单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2025-03-30	Seq-Scope: repurposing Illumina sequencing flow cells for high-resolution spatial transcriptomics 2025-Mar, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01065-0 PMID:39482362	研究论文	Seq-Scope技术通过重新利用Illumina测序平台，实现高分辨率、高内容的空间转录组分析	Seq-Scope提供了亚微米级分辨率、高捕获效率、快速周转时间和精确的病理学注释，成本远低于商业替代方案	需要研究人员具备分子生物学、组织学和基本Unix技能，且组织处理和文库制备等步骤仍需手动操作	克服现有空间转录组技术的低分辨率、有限转录覆盖、复杂程序、差的可扩展性和高成本等限制	新鲜冷冻组织切片	空间转录组学	NA	Illumina测序	NA	转录组数据	多个组织切片，覆盖面积7 mm × 7 mm或更大
1022	2025-03-30	Radiotherapy-resistant prostate cancer cells escape immune checkpoint blockade through the senescence-related ataxia telangiectasia and Rad3-related protein 2025-Mar, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12636 PMID:39698847	research paper	该研究揭示了放疗抵抗的前列腺癌细胞通过衰老相关的ATR蛋白逃避免疫检查点阻断的分子机制	首次发现细胞质ATR通过磷酸化CD86并增强其与E3连接酶MARCH1的相互作用，从而促进前列腺癌细胞逃避免疫检测	研究主要基于LNCaP细胞系和小鼠模型，临床样本验证有限	阐明前列腺癌细胞对放疗后免疫检查点阻断抵抗的分子机制	放疗抵抗的前列腺癌细胞	肿瘤免疫学	前列腺癌	scRNA-seq, 免疫组化, 免疫共沉淀, 突变分析, Western blotting	小鼠异种移植模型	RNA测序数据, 蛋白质相互作用数据	LNCaP细胞系和临床患者样本
1023	2025-03-30	Novel biallelic MCMDC2 variants were associated with meiotic arrest and nonobstructive azoospermia 2025-Mar-01, Asian journal of andrology IF:3.0Q1 DOI:10.4103/aja202495 PMID:39789727	研究论文	本研究通过全外显子测序在768名非梗阻性无精子症患者中检测到MCMDC2基因的四种双等位基因有害变异，揭示了这些变异与减数分裂停滞和精子发生减少的关系	首次发现MCMDC2基因的双等位基因有害变异与非梗阻性无精子症相关，并揭示了其在精子发生中的功能	样本量相对较小（768名患者），且未探讨这些变异在其他人群中的普遍性	探究非梗阻性无精子症的遗传病因	768名非梗阻性无精子症患者	生殖医学	男性不育症	全外显子测序（WES）、苏木精-伊红染色（H&E）、免疫荧光染色（IF）、单细胞RNA测序、生物信息学分析	NA	基因组数据、RNA测序数据、组织学图像数据	768名非梗阻性无精子症患者
1024	2025-03-30	Targeting Mesothelin Enhances Personalized Neoantigen Vaccine Induced Antitumor Immune Response in Orthotopic Pancreatic Cancer Mouse Models 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407976 PMID:39887656	研究论文	本研究探讨了靶向间皮素（MSLN）如何增强个性化新抗原疫苗在胰腺癌小鼠模型中的抗肿瘤免疫反应	发现MSLN表达与肿瘤中细胞毒性T细胞呈负相关，并证明抗MSLN抗体与新抗原肽疫苗联合使用可显著提高T细胞浸润和抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型，人类胰腺癌组织中的验证仍需进一步研究	探索提高胰腺癌免疫治疗效果的新策略	胰腺癌小鼠模型和人类胰腺癌组织	肿瘤免疫学	胰腺癌	多免疫荧光染色、单细胞转录组分析	小鼠皮下和原位胰腺癌模型	组织微阵列数据、单细胞转录组数据	三个数据集和多个组织微阵列样本
1025	2025-03-30	NGR-Modified CAF-Derived exos Targeting Tumor Vasculature to Induce Ferroptosis and Overcome Chemoresistance in Osteosarcoma 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410918 PMID:39889249	研究论文	本研究探讨了使用NGR修饰的CAF来源的外泌体靶向肿瘤血管，通过促进自噬依赖性铁死亡来逆转骨肉瘤化疗耐药性的潜力	首次利用NGR修饰的CAF来源的外泌体递送circ_0004872编码的小肽，通过促进自噬依赖性铁死亡逆转骨肉瘤化疗耐药性	NA	克服骨肉瘤化疗耐药性	骨肉瘤细胞	肿瘤治疗	骨肉瘤	单细胞转录组分析、高通量测序	NA	转录组数据	NA
1026	2025-03-30	Cardiomyocyte Foxp1-Specific Deletion Promotes Post-injury Heart Regeneration via Targeting Usp20-HIF1ɑ-Hand1 Signaling Pathway 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412124 PMID:39899693	research paper	本研究揭示了Foxp1通过调控Usp20-HIF1ɑ-Hand1信号通路促进心肌细胞增殖和心脏再生的机制	首次发现Foxp1在出生后损伤心肌细胞增殖和心脏再生中的作用，并揭示了其通过Usp20-HIF1ɑ-Hand1信号通路调控心肌细胞代谢转变的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类心脏再生中验证	探究Foxp1在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用及其分子机制	心肌细胞和心脏再生过程	心血管疾病	心血管疾病	单细胞转录组分析、腺相关病毒9(AAV9)介导的基因诱导	基因敲除和功能获得小鼠模型	基因表达数据、功能实验数据	NA
1027	2025-03-30	Longitudinal MRI-Driven Multi-Modality Approach for Predicting Pathological Complete Response and B Cell Infiltration in Breast Cancer 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413702 PMID:39921294	研究论文	本研究开发了一种基于纵向MRI的多模态模型，用于预测乳腺癌患者对新辅助治疗的病理完全缓解及B细胞浸润情况	整合了纵向MRI空间栖息地放射组学、转录组学和单细胞RNA测序数据，捕捉治疗过程中肿瘤内部的动态异质性	需要在不同患者群体和临床环境中进行前瞻性验证以确认其普适性	提高乳腺癌新辅助治疗病理完全缓解预测的准确性	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	MRI、转录组学、单细胞RNA测序	多模态模型	影像、转录组、单细胞RNA测序数据	来自12个中心的2279名患者
1028	2025-03-30	Single-cell transcriptome sequencing reveals the immune microenvironment in bronchoalveolar lavage fluid of checkpoint inhibitor-related pneumonitis 2025-Mar-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03983-8 PMID:40024929	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，揭示了检查点抑制剂相关肺炎（CIP）患者支气管肺泡灌洗液中的免疫微环境	首次在严重CIP患者中发现了一类未报道的上皮细胞——异常基底样细胞，并揭示了其通过CXCL3/5-CXCR2途径招募和激活中性粒细胞的机制	样本量较小（仅11例患者），且仅分析了支气管肺泡灌洗液，未涉及其他组织或体液	阐明不同严重程度CIP的免疫微环境和分子机制	检查点抑制剂相关肺炎（CIP）患者的支气管肺泡灌洗液	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	11例CIP患者的121,409个高质量细胞
1029	2025-03-30	Comprehensive analysis and experimental validation of disulfidptosis-associated prognostic signature and immune microenvironment characterization of gastric cancer 2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03883-3 PMID:39998563	research paper	该研究通过综合分析胃癌中与双硫死亡相关的基因表达，建立了一个预后模型，并通过实验验证了APC11基因在胃癌中的作用	首次将双硫死亡相关基因（DPAGs）与胃癌预后模型结合，并通过单细胞测序和体外实验验证了APC11的功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	探索双硫死亡在胃癌发生发展中的作用，并建立基于DPAGs的预后模型	胃癌组织和细胞	digital pathology	gastric cancer	单细胞测序、siRNA、qRT-PCR、Western blot、CCK-8、Transwell实验	LASSO回归和Cox回归模型	基因表达数据、单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括正常和胃癌组织及细胞
1030	2025-03-30	Spatial transcriptomics reveals prognostically LYZ+ fibroblasts and colocalization with FN1+ macrophages in diffuse large B-cell lymphoma 2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03968-7 PMID:39998673	研究论文	本研究通过空间转录组学等多组学方法，识别并表征了弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）肿瘤微环境中的成纤维细胞和肿瘤相关巨噬细胞亚型，揭示了LYZ+成纤维细胞和FN1+巨噬细胞的预后相关性	首次通过空间转录组学等多组学整合分析，识别了DLBCL中具有预后意义的LYZ+成纤维细胞亚型及其与FN1+巨噬细胞的共定位关系	样本量相对有限（空间转录组学n=11），且部分验证在非小细胞肺癌患者中进行，可能影响DLBCL特异性结论的普适性	探究DLBCL肿瘤微环境中成纤维细胞和巨噬细胞亚型的预后价值及其分子特征	弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者和非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	空间转录组学、bulk转录组学、免疫组化（IHC）、多重免疫荧光（mIF）	随机森林分析、单变量Cox回归	转录组数据、蛋白质表达数据、自身抗体数据	空间转录组学11例，bulk转录组学2499例，IHC37例，mIF56例，血浆样本240例
1031	2025-03-30	NKG2D blockade impairs tissue-resident memory T cell accumulation and reduces chronic lung allograft dysfunction 2025-Feb-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.184048 PMID:39989456	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序，发现NKG2D阻断可以影响细胞毒性CD8+组织驻留记忆T细胞的积累，从而减少慢性肺移植功能障碍	首次揭示了NKG2D在慢性肺移植功能障碍中的作用，并提出了NKG2D作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索慢性肺移植功能障碍（CLAD）的潜在治疗靶点	肺移植后的T细胞，特别是CD8+组织驻留记忆T细胞（TRMs）	免疫学	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序，TCR测序	小鼠原位肺移植模型	RNA测序数据	来自CLAD肺、肺引流淋巴结以及疾病和非疾病对照的T细胞
1032	2025-03-30	CD4+ T cell-innate immune crosstalk is critical during Staphylococcus aureus craniotomy infection 2025-Feb-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183327 PMID:39989461	research paper	该研究探讨了CD4+ T细胞与先天免疫系统在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的关键交互作用	揭示了Th1和Th17样CD4+ T细胞在控制金黄色葡萄球菌感染中的协同作用，以及它们与单核细胞/巨噬细胞的广泛交互	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探究CD4+ T细胞在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的功能重要性	小鼠模型中的CD4+ T细胞和先天免疫细胞	免疫学	细菌感染	scRNA-Seq	小鼠感染模型	基因表达数据	WT动物和Rag1-/-小鼠
1033	2025-03-30	Effect of aging on pulmonary cellular responses during mechanical ventilation 2025-Feb-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185834 PMID:39946196	研究论文	研究老龄化对机械通气期间肺部细胞反应的影响	揭示了老龄化导致机械通气期间肺部表面活性物质功能、炎症信号和微血管通透性的改变，并通过单细胞RNA-Seq分析了细胞特异性转录变化	研究仅使用雄性小鼠，未考虑性别差异；未涉及人类样本	探讨老龄化对机械通气期间肺部细胞反应的影响	年轻和老龄雄性小鼠	呼吸系统疾病研究	急性呼吸窘迫综合征(ARDS)	单细胞RNA-Seq	NA	基因表达数据	年轻和老龄雄性小鼠
1034	2025-03-30	Inhibition of histone methyltransferase EZH2 for immune interception of colorectal cancer in Lynch syndrome 2025-Feb-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177545 PMID:39946195	research paper	该研究探讨了EZH2抑制剂GSK503在林奇综合征（LS）小鼠模型和离体结肠类器官中对免疫调节途径、肿瘤发生和表观遗传重编程的影响	首次揭示了EZH2抑制剂通过表观遗传重编程增强LS小鼠免疫反应的机制，并展示了其作为癌症预防策略的潜力	研究仅在小鼠模型和离体类器官中进行，尚未进行人体临床试验	开发针对林奇综合征患者的免疫拦截策略以预防结直肠癌发生	林奇综合征小鼠模型和离体结肠类器官	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）	小鼠模型	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量，但使用了小鼠模型和离体结肠类器官
1035	2025-03-30	Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100766 PMID:39914388	研究论文	本文提出了一种名为CLEANSER的混合模型，用于过滤单细胞CRISPR筛选中的环境gRNAs，以提高gRNA细胞分配的准确性	开发了CLEANSER模型，结合gRNA和细胞特异性归一化参数，有效过滤环境gRNAs并提高单细胞RNA测序CRISPR筛选的准确性	NA	提高单细胞CRISPR筛选实验中gRNA细胞分配的准确性，减少环境gRNAs带来的噪声	单细胞RNA测序CRISPR筛选中的环境gRNAs	基因组学	NA	单细胞RNA测序CRISPR筛选（perturb-seq）	混合模型（CLEANSER）	单细胞RNA测序数据	NA
1036	2025-03-30	Regulation of lung progenitor plasticity and repair by fatty acid oxidation 2025-Feb-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.165837 PMID:39927460	研究论文	本文探讨了脂肪酸氧化（FAO）在调节肺祖细胞可塑性和修复中的作用，特别是在特发性肺纤维化（IPF）中的影响	揭示了FAO基因在IPF肺肺泡上皮细胞中表达显著减少，以及CPT1a抑制导致线粒体功能障碍和异常中间状态细胞的产生	研究主要基于小鼠模型，人类IPF患者中的直接证据仍需进一步验证	研究FAO代谢途径在肺祖细胞修复反应和肺纤维化发展中的作用	肺泡上皮细胞、肺祖细胞、特发性肺纤维化（IPF）	分子生物学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、组织染色	小鼠模型	基因表达数据、组织染色图像	未明确提及具体样本数量
1037	2025-03-30	Targeting fibroblast-endothelial cell interactions in LAM pathogenesis using 3D spheroid models and spatial transcriptomics 2025-Feb-04, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187899 PMID:39903528	research paper	本研究探讨了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）发病机制中成纤维细胞与内皮细胞的相互作用，并提出了潜在的治疗策略	使用3D球体模型和空间转录组学技术揭示了LAM中成纤维细胞与内皮细胞相互作用的新机制，并验证了多激酶抑制剂索拉非尼的治疗潜力	研究主要基于体外模型，需要进一步在体内验证这些发现	探索LAM发病机制并寻找新的治疗靶点	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）相关成纤维细胞（LAMFs）和淋巴内皮细胞（LECs）	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics, 3D coculture spheroid model, kinase arrays	3D spheroid model	transcriptomic data, protein expression data	原发性LAMFs和LECs，TSC2缺失型肾血管平滑肌脂肪瘤（TSC2-null AML）细胞
1038	2025-03-30	A single-cell atlas of normal and KRASG12D-malformed lymphatic vessels 2025-Jan-28, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185181 PMID:39874106	research paper	该研究通过单细胞RNA测序构建了正常和KRASG12D畸变的淋巴管图谱，揭示了KRAS突变对淋巴管成熟的损害机制	首次构建了正常和KRASG12D畸变淋巴管的单细胞图谱，并发现KRAS突变会损害淋巴管成熟	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明KRAS介导的复杂淋巴管异常(CLAs)的具体机制	野生型小鼠和KrasG12D小鼠的肺淋巴管内皮细胞(LECs)	单细胞测序	复杂淋巴管异常	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	成年野生型小鼠和KrasG12D小鼠的肺淋巴管内皮细胞，整合了4个发育阶段的数据
1039	2025-03-30	Orchestrated response from heterogenous fibroblast subsets contributes to repair from surgery-induced stress after airway reconstruction 2025-Jan-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186263 PMID:39836476	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了气道重建手术后的成纤维细胞亚群及其在手术诱导应激反应中的作用	首次鉴定了5种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在气道重建中的不同功能和空间分布	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究气道重建手术后成纤维细胞在伤口愈合和纤维化过程中的作用机制	小鼠气道组织中的成纤维细胞亚群	单细胞转录组学	气道疾病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	基因表达数据	NA
1040	2025-03-30	RBM47 is a novel immunotherapeutic target and prognostic biomarker in gliomas 2025-01-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84719-z PMID:39757245	研究论文	本研究探讨了RNA结合蛋白RBM47在胶质瘤免疫景观和肿瘤免疫反应中的作用	首次全面研究了RBM47在胶质瘤中的免疫调节作用，并证实其作为独立预后预测因子的价值	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证RBM47的具体作用机制	探究RBM47在胶质瘤免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	胶质瘤患者和正常组织	肿瘤免疫学	胶质瘤	生物信息学分析、免疫组化、免疫荧光、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA训练组和CGGA验证组的数据