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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10121 | 2025-10-07 |
BMP6, a potential biomarker of inflammatory fibrosis and promising protective factor for dilated cardiomyopathy
2025-Jan-15, Chinese medicine
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s13020-025-01062-9
PMID:39825396
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现BMP6是扩张型心肌病的潜在生物标志物和抗纤维化保护因子 | 首次通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析相结合的方法,鉴定出BMP6在DCM中的特异性表达及其保护作用机制 | NA | 鉴定扩张型心肌病心力衰竭的潜在特异性标志物和干预靶点 | 扩张型心肌病患者心脏组织、动物模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 孟德尔随机化分析, 动物模型构建, BMP6敲低 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 10122 | 2025-10-07 |
A comprehensive analysis to reveal the underlying molecular mechanisms of natural killer cell in thyroid carcinoma based on single-cell RNA sequencing data
2025-Jan-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01779-x
PMID:39808350
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研究论文 | 基于单细胞RNA测序数据揭示自然杀伤细胞在甲状腺癌中的分子机制 | 首次整合limma、WGCNA和singleR分析方法系统鉴定甲状腺癌中NK细胞相关枢纽基因,并构建mRNA-miRNA-lncRNA调控网络 | 仅从公共数据库获取数据,缺乏实验验证;KEGG富集分析仅获得两条信号通路 | 探索甲状腺癌中自然杀伤细胞的分子机制以改善疾病管理和治疗 | 甲状腺癌组织和癌旁组织中的自然杀伤细胞 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | limma, WGCNA, singleR, Pearson相关分析 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10123 | 2025-10-07 |
Predictive value of dendritic cell-related genes for prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma
2025-Jan-14, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03642-z
PMID:39810206
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研究论文 | 本研究通过筛选树突状细胞相关基因构建预后特征模型,用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应 | 创新性地建立了基于深度学习的预测模型DCRGS,结合单细胞RNA测序和机器学习算法筛选树突状细胞相关基因 | NA | 开发预测肺腺癌患者预后和免疫治疗反应的生物标志物模型 | 肺腺癌患者 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 实时定量PCR, 机器学习算法 | Coxboost, 随机生存森林, 深度学习 | 基因表达数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 10124 | 2025-10-07 |
Differential impact of TIM-3 ligands on NK cell function
2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010618
PMID:39773563
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研究论文 | 本研究探讨了四种TIM-3配体对头颈鳞状细胞癌患者自然杀伤细胞功能的差异性影响 | 首次系统比较四种TIM-3配体对NK细胞功能的差异性调控,并确定半乳糖凝集素-9是最具免疫抑制作用的配体 | 研究主要基于体外实验,需要进一步体内验证;样本来源局限于头颈鳞状细胞癌患者 | 评估TIM-3+ NK细胞在头颈鳞癌中的功能特性,确定不同TIM-3配体的免疫调节作用 | 头颈鳞状细胞癌患者的肿瘤组织和血液样本中的自然杀伤细胞 | 免疫学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,体外杀伤实验,细胞增殖检测,细胞因子分析,数字空间分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据,基因表达数据 | 头颈鳞状细胞癌患者肿瘤和血液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10125 | 2025-10-07 |
Chemotherapy-induced cellular senescence promotes stemness of aggressive B-cell non-Hodgkin's lymphoma via CCR7/ARHGAP18/IKBα signaling activation
2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009356
PMID:39773566
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研究论文 | 本研究揭示了化疗诱导的细胞衰老通过CCR7/ARHGAP18/IKBα信号通路促进侵袭性B细胞非霍奇金淋巴瘤干性特征的机制 | 首次发现化疗诱导衰老的B-NHL细胞中CCR7高表达记忆B细胞群体,并阐明CCR7/ARHGAP18/IKBα信号轴在促进淋巴瘤干性中的新机制 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步的体内实验验证;样本量有限 | 探究化疗诱导的细胞衰老如何促进B细胞非霍奇金淋巴瘤的干性特征和化疗耐药 | 侵袭性B细胞非霍奇金淋巴瘤细胞系(Raji和SU-DHL-2)及患者样本 | 癌症生物学 | B细胞非霍奇金淋巴瘤 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,流式细胞术,免疫荧光,western blot,免疫共沉淀,细胞增殖检测,衰老相关β-半乳糖苷酶染色 | NA | 单细胞RNA测序数据,蛋白质表达数据,细胞功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10126 | 2025-10-07 |
Disruption of tumor-intrinsic PGAM5 increases anti-PD-1 efficacy through the CCL2 signaling pathway
2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009993
PMID:39773565
|
研究论文 | 本研究探讨肿瘤内在PGAM5通过调控线粒体动态影响肿瘤微环境中免疫细胞浸润及免疫治疗疗效的机制 | 首次揭示PGAM5通过调控线粒体分裂-融合平衡影响mtDNA应激和CCL2信号通路,进而调节肿瘤相关巨噬细胞极化和抗PD-1疗效的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化价值需进一步验证 | 探索肿瘤内在PGAM5作为肝细胞癌免疫治疗增敏靶点的潜力 | 肝细胞癌患者样本、小鼠肝癌模型、肿瘤细胞系 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、蛋白质组学、免疫荧光、染色质免疫沉淀、ELISA、质谱分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | 两个独立队列的肿瘤组织芯片、TCGA-LIHC和GEO数据库、皮下和原位小鼠肝癌模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10127 | 2025-10-07 |
Targeting the NLRP3 inflammasome abrogates cardiotoxicity of immune checkpoint blockers
2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010127
PMID:39773567
|
研究论文 | 本研究通过抑制NLRP3炎症小体活性,成功减轻了免疫检查点抑制剂引发的心脏毒性并同时增强抗肿瘤免疫 | 首次证明NLRP3抑制剂MCC950能够同时解决免疫检查点抑制剂的心脏毒性和抗肿瘤效果之间的矛盾 | 研究仅在黑色素瘤小鼠模型中进行,尚未在人类临床试验中验证 | 寻找有效减轻心脏毒性同时保留或增强免疫检查点抑制剂抗肿瘤免疫的方法 | 黑色素瘤荷瘤C57BL/6J雌性小鼠 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光, 逆转录定量PCR, 超声心动图 | NA | 基因表达数据, 图像数据, 细胞表型数据 | 黑色素瘤荷瘤小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 10128 | 2025-10-07 |
Neuropilin-1 is a novel host factor modulating the entry of hepatitis B virus
2025-Jan, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.06.032
PMID:38960374
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现神经纤毛蛋白-1(NRP1)是调控乙型肝炎病毒进入肝细胞的新型宿主因子 | 首次发现NRP1通过与HBV大表面蛋白preS1结构域和NTCP受体形成复合物来调控HBV进入过程 | NA | 探究除NTCP外其他调控HBV感染的宿主因子 | 儿童乙肝肝活检样本、原代人肝细胞、HepG2-NTCP细胞、人肝嵌合小鼠 | NA | 乙型肝炎 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 儿童乙肝患者肝活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10129 | 2025-10-07 |
Combination of spatial transcriptomics analysis and retrospective study reveals liver infection of SARS-COV-2 is associated with clinical outcomes of COVID-19
2025-Jan, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105517
PMID:39709771
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析和回顾性研究揭示了SARS-CoV-2肝脏感染与COVID-19临床结局的关联 | 首次结合空间转录组学技术和临床回顾性研究证实SARS-CoV-2可直接感染肝脏细胞,并发现血清白蛋白浓度变化与死亡风险相关 | 样本量有限(仅6例患者肝组织),回顾性研究设计存在固有偏倚 | 探究SARS-CoV-2肝脏感染的机制及其对COVID-19临床结局的影响 | COVID-19患者肝组织、住院患者临床数据、叙利亚仓鼠模型 | 空间转录组学 | COVID-19 | 免疫组织化学染色,空间转录组测序,TCR CDR3序列分析,回顾性研究 | NA | 组织切片图像,基因表达数据,临床检验数据 | 6例患者肝组织样本,650例住院患者临床数据 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Genomics Visium CytAssist Spatial Gene Assay |
| 10130 | 2025-10-07 |
Visium spatial transcriptomics and proteomics identifies novel hepatic cell populations and transcriptomic signatures of alcohol-associated hepatitis
2025-Jan, Alcohol, clinical & experimental research
DOI:10.1111/acer.15494
PMID:39592394
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学和蛋白质组学技术识别酒精相关性肝炎中的新型肝细胞群体及其分子特征 | 首次结合空间转录组学和蛋白质组学技术系统揭示AH中细胞群体的空间分布特征和分子改变,发现PCNA+肝细胞的胆管细胞样特征及疾病相关肝细胞标志物 | 样本量较小(仅2例AH患者和2例对照),需要更大规模研究验证发现 | 识别酒精相关性肝炎中的肝细胞群体及其转录组和蛋白质组改变 | 人类酒精相关性肝炎患者和正常对照的肝组织 | 空间转录组学 | 酒精相关性肝炎 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质组数据 | 4例(2例AH患者,2例非ALD对照) | 10x Genomics | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组和蛋白质组分析平台,使用福尔马林固定石蜡包埋肝组织 |
| 10131 | 2025-10-07 |
Analysis of the effect of ALA-PDT on macrophages in footpad model of mice infected with Fonsecaea monophora based on single-cell sequencing
2025, Open medicine (Warsaw, Poland)
DOI:10.1515/med-2024-1132
PMID:39822988
|
研究论文 | 本研究基于单细胞测序技术分析ALA-PDT治疗对单色芬氏菌感染小鼠足垫模型中巨噬细胞免疫反应的影响 | 首次结合单细胞测序技术与小鼠足垫感染模型,系统研究ALA-PDT对真菌感染中巨噬细胞免疫调控机制 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人体验证;样本量有限 | 探究ALA-PDT治疗对着色芽生菌病免疫反应的影响机制 | 单色芬氏菌感染的小鼠足垫模型中的巨噬细胞 | 单细胞测序 | 真菌感染性疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠足垫感染模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10132 | 2025-10-07 |
Dysfunction of Endothelial Cell-Mediated Intercellular Communication and Metabolic Pathways in Age-Related Macular Degeneration
2025-Feb, Current eye research
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/02713683.2024.2407361
PMID:39329213
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据,分析年龄相关性黄斑变性中内皮细胞介导的细胞间通讯和代谢通路异常 | 首次在单细胞水平系统揭示AMD中内皮细胞介导的细胞通讯障碍和代谢通路异常,发现黄斑区与周边区的差异信号传导 | 未发现疾病特异性细胞类型或细胞比例差异,研究主要基于转录组数据 | 探索年龄相关性黄斑变性的分子机制和潜在治疗靶点 | 视网膜和视网膜色素上皮/脉络膜组织中的细胞 | 生物信息学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | CellChat细胞通讯分析 | 单细胞转录组数据 | 整合六个项目的scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10133 | 2025-10-07 |
CCN5 suppresses injury-induced vascular restenosis by inhibiting smooth muscle cell proliferation and facilitating endothelial repair via thymosin β4 and Cd9 pathway
2025-Jan-28, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehae911
PMID:39873228
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研究论文 | 本研究揭示了CCN5通过抑制血管平滑肌细胞增殖和促进内皮细胞修复的双重保护作用机制,并开发了CCN5重组蛋白涂层支架用于预防支架内再狭窄 | 首次发现CCN5通过胸腺素β4和Cd9通路发挥双重保护作用,并开发了CCN5重组蛋白涂层支架作为新型治疗策略 | 研究主要基于动物模型,尚未进行大规模临床试验验证 | 探究CCN5在支架内再狭窄中的保护作用机制 | 猪冠状动脉、小鼠股动脉、内皮细胞、血管平滑肌细胞 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 酶联免疫吸附试验, 质谱分析, 免疫共沉淀 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | 支架植入猪冠状动脉、损伤诱导小鼠股动脉、ISR患者血浆样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 10134 | 2025-10-07 |
COSIME: Cooperative multi-view integration and Scalable and Interpretable Model Explainer
2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.11.632570
PMID:39868220
|
研究论文 | 提出COSIME方法用于多组学数据整合和可解释性分析 | 结合可学习最优传输和蒙特卡洛采样,实现多视图整合并评估特征重要性和相互作用 | NA | 解决异质数据类型整合和生物特征关系解释的瓶颈问题 | 阿尔茨海默病相关表型 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学, 单细胞空间转录组学, 表观基因组学, 代谢组学 | 深度神经网络 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10135 | 2025-10-07 |
The construction of a breast cancer prognostic model by combining genes related to hypoxia and endoplasmic reticulum stress
2025-Jan-27, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/10255842.2025.2453941
PMID:39868728
|
研究论文 | 通过结合缺氧和内质网应激相关基因构建乳腺癌预后预测模型 | 首次将缺氧和内质网应激相关基因联合构建乳腺癌预后模型,并分析其与免疫浸润和药物敏感性的关联 | 研究基于公共数据库的回顾性数据,需要进一步实验验证 | 预测乳腺癌患者的预后并探索个体化治疗新视角 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞测序分析 | Cox回归, Lasso回归 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌样本 | NA | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | NA |
| 10136 | 2025-10-07 |
Aberrant c-AMP signalling in richter syndrome revealed by single-cell transcriptome and 3D chromatin analysis
2025-Jan-23, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-024-00723-5
PMID:39849544
|
研究论文 | 通过单细胞转录组和3D染色质分析揭示Richter综合征中异常的cAMP信号通路 | 首次整合单细胞RNA测序和Hi-C技术分析Richter综合征,揭示染色质重构和cAMP信号异常在疾病转化中的关键作用 | 仅基于单个患者的配对样本进行分析,样本量有限 | 阐明Richter综合征的发病机制 | DLBCL-RS患者的配对样本(CLL和DLBCL细胞) | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, Hi-C测序, 功能获得和缺失实验 | NA | 单细胞转录组数据, 3D染色质构象数据 | 超过10,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 高通量染色体构象捕获 | NA | NA |
| 10137 | 2025-10-07 |
The role of MRO as an M2 macrophage-associated gene in non-small cell lung cancer: insights into immune infiltration, prognostic significance, and therapeutic implications
2025-Jan-21, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01817-8
PMID:39838218
|
研究论文 | 本研究探讨M2巨噬细胞相关基因MRO在非小细胞肺癌中的免疫浸润、预后意义和治疗潜力 | 首次系统揭示MRO基因作为M2巨噬细胞标志物在非小细胞肺癌中的预后价值和免疫治疗预测意义 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证MRO的具体功能机制 | 探索MRO基因在非小细胞肺癌免疫微环境中的作用和临床意义 | 非小细胞肺癌患者样本和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, CIBERSORT算法, ESTIMATE算法, TIDE分析, Submap分析 | Cox回归模型, Kaplan-Meier分析 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA数据库中的非小细胞肺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 10138 | 2025-10-07 |
Characterizing the diabetes-induced pathological changes of the mouse lung by single-cell RNA sequencing
2025-Jan-18, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123408
PMID:39832739
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术表征糖尿病对小鼠肺部造成的病理变化 | 首次在晚期糖尿病小鼠肺中发现免疫细胞显著增加且主要为未成熟PMN-MDSCs,并揭示了肺泡细胞在糖尿病早期呈现间质表型及免疫功能下降的机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究2型糖尿病对肺部病理变化的影响机制 | 糖尿病小鼠模型肺组织 | 单细胞组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10139 | 2025-10-07 |
Novel Integration of Spatial and Single-Cell Omics Data Sets Enables Deeper Insights into IPF Pathogenesis
2025-Jan-13, Proteomes
IF:4.0Q2
DOI:10.3390/proteomes13010003
PMID:39846634
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学数据,识别特发性肺纤维化中与疾病相关的细胞类型和潜在治疗靶点 | 创新性地整合空间多组学与单细胞RNA测序数据,并验证了空间蛋白质组学与单细胞RNA测序整合方法的有效性 | NA | 深入理解特发性肺纤维化发病机制,识别与组织病理区域相关的细胞类型 | 人类特发性肺纤维化肺组织样本 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 激光捕获显微切割质谱, 空间蛋白质组学 | Query方法, Overlap方法 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 10140 | 2025-10-07 |
Galaxy as a gateway to bioinformatics: Multi-Interface Galaxy Hands-on Training Suite (MIGHTS) for scRNA-seq
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae107
PMID:39775842
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研究论文 | 开发了一个多界面Galaxy实践培训套件(MIGHTS),用于单细胞RNA测序分析 | 提供并行分析方法,支持图形界面和代码两种操作方式,促进不同编程水平科学家的同步培训 | NA | 解决生物信息学学习曲线陡峭的问题,为生物学家和临床医生提供单细胞分析培训工具 | 生物学家、临床医生和初学生物信息学的研究人员 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | Galaxy平台 | Galaxy Training Network,支持Python-based (Scanpy)和R-based (Seurat & Monocle)分析 |