单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1061	2025-07-03	A benchmarking study of copy number variation inference methods using single-cell RNA-sequencing data 2025-Jun, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbaf011 PMID:40584741	研究论文	本研究通过基准测试评估了五种单细胞RNA测序数据中拷贝数变异推断方法的性能	首次系统地比较了五种scCNV推断方法在不同单细胞RNA测序平台上的表现，并提供了方法选择的指导	研究仅评估了五种方法，可能未涵盖所有现有方法；临床样本数量有限	评估和比较单细胞RNA测序数据中拷贝数变异推断方法的性能	五种scCNV推断方法（HoneyBADGER, CopyKAT, CaSpER, inferCNV, sciCNV）	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	来自多中心研究的混合样本（5种人肺腺癌细胞系）和小细胞肺癌患者的测序组织
1062	2025-07-03	Differential cellular communication inference framework for large-scale single-cell RNA-sequencing data 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf084 PMID:40585304	研究论文	提出一个可推广的计算框架scSeqCommDiff，用于从大规模单细胞转录组数据中推断和分析两种实验条件下的差异细胞通讯	开发了一个统计和基于网络的计算方法，用于快速且内存高效地表征改变的细胞间通讯，并提供了一个用户友好的Shiny应用CClens以促进交互式分析	现有方法在分析不同实验设计的灵活性和结果可视化方面普遍存在不足	研究细胞间通讯在不同实验条件下的变化	大规模单细胞转录组数据	生物信息学	肌萎缩侧索硬化症	单细胞转录组测序	统计和网络模型	单细胞RNA测序数据	大规模数据集（包括细胞图谱）和单核转录组数据集
1063	2025-07-03	iGTP: learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf296 PMID:40551620	研究论文	本文提出了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于从单细胞转录组数据中推断生物学机制	iGTP框架能够建模转录程序空间的重要性以及不同生物状态间的蛋白质-蛋白质相互作用，提供了生物意义明确的潜在空间表示	未明确提及具体限制	开发可解释的深度学习模型以揭示单细胞转录组数据背后的生物学机制	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	变分自编码器(VAE), 图神经网络(GNN), 潜在扩散模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
1064	2025-07-03	Prior chemotherapy deteriorates T-cell quality for CAR T-cell therapy in B-cell non-Hodgkin's lymphoma 2025-Apr-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010709 PMID:40210237	research paper	该研究探讨了化疗对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者T细胞功能的影响，以及这些影响如何影响CAR T细胞疗法的效果	首次系统评估了化疗对T细胞功能的影响，并提出了在化疗前采集T细胞以提高CAR T细胞疗法效果的新策略	研究样本量有限，仅针对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者	评估化疗对T细胞功能的影响及其对CAR T细胞疗法效果的影响	B细胞非霍奇金淋巴瘤患者的T细胞	免疫治疗	B细胞非霍奇金淋巴瘤	多参数流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全基因组DNA甲基化阵列、体外功能测试	NA	细胞样本、基因表达数据、甲基化数据	两个B细胞非霍奇金淋巴瘤患者队列(治疗前和治疗后)
1065	2025-07-03	Peripartum dapagliflozin improves late-life maternal cardiovascular outcomes in a murine model of superimposed preeclampsia 2025-Mar-29, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2025.03.035 PMID:40164294	研究论文	本研究探讨了在妊娠期和产后立即使用SGLT2抑制剂达格列净对叠加子痫前期小鼠模型心血管结局的短期和长期影响	首次在叠加子痫前期模型中测试了SGLT2抑制剂在围产期的心血管保护作用，并揭示了其抗纤维化和代谢调节的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，结果需要进一步在人类临床试验中验证	评估达格列净在妊娠期和产后对叠加子痫前期心血管结局的改善作用	BPH/2J小鼠模型（叠加子痫前期）	心血管疾病研究	心血管疾病	连续超声心动图、空间转录组学、Masson三色染色	BPH/2J小鼠模型	生理参数、分子标记、组织病理学数据	BPH/2J妊娠小鼠（具体数量未明确说明）
1066	2025-07-03	Ash1l loss-of-function results in structural birth defects and altered cortical development 2025-Jan-07, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae218 PMID:38943682	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶ASH1L功能丧失对小鼠出生缺陷和大脑皮层发育的影响	首次揭示了ASH1L在出生后存活和正常颅面发育中的关键作用，并阐明了其对大脑皮层神经元命运决定的影响	研究仅基于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证	探究ASH1L功能丧失对发育的影响及其与神经发育障碍的关联	小鼠模型（特别是大脑皮层发育）	神经发育生物学	自闭症	免疫组织化学、EdU标记、单细胞RNA测序	Ash1l基因敲除小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	胚胎期e18.5样本77个，出生后样本41个，鼻骨分析样本31个，皮层分析每组6个基因型
1067	2025-07-03	Deciphering normal and cancer stem cell niches by spatial transcriptomics: opportunities and challenges 2025-Jan-07, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351956.124 PMID:39496456	综述	本文探讨了通过空间转录组学解析正常和癌症干细胞微环境的机会与挑战	利用NGS、单细胞转录组学和空间转录组学等先进技术，揭示肿瘤异质性和治疗抵抗性的分子机制	技术限制和计算工具在处理特定瓶颈时的不足	研究正常干细胞和癌症干细胞及其微环境的特性	正常干细胞（NSCs）和癌症干细胞（CSCs）及其微环境	数字病理学	癌症	NGS, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	分子数据	NA
1068	2025-07-03	Reduced T-Cell stemness underlies Th17 expansion and graft dysfunction in kidney transplant recipients 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1588941 PMID:40584830	研究论文	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，探讨了肾脏移植受者中T细胞干性降低与Th17细胞扩增及移植物功能障碍的关系	首次将CD4+ T细胞干性降低、Th17细胞极化优势及S100-TLR4轴信号传导与移植物功能障碍联系起来，并提出了潜在的生物标志物和治疗靶点	样本量较小（单细胞测序n=20，批量验证n=192），且未进行功能实验验证机制	阐明区分移植物功能稳定与受损受者的免疫机制	肾脏移植受者的外周血单个核细胞	免疫学	终末期肾病	单细胞RNA测序，批量RNA测序，WGCNA	Monocle（拟时序分析），iTalk（配体-受体互作推断）	RNA测序数据	单细胞测序20例（10正常/10异常），批量验证192例
1069	2025-07-03	Single-cell transcriptomics of vascularized human brain organoids decipher lineage-specific stress adaptation in fetal hypoxia-reoxygenation injury 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.117001 PMID:40585969	研究论文	本研究建立了一种先进的血管化人类皮质类器官模型，用于解码缺氧-再氧合过程中的细胞类型特异性损伤机制和治疗靶点	通过整合皮质和血管类器官开发了血管化人类皮质类器官模型，揭示了人类特异性神经血管病理生理学和应激适应网络	现有模型在理解人类特异性细胞机制方面存在局限性	解码缺氧-再氧合过程中的细胞类型特异性损伤机制和治疗靶点	血管化人类皮质类器官模型	数字病理学	新生儿疾病	单细胞转录组学	血管化人类皮质类器官模型	转录组数据	NA
1070	2025-07-03	Endothelium-specific sensing of mechanical signals drives epidermal aging through coordinating retinoid metabolism 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.112299 PMID:40585982	research paper	研究揭示了机械响应性内皮细胞通过整合素介导的机械转导调控视黄醇代谢，从而驱动皮肤衰老的机制	首次揭示了内皮细胞通过机械信号感知调控皮肤衰老的三方轴（成纤维细胞-内皮-表皮）机制，并验证了视黄醇代谢物的 rejuvenating 效果	研究主要基于体外皮肤类器官模型和小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究机械敏感的内皮细胞在皮肤衰老过程中的作用机制	人类皮肤样本（年轻、中年、老年）、小鼠衰老模型、皮肤类器官系统	生物医学	皮肤衰老	scRNA-seq、空间转录组学、PCCFM、CellChat分析、RNA-seq、免疫荧光染色、HE染色、RT-qPCR	皮肤类器官模型、小鼠衰老模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据、机械特性数据	不同年龄段的人类皮肤样本（具体数量未明确说明）、小鼠模型和皮肤类器官系统
1071	2025-07-03	Epithelial cells with high TOP2A expression promote cervical cancer progression by regulating the transcription factor FOXM1 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1604960 PMID:40589640	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究宫颈癌中高表达TOP2A的上皮细胞亚群及其在肿瘤进展中的作用	发现了一个高表达TOP2A的上皮细胞亚群，该亚群通过LAMC1-(ITGA3-ITGB1)信号通路在肿瘤微环境中起关键作用，并揭示了FOXM1作为关键转录因子的功能	未提及样本量是否足够大，以及是否进行了临床验证	探索宫颈癌进展中上皮细胞的分子特征，为精准治疗提供潜在靶点	宫颈癌中的上皮细胞(EPCs)	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Slingshot, Cellchat, SCENIC, CCK-8, 集落形成实验, EDU实验, 划痕实验, transwell实验	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1072	2025-07-03	ScRNA-seq combined with ATAC-seq analysis to explore the metabolic balance mechanism of CCl4-induced liver inflammatory injury 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1600685 PMID:40589742	研究论文	通过结合scRNA-seq和ATAC-seq分析，探索CCl4诱导的肝脏炎症损伤的代谢平衡机制	首次揭示了肝细胞组蛋白乙酰化随损伤时间延长而增强的现象，并发现了脂肪酸代谢在肝细胞损伤中的主导作用，以及Zhx2和Zbtb20在代谢平衡恢复中的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索CCl4诱导的肝损伤后的细胞代谢机制	CCl4诱导的慢性肝损伤小鼠模型	生物信息学	肝病	scRNA-seq, ATAC-seq, RNA-seq	NA	基因组数据	小鼠模型
1073	2025-07-03	Sphingosine-1-phosphate stimulates colorectal cancer tumor microenvironment angiogenesis and induces macrophage polarization via macrophage migration inhibitory factor 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1564213 PMID:40589755	研究论文	本研究通过整合多组学数据和体外实验，探讨了鞘氨醇-1-磷酸（S1P）在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其通过巨噬细胞迁移抑制因子（MIF）途径促进血管生成和诱导巨噬细胞极化的机制	揭示了S1P在结直肠癌肿瘤微环境中通过MIF途径促进血管生成和巨噬细胞极化的新机制，并提出了抑制S1P合成可能具有抗肿瘤效果的新策略	研究主要基于体外实验和组学数据分析，缺乏体内实验验证	阐明S1P在结直肠癌肿瘤微环境中的作用机制及其对血管生成和巨噬细胞极化的影响	结直肠癌肿瘤微环境中的S1P及其相关分子机制	肿瘤生物学	结直肠癌	RNA-seq, scRNA-seq, 免疫组化染色（IHC）, 空间转录组学	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	NA
1074	2025-07-03	Therapeutic implications of cancer-associated fibroblast heterogeneity: insights from single-cell and multi-omics analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1580315 PMID:40589759	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学数据分析，探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在肿瘤微环境中的功能作用	识别了四种CAF亚群及其与肿瘤相关信号通路的差异，开发了用于生存预测和免疫治疗敏感性评估的风险评分模型（RiskScore），并验证了核心基因在肿瘤发展中的关键作用	研究可能受限于样本数量和多样性，且实验验证仅在部分基因上进行	探索CAF异质性及其在肿瘤微环境中的功能作用，为个性化治疗提供理论支持	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤微环境中的亚群	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多组学数据分析、siRNA干扰、qPCR、Western blotting	RiskScore模型、Cox和LASSO回归	单细胞RNA测序数据、多组学数据	未明确提及具体样本数量
1075	2025-07-03	Cell types and neuronal genetic architecture in the rat CSF-contacting nucleus and the role of 5-HT in this nucleus in mediating morphine addiction through the brain-CSF circuit 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1603486 PMID:40589789	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了脑脊液接触核的细胞组成和基因表达特征，并探讨了其在吗啡成瘾中的作用机制	首次系统描绘了脑脊液接触核的单细胞转录组图谱，发现其通过调控5-HT释放参与脑脊液介导的神经调节机制	研究主要基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明脑脊液接触核的细胞组成和基因表达特征，探究其在吗啡成瘾中的作用机制	大鼠脑脊液接触核	神经科学	药物成瘾	单细胞RNA测序、化学遗传学技术、UPLC-MS、ELISA	NA	基因表达数据、行为学数据、生化检测数据	单细胞RNA测序数据(登录号CRR790158)
