单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-03-30	M2 macrophages regulate nucleus pulposus cell extracellular matrix synthesis through the OPN-CD44 axis in intervertebral disc degeneration 2025-Apr, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.12.007 PMID:39842659	research paper	本研究探讨了M2巨噬细胞通过OPN-CD44轴调节髓核细胞外基质合成在椎间盘退变中的作用	揭示了巨噬细胞通过OPN-CD44轴调节髓核细胞外基质合成的新机制，为椎间盘退变的治疗提供了新靶点	研究主要基于体外和小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究巨噬细胞在椎间盘退变中的作用机制	巨噬细胞和髓核细胞	生物医学	椎间盘退变	单细胞转录组测序、免疫组织化学、体外共培养	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	人类髓核样本、腰椎不稳小鼠和纤维环穿刺小鼠
982	2025-03-30	Targeted editing of CCL5 with CRISPR-Cas9 nanoparticles enhances breast cancer immunotherapy 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02032-6 PMID:39870938	研究论文	本研究探讨了使用CRISPR-Cas9技术与FCPCV纳米颗粒靶向编辑CCL5基因，以增强乳腺癌免疫治疗的疗效	创新性地结合CRISPR-Cas9技术与FCPCV纳米颗粒靶向编辑CCL5基因，为乳腺癌免疫治疗提供了新策略	研究中未提及长期副作用或临床应用的具体障碍	提高乳腺癌免疫治疗的疗效	乳腺癌细胞和人源化小鼠模型	基因编辑与免疫治疗	乳腺癌	CRISPR-Cas9, scRNA-seq	人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但包括体外实验和体内小鼠模型
983	2025-03-30	Biophysical and Biochemical Roles of Shear Stress on Endothelium: A Revisit and New Insights 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325685 PMID:40146803	综述	本文回顾了血流剪切力对内皮细胞的生物物理和生化作用，特别关注其对心血管病理生理学的影响	整合了剪切力的生物物理和生化方面，提供了临床前和临床水平上血流动力学与内皮稳态之间复杂相互作用的新见解	讨论了体外和体内研究剪切力的实验模型及其潜在局限性	探讨剪切力对内皮细胞的影响及其在心血管疾病中的作用	内皮细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞测序、空间组学、代谢组学、多组学技术	NA	NA	NA
984	2025-03-30	Cardiac Fibrosis in the Multi-Omics Era: Implications for Heart Failure 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325402 PMID:40146800	综述	本文综述了高通量组学技术如何革新对心脏纤维化分子机制的理解，并探讨了这些技术在心脏纤维化研究中的应用	整合多组学数据揭示了心脏纤维化的新致病机制和潜在治疗靶点，包括细胞类型特异性干预和代谢调节剂	综述文章未涉及具体实验验证，且多组学数据的临床转化仍面临挑战	探讨多组学时代下心脏纤维化的研究进展及其对心力衰竭治疗的意义	心脏纤维化的分子机制及其与心力衰竭的关系	生物医学	心血管疾病	基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学	NA	多组学数据	NA
985	2025-03-30	Resolving spatiotemporal dynamics in bacterial multicellular populations: approaches and challenges 2025-Mar-27, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR IF:8.0Q1 DOI:10.1128/mmbr.00138-24 PMID:39853129	综述	本文综述了研究细菌多细胞群体时空动态的方法与挑战	强调了单细胞技术在研究细菌多细胞性中的创新应用，包括新型显微技术、质谱成像、流式细胞术等	未提及具体技术的局限性，更多是技术应用的综述	探索细菌多细胞群体的组装和动态，以理解其集体功能	细菌多细胞群体，特别是分化的细菌生物膜（菌落）	微生物学	NA	单细胞技术、显微技术、质谱成像、流式细胞术、空间转录组学、单细菌RNA测序	NA	时空动态数据、转录组数据、图像数据	NA
986	2025-03-30	Uncovering Hippo pathway-related biomarkers in acute myocardial infarction via scRNA-seq binding transcriptomics 2025-Mar-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-94820-6 PMID:40133574	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了急性心肌梗死中Hippo信号通路相关生物标志物	首次结合单细胞转录组学和机器学习算法鉴定出5个新型AMI生物标志物，并预测了179种潜在治疗药物	动物模型与人类疾病存在差异，临床转化需要进一步验证	揭示急性心肌梗死的分子机制并寻找诊断生物标志物	急性心肌梗死患者样本和实验动物模型	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, qRT-PCR, Western blot	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据	未明确说明患者样本量，包含小鼠心肌细胞和心肌组织
987	2025-03-30	Clonal expansion dictates the efficacy of mitochondrial lineage tracing in single cells 2025-Mar-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03540-7 PMID:40134031	研究论文	本研究通过计算建模和单细胞基因组学探讨了线粒体DNA变体在不同生物环境中的起源和克隆动态	揭示了线粒体DNA变体作为细胞谱系标记的有效性高度依赖于克隆扩张的程度，并提出了一个谱系信息评分来识别可靠的线粒体谱系追踪标记	研究主要关注线粒体DNA变体在特定条件下的应用，可能不适用于所有细胞类型或生物环境	评估线粒体DNA变体作为内源性条形码在人类细胞谱系追踪中的有效性	线粒体DNA变体在单细胞中的动态	基因组学	NA	单细胞基因组学、计算建模	NA	基因组数据	NA
988	2025-03-30	Kölliker's Organ Functions as a Developmental Hub in Mouse Cochlea Regulating Spiral Limbus and Tectorial Membrane Development 2025-Mar-26, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0721-24.2025 PMID:39909560	research paper	研究揭示了Kölliker's organ在小鼠耳蜗发育中作为调节螺旋缘和覆膜发育的枢纽作用	首次发现Kölliker's organ通过上皮-间充质信号调节螺旋缘基质沉积，并确认了CTGF在该过程中的下游作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究Kölliker's organ在小鼠耳蜗发育中的功能机制	小鼠耳蜗中的Kölliker's organ及其周边结构	发育生物学	听力障碍	单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明数量的雌雄小鼠样本
989	2025-03-30	Single-cell RNA sequencing reveals potential therapeutic targets in the tumor microenvironment of lung squamous cell carcinoma 2025-Mar-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93916-3 PMID:40140461	research paper	通过单细胞RNA测序揭示肺鳞状细胞癌肿瘤微环境中的潜在治疗靶点	利用非负矩阵分解识别独特的恶性细胞表型（meta-programs），并揭示其临床相关性	研究基于公共数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索肺鳞状细胞癌（LUSC）肿瘤微环境的组成及其临床意义	肺鳞状细胞癌（LUSC）的肿瘤微环境	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	non-negative matrix factorization	RNA-seq data	两个队列的公共LUSC数据集
990	2025-03-30	Ectopic expression of Slc1a2 in the prefrontal cortex of sleep-deprived male mice counteracts the glutamate/GABA-glutamine dysfunction 2025-Mar-26, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02161-7 PMID:40140835	研究论文	本研究探讨了Slc1a2在前额叶皮层中的异位表达对睡眠剥夺引起的谷氨酸/GABA-谷氨酰胺循环紊乱的影响	揭示了Slc1a2异位表达通过关键的星形胶质细胞-神经元通讯逆转睡眠剥夺诱导的GABA功能障碍	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性或其他物种	阐明睡眠剥夺对神经功能的影响机制及潜在治疗方法	雄性小鼠的前额叶皮层	神经科学	睡眠障碍	单细胞RNA测序、电生理学、免疫荧光染色、[1H-13C]-核磁共振	NA	基因表达数据、行为数据、代谢数据	未明确提及具体样本数量的小鼠
991	2025-03-30	Unraveling anoikis in glioblastoma: insights from single-cell sequencing and prognostic modeling 2025-Mar-26, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03752-8 PMID:40140848	研究论文	本研究通过单细胞测序和预后模型探讨了胶质母细胞瘤中anoikis的作用及其在肿瘤进展和预后中的重要性	利用单细胞测序和机器学习算法构建了anoikis相关基因的预后模型，并验证了关键基因SLC43A3在肿瘤组织中的上调及其与不良预后的关联	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨anoikis在胶质母细胞瘤进展和预后中的作用	胶质母细胞瘤患者和细胞系	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、转录组测序	机器学习算法	基因表达数据	来自TCGA、GEO和CGGA数据库的多组数据
992	2025-03-30	Combined analysis of single-cell and bulk transcriptome sequencing data identifies critical glycolysis genes in idiopathic pulmonary arterial hypertension 2025-Mar-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06373-x PMID:40140873	研究论文	本研究通过结合单细胞和批量转录组测序数据，鉴定了特发性肺动脉高压（IPAH）中糖酵解代谢的关键调控基因	首次通过整合单细胞和批量转录组数据分析，识别出IPAH中成纤维细胞介导的糖酵解关键基因IGF1、KARS、CASP3和CDKN2A	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅使用了大鼠模型	探究IPAH中糖酵解代谢的关键调控机制	IPAH患者组织样本和大鼠PH模型	生物信息学	肺动脉高压	单细胞测序、批量转录组测序、scMetabolism分析、AUCcell分析、ssGSEA方法、WGCNA、PPI网络分析	大鼠MCT诱导的PH模型	转录组数据	GEO数据库中的IPAH患者样本和大鼠模型
993	2025-03-30	Spatiotemporal profiling of adhesion G protein-coupled receptors in developing mouse and human pancreas reveals a role for GPR56 in islet development 2025-Mar-26, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05659-z PMID:40137991	研究论文	本研究通过时空分析揭示了粘附G蛋白偶联受体（aGPCRs）在小鼠和人类胰腺发育中的表达模式，并探讨了GPR56在胰岛发育中的作用	首次系统性地描述了aGPCRs在胰腺发育中的动态表达模式，并发现GPR56在β细胞增殖中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据相对有限	探究aGPCRs在胰腺内分泌细胞发育中的功能	发育中的小鼠和人类胰腺	发育生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、空间转录组学、qPCR分析	Gpr56基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、基因表达数据	小鼠模型和不同妊娠阶段的人类胰腺样本
994	2025-03-30	Temporal dynamics of immune cell transcriptomics in brain metastasis progression influenced by gut microbiome dysbiosis 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115356 PMID:40023843	research paper	研究肠道微生物失调对脑转移过程中免疫细胞转录组动态变化的影响	揭示了肠道微生物组多样性在调节脑转移负担中的作用，并通过单细胞测序展示了免疫景观的动态变化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨肠道微生物组在脑转移免疫反应动态调节中的作用	脑转移过程中的免疫细胞（单核细胞、小胶质细胞、T细胞）	digital pathology	brain metastasis	单细胞测序	NA	转录组数据	小鼠模型
995	2025-03-30	iMetAct: An integrated systematic inference of metabolic activity for dissecting tumor metabolic preference and tumor-immune microenvironment 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115375 PMID:40053454	research paper	本文介绍了一个名为iMetAct的框架，用于从基因表达数据推断代谢酶活性，并应用于肝癌亚型分析和肿瘤微环境研究	iMetAct整合了代谢-转录网络和信息传播策略，能够考虑翻译后修饰的影响，优于基于表达的方法	未明确提及具体样本量或验证数据集	开发高精度推断代谢酶活性的方法，解析肿瘤代谢偏好和肿瘤-免疫微环境	肝癌细胞及其代谢酶活性	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序	信息传播网络	基因表达数据	NA
996	2025-03-30	Secreted neurofilament light chain after neuronal damage induces myeloid cell activation and neuroinflammation 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115382 PMID:40056413	研究论文	研究探讨了神经元损伤后分泌的神经丝轻链（NfL）如何激活髓系细胞并引发神经炎症	揭示了NfL在神经元损伤后的释放机制及其在神经退行性疾病中的作用，提出NfL作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究NfL在神经元损伤和神经退行性疾病中的作用	神经元、小胶质细胞、髓系细胞	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	单细胞RNA测序	SOD1小鼠模型	RNA测序数据	小鼠模型
997	2025-03-30	Transcriptional signatures of hippocampal tau pathology in primary age-related tauopathy and Alzheimer's disease 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115422 PMID:40085647	研究论文	研究通过GeoMx空间转录组学技术，量化了原发性年龄相关tau蛋白病（PART）和阿尔茨海默病（AD）海马神经元中tau病理的转录特征	揭示了PART和AD中tau病理相关的转录变化相似性，并发现了与神经元内tau相关的两种转录特征	研究仅针对海马神经元，未涉及其他脑区	探索PART和AD中tau病理的转录特征及其相似性	海马神经元	神经科学	阿尔茨海默病	GeoMx空间转录组学	NA	mRNA表达数据	PART和AD患者的神经元样本
998	2025-03-30	Characterizing resistant cellular states in nasopharyngeal carcinoma during EBV lytic induction 2025-Mar-25, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03341-z PMID:40133476	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析了鼻咽癌细胞在EBV裂解诱导下的不同细胞反应，发现了一种与癌症干细胞相似的抗性细胞状态	首次在EBV裂解诱导治疗中识别出具有SOX2和NTRK2高表达的抗性细胞状态，并验证了这些基因在表现癌症干细胞表型中的作用	研究仅使用了NPC43细胞系这一体外模型，可能无法完全反映体内肿瘤的复杂性	探索EBV裂解诱导治疗在鼻咽癌中的细胞异质性反应	EBV阳性的鼻咽癌细胞系NPC43	肿瘤生物学	鼻咽癌	单细胞转录组学	体外细胞模型	基因表达数据	NPC43细胞系
999	2025-03-30	Identification of CACNB1 protein as an actionable therapeutic target for hepatocellular carcinoma via metabolic dysfunction analysis in liver diseases: An integrated bioinformatics and machine learning approach for precise therapy 2025-Mar-25, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142315 PMID:40139615	研究论文	通过整合生物信息学和机器学习方法，识别CACNB1蛋白作为肝细胞癌的可操作治疗靶点，并分析肝病中的代谢功能障碍	利用单细胞RNA测序分析NAFLD衍生的肝硬化的微环境中的代谢活动，开发了一种基于高斯混合模型的纤维化预测模型，并识别了CACNB1蛋白作为HCC的治疗靶点	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	通过代谢分子亚型分析，为NAFLD和HCC患者提供精确治疗和风险分层	NAFLD和HCC患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 机器学习算法	高斯混合模型(GMM)	基因表达数据	806例NAFLD样本和267例正常肝样本
1000	2025-03-30	Heterogeneity of fibroblasts from different anatomical sites in healthy human knee ligaments revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Mar-24, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111040 PMID:40139473	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了健康人膝关节韧带中不同解剖部位成纤维细胞的异质性	鉴定了可能与膝关节韧带解剖相关的三个成纤维细胞亚群，并揭示了它们的分化关系，以及可能与膝关节韧带解剖功能相关的FTH1/FTL_SCARA5信号通路	研究仅针对健康受试者，未涉及膝关节韧带疾病患者	研究膝关节韧带的生理功能和特性，以及不同部位韧带结构与功能的关系	15名健康受试者的膝关节韧带细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	约106,077个细胞，来自15名健康受试者