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当前共找到 10570 篇文献,本页显示第 1061 - 1080 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1061 2026-08-09
Deconer: An Evaluation Toolkit for Reference-based Deconvolution Methods Using Gene Expression Data
2025-05-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 介绍Deconer,一个用于评估基于参考的细胞类型去卷积方法的综合工具包,并系统比较了16种方法 提供了首个综合性的参考去卷积评估工具包,包含模拟和真实基因表达数据集及多种可视化界面 未提及具体局限性 对基于参考的细胞类型去卷积方法进行全面评估,并为用户选择和发展去卷积算法提供指导 16种基于参考的细胞类型去卷积方法 生物信息学 NA 基因表达数据分析 NA 基因表达数据(包括bulk和单细胞测序数据) 16种方法及多种模拟和真实数据集 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
1062 2026-08-08
Deep Transfer Learning Links Benign Glands to Prostate Cancer Progression via Transcriptomics
2025-12-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 利用深度迁移学习框架DEGAS分析前列腺癌空间转录组数据,发现形态学良性腺体中MSMB表达降低与癌症进展相关,并通过免疫组化验证了蛋白质水平的场效应 首次将深度迁移学习框架DEGAS应用于前列腺癌空间转录组分析,以识别与癌症进展高度相关的细胞和组织,并整合单细胞转录组和深度学习图像分析揭示肿瘤微环境中的复杂相互作用 未明确说明,但可能包括样本量有限、需要更多临床验证等 探索前列腺癌中良性腺体与癌症进展的关联,通过深度迁移学习和转录组学揭示潜在的场效应机制 前列腺癌空间转录组数据、单细胞转录组数据、患者组织样本(包括有和无5年远处转移的患者) 机器学习和数字病理学 前列腺癌 空间转录组学、单细胞转录组学、免疫组化 深度迁移学习(DEGAS框架) 转录组数据、图像数据(组织学图像) 未明确说明,涉及有和无5年远处转移的患者组织样本 NA 空间转录组学、单细胞RNA测序 NA NA
1063 2026-08-08
RXR-Mediated Remodeling of Transcriptional and Chromatin Landscapes in APP Mouse Brain: Insights from Integrated Single-Cell RNA and ATAC Profiling
2025-12-11, Cells IF:5.1Q2
研究论文 该研究通过整合单细胞RNA测序和单核ATAC测序,解析了贝沙罗汀处理APP/PS1ΔE9小鼠脑中RXR介导的转录与染色质重塑机制 首次整合snATAC-seq、scRNA-seq和ChIP-seq数据,结合转录因子足迹分析,全面解析RXR激活在阿尔茨海默病小鼠脑中的多层次转录调控网络,并发现贝沙罗汀通过现有调控支架而非新支架调节RXR功能 研究仅基于小鼠模型,未在人类样本中验证;且未详细分析非神经元细胞类型中RXR的调控作用 揭示RXR激活如何影响染色质结构和基因表达,及其在神经退行性疾病中的潜在机制 贝沙罗汀处理的APP/PS1ΔE9小鼠脑组织中的细胞,特别是神经元 单细胞组学 阿尔茨海默病 scRNA-seq, snATAC-seq, ChIP-seq NA 基因表达数据、染色质开放性数据、转录因子结合数据 使用APP/PS1ΔE9小鼠(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序、单核ATAC测序、ChIP测序 NA NA
1064 2026-08-08
Drosophila and mouse intestinal stem cells are spatiotemporally specified by Notch suppression and Wnt activation
2025-12-05, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 本研究通过计数和追踪果蝇蛹中肠的肠道干细胞,揭示了Notch抑制和Wnt激活在时空上协调指定肠道干细胞命运的机制,并证明该机制在果蝇和哺乳动物中保守 首次揭示肠道干细胞在发育中于一个狭窄的12小时窗口内从约6000个肠上皮细胞中涌现约150个干细胞,并阐明Notch介导的侧向抑制在Wnt激活的空间区域内以约1/40的比例指定干细胞,且该机制在昆虫到哺乳动物中保守 摘要中未提及具体局限性,但可能包括仅使用果蝇和小鼠模型、未在人类中验证,以及单细胞测序和遗传实验的深度有限 阐明发育过程中肠道干细胞指定的机制,特别是Notch和Wnt信号在此过程中的作用及其时空协调性 果蝇蛹中肠和小鼠胚胎肠道中的肠道干细胞及肠上皮细胞 发育生物学 NA 单细胞测序、遗传实验、细胞计数和示踪 NA 单细胞转录组数据、细胞计数和示踪数据、遗传实验数据 约6000个肠上皮细胞中产生约150个肠道干细胞(果蝇),以及小鼠胚胎肠道样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1065 2026-08-08
Single-cell sequencing of rodent ventral pallidum reveals diverse neuronal subtypes with noncanonical interregional continuity
2025-12-05, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 对啮齿动物腹侧苍白球进行单细胞测序,揭示了具有非经典跨区域连续性的多种神经元亚型 首次对小鼠和大鼠腹侧苍白球进行跨物种单核RNA测序,发现16个保守的神经元亚类,并证明这些亚类转录上不限于传统边界,与纹状体、下丘脑和扩展杏仁核等区域共享细胞类型 摘要未提及具体局限性 研究腹侧苍白球的区域身份,通过转录组特征分析细胞类型及其跨区域连续性 小鼠和大鼠的腹侧苍白球组织 基因组学 NA 单核RNA测序 NA 基因表达数据 未明确样本数量,涉及小鼠和大鼠的腹侧苍白球组织 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1066 2026-08-08
Astrocyte-Mediated Plasticity: Multi-Scale Mechanisms Linking Synaptic Dynamics to Learning and Memory
2025-12-05, Cells IF:5.1Q2
综述 本文综述了星形胶质细胞介导的可塑性机制,探讨了其如何通过多尺度机制(从突触动力学到学习记忆)影响神经回路功能 整合了超分辨成像、体积活体成像和空间转录组学等先进技术,并提出了神经元-星形胶质细胞联想记忆模型,将星形胶质细胞钙状态视为分布式存储与控制的底物 未提及具体实验数据或定量分析,可能缺乏实证支持 阐明星形胶质细胞在突触可塑性、学习和记忆中的作用机制,并提供神经精神疾病治疗的新思路 星形胶质细胞、突触、神经元网络 神经科学 神经系统疾病 超分辨成像、体积活体成像、空间转录组学 NA 图像、转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1067 2026-08-08
SMURF: soft-segmentation for single-cell reconstruction and topological analysis of spatial transcriptomic data
2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了SMURF,一种用于空间转录组数据的软分割算法,能准确将mRNA分配到单个细胞,并展开复杂组织结构以分析基因表达梯度 提出跨平台的软分割算法,结合流形展开技术,将转录本分配给邻近细胞核,并能在细胞类型分辨率下分析组织架构,发现新的基因表达分区和调控因子 摘要未提及明确的局限性 提高空间转录组数据分析的准确性和单细胞分辨率,揭示组织内基因表达的空间模式 空间转录组数据中的单细胞和基因表达模式 机器学习 NA 空间转录组学 软分割算法 空间转录组数据 多种组织样本,具体数量未提及 NA 空间转录组学 NA NA
1068 2026-08-08
Chd4 remodels chromatin to control retinal cell type specification and lineage termination
2025-10-15, Development (Cambridge, England)
研究论文 本研究通过条件性敲除小鼠视网膜中的Chd4基因,发现其通过染色质重塑调控视网膜细胞类型特化和谱系终止,Chd4缺失导致早期细胞过度产生、后期细胞生成不足及Müller胶质细胞分化延迟。 首次揭示了Chd4依赖的核小体重塑在视网膜发育中调控时间性谱系终止的关键作用,并整合CUT&RUN-seq和ATAC-seq以及单细胞转录组数据,展示了表观遗传调控与转录输出之间的直接关联。 研究仅聚焦于视网膜发育的特定时间窗口,未深入探讨Chd4在其他时间转换或不同组织中的功能;此外,未提供Chd4如何被招募到特定基因组位点的具体机制。 阐明Chd4介导的染色质重塑在神经祖细胞产生多样化细胞类型和时间性谱系终止中的具体作用及分子机制。 小鼠视网膜神经祖细胞及其分化产生的各类神经元和胶质细胞(如视网膜神经节细胞、无长突细胞、杆状光感受器和Müller胶质细胞)。 表观遗传学 NA CUT&RUN-seq, ATAC-seq, 单细胞转录组学, 条件性基因敲除 NA 基因组数据,转录组数据 小鼠视网膜组织(具体数量未在摘要中说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
1069 2026-08-08
LEGEND: Identifying Co-expressed Genes in Multimodal Transcriptomic Sequencing Data
2025-09-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 提出LEGEND方法,整合单细胞RNA测序和空间转录组数据,识别跨细胞类型和组织域共表达的基因群 首次利用多模态转录组数据,通过创新层次聚类算法最大化簇内冗余和簇间互补,捕捉基因共表达和空间共性的细微模式 未提及明显局限性,但可能依赖数据质量和计算资源 开发一种计算工具,以整合scRNA-seq和SRT数据,识别共表达基因,并揭示生物学功能和疾病关联 基因共表达模式,涉及细胞类型和组织域 机器学习 不适用 单细胞RNA测序,空间转录组学 层次聚类算法 基因表达数据,图像 不适用 不适用 单细胞RNA测序,空间转录组学 不适用 不适用
1070 2026-08-08
Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-cell/nucleus RNA Sequencing Data
2025-09-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 该研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确性和准确性,并建立了优化研究设计的指导阈值。 首次基于大规模多物种数据集,提出数据驱动的阈值和建议,并开发了评估数据质量及估计差异表达结果真阳性率的工具VICE。 研究主要基于单核吞噬细胞数据集,可能限制结论在其它细胞类型中的普适性。 为单细胞/单核RNA测序研究提供定量基准和可操作的指南,以提高数据质量和结果的可重复性。 23个单细胞/单核RNA测序数据集,包含3,682,576个细胞,来自339个样本,以及来自四个物种的单核吞噬细胞。 生物信息学 NA 单细胞RNA测序,单核RNA测序,RNA-seq NA 基因表达数据 23个数据集,339个样本,共3,682,576个细胞 NA 单细胞RNA测序,单核RNA测序 NA NA
1071 2026-08-08
Recent Advances in Deciphering Normal and Diseased Aortic Valve Biology Using Transcriptomic Technologies
2025-09, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2
综述 本文综述了利用转录组技术解析正常和病变主动脉瓣生物学的最新进展,重点探讨瓣膜细胞可塑性、异质性及细胞间相互作用 强调了健康主动脉瓣基线分子和细胞过程表征的重要性,并整合转录组发现以优先筛选用于湿实验验证的关键分子靶点 未提供具体实验数据,作为综述可能受限于现有研究覆盖范围和样本异质性,但摘要中未明确提及局限性 通过整合转录组学发现,深入理解主动脉瓣在正常和疾病状态下的生物学机制,为钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)的治疗开发提供信息 主动脉瓣,包括瓣膜内皮细胞(VECs)和单核细胞,在生理和病理条件下的状态 转录组学 钙化性主动脉瓣疾病(CAVD) RNA测序(RNAseq),单细胞测序(scRNAseq) NA 转录组数据 NA NA RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
1072 2026-08-08
Regional Transcriptomic Architecture of Glioblastoma Reveals NUCB2 as a Key Orchestrator of Tumour Aggression and Immune Dysfunction
2025-09, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序分析,揭示了胶质母细胞瘤中心与外周区域的转录组差异,并确认NUCB2作为肿瘤侵袭性和免疫功能障碍的关键调控因子 首次揭示NUCB2在胶质母细胞瘤中心区神经祖细胞样肿瘤细胞中显著上调,并证明其同时调控肿瘤干细胞增殖和免疫抑制微环境,提出NUCB2驱动的轴可作为联合靶向肿瘤增殖和免疫逃逸的治疗靶点 研究基于公开数据集,缺乏实验验证的临床样本;功能实验主要依赖体外敲低实验,未进行体内模型验证 阐明胶质母细胞瘤不同空间区域的转录组异质性,并识别驱动肿瘤进展的关键分子及其在免疫调节中的作用 胶质母细胞瘤中心和外周区域的多种细胞群体,包括神经祖细胞样肿瘤细胞和CD8+ T细胞 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 两个公开数据集中的胶质母细胞瘤样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1073 2026-08-08
Tumour Single-Cell Bioinformatics: From Immune Profiling to Molecular Dynamics
2025-09, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2
综述 系统总结单细胞RNA测序(scRNA-seq)在解析肿瘤微环境(TME)中的应用进展,涵盖免疫谱分析、细胞状态动态及临床转化潜力 整合最新scRNA-seq研究,揭示TME内稀有免疫亚群和动态细胞状态转换,并探讨与新兴技术整合的未来方向 未提及具体局限性 总结scRNA-seq在肿瘤微环境研究中的最新进展,并讨论其对免疫治疗耐药和精准肿瘤学的意义 肿瘤微环境中的免疫细胞、癌症相关成纤维细胞及细胞外基质成分 生物信息学 肿瘤 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1074 2026-08-08
Integrative Single-Cell and Machine Learning Analysis Reveals Immune Microenvironment Remodelling in Lymph Node Metastasis of Lung Adenocarcinoma
2025-09, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习分析,揭示了肺腺癌淋巴结转移中的免疫微环境重塑,并开发了风险预测模型LNRScore,同时识别出HMGA1作为潜在治疗靶点 首次整合单细胞测序与多组学特征构建集成机器学习模型LNRScore,并发现HMGA1作为核心基因促进肿瘤转移 研究主要基于公共数据和细胞系功能实验,缺乏体内验证及大规模临床队列的进一步确认 阐明肺腺癌淋巴结转移对肿瘤微环境重塑的影响,并建立风险预测模型及识别潜在治疗靶点 肺腺癌患者的转移性和非转移性淋巴结样本以及LLC细胞系 机器学习 肺腺癌 单细胞RNA测序 集成机器学习模型(LNRScore) 单细胞转录组数据、多组学特征数据 未提供具体样本数量,涉及转移性和非转移性淋巴结 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1075 2026-08-08
An emergent disease-associated motor neuron state precedes cell death in a mouse model of ALS
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 利用SOD1-G93A ALS小鼠模型,通过纵向单核转录组和染色质可及性分析,揭示运动神经元退行性变化,发现一种新的疾病相关运动神经元状态(DAMNs),并探讨其在疾病机制中的关键作用 首次识别出一种新的细胞状态'疾病相关运动神经元'(DAMNs),并整合单核转录组、染色质可及性和空间转录组数据,揭示脆弱运动神经元的分子转变及与神经胶质的早期相互作用,同时证明人类同源区域富集ALS相关SNP,提示遗传保守性 研究基于小鼠模型,可能与人类ALS存在差异;样本量和时间点可能有限,未能全面覆盖疾病全程 揭示ALS中运动神经元退行性变化和选择性易感性的分子决定因素 SOD1-G93A ALS小鼠模型的脊髓运动神经元(包括α运动神经元及脆弱和抵抗性亚型) 机器学习 肌萎缩侧索硬化症 单核RNA测序、单核ATAC测序、空间转录组学 NA 基因表达数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 多个时间点的SOD1-G93A小鼠脊髓样本(具体数量未提供) 10x Genomics 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单核基因表达和ATAC-seq, 10x Visium空间转录组
1076 2026-08-08
Spatial multi-omics reveals the potential involvement of SPP1+ fibroblasts in determining metabolic heterogeneity and promoting metastatic growth of colorectal cancer liver metastasis
2025-Aug-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1
研究论文 本研究通过空间多组学分析揭示SPP1+成纤维细胞在结直肠癌肝转移中决定代谢异质性并促进转移生长的潜在作用 首次结合空间转录组学、空间代谢组学和单细胞RNA测序多组学手段,在组织微环境水平上鉴定出SPP1+成纤维细胞富集区域,并揭示其通过代谢重编程和免疫抑制特性促进肿瘤转移的机制 样本量有限(仅2例未治疗患者),且研究基于观察性分析,需进一步功能验证 探究结直肠癌肝转移中关键微环境区域,特别是癌症相关成纤维细胞在肿瘤进展中的作用,并提供分子和代谢层面的诊断和治疗见解 结直肠癌肝转移患者的手术样本和冷冻组织样本 数字病理学 结直肠癌肝转移 空间转录组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序、免疫荧光、RT-qPCR、非靶向代谢组学 NA 基因表达数据、代谢物数据、图像数据 2例患者的12份新鲜手术样本(4份用于空间转录组、4份用于空间代谢组、4份用于单细胞RNA测序),以及40例患者的92份冷冻组织样本(7例用于免疫荧光和RT-qPCR,33例用于非靶向代谢组学) NA 空间转录组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序 NA NA
1077 2026-08-08
EIF4A3 Promotes Muscle Atrophy and Aging by Inhibiting the FAK Pathway Through NEDD9 mRNA Destabilization
2025-08, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
研究论文 本研究探讨了外显子连接复合体(EJC)核心解旋酶EIF4A3在肌肉萎缩和衰老中的作用机制,发现EIF4A3通过促进NEDD9 mRNA的降解抑制FAK通路,从而加剧肌肉萎缩,为治疗提供了新靶点 首次揭示了EJC核心成分EIF4A3在肌肉萎缩中的新功能,特别是其通过NEDD9 mRNA失稳抑制FAK通路的新机制,并提供了药理学干预策略以逆转其促萎缩效应 主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人体验证样本量较小(年轻和老年各5例),且未涉及长期临床干预研究 探究外显子连接复合体(EJC)在肌肉萎缩中的作用,并寻找共同的干预靶点以解决临床未满足的需求 肌肉萎缩的体外肌管模型、小鼠模型(去神经支配、固定、血管紧张素II诱导)以及年轻和老年人类及小鼠的肌肉组织 分子生物学 肌肉萎缩 单细胞转录组分析、蛋白质印迹、RNA-seq、RIP-seq、RT-qPCR、免疫印迹、慢病毒和腺相关病毒(AAV8)基因操作 NA 转录组数据、基因表达数据、蛋白表达数据、影像数据(组织学和成像) 人类肌肉组织:年轻和老年各5例;小鼠肌肉组织:年轻和老年各6例(性别分组);体外肌管实验:n=6;体内表型分析:n=10;药理学实验小鼠:n=6-10 NA 单细胞RNA测序、RIP-seq NA NA
1078 2026-08-08
Thymic Microenvironment Remodeling in Cancer Cachexia as a Determinant of Checkpoint Inhibitor Efficacy and Toxicity
2025-08, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
研究论文 本研究探讨了癌症恶病质对胸腺微环境重塑的影响,及其对免疫检查点抑制剂疗效和毒性的决定作用 首次揭示癌症恶病质通过诱导胸腺成纤维细胞成熟障碍和T细胞负性选择受损,促进自身抗体产生,并关联ICI治疗的疗效与毒性 研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本,需进一步验证临床普适性 阐明癌症恶病质对胸腺微环境的影响及其与免疫检查点抑制剂治疗结果的关系 原位肝细胞癌恶病质小鼠、接受抗PD-1/L1治疗的晚期和局部晚期癌症患者 数字病理学 肝细胞癌 单细胞测序、免疫荧光、流式细胞术、单细胞TCR测序 NA 单细胞转录组数据、TCR序列数据、免疫组化图像、临床随访数据 小鼠模型(数量未明确)和患者队列(具体数量未给出) NA 单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 NA NA
1079 2026-08-08
Unravelling the Role of PIEZO1 in Adipogenesis of Fibrogenic/Adipogenic Progenitors for Muscle Fat Infiltration After Rotator Cuff Tear
2025-08, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
研究论文 本研究探讨了PIEZO1在肩袖撕裂后肌肉脂肪浸润中调控纤维/脂肪祖细胞脂肪生成的作用,并评估了低强度脉冲超声的治疗潜力 首次揭示机械刺激变化通过PIEZO1调控FAPs脂肪生成导致肌肉脂肪浸润,并证明LIPUS可通过激活PIEZO1改善肩袖撕裂后肌肉退变 未提及具体局限性 探究肩袖撕裂引起的机械环境变化如何影响肌肉脂肪浸润,并寻找潜在的治疗方法 人类和小鼠的纤维/脂肪祖细胞(FAPs) 数字病理学 肩袖撕裂 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 实时qPCR, Western blot, 小分子处理, 基因敲除小鼠, 低强度脉冲超声 NA 基因表达数据, 图像(肌肉组织), 分子生物学数据 人类和小鼠FAPs样本,具体数量未提及 10x Genomics 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
1080 2026-08-08
Multimodal evaluation of cerebrospinal fluid from breast cancer leptomeningeal metastases using circulating tumor cell detection, single-cell sequencing, and proteomics
2025-07-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究对一名HER2阳性乳腺癌软脑膜转移患者的脑脊液进行多模态分析,包括循环肿瘤细胞检测、单细胞测序和蛋白质组学,以评估治疗反应 首次采用多模态方法综合评估脑脊液中的循环肿瘤细胞、单细胞转录组和细胞因子谱,以监测乳腺癌软脑膜转移的治疗反应 该研究为单病例报告,样本量有限,且未进行长期随访以确认临床结果的持久性 评估脑脊液分子谱分析作为乳腺癌软脑膜转移治疗反应的早期指标和耐药机制识别工具的潜力 一名41岁女性HER2阳性乳腺癌伴难治性软脑膜转移患者 数字病理学 乳腺癌 循环肿瘤细胞检测、单细胞RNA测序、细胞因子谱分析 NA 脑脊液样本、单细胞转录组数据、细胞因子数据 1例患者,多次脑脊液采样 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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