单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 10548 篇文献，本页显示第 10261 - 10280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10261 | 2025-10-07 |
A model-based factorization method for scRNA data unveils bifurcating transcriptional modules underlying cell fate determination
2025-Feb-05, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97424
PMID:39907554
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研究论文 | 本文提出了一种基于模型的单细胞RNA数据分解方法MGPfact，能够将复杂的发育轨迹分解为基因集的独立分叉过程 | 开发了能够将复杂发育轨迹分解为独立分叉过程的模型框架，支持基于相关特征的轨迹推断 | NA | 开发单细胞RNA测序数据的流形学习框架，解析细胞命运决定的生物学过程 | 单细胞RNA测序数据，包括小胶质细胞发育和肿瘤相关CD8 T细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 基于模型的流形学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | 239个数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 10262 | 2025-10-07 |
Deterministic genetic barcoding for multiplexed behavioral and single-cell transcriptomic studies
2025-Feb-05, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88334
PMID:39908076
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研究论文 | 开发了一种名为TaG-EM的遗传条形码方法，用于在单细胞转录组研究中实现细胞类型的正确定位和多路复用分析 | 通过在Gal4诱导型构建体中插入DNA条形码，实现了体内特定细胞群体的标记，并能通过单细胞测序读取条形码信息 | 方法主要应用于果蝇模型，在其他生物系统中的适用性需要进一步验证 | 开发一种能够将解剖学信息与转录组数据关联的遗传条形码技术 | 果蝇特定细胞群体 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，下一代测序 | NA | 单细胞转录组数据，DNA条形码序列 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10263 | 2025-10-07 |
Usp11 maintained the survival of marginal zone B cells under ionizing radiation by deubiquitinating DLL1 and JAG2
2025-Feb-04, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07377-7
PMID:39904982
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研究论文 | 本研究揭示Usp11通过去泛素化DLL1和JAG2维持边缘区B细胞在电离辐射下的存活 | 首次发现Usp11通过调控Notch配体DLL1和JAG2的泛素化水平来维持辐射后边缘区B细胞存活的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 阐明Usp11在辐射诱导损伤中的作用及相关机制 | Usp11基因敲除小鼠和野生型小鼠的边缘区B细胞 | 免疫学 | 辐射损伤 | 单细胞测序,免疫荧光,免疫组化,流式细胞术,Co-IP,泛素化实验,ELISA | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞测序数据,流式数据,组织切片图像 | 未明确样本数量的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10264 | 2025-10-07 |
Single-cell profiling reveals a reduced epithelial defense system, decreased immune responses and the immune regulatory roles of different fibroblast subpopulations in chronic atrophic gastritis
2025-Feb-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06150-w
PMID:39905493
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示慢性萎缩性胃炎中上皮防御系统减弱、免疫反应下降及不同成纤维细胞亚群的免疫调节作用 | 首次在单细胞水平系统揭示CAG病变中上皮细胞防御功能减弱、免疫细胞功能下降及CXCL11+APOE+成纤维细胞的免疫调节作用 | 样本量较小（仅3例CAG活检样本），需要更大样本验证发现 | 阐明慢性萎缩性胃炎发生的分子机制和细胞变化 | 慢性萎缩性胃炎患者活检组织及配对正常组织 | 单细胞转录组学 | 慢性萎缩性胃炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例CAG活检样本及配对正常组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10265 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of human blood eosinophils reveals plasticity and absence of canonical cell subsets
2025-Feb, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16213
PMID:38934897
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10266 | 2025-10-07 |
RGS10 Deficiency Alleviated Intestinal Mucosal Inflammation Through Suppression of Th1/Th17 Cell Immune Responses in Ulcerative Colitis
2025-01, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13869
PMID:39428350
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研究论文 | 本研究揭示了RGS10通过调控Th1/Th17细胞分化在溃疡性结肠炎肠道黏膜炎症中的作用机制 | 首次发现RGS10在UC患者CD4 T细胞中高表达，并阐明其通过结合PTPN2调控STAT1/STAT3磷酸化影响Th1/Th17细胞分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展 | 探究RGS10在溃疡性结肠炎发病机制中的作用 | 溃疡性结肠炎患者样本和RGS10基因敲除小鼠 | 免疫学 | 溃疡性结肠炎 | qRT-PCR, Western blotting, 免疫组化, 免疫荧光, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 酶联免疫吸附试验, 免疫共沉淀 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞测序数据 | UC患者和健康对照样本，RGS10敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10267 | 2025-10-07 |
Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_13
PMID:39900764
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研究论文 | 介绍SciDAP平台如何简化单细胞测序数据分析流程 | 开发了基于通用工作流语言的便携可重复分析流程，为非计算背景的生物学家提供用户友好的单细胞数据分析方案 | 未提及平台性能的具体量化评估数据 | 解决单细胞测序数据分析的复杂性和可重复性问题 | 单细胞测序数据分析流程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | SciDAP | 基于通用工作流语言的计算分析平台 |
| 10268 | 2025-10-07 |
Improving doublet cell removal efficiency through multiple algorithm runs
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.01.009
PMID:39911841
|
研究论文 | 提出一种多轮双细胞去除策略，通过多次运行算法提高单细胞RNA测序数据中双细胞的去除效率 | 首次提出多轮双细胞去除策略，通过循环运行算法减少随机性，显著提升双细胞检测效果 | 未明确说明计算成本增加程度，且策略效果依赖于基础算法的性能 | 提高单细胞RNA测序数据分析中双细胞去除的效率和准确性 | 单细胞RNA测序数据中的双细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | DoubletFinder, cxds, bcds, hybrid | 单细胞RNA测序数据 | 14个真实数据集、29个条形码标记数据集和106个合成数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10269 | 2025-02-07 |
SCovid v2.0: a comprehensive resource to decipher the molecular characteristics across tissues in COVID-19 and other human coronaviruses
2025-Feb-04, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.01933-24
PMID:39714149
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研究论文 | SCovid v2.0是一个更新的数据库，旨在通过转录组测序帮助研究人员揭示2019冠状病毒病（COVID-19）在不同组织中的分子特征 | SCovid v2.0相较于其前身，增加了全面的数据、实用的功能，并重建了分析流程，包括更多的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，以及与其他人类冠状病毒的比较分析 | NA | 揭示COVID-19在不同组织中的分子特征，并进行与其他人类冠状病毒的比较分析 | COVID-19及其他人类冠状病毒的分子特征 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 3,544,360个细胞来自45个单细胞RNA测序数据集，涵盖15个组织的789个样本；1,688个样本来自12个组织的62个COVID-19批量RNA测序数据；7个与其他人类冠状病毒相关的批量RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 10270 | 2025-02-07 |
Development of a prognostic model based on four genes related to exhausted CD8+ T cell in triple-negative breast cancer patients: a comprehensive analysis integrating scRNA-seq and bulk RNA-seq
2025-Feb-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01812-z
PMID:39899181
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研究论文 | 本研究旨在开发基于与耗竭CD8+ T细胞相关的四个基因的三阴性乳腺癌（TNBC）预后模型，并探讨其临床和免疫相关性 | 通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，筛选出与TNBC患者生存显著相关的四个基因，构建了一个新的预后模型 | 研究主要依赖于公开数据集，缺乏独立的外部验证队列 | 开发一个基于耗竭CD8+ T细胞相关基因的TNBC预后模型，并评估其临床和免疫相关性 | 三阴性乳腺癌（TNBC）患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq） | 预后模型 | RNA测序数据 | TCGA队列和外部队列的TNBC患者数据 | NA | NA | NA | NA |
| 10271 | 2025-02-07 |
EMT-driven plasticity prospectively increases cell-cell variability to promote therapeutic adaptation in breast cancer
2025-Feb-03, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03637-w
PMID:39901189
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研究论文 | 本文研究了上皮-间质转化（EMT）驱动的细胞可塑性在三阴性乳腺癌（TNBC）治疗适应中的作用 | 首次揭示了EMT驱动的可塑性如何增加细胞间表型多样性，并在化疗前产生罕见的预适应状态 | 研究仅基于体外模型，未涉及体内环境 | 探讨EMT驱动的可塑性在TNBC治疗适应中的作用 | 三阴性乳腺癌（TNBC）细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 两个TNBC体外模型 | NA | NA | NA | NA |
| 10272 | 2025-02-06 |
Single-cell transcriptomics and metabolomic analysis reveal adenosine-derived metabolites over-representation in pseudohypoxic neuroendocrine tumours
2025-Feb, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70159
PMID:39902723
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10273 | 2025-02-06 |
Gal-3 activates Tyro3 to ameliorate ferroptosis of hippocampal neurons after traumatic brain injury
2025-Mar-11, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2024.102433
PMID:39902149
|
研究论文 | 本文研究了创伤性脑损伤（TBI）后海马神经元的铁死亡机制，并探讨了Gal-3通过激活Tyro3来改善神经元铁死亡的作用 | 首次揭示了Tyro3在TBI后神经元铁死亡中的关键作用，并发现Gal-3通过激活Tyro3具有神经保护作用 | 研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨TBI后海马神经元铁死亡的机制及其潜在治疗靶点 | 创伤性脑损伤后的海马神经元 | 生物信息学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10274 | 2025-02-06 |
Single-cell omics in inflammatory bowel disease: recent insights and future clinical applications
2025-Feb-04, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334165
PMID:39904604
|
综述 | 本文综述了单细胞组学技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用及其未来临床应用的潜力 | 单细胞组学技术克服了传统批量分析的局限性，揭示了多细胞组织的复杂性，并发现了与疾病活动或并发症发展相关的新细胞类型和功能 | 尽管单细胞组学技术在IBD研究中显示出巨大潜力，但其在临床实践中的应用仍处于早期阶段，存在一定的局限性 | 探讨单细胞组学技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用及其未来临床应用的潜力 | 溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD） | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10275 | 2025-02-05 |
Dynamic evolution of TCF3-PBX1 leukemias at the single-cell level under chemotherapy pressure
2025-Feb, HemaSphere
IF:7.6Q1
DOI:10.1002/hem3.70071
PMID:39901941
|
研究论文 | 本文通过建立TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型，研究了化疗压力下急性淋巴细胞白血病（ALL）在单细胞水平的动态演化 | 首次在单细胞水平上揭示了TCF3-PBX1白血病在化疗后的克隆动态演化和表型多样性，并发现了与化疗耐药相关的信号通路 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类ALL中的适用性需要进一步验证 | 研究TCF3-PBX1白血病在化疗压力下的动态演化和耐药机制 | TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型和化疗后的白血病细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 下一代测序技术（NGS）和质谱流式细胞术 | 小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据和质谱流式细胞数据 | TCF3-PBX1白血病小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 10276 | 2025-10-07 |
GraphVelo allows for accurate inference of multimodal velocities and molecular mechanisms for single cells
2025-Jan-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.03.626638
PMID:39677753
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研究论文 | 提出基于图机器学习的方法GraphVelo，用于从单细胞数据中准确推断多模态速度和分子机制 | 通过图机器学习方法将RNA速度扩展到多模态数据，保留向量大小和方向信息，揭示基因、病毒与宿主细胞之间的定量非线性调控关系 | 需要依赖现有方法推断的RNA速度作为输入，对复杂转录动态、低表达或缺乏剪接动态的基因可能仍有局限 | 开发能够从高通量单细胞快照数据中提取时间分辨信息的方法 | 单细胞数据，包括病毒-宿主相互作用组和多组学数据集 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, 多组学分析 | 图机器学习 | 单细胞RNA测序数据，多模态数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，多组学 | NA | NA |
| 10277 | 2025-02-06 |
Biologically inspired heterogeneous learning for accurate, efficient and low-latency neural network
2025-Jan, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwae301
PMID:39758128
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研究论文 | 本文提出了一种受生物启发的异质学习机制，用于构建准确、高效且低延迟的神经网络 | 结合了自抑制突触和神经元异质性的神经科学发现，创新性地提出了具有增强学习和记忆能力的脉冲神经网络（SNN） | 未明确提及具体限制 | 追求与生物神经网络相媲美的准确性、效率和低延迟的人工神经网络 | 脉冲神经网络（SNN）及其在AI任务中的应用 | 机器学习 | 脑部疾病 | scRNA-seq | SNN | 单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 10278 | 2025-02-05 |
Hepatic HSD17B6 is dispensable for diet-induced fatty liver disease in mice
2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101924
PMID:39896111
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研究论文 | 本研究探讨了HSD17B6在饮食诱导的脂肪肝疾病中的作用 | 首次揭示了HSD17B6在肝脏中的表达与脂肪肝疾病的相关性，并发现其肝脏特异性缺失不影响脂肪肝疾病的发展 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探究HSD17B6在饮食诱导的脂肪肝疾病中的作用 | 小鼠模型 | 代谢疾病研究 | 脂肪肝疾病 | 单细胞RNA测序, AAV8介导的基因编辑 | 基因敲除小鼠模型 | RNA测序数据, 蛋白质组数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 10279 | 2025-02-05 |
Single-cell RNA sequencing provides new insights into the interaction between astrocytes and neurons after spinal cord injury in mice
2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101917
PMID:39896108
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠脊髓损伤后不同阶段及正常组织中星形胶质细胞和神经元亚型的动态变化及其功能，揭示了特定星形胶质细胞亚型在脊髓损伤过程中可能向神经元转化的机制 | 发现了一种特定亚型的星形胶质细胞，其具有独特的基因表达特征，并在脊髓损伤过程中可能转化为神经元，同时揭示了糖酵解途径在这一细胞转化过程中的重要作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨脊髓损伤后星形胶质细胞与神经元之间的相互作用及其在疾病进展中的机制 | 小鼠脊髓损伤模型中的星形胶质细胞和神经元 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 小鼠脊髓损伤模型及正常组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 10280 | 2025-02-05 |
Single-cell transcriptome atlas of male mouse pituitary across postnatal life highlighting its stem cell landscape
2025-Feb-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111708
PMID:39898054
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研究论文 | 本文构建了雄性小鼠内分泌垂体的单细胞转录组图谱，涵盖了健康与损伤状态下的重要出生后年龄段，重点研究了垂体干细胞及其复杂身份和微环境 | 通过单细胞转录组技术揭示了垂体干细胞的标记物和调控因子，并利用垂体干细胞类器官功能验证了转录组发现，特别是KLF5、AP-1复合物和EGF通路在垂体干细胞调控中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，尽管部分发现可转化至人类，但仍需进一步验证 | 揭示垂体干细胞的生物学特性及其在衰老过程中的变化 | 雄性小鼠的垂体 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涵盖健康与损伤状态下的雄性小鼠垂体样本 | NA | NA | NA | NA |