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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10641 | 2025-01-15 |
Characterizing tertiary lymphoid structures associated single-cell atlas in breast cancer patients
2025-Jan-13, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03635-y
PMID:39806382
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,研究了乳腺癌患者中与三级淋巴结构(TLS)相关的区域,并识别了18种细胞类型及其相互作用 | 首次在单细胞水平上详细描述了乳腺癌中TLS相关区域的细胞组成和细胞间通讯,揭示了巨噬细胞在TLS中的谱系转变和特定T细胞与B细胞的强相互作用 | 研究主要依赖于高分辨率技术,可能受限于样本量和技术的覆盖范围 | 探索乳腺癌中TLS相关区域的细胞组成和功能,以增强对免疫治疗反应的理解 | 乳腺癌患者的TLS相关区域 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间转录组学(ST) | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 四个独立的乳腺癌数据集,包括一个来自10×Xenium平台的细胞级分辨率数据集和三个来自10×Visium平台的斑点级数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 10642 | 2025-01-15 |
Rapid and quantitative functional interrogation of human enhancer variant activity in live mice
2025-Jan-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55500-7
PMID:39762235
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研究论文 | 本文介绍了一种名为dual-enSERT的Cas9双色荧光报告系统,用于快速定量比较活体小鼠中增强子等位基因的活性 | 开发了dual-enSERT系统,能够在不到两周的时间内对活体小鼠中的增强子等位基因活性进行快速定量比较,并结合单细胞转录组学分析基因表达 | NA | 研究非编码变异在先天性障碍中的功能影响 | 增强子变异 | 基因功能分析 | 先天性障碍、自闭症谱系障碍、颅面畸形 | Cas9双色荧光报告系统、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 十五种未表征的罕见和常见非编码变异 | NA | NA | NA | NA |
| 10643 | 2025-10-07 |
Identification of cancer-associated fibroblast subtypes and prognostic model development in breast cancer: role of the RUNX1/SDC1 axis in promoting invasion and metastasis
2025-01-03, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-024-09950-w
PMID:39753834
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别乳腺癌相关成纤维细胞亚型并开发预后模型,揭示RUNX1/SDC1轴促进乳腺癌侵袭转移的机制 | 首次系统鉴定CAF分子亚型并构建CAF相关预后模型,发现RUNX1转录调控SDC1促进细胞外基质重塑的新机制 | 未明确说明样本量及临床验证队列规模,机制研究缺乏体内实验验证 | 探索乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用 | 乳腺癌组织和癌症相关成纤维细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 预后预测模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10644 | 2025-10-07 |
Genetic analysis uncovers potential mechanisms linking juvenile ldiopathic arthritisto breast cancer: A Bioinformatic Pilot study
2025-Jan, Cancer genetics
IF:1.4Q4
DOI:10.1016/j.cancergen.2024.09.004
PMID:39729926
|
研究论文 | 通过生物信息学方法探索青少年特发性关节炎与乳腺癌风险的潜在关联机制 | 首次整合WGCNA、共识机器学习标记和单细胞RNA测序分析,识别出PRRG4等关键基因在JIA和乳腺癌中的共同作用 | 这是一项初步研究,样本量有限,需要进一步实验验证 | 研究青少年特发性关节炎对癌症风险的潜在影响机制 | 青少年特发性关节炎和乳腺癌相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 青少年特发性关节炎,乳腺癌 | Bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, 机器学习 | 共识机器学习 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的批量测序数据及单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 10645 | 2025-10-07 |
Immune Dysregulation and Cellular Composition in Lichen Sclerosus Revealed by Integrative Epigenetic Analysis with Cell Type Deconvolution
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S481324
PMID:39802516
|
研究论文 | 通过整合表观遗传分析和细胞类型反卷积揭示硬化性苔藓中的免疫失调和细胞组成变化 | 首次结合DNA甲基化和单细胞RNA测序分析硬化性苔藓,使用EpiSCORE反卷积方法识别细胞类型特异性变化 | 样本数量未明确说明,研究结果需要更大规模验证 | 探究硬化性苔藓的发病机制和潜在治疗靶点 | 硬化性苔藓患者与正常皮肤组织的比较 | 表观遗传学 | 皮肤炎症性疾病 | DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | EpiSCORE反卷积模型 | 表观遗传数据, 单细胞转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, DNA甲基化测序 | NA | NA |
| 10646 | 2025-01-14 |
Major cell types in the coronary thrombosis of acute myocardial infarction patients revealed by scRNA-seq
2025-Jan, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70181
PMID:39804415
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10647 | 2025-10-07 |
The role of histone lactylation genes in hepatocellular carcinoma prognostic models and their immune cell infiltration features: a comprehensive analysis of single-cell, spatial transcriptome, Mendelian randomization and experiment
2025-Jan-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01775-1
PMID:39789404
|
研究论文 | 本研究通过综合分析构建了组蛋白乳酸化基因相关的肝细胞癌预后模型,并探讨其与免疫细胞浸润特征的关系 | 首次整合单细胞分析、空间转录组、孟德尔随机化和实验验证,系统研究组蛋白乳酸化基因在肝细胞癌中的作用 | 研究样本量有限,需要更大规模的数据验证模型的普适性 | 开发肝细胞癌的新型诊断生物标志物和识别模型 | 肝细胞癌患者和细胞系(Huh7, LO2) | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组, 孟德尔随机化, qRT-PCR | 多种机器学习方法, Cox回归, 决策曲线 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 多个数据库整合数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
| 10648 | 2025-10-07 |
An antagonistic role of clock genes and lima1 in kidney regeneration
2025-Jan-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07455-8
PMID:39789202
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了时钟基因与lima1在斑马鱼肾脏再生中的拮抗作用机制 | 首次发现时钟基因通过抑制lima1a表达促进肾脏祖细胞形成和肾单位再生的新机制 | 研究仅限于斑马鱼模型,尚未在哺乳动物中验证 | 探究时钟基因在肾脏再生过程中的作用机制 | 斑马鱼急性肾损伤模型中的近端小管上皮细胞 | 单细胞生物学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除斑马鱼模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10649 | 2025-10-07 |
Rapamycin improves satellite cells' autophagy and muscle regeneration during hypercapnia
2025-Jan-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.182842
PMID:39589836
|
研究论文 | 本研究探讨高碳酸血症如何损害卫星细胞自噬和肌肉再生,并验证雷帕霉素的治疗效果 | 首次在体内证实高碳酸血症导致卫星细胞自噬功能障碍和肌生成受损,并发现雷帕霉素可通过AMPK/mTOR通路改善这些缺陷 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床环境中验证 | 研究高碳酸血症对骨骼肌卫星细胞功能和肌肉再生的影响及治疗策略 | 骨骼肌卫星细胞、小鼠模型、培养的成肌细胞 | 细胞生物学 | 危重症肌病 | 单细胞测序、批量测序、卫星细胞移植、谱系追踪 | NA | 基因表达数据、细胞功能数据 | 小鼠模型和细胞培养样本 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 10650 | 2025-10-07 |
Idebenone Protects Photoreceptors Impaired by Oxidative Phosphorylation Disorder in Retinal Detachment
2025-Jan-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.1.17
PMID:39774627
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和动物实验探讨了视网膜脱离后氧化磷酸化功能障碍对视网膜细胞的损伤机制,并验证了艾地苯醌的治疗效果 | 首次在视网膜脱离研究中系统分析氧化磷酸化通路异常,并发现艾地苯醌可通过改善氧化磷酸化功能保护光感受器 | 研究主要基于动物模型,缺乏人类临床试验验证 | 探究视网膜脱离后氧化磷酸化功能障碍机制及艾地苯醌的治疗潜力 | 人类视网膜样本和小鼠视网膜脱离模型 | 单细胞基因组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10651 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics of pediatric Burkitt lymphoma reveals intra-tumor heterogeneity and markers of therapy resistance
2025-Jan, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-024-02431-3
PMID:39424708
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析儿童伯基特淋巴瘤,揭示肿瘤异质性和治疗耐药性标志物 | 首次在儿童伯基特淋巴瘤中应用单细胞转录组学技术,发现TPM2作为独立于TP53突变的治疗耐药性生物标志物 | 研究样本仅限EBV阴性伯基特淋巴瘤患者,样本量相对有限 | 探究伯基特淋巴瘤的肿瘤异质性特征及治疗耐药机制 | 儿童伯基特淋巴瘤患者的诊断标本(EBV阴性) | 单细胞组学 | 伯基特淋巴瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 儿童伯基特淋巴瘤患者诊断标本(未明确具体数量) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10652 | 2025-10-07 |
Autophagy Associated Genes (ARGs) -Based Predictive Model AIDPS for Prostate Cancer
2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70213
PMID:39789383
|
研究论文 | 本研究基于自噬相关基因构建了前列腺癌预后预测模型AIDPS | 首次结合自噬相关基因和人工智能算法构建前列腺癌预后模型,并在多个数据集中验证其优于现有模型 | 使用公开数据库数据,缺乏外部验证队列 | 识别和评估自噬相关特征以预测前列腺癌患者的临床结局 | 前列腺癌患者 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞测序, RNA测序 | Ridge, 101种机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 10653 | 2025-10-07 |
Identification of cancer cell-intrinsic biomarkers associated with tumor progression and characterization of SFTA3 as a tumor suppressor in lung adenocarcinomas
2025-Jan-08, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-13395-z
PMID:39780110
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别肺腺癌进展相关基因特征,发现SFTA3作为新型肿瘤抑制因子 | 构建了包含8个基因的预后模型,首次系统阐明SFTA3在肺腺癌中的肿瘤抑制功能及其在液体活检中的潜在价值 | SFTA3在肺腺癌中的具体分子机制仍需进一步验证,临床样本量有限 | 识别肺腺癌进展相关的癌症细胞内在生物标志物并研究其功能 | 肺腺癌患者血清样本和肺癌细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 细胞活力检测, 划痕愈合实验, 集落形成实验 | 预后模型 | 基因表达数据, 血清样本数据 | 肺腺癌患者血清样本 | NA | 单细胞RNA测序, 液体活检 | NA | NA |
| 10654 | 2025-10-07 |
Tokay gecko tail regeneration involves temporally collinear expression of HOXC genes and early expression of satellite cell markers
2025-Jan-08, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-02111-9
PMID:39780185
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研究论文 | 本研究通过比较壁虎尾部再生与胚胎尾部发育的分子机制,揭示了壁虎尾部再生的独特特征 | 发现壁虎尾部再生缺乏顶端生长区,HOXC基因呈现时间共线性表达,且卫星细胞标记物早期激活 | 研究仅针对壁虎模型,结论是否适用于其他蜥蜴物种尚需验证 | 探究壁虎尾部再生的分子机制及其与胚胎发育的差异 | 壁虎尾部再生组织和胚胎尾部组织 | 发育生物学 | 组织再生 | 转录组学,单细胞测序,原位杂交 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 7个尾部再生阶段和3个胚胎尾部发育阶段 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10655 | 2025-10-07 |
Role and mechanism of LINC02390 and its potential target genes, CLECL1 and CD69, in immune microenvironment of lung adenocarcinoma
2025, Technology and health care : official journal of the European Society for Engineering and Medicine
IF:1.4Q3
DOI:10.3233/THC-241452
PMID:39269874
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研究论文 | 探讨LINC02390及其潜在靶基因CLECL1和CD69在肺腺癌免疫微环境中的作用机制 | 首次发现LINC02390通过调控CLECL1和CD69影响免疫细胞浸润,可能成为肺腺癌免疫治疗新靶点 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 寻找能预测肺腺癌预后的生物标志物并探索其在免疫微环境中的作用 | 肺腺癌患者和相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 生存分析、GO/KEGG富集分析、基因突变分析、免疫组化染色、单细胞测序 | NA | 基因表达数据、临床组织样本、单细胞测序数据 | 使用GSE111894单细胞测序数据集和临床组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10656 | 2025-10-07 |
Tertiary Lymphoid Structure in Dental Pulp: The Role in Combating Bacterial Infections
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202406684
PMID:39465672
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示牙髓中三级淋巴结构在细菌感染免疫应答中的形成机制 | 首次在牙髓组织中鉴定出三级淋巴结构,发现CCL3可能是驱动其形成的关键因子 | 牙髓特殊组织结构可能限制研究结果的普适性 | 探究三级淋巴结构在牙髓细菌感染免疫应答中的作用和形成机制 | 健康与发炎的人类牙髓组织及小鼠牙髓炎模型 | 单细胞生物学 | 牙髓炎 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 人类健康与发炎牙髓组织,小鼠牙髓炎模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10657 | 2025-10-07 |
Targeting SLITRK4 Restrains Proliferation and Liver Metastasis in Colorectal Cancer via Regulating PI3K/AKT/NFκB Pathway and Tumor-Associated Macrophage
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202400367
PMID:39499724
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研究论文 | 本研究揭示SLITRK4通过调控PI3K/AKT/NFκB通路和肿瘤相关巨噬细胞促进结直肠癌肝转移的机制 | 首次发现SLITRK4在结直肠癌肝转移中显著上调并通过PI3K/AKT/NFκB通路调控肿瘤微环境 | 未明确说明样本量大小及具体实验模型数量 | 探索结直肠癌肝转移的新驱动因子及治疗靶点 | 结直肠癌患者组织样本及多种体外体内模型 | 癌症研究 | 结直肠癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,siRNA递送 | 体外细胞模型,体内动物模型,共培养模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10658 | 2025-10-07 |
Identifying Multiomic Signatures of X-Linked Retinoschisis-Derived Retinal Organoids and Mice Harboring Patient-Specific Mutation Using Spatiotemporal Single-Cell Transcriptomics
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405818
PMID:39503290
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研究论文 | 本研究通过多组学方法识别X连锁视网膜劈裂症的多组学特征,并验证慢性内质网应激/eIF2α通路作为潜在治疗靶点 | 首次结合单细胞RNA测序和时空转录组学分析XLRS疾病模型,发现两种模型间保守的慢性内质网应激通路激活 | 研究仅针对特定p.R209C突变,可能不适用于所有XLRS病例 | 解析X连锁视网膜劈裂症的分子病理机制并寻找治疗靶点 | 基因工程Rs1小鼠和患者来源视网膜类器官 | 空间转录组学 | X连锁视网膜劈裂症 | 单细胞RNA测序, 时空转录组学, Western blot, 蛋白质组学分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据 | 两种XLRS样模型(Rs1小鼠和患者来源视网膜类器官) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10659 | 2025-10-07 |
Advances on the Role of Lung Macrophages in the Pathogenesis of Chronic Obstructive Pulmonary Disease in the Era of Single-Cell Genomics
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.100160
PMID:39781522
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综述 | 本文综述了单细胞基因组学时代肺巨噬细胞在慢性阻塞性肺疾病发病机制中的作用研究进展 | 整合单细胞RNA测序技术揭示COPD中巨噬细胞分子异质性的新认识 | NA | 探讨肺巨噬细胞在COPD发病机制中的复杂作用 | 肺巨噬细胞及其亚群 | 单细胞基因组学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10660 | 2025-10-07 |
Construction and validation of prognosis and treatment outcome models based on plasma membrane tension characteristics in bladder cancer
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.18816
PMID:39790460
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研究论文 | 基于膀胱癌中质膜张力特征构建并验证预后和治疗结局模型 | 首次系统研究质膜张力相关基因在膀胱癌中的预后价值,并鉴定出DCBLD2作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证机制 | 探索质膜张力相关基因在膀胱癌预后和治疗反应中的作用 | 膀胱癌患者和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 转录组测序, scRNA-seq, qRT-PCR, 伤口愈合实验, Transwell实验 | LASSO回归, Cox回归分析 | 转录组数据, 临床数据, 突变数据 | TCGA和GEO数据库中的膀胱癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |