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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10501 | 2025-01-05 |
Spatial transcriptomics in bone mechanomics: Exploring the mechanoregulation of fracture healing in the era of spatial omics
2025-Jan-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adp8496
PMID:39742473
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于空间转录组学的“力学组学”平台,用于探索骨折愈合中的机械调控机制 | 该平台整合了时间序列的体内微计算机断层扫描、空间转录组学和微有限元分析,能够在空间上解析细胞分子特征与其局部体内机械环境的关系 | NA | 研究骨折愈合过程中细胞对局部机械应力的转录组反应 | 骨折部位的细胞 | 数字病理学 | 骨折 | 空间转录组学、微计算机断层扫描、微有限元分析 | NA | 空间转录组数据、图像数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10502 | 2025-01-05 |
A joint analysis of single cell transcriptomics and proteomics using transformer
2025-Jan-02, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00484-9
PMID:39743530
|
研究论文 | 本文提出了一种基于Transformer编码器层的深度学习框架scTEL,用于从单细胞RNA测序数据预测未观察到的蛋白质表达 | scTEL模型通过计算方式显著降低了蛋白质表达测序的实验成本,并提供了一个统一框架来整合多个CITE-seq数据集 | 未提及具体局限性 | 揭示细胞异质性,降低蛋白质表达测序的实验成本 | 单细胞RNA和蛋白质表达数据 | 机器学习 | NA | CITE-seq, scRNA-seq | Transformer | RNA和蛋白质表达数据 | 公共CITE-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 10503 | 2025-01-02 |
Single-cell sequencing analysis reveals cetuximab resistance mechanism and salvage strategy in colorectal cancer
2025-Jan, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70151
PMID:39739554
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10504 | 2025-01-05 |
Genetically Predicted Immune Cell Traits Mediate the Causal Association Between Plasma Metabolites and Colorectal Cancer
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.101011
PMID:39744475
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研究论文 | 本研究通过两步两样本孟德尔随机化方法,评估了1400种血浆代谢物、731种免疫细胞特征与结直肠癌之间的因果关系,并探讨了免疫细胞特征在其中的中介作用 | 首次使用两步两样本孟德尔随机化方法,结合单细胞RNA测序技术,揭示了血浆代谢物通过特定免疫细胞特征影响结直肠癌的因果机制 | 研究依赖于GWAS汇总数据,可能受到混杂因素的影响,且样本量虽大但具体样本类型未明确说明 | 探讨血浆代谢物与结直肠癌之间的因果关系,以及免疫细胞特征在其中的中介作用 | 1400种血浆代谢物、731种免疫细胞特征与结直肠癌 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 两步两样本孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因组关联研究(GWAS)汇总数据、单细胞RNA测序数据 | NA(未明确说明具体样本数量,但涉及1400种血浆代谢物和731种免疫细胞特征) | NA | NA | NA | NA |
| 10505 | 2025-01-05 |
Mitochondrial Gene Scoring System: Predicting Prognosis and Precision Therapy for TACE Non-Response in Hepatocellular Carcinoma Patients
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.103946
PMID:39744494
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研究论文 | 本文开发了两个独立的线粒体评分系统,用于预测肝细胞癌(HCC)患者的预后和经动脉化疗栓塞(TACE)无反应的可能性 | 开发了两个独立的线粒体评分系统(RPS和RDS),用于预测HCC患者的预后和TACE无反应的可能性,并探索了TACE无反应患者的替代疗法 | 未提及具体样本量,可能限制了结果的普遍性 | 预测HCC患者的预后和TACE无反应的可能性,并探索替代疗法 | 肝细胞癌(HCC)患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | LASSO Cox回归分析、LASSO逻辑回归分析 | 基因数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10506 | 2025-01-05 |
Cell-type-specific regulators landscape and regulatory mechanisms underlying pyroptosis in uterine corpus endometrial carcinoma
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.100547
PMID:39744500
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,研究了子宫体子宫内膜癌(UCEC)中与细胞焦亡相关基因的景观及其调控机制 | 首次在UCEC组织中通过单细胞RNA测序揭示了细胞焦亡相关基因的表达模式,并验证了其在肿瘤组织中的异常病理特征 | 研究主要依赖于单细胞RNA测序数据,可能受到样本量和数据质量的限制 | 探讨UCEC中细胞焦亡相关基因的表达模式及其在肿瘤发生和发展中的作用 | 6089个UCEC组织细胞 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq),RNA测序,定量实时PCR,免疫组织化学 | NA | RNA测序数据,病理图像 | 6089个UCEC组织细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 10507 | 2025-01-05 |
The cellular signaling crosstalk between memory B cells and tumor cells in nasopharyngeal carcinoma cannot be overlooked: Their involvement in tumor progression and treatment strategy is significant
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.101420
PMID:39744570
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析探讨了鼻咽癌中B细胞亚群的分子生物标志物和预后因素,并研究了其潜在机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了鼻咽癌中B细胞亚群的多样性及其与肿瘤细胞的相互作用,揭示了C4 CD86+记忆B细胞在肿瘤进展中的关键作用 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据,缺乏体内实验验证,且样本量有限,可能影响结果的普适性 | 探讨鼻咽癌中B细胞亚群的分子机制及其在肿瘤进展和治疗中的作用 | 鼻咽癌患者肿瘤和血液样本中的B细胞亚群 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序 | PCA, Monocle, Slingshot, CellChat, LASSO回归, Cox回归 | 单细胞RNA测序数据 | 鼻咽癌患者的肿瘤和血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 10508 | 2025-01-05 |
Unveiling the Prognostic Power and Immune Landscape of MyD88 in Breast Cancer: an Integrative Bioinformatics and IHC Approach
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.103403
PMID:39744584
|
研究论文 | 本研究结合生物信息学和免疫组织化学方法,探讨了MyD88在乳腺癌中的预后意义和免疫学影响 | 首次整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和IHC技术,全面分析MyD88在乳腺癌中的表达及其与免疫景观的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步的实验验证来确认MyD88的机制和治疗潜力 | 探索MyD88在乳腺癌中的预后价值和免疫学作用 | 乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学(IHC) | NA | RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 免疫组织化学图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10509 | 2025-01-03 |
A specific inflammatory suppression fibroblast subpopulation characterized by MHCII expression in human dilated cardiomyopathy
2025-Jan, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-024-04939-9
PMID:38462549
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,识别了人类扩张型心肌病(DCM)中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群,并探讨了其在炎症抑制中的作用 | 首次识别并描述了DCM中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群(apFB),并揭示了其在炎症抑制中的关键作用 | 研究样本量较小,仅包括4个健康供体和6个DCM患者的心脏组织 | 探讨扩张型心肌病(DCM)中成纤维细胞的异质性及其与免疫细胞的相互作用 | 人类左心室组织,包括健康供体和DCM患者的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(ScRNA-Seq) | NA | RNA测序数据 | 10个心脏组织(4个健康供体和6个DCM患者) | NA | NA | NA | NA |
| 10510 | 2025-01-03 |
The heterogeneity of cellular metabolism in the tumour microenvironment of hepatocellular carcinoma with portal vein tumour thrombus
2025-Jan, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13738
PMID:39189673
|
研究论文 | 本研究通过多组学组合全面分析了肝细胞癌(HCC)、门静脉癌栓(PVTT)和正常肝样本的代谢异质性 | 首次在多组学水平上描绘了HCC和PVTT中非恶性细胞的代谢异质性景观,并确定了PVTT形成和发展的代谢特征 | NA | 研究肝细胞癌及其门静脉癌栓的代谢异质性 | 肝细胞癌(HCC)、门静脉癌栓(PVTT)和正常肝样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、荧光多重免疫组化 | NA | RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组化数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10511 | 2024-12-31 |
Selenium promotes neural development through the regulation of GPX4 and SEPP1 in an iPSC-derived neuronal model
2025-May, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 本研究探讨了硒通过调控GPX4和SEPP1在iPSC衍生的神经元模型中对神经发育的促进作用 | 首次使用高生物利用度的硒纳米颗粒(SeNPs@LNT)在iPSC衍生的神经元模型中干预不同阶段的神经发育,并揭示了其通过激活PI3K/Akt/Nrf2信号通路调控硒蛋白的机制 | 研究主要基于体外模型,未在体内验证硒纳米颗粒的作用 | 探讨硒蛋白在不同神经元发育阶段的具体作用和机制 | iPSC衍生的神经元模型 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍(ASD) | 单细胞RNA测序 | iPSC-iNeuron模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10512 | 2024-12-30 |
Mouse Tail-Skin Dissociation and Preparation of Live Single-Cell Suspension for Downstream Analysis of Melanocytes
2025-Jan, Pigment cell & melanoma research
IF:3.9Q2
DOI:10.1111/pcmr.13216
PMID:39625901
|
研究论文 | 本文开发了一种从小鼠尾皮中高效分离高质量活单细胞的方法,用于下游的黑色素细胞及其相互作用细胞的研究 | 开发了一种新的两阶段酶解步骤,结合碎片去除和活细胞富集,从小鼠尾皮中高效生成高活性的单细胞悬液 | 该方法主要针对小鼠尾皮,可能不适用于其他类型的皮肤组织 | 研究小鼠尾皮中黑色素细胞及其相互作用细胞的单细胞转录组分析 | 小鼠尾皮中的角质形成细胞、黑色素细胞和成纤维细胞 | 单细胞测序 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10513 | 2024-12-29 |
CXC chemokine receptor 4 - mediated immune modulation and tumor microenvironment heterogeneity in gastric cancer: Utilizing multi-omics approaches to identify potential therapeutic targets
2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.2130
PMID:39431668
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨了CXCR4在胃癌中的免疫调节功能及肿瘤微环境异质性 | 首次全面揭示了CXCR4在胃癌肿瘤微环境中的免疫调节作用及其与T细胞耗竭的关系 | 研究主要基于体外实验,缺乏体内实验验证 | 探索CXCR4在胃癌中的免疫调节功能及肿瘤微环境异质性,寻找潜在治疗靶点 | 胃癌细胞系AGS和SNU-1 | 肿瘤免疫学 | 胃癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、ELISA、PCR、CCK8实验、细胞划痕实验、集落形成实验 | NA | 基因表达数据、细胞实验数据 | 两种胃癌细胞系(AGS和SNU-1) | NA | NA | NA | NA |
| 10514 | 2024-12-29 |
Construction of mitochondrial quality regulation genes-related prognostic model based on bulk-RNA-seq analysis in multiple myeloma
2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.2135
PMID:39446019
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研究论文 | 本文基于批量RNA测序分析,构建了与线粒体质量调控基因相关的多发性骨髓瘤预后模型 | 开发了一个与线粒体质量调控基因相关的预后模型,并利用多种生物信息学工具进行综合分析 | NA | 构建多发性骨髓瘤患者的线粒体质量调控基因相关预后模型 | 多发性骨髓瘤患者 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、突变分析、免疫浸润分析 | RiskScore模型 | RNA测序数据、突变数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10515 | 2024-12-29 |
Navigating the immune landscape with plasma cells: A pan-cancer signature for precision immunotherapy
2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.2142
PMID:39495620
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研究论文 | 本研究通过泛癌单细胞RNA测序分析,发现了一种新的浆细胞特征Plasma cell.Sig,能够显著预测患者对免疫治疗的反应 | 发现了一种新的浆细胞特征Plasma cell.Sig,并通过机器学习算法验证了其在预测免疫治疗反应中的优越性 | 未提及具体的研究局限性 | 提高对肿瘤微环境中内在和外在免疫景观的理解,并为更精确的生物标志物引导的免疫治疗方法铺平道路 | 癌症患者 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 多个队列的癌症患者 | NA | NA | NA | NA |
| 10516 | 2024-12-28 |
The contribution of the novel CLTC-VMP1 fusion gene to autophagy regulation and energy metabolism in cisplatin-resistant osteosarcoma
2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00302.2024
PMID:39466176
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研究论文 | 本研究探讨了CLTC-VMP1基因融合在骨肉瘤化疗耐药机制中的作用及其通过调节自噬和凋亡平衡介导能量代谢重编程的分子机制 | 首次发现CLTC-VMP1基因融合在骨肉瘤化疗耐药中的关键作用,并通过单细胞转录组分析揭示了肿瘤细胞的异质性 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型,尚未在临床样本中进行验证 | 探索CLTC-VMP1基因融合在骨肉瘤化疗耐药机制中的作用 | 骨肉瘤细胞系和小鼠模型 | 分子生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组分析、慢病毒载体 | NA | 转录组数据 | 人类骨肉瘤细胞系和小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 10517 | 2024-12-26 |
Profiling cell identity and tissue architecture with single-cell and spatial transcriptomics
2025-Jan, Nature reviews. Molecular cell biology
DOI:10.1038/s41580-024-00768-2
PMID:39169166
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学和空间转录组学在细胞身份和组织结构分析中的最新进展、挑战和前景 | 讨论了深度学习(包括基础模型)在单细胞和空间转录组数据分析中的应用,并展望了这些技术在生物研究和临床转化中的未来 | 未具体提及研究的局限性 | 探讨单细胞和空间转录组学在细胞状态和多细胞邻域识别与表征中的应用 | 健康与疾病组织中的细胞多样性和基因表达动态 | 生物信息学 | 肿瘤生物学 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 深度学习、基础模型 | 转录组数据 | 数百至数百万个细胞的靶向转录组和全转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 10518 | 2024-12-26 |
Trem2/Tyrobp Signaling Protects Against Aortic Dissection and Rupture by Inhibiting Macrophage Activation in Mice
2025-Jan, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321429
PMID:39508103
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研究论文 | 本研究探讨了Trem2/Tyrobp信号通路在小鼠主动脉夹层(AD)发展中的作用,发现其通过抑制巨噬细胞激活来保护主动脉免受夹层和破裂 | 首次揭示了Trem2/Tyrobp信号通路在主动脉夹层中的保护作用,并提出了通过增强该信号通路来预防和治疗主动脉夹层的新策略 | 研究主要基于小鼠模型,未来需要进一步研究Trem2/Tyrobp在人类主动脉夹层中的作用 | 探讨Trem2/Tyrobp信号通路在主动脉夹层发展中的作用及其潜在机制 | 小鼠主动脉夹层模型 | 心血管疾病 | 主动脉夹层 | 转录组分析、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、定量实时聚合酶链反应 | Tyrobp敲除小鼠、Trem2敲除小鼠 | 基因表达数据、RNA测序数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 10519 | 2024-12-25 |
The role of the haematopoietic stem cell niche in development and ageing
2025-Jan, Nature reviews. Molecular cell biology
DOI:10.1038/s41580-024-00770-8
PMID:39256623
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综述 | 本文综述了造血干细胞(HSC)及其前体细胞(HSPC)在发育和衰老过程中与骨髓微环境(niche)的相互作用 | 本文通过单细胞转录组学和显微镜技术,揭示了HSC在发育过程中与不同niche的相互作用,并探讨了这些相互作用在衰老过程中的变化及其对造血疾病的影响 | 本文主要为综述性质,未提供具体实验数据或模型 | 探讨HSC与niche在发育和衰老过程中的相互作用,为改善自体HSC疗法和移植提供理论基础 | 造血干细胞(HSC)及其前体细胞(HSPC)与骨髓微环境(niche)的相互作用 | NA | NA | 单细胞转录组学、显微镜技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10520 | 2024-12-23 |
Integrating scRNA-seq and Visium HD for the analysis of the tumor microenvironment in the progression of colorectal cancer
2025-Jan-03, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113752
PMID:39642568
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和Visium HD空间转录组技术,分析了结直肠癌进展过程中肿瘤微环境的变化 | 本文首次结合高分辨率空间转录组学技术,深入研究了结直肠癌肿瘤微环境的动态变化,并发现了NOTUM+上皮细胞和IGHG1/3+浆细胞在正常组织与腺瘤交界处的聚集现象 | 本文主要基于数据分析,缺乏实验验证,且样本量未明确说明 | 研究结直肠癌进展过程中肿瘤微环境的变化 | 结直肠癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,Visium HD空间转录组 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |