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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10021 | 2025-10-07 |
The forkhead transcription factor FKH-7/FOXP acts in chemosensory neurons to regulate developmental decision-making
2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638733
PMID:40027766
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研究论文 | 研究发现FKH-7/FOXP转录因子在化学感应神经元中调控发育决策过程 | 首次揭示FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能,建立了连接两个进化保守自闭症相关基因的新框架 | 研究在特定发育决策范式背景下进行,结果可能不适用于其他神经发育环境 | 探究FOXP1转录因子在神经发育中的具体分子机制 | 化学感应神经元、幼虫发育决策过程 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10022 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis of the early immune response in the lymph nodes of Borrelia burgdorferi-infected mice
2025-Feb, Microbes and infection
IF:2.6Q3
DOI:10.1016/j.micinf.2024.105424
PMID:39306236
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析伯氏疏螺旋体感染小鼠淋巴结早期免疫反应的特征 | 首次在单细胞水平揭示伯氏疏螺旋体感染早期淋巴结的免疫景观,发现滤泡外免疫反应的关键特征 | 仅关注早期感染阶段(感染后四天),未研究长期感染动态 | 阐明伯氏疏螺旋体感染早期淋巴结免疫反应的细胞和分子机制 | 伯氏疏螺旋体感染小鼠模型的淋巴结淋巴细胞 | 单细胞组学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 感染伯氏疏螺旋体的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10023 | 2025-10-07 |
Portable-CELLxGENE: standalone executables of CELLxGENE for easy installation
2025, GigaByte (Hong Kong, China)
DOI:10.46471/gigabyte.151
PMID:40070474
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研究论文 | 开发了便携式CELLxGENE软件,通过图形界面简化单细胞转录组数据分析工具的安装和使用 | 创建了独立的CELLxGENE可执行版本,无需命令行操作即可安装和运行 | 主要针对简单分析任务,可能不适合复杂分析需求 | 为非生物信息学背景的研究人员提供易用的单细胞转录组数据分析工具 | 单细胞转录组数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | CELLxGENE | Portable-CELLxGENE standalone executable with CELLxGENE-Gateway Python package extension |
| 10024 | 2025-10-07 |
Therapeutic potential of p-coumaric acid in alleviating renal fibrosis through inhibition of M2 macrophage infiltration and cellular communication
2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.156507
PMID:39978279
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研究论文 | 本研究探讨对香豆酸通过抑制M2巨噬细胞浸润和细胞通讯缓解肾纤维化的治疗潜力 | 首次系统揭示对香豆酸通过特异性靶向M2巨噬细胞并破坏其与肾小管上皮细胞相互作用来缓解肾纤维化的新机制 | 研究主要基于动物模型,临床转化潜力仍需进一步验证 | 评估对香豆酸对肾纤维化的治疗作用并阐明其分子机制 | 单侧输尿管梗阻诱导的肾纤维化模型 | 病理学研究 | 肾脏疾病 | LC-MS, CyTOF, scRNA-seq, 流式细胞术, Western blot, qRT-PCR, 免疫组化, 免疫荧光 | NA | 代谢组数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 10025 | 2025-10-07 |
Dihydromyricetin regulates the miR-155-5p/SIRT1/VDAC1 pathway to promote liver regeneration and improve alcohol-induced liver injury
2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.156522
PMID:39986231
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研究论文 | 本研究探讨二氢杨梅素通过调控miR-155-5p/SIRT1/VDAC1通路促进肝脏再生并改善酒精性肝损伤的作用机制 | 首次揭示DMY通过调控miR-155-5p/SIRT1/VDAC1正反馈环路改善肝脏炎症和细胞衰老,促进肝脏再生 | NA | 探索DMY在酒精性肝病相关肝脏再生障碍中的治疗潜力及分子机制 | 酒精性肝病小鼠模型、临床ALD样本、体外细胞实验 | 分子生物学 | 酒精性肝病 | 血清非靶向代谢组学、肝脏转录组学、单细胞测序、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、免疫荧光 | NA | 代谢组数据、转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质印迹数据 | NA | NA | 单细胞测序, 代谢组学, 转录组学 | NA | NA |
| 10026 | 2025-10-07 |
Lactylation modification in cancer: mechanisms, functions, and therapeutic strategies
2025-Mar-08, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-025-00622-x
PMID:40057816
|
综述 | 全面总结乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及治疗策略 | 首次系统阐述组蛋白乳酸化这一新型翻译后修饰在癌症中的作用机制 | 乳酸化修饰机制研究仍存在诸多障碍和挑战 | 探索乳酸化修饰在癌症中的分子机制及治疗潜力 | 癌症细胞及肿瘤微环境 | 分子生物学 | 癌症 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 10027 | 2025-10-07 |
Role of GPX3+ astrocytes in breast cancer brain metastasis activated by circulating tumor cell exosomes
2025-Mar-07, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00833-9
PMID:40055530
|
研究论文 | 本研究揭示了循环肿瘤细胞外泌体激活GPX3+星形胶质细胞驱动乳腺癌脑转移的新机制 | 首次发现CTC外泌体通过激活GPX3+星形胶质细胞促进IL-1β产生和Th17细胞分化,从而形成转移前微环境 | 使用小鼠模型,需要进一步验证人类临床样本中的相关性 | 探究乳腺癌脑转移的分子机制,特别是GPX3+星形胶质细胞在转移过程中的作用 | 乳腺癌脑转移小鼠模型中的GPX3+星形胶质细胞和循环肿瘤细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,代谢组学 | 条件性基因敲除模型 | 基因表达数据,代谢物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10028 | 2025-10-07 |
Scupa: single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf090
PMID:39999031
|
研究论文 | 开发了首个用于全面评估免疫细胞极化的计算方法Scupa | 首个利用单细胞基础模型进行免疫细胞极化评估的计算方法,整合了免疫字典数据和通用细胞嵌入 | NA | 开发系统性评估细胞因子驱动极化的计算方法 | 免疫细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 基础模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10029 | 2025-10-07 |
Heat Shock Protein Family A Member 1A Attenuates Apoptosis and Oxidative Stress via ERK/JNK Pathway in Hyperplastic Prostate
2025-Mar, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70129
PMID:40066224
|
研究论文 | 本研究探讨热休克蛋白HSPA1A通过ERK/JNK信号通路抑制细胞凋亡和氧化应激在前列腺增生中的作用机制 | 首次揭示HSPA1A在良性前列腺增生中的表达上调及其通过ERK/JNK通路调控细胞凋亡和氧化应激的新机制 | 研究样本量有限,临床相关性分析仅基于单中心数据 | 探究HSPA1A在良性前列腺增生发病机制中的作用 | 前列腺增生组织样本、BPH-1和WPMY-1细胞系、睾酮诱导的大鼠BPH模型 | 分子病理学 | 前列腺增生 | RNA测序, 单细胞测序, 组织芯片分析 | NA | 基因表达数据, 组织切片, 细胞实验数据 | 139例BPH组织标本 | NA | 单细胞RNA测序, 组织芯片 | NA | NA |
| 10030 | 2025-10-07 |
A novel signature predicts prognosis in pancreatic cancer based on tumor membrane-associated genes
2025-Feb-28, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42791
PMID:40066030
|
研究论文 | 基于肿瘤膜相关基因构建胰腺癌预后预测模型MaGPS | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质表达数据,识别肿瘤上皮细胞特异性膜相关基因构建预后模型 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发胰腺癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点 | 胰腺癌患者 | 生物信息学 | 胰腺癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, 空间转录组学, LASSO回归, Cox回归 | 预后风险预测模型 | 基因表达数据, 生存数据, 蛋白质表达数据 | 来自TCGA、ICGC和GEO数据库的多个患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 10031 | 2025-10-07 |
The tumor coagulome as a potential biological determinant of postsurgical recurrence of oral squamous cell carcinoma
2025, Frontiers in oral health
IF:3.0Q1
DOI:10.3389/froh.2025.1554739
PMID:40065838
|
研究论文 | 本研究通过转录组分析探讨口腔鳞状细胞癌凝血组特征与术后复发的关系 | 首次系统分析口腔鳞癌凝血组作为术后复发预测生物标志物的潜力,并发现7个与复发相关的凝血相关基因 | 研究基于回顾性数据分析,需要前瞻性研究验证;机制解释主要基于相关性分析 | 探究口腔鳞状细胞癌凝血组特征与术后复发的关系 | 口腔鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 机器学习 | 机器学习模型 | 转录组数据 | TCGA等多来源数据集,包含匹配的原发/复发OSCC样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10032 | 2025-10-07 |
Augmenting the human interactome for disease prediction through gene networks inferred from human cell atlas
2025, Animal cells and systems
IF:2.5Q1
DOI:10.1080/19768354.2025.2472002
PMID:40066175
|
研究论文 | 开发了scNET框架,通过单细胞转录组数据推断细胞类型特异性共表达网络,并整合到人类相互作用组中以提高疾病基因预测准确性 | 提出了专门针对单细胞数据噪声和稀疏性问题的网络推断框架,通过数据预处理流程成功整合了超过85万个细胞类型特异性相互作用到现有相互作用组中 | 未明确说明具体使用的数据集规模和验证方法的详细局限性 | 通过单细胞基因表达数据推断细胞类型特异性共表达网络,增强人类相互作用组以改进疾病基因预测 | 人类单细胞图谱数据中的各种细胞类型和组织 | 生物信息学 | 多种疾病 | 单细胞转录组测序,网络推断 | scNET框架 | 单细胞基因表达数据 | 覆盖多种细胞类型和组织的单细胞图谱数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10033 | 2025-10-07 |
USP7 - A novel target for controlling periodontal inflammation through modulation of macrophage polarization
2025-Jun, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2025.106981
PMID:39946796
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研究论文 | 本研究探讨了USP7及其抑制剂P5091通过调节巨噬细胞极化在牙周炎炎症控制中的作用 | 首次发现USP7在牙周炎中表达升高,并证实其抑制剂P5091可通过调节巨噬细胞极化影响牙周炎症 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 研究USP7在牙周炎巨噬细胞极化中的作用及其治疗潜力 | 牙周炎组织、RAW264.7巨噬细胞系、小鼠实验性牙周炎模型 | 免疫学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, Western blot, 慢病毒敲低 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10034 | 2025-10-07 |
Deciphering the Vulnerability of Pollen to Heat Stress for Securing Crop Yields in a Warming Climate
2025-Apr, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.15315
PMID:39722468
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综述 | 本文综述了高温胁迫对花粉发育的影响机制及提升作物耐热性的分子育种策略 | 系统整合单细胞RNA测序等基因组技术揭示花粉热应激的分子调控网络,并提出利用花粉筛选和基因编辑技术培育耐热作物的新思路 | NA | 解析花粉对高温胁迫的脆弱性机制,为保障气候变暖背景下的作物产量提供理论依据 | 多种作物的花粉发育过程 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序,CRISPR/Cas基因编辑,全基因组关联分析 | NA | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10035 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveals the immune mechanisms by which tonsillectomy improves clinical outcomes of recurrent Immuoglobulin A nephropathy after kidney transplant
2025-Apr, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2025.02.010
PMID:39985963
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示扁桃体切除术改善肾移植后复发性IgA肾病临床结局的免疫机制 | 首次在IgANR患者中应用单细胞mRNA测序技术系统分析扁桃体切除术对B细胞表型和基因表达的影响,发现TCL1A在介导治疗效应中的关键作用 | 样本量有限(29例患者),仅分析了扁桃体组织和PBMC样本,缺乏长期随访数据 | 探究扁桃体切除术治疗IgANR的细胞和分子机制 | 29例IgANR患者的扁桃体组织和外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | IgA肾病 | 流式细胞术, 单细胞mRNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 29例IgANR患者,包括1个扁桃体组织样本和3个PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10036 | 2025-10-07 |
AcImpute: a constraint-enhancing smooth-based approach for imputing single-cell RNA sequencing data
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae711
PMID:40037523
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研究论文 | 提出一种基于约束增强平滑的单细胞RNA测序数据插补方法AcImpute | 通过约束不同表达水平基因在细胞间的平滑权重,有效防止过平滑现象 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中dropout事件对下游分析的影响 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督学习方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10037 | 2025-10-07 |
Complement activation in tumor microenvironment after neoadjuvant therapy and its impact on pancreatic cancer outcomes
2025-Mar-03, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00848-2
PMID:40032924
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研究论文 | 本研究探讨新辅助治疗对胰腺癌肿瘤微环境中补体激活的影响及其与患者预后的关系 | 首次揭示新辅助治疗通过上调肿瘤微环境中补体基因表达改善胰腺癌患者预后的新机制 | 样本量有限(36例患者),需要更大规模研究验证 | 研究新辅助治疗对胰腺癌肿瘤微环境的影响及其临床意义 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 36例PDAC患者(23例接受新辅助治疗,13例未接受) | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 10038 | 2025-10-07 |
Inhibition of the Hippo pathway by verteporfin reduces the proliferation and stemness of rat hair follicle neural crest stem cells under hypoxia
2025-Mar, FASEB bioAdvances
IF:2.5Q3
DOI:10.1096/fba.2025-00025
PMID:40060945
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研究论文 | 本研究探讨了Hippo信号通路在缺氧条件下调控大鼠毛囊神经嵴干细胞增殖和干性维持的作用 | 首次在缺氧环境下研究Hippo通路对毛囊神经嵴干细胞的调控作用,并利用verteporfin抑制该通路 | 研究仅使用大鼠细胞模型,缺乏人体细胞验证 | 探究Hippo信号通路在缺氧条件下对毛囊神经嵴干细胞功能的调控机制 | 大鼠毛囊神经嵴干细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,实时定量PCR,免疫荧光,Western blotting,CCK8检测 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,细胞图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10039 | 2025-10-07 |
High expression of stearoyl-coenzyme A desaturase in colorectal cancer oncogenic functions and its potential as a therapeutic target
2025-Feb-27, World journal of gastrointestinal surgery
IF:1.8Q2
DOI:10.4240/wjgs.v17.i2.100237
PMID:40061980
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研究论文 | 本研究探讨硬脂酰辅酶A去饱和酶在结直肠癌中的致癌功能及其作为治疗靶点的潜力 | 首次通过多中心高通量数据整合分析SCD在结直肠癌中的表达意义,并验证氯化两面针碱与SCD的靶向亲和性 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内实验验证 | 探索SCD在结直肠癌中的临床病理学意义及其作为治疗靶点的潜力 | 结直肠癌组织和细胞系 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 免疫组化染色、CRISPR基因敲除筛选、单细胞测序、分子对接 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据 | 2482例结直肠癌样本和1334例非癌结直肠组织对照 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 10040 | 2025-10-07 |
Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles
2025-Feb-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03493-x
PMID:40012008
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研究论文 | 开发了跨物种单细胞转录组数据插补与比较的神经网络框架Icebear | 首次实现跨物种单细胞基因表达谱的准确预测,并揭示哺乳动物X染色体上调的进化适应机制 | 未明确说明模型验证的具体样本规模和应用场景限制 | 解决跨物种单细胞转录组比较的挑战,促进从模式生物到人类的知识迁移 | 真兽类哺乳动物和鸡的单细胞转录组数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |