单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1081	2025-03-28	Restorative Effects of Short-Chain Fatty Acids on Corneal Homeostasis Disrupted by Antibiotic-Induced Gut Dysbiosis 2025-Apr, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.010 PMID:39732390	研究论文	研究探讨了抗生素诱导的肠道菌群失调（AIGD）和无菌条件对小鼠角膜昼夜节律基因表达、屏障完整性、神经密度和免疫细胞活性的影响，并发现短链脂肪酸（SCFAs）能显著恢复AIGD小鼠的角膜完整性	首次揭示了肠道菌群通过调节昼夜节律基因表达和维持屏障功能对角膜生理的关键作用，并发现SCFAs在恢复角膜完整性中的潜在治疗价值	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究肠道菌群对角膜稳态的影响及SCFAs的修复作用	小鼠角膜	微生物组学	角膜功能障碍	RNA测序、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
1082	2025-03-28	Integrating single-cell sequencing and machine learning to uncover the role of mitophagy in subtyping and prognosis of esophageal cancer 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02061-1 PMID:39948301	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习技术，探讨了线粒体自噬相关基因在食管癌分型和预后中的作用	首次利用单细胞测序分析食管癌微环境异质性，并通过机器学习算法识别出两个核心基因HSPD1和MAP1LC3B，构建了预后模型	研究结果需要更多独立队列验证，分子对接结果需要实验验证	阐明线粒体自噬相关基因在食管癌分型和预后中的分子机制	食管癌患者	数字病理学	食管癌	RNA-seq, 单细胞测序	LASSO回归, Random Forest, XGBoost	基因表达数据	TCGA数据库中的食管癌患者数据，两个外部验证队列
1083	2025-03-28	Single-cell insights into HNSCC tumor heterogeneity and programmed cell death pathways 2025-Apr, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102341 PMID:40068384	研究论文	该研究利用单细胞测序技术揭示头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的肿瘤异质性，并探索程序性细胞死亡通路	通过单细胞测序识别了HNSCC中C2 MALAT1+肿瘤亚群的独特特征，并开发了新的预后模型MTRS	研究可能受限于样本量或特定亚群的分析深度	解析HNSCC的肿瘤异质性，寻找治疗靶点并优化预后模型	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的肿瘤亚群	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	LASSO回归	单细胞RNA测序数据	NA
1084	2025-03-28	Pathogenesis of systemic sclerosis: an integrative review of recent advances 2025-Apr-01, Journal of rheumatic diseases IF:2.2Q3 DOI:10.4078/jrd.2024.0129 PMID:40134549	综述	本文综述了系统性硬化症（SSc）的发病机制最新研究进展，强调了从基础研究向精准治疗方法的转变	整合了最新的转录组、基因组、蛋白质组和表观基因组数据，探索了流式细胞术和单细胞RNA测序等技术在研究致病细胞亚型中的潜力	NA	探讨系统性硬化症的发病机制，并推动未来研究向个性化和精准干预方向发展	系统性硬化症（SSc）的发病机制	医学研究	系统性硬化症（SSc）	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	转录组、基因组、蛋白质组、表观基因组数据	NA
1085	2025-03-28	Clinical efficacy and chemoresistance analysis of precision neoadjuvant chemotherapy for borderline resectable pancreatic cancer: a prospective, single-arm pilot study 2025-Mar-28, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002342 PMID:40146255	研究论文	本研究评估了基于患者来源类器官（PDOs）的新辅助化疗（NAC）在临界可切除胰腺癌（BRPC）中的临床疗效和安全性	利用PDOs进行药物敏感性测试，个性化调整NAC方案，并探索了吉西他滨耐药的潜在机制	单臂试验设计，样本量较小（19例患者）	评估PDOs指导的NAC在BRPC中的疗效和安全性，并探索吉西他滨耐药的分子机制	临界可切除胰腺癌（BRPC）患者	数字病理	胰腺癌	scRNA-seq	NA	临床数据和单细胞转录组数据	25例患者中19例符合条件
1086	2025-03-28	MrgD as a Novel Modeling and Treatment Target for Pulmonary Hypertension 2025-Mar-27, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322337 PMID:40143817	研究论文	本文研究了MrgD在肺动脉高压（PH）中的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了MrgD在PH中的保护作用及其通过PIM1-AKT-MAZ信号通路调控肺动脉平滑肌细胞增殖的机制	研究主要基于动物模型，人类样本验证有限	探究MrgD在肺动脉高压发病机制中的作用及其治疗潜力	肺动脉高压动物模型（Sugen5416+缺氧诱导、野百合碱诱导）及人类肺动脉平滑肌细胞	心血管疾病研究	肺动脉高压	单细胞测序、RNA测序、分子生物学实验	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞增殖数据	多种PH动物模型及人类肺动脉平滑肌细胞样本
1087	2025-03-28	Phosphodiesterase 5 inactivation in vascular smooth muscle cells aggravates aortic aneurysm and dissection 2025-Mar-27, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6411 PMID:40145405	research paper	该研究探讨了血管平滑肌细胞中磷酸二酯酶5A（PDE5A）的失活如何加剧主动脉瘤和夹层（AAD）的发病机制	首次揭示了SMC特异性PDE5A在AAD发病中的关键作用，并通过基因敲除和过表达小鼠模型验证了其机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，临床转化需进一步研究	阐明PDE5A在主动脉瘤和夹层发病中的分子机制	人类和小鼠主动脉组织、血管平滑肌细胞（SMCs）	血管病理学	主动脉瘤和夹层（AAD）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting、免疫荧光、免疫组化染色	PDE5A基因敲除和过表达小鼠模型	基因表达数据、组织病理学图像	人类和小鼠主动脉组织样本，具体数量未明确说明
1088	2025-03-28	The dynamic and diverse nature of parenchyma cells in the Arabidopsis root during secondary growth 2025-Mar-26, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-01938-6 PMID:40140531	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和谱系追踪技术，揭示了拟南芥根部次生生长过程中薄壁细胞的多样性和功能	首次结合单细胞RNA测序和谱系追踪技术重建拟南芥根部次生生长过程中的细胞类型发育轨迹，发现了20种不同的细胞类型或状态，其中许多是首次描述	研究仅针对拟南芥根部，结果是否适用于其他植物尚需验证	探究拟南芥根部次生生长过程中薄壁细胞的多样性和功能	拟南芥根部次生生长过程中的薄壁细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序分析、谱系追踪	NA	RNA测序数据	93个报告基因系
1089	2025-03-28	Single cell RNA sequencing shows that cells expressing Sox9 postnatally populate most skeletal lineages in mouse bone 2025-Mar-26, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf043 PMID:40143416	研究论文	通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，研究发现小鼠骨骼中的成骨细胞前体细胞均来源于表达Sox9的祖细胞	揭示了Sox9表达祖细胞在出生后骨骼发育中的重要作用，以及一类位于软骨膜和生长板软骨细胞之间的独特软骨细胞对成骨细胞谱系的贡献	研究仅在小鼠模型中进行，结果是否适用于人类尚需验证	探究小鼠骨骼中成骨细胞前体细胞的来源	小鼠骨骼中的成骨细胞前体细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	NA	基因表达数据	小鼠骨骼组织样本
1090	2025-03-28	CellPhoneDB v5: inferring cell-cell communication from single-cell multiomics data 2025-Mar-25, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01137-1 PMID:40133495	研究论文	本文介绍了CellPhoneDB v5，一个用于从单细胞多组学数据推断细胞间通讯的生物信息学工具包	增加了约1000种非肽配体介导的相互作用，提供了新的查询方式，整合了空间转录组学和染色质可及性数据的新策略，并引入了交互式可视化模块CellPhoneDBViz	需要基本的Python知识，且协议执行时间约为15分钟	提高细胞间通讯推断的精确度，为生理微环境中的组织生物学提供新见解	单细胞多组学数据中的细胞间通讯	生物信息学	NA	单细胞基因组学技术、空间转录组学技术、染色质可及性测定	NA	单细胞多组学数据	NA
1091	2025-03-28	RBAD: the first database dedicated alterations of blood RNA in individuals with Alzheimer's disease and their clinical relevance 2025-Mar-25, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01165 PMID:40145964	research paper	该研究开发了一个基于1468个血液样本的RNA数据库RBAD，专注于阿尔茨海默病患者血液RNA变化及其临床相关性	首次建立了专注于阿尔茨海默病血液RNA变化的网络分析平台RBAD，并发现了与患者生存率和认知衰退相关的RNA标志物	研究主要基于已有数据集，缺乏前瞻性临床验证	探索阿尔茨海默病患者血液RNA变化及其临床意义	阿尔茨海默病患者的血液RNA特征	生物信息学	阿尔茨海默病	RNA-seq, microRNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	1468个血液样本（包含人类和小鼠研究数据）
1092	2025-03-28	Single-cell RNA sequencing of the post-spinal cord injury dorsal root ganglia in cynomolgus monkeys: elucidation of the cellular immune microenvironment of the central nervous system 2025-Mar-25, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00974 PMID:40145972	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，分析了脊髓损伤后食蟹猴背根神经节中的免疫细胞微环境变化及其对轴突再生的影响	首次在食蟹猴模型中全面解析脊髓损伤后背根神经节的转录组特征，并揭示了巨噬细胞亚群在免疫微环境中的关键作用	研究仅基于食蟹猴模型，结果向人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明脊髓损伤后背根神经节免疫微环境的细胞组成及其功能机制	食蟹猴中胸段挫伤模型的背根神经节和脊髓细胞	digital pathology	spinal cord injury	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	食蟹猴中胸段挫伤模型的背根神经节和脊髓组织样本
1093	2025-03-28	Organelle symphony: nuclear factor erythroid 2-related factor 2 and nuclear factor-kappa B in stroke pathobiology 2025-Mar-25, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01404 PMID:40146002	综述	本文综述了核因子红系2相关因子2（Nrf2）和核因子κB（NF-κB）在缺血性和出血性中风病理生物学中的作用	强调了Nrf2和NF-κB在中风中的相互作用及其在氧化应激、炎症和神经保护中的角色，并探讨了单细胞测序和空间转录组学在中风研究中的新应用	未提及具体实验数据或临床研究结果，主要基于现有文献的综合分析	探讨Nrf2和NF-κB在中风病理生理学中的作用及其潜在治疗靶点	缺血性和出血性中风的病理机制	神经科学	中风	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
1094	2025-03-28	Blood-brain barrier disruption and neuroinflammation in the hippocampus of a cardiac arrest porcine model: single-cell RNA sequencing analysis 2025-Mar-25, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01269 PMID:40146000	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究了心脏骤停猪模型中血脑屏障破坏和海马神经炎症的细胞和分子机制	首次在心脏骤停后脑损伤研究中应用单细胞转录组分析，发现了新的细胞亚群、改变的细胞通讯网络和分子机制	研究仅关注了心脏骤停后6和24小时的时间点，未能涵盖更长的恢复过程	探索心脏骤停后脑损伤的细胞和分子机制，为神经保护和修复提供新靶点	心室颤动诱导心脏骤停的猪模型海马组织	神经科学	心血管疾病	单细胞RNA测序、Western blotting、定量逆转录聚合酶链反应、免疫荧光染色	猪模型	单细胞转录组数据	心脏骤停后6和24小时以及假手术对照组的猪海马组织
1095	2025-03-28	Intranasal prime-boost RNA vaccination elicits potent T cell response for lung cancer therapy 2025-Mar-24, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02191-1 PMID:40122855	研究论文	开发了一种非侵入性鼻内RNA疫苗，用于肺癌治疗的黏膜免疫反应	利用环状RNA封装在脂质纳米颗粒中，通过鼻内给药诱导局部黏膜免疫反应，减少系统性副作用	研究仅限于临床前肺癌模型，尚未进行人体试验	开发针对黏膜恶性肿瘤的RNA疫苗新方法	肺癌模型中的T细胞反应	癌症免疫治疗	肺癌	RNA疫苗、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	临床前肺癌模型
1096	2025-03-28	Unleashing the Power of Multiomics: Unraveling the Molecular Landscape of Peripheral Neuropathy 2025-Mar-24, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.70019 PMID:40126913	综述	本文回顾了基因组技术在周围神经病变(PN)研究中的演变，强调了NGS在揭示遗传复杂性中的关键作用，并探讨了多组学技术在PN病理生理学中的潜在应用	整合多组学技术（如RNA测序和蛋白质组学）为PN病理生理学提供全面见解，可能揭示新的生物标志物和治疗靶点	标准化这些技术用于临床应用的挑战和问题尚未解决，需要强有力的指南以最大化其临床效用	推进对周围神经病变(PN)的理解，改善诊断和治疗方法	周围神经病变(PN)及其相关分子机制	基因组学与多组学	周围神经病变	NGS, 长读长/单细胞测序, RNA测序, 蛋白质组学	NA	基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据	NA
1097	2025-03-28	Unveiling the role of PPIF and macrophage subtypes in LSCC progression via single-cell and exosome RNA sequencing 2025-Mar-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93584-3 PMID:40128571	研究论文	通过单细胞和外来体RNA测序揭示PPIF和巨噬细胞亚型在LSCC进展中的作用	首次揭示了Macrophage-C1-C1QC亚群中PPIF上调与其抗炎表型增强及促进F11R-F11R信号传导的关系，为LSCC提供了新的治疗靶点	未进行体内实验验证PPIF的功能机制	探究喉鳞状细胞癌(LSCC)肿瘤微环境(TME)的细胞特征及PPIF在其中的作用	喉鳞状细胞癌组织样本中的肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
1098	2025-03-28	Prognostic and immunological implications of protein kinases in gastric cancer: a focus on hub gene ABL2 and its impact on the polarization of M2 macrophages 2025-Mar-24, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00636-9 PMID:40128818	research paper	该研究通过分析胃癌患者中蛋白激酶的转录谱，构建了一个基于差异表达激酶基因的模型（DE-KGsM），并探讨了其与患者生存、肿瘤微环境及免疫治疗反应的关系，同时揭示了ABL2基因在M2巨噬细胞极化中的作用	研究首次构建了基于差异表达激酶基因的预后模型（DE-KGsM），并发现ABL2基因在调节M2巨噬细胞极化及促进胃癌进展中的关键作用	研究主要基于公共数据库的转录组数据，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验和更大规模的临床样本验证	探讨蛋白激酶在胃癌中的预后和免疫学意义，特别是ABL2基因对M2巨噬细胞极化的影响	胃癌患者和胃癌细胞系	肿瘤免疫学	胃癌	转录组分析、scRNA-seq分析、TIMER算法、体外实验	机器学习模型（DE-KGsM）	转录组数据、单细胞RNA测序数据	来自GEO和TCGA数据库的胃癌患者数据
1099	2025-03-28	Dietary emulsifier carboxymethylcellulose-induced gut dysbiosis and SCFA reduction aggravate acute pancreatitis through classical monocyte activation 2025-Mar-24, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02074-1 PMID:40128912	research paper	该研究探讨了食品乳化剂羧甲基纤维素（CMC）对急性胰腺炎（AP）的有害影响及其通过Akkermansia muciniphila或丁酸盐补充的潜在缓解作用	揭示了CMC通过肠道菌群失调和短链脂肪酸减少加重急性胰腺炎的机制，并提出了Akkermansia muciniphila或丁酸盐作为潜在治疗途径	研究主要基于小鼠模型，人类样本分析有限，需要进一步临床验证	探究CMC对急性胰腺炎的影响及其潜在治疗策略	C57BL/6小鼠和急性胰腺炎患者	生物医学	急性胰腺炎	16S rRNA基因扩增子测序、单细胞RNA测序、粪便微生物移植（FMT）	小鼠模型	分子和免疫参数、肠道菌群组成、单细胞RNA测序数据	C57BL/6小鼠和急性胰腺炎患者的样本
1100	2025-03-28	EGFR-mediated local invasiveness and response to Cetuximab in head and neck cancer 2025-Mar-22, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02290-1 PMID:40121428	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了EGFR介导的头颈部鳞状细胞癌局部侵袭的基因调控网络，并探讨了其对西妥昔单抗反应的预测潜力	发现了一个由INHBA和SNAI2等基因组成的局部侵袭基因调控网络(invGRN)，并验证了该网络的功能互连性及其对西妥昔单抗反应的预测价值	研究主要基于细胞3D模型和患者来源的异种移植模型，尚未在更大规模的临床队列中验证	探索EGFR驱动的头颈部鳞状细胞癌进展的分子网络，以寻找潜在的治疗靶点和预测标志物	复发/转移性头颈部鳞状细胞癌(R/M-HNSCC)	数字病理学	头颈癌	RNA-seq, scRNA-seq	3D细胞模型	基因表达数据	患者来源的异种移植(PDX)和R/M-HNSCC患者样本