单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1061	2025-08-29	Differences in transcriptome characteristics and drug repositioning of Alzheimer's disease according to sex 2025-06-15, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106909 PMID:40220916	研究论文	本研究通过分析阿尔茨海默病（AD）患者外周血和前额叶皮层组织的转录组数据，探索性别差异对疾病转录特征及药物重定位的影响	首次系统比较AD患者性别相关的转录组差异，结合单细胞RNA测序分析细胞类型分布及通讯，并预测性别特异性治疗药物	样本量较小（总计54例外周血样本），且部分数据依赖公共数据库（GEO），需进一步扩大验证	探究AD中性别相关的转录组差异及潜在性别分层治疗策略	阿尔茨海默病患者（AD）、轻度认知障碍患者（MCI）及健康对照者的外周血和前额叶皮层组织	生物信息学	阿尔茨海默病	RNA-seq, snRNA-seq, 转录组分析, Connectivity Map (CMap)	差异表达基因分析, 细胞通讯分析	RNA测序数据, 单细胞转录组数据	54例外周血样本（AD男性15例/女性10例，MCI男性7例/女性11例，健康男性6例/女性5例），另使用GEO数据库前额叶皮层单细胞数据
1062	2025-08-29	Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610420 PMID:39257761	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序全面分析小鼠迁移性原始生殖细胞（PGCs）的转录异质性，揭示前后位置迁移细胞在非经典Wnt和Nodal-Lefty信号通路的差异	首次基于位置和时间点对迁移中PGCs进行高分辨率转录组图谱绘制，发现前后迁移细胞在ncWNT信号和Nodal-Lefty信号通路的生态位特异性差异，并验证人类中的保守性	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅为重新分析已发表数据集，实验验证仅限于E10.5时间点	解析迁移过程中原始生殖细胞的转录异质性及其与体细胞生态位的相互作用机制	小鼠胚胎E9.5-E11.5时期的原始生殖细胞及周围体细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），全胚胎免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据，免疫荧光图像数据	13,262个小鼠PGCs和7,868个体细胞
1063	2025-08-29	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-06, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究通过形态学、功能学和单细胞测序分析，探讨了产前PFOS暴露对子代大鼠肺发育的影响	首次结合单细胞RNA测序揭示PFOS暴露引起肺细胞组成变化和免疫应答转变，并识别出Fam111a上调和Stk35下调等关键基因变化	研究仅基于大鼠模型，结果外推至人类需谨慎；剂量设置虽覆盖环境与职业暴露水平，但长期效应仍需进一步验证	阐明PFOS暴露对肺发育的细胞与分子机制	子代大鼠肺组织	毒理学与环境健康	肺疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、形态学数据、生理功能数据	孕鼠暴露于0, 0.01, 0.1, 和1 mg/kg/day PFOS（妊娠11-20天），子代大鼠在出生后0、4、14、21和60天取样
1064	2025-08-29	Molecular mechanism of PANoptosis and programmed cell death in neurological diseases 2025-06-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106907 PMID:40204169	综述	本文系统解析PANoptosis的分子机制及其在神经疾病中的作用，并探讨靶向治疗策略	提出PANoptosis作为炎症性程序性细胞死亡的新范式，整合焦亡、凋亡和坏死性凋亡途径，揭示其在神经炎症疾病中的空间转录组特征及治疗潜力	NA	阐明PANoptosis的分子机制及其在神经疾病中的病理作用，推动精准神经治疗策略发展	PANoptosome复合体、程序性细胞死亡通路、神经炎症性疾病（如阿尔茨海默病、多发性硬化）	分子神经生物学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	分子机制分析、转录组数据	NA
