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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10181 | 2025-10-07 |
scLTdb: a comprehensive single-cell lineage tracing database
2025-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae913
PMID:39470724
|
研究论文 | 开发了一个全面的单细胞谱系追踪数据库scLTdb,包含109个经过人工整理和标准化分析的数据集 | 首次构建了专门针对单细胞谱系追踪技术的综合数据库,提供交互式分析模块和细胞命运相关基因特征识别功能 | NA | 构建单细胞谱系追踪数据库以促进对细胞命运决定和谱系分化的理解 | 单细胞谱系追踪数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞谱系追踪技术 | NA | 单细胞测序数据 | 109个数据集 | NA | 单细胞谱系追踪 | NA | NA |
| 10182 | 2025-10-07 |
LnCeCell 2.0: an updated resource for lncRNA-associated ceRNA networks and web tools based on single-cell and spatial transcriptomics sequencing data
2025-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae947
PMID:39470723
|
研究论文 | 介绍更新版lncRNA相关ceRNA网络资源LnCeCell 2.0,整合单细胞和空间转录组测序数据 | 首次将单细胞和空间转录组测序数据整合到ceRNA网络分析中,提供细胞特异性和空间位点特异性的ceRNA互作网络 | NA | 构建精细调控的lncRNA-ceRNA网络资源平台 | lncRNA、ceRNA网络、单细胞和空间转录组数据 | 生物信息学 | 多种疾病(86种疾病/表型) | 单细胞RNA测序、空间转录组测序 | NA | 测序数据、网络数据、临床信息 | 1,002,988个细胞、367,971个空间位点、20,326名癌症患者 | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 10183 | 2025-10-07 |
Diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia: an overview of the current genomic classification, diagnostic approaches, and future directions
2025-Jan, Histopathology
IF:3.9Q1
DOI:10.1111/his.15338
PMID:39403021
|
综述 | 概述B细胞急性淋巴细胞白血病的当前基因组分类、诊断方法和未来发展方向 | 重点介绍光学基因组图谱、甲基化分析和单细胞测序等新技术在B-ALL诊断中的应用前景 | NA | 总结B-ALL的最新诊断标准和检测方法,探讨新技术在提高诊断准确性中的作用 | B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL) | NA | 急性淋巴细胞白血病 | 下一代测序, 全基因组转录组测序, 光学基因组图谱, 甲基化分析, 单细胞测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10184 | 2025-10-07 |
c-JUN interacts with HDAC1 as a potential combinatorial therapeutic target in acute myeloid leukemia
2025-Jan-27, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113927
PMID:39721452
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析发现c-JUN与HDAC1在急性髓系白血病中的相互作用,并验证其作为联合治疗靶点的潜力 | 首次在单细胞水平发现c-JUN在HSC-Prog中的特异性激活,并证实c-JUN与HDAC1的相互作用可作为AML联合治疗新靶点 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步临床验证;样本规模有限 | 探索急性髓系白血病的新型治疗靶点和联合治疗策略 | 急性髓系白血病细胞、造血干细胞祖细胞(HSC-Prog)、小鼠异种移植模型 | 癌症生物学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 批量RNA测序, 蛋白质印迹, 共免疫沉淀, 流式细胞术, 活体成像 | NA | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据, 蛋白质相互作用数据, 活体成像数据 | TCGA-LAML数据集和患者样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 10185 | 2025-01-16 |
Single-cell transcriptomics and epigenomics point to CD58-CD2 interaction in controlling primary melanoma growth and immunity
2025-Jan-15, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.12651
PMID:39812166
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10186 | 2025-10-07 |
Prospects of neutrophilic implications against pathobiology of chronic obstructive pulmonary disease: Pharmacological insights and technological advances
2025-Jan-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113634
PMID:39577220
|
综述 | 探讨中性粒细胞在慢性阻塞性肺疾病发病机制中的核心作用及靶向治疗前景 | 系统阐述中性粒细胞通过吞噬作用、脱颗粒和中性粒细胞胞外诱捕网形成在COPD中的关键机制,并提出单细胞RNA测序技术用于探索新型生物标志物 | NA | 阐明中性粒细胞在COPD发病机制中的作用并探索新型治疗策略 | 慢性阻塞性肺疾病患者的中性粒细胞及其生物学活动 | NA | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10187 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA-Sequencing of Zebrafish Olfactory Epithelium Identifies Odor-Responsive Candidate Olfactory Receptors
2025-Jan, Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms
IF:1.3Q4
DOI:10.1111/gtc.13191
PMID:39789807
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析斑马鱼嗅觉上皮细胞,识别出对特定气味刺激响应的候选嗅觉受体 | 优化了斑马鱼嗅觉组织的单细胞分离方法,首次在嗅觉感觉神经元集群中验证了不同嗅觉受体家族的非重叠表达模式,并成功通过即刻早期基因表达关联分析鉴定出对特定气味响应的候选受体 | 研究仅针对斑马鱼模型,结果向其他物种的普适性需要进一步验证 | 利用单细胞RNA测序技术解析斑马鱼嗅觉系统的细胞类型组成和气味响应机制 | 斑马鱼嗅觉感觉神经元 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 斑马鱼嗅觉玫瑰花结组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10188 | 2025-10-07 |
Advances in modeling cellular state dynamics: integrating omics data and predictive techniques
2025, Animal cells and systems
IF:2.5Q1
DOI:10.1080/19768354.2024.2449518
PMID:39807350
|
综述 | 本文全面综述了细胞状态动态建模的最新方法及其在生物过程研究中的应用 | 整合多组学数据与预测技术,系统比较不同建模方法的优劣并指导模型选择策略 | NA | 开发更稳健可解释的细胞状态动态模型以推进精准医疗 | 细胞状态动态变化过程 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组学 | 深度学习, 生物分子网络模型 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10189 | 2025-01-15 |
Characterizing tertiary lymphoid structures associated single-cell atlas in breast cancer patients
2025-Jan-13, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03635-y
PMID:39806382
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,研究了乳腺癌患者中与三级淋巴结构(TLS)相关的区域,并识别了18种细胞类型及其相互作用 | 首次在单细胞水平上详细描述了乳腺癌中TLS相关区域的细胞组成和细胞间通讯,揭示了巨噬细胞在TLS中的谱系转变和特定T细胞与B细胞的强相互作用 | 研究主要依赖于高分辨率技术,可能受限于样本量和技术的覆盖范围 | 探索乳腺癌中TLS相关区域的细胞组成和功能,以增强对免疫治疗反应的理解 | 乳腺癌患者的TLS相关区域 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间转录组学(ST) | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 四个独立的乳腺癌数据集,包括一个来自10×Xenium平台的细胞级分辨率数据集和三个来自10×Visium平台的斑点级数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 10190 | 2025-01-15 |
Rapid and quantitative functional interrogation of human enhancer variant activity in live mice
2025-Jan-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55500-7
PMID:39762235
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为dual-enSERT的Cas9双色荧光报告系统,用于快速定量比较活体小鼠中增强子等位基因的活性 | 开发了dual-enSERT系统,能够在不到两周的时间内对活体小鼠中的增强子等位基因活性进行快速定量比较,并结合单细胞转录组学分析基因表达 | NA | 研究非编码变异在先天性障碍中的功能影响 | 增强子变异 | 基因功能分析 | 先天性障碍、自闭症谱系障碍、颅面畸形 | Cas9双色荧光报告系统、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 十五种未表征的罕见和常见非编码变异 | NA | NA | NA | NA |
| 10191 | 2025-10-07 |
Identification of cancer-associated fibroblast subtypes and prognostic model development in breast cancer: role of the RUNX1/SDC1 axis in promoting invasion and metastasis
2025-01-03, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-024-09950-w
PMID:39753834
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别乳腺癌相关成纤维细胞亚型并开发预后模型,揭示RUNX1/SDC1轴促进乳腺癌侵袭转移的机制 | 首次系统鉴定CAF分子亚型并构建CAF相关预后模型,发现RUNX1转录调控SDC1促进细胞外基质重塑的新机制 | 未明确说明样本量及临床验证队列规模,机制研究缺乏体内实验验证 | 探索乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用 | 乳腺癌组织和癌症相关成纤维细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 预后预测模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10192 | 2025-10-07 |
Genetic analysis uncovers potential mechanisms linking juvenile ldiopathic arthritisto breast cancer: A Bioinformatic Pilot study
2025-Jan, Cancer genetics
IF:1.4Q4
DOI:10.1016/j.cancergen.2024.09.004
PMID:39729926
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研究论文 | 通过生物信息学方法探索青少年特发性关节炎与乳腺癌风险的潜在关联机制 | 首次整合WGCNA、共识机器学习标记和单细胞RNA测序分析,识别出PRRG4等关键基因在JIA和乳腺癌中的共同作用 | 这是一项初步研究,样本量有限,需要进一步实验验证 | 研究青少年特发性关节炎对癌症风险的潜在影响机制 | 青少年特发性关节炎和乳腺癌相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 青少年特发性关节炎,乳腺癌 | Bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, 机器学习 | 共识机器学习 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的批量测序数据及单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 10193 | 2025-10-07 |
Immune Dysregulation and Cellular Composition in Lichen Sclerosus Revealed by Integrative Epigenetic Analysis with Cell Type Deconvolution
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S481324
PMID:39802516
|
研究论文 | 通过整合表观遗传分析和细胞类型反卷积揭示硬化性苔藓中的免疫失调和细胞组成变化 | 首次结合DNA甲基化和单细胞RNA测序分析硬化性苔藓,使用EpiSCORE反卷积方法识别细胞类型特异性变化 | 样本数量未明确说明,研究结果需要更大规模验证 | 探究硬化性苔藓的发病机制和潜在治疗靶点 | 硬化性苔藓患者与正常皮肤组织的比较 | 表观遗传学 | 皮肤炎症性疾病 | DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | EpiSCORE反卷积模型 | 表观遗传数据, 单细胞转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, DNA甲基化测序 | NA | NA |
| 10194 | 2025-01-14 |
Major cell types in the coronary thrombosis of acute myocardial infarction patients revealed by scRNA-seq
2025-Jan, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70181
PMID:39804415
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10195 | 2025-10-07 |
The role of histone lactylation genes in hepatocellular carcinoma prognostic models and their immune cell infiltration features: a comprehensive analysis of single-cell, spatial transcriptome, Mendelian randomization and experiment
2025-Jan-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01775-1
PMID:39789404
|
研究论文 | 本研究通过综合分析构建了组蛋白乳酸化基因相关的肝细胞癌预后模型,并探讨其与免疫细胞浸润特征的关系 | 首次整合单细胞分析、空间转录组、孟德尔随机化和实验验证,系统研究组蛋白乳酸化基因在肝细胞癌中的作用 | 研究样本量有限,需要更大规模的数据验证模型的普适性 | 开发肝细胞癌的新型诊断生物标志物和识别模型 | 肝细胞癌患者和细胞系(Huh7, LO2) | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组, 孟德尔随机化, qRT-PCR | 多种机器学习方法, Cox回归, 决策曲线 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 多个数据库整合数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
| 10196 | 2025-10-07 |
An antagonistic role of clock genes and lima1 in kidney regeneration
2025-Jan-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07455-8
PMID:39789202
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了时钟基因与lima1在斑马鱼肾脏再生中的拮抗作用机制 | 首次发现时钟基因通过抑制lima1a表达促进肾脏祖细胞形成和肾单位再生的新机制 | 研究仅限于斑马鱼模型,尚未在哺乳动物中验证 | 探究时钟基因在肾脏再生过程中的作用机制 | 斑马鱼急性肾损伤模型中的近端小管上皮细胞 | 单细胞生物学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除斑马鱼模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10197 | 2025-10-07 |
Rapamycin improves satellite cells' autophagy and muscle regeneration during hypercapnia
2025-Jan-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.182842
PMID:39589836
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研究论文 | 本研究探讨高碳酸血症如何损害卫星细胞自噬和肌肉再生,并验证雷帕霉素的治疗效果 | 首次在体内证实高碳酸血症导致卫星细胞自噬功能障碍和肌生成受损,并发现雷帕霉素可通过AMPK/mTOR通路改善这些缺陷 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床环境中验证 | 研究高碳酸血症对骨骼肌卫星细胞功能和肌肉再生的影响及治疗策略 | 骨骼肌卫星细胞、小鼠模型、培养的成肌细胞 | 细胞生物学 | 危重症肌病 | 单细胞测序、批量测序、卫星细胞移植、谱系追踪 | NA | 基因表达数据、细胞功能数据 | 小鼠模型和细胞培养样本 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 10198 | 2025-10-07 |
Idebenone Protects Photoreceptors Impaired by Oxidative Phosphorylation Disorder in Retinal Detachment
2025-Jan-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.1.17
PMID:39774627
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和动物实验探讨了视网膜脱离后氧化磷酸化功能障碍对视网膜细胞的损伤机制,并验证了艾地苯醌的治疗效果 | 首次在视网膜脱离研究中系统分析氧化磷酸化通路异常,并发现艾地苯醌可通过改善氧化磷酸化功能保护光感受器 | 研究主要基于动物模型,缺乏人类临床试验验证 | 探究视网膜脱离后氧化磷酸化功能障碍机制及艾地苯醌的治疗潜力 | 人类视网膜样本和小鼠视网膜脱离模型 | 单细胞基因组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10199 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics of pediatric Burkitt lymphoma reveals intra-tumor heterogeneity and markers of therapy resistance
2025-Jan, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-024-02431-3
PMID:39424708
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析儿童伯基特淋巴瘤,揭示肿瘤异质性和治疗耐药性标志物 | 首次在儿童伯基特淋巴瘤中应用单细胞转录组学技术,发现TPM2作为独立于TP53突变的治疗耐药性生物标志物 | 研究样本仅限EBV阴性伯基特淋巴瘤患者,样本量相对有限 | 探究伯基特淋巴瘤的肿瘤异质性特征及治疗耐药机制 | 儿童伯基特淋巴瘤患者的诊断标本(EBV阴性) | 单细胞组学 | 伯基特淋巴瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 儿童伯基特淋巴瘤患者诊断标本(未明确具体数量) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10200 | 2025-10-07 |
Autophagy Associated Genes (ARGs) -Based Predictive Model AIDPS for Prostate Cancer
2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70213
PMID:39789383
|
研究论文 | 本研究基于自噬相关基因构建了前列腺癌预后预测模型AIDPS | 首次结合自噬相关基因和人工智能算法构建前列腺癌预后模型,并在多个数据集中验证其优于现有模型 | 使用公开数据库数据,缺乏外部验证队列 | 识别和评估自噬相关特征以预测前列腺癌患者的临床结局 | 前列腺癌患者 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞测序, RNA测序 | Ridge, 101种机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |