单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-14	Protocol for predicting single- and multiple-dose-dependent gene expression using deep generative learning 2025-Jul-11, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103932 PMID:40650899	研究论文	本文提出了一种使用深度生成学习预测单剂量和多剂量依赖性基因表达的协议	开发了scVIDR，一种专为剂量依赖性化学扰动设计的VAE模型，用于单细胞基因表达建模	未提及模型在特定数据集上的性能限制或适用范围	预测单剂量和多剂量依赖性基因表达	单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据	机器学习	NA	scRNA-seq	VAE	基因表达数据	NA
82	2025-07-14	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2025-Jul-10, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447 PMID:40329537	研究论文	本研究通过整合空间转录组学(ST)和单核RNA测序(snRNA-seq)数据，提高了阿尔茨海默病(AD)相关表型的空间信息差异基因表达(DGE)分析能力	首次整合ST和snRNA-seq数据进行空间信息增强的细胞类型特异性DGE分析，发现传统CTS分析无法检测到的AD风险基因	ST数据样本量较小可能限制分析效力，研究仅针对DLPFC脑区	提高阿尔茨海默病相关表型的空间分辨基因表达分析能力	436例死后大脑的背外侧前额叶皮层(DLPFC)组织	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST), 单核RNA测序(snRNA-seq)	线性混合模型	基因表达数据	436个死后大脑样本的DLPFC组织，约150万个细胞
83	2025-07-14	PLIN2 promotes colorectal cancer progression through CD36-mediated epithelial-mesenchymal transition 2025-Jul-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07836-1 PMID:40640171	研究论文	该研究揭示了PLIN2通过CD36介导的上皮-间质转化促进结直肠癌进展的分子机制	首次发现PLIN2/CD36轴通过稳定CD36蛋白表达促进EMT过程，为结直肠癌治疗提供新靶点	未在更多临床队列中验证PLIN2的预后价值，动物模型需要进一步优化	探究结直肠癌进展的关键分子机制并构建预后预测模型	结直肠癌细胞系和临床患者样本	肿瘤分子生物学	结直肠癌	WGCNA、scRNA-seq、空间转录组、免疫共沉淀	LASSO回归模型、Cox回归模型	基因表达谱数据、单细胞测序数据、组织芯片数据	120个免疫细胞表达谱+临床标本验证
84	2025-07-14	Exploration and validation of the prognostic value of mitophagy and mitochondrial dynamics-related genes in cervical cancer 2025-Jul-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-09310-6 PMID:40640353	研究论文	本研究探讨并验证了线粒体自噬和线粒体动力学相关基因在宫颈癌中的预后价值	首次结合孟德尔随机化(MR)和101种机器学习模型识别宫颈癌中线粒体自噬和线粒体动力学相关的预后基因，并构建了风险分层模型	研究样本量未明确说明，且模型AUC值仅超过0.6，预测准确性有待提高	评估线粒体自噬和线粒体动力学过程在宫颈癌中的预后意义	宫颈癌患者	数字病理学	宫颈癌	孟德尔随机化(MR)，机器学习，单细胞RNA测序(scRNA-seq)，基因集富集分析(GSEA)	101种机器学习模型	基因表达数据	NA
85	2025-07-14	Single cell RNA sequencing analysis of mice hindlimb muscles identifies transcriptional heterogeneity in aging and physical frailty 2025-Jul-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10421-3 PMID:40640360	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠后肢肌肉，揭示了衰老和身体衰弱中的转录异质性	首次在单细胞水平上研究了衰老相关和年龄无关的衰弱转录变化，并鉴定了B细胞和卫星细胞在衰弱过程中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究衰老和身体衰弱的分子机制	小鼠后肢肌肉细胞	单细胞转录组学	老年疾病	单细胞RNA测序, SMART-sequencing	NA	RNA-seq数据	年轻和老年小鼠（分为非衰弱年轻/老年组和衰弱老年组）
86	2025-07-14	Unveiling the therapeutic potential of senescence-related IQGAP2 in pancreatic Cancer through post-GWAS genomic and scRNA-seq analyses 2025-Jul-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03078-x PMID:40640432	研究论文	通过后GWAS基因组和单细胞RNA测序分析揭示衰老相关基因IQGAP2在胰腺癌中的治疗潜力	首次使用孟德尔随机化(MR)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)相结合的方法，揭示了IQGAP2在胰腺癌中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于基因表达数据，缺乏直接的体内或体外功能验证实验	探索衰老相关基因在胰腺癌发展中的作用及其治疗潜力	胰腺癌患者样本和相关的基因表达数据	基因组学	胰腺癌	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), HEIDI测试, 共定位分析	NA	基因组数据, 单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量
87	2025-07-14	MTMR14 depletion aggravates intrapulmonary inflammation and emphysema in experimental COPD through activating macrophage M1 polarization 2025-Jul-10, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03293-8 PMID:40640787	research paper	本研究探讨了MTMR14在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中巨噬细胞极化的作用及其机制	首次揭示了MTMR14通过PI3K/Akt和NF-κB通路负调控巨噬细胞M1极化的分子机制，并发现TRIM21通过泛素-蛋白酶体系统下调MTMR14	研究主要基于动物和细胞模型，临床样本验证有限	探究MTMR14在COPD巨噬细胞中的功能机制	巨噬细胞极化、肺泡上皮细胞	分子病理学	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	单细胞测序分析、免疫共沉淀、环己酰亚胺追踪实验	Mtmr14基因敲除小鼠模型、巨噬细胞敲低/过表达模型	基因表达数据、临床标本数据	临床标本、动物模型和细胞模型
88	2025-07-14	Temporal dynamics of the multi-omic response reveals the modulation of macrophage subsets post-myocardial infarction 2025-Jul-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06726-6 PMID:40640882	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，全面分析了心肌梗死后巨噬细胞亚群的异质性和动态蛋白质水平变化	首次整合scRNA-seq和蛋白质组学数据，揭示了心肌梗死后巨噬细胞亚群的蛋白质水平动态变化及其翻译后修饰特征	研究仅基于动物实验数据，未验证人类样本中的发现	阐明心肌梗死后巨噬细胞亚群的动态变化及其蛋白质修饰对预后的影响	心肌梗死后巨噬细胞亚群	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 蛋白质组学	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据	未明确说明样本数量（基于公共数据库ArrayExpress数据及实验动物模型）
89	2025-07-14	Biomarkers and therapeutic strategies targeting microglia in neurodegenerative diseases: current status and future directions 2025-Jul-10, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-025-00867-4 PMID:40640892	review	本文综述了神经退行性疾病中小胶质细胞功能障碍的核心作用，探讨了相关生物标志物和治疗策略的现状与未来方向	强调了小胶质细胞功能障碍作为疾病进展的核心驱动因素，并讨论了新兴的生物标志物和治疗靶点，如TREM2、PGRN、SORT1等	许多生物标志物仍限于临床前研究，面临物种特异性差异、缺乏标准化和临床异质性等转化挑战	探讨神经退行性疾病中小胶质细胞功能障碍的生物标志物和治疗策略	阿尔茨海默病(AD)、肌萎缩侧索硬化症(ALS)、帕金森病(PD)和额颞叶痴呆(FTD)等神经退行性疾病	神经科学	神经退行性疾病	单细胞组学、空间转录组学、AI驱动的多模态数据整合	NA	血液、脑脊液(CSF)和影像学数据	NA
90	2025-07-14	Machine learning identifies lipid-associated genes and constructs diagnostic and prognostic models for idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jul-10, Orphanet journal of rare diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s13023-025-03876-0 PMID:40640934	研究论文	本研究通过机器学习方法识别与脂质代谢相关的基因，并构建了特发性肺纤维化（IPF）的诊断和预后模型	首次将脂质代谢相关基因与IPF发病机制联系起来，并利用机器学习算法构建了诊断和预后模型，同时通过单细胞测序和功能实验验证了KLF4基因的作用	研究结果需要进一步在更大样本和临床环境中验证，KLF4的具体作用机制还需深入研究	探索脂质代谢与特发性肺纤维化发病机制的关系，并构建相关诊断和预后模型	特发性肺纤维化患者样本及相关基因数据	机器学习	特发性肺纤维化	WGCNA、单细胞测序、机器学习算法	诊断和预后模型	基因表达数据	多个数据集中的IPF样本（具体数量未明确说明）
91	2025-07-14	Chronic kidney disease facilitates TNF-α + neutrophils dysfunction and progression in oral squamous cell carcinoma 2025-Jul-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115184 PMID:40644859	研究论文	本研究探讨了慢性肾病（CKD）在口腔鳞状细胞癌（OSCC）进展中的作用及其机制	揭示了TNF-α+中性粒细胞通过释放TNF-α和调控Tregs及CTLs的功能动态促进OSCC进展的新机制	样本量较小（52例患者），且研究结果主要基于小鼠模型，需进一步在更大规模的人类研究中验证	研究CKD在OSCC进展中的作用及其机制	OSCC患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多色免疫荧光	小鼠皮下肿瘤模型	临床数据、RNA测序数据、免疫荧光图像	52例OSCC患者（其中23例伴有CKD）及小鼠模型
92	2025-07-14	A clinical road map for single-cell omics 2025-Jul-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.06.009 PMID:40645168	研究论文	本文探讨了单细胞组学技术在临床决策中的应用潜力及其面临的挑战	提出了一个框架，用于识别可能受益于单细胞转录组学生物标志物的患者亚群，并概述了从单细胞组学中获取可重复和可操作的临床读数的实验和计算要求	单细胞技术尚未常规用于医学或外科决策	推动单细胞组学技术在临床诊断、疾病进展监测和治疗策略个性化中的应用	单细胞转录组学及其在临床决策中的应用	生物医学	NA	单细胞组学	NA	单细胞数据	NA
93	2025-07-14	Next-generation immune profiling - beyond blood cancer cells 2025-Jul-10, Trends in molecular medicine IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.molmed.2025.06.004 PMID:40645853	research paper	本文探讨了下一代免疫分析技术在血液恶性肿瘤诊断和治疗中的应用，超越了传统的癌细胞特征分析	提出将非恶性免疫环境作为治疗靶点或生物标志物，并倡导将单细胞测序、空间转录组学等先进技术整合到临床工作流程中	目前WHO/ICC 2022诊断分类仍主要关注癌细胞特征，对免疫环境的忽视限制了诊断准确性和个体化治疗潜力	改进血液恶性肿瘤的诊断分类和精准免疫治疗	血液恶性肿瘤及其免疫环境	digital pathology	blood cancer	single-cell sequencing, spatial transcriptomics, advanced cytometry	NA	NA	NA
94	2025-07-14	Origin, functions, heterogeneity and associated diseases of B-1 cells 2025-Jul-10, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110561 PMID:40651736	综述	本文综述了B-1细胞的起源、功能、异质性及其相关疾病	讨论了B-1细胞的异质性在特定病理生理特征下的研究进展，部分通过单细胞测序分析阐明	B-1细胞的起源尚未完全明确，存在两种关于其谱系和分化途径的假说	探讨B-1细胞的起源、生物学功能及其在人类疾病中的作用	B-1细胞	免疫学	自身免疫性疾病、感染性疾病、炎症性疾病	单细胞测序分析	NA	NA	NA
95	2025-07-14	Pan-cancer analysis of acetylcholinesterase (AChE) expression by a data-driven approach: future directions of AChE in cancer neuroscience 2025-Jul-10, Chemico-biological interactions IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.cbi.2025.111647 PMID:40651751	研究论文	通过数据驱动的方法对乙酰胆碱酯酶（AChE）在泛癌中的表达特征进行了全面的生物信息学分析	首次从泛癌角度揭示了AChE表达与癌症发展和预后的相关性，并预测了AChE表达在GBM进展中的潜在作用	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索AChE表达与癌症发展和预后的关系	泛癌数据集，包括癌症基因组图谱和基因型组织表达数据库	生物信息学	癌症	生物信息学分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自多个癌症类型的泛癌数据集
96	2025-07-14	Early developmental origins of cortical disorders modeled in human neural stem cells 2025-Jul-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61316-w PMID:40634286	研究论文	本研究探讨了人类神经干细胞在端脑命运转变过程中皮质和神经精神障碍相关基因的表达动态	揭示了疾病特异性关键阶段，当神经干细胞可能更容易受到基因功能障碍的影响，并模拟了风险转录因子缺失对神经细胞轨迹的影响	研究主要基于体外和体内数据集，可能无法完全反映真实发育环境	探索人类端脑发育早期阶段在皮质障碍病因学中的作用	人类神经干细胞(NSCs)	神经科学	皮质障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
97	2025-07-14	Diverse Subpopulations of Reactive Astrocytes Following Chronic Toxoplasma Infection 2025-Jul-09, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70053 PMID:40635167	研究论文	该研究探讨了慢性弓形虫感染后反应性星形胶质细胞的多样化亚群及其功能特征	揭示了慢性神经炎症期间反应性星形胶质细胞亚群的动态变化及其功能特征，特别是发现了表达甲状腺素运载蛋白（Ttr）的星形胶质细胞亚群在免疫调节中的新作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	研究慢性神经炎症期间反应性星形胶质细胞的多样性和功能演变	慢性弓形虫感染后的反应性星形胶质细胞	神经科学	神经感染性疾病	单细胞RNA测序	Lcn2CreERT2报告小鼠模型	基因表达数据	NA
98	2025-07-14	Environmental nano-particulates induced pre-implantation embryonic toxicity in pluripotent stem cell-derived blastoids 2025-Jul-09, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2025.126809 PMID:40645264	research paper	该研究利用多能干细胞衍生的blastoids模型评估了环境纳米颗粒污染物对早期胚胎发育的毒性影响	首次构建了灵长类多能干细胞衍生的blastoids平台，并整合单细胞RNA测序和质谱技术创建了多维度早期胚胎暴露组数据库	研究结果基于体外模型，与真实人类胚胎发育可能存在差异	探究环境纳米颗粒污染物对早期胚胎发育的毒性机制	灵长类多能干细胞衍生的blastoids模型	发育生物学	生殖系统疾病	10X scRNA-seq, DIA-MS	blastoids模型	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	NA
99	2025-07-14	Neuroimmune integration in chronic stress: mechanisms of TRPV1-CB2 crosstalk, inflammation, and neural resilience 2025-Jul-09, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149826 PMID:40645538	综述	本文综述了慢性压力下神经免疫整合的机制，重点关注TRPV1和CB2受体的相互作用、神经炎症级联反应以及氧化应激特征	整合了神经化学范式与TRPV1和CB2受体动态、神经炎症级联和氧化应激特征的前沿见解，并提出了神经免疫整合模型	分子网络间复杂的相互作用以及先进疗法获取的不平等性限制了研究的广泛适用性	探讨慢性压力下的神经免疫整合机制，并开发可广泛应用的神经保护治疗方法	慢性压力下的神经化学和神经免疫反应	神经科学	精神疾病和神经疾病	CRISPR-Cas9基因编辑和单细胞RNA测序	神经免疫整合模型	NA	NA
100	2025-07-14	Metabolic alterations driven by LDHA in CD8 + T cells promote immune evasion and therapy resistance in NSCLC 2025-Jul-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87361-5 PMID:40629035	研究论文	本研究通过多模态数据分析方法，揭示了CD8+T细胞在非小细胞肺癌中的代谢重编程及其对免疫逃逸和治疗抵抗的影响	发现了LTB+LDHA+CD8+T细胞的独特代谢和免疫表型，以及LDHA作为关键基因对免疫治疗结果的显著影响	研究样本量相对较小，仅包含89名NSCLC患者	探索CD8+T细胞在非小细胞肺癌中的代谢重编程及其对免疫逃逸和治疗抵抗的作用机制	非小细胞肺癌患者的CD8+T细胞	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、蛋白质组学	StepCox[forward] + Lasso	转录组数据、蛋白质组数据	89名NSCLC患者的9个单细胞数据集