单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2025-09-02	Natural small molecule bergapten ameliorates rheumatoid arthritis by targeting STAT3 2025-Sep, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107878 PMID:40714303	研究论文	研究发现天然小分子佛手柑素通过靶向STAT3改善类风湿性关节炎	首次报道佛手柑素作为STAT3抑制剂治疗RA，并利用scRNA-seq揭示其调控炎症细胞互作的机制	机制研究部分依赖动物模型，尚未进行临床验证	探索天然小分子治疗类风湿性关节炎的疗效与机制	胶原诱导关节炎大鼠模型及滑膜组织细胞	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	动物疾病模型	基因表达数据	胶原诱导关节炎大鼠
1022	2025-09-02	From molecular chaos to precision medicine in the treatment of cardiac hypertrophy: A rational use of natural products by integrating artificial intelligence and multi-omics data 2025-Sep, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107898 PMID:40754044	综述	本文综述了结合天然产物、人工智能和多组学技术治疗心脏肥大的创新策略	整合AI与多组学数据，提出天然产物在精准医疗中的理性应用新范式	NA	探索心脏肥大的精准药物治疗策略，实现从症状管理向疾病逆转的转变	心脏肥大（CH）的分子机制与治疗靶点	精准医疗	心血管疾病	多组学技术、单细胞空间转录组学、AI驱动方法	机器学习算法	多组学数据	NA
1023	2025-09-02	Immunoregulatory Endothelial Cells Interact With T Cells After Myocardial Infarction 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326145 PMID:40735785	研究论文	本研究揭示了心肌梗死后心脏内皮细胞的一种新型免疫调节功能，通过单细胞RNA测序和空间转录组学鉴定出一种免疫调节内皮细胞表型	首次发现并表征了心肌梗死后出现的CD45+CD11b+Cdh5+免疫调节内皮细胞表型(IMEC)，并阐明其通过IFN-γ信号通路诱导T细胞活化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性和临床转化价值需要进一步验证	探究心肌梗死后内皮细胞的免疫调节功能及其分子机制	小鼠心肌梗死模型中的内皮细胞和T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 骨髓移植, 谱系追踪实验	NA	基因表达数据, 空间定位数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
1024	2025-09-02	Bacterial Infections Shape Cardiac Macrophages' Response to Ischemia 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325147 PMID:40735767	研究论文	研究细菌感染如何通过改变心脏巨噬细胞特性加剧后续心肌缺血损伤	首次发现细菌感染后心脏巨噬细胞形成两个新亚群，并揭示其通过代谢活性和趋化特性放大缺血后炎症的机制	NA	探究细菌感染对心脏髓系细胞的长期影响及其在后续心肌缺血中的作用	心脏免疫细胞、外周白细胞、骨髓和脾脏中的造血干细胞与祖细胞	免疫学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、纳米颗粒介导的RNA干扰	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	NA
1025	2025-09-02	Leveraging RNA-seq deconvolution to improve complex in vitro model characterization 2025-Jul-21, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110510 PMID:40701251	研究论文	本文评估RNA-seq反卷积方法在复杂体外模型细胞组成分析中的应用与优化	利用公开scRNA-seq数据集通过反卷积方法预测复杂体外模型的细胞比例，并评估不同插补方法对反卷积准确性的提升	反卷积方法的准确性存在显著差异，需依赖不断增长的单细胞数据资源	开发复杂体外模型的表征方法以支持毒理学和药物研发	基于干细胞的人肠道类器官模型和新生啮齿动物睾丸模型	计算生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, 反卷积分析	NA	bulk RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	两种复杂体外模型系统
1026	2025-09-01	Exosomal gene signature in esophageal carcinoma: Insights from single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Aug-14, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102490 PMID:40816225	研究论文	本研究结合单细胞和bulk RNA测序数据，开发并验证了一个与食管癌外泌体相关的九基因风险特征模型	首次整合单细胞和bulk RNA测序数据构建外泌体相关基因特征，并实验验证HAPLN3的肿瘤抑制功能	需要在外泌体特异性免疫治疗队列中进行进一步验证	开发食管鳞状细胞癌的预后生物标志物并探索其免疫治疗指导潜力	食管鳞状细胞癌(ESCA)患者	生物信息学	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归	九基因风险模型	RNA测序数据	TCGA-ESCA、GSE53625、GSE196756等多个队列数据
1027	2025-09-01	Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication 2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020 PMID:40798884	研究论文	研究发现人肺来源的外泌体通过细胞间通讯增强造血干细胞的自我更新和移植能力	首次揭示肺细胞通过外泌体通讯调控造血干细胞稳态，突破传统骨髓微环境单一调控的认知	研究主要基于实验条件，临床转化潜力尚需进一步验证	探究肺源外泌体对造血干细胞功能的调控机制	人造血干细胞和肺小气道上皮细胞	细胞生物学	血液疾病（镰状细胞病、骨髓衰竭）	单细胞外泌体追踪、单细胞RNA测序、外泌体miRNA分析、蛋白质组学、体内移植实验	NA	单细胞测序数据、miRNA数据、蛋白质数据	NA（未明确样本数量，但涉及原代细胞实验和移植研究）
1028	2025-09-01	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx3800 PMID:40705858	研究论文	介绍PEtracer技术，一种基于prime editing的演化谱系追踪方法，用于高分辨率绘制细胞状态和谱系动态	开发了兼容单细胞测序和多模态成像的prime editing谱系追踪技术，可在保留组织空间背景的同时联合分析细胞状态和谱系	NA	绘制发育和疾病中细胞命运决定的时空动态	小鼠肿瘤转移模型中的细胞	生物技术	肿瘤	prime editing, MERFISH空间转录组分析	NA	空间转录组数据，成像数据	NA
1029	2025-09-01	Spatial isoform sequencing at sub-micrometer single-cell resolution reveals novel patterns of spatial isoform variability in brain cell types 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661563 PMID:40667010	研究论文	开发并应用高分辨率空间异构体测序技术Spl-ISO-Seq2，揭示小鼠大脑中细胞类型内空间异构体变异的新模式	实现220纳米点大小和500纳米分辨率的亚微米单细胞分辨率空间测序，首次在兴奋性神经元等特定细胞类型中证实空间异构体变异的存在	NA	解析大脑空间转录组中异构体水平的变异模式，区分细胞类型内变异与区域间细胞丰度差异	成年小鼠大脑组织	空间转录组学	NA	Spl-ISO-Seq2, 长读长测序	NA	空间转录组数据	NA
1030	2025-09-01	Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data 2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643160 PMID:40161614	研究论文	提出基于图神经网络的细胞分割工具Segger，用于成像空间转录组数据中快速准确的转录本-细胞分配	将细胞分割转化为转录本-细胞链接预测任务，利用异构图表示和单细胞RNA-seq信息提升分配准确性	NA	解决成像空间转录组技术中转录本细胞来源分配的准确性问题	成像空间转录组数据中的细胞和转录本	数字病理学	NA	成像空间转录组技术，单细胞RNA-seq	图神经网络(GNN)	空间转录组成像数据	多个Xenium数据集基准测试
1031	2025-08-31	Integrated multidimensional bioinformatics analysis of the molecular mechanisms of ulcerative colitis-associated colorectal cancer and MMP1 as a potential therapeutic target 2025-Sep, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-025-00917-5 PMID:40681672	研究论文	通过整合多组学分析探索溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制并识别MMP1作为潜在治疗靶点	首次结合孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序揭示MMP1通过免疫微环境调节发挥保护作用，并预测ilomastat作为新型抑制剂	研究依赖于公共数据库数据，需实验验证MMP1机制和ilomastat疗效	解析UC相关CRC的分子机制并寻找治疗靶点	溃疡性结肠炎和结直肠癌的分子数据与基因表达谱	生物信息学	结直肠癌	多组学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接	生物网络分析	基因组、转录组、蛋白质组数据	来自GEO、TCGA和GWAS数据库的多组学数据集
1032	2025-08-31	Immune signaling mediates stromal changes to support epithelial reprogramming in celiac duodenum 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116039 PMID:40694474	研究论文	通过单细胞RNA测序分析乳糜泻十二指肠中免疫信号介导的基质变化以支持上皮重编程	构建了迄今最全面的乳糜泻单细胞RNA测序数据集，揭示了成纤维细胞通过IL-1β和IFN-γ介导支持上皮干细胞重编程的新机制	NA	研究乳糜泻中细胞间通信机制及组织水平细胞动态响应	乳糜泻患者和对照组的十二指肠组织样本	单细胞测序分析	乳糜泻	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	21例活动性乳糜泻和11例对照十二指肠样本，共203,555个细胞
1033	2025-08-31	A STAT3/integrin axis accelerates pancreatic cancer initiation and progression 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116010 PMID:40701148	研究论文	本研究揭示了STAT3通过调控ITGB3表达加速胰腺癌发生发展的新机制	发现STAT3通过染色质可及性调控ITGB3表达的塑性调控机制，并建立了一个18基因特征用于生存分层	NA	探究STAT3信号通路在胰腺导管腺癌进展中的调控机制	胰腺导管腺癌细胞	癌症生物学	胰腺癌	ChIP-seq, 单细胞转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
1034	2025-08-31	Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes radioresistance in non-small-cell lung cancer 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116018 PMID:40711881	研究论文	本研究探讨癌症相关成纤维细胞（CAFs）来源的Fibulin-5通过抑制铁死亡促进非小细胞肺癌放疗抵抗的机制	首次揭示CAFs通过分泌Fibulin-5激活整合素αVβ5/Src-STAT3通路并抑制ACSL4表达，从而削弱放疗诱导的铁死亡过程	NA	鉴定预测放疗疗效的CAF表达分子并阐明非小细胞肺癌放疗抵抗机制	非小细胞肺癌患者组织样本、癌症相关成纤维细胞及癌细胞系	肿瘤生物学	肺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、基因敲低、临床组织分析	NA	基因表达数据、临床数据	复发患者组织样本（具体数量未明确说明）
1035	2025-08-31	A basophil-fibroblast pro-inflammatory axis fuels type 2 skin inflammation 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116114 PMID:40782349	研究论文	本研究通过单细胞时空图谱揭示了嗜碱性粒细胞与成纤维细胞之间的促炎轴在2型皮肤炎症中的关键作用	首次发现嗜碱性粒细胞通过分泌OSM和IL-4协同激活促炎性成纤维细胞，形成正向反馈循环驱动免疫细胞招募	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	解析2型皮肤炎症的细胞机制并识别治疗靶点	小鼠皮肤炎症模型（MC903和oxazolone诱导的皮炎）	免疫学	特应性皮炎	MERFISH, scRNA-seq	NA	单细胞空间转录组数据	约430,000个细胞
1036	2025-08-31	Gut commensal microbiota drive tailored macrophage responses 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116157 PMID:40828655	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类巨噬细胞对多种共生菌的响应，揭示其异质性和菌种特异性	首次大规模使用单细胞RNA测序（74,476个细胞）研究人类巨噬细胞对15种共生菌的响应，发现菌种特异性和Gram状态影响的转录簇	研究使用单核细胞衍生的巨噬细胞，可能不完全代表体内原生巨噬细胞行为	探究人类巨噬细胞对不同共生菌的异质性免疫响应机制	人类单核细胞衍生的巨噬细胞和15种主要共生细菌	免疫学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	74,476个单核细胞衍生的巨噬细胞，暴露于15种细菌
1037	2025-08-31	Biallelic BRF2 mutations disrupt redox homeostasis as etiological factors in syndromic immunodeficiency and developmental disorders 2025-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.006 PMID:40781771	研究论文	本研究通过鉴定双等位基因BRF2突变，揭示了其通过破坏RNA Pol III转录导致氧化还原稳态失衡，进而引发综合征性免疫缺陷和发育异常的分子机制	首次建立BRF2功能缺陷与氧化还原稳态破坏之间的致病性联系，并发现其对GPX1和GPX4等关键氧化还原调节基因的特异性影响	研究基于单个家族病例，样本规模有限，且分子机制的深入验证仍需进一步实验	阐明BRF2突变相关遗传疾病的分子发病机制及其与多系统异常、恶性肿瘤和原发性免疫缺陷的关联	携带复合杂合BRF2变异的家族病例，表现为多系统异常、恶性肿瘤和原发性免疫缺陷	遗传学与分子病理学	免疫缺陷疾病	全外显子组测序，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	1个家族病例（包含先证者及其家系成员）
1038	2025-08-31	Deciphering the tumor immune microenvironment: single-cell and spatial transcriptomic insights into cervical cancer fibroblasts 2025-Jul-05, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03432-5 PMID:40616092	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，解析宫颈癌肿瘤免疫微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性及其功能作用	首次在宫颈癌中系统鉴定出六种成纤维细胞亚型，并揭示C0 MYH11⁺成纤维细胞通过MDK-SDC1信号轴在肿瘤进展中的关键作用	研究结果仅部分揭示了CAFs的免疫调节功能，需要进一步验证MDK-SDC1通路的治疗潜力	解析宫颈癌肿瘤免疫微环境中成纤维细胞的异质性并探索免疫治疗新靶点	宫颈癌患者的肿瘤组织和细胞系	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 反卷积分析, FACS, 多重免疫荧光	预后预测模型	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, bulk RNA-seq数据	人类宫颈癌组织样本和培养细胞系
1039	2025-08-31	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2025-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09002-1 PMID:40369080	研究论文	本研究揭示了人类特异性增强子HARE5通过调控神经祖细胞增殖和神经发生能力，精细调节皮层发育和连接性	首次通过基因组编辑的小鼠和灵长类模型证明人类特异性HARE5增强子通过放大WNT信号通路促进神经祖细胞增殖，从而驱动人类大脑皮层扩张	NA	探究人类加速区域（HARs）在物种特异性皮层发育中的功能贡献	基因组编辑的小鼠模型、灵长类模型、人类和黑猩猩神经祖细胞及皮层类器官	发育生物学	NA	基因组编辑、单细胞RNA测序、固定和活体成像、谱系分析	NA	基因组数据、转录组数据、成像数据	多种转基因动物模型和体外细胞模型
1040	2025-08-31	Setdb1 ablation in macrophages attenuates fibrosis in heart allografts 2025-Jul, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424534122 PMID:40553495	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示Setdb1在巨噬细胞中通过组蛋白甲基化调控纤维化过程，并验证其缺失可延长心脏移植物存活并抑制肿瘤组织纤维化	首次发现巨噬细胞中Setdb1介导的组蛋白甲基化重编程是心脏移植物和肿瘤组织纤维化的关键机制，并鉴定CCR2-Creb/Setdb1轴-FN1-受体通路	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚不充分；机制细节如特异性受体相互作用需进一步探索	探究巨噬细胞中Setdb1在纤维化形成中的作用及其治疗潜力	人和小鼠的心脏移植物及肿瘤组织中的巨噬细胞和成纤维细胞	免疫学与纤维化疾病机制	心血管疾病与肿瘤	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、基因敲除	NA	单细胞转录组数据	人和小鼠的心脏移植物及肿瘤组织样本（具体数量未明确说明）