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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10221 | 2025-10-07 |
uN2CpolyG-mediated p65 nuclear sequestration suppresses the NF-κB-NLRP3 pathway in neuronal intranuclear inclusion disease
2025-Feb-07, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02079-1
PMID:39920690
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研究论文 | 本研究揭示了神经元核内包涵体病中uN2CpolyG蛋白通过隔离p65抑制NF-κB-NLRP3通路和自噬的分子机制 | 首次发现uN2CpolyG直接与p65相互作用并将其隔离在核内包涵体中,从而抑制NF-κB-NLRP3通路 | 研究主要基于细胞模型和果蝇模型,尚未在哺乳动物体内模型中完全验证 | 阐明uN2CpolyG与NF-κB-NLRP3通路之间的分子相互作用机制 | NIID患者皮肤组织、HEK-293T和U87-MG细胞系、CGG扩展敲入果蝇模型 | 神经退行性疾病研究 | 神经元核内包涵体病 | 单细胞RNA测序, 细胞转染, 果蝇模型 | 细胞模型, 果蝇模型 | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | NIID患者皮肤组织, 两种细胞系, 果蝇模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10222 | 2025-10-07 |
The Role of Jianpi Jiedu Recipe in Modulating the CRC Microenvironment
2025-Feb-07, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
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研究论文 | 本研究探讨健脾解毒方通过调节结直肠癌微环境中HMGB1和MT2A表达发挥抗肿瘤作用的机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术系统揭示健脾解毒方对结直肠癌微环境中多种细胞类型的调控作用 | 研究主要基于数据库分析和体外验证,缺乏体内实验验证 | 探究健脾解毒方调节结直肠癌肿瘤微环境的分子机制 | 结直肠癌肿瘤微环境中的恶性细胞、免疫细胞和基质细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 通路富集分析 | NA | 基因表达数据 | 基于已发表研究中的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10223 | 2025-10-07 |
Gene Expression Variations Induced by Sevoflurane in Glia and Glioma Cells and the Role of EPHA3 in Sevoflurane's Anti-Glioma Effect
2025-Feb-07, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了七氟醚通过免疫炎症反应等信号通路产生麻醉作用,并发现EPHA3基因在七氟醚抑制胶质瘤细胞侵袭迁移中的关键作用 | 首次在单细胞水平系统分析七氟醚对胶质和胶质瘤细胞基因表达的影响,发现EPHA3是七氟醚抗胶质瘤作用的新靶点 | 分子机制尚未完全阐明,需要进一步实验验证 | 探究七氟醚影响神经系统疾病特别是胶质瘤的分子机制 | 胶质细胞和胶质瘤细胞 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞转录组测序,生存分析,蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 11,244个基因及其变异 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10224 | 2025-10-07 |
APMAT analysis reveals the association between CD8 T cell receptors, cognate antigen, and T cell phenotype and persistence
2025-Feb-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56659-3
PMID:39915487
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研究论文 | 开发APMAT框架用于高通量捕获和分析CD8 T细胞,揭示抗原-TCR对的理化特征与T细胞表型及持久性的关联 | 首次提出整合实验与计算的APMAT框架,能够同时捕获抗原-TCR配对信息和单细胞转录组数据 | 研究仅针对HLA A*02:01限制性COVID-19患者,样本量相对有限 | 阐明CD8 T细胞受体与抗原配对关系及其对T细胞表型和持久性的影响 | 62名HLA A*02:01 COVID-19患者的CD8 T细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞多组学分析 | 计算分析框架 | 单细胞转录组数据、TCR序列数据、抗原特性数据 | 62名COVID-19患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10225 | 2025-10-07 |
Human Single-Cell RNA-Sequencing Data Supports the Hypothesis of X Chromosome Insensitivity but Is Ineffective in Testing the Dosage Compensation Model
2025-Feb-03, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msaf004
PMID:39932018
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序数据评估X染色体与常染色体表达比率计算方法,并探讨X染色体剂量不敏感假说 | 首次系统评估scRNA-seq数据中X:AA比率计算方法的偏差,并发现X染色体表达噪声增加和剂量敏感基因显著缺失 | 研究主要基于模拟数据和Smart-seq2技术,可能需要验证其他scRNA-seq平台的结果 | 评估scRNA-seq数据在检验X染色体剂量补偿模型中的有效性和局限性 | 人类单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | Smart-seq2 | Smart-seq2单细胞RNA测序技术 |
| 10226 | 2024-12-01 |
Human CD8+ T cell map with single-cell transcriptome and TCR information
2025-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02529-7
PMID:39614112
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10227 | 2024-12-01 |
Publisher Correction: Massively parallel single-cell sequencing of diverse microbial populations
2025-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02570-6
PMID:39614113
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10228 | 2025-10-07 |
Tgfβ signaling stimulates glycolysis to promote the genesis of synovial joint interzone in developing mouse embryonic limbs
2025-Jan-10, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adq4991
PMID:39772668
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现滑膜关节初始区细胞形成需要糖酵解增强,且这一过程部分依赖于Tgfβ信号通路 | 首次揭示糖酵解在软骨细胞向关节初始区细胞转化中的关键作用,并阐明Tgfβ信号通过mTOR和Hif1α激活糖酵解的分子机制 | 研究主要基于小鼠胚胎模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究滑膜关节初始区细胞形成的分子机制 | 小鼠胚胎膝关节原基 | 发育生物学 | 关节发育异常 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠胚胎膝关节原基细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10229 | 2025-10-07 |
APMAT analysis reveals the association between CD8 T cell receptors, cognate antigen, and T cell phenotype and persistence
2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.08.631993
PMID:39829843
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研究论文 | 开发APMAT框架用于高通量捕获和分析CD8 T细胞,揭示抗原-TCR对的理化特征与T细胞表型和持久性的关联 | 首次提出整合实验与计算的APMAT框架,能够同时捕获抗原、TCR序列和单细胞转录组数据 | 研究样本仅限于HLA A*02:01基因型的COVID-19参与者 | 阐明CD8 T细胞受体、抗原和T细胞表型之间的关联关系 | CD8 T细胞及其受体、SARS-CoV-2病毒抗原 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序, TCR测序 | 计算分析框架 | 单细胞RNA测序数据, TCR序列数据 | 62名HLA A*02:01 COVID-19参与者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10230 | 2025-10-07 |
TDO2 + cancer-associated fibroblasts mediate cutaneous squamous cell carcinoma immune escape via impeding infiltration of CD8 + T cells
2025-Jan-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03921-0
PMID:39751882
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研究论文 | 本研究揭示TDO2+癌症相关成纤维细胞通过抑制CD8+T细胞浸润介导皮肤鳞状细胞癌免疫逃逸的机制 | 首次报道TDO2在cSCC的CAFs中高表达及其通过抑制CD8+T细胞浸润促进免疫逃逸的作用机制 | NA | 探索皮肤鳞状细胞癌免疫逃逸的分子机制 | 皮肤鳞状细胞癌组织、癌症相关成纤维细胞、CD8+T细胞 | 单细胞生物学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、RNA测序分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10231 | 2025-10-07 |
Identification of EGR1 as a Key Diagnostic Biomarker in Metabolic Dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease (MASLD) Through Machine Learning and Immune Analysis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S499396
PMID:39925925
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研究论文 | 通过机器学习和免疫分析鉴定EGR1作为代谢功能障碍相关脂肪性肝病的关键诊断生物标志物 | 首次结合多种机器学习方法和免疫分析鉴定EGR1作为MASLD的关键诊断生物标志物,并构建了TF-miRNA-mRNA调控网络 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多实验验证 | 识别MASLD的有效诊断生物标志物并探索其发病机制 | MASLD患者基因表达数据、AML-12细胞系、MCD小鼠模型 | 机器学习 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 微阵列分析、单细胞RNA测序、机器学习算法 | LASSO, SVM, Random Forest | 基因表达数据 | 六个GEO数据集,包括训练集和验证集 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 10232 | 2025-10-07 |
Crosstalk of SPINK4 Expression With Patient Mortality, Immunotherapy and Metastasis in Pan-Cancer Based on Integrated Multi-Omics Analyses
2025, OncoTargets and therapy
IF:2.7Q3
DOI:10.2147/OTT.S487126
PMID:39926372
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研究论文 | 基于多组学分析揭示SPINK4基因表达与泛癌患者死亡率、免疫治疗和转移的相互作用 | 首次系统研究SPINK4在泛癌中的表达特征及其与肿瘤微环境、干细胞特性、免疫浸润和化疗敏感性的关联 | 研究主要基于TCGA数据库分析,实验验证仅限于结肠腺癌细胞系 | 探究SPINK4在不同癌症类型中的功能及其与肿瘤进展的关系 | 泛癌患者组织样本和结肠腺癌细胞系(HCT116和RKO) | 生物信息学 | 泛癌 | 多组学分析,单细胞测序,伤口愈合实验,Transwell实验 | Kaplan-Meier生存分析,Pearson相关分析 | 基因组数据,转录组数据,临床数据 | TCGA数据库中的泛癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,多组学分析 | NA | NA |
| 10233 | 2025-10-07 |
Progress in Assessing Retinal Microglia Using Single-Cell RNA Sequencing
2025, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-031-76550-6_24
PMID:39930187
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研究论文 | 比较两种视网膜细胞制备方法和三种数据库整合算法在评估视网膜小胶质细胞方面的效果 | 首次系统比较胶原酶消化+FACS富集与木瓜蛋白酶全视网膜消化两种方法,以及CCA、RPCA和Harmony三种整合算法在视网膜小胶质细胞研究中的表现 | 仅针对健康视网膜进行研究,未涉及病变状态下的验证 | 评估不同细胞制备方法和数据分析算法在视网膜小胶质细胞研究中的适用性 | 视网膜小胶质细胞 | 单细胞分析 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | CCA, RPCA, Harmony | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10234 | 2025-10-07 |
Mesenchymal retinoic acid signaling is required for normal diaphragm development in mice
2025-Feb-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202402182R
PMID:39921473
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和转基因技术揭示了间充质维甲酸信号在小鼠膈肌正常发育中的关键作用 | 首次在发育中膈肌进行单细胞RNA测序分析,并特异性抑制间充质维甲酸信号证明其与先天性膈疝的直接因果关系 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 更好地理解膈肌发育和先天性膈疝的病因学 | 小鼠胚胎发育中的膈肌组织 | 发育生物学 | 先天性膈疝 | 单细胞RNA测序,条件性基因敲入 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确样本数量的小鼠胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10235 | 2025-10-07 |
Exploring Origin-Dependent Susceptibility of Smooth Muscle Cells to Aortic Diseases Through Intersectional Genetics
2025-Feb-10, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究开发了一种双重组酶介导的交集遗传系统,用于精确靶向不同发育来源的平滑肌细胞,探索其在主动脉疾病中的易感性 | 开发了先进的交集遗传系统,能够精确靶向不同发育来源的平滑肌细胞亚型 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探索不同发育来源的平滑肌细胞对主动脉疾病的易感性差异 | 小鼠主动脉平滑肌细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 交集遗传学, 基因敲除 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10236 | 2025-10-07 |
Retrotrans-genomics identifies aberrant THE1B endogenous retrovirus fusion transcripts in the pathogenesis of sarcoidosis
2025-Feb-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56567-6
PMID:39920152
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研究论文 | 通过逆转录基因组学方法鉴定THE1B内源性逆转录病毒融合转录本在结节病发病机制中的作用 | 首次发现19个THE1B融合转录本,其中15个为先前未注释的,并揭示其在结节病中的特异性表达模式 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 探究THE1B内源性逆转录病毒融合转录本在结节病发病机制中的作用 | 结节病肌病患者和对照组的肌肉组织样本 | 基因组学 | 结节病 | 短读长和长读长RNA-seq,单细胞/单核RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 16例结节病肌病患者和400例其他肌肉疾病对照 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq,单核RNA-seq | NA | NA |
| 10237 | 2025-10-07 |
Multiomics identify the gene expression signature of the spinal cord during aging process
2025-Feb-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07475-4
PMID:39920442
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了衰老过程中脊髓的基因表达特征及其与铁死亡抵抗的关系 | 首次结合空间转录组学和批量RNA测序技术系统揭示衰老脊髓的转录组特征,发现Fth1基因在衰老混合胶质细胞铁死亡抵抗中的核心作用 | 研究主要聚焦于基因表达层面,对蛋白质水平和功能验证仍需进一步深入 | 探索衰老过程中脊髓的分子变化特征及其生物学意义 | 年轻和衰老的小鼠脊髓组织及混合胶质细胞 | 多组学分析 | 衰老相关疾病 | 批量RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术, CCK-8检测, siRNA, 慢病毒实验 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 细胞功能数据 | 年轻和衰老的脊髓组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 10238 | 2025-10-07 |
Transcriptomic profiles of single-cell autophagy-related genes (ATGs) in lung diseases
2025-Feb-07, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-025-09990-w
PMID:39920481
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究自噬相关基因在肺部疾病中的转录组图谱 | 首次在单细胞水平系统揭示自噬相关基因在多种肺部疾病中的表达异质性和细胞类型特异性变化 | 研究主要关注转录组水平变化,未验证蛋白质功能;外部刺激实验仅限于细胞系模型 | 阐明自噬相关基因在肺部疾病发生发展中的作用机制 | 健康人群和肺部疾病患者的肺组织样本,包括COVID-19相关急性肺损伤、特发性肺纤维化、慢性阻塞性肺疾病、系统性硬化症和肺腺癌 | 单细胞转录组学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康受试者和多种肺部疾病患者的肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10239 | 2025-10-07 |
Integration of single-cell and bulk RNA-sequencing data to construct and validate a signature based on NK cell marker genes to predict immunotherapy response and prognosis in colorectal cancer
2025-Feb-07, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01842-7
PMID:39920524
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研究论文 | 基于NK细胞标记基因构建并验证了预测结直肠癌免疫治疗反应和预后的特征模型 | 首次整合单细胞和bulk RNA测序数据构建基于NK细胞标记基因的预后特征,用于预测结直肠癌免疫治疗反应 | 验证队列样本量有限(共325个样本),需要更多独立队列验证 | 构建预测结直肠癌免疫治疗反应和预后的生物标志物特征 | 结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, WGCNA, LASSO回归分析 | 预后特征模型 | 基因表达数据 | 训练集587个TCGA样本,验证集两个GEO队列共325个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 10240 | 2025-10-07 |
Mural cell dysfunction contributes to diastolic heart failure by promoting endothelial dysfunction and vessel remodelling
2025-Feb-07, Cardiovascular diabetology
IF:8.5Q1
DOI:10.1186/s12933-025-02623-w
PMID:39920783
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研究论文 | 本研究探讨了壁细胞功能障碍通过促进内皮功能障碍和血管重塑在舒张性心力衰竭中的作用机制 | 首次探索了壁细胞在HFpEF中的作用,建立了新的糖尿病db/db小鼠高盐HFpEF模型,揭示了壁细胞通过TNFα依赖性旁分泌信号诱导内皮细胞生长停滞的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 研究壁细胞功能障碍在心力衰竭伴保留射血分数发病机制中的作用 | 糖尿病db/db小鼠和PDGFRβtg/tg-CreERT2-EYFPtg/tg转基因小鼠 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, NichetNet分析, 组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 组织学图像 | 转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |