIBERSORT免疫浸润分析、单细胞转录组学、qRT-PCR 预后风险模型 基因表达数据 基于公共PRAD数据集,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞转录组学 NA NA
1119 2025-12-05
Video - Visual Integration of Drosophila Enhancer Organization: A tool for integrating and visualizing chromatin accessibility, in vivo transcription factor binding and motif occurrence in tissue-specific differentially expressed genes
2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一个名为VIDEO的基于网络的分析工具,用于整合和可视化果蝇增强子组织中染色质可及性、转录因子结合及基序出现情况 开发了一个交互式工具,允许研究人员在组织特异性背景下探索转录因子结合基序如何与转录活性和染色质可及性相交 NA 开发一个工具以促进对组织特异性差异表达基因调控机制的理解 果蝇增强子组织、组织特异性差异表达基因 生物信息学 NA RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, 原位杂交, 微阵列, scRNA-seq NA 基因组数据、转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq NA NA
1120 2025-12-05
BASIN: Bayesian mAtrix variate normal model with Spatial and sparsIty priors in Non-negative deconvolution
2025-Oct-24, ArXiv
PMID:41281239
研究论文 本文提出了一种名为BASIN的贝叶斯矩阵变量正态模型,用于空间转录组学中的细胞类型反卷积,通过结合空间和稀疏性先验来提高反卷积的准确性和效率 BASIN首次将矩阵变量贝叶斯非负矩阵分解方法应用于细胞类型反卷积,通过保持变量矩阵形式推导更高效的矩阵正态后验,并提供不确定性量化 未明确说明模型在复杂组织或高噪声数据中的泛化能力,以及计算效率在大规模数据集上的具体表现 开发一种新的细胞类型反卷积方法,以从空间转录组学数据中推断细胞组成 空间转录组学数据 数字病理学 NA 空间转录组学 贝叶斯非负矩阵分解(NMF) 基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
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