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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10281 | 2025-10-07 |
APMAT analysis reveals the association between CD8 T cell receptors, cognate antigen, and T cell phenotype and persistence
2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.08.631993
PMID:39829843
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研究论文 | 开发APMAT框架用于高通量捕获和分析CD8 T细胞,揭示抗原-TCR对的理化特征与T细胞表型和持久性的关联 | 首次提出整合实验与计算的APMAT框架,能够同时捕获抗原、TCR序列和单细胞转录组数据 | 研究样本仅限于HLA A*02:01基因型的COVID-19参与者 | 阐明CD8 T细胞受体、抗原和T细胞表型之间的关联关系 | CD8 T细胞及其受体、SARS-CoV-2病毒抗原 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序, TCR测序 | 计算分析框架 | 单细胞RNA测序数据, TCR序列数据 | 62名HLA A*02:01 COVID-19参与者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10282 | 2025-10-07 |
TDO2 + cancer-associated fibroblasts mediate cutaneous squamous cell carcinoma immune escape via impeding infiltration of CD8 + T cells
2025-Jan-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03921-0
PMID:39751882
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研究论文 | 本研究揭示TDO2+癌症相关成纤维细胞通过抑制CD8+T细胞浸润介导皮肤鳞状细胞癌免疫逃逸的机制 | 首次报道TDO2在cSCC的CAFs中高表达及其通过抑制CD8+T细胞浸润促进免疫逃逸的作用机制 | NA | 探索皮肤鳞状细胞癌免疫逃逸的分子机制 | 皮肤鳞状细胞癌组织、癌症相关成纤维细胞、CD8+T细胞 | 单细胞生物学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、RNA测序分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10283 | 2025-10-07 |
Identification of EGR1 as a Key Diagnostic Biomarker in Metabolic Dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease (MASLD) Through Machine Learning and Immune Analysis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S499396
PMID:39925925
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研究论文 | 通过机器学习和免疫分析鉴定EGR1作为代谢功能障碍相关脂肪性肝病的关键诊断生物标志物 | 首次结合多种机器学习方法和免疫分析鉴定EGR1作为MASLD的关键诊断生物标志物,并构建了TF-miRNA-mRNA调控网络 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多实验验证 | 识别MASLD的有效诊断生物标志物并探索其发病机制 | MASLD患者基因表达数据、AML-12细胞系、MCD小鼠模型 | 机器学习 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 微阵列分析、单细胞RNA测序、机器学习算法 | LASSO, SVM, Random Forest | 基因表达数据 | 六个GEO数据集,包括训练集和验证集 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 10284 | 2025-10-07 |
Crosstalk of SPINK4 Expression With Patient Mortality, Immunotherapy and Metastasis in Pan-Cancer Based on Integrated Multi-Omics Analyses
2025, OncoTargets and therapy
IF:2.7Q3
DOI:10.2147/OTT.S487126
PMID:39926372
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研究论文 | 基于多组学分析揭示SPINK4基因表达与泛癌患者死亡率、免疫治疗和转移的相互作用 | 首次系统研究SPINK4在泛癌中的表达特征及其与肿瘤微环境、干细胞特性、免疫浸润和化疗敏感性的关联 | 研究主要基于TCGA数据库分析,实验验证仅限于结肠腺癌细胞系 | 探究SPINK4在不同癌症类型中的功能及其与肿瘤进展的关系 | 泛癌患者组织样本和结肠腺癌细胞系(HCT116和RKO) | 生物信息学 | 泛癌 | 多组学分析,单细胞测序,伤口愈合实验,Transwell实验 | Kaplan-Meier生存分析,Pearson相关分析 | 基因组数据,转录组数据,临床数据 | TCGA数据库中的泛癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,多组学分析 | NA | NA |
| 10285 | 2025-10-07 |
Progress in Assessing Retinal Microglia Using Single-Cell RNA Sequencing
2025, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-031-76550-6_24
PMID:39930187
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研究论文 | 比较两种视网膜细胞制备方法和三种数据库整合算法在评估视网膜小胶质细胞方面的效果 | 首次系统比较胶原酶消化+FACS富集与木瓜蛋白酶全视网膜消化两种方法,以及CCA、RPCA和Harmony三种整合算法在视网膜小胶质细胞研究中的表现 | 仅针对健康视网膜进行研究,未涉及病变状态下的验证 | 评估不同细胞制备方法和数据分析算法在视网膜小胶质细胞研究中的适用性 | 视网膜小胶质细胞 | 单细胞分析 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | CCA, RPCA, Harmony | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10286 | 2025-10-07 |
Mesenchymal retinoic acid signaling is required for normal diaphragm development in mice
2025-Feb-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202402182R
PMID:39921473
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和转基因技术揭示了间充质维甲酸信号在小鼠膈肌正常发育中的关键作用 | 首次在发育中膈肌进行单细胞RNA测序分析,并特异性抑制间充质维甲酸信号证明其与先天性膈疝的直接因果关系 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 更好地理解膈肌发育和先天性膈疝的病因学 | 小鼠胚胎发育中的膈肌组织 | 发育生物学 | 先天性膈疝 | 单细胞RNA测序,条件性基因敲入 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确样本数量的小鼠胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10287 | 2025-10-07 |
Exploring Origin-Dependent Susceptibility of Smooth Muscle Cells to Aortic Diseases Through Intersectional Genetics
2025-Feb-10, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究开发了一种双重组酶介导的交集遗传系统,用于精确靶向不同发育来源的平滑肌细胞,探索其在主动脉疾病中的易感性 | 开发了先进的交集遗传系统,能够精确靶向不同发育来源的平滑肌细胞亚型 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探索不同发育来源的平滑肌细胞对主动脉疾病的易感性差异 | 小鼠主动脉平滑肌细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 交集遗传学, 基因敲除 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10288 | 2025-10-07 |
Retrotrans-genomics identifies aberrant THE1B endogenous retrovirus fusion transcripts in the pathogenesis of sarcoidosis
2025-Feb-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56567-6
PMID:39920152
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研究论文 | 通过逆转录基因组学方法鉴定THE1B内源性逆转录病毒融合转录本在结节病发病机制中的作用 | 首次发现19个THE1B融合转录本,其中15个为先前未注释的,并揭示其在结节病中的特异性表达模式 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 探究THE1B内源性逆转录病毒融合转录本在结节病发病机制中的作用 | 结节病肌病患者和对照组的肌肉组织样本 | 基因组学 | 结节病 | 短读长和长读长RNA-seq,单细胞/单核RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 16例结节病肌病患者和400例其他肌肉疾病对照 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq,单核RNA-seq | NA | NA |
| 10289 | 2025-10-07 |
Multiomics identify the gene expression signature of the spinal cord during aging process
2025-Feb-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07475-4
PMID:39920442
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了衰老过程中脊髓的基因表达特征及其与铁死亡抵抗的关系 | 首次结合空间转录组学和批量RNA测序技术系统揭示衰老脊髓的转录组特征,发现Fth1基因在衰老混合胶质细胞铁死亡抵抗中的核心作用 | 研究主要聚焦于基因表达层面,对蛋白质水平和功能验证仍需进一步深入 | 探索衰老过程中脊髓的分子变化特征及其生物学意义 | 年轻和衰老的小鼠脊髓组织及混合胶质细胞 | 多组学分析 | 衰老相关疾病 | 批量RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术, CCK-8检测, siRNA, 慢病毒实验 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 细胞功能数据 | 年轻和衰老的脊髓组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 10290 | 2025-10-07 |
Transcriptomic profiles of single-cell autophagy-related genes (ATGs) in lung diseases
2025-Feb-07, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-025-09990-w
PMID:39920481
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究自噬相关基因在肺部疾病中的转录组图谱 | 首次在单细胞水平系统揭示自噬相关基因在多种肺部疾病中的表达异质性和细胞类型特异性变化 | 研究主要关注转录组水平变化,未验证蛋白质功能;外部刺激实验仅限于细胞系模型 | 阐明自噬相关基因在肺部疾病发生发展中的作用机制 | 健康人群和肺部疾病患者的肺组织样本,包括COVID-19相关急性肺损伤、特发性肺纤维化、慢性阻塞性肺疾病、系统性硬化症和肺腺癌 | 单细胞转录组学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康受试者和多种肺部疾病患者的肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10291 | 2025-10-07 |
Integration of single-cell and bulk RNA-sequencing data to construct and validate a signature based on NK cell marker genes to predict immunotherapy response and prognosis in colorectal cancer
2025-Feb-07, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01842-7
PMID:39920524
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研究论文 | 基于NK细胞标记基因构建并验证了预测结直肠癌免疫治疗反应和预后的特征模型 | 首次整合单细胞和bulk RNA测序数据构建基于NK细胞标记基因的预后特征,用于预测结直肠癌免疫治疗反应 | 验证队列样本量有限(共325个样本),需要更多独立队列验证 | 构建预测结直肠癌免疫治疗反应和预后的生物标志物特征 | 结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, WGCNA, LASSO回归分析 | 预后特征模型 | 基因表达数据 | 训练集587个TCGA样本,验证集两个GEO队列共325个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 10292 | 2025-10-07 |
Mural cell dysfunction contributes to diastolic heart failure by promoting endothelial dysfunction and vessel remodelling
2025-Feb-07, Cardiovascular diabetology
IF:8.5Q1
DOI:10.1186/s12933-025-02623-w
PMID:39920783
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研究论文 | 本研究探讨了壁细胞功能障碍通过促进内皮功能障碍和血管重塑在舒张性心力衰竭中的作用机制 | 首次探索了壁细胞在HFpEF中的作用,建立了新的糖尿病db/db小鼠高盐HFpEF模型,揭示了壁细胞通过TNFα依赖性旁分泌信号诱导内皮细胞生长停滞的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 研究壁细胞功能障碍在心力衰竭伴保留射血分数发病机制中的作用 | 糖尿病db/db小鼠和PDGFRβtg/tg-CreERT2-EYFPtg/tg转基因小鼠 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, NichetNet分析, 组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 组织学图像 | 转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10293 | 2025-10-07 |
Decoding SFRP2 progenitors in sustaining tooth growth at single-cell resolution
2025-Feb-07, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04190-z
PMID:39920788
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了SFRP2hi成纤维祖细胞在维持牙齿持续生长中的关键作用 | 首次识别出小鼠切牙和人类磨牙发育牙根中特有的Sfrp2hi成纤维祖细胞群,并阐明其通过Twist1调控Wnt信号通路维持干细胞特性的分子机制 | 将小鼠牙齿研究发现应用于人类疾病的研究仍不够充分 | 构建全面的牙髓细胞图谱,阐明人类与小鼠之间的组织相似性和物种特异性差异 | 人类和小鼠的牙髓组织 | 单细胞生物学 | 牙科疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多个单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10294 | 2025-10-07 |
Myeloma cell-derived CXCL7 facilitates proliferation of tumor cells and occurrence of osteolytic lesions through JAK/STAT3 pathway
2025-Feb-06, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07413-6
PMID:39915476
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研究论文 | 本研究揭示了骨髓瘤细胞通过分泌CXCL7趋化因子激活JAK/STAT3通路,促进肿瘤增殖和溶骨性病变发生的分子机制 | 首次发现高表达CXCL7的骨髓瘤细胞亚群具有强增殖和破骨信号通路激活能力,并阐明CXCL7通过CXCR2-JAK/STAT3-MMP13/C-myc轴驱动溶骨性病变的新机制 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型,临床样本验证仍需扩大;CXCL7作为治疗靶点的具体干预策略尚未完全明确 | 探究多发性骨髓瘤中溶骨性病变的分子机制及潜在治疗靶点 | 多发性骨髓瘤细胞、小鼠异种移植瘤模型 | 数字病理 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序、转录组分析、体内外功能验证 | 小鼠异种移植瘤模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 本中心和GEO数据库的骨髓瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10295 | 2025-10-07 |
Single-cell atlas of human pancreatic islet and acinar endothelial cells in health and diabetes
2025-Feb-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55415-3
PMID:39915484
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了人类胰腺胰岛和腺泡内皮细胞在健康与糖尿病状态下的血管图谱 | 首次开发了富集胰岛特异性内皮细胞和腺泡特异性内皮细胞的策略,并揭示了它们在健康和糖尿病状态下的独特分子特征 | 仅分析了三个人类胰腺样本,样本量有限 | 表征胰腺内血管异质性并揭示糖尿病中的血管变化 | 人类胰腺胰岛特异性内皮细胞和腺泡特异性内皮细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三个人类胰腺样本加上三个已发表的胰腺数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10296 | 2025-10-07 |
MiR-18a-LncRNA NONRATG-022419 pairs targeted PRG-1 regulates diabetic induced cognitive impairment by regulating NGF\BDNF-Trkb signaling pathway
2025-Feb-06, Proteome science
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12953-025-00239-2
PMID:39915794
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和转录组分析揭示了PRG-1通过NGF/BDNF-Trkb信号通路调控糖尿病认知功能障碍的分子机制 | 首次发现miR-18a-LncRNA NONRATG-022419对靶向调控PRG-1在糖尿病认知障碍中的作用机制 | 研究主要基于体外HT22细胞模型,需要进一步在体实验验证 | 探究PRG-1在糖尿病诱导认知功能障碍中的分子机制和细胞异质性 | 海马体细胞、HT22细胞系、I型螺旋神经节神经元 | 单细胞测序分析 | 糖尿病认知功能障碍 | 单细胞RNA测序, RNA转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10297 | 2025-10-07 |
Phospho-seq: integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells
2025-Feb-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56590-7
PMID:39905064
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研究论文 | 开发了一种名为Phospho-seq的集成方法,用于在单细胞水平同时分析细胞质和核蛋白及其翻译后修饰 | 提出简化的台式抗体偶联方法创建大型定制神经聚焦抗体面板,实现蛋白质与scATAC-seq的同时分析 | NA | 开发能够量化细胞内蛋白质动态并与顺式调控元件和转录靶标连接的多模态单细胞分析技术 | 细胞系、诱导多能干细胞、数月龄视网膜和脑类器官 | 单细胞多组学 | 神经发育疾病 | 单细胞ATAC-seq, 转录组测量, 抗体偶联 | NA | 蛋白质组, 表观基因组, 转录组 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 10298 | 2025-10-07 |
Expression of Osteopontin in M2 and M4 Intrinsically Photosensitive Retinal Ganglion Cells in the Mouse Retina
2025-Feb-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.2.14
PMID:39908128
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫组织化学方法揭示了骨桥蛋白在小鼠视网膜M2和M4型内在光敏视网膜神经节细胞中的表达模式 | 首次发现骨桥蛋白不仅表达于M4-ipRGCs,还在M2-ipRGCs中表达,挑战了骨桥蛋白仅作为αRGCs特异性标志物的传统认知 | 研究仅针对C57BL/6J小鼠视网膜,尚未在其他物种或病理条件下验证 | 表征骨桥蛋白在ipRGCs各亚型中的表达模式 | 小鼠视网膜中的内在光敏视网膜神经节细胞(ipRGCs) | 神经科学 | 视神经损伤 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 神经突追踪 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | C57BL/6J小鼠视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10299 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of SEPN1 in glioma: Prognostic roles, functional implications, and potential therapeutic interventions
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0318501
PMID:39919065
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研究论文 | 本研究通过整合分析揭示了SEPN1在胶质瘤中的预后价值、功能作用及潜在治疗干预 | 首次系统阐明SEPN1在胶质瘤中的致癌作用,开发了SEPN1相关风险评分(SRS),并基于此识别潜在抗胶质瘤药物 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证SEPN1的具体分子机制 | 探究SEPN1在泛癌中的表达特征和预后意义,特别聚焦于胶质瘤 | 胶质瘤患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 富集分析, 药物敏感性分析 | 风险评分模型 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA、CGGA、GEO和ZN-GC多个队列的胶质瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 10300 | 2025-10-07 |
Identifying novel therapeutic targets in cystic fibrosis through advanced single-cell transcriptomics analysis
2025-Feb-07, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109748
PMID:39921941
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研究论文 | 通过先进单细胞转录组学分析识别囊性纤维化新型治疗靶点 | 采用增强分析方法整合多源数据,发现与CF气道疾病相关的新基因和调控网络 | 未明确说明样本规模和技术平台的具体限制 | 深入理解囊性纤维化相关基因表达机制,识别新型治疗靶点 | 囊性纤维化患者和健康对照者的肺部细胞 | 单细胞转录组学 | 囊性纤维化 | 单细胞转录组测序 | 共表达网络分析 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |