单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2025-03-30	High resolution tissue and cell type identification via single cell transcriptomic profiling 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0318151 PMID:40138334	研究论文	本研究开发了一种高灵敏度的单细胞注释流程scTissueID，用于基于单细胞RNA测序数据准确鉴定细胞和组织类型	引入了独特的参考细胞质量区分阶段，仅针对高置信度细胞作为参考，显著提高了细胞和组织类型鉴定的准确性和一致性	未明确说明方法在低质量样本或极端条件下的表现	开发高精度的单细胞水平组织鉴定方法	法医相关样本和人类细胞图谱(HCA)数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	机器学习算法(6种)	单细胞转录组数据	大规模比较研究(涉及8种先进单细胞注释流程和6种机器学习算法)
1042	2025-03-30	Pig jejunal single-cell RNA landscapes revealing breed-specific immunology differentiation at various domestication stages 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530214 PMID:40151618	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了野猪、金华猪和杜洛克猪空肠组织的免疫细胞差异，揭示了不同驯化阶段猪品种间免疫功能的特异性分化	首次在单细胞分辨率下构建了猪空肠组织的单细胞图谱，揭示了免疫细胞在驯化过程中的保守性和异质性，并发现了金华猪群体中具有独特抗体生产的浆细胞群体	研究仅聚焦于空肠组织，未涵盖整个肠道或其他器官的免疫细胞变化	探究猪在不同驯化阶段空肠免疫功能的演化及其分子机制	野猪、金华猪（中国地方品种）和杜洛克猪（集约化品种）的空肠组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、标记基因分析、免疫评分、基因鉴定和细胞通讯分析	NA	单细胞RNA测序数据	26,246个细胞，来自野猪、金华猪和杜洛克猪的空肠组织
1043	2025-03-30	Unraveling the PANoptosis Landscape in Osteosarcoma: A Single-Cell Sequencing and Machine Learning Approach to Prognostic Modeling and Tumor Microenvironment Analysis 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6915258 PMID:40151638	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探索了骨肉瘤中的PANoptosis（包括细胞焦亡、凋亡和坏死性凋亡）景观，并开发了一个稳健的预后模型	首次在骨肉瘤中整合单细胞测序和101种机器学习算法构建预后模型，揭示了PANoptosis在肿瘤微环境中的关键作用	需要进一步临床验证模型在指导个性化治疗中的实用性	探索骨肉瘤中PANoptosis的分子特征并开发预后预测模型	骨肉瘤患者样本	数字病理	骨肉瘤	scRNA-seq, 机器学习	CoxBoost等101种算法	基因表达数据	来自GEO数据库(GSE162454)的单细胞数据及TARGET和GEO数据库的批量转录组数据
1044	2025-03-29	Single-cell RNA-seq reveals that granulosa cells are a target of phthalate toxicity in the ovary 2025-Apr-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfaf001 PMID:39752319	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了邻苯二甲酸盐在卵巢中对颗粒细胞的毒性作用	首次在单细胞水平上揭示了邻苯二甲酸盐对卵巢颗粒细胞的特异性毒性作用及其分子机制	研究仅使用小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探究邻苯二甲酸盐对卵巢细胞的毒性作用机制	小鼠卵巢颗粒细胞	生殖毒理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	小鼠卵泡培养物(处理组和对照组)
1045	2025-03-29	Endothelial PPARδ Ablation Exacerbates Vascular Hyperpermeability via STAT1/CXCL10 Signaling in Acute Lung Injury 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325855 PMID:39996324	研究论文	本研究探讨了PPARδ在维持血管内皮屏障完整性中的作用及其在急性肺损伤中的机制	揭示了PPARδ通过抑制STAT1/CXCL10信号通路减轻血管高通透性的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	阐明PPARδ在急性肺损伤中维持血管内皮屏障功能的分子机制	内皮细胞特异性PPARδ敲除小鼠和同窝对照小鼠	分子病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用内皮细胞特异性PPARδ敲除小鼠和对照小鼠
1046	2025-03-29	Dynamic cellular composition and immune landscape revealed by single-cell transcriptome profiling in a brain arteriovenous malformation 2025-Mar-27, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01590-5 PMID:40146346	研究论文	通过单细胞转录组测序分析揭示脑动静脉畸形中的动态细胞组成和免疫景观	首次在脑动静脉畸形（bAVM）中应用单细胞RNA测序技术，揭示了细胞组成和基因表达景观的变化，特别是单核细胞与内皮细胞相互作用的抑制和NK细胞相互作用的促进	研究仅基于一个bAVM样本和三个健康对照样本，样本量较小	探索脑动静脉畸形的免疫机制和细胞功能变化	脑动静脉畸形（bAVM）和健康对照（HC）样本	单细胞转录组学	脑血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1个bAVM样本和3个健康对照样本
1047	2025-03-29	New insights into tumor microenvironment and HPV integrations in cervical cancer pathogenesis revealed by single-cell transcriptome data 2025-Mar-27, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf027 PMID:40151001	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究宫颈癌发病机制中肿瘤微环境与人乳头瘤病毒（HPV）整合的关系	开发了一种从单细胞RNA测序数据中识别HPV整合事件的方法，并发现了新的HPV反复整合基因	未提及样本量是否足够大以覆盖所有可能的HPV整合模式	探索宫颈癌发病机制中细胞异质性与HPV整合的关联	正常患者及三个疾病阶段（HSIL、MIC、CSCC）的宫颈组织	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量，包括正常患者及三个疾病阶段的组织样本
1048	2025-03-29	scMUSCL: Multi-Source Transfer Learning for Clustering scRNA-seq Data 2025-Mar-27, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf137 PMID:40152244	research paper	提出了一种名为scMUSCL的新型迁移学习方法，用于利用多个注释参考数据集对单细胞RNA测序数据进行聚类	scMUSCL通过深度神经网络提取域和批次不变的细胞表示，无需目标数据集的聚类数量先验知识，也无需源和目标数据集之间的批次校正	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类性能，识别具有生物学意义的细胞簇	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	deep neural network	RNA sequencing data	20个真实数据集
1049	2025-03-29	Identification and characterization of human retinal stem cells capable of retinal regeneration 2025-Mar-26, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adp6864 PMID:40138453	研究论文	本文通过单细胞多组学和空间转录组学技术，鉴定并表征了人类视网膜中的一种新型干细胞亚群——人类神经视网膜干细胞样细胞(hNRSCs)，并探讨其在视网膜再生和移植治疗中的潜力	首次在人类胎儿视网膜中鉴定出hNRSCs这一新型干细胞亚群，并证明其具有自我更新、多向分化和视网膜再生能力	研究主要基于胎儿视网膜样本，在成人视网膜中的存在和功能需要进一步验证	探索人类视网膜干细胞的鉴定、表征及其在视网膜再生医学中的应用	人类胎儿视网膜和视网膜类器官(hROs)	再生医学	视网膜色素变性	单细胞多组学、空间转录组学	rd10小鼠模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据	人类胎儿视网膜样本和视网膜类器官
1050	2025-03-29	Benchmarking algorithms for spatially variable gene identification in spatial transcriptomics 2025-Mar-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf131 PMID:40139667	研究论文	本文提出了一个基准框架，用于评估空间转录组学中识别空间可变基因的算法	通过分析30个合成和74个真实世界数据集，提出了一个全面的基准框架，以验证不同算法的有效性	未提及具体算法的局限性，仅提到缺乏全面的基准测试	评估和比较空间转录组学中识别空间可变基因的算法	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	30个合成数据集和74个真实世界数据集
1051	2025-03-29	Stressed hepatocyte sustains alcohol-associated hepatitis progression by producing leukocyte cell-derived chemotaxin 2 2025-Mar-26, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334318 PMID:40139745	研究论文	本研究探讨了白细胞源性趋化因子2（LECT2）在肝细胞-中性粒细胞相互作用中的调节作用及其对酒精性肝炎（AH）进展的影响	发现了LECT2通过与其相互作用蛋白PHB2结合，促进活性氧（ROS）产生，从而加剧酒精性肝损伤的新机制	研究主要基于动物模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	阐明LECT2在酒精性肝炎发病机制中的作用	酒精性肝炎患者样本、基因修饰小鼠及体外培养细胞	肝脏病理学	酒精性肝炎	RNA测序（bulk和single-cell）、基因修饰技术	基因敲除小鼠模型、过表达小鼠模型	RNA测序数据、血清和肝脏样本数据	酒精性肝炎患者样本及多组基因修饰小鼠
1052	2025-03-29	Single-cell RNA sequencing reveals an IL1R2+Treg subset driving immunosuppressive microenvironment in HNSCC 2025-Mar-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04015-1 PMID:40131478	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，发现了一种IL1R2+Treg亚群在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中促进肿瘤进展，并验证了其临床诊断价值	首次识别了IL1R2+Treg亚群在HNSCC中的免疫抑制功能，并探索了联合靶向IL1R2和CTLA4的抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型和临床样本验证，人体内的具体机制还需进一步研究	探究Treg亚群在HNSCC肿瘤微环境中的免疫抑制机制及其临床意义	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的调节性T细胞（Tregs）	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、组织微阵列（TMA）、酶联免疫吸附试验（ELISA）	肿瘤负荷小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及临床样本和小鼠模型
1053	2025-03-29	DNA methylation-regulated HLA-C expression modulates immune responses and metabolic alterations to influence prognosis in mesothelioma 2025-Mar-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04012-4 PMID:40131544	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了HLA-C在间皮瘤中的表达及其对免疫反应和代谢的影响	首次全面揭示了HLA-C通过DNA甲基化调控在间皮瘤预后中的作用机制，并识别了关键的中介因子	研究主要基于TCGA数据，需要进一步实验验证	阐明HLA-C在间皮瘤进展中的作用及其调控机制	间皮瘤肿瘤微环境中的免疫细胞和代谢物	肿瘤免疫学	间皮瘤	单细胞RNA测序、eQTL分析、孟德尔随机化	孟德尔随机化模型	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	TCGA间皮瘤队列数据（具体样本量未明确说明）
1054	2025-03-29	Applying integrated transcriptome and single-cell sequencing analysis to develop a prognostic signature based on M2-like tumor-associated macrophages for breast cancer 2025-Mar-25, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02161-7 PMID:40131644	research paper	本研究通过整合转录组和单细胞测序分析，开发了一个基于M2样肿瘤相关巨噬细胞的乳腺癌预后特征	首次基于M2样肿瘤相关巨噬细胞相关基因构建乳腺癌预后模型，并结合单细胞转录组数据进行验证	研究依赖于公共数据库数据，未进行大规模临床样本验证	开发乳腺癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点	乳腺癌患者和细胞系	digital pathology	breast cancer	transcriptome sequencing, scRNA-seq, qRT-PCR	RiskScore model, nomogram	gene expression data	TCGA-BRCA、GSE20685和GSE176078数据集中的样本
1055	2025-03-29	Ginsenoside Rb1 and Berberine Synergistically Protect Against Type 2 Diabetes Mellitus via GDF15/HAMP Pathway Throughout the Liver Lobules: Insights from Spatial Transcriptomics Analysis 2025-Mar-25, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107711 PMID:40147680	研究论文	本研究探讨了人参皂苷Rb1和小檗碱通过GDF15/HAMP通路在肝小叶中对2型糖尿病的协同保护作用	首次利用空间转录组学揭示了Rb1和BBR组合治疗在肝小叶各区域对代谢的全面调控作用，并提出了GDF15/HAMP通路作为关键机制	研究仅基于db/db小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究人参皂苷Rb1和小檗碱组合治疗对2型糖尿病的保护作用及其分子机制	db/db小鼠模型	代谢组学	2型糖尿病	空间转录组学分析	db/db小鼠模型	转录组数据	NA
1056	2025-03-29	Claudin18.2-positive gastric cancer-specific changes in neoadjuvant chemotherapy-driven immunosuppressive tumor microenvironment 2025-Mar-24, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02981-y PMID:40128286	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光技术，分析了37例胃癌样本，揭示了CLDN18.2阳性胃癌在化疗驱动的免疫抑制肿瘤微环境中的特异性变化	首次揭示了化疗在CLDN18.2阳性胃癌中诱导的免疫抑制肿瘤微环境特异性变化，包括NK细胞、Tregs和TAMs的异常表现及细胞间相互作用	样本量较小（仅37例胃癌样本，其中11例CLDN18.2阳性），可能影响结果的普遍性	探究CLDN18.2阳性胃癌在化疗驱动的肿瘤微环境中的特异性变化	37例胃癌样本（包括11例CLDN18.2阳性病例）	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序，多重免疫荧光	NA	基因表达数据，免疫荧光图像	37例胃癌样本（11例CLDN18.2阳性）
1057	2025-03-29	Coordinated regulation of cortical astrocyte maturation by OLIG1 and OLIG2 through BMP7 signaling modulation 2025-Mar-24, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.03.008 PMID:40139307	研究论文	本研究揭示了bHLH转录因子Olig1和Olig2通过调节Bmp7表达协同调控皮质星形胶质细胞成熟的关键机制	首次发现Olig1和Olig2通过直接结合Bmp7增强子抑制其表达来促进星形胶质细胞成熟	研究主要聚焦于皮质星形胶质细胞，其他脑区星形胶质细胞的成熟机制仍需进一步探索	阐明调控皮质星形胶质细胞成熟的分子机制	皮质星形胶质细胞	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序、基因敲除	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量（使用基因修饰小鼠模型）
1058	2025-03-29	Integrated single-cell transcriptome and comparative genome analysis reveals the origin of intermuscular bones in zebrafish 2025-Mar-22, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142397 PMID:40127795	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组和比较基因组分析，揭示了斑马鱼肌间骨的起源	首次结合单细胞转录组和比较基因组分析，鉴定了与肌间骨发育相关的保守基因，并揭示了BMP信号通路在肌间骨形成中的关键作用	研究仅针对斑马鱼模型，结果在其他鱼类中的普适性需要进一步验证	探究鱼类肌间骨的分子调控机制和进化过程	斑马鱼肌间骨组织	基因组学	NA	单细胞转录组测序、比较基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据	15种鱼类（4种有肌间骨，11种无肌间骨）的基因组数据及斑马鱼肌间骨组织的单细胞转录组数据
1059	2025-03-29	Hepatic Growth Factor as a Potential Biomarker for Lung Adenocarcinoma: A Multimodal Study 2025-Mar-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47030208 PMID:40136462	研究论文	本研究通过整合多种分析方法，探索炎症细胞因子与肺腺癌之间的因果关系，并发现肝细胞生长因子（HGF）作为潜在生物标志物的重要临床意义	首次采用孟德尔随机化（MR）分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组测序（RNA-seq）数据的综合方法，揭示了HGF等炎症细胞因子与肺腺癌的因果关系及其在肿瘤微环境中的作用	研究未涉及具体干预措施或治疗效果的验证，且样本来源和数量未明确说明	探索炎症细胞因子与肺腺癌（LUAD）之间的因果关系及其分子机制	炎症细胞因子和肺腺癌患者	生物医学研究	肺腺癌	孟德尔随机化（MR）分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1060	2025-03-29	Multi-Omics Profiling Reveals Glycerolipid Metabolism-Associated Molecular Subtypes and Identifies ALDH2 as a Prognostic Biomarker in Pancreatic Cancer 2025-Mar-18, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo15030207 PMID:40137171	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了胰腺癌中甘油脂代谢相关的分子亚型，并鉴定ALDH2作为预后生物标志物	首次在胰腺癌中系统研究甘油脂代谢的分子特征，并发现新的预后生物标志物ALDH2	研究结果需要更多独立队列验证，ALDH2的功能机制有待进一步研究	探索甘油脂代谢在胰腺癌中的分子特征及其临床意义	胰腺癌患者样本	癌症研究	胰腺癌	多组学分析（包括单细胞RNA测序、空间转录组学、脂质组学）、随机森林算法	随机森林(RF)	多组学数据（基因组、转录组、脂质组）	930例胰腺癌样本