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当前共找到 10799 篇文献,本页显示第 1041 - 1060 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1041 2025-12-31
FastCCC: A permutation-free framework for scalable, robust, and reference-based cell-cell communication analysis in single cell transcriptomics studies
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为FastCCC的无置换框架,用于单细胞转录组学研究中的细胞间通讯分析,该框架具有可扩展性、鲁棒性,并支持基于参考的分析 提出了首个无置换的CCC分析框架,利用快速傅里叶变换卷积解析计算p值;引入了模块化代数运算框架以捕获广泛的CCC模式;构建了首个涵盖19种组织类型、450多种细胞类型、约1600万细胞的人类CCC参考面板 未明确提及具体限制,但暗示现有CCC方法在分析复杂数据集时存在能力不足 开发一种可扩展、鲁棒且支持参考的单细胞转录组学细胞间通讯分析方法 单细胞转录组数据中的细胞间通讯 单细胞转录组学 COVID-19 单细胞RNA-seq 基于快速傅里叶变换的卷积模型 单细胞转录组数据 约1600万细胞(参考面板) NA 单细胞RNA-seq NA NA
1042 2025-12-30
Xiangpi Shengji Ointment Accelerates Anal Fistula Healing by Regulating Macrophage-Fibroblast Crosstalk Through the Nuclear Factor Kappa B/Hypoxia-Inducible Factor Alpha/Vascular Endothelial Growth Factor Signaling Axis
2025-Dec-29, Molecular and cellular biology IF:3.2Q3
研究论文 本研究揭示了象皮生肌膏通过调控NF-κB/HIF-α/VEGF信号轴促进巨噬细胞-成纤维细胞交互作用,从而加速肛瘘愈合的分子机制 首次结合网络药理学、转录组学及单细胞RNA测序技术,系统阐明了象皮生肌膏通过NF-κB/HIF-α/VEGF轴调控巨噬细胞M1极化和成纤维细胞功能的分子机制 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化效果需进一步验证;NF-κB抑制剂的反转实验仅部分验证通路参与 探究象皮生肌膏促进肛瘘伤口愈合的分子作用机制 肛瘘伤口愈合过程、巨噬细胞与成纤维细胞的交互作用 生物信息学与分子生物学 肛瘘 网络药理学、转录组分析、单细胞RNA测序、CCK-8、ELISA、WB、RT-qPCR NA 基因表达数据、测序数据、体外实验数据、体内实验数据 转录组数据集(GSE28914, GSE203244)、小鼠肛瘘模型 NA 单细胞RNA测序, 转录组分析 NA NA
1043 2025-12-30
Targeting SPP1-CD44-Hedgehog Axis Elicits Therapeutic Effects in Hepatocellular Carcinoma by Suppressing Intratumoral Fibrosis
2025-Dec-28, Cancer science IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过转录组学、免疫组化和单细胞RNA测序分析,揭示了SPP1通过SPP1-CD44-GLI1轴促进肝细胞癌(HCC)内肿瘤纤维化和进展的机制,并评估了靶向该轴的潜在治疗价值 首次将SPP1与HCC内肿瘤纤维化直接关联,并阐明其通过SPP1-CD44信号激活Hedgehog通路和GLI1来驱动肝星状细胞活化的新机制 研究主要基于体外和动物模型,缺乏直接的人类临床试验验证;样本量相对有限,且未涵盖所有HCC亚型 探索HCC中内肿瘤纤维化的关键介导因子及其治疗靶点 肝细胞癌(HCC)组织、肝星状细胞(HSCs)和xenograft模型 癌症生物学 肝细胞癌 转录组学分析、免疫组化、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞共培养、基因集富集分析、差异基因表达分析、细胞间相互作用预测 xenograft模型 RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据、组织图像数据 372个HCC样本(公开数据集)、103个HCC组织样本、228,564个活细胞(单细胞分析) NA 单细胞RNA-seq NA NA
1044 2025-12-30
Multi-modal molecular and spatial profiling reveals NNT as a prognostic biomarker in obesity-associated colorectal cancer
2025-Dec-28, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1
研究论文 本研究通过多模态分子和空间分析,识别出NNT作为肥胖相关结直肠癌的潜在预后生物标志物 结合转录组数据、临床验证和空间转录组分析,首次在肥胖相关结直肠癌中揭示NNT的预后价值及其在肿瘤微环境中的作用 研究依赖于公共数据集和独立队列的验证,可能受样本异质性限制,且空间分析仅针对候选基因 识别反映肥胖相关肿瘤特征的分子生物标志物并分层患者预后 结直肠癌患者,包括正常、健康体重和肥胖样本 数字病理学 结直肠癌 转录组分析、免疫组织化学、空间转录组分析 NA 转录组数据、蛋白质表达数据、空间转录组数据 基于TCGA-COADREAD数据集和独立验证队列,具体样本数未明确 NA 空间转录组学 GeoMx DSP NA
1045 2025-12-30
Identification of novel fibroblast subsets in diffuse cutaneous systemic sclerosis
2025-Dec-27, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序识别了弥漫性皮肤系统性硬化症中新的成纤维细胞亚群,并探讨了CD9和FHL1的功能作用 首次在系统性硬化症中识别出以CD9和FHL1上调为特征的新型成纤维细胞亚群,并揭示了FHL1在细胞外基质产生调控中的功能角色及其与VGLL3的机制联系 研究基于培养的皮肤成纤维细胞,可能无法完全反映体内微环境;样本量未明确说明,可能限制统计效力 识别系统性硬化症中的新型成纤维细胞亚群并确定其功能作用 来自健康供体和弥漫性皮肤系统性硬化症患者的皮肤成纤维细胞 单细胞组学 系统性硬化症 单细胞RNA测序,siRNA敲低实验,蛋白水平验证 NA RNA测序数据,蛋白表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1046 2025-12-30
Single-cell and spatial transcriptomics reveal the interaction between PRRX2-driven epithelial cells and SPP1+ macrophages in mediating gemcitabine resistance in pancreatic ductal adenocarcinoma
2025-Dec-26, Chinese medical journal IF:7.5Q1
研究论文 本研究通过整合分析单细胞RNA测序和空间转录组学数据,揭示了PRRX2+上皮细胞与SPP1+巨噬细胞之间的相互作用在介导胰腺导管腺癌吉西他滨耐药中的关键机制 首次通过整合单细胞和空间转录组学技术,系统揭示了PRRX2驱动的上皮细胞与SPP1+巨噬细胞通过TGFB1/TGFBR2轴相互作用,促进EMT和ECM重塑,从而介导吉西他滨耐药的新机制 研究结论主要基于细胞系和临床样本的体外验证,缺乏体内动物模型的进一步验证,且临床队列样本量可能有限 阐明胰腺导管腺癌对吉西他滨产生耐药的分子和细胞机制,以优化治疗策略并改善患者预后 胰腺导管腺癌患者样本、PDAC细胞系 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序,空间转录组学,RNA-seq,免疫荧光染色 NA 基因表达数据,空间转录组数据,图像数据 临床队列样本及PDAC细胞系 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq NA NA
1047 2025-12-30
Integrating single-cell and bulk RNA-Seq to unravel the molecular mechanisms of airway stenosis
2025-Dec-23, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA-Seq数据,揭示了气道狭窄的分子机制,并识别出四个关键基因及其调控通路 首次整合单细胞和bulk转录组数据系统研究气道狭窄的分子机制,识别出FAM118A、RCN3、PCSK7和REEP3四个关键促狭窄基因,并阐明了其通过KRAS→PI3K-AKT通路激活成纤维细胞的机制 NA 阐明气道狭窄的潜在分子机制 气道狭窄组织 数字病理学 气道狭窄 单细胞RNA测序, bulk RNA-Seq, 分子生物学实验 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
1048 2025-12-30
Activation of the Cerebrospinal Fluid-Contacting Nucleus Mitigates Systemic Inflammation Induced by Sepsis
2025-Dec-23, Shock (Augusta, Ga.)
研究论文 本研究揭示了脑脊液接触核在脓毒症中通过调节免疫反应发挥保护作用 首次证明脑脊液接触核在脓毒症中具有保护作用,并通过单细胞RNA测序技术识别了其调控全身炎症的关键组分 研究机制尚未完全阐明,且主要基于小鼠模型,人类中的适用性需进一步验证 探究中枢神经系统如何调节免疫功能,特别是在脓毒症中的神经-免疫相互作用 脓毒症小鼠模型中的脑脊液接触核 神经免疫学 脓毒症 免疫荧光检测、化学遗传学激活、单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、细胞成像数据 脓毒症小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1049 2025-12-30
HEIST: A Graph Foundation Model for Spatial Transcriptomics and Proteomics Data
2025-Dec-11, ArXiv
PMID:41040798
研究论文 本文介绍了一种名为HEIST的分层图变换器基础模型,用于处理空间转录组学和蛋白质组学数据 HEIST通过将组织建模为分层图,结合空间细胞图和基因共表达网络图,并利用基因共表达网络和细胞上下文计算基因嵌入,而非固定基因词汇表,从而能够泛化到包括空间蛋白质组学在内的新型数据类型,无需重新训练 NA 开发一个基础模型以整合空间信息和细胞内的复杂遗传及蛋白质组学程序,从而推断细胞内部调控如何适应微环境信号 空间转录组学和蛋白质组学数据,涉及22.3M个细胞、124个组织和15个器官 机器学习 NA 空间转录组学,空间蛋白质组学 分层图变换器 空间坐标和细胞内转录或蛋白质计数数据 22.3M个细胞,来自124个组织和15个器官 NA 空间转录组学,空间蛋白质组学 NA NA
1050 2025-12-30
Spatiotemporal landscape of intrahepatic cholangiocarcinoma liver metastasis at the single-cell level
2025-Dec-10, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究通过整合单细胞和空间转录组学等技术,揭示了肝内胆管癌肝转移过程中肿瘤微环境的关键变化和生物学机制 首次在单细胞水平上描绘了肝内胆管癌肝转移的时空景观,并发现了COL3A1+上皮细胞通过诱导内皮细胞间质转化和形成中性粒细胞胞外陷阱促进肿瘤侵袭和定植的新机制 样本量相对较小(16名患者),且主要关注肝内转移,可能未涵盖所有转移模式 探究肝内胆管癌肝转移过程中肿瘤微环境的特异性变化及其生物学机制 肝内胆管癌患者(包括有和无肝内转移者)的肿瘤组织样本 数字病理学 肝内胆管癌 单细胞转录组学, 空间转录组学, 批量RNA测序, 全外显子组测序, 体内外功能实验 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据, 全外显子组测序数据 16名患者的28份标本 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq, 全外显子组测序 NA NA
1051 2025-12-30
A single-cell transcriptomic dataset of enterocyte-specific HHEX knockdown in the Drosophila larval midgut
2025-Dec-09, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序生成了果蝇幼虫中肠的细胞图谱,并分析了HHEX蛋白在肠上皮分化中的调控作用 首次在果蝇中构建了肠细胞特异性HHEX敲除株,并利用单细胞转录组学精确解析了HHEX对中肠上皮成熟的调控 研究局限于果蝇模型,未直接验证在哺乳动物系统中的保守性 探究HHEX蛋白在肠道上皮细胞分化中的功能 果蝇三龄幼虫中肠细胞 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 果蝇幼虫中肠细胞样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1052 2025-12-30
Protocol to investigate fibroblastic reticular cell-immune cell interaction in human lung cancer
2025-Dec-08, STAR protocols IF:1.3Q4
研究论文 本文提出了一种用于研究人肺癌中成纤维网状细胞与免疫细胞相互作用的详细实验与计算协议 开发了从肿瘤组织中富集稀有成纤维网状细胞进行单细胞RNA测序的步骤,并结合优化的免疫组化与高分辨率显微镜验证其与T细胞的物理相互作用 协议主要针对人肺癌,可能不直接适用于其他癌症类型,且依赖于特定技术平台 旨在建立一套标准化流程,以深入探究成纤维网状细胞在肺癌免疫微环境中的作用机制 人肺癌组织中的成纤维网状细胞及免疫细胞(如T细胞) 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序,免疫组化,高分辨率显微镜 NA 单细胞转录组数据,图像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1053 2025-12-30
GatorSC: Multi-Scale Cell and Gene Graphs with Mixture-of-Experts Fusion for Single-Cell Transcriptomics
2025-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一个名为GatorSC的统一表示学习框架,通过构建多尺度细胞与基因图,并利用专家混合架构进行融合,以学习单细胞转录组数据的鲁棒低维表示 首次提出结合全局细胞-细胞图、全局基因-基因图以及基于邻域特定子图的局部基因-基因图的多尺度图建模方法,并采用专家混合架构进行自适应融合,同时将图重建与图对比学习结合在一个统一的自监督目标中 未明确说明模型在极高稀疏度或极端技术噪声下的性能极限,也未涉及计算效率与大规模数据扩展性的详细分析 开发一个能够有效利用单细胞RNA测序数据中多尺度互补结构、对噪声鲁棒且能保留数据结构的表示学习框架 单细胞RNA测序数据 机器学习 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序 图神经网络, 专家混合模型 基因表达矩阵 19个公开可用的scRNA-seq数据集,涵盖多种组织、物种和测序平台 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1054 2025-12-30
Immune System Alterations in Depression across Baseline and Flu Vaccine Challenge
2025-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析抑郁症患者与健康对照者在流感疫苗接种前后的外周血单个核细胞,揭示了抑郁症患者先天性和适应性免疫反应在转录组和细胞群体水平上的功能受损 首次在单细胞分辨率下结合基线状态和流感疫苗挑战,系统描绘了抑郁症患者外周免疫系统的转录组和细胞群体改变,并发现了与抑郁评分相关的特定免疫细胞基因表达谱变化 样本量较小(9名患者和5名对照),且未在疫苗接种后观察到细胞因子水平的显著差异,可能限制了统计功效和结论的普适性 探究抑郁症患者外周免疫系统的功能完整性,特别是在先天性和适应性免疫反应方面的潜在损伤 抑郁症患者和健康对照者的外周血单个核细胞 单细胞组学 抑郁症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 9名抑郁症患者(6名女性)和5名健康对照(5名女性) NA 单细胞RNA-seq NA NA
1055 2025-12-30
Basic Science and Pathogenesis
2025-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
研究论文 本研究利用来自不同祖先背景个体的iPSC衍生神经球,探究了阿尔茨海默病GWAS基因的祖先和细胞类型特异性调控景观 首次在iPSC衍生的三维神经球模型中,整合单细胞多组学数据,系统比较了非洲、美洲原住民和欧洲祖先背景对AD相关基因调控架构的影响 样本量较小(每个祖先背景仅6个iPSC系),且仅使用了外周血单核细胞来源的iPSC,可能无法完全代表其他细胞类型或组织中的调控差异 探究祖先依赖性的基因组调控架构差异如何影响阿尔茨海默病的遗传风险,特别是在不同脑细胞类型中的特异性 来自阿尔茨海默病患者和认知健康对照的外周血单核细胞(PBMCs)及其衍生的iPSC神经球 基因组学与神经科学 阿尔茨海默病 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 批量Hi-C, iPSC重编程, 神经球分化 iPSC衍生三维神经球模型 单细胞多组学数据(表观基因组与转录组) 18个iPSC细胞系(非洲、美洲原住民、欧洲祖先各6个),分化为包含星形胶质细胞、神经元、少突胶质前体细胞和少突胶质细胞的神经球 NA 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 批量Hi-C NA NA
1056 2025-12-30
LARIS enables accurate and efficient ligand and receptor interaction analysis in spatial transcriptomics
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为LARIS的方法,用于在空间转录组学中准确高效地分析配体与受体相互作用 LARIS是首个能够兼容所有空间转录组技术、在单细胞或珠粒分辨率下识别细胞类型特异性和空间受限的配体-受体相互作用的方法,并引入了模拟框架进行性能验证 NA 开发一种能够整合空间信息进行细胞间通信推断的稳健且计算高效的方法 人类扁桃体和小鼠发育皮层空间转录组数据集 空间转录组学 NA 空间转录组学 NA 空间转录组数据 数十万细胞 NA 空间转录组学 NA NA
1057 2025-12-30
TissueNarrator: Generative Modeling of Spatial Transcriptomics with Large Language Models
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为TissueNarrator的生成式建模框架,利用大型语言模型分析空间转录组数据,以模拟细胞行为、预测细胞间相互作用并进行扰动分析 首次将空间组学分析重新定义为语言建模问题,通过将组织切片表示为空间句子,并利用预训练的大型语言模型学习空间条件化的基因表达模式,实现了对组织系统的生成式建模与推理 未明确说明模型在处理超大规模数据集时的计算效率,以及在不同组织类型或疾病状态下的泛化能力 开发一个能够生成真实细胞图谱、预测细胞间相互作用并进行自然语言查询的生成式空间转录组分析框架 空间转录组数据 自然语言处理 NA 空间转录组学 大型语言模型 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 MERFISH, Perturb-FISH, CosMx SMI NA
1058 2025-12-30
Spatiotemporal dynamics of RERE in schizophrenia pathogenesis: insights from multi-omics and single-cell sequencing
2025-Nov-26, Schizophrenia (Heidelberg, Germany)
研究论文 本研究通过整合多组学和单细胞测序数据,揭示了精神分裂症风险基因RERE的时空动态调控机制及其在疾病发病中的作用 首次系统整合GWAS数据、多组学分析和单细胞测序,识别出RERE作为核心风险基因,并揭示其通过表观遗传-神经发育轴影响精神分裂症风险的机制 需要未来使用类器官模型进行验证,并探索临床转化应用 解析精神分裂症的遗传结构和神经发育机制,识别细胞类型特异性和时间动态调控特征 精神分裂症风险基因,特别是RERE,以及其在遗传变异和转录调控层面的作用 数字病理学 精神分裂症 GWAS, 多组学分析, 单细胞测序, CUT&Tag NA 基因组关联数据, 单细胞测序数据, 表观遗传数据 欧洲人群130,644例,东亚人群30,761例 NA 单细胞RNA-seq, 表观遗传分析 NA NA
1059 2025-12-30
Periostin promotes sarcoma growth by promoting tumor-associated macrophage migration and differentiation
2025-Nov-20, Cancer research communications IF:2.0Q3
研究论文 本文探讨了细胞外基质蛋白Periostin在软组织肉瘤生长中的作用,特别是通过促进肿瘤相关巨噬细胞的迁移和分化来调节肿瘤免疫微环境 首次在软组织肉瘤中识别Periostin作为肿瘤进展和免疫微环境的关键调节因子,揭示了其通过非细胞自主机制影响肿瘤生长 POSTN治疗性中和作为单一疗法不足以减少肿瘤负担,表明可能需要联合治疗策略 研究特定细胞外基质成分在软组织肉瘤进展和肿瘤免疫微环境中的功能贡献 人类软组织肉瘤数据集、小鼠肉瘤遗传模型、肿瘤相关巨噬细胞 肿瘤免疫学 软组织肉瘤 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1060 2025-12-30
Enrichment of a CD4-CD8- NK-like cytotoxic Vδ1/3 T cell subset in tuberculosis disease
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了结核病(TB)患者与健康个体中CD4-CD8- γδ T细胞的高分辨率特征,揭示了TB疾病中NK样细胞毒性Vδ1/3 T细胞亚群的富集及其持久性变化 首次通过单细胞RNA测序在TB疾病中识别并富集了NK样细胞毒性Vδ1和Vδ3 T细胞亚群,特别是强调了先前未被充分重视的Vδ3细胞在TB免疫反应中的潜在重要性 研究主要基于外周血样本,可能未全面反映肺部或其他组织中的γδ T细胞动态;样本队列规模未明确说明,可能限制统计效力;长期变化仅追踪至诊断后一年,更长期影响未知 探究结核病(TB)中γδ T细胞的定量和定性差异,以阐明其在TB免疫反应中的作用 健康未致敏个体、健康致敏个体以及TB疾病治疗前/后的外周血CD4-CD8- γδ T细胞 单细胞组学 结核病 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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