1065	2025-08-29	CD200-based cell sorting results in homogeneous transplantable striatal neuroblasts for human cell therapy for Huntington's disease 2025-06-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106905 PMID:40220917	研究论文	本文开发了一种基于CD200标记的细胞分选方法，用于富集人类纹状体神经母细胞，以提升亨廷顿病细胞治疗的移植效果	首次识别CD200作为人类纹状体神经母细胞的表面标记，并建立基于该标记的高效分选流程，减少细胞异质性	研究仅在成年小鼠体内进行移植验证，尚未开展人类临床试验	开发减少人类多能干细胞分化产物异质性的方法，优化神经退行性疾病的细胞治疗策略	人类多能干细胞分化的纹状体神经母细胞	细胞治疗	亨廷顿病	大规模单细胞RNA测序，免疫磁珠分选	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1066	2025-08-29	Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653262 PMID:40661452	研究论文	本文通过纵向单细胞RNA测序研究慢性粒细胞白血病进展，揭示微观转录状态如何聚合形成宏观疾病表型	结合状态转换理论，首次系统阐明单细胞水平连续转录微状态如何汇聚成临床相关的宏观白血病表型	NA	解析单细胞与批量转录组数据中的疾病特异性信息，阐明离散疾病状态从噪声数据中涌现的机制	慢性粒细胞白血病（CML）的进展过程	单细胞组学	白血病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	状态转换理论	单细胞转录组数据	NA
1067	2025-08-29	Erythroid progenitor cell-mediated spleen-tumor interaction deteriorates cancer immunity 2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417473122 PMID:40014568	研究论文	本文揭示红细胞祖细胞介导的脾脏-肿瘤相互作用通过免疫抑制机制恶化癌症免疫	首次发现肿瘤通过劫持EPCs建立脾脏与肿瘤间的免疫抑制桥梁，并阐明其通过CCL5/CCR5轴迁移及PD-L1介导的免疫抑制机制	NA	探究肿瘤发展中系统性免疫的动态变化及EPCs在肿瘤免疫抑制中的作用	红细胞祖细胞(EPCs)、脾脏、肿瘤微环境、头颈鳞状细胞癌患者样本	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	NA（涉及头颈鳞状细胞癌患者队列分析）
1068	2025-08-29	A transcriptome-wide association study integrating multi-omics bioinformatics and Mendelian randomization reveals the prognostic value of ADAMDEC1 in colon cancer 2025-02, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-024-03910-3 PMID:39680087	研究论文	本研究通过整合多组学数据和孟德尔随机化方法，鉴定ADAMDEC1作为结肠癌预后保护因子	首次结合单细胞测序数据、批量转录组数据和孟德尔随机化分析，系统识别与结肠癌预后因果关联的基因	NA	识别与结肠癌预后有因果关联的基因，改善患者生存率	结肠癌患者及其相关基因与细胞类型	生物信息学	结肠癌	单细胞测序, 批量转录组分析, 孟德尔随机化(SMR), GWAS, 免疫组化(IHC)	scissor算法, 两样本孟德尔随机化	基因表达数据, 基因型数据, 临床预后数据, 图像数据	多个数据集（包括GSE17536和GSE39582）及真实世界组织样本
1069	2025-08-29	Cholinergic waves have a modest influence on the transcriptome of retinal ganglion cells 2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.05.627027 PMID:39713433	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析β2KO小鼠视网膜神经节细胞的转录组变化，探讨胆碱能波对发育的影响	首次在单细胞水平揭示胆碱能波对特定类型RGC转录组的细微调控，而非先前认为的广泛影响	研究仅关注出生后第一周，可能未完全捕捉长期效应；样本限于小鼠模型	探究β2尼古丁乙酰胆碱受体缺失对视网膜神经节细胞基因表达的影响	野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位杂交、全细胞记录	NA	RNA序列数据	野生型和β2KO小鼠出生后第一周的视网膜神经节细胞
1070	2025-08-29	Toll-like receptor agonists promote the formation of tertiary lymphoid structure and improve anti-glioma immunity 2025-Jan-12, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae167 PMID:39188155	研究论文	本研究探讨了通过Toll样受体激动剂在胶质瘤微环境中诱导三级淋巴结构形成以增强抗肿瘤免疫的策略	首次发现TLR激动剂联合胶质瘤抗原颅内给药可成功诱导GME中TLS形成，并揭示了巨噬细胞/小胶质细胞与Th17细胞通过LTα/β-LTβR相互作用的新型诱导机制	临床研究仅为初步转化性研究，样本量有限，需要更大规模的临床试验验证	探索将胶质瘤微环境从免疫抵抗状态转化为激活状态的治疗策略	胶质瘤小鼠模型和初步临床研究受试者	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-Seq, BCR/TCR测序, 染色分析, 抗体中和	NA	基因组测序数据, 免疫组化数据, 临床数据	胶质瘤荷瘤小鼠模型和初步临床研究样本
1071	2025-08-29	Lessons learned from spatial transcriptomic analyses in clear-cell renal cell carcinoma 2025-Jan-09, Nature reviews. Urology DOI:10.1038/s41585-024-00980-x PMID:39789293	综述	本文总结了空间转录组学在透明细胞肾细胞癌研究中的应用与发现	揭示了肿瘤微环境中空间依赖的细胞互作、代谢异质性分布以及三级淋巴结构的作用机制	目前仅针对透明细胞肾癌亚型进行研究，缺乏其他亚型数据	探讨空间转录组技术在肾细胞癌生物标志物开发中的潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤微环境	空间转录组学	肾细胞癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA（基于现有研究综述，未明确样本数量）
1072	2025-08-11	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Oct, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70057 PMID:40631762	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和基因敲除实验，探讨了Yap和Taz在嗅觉鞘细胞（OECs）和雪旺细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OECs和雪旺细胞发育中的不同作用，并发现尽管这些细胞发育受到影响，GnRH-1神经元的迁移仍不受影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究Yap和Taz在嗅觉鞘细胞和雪旺细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻部组织中的嗅觉鞘细胞、雪旺细胞和GnRH-1神经元	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、基因敲除	Sox10-Cre小鼠模型	RNA测序数据、基因表达数据	小鼠胚胎鼻部组织
1073	2025-08-11	Diverse Subpopulations of Reactive Astrocytes Following Chronic Toxoplasma Infection 2025-Oct, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70053 PMID:40635167	research paper	该研究探讨了慢性弓形虫感染后反应性星形胶质细胞的多样亚群及其功能特征	揭示了慢性神经炎症期间反应性星形胶质细胞亚群的动态变化及其功能特征，特别是表达转甲状腺素蛋白（Ttr）的星形胶质细胞在免疫调节中的新作用	研究主要基于小鼠模型，人类慢性神经炎症中的星形胶质细胞亚群可能有所不同	研究慢性神经炎症中反应性星形胶质细胞的多样性和功能演变	慢性弓形虫感染小鼠模型中的反应性星形胶质细胞	神经科学	神经感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Lcn2CreERT2报告小鼠模型	基因表达数据	NA
1074	2025-08-11	Multi-omics integrative analysis reveals novel genetic loci and candidate genes for ischemic stroke 2025-Sep-09, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102633 PMID:40777745	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了缺血性中风的新遗传位点和候选基因	发现了124个新的与缺血性中风相关的遗传位点，并通过多种分析方法验证了这些基因在脑血管功能、炎症和代谢中的作用	研究主要依赖于GWAS数据，可能忽略了某些罕见变异的影响	探索缺血性中风的遗传基础，为精准医学策略提供依据	缺血性中风相关的遗传位点和候选基因	遗传学	缺血性中风	GWAS, eQTL, pQTL, 单细胞RNA测序, Mendelian随机化分析	LLM (StrokeGene)	基因组数据, 表达数据, 蛋白质数据	三个大规模GWAS数据集（GWAS Catalog, MEGASTROKE, Open GWAS）
1075	2025-08-11	Multi-omics insights of immune cells in the risk and prognosis of idiopathic membranous nephropathy 2025-Aug-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08642-3 PMID:40783650	研究论文	该研究利用多组学数据和多种方法评估了731种免疫细胞表型与特发性膜性肾病(IMN)之间的因果关系，发现CD39调节性T细胞(Treg)与IMN风险及预后显著相关	首次通过孟德尔随机化分析发现CD39 Tregs与IMN的因果关系，并构建了107个复合机器学习模型用于MN识别	仅发现CD39 Tregs这一种免疫细胞亚型与IMN显著相关，可能忽略了其他潜在重要免疫细胞类型	探究免疫细胞在特发性膜性肾病(IMN)发病风险和预后中的作用机制	731种免疫细胞表型，重点关注CD39调节性T细胞(Tregs)	生物医学	特发性膜性肾病	多组学分析、孟德尔随机化、多重免疫荧光染色、单细胞转录组分析、流式细胞术、机器学习建模	复合机器学习模型	多组学数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据	未明确说明样本量，涉及731种免疫细胞表型分析
1076	2025-08-11	Mitochondrial metabolic reprogramming in colorectal cancer: mechanisms of resistance and future clinical interventions 2025-Aug-09, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02670-y PMID:40783392	综述	探讨结直肠癌中线粒体代谢重编程在治疗抵抗中的作用及其临床干预策略	深入分析了线粒体代谢重编程如何通过代谢可塑性、氧化还原平衡和细胞器质量控制促进结直肠癌治疗抵抗，并讨论了相关技术在个体化治疗中的应用	主要聚焦于结直肠癌，对其他癌症类型的适用性有待验证	阐明线粒体代谢重编程在结直肠癌治疗抵抗中的作用机制并探索潜在临床干预手段	结直肠癌细胞及其线粒体代谢过程	肿瘤代谢	结直肠癌	空间转录组学、蛋白质组学、患者来源类器官	NA	NA	NA
1077	2025-08-11	Comprehensive multi-omics analysis reveals the core role of glycerophospholipid metabolism in the influence of short-chain fatty acids on the development of sepsis 2025-Aug-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13322-7 PMID:40783504	研究论文	通过多组学分析揭示了短链脂肪酸通过甘油磷脂代谢影响脓毒症发展的核心作用	整合小鼠模型、非靶向代谢组学、人类转录组学、单细胞RNA测序和孟德尔随机化等多种方法，首次系统性地研究了短链脂肪酸在脓毒症中的作用机制	研究主要基于小鼠模型和公共数据库数据，需要进一步临床验证	阐明短链脂肪酸改善脓毒症预后的具体分子机制	脓毒症患者和小鼠模型	多组学分析	脓毒症	非靶向代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化	SVM-RFE、LASSO回归	代谢组数据、转录组数据、单细胞数据	60只C57BL/6小鼠和多个公共数据库(GSE185263, GSE54514, GSE167363)
1078	2025-08-11	CAR-engineered cytolytic Tregs reverse pulmonary fibrosis and remodel the fibrotic niche with limited CRS 2025-Aug-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182050 PMID:40627450	研究论文	该研究开发了一种靶向FAP1的CAR-cTregs细胞疗法，用于治疗特发性肺纤维化(IPF)，并在体外和体内模型中验证了其效果	首次将CAR-T细胞的靶向杀伤优势与Treg细胞的免疫抑制功能相结合，开发出CAR-cTregs用于治疗纤维化疾病	研究仅在体外和动物模型中进行验证，尚未进行临床试验	开发一种新型细胞疗法用于治疗特发性肺纤维化	FAP1+肺泡成纤维细胞和CAR-cTregs细胞	细胞免疫治疗	特发性肺纤维化	单细胞转录组分析、CAR-T细胞技术	CAR-cTregs细胞模型	基因表达数据、细胞实验数据	博来霉素诱导的肺纤维化动物模型
1079	2025-08-11	Regulation of cortical neurogenesis by MED13L via transcriptional priming and its implications for MED13L syndrome 2025-Aug-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08532-8 PMID:40775066	研究论文	本研究通过生成MED13L综合征的基因敲除小鼠模型，揭示了MED13L通过转录启动调控皮质神经发生及其在MED13L综合征中的作用机制	首次揭示了MED13L通过结合核心中介复合物，启动关键发育基因的转录激活，从而调控皮质神经发生的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类MED13L综合征的分子机制可能更为复杂	探究MED13L综合征的发育和分子机制	MED13L基因敲除小鼠模型	神经发育生物学	神经发育障碍	单细胞转录组学、免疫荧光、整合多组学分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、图像数据	MED13L基因敲除小鼠胚胎及出生后小鼠
1080	2025-08-11	A human NK cell progenitor that originates in the thymus and generates KIR+NKG2A- NK cells 2025-Aug-08, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9650 PMID:40779632	研究论文	研究揭示了胸腺中存在的thyILC1细胞是KIR+NKG2A- NK细胞的来源，这些细胞具有检测HLA-I单体型下调的独特能力	首次鉴定了胸腺中的thyILC1细胞作为KIR+NKG2A- NK细胞的祖细胞，并揭示了其胸腺依赖性发育途径	研究未详细探讨thyILC1细胞向KIR+NKG2A- NK细胞分化的具体分子机制	探索KIR+NKG2A- NK细胞的发育起源及其与胸腺的关系	胸腺中的thyILC1细胞和循环中的cILC1细胞	免疫学	病毒感染和恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括健康个体和TBX1单倍体不足患者