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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1001 | 2026-08-13 |
Characterization of shell field populations in gastropods and their autonomous specification mechanism independent of inter-quartet interactions
2025-04-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204538
PMID:40105679
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研究论文 | 本文通过双色原位杂交和单细胞转录组分析,对腹足类动物胚胎壳场的细胞群体进行表征,并揭示其独立于细胞间相互作用的自主特化机制 | 首次通过单细胞转录组分析识别了壳场中三个不同的细胞群体,并证明其特化过程不依赖于与其它四分体的相互作用 | 研究主要在帽贝中开展,可能不适用于其他软体动物,且未涉及后续发育过程中的信号调控 | 重新评估壳场特化的诱导假说,探究腹足类动物胚胎壳场的自主特化机制 | 帽贝胚胎中的壳场细胞群体及第二四分体(2q)来源的胚胎部分 | 发育生物学 | 不适用 | 双色原位杂交、单细胞转录组分析 | 不适用 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 未明确说明,涉及帽贝胚胎及分离的2q卵裂球 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1002 | 2026-08-13 |
A factor-based analysis of individual human microglia uncovers regulators of an Alzheimer-related transcriptional signature
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.641500
PMID:40196633
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研究论文 | 本研究构建了来自441,088个活体小胶质细胞的单细胞图谱,利用单细胞层次泊松分解(scHPF)识别出23个因子,并揭示了与阿尔茨海默病相关的转录特征及其调控因子 | 提出了基于因子的分析框架,用于解析小胶质细胞异质性,并结合空间转录组学验证了疾病相关因子的分布,发现了新的AD治疗靶点 | 摘要中未明确提及局限性 | 解析人类小胶质细胞的异质性,识别与阿尔茨海默病相关的转录特征及其调控因子 | 来自161名捐赠者的441,088个活体小胶质细胞,涵盖不同脑区和神经退行性疾病及神经炎症疾病 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、MERFISH空间转录组学 | 单细胞层次泊松分解(scHPF) | 基因表达数据 | 441,088个活体小胶质细胞,来自161名捐赠者 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1003 | 2026-08-13 |
Intranasal prime-boost RNA vaccination elicits potent T cell response for lung cancer therapy
2025-03-24, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02191-1
PMID:40122855
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研究论文 | 开发了一种利用脂质纳米颗粒包裹环状RNA的非侵入性鼻内癌症疫苗,在临床前肺癌模型中诱导强效抗肿瘤T细胞反应,同时减少全身不良反应。 | 首次采用鼻内途径递送环状RNA疫苗以诱导局部黏膜免疫反应;发现1型常规树突状细胞对T细胞启动至关重要;单细胞RNA测序揭示疫苗能重编程内源性T细胞并诱导记忆样表型。 | 尚未在人体临床试验中验证该疫苗的安全性和有效性。 | 开发一种非侵入性鼻内RNA癌症疫苗,以诱导局部黏膜免疫反应,用于肺癌免疫治疗。 | 临床前肺癌模型中的肿瘤细胞和T细胞。 | 免疫学 | 肺癌 | RNA疫苗 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 临床前肺癌模型(具体数量未提供) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 1004 | 2026-08-13 |
Sox9 and nuclear factor I transcription factors regulate the timing of neurogenesis and ependymal maturation in dopamine progenitors
2025-03-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204421
PMID:39995267
|
研究论文 | 本文分析了中脑多巴胺神经元祖细胞如何进入细胞周期停滞(G0)并成熟为室管膜细胞,发现Sox9和核因子I转录因子调控这一过程的时机。 | 首次揭示Sox9和核因子I转录因子在调控多巴胺祖细胞神经发生时机及室管膜成熟中的关键作用,并通过单细胞RNA测序和组学分析提供了成年室管膜细胞的详细特征。 | 研究主要在小鼠模型中进行,且对Sox9和核因子I的作用机制阐述尚不深入,未涉及人类样本。 | 阐明中脑多巴胺神经元祖细胞从增殖到细胞周期停滞并成熟为室管膜细胞的调控机制,以及这些转录因子的作用。 | 小鼠胚胎期中脑多巴胺神经元祖细胞和成年室管膜细胞。 | 发育生物学,神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,条件性基因敲除,组织学 | NA | 基因表达数据,影像数据 | 不同胚胎阶段的小鼠中脑祖细胞及成年室管膜细胞样本(具体数量未提供) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞RNA测序 |
| 1005 | 2026-08-13 |
Lepidopteran scale cells derive from sensory organ precursors through a canonical lineage
2025-03-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204501
PMID:40052482
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研究论文 | 本研究通过活体成像和单核RNA测序,证明鳞翅目昆虫的鳞片细胞来源于感觉器官前体细胞,遵循典型的谱系分化过程。 | 首次通过活体成像和单核RNA测序,在鳞翅目昆虫中证实鳞片细胞源于感觉器官前体细胞,并发现新关联基因pdm3参与鳞片分化。 | 研究主要基于一种鳞翅目昆虫,可能无法完全代表所有鳞翅目物种的鳞片发育机制。 | 探究鳞翅目昆虫鳞片细胞的起源和分化机制,并验证鳞片与果蝇机械感觉刚毛的同源假说。 | 鳞翅目昆虫的早期蛹翅中的鳞片细胞及其前体细胞。 | 发育生物学,单细胞转录组学 | NA | 活体成像,单核RNA测序 | NA | 图像,基因表达数据 | 鳞翅目昆虫的早期蛹翅样本,具体数量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单核RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单核RNA测序平台,用于早期蛹翅的单核转录组分析 |
| 1006 | 2026-08-13 |
Autonomous function of Antennapedia in adult muscle precursors directly connects Hox genes to adult muscle development
2025-02-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204341
PMID:39918891
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和CRISPR技术,揭示了Hox基因Antennapedia在果蝇成虫飞行肌前体细胞中的关键作用,直接连接了Hox基因与成虫肌肉发育。 | 挑战了第二胸节(T2)为“无Hox区域”的传统观点,首次证明低水平Antp表达对成虫飞行肌发育至关重要,并阐明了其通过调控细胞周期和Hedgehog信号的双重机制。 | 研究主要基于果蝇模型,其结论在其他物种中的普适性尚待验证,且具体分子机制的细节可能仍需进一步探索。 | 探究Hox基因在成虫肌肉发育中的直接作用,特别是Antp在果蝇飞行肌前体细胞中的功能。 | 果蝇成虫肌前体细胞及翅膀成虫盘中的Hox基因表达和调控。 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、CRISPR技术、功能获得性实验 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1007 | 2026-08-12 |
Sex-dimorphic reprogramming of fetal mouse brain development by maternal estradiol excess
2025-12-02, Biology of sex differences
IF:4.9Q1
DOI:10.1186/s13293-025-00792-7
PMID:41331623
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学在小鼠模型中系统描绘了母体高雌二醇暴露对胎儿大脑性别二态性发育重编程的影响 | 首次通过空间转录组学全面解析母体雌二醇过量对胎儿大脑性别特异性分子和细胞反应的影响,并揭示了雄性脑基因下调与基线雄性偏倚程度成正比的新机制 | 研究基于小鼠模型,可能无法完全代表人类情况,且未深入探讨行为或长期神经发育结果 | 阐明母体高雌二醇暴露诱导胎儿大脑性别特异性发育重编程的分子机制 | 小鼠胎儿大脑组织,特别关注性别差异和区域特异性反应 | 空间转录组学 | 神经发育障碍 | 空间转录组学、免疫荧光 | NA | 空间转录组数据、图像 | NA(未提及具体样本数量) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1008 | 2026-08-12 |
scCausalVI disentangles single-cell perturbation responses with causality-aware generative model
2025-11-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101443
PMID:41197632
|
研究论文 | 提出了一种因果关系感知的生成模型scCausalVI,用于单细胞RNA测序数据中分离内在细胞状态与外部刺激效应 | 通过深度结构因果网络显式建模细胞状态特异性反应的外在刺激因果机制,并结合跨条件计算机模拟预测推断假设场景下的基因表达谱 | 摘要中未明确提及局限性 | 区分单细胞对刺激反应中的内在细胞变异与外在效应,量化治疗效果并泛化到未见细胞类型 | 单细胞RNA测序数据中的细胞状态和外部刺激效应 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 生成模型、结构因果网络 | 基因表达数据 | 未指定具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1009 | 2026-08-12 |
Piscis: A loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning
2025-11-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101448
PMID:41265398
|
研究论文 | 提出了一种基于深度学习的全自动点检测算法Piscis,通过近似F1分数的SmoothF1损失函数,实现RNA FISH图像中准确的点检测。 | 引入了一种可微分的SmoothF1损失函数,直接惩罚假阳性和假阴性,与F1分数近似,无需手动参数调整。 | 未提及具体局限,但可能受限于训练数据的多样性。 | 开发一种无需手动参数调整的全自动深度学习算法,用于RNA FISH图像中的点检测,以提高准确性和高通量分析能力。 | 包含多种细胞类型的358张手动注释的RNA FISH图像和240张合成图像。 | 计算机视觉 | 不适用 | RNA荧光原位杂交(RNA FISH) | 深度学习模型,具体架构未说明 | 图像 | 358张手动注释的实验图像和240张合成图像,共598张图像 | 不适用 | RNA FISH | 不适用 | 不适用 |
| 1010 | 2026-08-12 |
Transposable Elements and Homotypic Niches Drive Immune Dynamics and Resistance in Melanoma Epigenetic-based immunotherapy
2025-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.09.679175
PMID:41278906
|
研究论文 | 该研究通过单细胞多组学和空间转录组学分析黑色素瘤患者的纵向活检样本,揭示了表观遗传免疫治疗中肿瘤可塑性和耐药性的机制 | 首次结合单细胞多组学和高分辨率空间转录组学分析表观遗传免疫治疗的纵向活检样本,识别出罕见Wnt/β-catenin驱动的黑色素细胞状态和去分化神经嵴样状态,并发现NFATC2作为耐药关键调控因子 | 样本量较小(来自单一临床试验),且纵向活检可能受限于肿瘤异质性,具体样本量未在摘要中说明 | 阐明表观遗传重塑在治疗压力下如何重塑肿瘤生态系统,揭示黑色素瘤可塑性和耐药性的机制 | 黑色素瘤患者的纵向肿瘤活检样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | 单细胞多组学数据、空间转录组数据 | 黑色素瘤患者的纵向活检样本(具体数量未在摘要中提供) | 10x Genomics | 单细胞多组学, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞多组学(可能含单细胞RNA-seq和ATAC-seq),10x Visium空间转录组学 |
| 1011 | 2026-08-12 |
The loss of microRNA-26b promotes aortic calcification through the regulation of cell-specific target genes
2025-09-29, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf117
PMID:40737220
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研究论文 | 本研究首次探索miR-26b在血管钙化中的作用,发现其缺失通过调控细胞特异性靶基因促进主动脉钙化 | 首次揭示miR-26b在血管钙化中的关键作用,结合单细胞转录组和网络分析识别细胞特异性靶点及调控通路 | 研究中未明确提及具体局限性 | 探究miR-26b在血管钙化中的潜在作用及其调控机制 | miR-26b敲除小鼠和主动脉钙化患者主动脉组织 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 图像、基因表达数据 | miR-26b敲除小鼠及患者主动脉组织样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1012 | 2026-08-12 |
TissueMosaic: Self-supervised learning of tissue representations enables differential spatial transcriptomics across samples
2025-09-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101394
PMID:40925368
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研究论文 | 介绍TissueMosaic,一种基于自监督卷积神经网络的方法,用于从多样本空间转录组数据中发现和表示组织结构基序,并将其与基因表达关联,以增强差异空间转录组分析 | 提出结构基序富集策略,提高空间差异表达分析的信号噪声比,并优于现有方法 | 未提及明确的局限性 | 开发一种计算工具,以连接细胞状态与微环境,并比较不同样本和条件下的关系 | 空间转录组数据中的组织结构基序及其与基因表达的关联 | 机器学习和空间转录组学 | 不适用 | 空间转录组学 | 自监督卷积神经网络 | 空间转录组数据 | 多样本数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1013 | 2026-08-12 |
Learning antibody sequence constraints from allelic inclusion
2025-09-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101368
PMID:40812311
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研究论文 | 利用等位基因包含现象训练机器学习模型,以识别异常抗体序列并预测抗体特性 | 首次利用人类单细胞测序数据中的等位基因包含罕见事件来识别异常抗体序列,并证明该方法在预测抗体重链多样性和多反应性方面优于不采用该数据的方法 | 未明确说明限制,但可能依赖单细胞测序数据的可用性和质量 | 利用等位基因包含数据训练机器学习模型,以识别违反表达和低脱靶反应限制的抗体序列,并预测相关抗体特性 | 人类B细胞抗体轻链序列、小鼠抗体重链序列 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 机器学习模型 | 单细胞测序数据、序列数据 | 人类和小鼠的样本,具体数量未提供 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1014 | 2026-08-12 |
Delineation of a thrombin receptor-stimulated vascular smooth muscle cell transition generating cells in the plaque-stabilizing fibrous cap
2025-08-14, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf112
PMID:40577585
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪,揭示了血管平滑肌细胞向纤维帽相关细胞状态转变的机制,并确定PAR1为促进斑块稳定性的潜在治疗靶点 | 首次定义了与纤维帽形成相关的fcVSMC细胞状态,并揭示了其由中间态VSMC经NOTCH3+转变而来,且PAR1作为调控因子 | 未提及 | 识别与动脉粥样硬化斑块纤维帽形成相关的血管平滑肌细胞表型转变及其调控机制 | 小鼠和人类的血管平滑肌细胞 | 单细胞转录组学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、谱系追踪、克隆分析 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 小鼠动脉和人类动脉粥样硬化斑块样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序;10x Visium空间转录组 |
| 1015 | 2026-08-12 |
Mapping mesenchymal diversity in the developing human intestine and organoids
2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.22.665939
PMID:40777494
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术,构建了发育中人小肠的全面组织尺度图谱,并解析了间充质细胞群的多样性及空间动态变化 | 首次将单细胞RNA测序与定制Xenium空间转录组学基因面板结合,构建发育中人小肠的全面组织尺度图谱,并揭示了成纤维细胞群体在发育过程中的空间动态重塑及分子标记 | 未明确提及研究局限性 | 构建发育中人小肠的全面组织尺度图谱,解析间充质细胞群的多样性及其空间分布,并用于评估多能干细胞来源的肠道类器官 | 发育中人小肠组织及多能干细胞来源的人肠道类器官 | 空间转录组学、单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序、Xenium空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组图像 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Xenium | 10x Chromium单细胞RNA测序和10x Xenium空间转录组学基因面板 |
| 1016 | 2026-08-12 |
scDMSC: Deep Multi-View Subspace Clustering for Single-Cell Multi-Omics Data
2025-06, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3532784
PMID:40031269
|
研究论文 | 提出一种基于深度多视图子空间学习的无监督聚类算法scDMSC,用于单细胞多组学数据的聚类分析 | 通过加权重构协调组学数据的异质性,并利用深度子空间学习识别共享潜在特征,以揭示组学间的相关性 | 未明确说明,可能包括对特定数据类型的适用性或计算复杂度等潜在限制 | 提高单细胞多组学数据聚类分析的精度和可扩展性,以揭示细胞异质性和生物学机制 | 单细胞多组学数据,包括真实和模拟数据集 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞多组学测序 | 深度子空间学习模型 | 多组学数据 | 不明确,涉及多个真实和模拟数据集 | 不适用 | 单细胞多组学 | 不适用 | 不适用 |
| 1017 | 2026-08-12 |
Myeloid deficiency of Z-DNA binding protein 1 restricts septic cardiomyopathy via promoting macrophage polarisation towards the M2-subtype
2025-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70315
PMID:40289345
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研究论文 | 本研究揭示髓系缺失Z-DNA结合蛋白1通过促进巨噬细胞向M2亚型极化,从而限制脓毒症心肌病的发展 | 首次揭示STAT1-ZBP1轴在巨噬细胞中促进脓毒症心肌病的作用,并提出巨噬细胞来源的ZBP1作为治疗靶点的潜力 | 摘要中未提及研究的局限性 | 探究ZBP1在脓毒症心肌病中的作用及其潜在机制,评估其作为治疗靶点的可能性 | 脂多糖处理的小鼠模型及其心肌组织、巨噬细胞等 | 生物信息学 | 脓毒症心肌病 | 单细胞mRNA测序、单核mRNA测序、免疫荧光、超声心动图 | NA | 基因表达数据、测序数据、图像数据 | 脂多糖处理的小鼠模型(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序、单核RNA测序 | NA | NA |
| 1018 | 2026-08-12 |
cGAS/STING signalling in macrophages aggravates obliterative bronchiolitis via an IFN-α-dependent mechanism after orthotopic tracheal transplantation in mice
2025-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70323
PMID:40292672
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研究论文 | 本研究通过小鼠原位气管移植模型探讨cGAS/STING信号通路在巨噬细胞中通过IFN-α依赖机制加重闭塞性细支气管炎的作用 | 首次阐明cGAS/STING信号通路在巨噬细胞中通过IFN-α2依赖机制促进闭塞性细支气管炎进展,并发现STING抑制可增强CTLA4-Ig的耐受促进作用 | 研究基于小鼠模型,需在人类样本中验证;具体分子机制尚需进一步探索 | 探究cGAS/STING信号通路在闭塞性细支气管炎发病机制中的作用及其潜在治疗策略 | 小鼠原位气管移植模型中的巨噬细胞、T细胞及移植物组织 | 免疫学 | 闭塞性细支气管炎 | RNA测序、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、qRT-PCR、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、图像、细胞数据 | 小鼠模型样本,具体数量未在摘要中说明 | NA | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1019 | 2026-08-12 |
Deciphering of intra-tumoural heterogeneity and the interplay between metastasis-associated meta-program and myofibroblasts in gastric cancer
2025-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70319
PMID:40292733
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学解析胃癌肿瘤内异质性,并揭示转移相关元程序与肌成纤维细胞之间的相互作用及其对免疫微环境和治疗效果的影响 | 首次在胃癌中定义了七个稳健的元程序(MP1-MP7),并明确了MP7与肌成纤维细胞之间的双向调控机制,即MP7通过GDF15/TGFBR2诱导成纤维细胞转化为肌成纤维细胞,而肌成纤维细胞通过RSPO3/EGR1途径促进MP7转化,形成恶性循环,并导致免疫抑制微环境 | 未在摘要中明确说明局限性 | 深入理解胃癌的肿瘤内异质性,并探索肿瘤细胞与基质细胞之间的相互作用,为靶向MP7胃癌细胞及其与肌成纤维细胞互作环的新治疗策略奠定基础 | 胃癌组织样本、原代细胞、患者来源的类器官模型 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、体外实验、临床样本分析、患者来源类器官模型 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、病理图像 | 未在摘要中明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1020 | 2026-08-12 |
Distinct Transcriptomic Profiles of Cultured Anterior and Posterior Populations of Human Infant Scleral Fibroblasts: Including Dopamine Receptors
2025-05-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.5.29
PMID:40402520
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示婴儿巩膜成纤维细胞前部和后部群体的不同转录组特征,包括多巴胺受体的差异表达,并探讨多巴胺在巩膜重塑中的调控作用 | 首次对婴儿巩膜成纤维细胞进行全面的转录组分析,揭示其异质性,并发现多巴胺受体在前部和后部巩膜成纤维细胞中的差异表达及其对巩膜重塑的调控机制 | 研究仅限于体外培养的细胞和胶原凝胶收缩实验,可能无法完全反映体内环境;样本年龄范围(3个月至2岁)较窄,可能限制结论的普适性 | 探索婴儿巩膜成纤维细胞的异质性,并研究多巴胺受体在巩膜重塑中的调控作用 | 婴儿巩膜成纤维细胞(来自前部、赤道部和后部区域) | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 无特定模型 | 单细胞转录组数据 | 来自3个月至2岁婴儿的巩膜成纤维细胞,具体数量未在标题和摘要中提供 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics平台用于单细胞RNA测序 |