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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 981 | 2026-04-23 |
An immune-focused supplemental alignment pipeline captures information missed from dominant single-cell RNA-seq analyses, including allele-specific MHC-I regulation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1596760
PMID:40861433
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研究论文 | 本文介绍了一种名为nimble的补充对齐工具,用于增强标准RNA-seq分析流程,特别关注免疫相关基因数据的捕获 | 开发了nimble工具,通过自定义基因空间和可定制的评分标准,补充标准RNA-seq分析,有效恢复因遗传多态性或基因组注释不准确而丢失的免疫基因数据 | 未明确提及具体的技术限制或样本量不足等问题 | 提高RNA-seq数据分析的准确性和完整性,特别是在免疫学研究中捕获标准分析可能遗漏的信息 | RNA-seq数据,包括bulk和单细胞RNA-seq数据,重点关注免疫相关基因如MHC和KIR | 自然语言处理 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | 序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 982 | 2026-04-23 |
Revealing tissue architecture through the hypercomplex Fourier analysis of spatial transcriptomics data
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf191
PMID:41195088
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研究论文 | 本文提出了一种使用四元数域离散傅里叶变换分析空间转录组学数据的方法 | 首次将四元数表示应用于空间转录组学数据,实现多维特征整合和傅里叶分析 | 方法主要针对Visium HD数据,在其他平台或单细胞RNA测序数据中的应用需进一步验证 | 开发新的数学框架以增强空间转录组学数据的分析和可视化能力 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 四元数域离散傅里叶变换 | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD空间转录组学平台 |
| 983 | 2026-04-23 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies CCR6-Driven Immune Landscape Changes in RM1 Prostate Cancer Bone Metastasis
2025 Jan-Dec, DNA and cell biology reports
DOI:10.1089/dcbr.2025.0001
PMID:42004296
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,探讨了CCR6缺失如何影响RM1前列腺癌骨转移模型中骨髓免疫细胞的通讯与动态变化 | 首次在RM1前列腺癌骨转移模型中,通过单细胞RNA测序系统揭示了CCR6驱动的免疫微环境重塑机制,并识别了关键的转录因子网络和细胞通讯通路变化 | 研究基于小鼠模型,虽然与人类去势抵抗性前列腺癌骨转移数据有保守性验证,但直接临床转化仍需进一步人体实验确认 | 探究CCR6在前列腺癌骨转移免疫微环境中的作用机制,以寻找免疫治疗新靶点 | RM1前列腺癌骨转移模型中的骨髓免疫细胞 | 单细胞组学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 野生型与CCR6敲除C57BL/6小鼠注射RM1-BoM3细胞后的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 984 | 2026-04-22 |
Accurate trajectory inference in time-series spatial transcriptomics with structurally-constrained optimal transport
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644194
PMID:40166168
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研究论文 | 本文提出了一种基于最优传输的轨迹推断方法SOCS,用于时间序列空间转录组学数据,以保持生物结构单元的完整性 | SOCS方法在时间序列空间转录组学中引入结构约束,确保生物结构单元在时间上的空间连贯性,这是现有方法所缺乏的 | NA | 开发一种能够准确推断时间序列空间转录组学数据中发育轨迹的方法 | 时间序列空间转录组学数据,特别是卵巢滤泡和肾小管等空间连续区域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 最优传输 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 985 | 2026-04-22 |
The forkhead transcription factor FKH-7/FOXP acts in chemosensory neurons to regulate developmental decision-making
2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638733
PMID:40027766
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研究论文 | 本研究揭示了叉头转录因子FKH-7/FOXP在化学感应神经元中调控发育决策的功能,并建立了连接自闭症相关基因的分子病理研究框架 | 首次发现FKH-7/FOXP在化学感应神经元中调控幼虫进入发育停滞期(dauer阶段)的决策功能,并证明人类FOXP1可在该功能上替代FKH-7 | 研究基于线虫模型,在哺乳动物系统中的直接适用性需要进一步验证 | 探究自闭症相关转录因子FOXP1及其同源物在发育决策中的分子机制 | 线虫(C. elegans)的化学感应神经元及发育决策过程 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 986 | 2026-04-22 |
TimeFlies: an snRNA-seq aging clock for the fruit fly head sheds light on sex-biased aging
2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.25.625273
PMID:39896546
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研究论文 | 本文介绍了TimeFlies,一种基于单细胞RNA测序的果蝇头部衰老时钟,利用深度学习预测供体年龄并揭示性别差异 | 开发了首个基于全基因组基因表达谱的泛细胞类型单细胞转录组衰老时钟,并应用于探究性别差异在衰老中的机制 | 研究局限于果蝇头部,未涉及其他组织或物种,且单细胞测序技术可能存在技术偏差 | 构建一个稳健的单细胞转录组衰老时钟,以识别年龄相关基因并探究性别特异性衰老途径 | 果蝇头部细胞 | 自然语言处理 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | 未指定具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 987 | 2026-04-22 |
Spatial proteomics and transcriptomics characterization of tissue and multiple cancer types including decalcified marrow
2025-Jan, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/18758592241308757
PMID:40109220
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研究论文 | 本研究通过优化空间生物学技术方法,包括开发多癌组织微阵列和分子与蛋白质友好的脱钙方案,评估了PhenoCycler-Fusion和Xenium平台在多种肿瘤类型(包括脱钙骨髓)中的空间蛋白质组学和转录组学应用 | 开发了分子与蛋白质友好的脱钙方案,用于处理FFPE骨髓核心样本,以保留核酸用于有效的空间蛋白质组学和转录组学分析,并建立了系统性的组织质量、标记物完整性和数据可重复性评估方法 | 未明确提及样本量限制或技术适用范围的具体局限性 | 优化空间生物学技术方法,解决不同组织和肿瘤类型的预分析挑战,以支持下游空间生物学研究 | 多癌组织微阵列(TMA)和脱钙处理的FFPE骨髓核心样本 | 空间生物学 | 多癌种 | 空间蛋白质组学、空间转录组学、高重免疫组织化学(IHC)、单细胞分析 | NA | 图像、转录组数据、蛋白质表达数据 | NA | 10x Genomics, Akoya Biosciences | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | Xenium, PhenoCycler-Fusion | Xenium用于空间转录组学分析,PhenoCycler-Fusion用于高重空间蛋白质组学分析 |
| 988 | 2026-04-21 |
Infusible Extracellular Matrix Biomaterial Enhances Cell-Specific Pro-Repair Responses Following Acute Myocardial Infarction
2025-Dec-18, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202503469
PMID:41414646
|
研究论文 | 本研究开发了一种可血管内输注的脱细胞细胞外基质生物材料(iECM),并通过单细胞核RNA测序和空间转录组学技术,揭示了其在急性心肌梗死后促进多种细胞类型修复反应的分子机制 | 首次利用单细胞核RNA测序技术解析了iECM在心肌梗死修复过程中的细胞特异性作用机制,并发现了新的治疗通路 | 研究仅观察了输注后1、3、7天的急性期反应,缺乏长期效果评估 | 探究脱细胞细胞外基质生物材料在心肌梗死修复中的细胞与分子机制 | 心肌梗死模型中的心脏细胞类型(包括巨噬细胞、成纤维细胞、血管细胞等) | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞核RNA测序(snRNAseq)、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 急性时间点(输注后1、3、7天)的多细胞类型样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 989 | 2026-04-21 |
Alveolar Type II Cell-derived MMP1 high basal cells promote destructive microcysts in idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.08.693033
PMID:41573956
|
研究论文 | 本研究探讨了特发性肺纤维化(IPF)中肺泡微囊肿的形成机制,重点关注肺泡II型细胞(AT2)衍生的MMP1高表达基底细胞的作用 | 使用HTII-280作为AT2衍生AT0和基底样细胞的短期谱系标记,结合类器官和空间转录组学(Xenium),揭示了IPF微囊肿中基底细胞扩增与MMP1表达的关联,并发现Frizzled 5 WNT激动剂抗体可逆转AT2衍生基底细胞的MMP1高表达状态 | 研究主要基于体外类器官和异种移植模型,可能无法完全模拟体内IPF的复杂微环境 | 探究IPF中肺泡微囊肿形成的细胞机制及潜在治疗靶点 | 特发性肺纤维化(IPF)患者的肺组织样本,包括肺泡II型细胞(AT2)、AT0细胞、基底样细胞和基底细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 空间转录组学,类器官培养,异种移植 | NA | 空间转录组数据,组织图像 | 未明确指定样本数量,但涉及IPF患者肺组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组学平台 |
| 990 | 2026-04-21 |
Single-cell and spatial detection of senescent cells using DeepScence
2025-Dec-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.101035
PMID:41061702
|
研究论文 | 开发了一种基于深度神经网络的工具DeepScence,用于在单细胞和空间转录组数据中准确识别衰老细胞 | 提出了一个整合多个已发表基因集的衰老相关基因集CoreScence,并基于此构建了深度学习方法DeepScence,在多种数据类型的衰老细胞识别中显著优于现有方法 | NA | 开发一种能够准确识别衰老细胞的方法,以研究其空间和分子特征 | 衰老细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 991 | 2026-04-21 |
Anti-progestin therapy targets hallmarks of breast cancer risk
2025-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09684-7
PMID:41193807
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研究论文 | 本研究评估了使用醋酸乌利司他进行孕酮受体拮抗治疗12周,对24名绝经前女性乳腺癌风险替代标志物的影响 | 首次通过多组学分析和活细胞方法,揭示了醋酸乌利司他通过基质重塑和管腔祖细胞抑制来预防乳腺癌的机制,并发现了胶原VI与SOX9管腔祖细胞定位之间的空间关联 | 样本量较小(仅24名参与者),且为短期(12周)干预研究,长期效果和安全性尚需进一步验证 | 评估孕酮受体拮抗剂醋酸乌利司他是否能够降低绝经前女性的乳腺癌风险标志物 | 24名绝经前女性乳腺癌风险患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、组织学、原子力显微镜、MRI扫描 | NA | 图像、文本、视频 | 24名绝经前女性 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 992 | 2026-04-21 |
Tracking clonal evolution during treatment in ovarian cancer using cell-free DNA
2025-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09580-0
PMID:41034582
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研究论文 | 本研究开发了CloneSeq-SV方法,结合单细胞全基因组测序和靶向深度测序,利用克隆特异性结构变异追踪卵巢癌治疗过程中的克隆演化 | 利用肿瘤克隆特异性结构变异作为高灵敏内源性cfDNA标志物,实现治疗过程中共存克隆群体的相对丰度测量和进化分析 | 研究样本量有限(18例患者),且主要针对高级别浆液性卵巢癌,可能不适用于其他癌症类型 | 研究高级别浆液性卵巢癌治疗过程中耐药性的克隆演化机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者 | 基因组学 | 卵巢癌 | 单细胞全基因组测序,靶向深度测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因组DNA,细胞游离DNA,RNA | 18例患者 | NA | 单细胞全基因组测序,靶向深度测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 993 | 2026-04-21 |
PTEN restrains SHH medulloblastma growth through cell autonomous and nonautonomous mechanisms
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.31.667996
PMID:40766638
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研究论文 | 本研究探讨PTEN基因在SHH亚型髓母细胞瘤中通过细胞自主和非自主机制抑制肿瘤生长的作用 | 揭示了PTEN缺失通过促进细胞增殖、增强祖细胞状态以及减少巨噬细胞浸润和细胞毒性,加速SHH髓母细胞瘤生长的双重机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类患者中的直接验证尚需进一步研究 | 探究PTEN基因在SHH髓母细胞瘤生长中的调控机制及其对疾病预后的影响 | SHH亚型髓母细胞瘤小鼠模型及小脑颗粒细胞前体细胞 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 994 | 2026-04-21 |
Single-cell transcriptomic and chromatin dynamics of the human brain in PTSD
2025-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09083-y
PMID:40533550
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和染色质动态分析,揭示了创伤后应激障碍(PTSD)在人脑前额叶皮层中的细胞特异性分子调控机制 | 首次在超过两百万个细胞核中,以细胞类型特异性方式整合遗传、转录组和表观遗传数据,系统解析PTSD的调控机制,并利用空间转录组学验证关键基因 | 研究基于死后脑组织样本,可能无法完全反映活体状态下的动态变化;样本量虽大,但疾病异质性可能影响结果普适性 | 探究PTSD在人脑前额叶皮层中的细胞特异性分子基础与调控网络 | 111个人类死后大脑的背外侧前额叶皮层细胞核 | 单细胞组学 | 创伤后应激障碍 | 单细胞转录组测序、染色质可及性分析、空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据、表观遗传数据、空间转录组数据 | 超过两百万个细胞核,来自111个人类大脑样本 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 995 | 2026-04-21 |
Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress
2025-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08941-z
PMID:40307555
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学方法,揭示了水稻根部组织如何通过细胞特异性转录响应适应土壤压力 | 首次在单细胞分辨率下展示了根部组织如何响应土壤异质性和压实压力,并识别了由韧皮部细胞释放的脱落酸调控的细胞壁重塑和屏障形成机制 | 研究主要基于水稻模型,可能无法完全代表其他植物物种的响应机制 | 探究根部组织在单细胞尺度上如何适应不同土壤条件和压力 | 水稻根部细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 996 | 2026-04-21 |
Unraveling the Heterogeneity of CD8+ T-Cell Subsets in Liver Cirrhosis: Implications for Disease Progression
2025-05-15, Gut and liver
IF:3.4Q2
DOI:10.5009/gnl230345
PMID:38623058
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研究论文 | 本研究通过转录组和单细胞测序分析,揭示了肝硬化中CD8+ T细胞的异质性,特别是CXCL13+ Tex细胞在疾病进展中的作用 | 首次在肝硬化中系统鉴定出八个CD8+ T细胞亚型,并明确了CXCL13+ Tex细胞作为终末耗竭亚型与疾病严重程度及肝癌预后不良的相关性 | 研究主要基于测序数据分析,缺乏体内功能验证实验来直接证明CXCL13+ Tex细胞的因果作用 | 阐明肝硬化中CD8+ T细胞的异质性及其在疾病进展中的分子机制 | 肝硬化患者的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肝硬化 | 转录组测序, 单细胞测序 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 谱系追踪, 差异分析 | RNA-seq数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 997 | 2026-04-21 |
PDGF-BB overexpressing dental pulp stem cells improve angiogenesis in dental pulp regeneration
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1578410
PMID:40343206
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现人牙髓中PDGF(+)间充质子集具有增强的血管生成特征,并通过过表达PDGF-BB的牙髓干细胞改善牙髓再生中的血管生成 | 首次利用单细胞RNA测序识别牙髓中具有血管生成潜能的PDGF(+)间充质子集,并通过基因工程过表达PDGF-BB增强牙髓干细胞的血管生成能力 | 研究主要基于体外和动物模型,临床转化效果需进一步验证 | 改善牙髓再生中的血管生成,以克服牙髓组织营养供应受限的挑战 | 人牙髓样本、牙髓干细胞(DPSCs)、人脐静脉内皮细胞(HUVECs)、大鼠肾脏包膜移植模型 | 数字病理学 | 牙髓疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫组化、慢病毒载体转导 | NA | RNA测序数据、图像数据 | 未明确具体样本数量,涉及人牙髓样本和大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 998 | 2026-04-20 |
Distinct populations of lung capillary endothelial cells and their functional significance
2025-Dec-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09420-x
PMID:41449269
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学技术,揭示了肺毛细血管内皮细胞的五个新亚群及其在生理和病理中的功能意义 | 首次识别出五个具有不同分子特征和功能的肺毛细血管内皮细胞新亚群,包括表达Scn7a和Clic4离子转运蛋白的亚群、有丝分裂活跃的'根'细胞以及表达Lingo2的静脉-毛细血管内皮细胞 | 研究主要基于单细胞转录组学数据,可能未完全捕捉细胞的空间分布和动态相互作用,且缺氧模型可能无法完全模拟所有肺疾病的病理条件 | 探究肺毛细血管内皮细胞的异质性及其在正常生理和肺疾病病理生物学中的功能作用 | 肺毛细血管内皮细胞 | 数字病理学 | 肺疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 999 | 2026-04-20 |
RUNX1T1-HDAC Reprogramming of the HOX Code Signaling Drives a Targetable Pan-Cancer Lineage Plasticity
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.07.681000
PMID:41280130
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研究论文 | 本研究通过分析多组学数据,发现RUNX1T1-HDAC复合物通过重编程HOX代码信号驱动泛癌谱系可塑性,并揭示了其作为可药物靶点的潜力 | 首次将RUNX1T1鉴定为泛癌谱系可塑性的新型生物标志物,揭示了RUNX1T1-HDAC复合物调控HOX代码的机制,并证明HDAC抑制可选择性靶向可塑性细胞 | 研究主要基于生物信息学分析和体外验证,需要更多体内实验和临床试验进一步证实其治疗潜力 | 探索癌症谱系可塑性的分子机制并寻找可靶向的生物标志物 | 前列腺癌、肺癌和急性髓系白血病(AML)的癌细胞 | 生物信息学 | 前列腺癌, 肺癌, 急性髓系白血病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 多组学分析, AI建模 | AI-based modeling | 转录组数据 | 超过80,000个RNA-seq样本,涵盖114种癌症类型,包括大量临床前和临床队列 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1000 | 2026-04-20 |
Integrative genomics elucidates the evolutionary, temporal, and developmental origins of a hydrocephalus risk gene
2025-Sep-02, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.09.01.25334358
PMID:40950474
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研究论文 | 本研究通过整合基因组学方法,阐明了脑积水风险基因MAEL的进化起源、时间表达模式及在新生儿大脑发育过程中的细胞谱系特异性表达 | 首次系统描绘了MAEL基因在人类大脑发育过程中的时空表达谱,并直接验证了其在人类脑积水组织中的表达下调,为理解该基因在疾病中的作用机制提供了进化与发育背景 | 研究主要基于观察性数据,MAEL表达下调与脑积水之间的直接因果关系仍需进一步的体外和体内功能实验验证 | 阐明MAEL基因的进化起源及其在人类大脑发育和脑积水中的表达模式 | MAEL基因、人类大脑组织(包括正常发育大脑和脑积水手术获取的皮质组织) | 基因组学 | 脑积水 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、系统进化分析、基因表达定量 | NA | 基因序列数据、单细胞转录组数据 | 来自艾伦研究所发育中人类大脑图谱的49个脑区scRNA-seq数据,以及手术获取的原代脑积水皮质组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |