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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10461 | 2025-01-05 |
Genetically Predicted Immune Cell Traits Mediate the Causal Association Between Plasma Metabolites and Colorectal Cancer
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.101011
PMID:39744475
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研究论文 | 本研究通过两步两样本孟德尔随机化方法,评估了1400种血浆代谢物、731种免疫细胞特征与结直肠癌之间的因果关系,并探讨了免疫细胞特征在其中的中介作用 | 首次使用两步两样本孟德尔随机化方法,结合单细胞RNA测序技术,揭示了血浆代谢物通过特定免疫细胞特征影响结直肠癌的因果机制 | 研究依赖于GWAS汇总数据,可能受到混杂因素的影响,且样本量虽大但具体样本类型未明确说明 | 探讨血浆代谢物与结直肠癌之间的因果关系,以及免疫细胞特征在其中的中介作用 | 1400种血浆代谢物、731种免疫细胞特征与结直肠癌 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 两步两样本孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因组关联研究(GWAS)汇总数据、单细胞RNA测序数据 | NA(未明确说明具体样本数量,但涉及1400种血浆代谢物和731种免疫细胞特征) | NA | NA | NA | NA |
| 10462 | 2025-01-05 |
Mitochondrial Gene Scoring System: Predicting Prognosis and Precision Therapy for TACE Non-Response in Hepatocellular Carcinoma Patients
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.103946
PMID:39744494
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研究论文 | 本文开发了两个独立的线粒体评分系统,用于预测肝细胞癌(HCC)患者的预后和经动脉化疗栓塞(TACE)无反应的可能性 | 开发了两个独立的线粒体评分系统(RPS和RDS),用于预测HCC患者的预后和TACE无反应的可能性,并探索了TACE无反应患者的替代疗法 | 未提及具体样本量,可能限制了结果的普遍性 | 预测HCC患者的预后和TACE无反应的可能性,并探索替代疗法 | 肝细胞癌(HCC)患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | LASSO Cox回归分析、LASSO逻辑回归分析 | 基因数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10463 | 2025-01-05 |
Cell-type-specific regulators landscape and regulatory mechanisms underlying pyroptosis in uterine corpus endometrial carcinoma
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.100547
PMID:39744500
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,研究了子宫体子宫内膜癌(UCEC)中与细胞焦亡相关基因的景观及其调控机制 | 首次在UCEC组织中通过单细胞RNA测序揭示了细胞焦亡相关基因的表达模式,并验证了其在肿瘤组织中的异常病理特征 | 研究主要依赖于单细胞RNA测序数据,可能受到样本量和数据质量的限制 | 探讨UCEC中细胞焦亡相关基因的表达模式及其在肿瘤发生和发展中的作用 | 6089个UCEC组织细胞 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq),RNA测序,定量实时PCR,免疫组织化学 | NA | RNA测序数据,病理图像 | 6089个UCEC组织细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 10464 | 2025-01-05 |
The cellular signaling crosstalk between memory B cells and tumor cells in nasopharyngeal carcinoma cannot be overlooked: Their involvement in tumor progression and treatment strategy is significant
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.101420
PMID:39744570
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析探讨了鼻咽癌中B细胞亚群的分子生物标志物和预后因素,并研究了其潜在机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了鼻咽癌中B细胞亚群的多样性及其与肿瘤细胞的相互作用,揭示了C4 CD86+记忆B细胞在肿瘤进展中的关键作用 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据,缺乏体内实验验证,且样本量有限,可能影响结果的普适性 | 探讨鼻咽癌中B细胞亚群的分子机制及其在肿瘤进展和治疗中的作用 | 鼻咽癌患者肿瘤和血液样本中的B细胞亚群 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序 | PCA, Monocle, Slingshot, CellChat, LASSO回归, Cox回归 | 单细胞RNA测序数据 | 鼻咽癌患者的肿瘤和血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 10465 | 2025-01-05 |
Unveiling the Prognostic Power and Immune Landscape of MyD88 in Breast Cancer: an Integrative Bioinformatics and IHC Approach
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.103403
PMID:39744584
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研究论文 | 本研究结合生物信息学和免疫组织化学方法,探讨了MyD88在乳腺癌中的预后意义和免疫学影响 | 首次整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和IHC技术,全面分析MyD88在乳腺癌中的表达及其与免疫景观的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步的实验验证来确认MyD88的机制和治疗潜力 | 探索MyD88在乳腺癌中的预后价值和免疫学作用 | 乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学(IHC) | NA | RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 免疫组织化学图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10466 | 2025-01-05 |
Integrated Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptomics Analysis Identifies Critical Blood Biomarkers and Potential Mechanisms in Epilepsy
2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70172
PMID:39753851
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研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化和单细胞转录组学分析,识别了与癫痫相关的关键血液生物标志物和潜在机制 | 结合孟德尔随机化和单细胞转录组学分析,揭示了癫痫的遗传倾向和免疫环境动态,并开发了抗癫痫药物反应的预测模型 | 研究主要基于外周血样本和动物模型,可能无法完全反映人类大脑中的复杂情况 | 探索癫痫的遗传因素和免疫环境动态,识别关键基因和潜在机制 | 癫痫患者的外周血样本和癫痫小鼠模型 | 基因组学 | 癫痫 | 孟德尔随机化、单细胞转录组学分析、eQTLGen、全基因组关联研究、CIBERSORT | 预测模型 | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 癫痫患者的外周血样本和癫痫小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 10467 | 2025-01-04 |
Single-cell RNA sequencing: an emerging tool revealing dysregulated innate and adaptive immune response at single cell level in Kawasaki disease
2025-Jan, Expert review of clinical immunology
IF:3.9Q2
DOI:10.1080/1744666X.2024.2401105
PMID:39230194
|
综述 | 本文探讨了单细胞RNA测序(scRNA-seq)在揭示川崎病(KD)中失调的先天和适应性免疫反应中的关键作用 | 利用scRNA-seq技术,以比以往方法更高的分辨率揭示KD的病理生理学,特别是在免疫细胞转录组特征和信号/反应途径方面的应用 | 尽管scRNA-seq提供了高分辨率的细胞水平数据,但其在KD中的诊断、预后和治疗潜力仍需进一步研究验证 | 探讨scRNA-seq在KD中的诊断、预后和治疗潜力,并重新强调其在KD免疫细胞转录组特征和信号/反应途径中的关键作用 | 川崎病(KD)患者的免疫细胞 | 数字病理学 | 川崎病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10468 | 2025-01-03 |
A specific inflammatory suppression fibroblast subpopulation characterized by MHCII expression in human dilated cardiomyopathy
2025-Jan, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-024-04939-9
PMID:38462549
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,识别了人类扩张型心肌病(DCM)中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群,并探讨了其在炎症抑制中的作用 | 首次识别并描述了DCM中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群(apFB),并揭示了其在炎症抑制中的关键作用 | 研究样本量较小,仅包括4个健康供体和6个DCM患者的心脏组织 | 探讨扩张型心肌病(DCM)中成纤维细胞的异质性及其与免疫细胞的相互作用 | 人类左心室组织,包括健康供体和DCM患者的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(ScRNA-Seq) | NA | RNA测序数据 | 10个心脏组织(4个健康供体和6个DCM患者) | NA | NA | NA | NA |
| 10469 | 2025-01-03 |
The heterogeneity of cellular metabolism in the tumour microenvironment of hepatocellular carcinoma with portal vein tumour thrombus
2025-Jan, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13738
PMID:39189673
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研究论文 | 本研究通过多组学组合全面分析了肝细胞癌(HCC)、门静脉癌栓(PVTT)和正常肝样本的代谢异质性 | 首次在多组学水平上描绘了HCC和PVTT中非恶性细胞的代谢异质性景观,并确定了PVTT形成和发展的代谢特征 | NA | 研究肝细胞癌及其门静脉癌栓的代谢异质性 | 肝细胞癌(HCC)、门静脉癌栓(PVTT)和正常肝样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、荧光多重免疫组化 | NA | RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组化数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10470 | 2025-01-03 |
Bayesian Phylogenetic Lineage Reconstruction with Loss of Heterozygosity Mutations Derived from Single-Cell RNA Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_1
PMID:39745633
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于单细胞RNA测序的贝叶斯方法,用于从推断的杂合性缺失(LOH)事件重建细胞谱系 | 使用单细胞RNA测序数据,结合贝叶斯方法重建细胞谱系,并标注细胞表型和发育时间点 | 该方法目前仅应用于特定小鼠模型,尚未广泛验证 | 研究细胞谱系重建方法,以了解细胞发育历史 | Emx1+皮质投射神经元和胶质细胞谱系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型 | RNA测序数据 | C57Bl/6J (B6) 和 CAST/EiJ (CA) 杂交F1小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 10471 | 2025-01-03 |
Lineage Recording in Human Brain Organoids with iTracer
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_5
PMID:39745637
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研究论文 | 本文详细介绍了iTracer在人类大脑类器官中记录细胞谱系的应用协议 | iTracer结合了报告基因条形码和可诱导的CRISPR-Cas9标记,与单细胞和空间转录组学兼容,用于探索大脑类器官发育过程中的克隆性和谱系动态 | NA | 研究人类器官发育过程中的细胞谱系关系 | 人类大脑类器官 | 生物医学工程 | NA | iTracer, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 单细胞和空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10472 | 2025-01-03 |
Clonal Tracking in the Mouse Brain with Single-Cell RNA-Seq
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_6
PMID:39745638
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研究论文 | 本文介绍了一种利用单细胞RNA测序技术在小鼠大脑中进行克隆追踪的方法 | 与传统基于稀疏荧光标记的方法相比,使用遗传条形码和单细胞RNA测序的克隆追踪方法具有超过100倍的吞吐量,并且使用的老鼠数量减少了10倍以上 | NA | 开发一种高吞吐量的克隆追踪方法,用于研究哺乳动物大脑中的细胞谱系关系 | 小鼠大脑中的细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 2周大的小鼠脑组织 | NA | NA | NA | NA |
| 10473 | 2025-01-03 |
LINNAEUS: Simultaneous Single-Cell Lineage Tracing and Cell Type Identification
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_12
PMID:39745644
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为LINNAEUS的策略,用于在数千个单细胞中同时进行谱系追踪和转录组分析 | LINNAEUS结合了单细胞RNA测序和谱系条码的计算分析,能够重建生物体范围内的单细胞谱系树 | NA | 理解细胞类型在发育、再生和疾病等过程中的起源 | 单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 数千个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 10474 | 2025-01-03 |
Paired Single-Cell Transcriptome and DNA Barcode Detection in Zebrafish Using ScarTrace
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_11
PMID:39745643
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研究论文 | 本文介绍了一种基于CRISPR/Cas9的遗传谱系追踪方法ScarTrace,用于在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行DNA条形码标记,并通过单细胞cDNA扩增和基因组DNA嵌套PCR分别捕获转录组和条形码序列 | ScarTrace方法结合了CRISPR/Cas9技术和单细胞转录组分析,能够在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行独特的DNA条形码标记,并实现克隆追踪和谱系树重建 | 该方法目前仅应用于斑马鱼模型,尚未在其他生物体中进行验证 | 研究斑马鱼胚胎发育过程中的细胞命运决定 | 斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞 | 遗传学 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞cDNA扩增, 基因组DNA嵌套PCR | NA | DNA序列, 转录组数据 | 斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 10475 | 2025-01-03 |
GEMLI: Gene Expression Memory-Based Lineage Inference from Single-Cell RNA-Sequencing Datasets
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_19
PMID:39745651
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研究论文 | 本文介绍了一种基于基因表达记忆的细胞谱系推断工具GEMLI,该工具仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系 | GEMLI通过基因表达记忆现象预测细胞谱系,无需依赖遗传标记或物理细胞分离,极大地简化并扩展了谱系注释 | NA | 开发一种仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系的工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达矩阵 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10476 | 2024-12-31 |
Selenium promotes neural development through the regulation of GPX4 and SEPP1 in an iPSC-derived neuronal model
2025-May, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本研究探讨了硒通过调控GPX4和SEPP1在iPSC衍生的神经元模型中对神经发育的促进作用 | 首次使用高生物利用度的硒纳米颗粒(SeNPs@LNT)在iPSC衍生的神经元模型中干预不同阶段的神经发育,并揭示了其通过激活PI3K/Akt/Nrf2信号通路调控硒蛋白的机制 | 研究主要基于体外模型,未在体内验证硒纳米颗粒的作用 | 探讨硒蛋白在不同神经元发育阶段的具体作用和机制 | iPSC衍生的神经元模型 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍(ASD) | 单细胞RNA测序 | iPSC-iNeuron模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10477 | 2024-12-30 |
Mouse Tail-Skin Dissociation and Preparation of Live Single-Cell Suspension for Downstream Analysis of Melanocytes
2025-Jan, Pigment cell & melanoma research
IF:3.9Q2
DOI:10.1111/pcmr.13216
PMID:39625901
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研究论文 | 本文开发了一种从小鼠尾皮中高效分离高质量活单细胞的方法,用于下游的黑色素细胞及其相互作用细胞的研究 | 开发了一种新的两阶段酶解步骤,结合碎片去除和活细胞富集,从小鼠尾皮中高效生成高活性的单细胞悬液 | 该方法主要针对小鼠尾皮,可能不适用于其他类型的皮肤组织 | 研究小鼠尾皮中黑色素细胞及其相互作用细胞的单细胞转录组分析 | 小鼠尾皮中的角质形成细胞、黑色素细胞和成纤维细胞 | 单细胞测序 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10478 | 2024-12-29 |
CXC chemokine receptor 4 - mediated immune modulation and tumor microenvironment heterogeneity in gastric cancer: Utilizing multi-omics approaches to identify potential therapeutic targets
2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.2130
PMID:39431668
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨了CXCR4在胃癌中的免疫调节功能及肿瘤微环境异质性 | 首次全面揭示了CXCR4在胃癌肿瘤微环境中的免疫调节作用及其与T细胞耗竭的关系 | 研究主要基于体外实验,缺乏体内实验验证 | 探索CXCR4在胃癌中的免疫调节功能及肿瘤微环境异质性,寻找潜在治疗靶点 | 胃癌细胞系AGS和SNU-1 | 肿瘤免疫学 | 胃癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、ELISA、PCR、CCK8实验、细胞划痕实验、集落形成实验 | NA | 基因表达数据、细胞实验数据 | 两种胃癌细胞系(AGS和SNU-1) | NA | NA | NA | NA |
| 10479 | 2024-12-29 |
Construction of mitochondrial quality regulation genes-related prognostic model based on bulk-RNA-seq analysis in multiple myeloma
2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.2135
PMID:39446019
|
研究论文 | 本文基于批量RNA测序分析,构建了与线粒体质量调控基因相关的多发性骨髓瘤预后模型 | 开发了一个与线粒体质量调控基因相关的预后模型,并利用多种生物信息学工具进行综合分析 | NA | 构建多发性骨髓瘤患者的线粒体质量调控基因相关预后模型 | 多发性骨髓瘤患者 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、突变分析、免疫浸润分析 | RiskScore模型 | RNA测序数据、突变数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10480 | 2024-12-29 |
Navigating the immune landscape with plasma cells: A pan-cancer signature for precision immunotherapy
2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England)
DOI:10.1002/biof.2142
PMID:39495620
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研究论文 | 本研究通过泛癌单细胞RNA测序分析,发现了一种新的浆细胞特征Plasma cell.Sig,能够显著预测患者对免疫治疗的反应 | 发现了一种新的浆细胞特征Plasma cell.Sig,并通过机器学习算法验证了其在预测免疫治疗反应中的优越性 | 未提及具体的研究局限性 | 提高对肿瘤微环境中内在和外在免疫景观的理解,并为更精确的生物标志物引导的免疫治疗方法铺平道路 | 癌症患者 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 多个队列的癌症患者 | NA | NA | NA | NA |