单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2025-08-31	Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics 2025-May-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004 PMID:40154487	研究论文	通过单细胞空间多组学分析揭示癌症相关成纤维细胞（CAFs）的保守空间亚型及其在肿瘤微环境中的细胞邻域结构	首次在10种癌症类型中鉴定出四种跨癌种保守的CAF空间亚型，并阐明其空间组织模式与微环境特征关联	NA	解析CAFs在肿瘤微环境中的空间异质性及其对免疫调节和临床预后的影响	超过1400万个细胞（来自10种癌症类型）	空间转录组学	癌症	空间转录组学、空间蛋白质组学、单细胞多组学整合分析	NA	空间多组学数据	10种癌症类型，7个空间组学平台，超1400万个细胞
1042	2025-08-31	Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.19.604364 PMID:39071335	研究论文	提出lr-kallisto方法，用于长读长测序数据的转录本定量分析	将kallisto方法适配到长读长测序技术，实现快速准确的转录本异构体定量	NA	开发适用于长读长测序数据的转录本定量工具	RNA转录本	生物信息学	NA	ONT长读长测序、外显子组捕获	kallisto算法适配	长读长测序数据	NA
1043	2025-08-30	Single-cell immunomics reveals the immunological hallmarks about the onset and different outcomes for ankylosing spondylitis patients 2025-Sep, Clinical rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s10067-025-07549-y PMID:40665054	研究论文	通过单细胞免疫组学技术揭示强直性脊柱炎发病及不同结局的免疫学特征	首次在单细胞分辨率下系统解析AS不同病程阶段的T/B细胞克隆扩增模式及V(D)J重组特征	样本来源仅限于外周血单核细胞，未涉及病变组织局部免疫微环境	探究强直性脊柱炎发生发展和不同临床结局的免疫学机制	健康供者和不同病程阶段的强直性脊柱炎患者	免疫组学	强直性脊柱炎	单细胞RNA测序、TCR/BCR分析	NA	单细胞转录组数据	健康供者与不同病程阶段患者的外周血单核细胞样本
1044	2025-08-30	Semaglutide ameliorates retinal vascular permeability destruction in diabetic retinopathy by AnxA2-mediated MMP-9 activation and basement membrane remodeling 2025-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118409 PMID:40749340	研究论文	本研究探讨了索马鲁肽通过调节AnxA2介导的MMP-9活化和基底膜重塑改善糖尿病视网膜病变中血管通透性破坏的机制	首次揭示索马鲁肽通过上调内皮细胞AnxA2激活MMP-9降解病理增厚基底膜的葡萄糖非依赖性血管保护机制	研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证；未探讨其他GLP-1RAs的类似效应	阐明索马鲁肽在糖尿病视网膜病变中的保护作用机制	高脂饮食/链脲佐菌素诱导的2型糖尿病小鼠模型及视网膜内皮细胞	糖尿病并发症研究	糖尿病视网膜病变	蛋白质组学、单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光、免疫组化、透射电镜	动物疾病模型	分子生物学数据、组织病理学图像、基因表达数据	未明确样本数量，使用糖尿病小鼠模型进行实验
1045	2025-08-30	Multi-omics identification of circulating protein biomarkers for intervertebral disc degeneration using Mendelian randomization and scRNA-seq 2025-Sep, Clinical rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s10067-025-07606-6 PMID:40745068	研究论文	本研究通过整合多组学方法识别与椎间盘退变因果相关的循环蛋白生物标志物	首次结合孟德尔随机化与单细胞RNA测序技术筛选循环蛋白标志物，并采用机器学习模型评估其分类效能	需进一步体内实验验证临床适用性	鉴定椎间盘退变的循环蛋白生物标志物并探索其机制	人类循环蛋白质与椎间盘组织	生物信息学	椎间盘退变	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 机器学习	机器学习模型（未指定具体类型）	蛋白质组数据, RNA序列数据	4907种循环蛋白质（FinnGen队列）, 健康与退变椎间盘组织单细胞数据
1046	2025-08-30	NFATC3 enhances osteosarcoma progression by increasing PD-L1 and CXCL2 levels 2025-Jul-29, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02850-x PMID:40728758	研究论文	本研究探讨免疫基因NFATC3在骨肉瘤中的表达及其通过促进PD-L1和CXCL2表达驱动肿瘤进展的机制	首次揭示NFATC3通过调控PD-L1和炎症因子重塑免疫微环境促进骨肉瘤发展的新机制	NA	探究NFATC3在骨肉瘤进展中的功能作用及分子机制	骨肉瘤细胞系（143B、SJSA、HOS、MG63、MNNG）及肿瘤微环境中的T细胞和巨噬细胞	肿瘤免疫学	骨肉瘤	qRT-PCR、单细胞测序、肿瘤细胞与巨噬细胞共培养系统	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	多个骨肉瘤细胞系及公共测序数据集
1047	2025-08-30	Spatially resolved transcriptomics reveals a unique disease signature and potential biomarkers for chronic traumatic encephalopathy 2025-Jul-18, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlaf078 PMID:40680295	研究论文	利用空间转录组学技术揭示慢性创伤性脑病的独特疾病特征和潜在生物标志物	首次应用Visium空间转录组学绘制CTE病变基因表达图谱，并鉴定出21个基因的共同疾病特征	研究基于死后组织样本，无法验证在体诊断的有效性	解析CTE病理生理机制并寻找在体诊断生物标志物	慢性创伤性脑病（CTE）患者的脑组织病变区域	空间转录组学	慢性创伤性脑病	Visium空间转录组学	NA	空间基因表达数据	来自同一患者的CTE病变组织与匹配正常组织
1048	2025-08-30	Generating and characterizing human telencephalic brain organoids from stem cell-derived single neural rosettes 2025-Jun-27, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01197-x PMID:40579542	研究论文	开发了一种从干细胞衍生的单个神经玫瑰花结生成人类端脑类器官的方法	利用单个神经玫瑰花结生成类器官，模拟体内神经组织发育，实现细胞组成一致性和功能成熟神经元的高比例生成	协议完成需5-6个月且需要细胞培养经验	研究人类端脑中不同神经细胞的规范与组织，以及模拟神经发育障碍	人类端脑类器官	生物医学工程	神经发育障碍	CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、免疫组化、膜片钳电生理	NA	基因序列数据、电生理数据、图像数据	NA
1049	2025-08-30	Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095 PMID:40315846	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析儿童高级别胶质瘤的免疫微环境，揭示治疗压力下的细胞状态变化	首次在儿童高级别胶质瘤中系统比较不同年龄组和治疗方案下的免疫微环境差异，并发现与成人不同的髓系细胞亚群比例	NA	解析儿童高级别胶质瘤的免疫景观并探索免疫治疗靶点	儿童弥漫性高级别胶质瘤或高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞	肿瘤免疫学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
1050	2025-08-30	Central control of dynamic gene circuits governs T cell rest and activation 2025-Jan, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08314-y PMID:39663454	研究论文	通过CRISPR筛选和单细胞转录组学揭示MED12作为动态调控枢纽，控制T细胞静息与激活状态转换的基因回路	首次在多个人类CD4 T细胞背景下进行CRISPR筛选，发现90%的IL-2Rα调控因子具有条件依赖性效应，并鉴定MED12作为通过组蛋白甲基化动态协调T细胞状态转换的关键因子	研究主要聚焦于IL-2Rα调控网络，可能未覆盖T细胞状态转换的全部调控机制；基于体外实验，体内验证尚需进一步研究	解析T细胞在不同状态下的动态基因调控网络，揭示细胞身份维持和环境应答的分子机制	人类原代CD4 T细胞，包括促炎效应T细胞和抗炎调节T细胞	分子生物学	免疫相关疾病	CRISPR筛选，单细胞转录组学，免疫沉淀-质谱分析	NA	基因组数据，转录组数据，蛋白质互作数据	多个人类原代CD4 T细胞背景下的CRISPR筛选样本
1051	2025-08-29	Lamin A/C Expression in Hematopoietic Cells Declines During Human Aging and Constrains Atherosclerosis in Mice 2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322893 PMID:40605747	研究论文	本研究探讨了人类衰老过程中造血细胞lamin A/C表达下降及其对小鼠动脉粥样硬化的调控作用	首次揭示血液白细胞中lamin A/C表达随年龄下降的现象，并创建首个lamin A功能增益体内模型证明其调控动脉粥样硬化	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅为相关性分析，需进一步验证机制	探究衰老过程中造血细胞lamin A/C表达变化对动脉粥样硬化的影响机制	人类循环白细胞和基因修饰小鼠模型	分子生物学	心血管疾病	流式细胞术、骨髓移植、活体显微镜、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、显微成像数据、基因表达数据	人类白细胞样本及Ldlr-/-缺陷小鼠模型
1052	2025-08-29	Tricuspid Aortic Valve Regurgitation Associates With Ascending Aortic Aneurysm Through Endothelial Activation and Lipoprotein Infiltration 2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323112 PMID:40740135	研究论文	本研究探讨三尖瓣主动脉瓣反流通过内皮细胞激活和脂蛋白浸润促进升主动脉瘤形成的机制	首次揭示主动脉反流（非狭窄）通过双向血流介导的内皮间充质激活和脂蛋白相关免疫细胞浸润驱动动脉瘤起始的新机制	研究主要基于三尖瓣主动脉瓣患者，结果可能不适用于其他瓣膜类型；样本来源和规模可能存在限制	研究主动脉反流与血管激活及炎症的关系，以阐明升主动脉瘤的起始机制	接受择期开胸手术的三尖瓣主动脉瓣患者及器官捐献者的主动脉组织样本	心血管疾病研究	心血管疾病	空间转录组学、免疫组织化学、超声心动图	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据	人类主动脉标本（来自手术患者和器官捐献者）及Wistar大鼠实验数据
1053	2025-08-29	Integrated multi-omics analysis reveals diagnostic biomarkers and therapeutic targets for systemic lupus erythematosus 2025-Aug-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042290 PMID:40826785	研究论文	通过整合多组学分析识别系统性红斑狼疮的诊断生物标志物和治疗靶点	发现载脂蛋白A2、MANSC结构域包含蛋白1和蛋白酶体亚基β5作为关键基因，并构建高精度诊断列线图模型（AUC=0.968）	NA	探究血浆蛋白与系统性红斑狼疮的因果关系并寻找诊断与治疗靶点	系统性红斑狼疮相关基因组数据及血浆蛋白	生物信息学	系统性红斑狼疮	全基因组关联研究、双样本孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接模拟	列线图诊断模型	基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	NA
1054	2025-08-29	Improving reproducibility of differentially expressed genes in single-cell transcriptomic studies of neurodegenerative diseases through meta-analysis 2025-Aug-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62579-z PMID:40796563	研究论文	通过开发一种非参数元分析方法SumRank，提高神经退行性疾病单细胞转录组研究中差异表达基因的可重复性	提出基于跨数据集相对差异表达排名可重复性的SumRank方法，显著提升差异表达基因的预测能力和生物学可解释性	未明确说明样本规模或数据来源的具体限制，可能受原始数据集质量和异质性影响	提高单细胞RNA测序研究中差异表达基因检测的可重复性和可靠性	帕金森病(PD)、亨廷顿病(HD)、阿尔茨海默病(AD)、精神分裂症(SCZ)和COVID-19的单细胞转录组数据	生物信息学	神经退行性疾病	scRNA-seq, 元分析	非参数统计方法(SumRank)	基因表达数据	NA
1055	2025-08-29	Galectin-9 inhibition of the MIF-CD74/CD44 pathway suppresses chronic arthritis 2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.016 PMID:40798883	研究论文	研究galectin-9通过抑制MIF-CD74/CD44通路来抑制慢性关节炎的机制	发现MIF亚群并通过sGal-9作为新型抗MIF剂有效抑制RA-FLSs的破坏性表型	NA	探索治疗类风湿关节炎的新靶点和治疗策略	类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞(RA-FLSs)和小鼠关节炎模型	NA	类风湿关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1056	2025-08-29	Impact of intercellular adhesion molecule 1-positive dental pulp stem cells in deep caries progression 2025-08, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14248 PMID:40343788	研究论文	本研究探讨了ICAM1阳性牙髓干细胞在深龋进展中的免疫调节作用及其机制	首次在深龋牙髓组织中鉴定出ICAM1+ DPSCs亚群，并揭示其通过分泌促炎因子增强巨噬细胞炎症活性的新机制	研究主要基于体外实验和动物模型，人类体内验证尚需进一步开展	阐明深龋病变中ICAM1+ DPSCs的免疫调控功能并开发治疗策略	人及小鼠的深龋牙髓组织、牙髓干细胞（DPSCs）和THP-1单核细胞系	干细胞生物学	牙科疾病	单细胞测序、免疫荧光/流式细胞术、RT-qPCR、Western Blot、ELISA、SCENIC、RNA-seq	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、细胞成像数据	人及小鼠的深龋与健康牙髓组织样本（具体数量未明确说明）
1057	2025-08-29	Astrocytic AEG-1 drives neuroinflammation and enhances seizure susceptibility 2025-08, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106957 PMID:40383165	研究论文	本研究探讨星形胶质细胞中AEG-1基因在神经炎症和癫痫易感性中的作用及其机制	首次通过单细胞RNA测序揭示表达AEG-1的星形胶质细胞亚群与炎症反应相关，并证实AEG-1通过NF-κB信号通路介导神经炎症和癫痫效应	研究主要基于LPS诱导的小鼠模型和体外培养模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究星形胶质细胞AEG-1在神经炎症和癫痫易感性中的功能及作用机制	小鼠模型和体外星形胶质细胞培养模型	神经科学	神经炎症性疾病	单细胞RNA测序，体外细胞培养	NA	基因表达数据	小鼠模型和体外培养细胞（具体数量未明确说明）
1058	2025-08-29	Multi-omics characterization of oncosis in spinal cord injury 2025-08, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106982 PMID:40467009	研究论文	本研究通过多组学方法首次系统描绘了脊髓损伤后oncosis（胀亡）相关基因的时空表达动态和细胞定位	首次在脊髓损伤背景下揭示oncosis的时空基因调控图谱，并发现Trp53、Casp3等关键基因的细胞特异性表达模式	研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性仍需进一步验证	探究脊髓损伤后oncosis的分子机制和潜在治疗靶点	大鼠脊髓损伤模型和LPS处理的PC12细胞系	生物信息学	脊髓损伤	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qRT-PCR, 免疫荧光, 透射电镜(TEM)	NA	基因表达数据, 空间转录组数据, 显微镜图像	大鼠脊髓损伤模型（具体数量未明确说明）和PC12细胞系
1059	2025-08-29	Emerging molecular Therapeutic targets in breast Cancer: Pathologic identification and clinical implications 2025-Aug, Human pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1016/j.humpath.2025.105881 PMID:40759284	综述	本文总结乳腺癌当前及新兴分子生物标志物及其在精准肿瘤学中的应用前景	涵盖液体活检、空间转录组学等新技术发现的生物标志物，并强调肿瘤微环境在治疗调控中的作用	标准化、可重复性及临床验证方面仍存在挑战	推进乳腺癌精准诊断、预后评估及治疗决策	乳腺癌分子生物标志物及肿瘤微环境	数字病理	乳腺癌	NGS, 液体活检, 空间转录组学, 多重免疫荧光	NA	基因组数据, 液体活检样本, 肿瘤微环境数据	NA
1060	2025-08-29	MEBOCOST maps metabolite-mediated intercellular communications using single-cell RNA-seq 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf569 PMID:40568942	研究论文	开发了一种基于单细胞RNA测序和代谢通量平衡分析的算法MEBOCOST，用于检测代谢物介导的细胞间通讯	首个专门针对代谢物介导细胞通讯（mCCC）的计算工具，填补了蛋白质导向方法在此领域的空白	NA	检测和解析代谢物介导的细胞间通讯机制	人类白色脂肪组织和小鼠棕色脂肪组织的单细胞	生物信息学	肥胖症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），代谢通量平衡分析，CRISPR筛选	算法模型	单细胞RNA测序数据，空间数据，临床患者数据	人类肥胖患者和小鼠的脂肪组织样本