1076	2025-07-03	Spatial Transcriptomic Analyses of Spermatogenesis 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4698-4_3 PMID:40601269	研究论文	本文介绍了空间转录组技术在精子发生研究中的应用，并提供了使用Curio Biosciences的Seeker（SlideSeq V2）方法的具体步骤	利用空间转录组技术解决了传统转录组方法破坏组织三维结构的局限性，提供了精子发生过程中细胞异质性的空间信息	仅针对小鼠睾丸中的圆形精子细胞进行了示例分析，可能无法全面代表其他生殖细胞类型	探索精子发生过程中的细胞异质性和空间组织	小鼠睾丸组织中的生殖细胞	空间转录组学	NA	空间转录组学（SlideSeq V2）	NA	空间转录组数据	小鼠睾丸组织样本
1077	2025-07-02	Anti-tumor effects on tumor-infiltrating natural killer cells by localized ablative immunotherapy and immune checkpoint inhibitors: An integrated and comparative study using scRNAseq analysis 2025-Sep-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217825 PMID:40436260	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了局部消融免疫疗法和免疫检查点抑制剂对肿瘤浸润自然杀伤细胞的抗肿瘤效应	揭示了LAIT和ICI通过不同但互补的机制增强NK细胞介导的抗肿瘤反应，并支持组合免疫疗法策略的开发	研究主要基于小鼠乳腺癌模型，临床相关性需进一步验证	阐明局部消融免疫疗法和免疫检查点抑制剂对肿瘤微环境中NK细胞的调控机制	肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK cells）	免疫治疗	乳腺癌	scRNAseq	NA	基因表达数据	小鼠乳腺癌模型及TCGA数据库中的患者数据
1078	2025-07-02	TSC2/mTORC1 integrates deoxynivalenol signals recognized by membrane receptors IR and EGFR to restrict intestinal stem cell function 2025-Aug-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138769 PMID:40466374	研究论文	该研究探讨了脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）如何通过膜受体IR和EGFR整合信号，进而通过TSC2/mTORC1通路限制肠道干细胞功能	揭示了DON通过膜受体IR和EGFR与TSC2/mTORC1通路的相互作用机制，以及IR/EGFR过表达对DON诱导的肠道干细胞损伤的修复作用	研究主要基于体外和离体模型，未在完整动物模型中验证	探究DON如何通过膜受体信号通路影响肠道干细胞功能	猪肠道类器官和IPEC-J2细胞系	细胞生物学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、等温滴定量热法（ITC）	NA	基因表达数据	NA
1079	2025-07-02	From injury to recovery: Spatiotemporal dynamics of the visual pathway during spontaneous structural and functional regeneration after optic nerve transection in zebrafish 2025-07-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.020 PMID:40567162	研究论文	本研究系统描述了成年斑马鱼在视神经横断后5周内的再生动态，包括视网膜、视神经和大脑的时空协调恢复过程	首次全面揭示了斑马鱼视觉通路在视神经损伤后的时空再生动态，并建立了与功能恢复的关联	研究仅聚焦于斑马鱼模型，结果向哺乳动物（尤其是人类）的转化潜力仍需进一步验证	阐明斑马鱼视觉系统自发再生的时空动态机制	成年斑马鱼的视觉通路（视网膜、视神经和大脑）	神经再生	视神经损伤	H&E染色、免疫组化、透射电镜、单细胞RNA测序、视动反应(OKR)行为评估	斑马鱼模型	组织学图像、转录组数据、行为数据	未明确说明样本数量，研究持续5周时间
1080	2025-07-02	Cancer stem cells-derived exosomal TSPAN8 enhances non-stem cancer cells stemness and promotes malignant progression in PDAC 2025-Jul, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03412-1 PMID:40251391	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中癌症干细胞(CSC)通过外泌体TSPAN8增强非干细胞癌细胞(NSCC)的干细胞特性并促进恶性进展的机制	首次发现CSC分泌的TSPAN8富集外泌体通过激活Sonic Hedgehog信号通路增强NSCC的干细胞特性	研究主要基于体外和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明PDAC中CSC通过外泌体介导的细胞间通讯机制	胰腺导管腺癌(PDAC)中的癌症干细胞(CSC)和非干细胞癌细胞(NSCC)	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、外泌体分析	NA	RNA测序数据、外泌体蛋白数据	未明确说明样本数量，使用PDAC细胞系和动物模型