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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2025-12-17
CIEC: Cross-tissue Immune Cell Type Enrichment and Expression Map Visualization for Cancer
2025-05-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 本文介绍了一个名为CIEC的基于网络的应用程序,用于跨组织免疫细胞类型或状态的富集分析和可视化,以探索癌症患者的免疫细胞特征 首次开发了一个集成数据库和富集分析的网络应用程序,用于估计跨组织免疫细胞类型或状态,并提供了多组织免疫细胞特征的全面分析界面 样本量相对有限(323名患者),且仅覆盖了特定癌症类型和组织的480个样本,可能无法代表所有癌症或免疫细胞状态 通过整合单细胞转录组测序数据,构建跨组织免疫细胞类型/状态图谱,以深入理解肿瘤免疫系统并指导癌症免疫生物标志物开发和免疫治疗策略 癌症患者的免疫细胞,包括来自原发性肿瘤、邻近正常组织、淋巴结、转移组织和外周血的样本 生物信息学 癌症 单细胞转录组测序 KOBAS算法 单细胞RNA-seq数据 323名癌症患者的480个样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
82 2025-12-17
GUIDING CLUSTERING AND ANNOTATION IN SINGLE-CELL RNA SEQUENCING USING THE AVERAGE OVERLAP METRIC
2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种基于平均重叠度量的方法,用于指导单细胞RNA测序中的聚类和注释,以改进细胞类型的定义和生物解释 引入平均重叠度量来比较差异表达基因的排名列表,从而定义单细胞簇之间的距离,提高了在高度同质群体中检测微小亚群的能力 方法在未知细胞身份的未排序数据中应用时,可能仍面临聚类分辨率的挑战,且主要针对T细胞群体进行了验证 开发一种稳健的方法来比较和注释单细胞RNA测序中推断的细胞簇,以准确识别细胞类型和亚群 T细胞群体,包括高度相似但不同的T细胞亚群和未排序小鼠胸腺细胞中的T细胞发育阶段 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序 无监督聚类算法 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
83 2025-12-17
EnrichSci: Transcript-guided Targeted Cell Enrichment for Scalable Single-Cell RNA Sequencing
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为EnrichSci的可扩展平台,用于通过转录引导的靶向细胞富集进行单细胞RNA测序,以分析复杂组织中稀有细胞类型的分子动态 开发了EnrichSci平台,结合杂交链式反应RNA FISH和组合索引技术,实现无微流体的靶向细胞类型单核转录组分析,具有全基因体覆盖和高可扩展性 NA 解决大规模单细胞图谱中稀有细胞类型代表性不足的问题,以进行详细的分子和动态分析 衰老小鼠大脑中的少突胶质细胞及其亚型 单细胞测序 衰老相关疾病 杂交链式反应RNA FISH,组合索引,单核RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq EnrichSci EnrichSci平台,结合杂交链式反应RNA FISH与组合索引,用于靶向细胞类型的单核转录组分析
84 2025-12-17
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Feb-20, Research square
研究论文 本文提出了一种名为随机空间主成分分析(RASP)的计算高效方法,用于高分辨率空间转录组数据的降维处理 RASP采用随机化两阶段PCA框架,结合稀疏矩阵运算和可配置的空间平滑,相比现有方法计算速度提升数个数量级,可处理超过10万个空间位置的数据,并支持非转录组协变量的灵活整合 NA 开发一种计算高效的空间感知降维方法,以促进高分辨率空间转录组数据的分析 人类和小鼠组织的空间转录组数据 空间转录组学 NA 空间转录组学 随机化主成分分析(PCA) 空间基因表达数据 NA 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium, 10x Xenium 10x Visium, 10x Xenium, 以及Stereo-Seq和MERFISH技术
85 2025-12-17
A Bi-Specific T Cell-Engaging Antibody Shows Potent Activity, Specificity, and Tumor Microenvironment Remodeling in Experimental Syngeneic and Genetically Engineered Models of GBM
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究开发了一种靶向IL13Rα2的双特异性T细胞衔接抗体,并在具有完整免疫系统的胶质母细胞瘤小鼠模型中评估了其疗效、作用机制及对肿瘤微环境的重塑作用 首次在具有完整免疫系统的原位胶质瘤和基因工程小鼠模型中,系统评估了双特异性T细胞衔接抗体的治疗机制及其对免疫抑制性肿瘤微环境的调控作用 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中进行验证;且仅针对IL13Rα2这一靶点 探究双特异性T细胞衔接抗体在胶质母细胞瘤中的治疗机制及对肿瘤微环境的影响 表达IL13Rα2的胶质母细胞瘤细胞、小鼠T细胞及肿瘤微环境中的免疫细胞 NA 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序、多色流式细胞术、多重免疫荧光、多参数磁共振成像 NA 基因表达数据、影像数据、细胞表型数据 多个临床前胶质母细胞瘤模型中的小鼠样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
86 2025-12-17
FastCCC: A permutation-free framework for scalable, robust, and reference-based cell-cell communication analysis in single cell transcriptomics studies
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为FastCCC的无置换框架,用于单细胞转录组学研究中的细胞间通讯分析,该框架具有可扩展性、鲁棒性,并能利用参考数据进行增强分析 提出了首个无置换的快速分析框架,通过快速傅里叶变换卷积计算p值,无需置换检验;引入了模块化代数操作框架以捕获广泛的CCC模式;构建了首个包含19种组织类型、450多种细胞类型、约1600万细胞的人类CCC参考面板 NA 开发一种可扩展、鲁棒且基于参考的单细胞转录组学细胞间通讯分析方法 单细胞转录组数据中的细胞间通讯 单细胞转录组学 COVID-19 单细胞RNA-seq 快速傅里叶变换卷积、模块化代数操作框架 单细胞转录组数据 参考面板包含约1600万细胞,涵盖19种组织类型和450多种细胞类型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
87 2025-12-17
Pathogenesis of Germinal Matrix Hemorrhage: Insights from Single-Cell Transcriptomics
2025-01, Annual review of pathology
综述 本文综述了利用单细胞转录组学揭示产前人脑生发基质中神经发生和血管生成的新机制,以及免疫-血管相互作用在其中的关键角色 应用单细胞转录组学技术,首次系统揭示了生发基质中免疫-血管相互作用在血管形态发生中的关键作用,以及促炎因子如何破坏该过程导致出血 本文为综述性文章,主要总结现有研究进展,未报告新的原始实验数据 阐明早产儿生发基质出血的发病机制,探索潜在治疗干预靶点 产前人脑生发基质的神经干细胞、血管细胞及免疫细胞 单细胞组学 新生儿脑出血 单细胞转录组测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
88 2025-12-17
Challenges and Opportunities in the Clinical Translation of High-Resolution Spatial Transcriptomics
2025-01, Annual review of pathology
综述 本文综述了高分辨率空间转录组学技术在临床转化中的挑战与机遇,探讨了其在疾病机制识别和个性化治疗指导方面的潜力 强调了空间转录组学作为分子显微镜在亚细胞分辨率下数字化基因表达的革命性发展,并讨论了多模态数据与深度学习整合的前景 指出了高分辨率空间转录组学技术快速临床转化中仍存在的挑战,如技术整合和临床研究设计复杂性 旨在推动空间转录组学技术在临床病理学中的应用,以实现对组织生物学和病理学的整体理解 常规收集和存档的临床样本,包括完整组织切片 数字病理学 NA 空间转录组学技术 深度学习 基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
89 2025-12-17
Significance of SUMOylation in breast cancer progression: a comprehensive investigation using single-cell analysis and bioinformatics
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究利用bulk和单细胞RNA测序,结合生物信息学方法,全面探究了SUMOylation在乳腺癌进展中的作用,并鉴定了预后生物标志物和潜在治疗靶点 首次通过整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和机器学习方法,系统性地鉴定了与乳腺癌SUMOylation相关的枢纽基因,并基于这些基因的表达模式将患者分为具有不同预后、免疫和药物反应特征的分子亚型 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床队列验证;单细胞分析样本量相对有限;功能实验验证不足 探究SUMOylation在乳腺癌进展中的分子网络,鉴定预后生物标志物和潜在治疗应用 乳腺癌组织和正常乳腺组织 生物信息学 乳腺癌 bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 机器学习 机器学习(未指定具体模型) 转录组数据 1,445个乳腺癌样本和113个正常样本(bulk RNA-seq);单细胞RNA-seq样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
90 2025-12-16
MMP14-Dependent Activation of TGF-β Signaling Enhances Malignancies via Promoting Necroptosis in Glioblastoma
2025-Dec-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2
研究论文 本研究揭示了MMP14通过激活TGF-β信号通路促进坏死性凋亡,从而增强胶质母细胞瘤恶性行为的新机制 首次将MMP14鉴定为胶质母细胞瘤中与坏死性凋亡相关的枢纽基因,并阐明了其通过TGF-β/SMAD2/RIP1信号轴调控坏死性凋亡异质性的新机制 研究主要基于体外实验和生物信息学分析,缺乏更深入的体内功能验证和临床样本的直接证据 探究坏死性凋亡在胶质母细胞瘤恶性进展中的功能及调控机制 胶质母细胞瘤细胞及相关的分子信号通路 数字病理学 胶质母细胞瘤 加权基因共表达网络分析,单细胞分析,空间转录组学 NA 转录组数据,单细胞数据,空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq NA NA
91 2025-12-16
Extracellular Matrix-MYCAF Signatures Correlate with Resistance to Neoadjuvant aPD-L1 Immune Checkpoint Inhibition with Durvalumab + Metformin in HPV+ HNSCC
2025-Dec-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1
研究论文 本研究通过多组学数据分析,探索了HPV阳性头颈鳞状细胞癌患者对杜瓦鲁单抗联合二甲双胍新辅助免疫治疗的应答和耐药机制 首次在HPV阳性HNSCC中,利用空间转录组学等技术,揭示了细胞外基质-肌成纤维样癌症相关成纤维细胞(ECM-MYCAF)特征与联合免疫治疗耐药的相关性,并识别了朗格汉斯样树突状细胞状态作为应答预测标志物 研究样本量有限,且仅针对HPV阳性HNSCC患者,结果可能不适用于HPV阴性或其他癌症类型 探索HPV阳性头颈鳞状细胞癌患者对杜瓦鲁单抗联合二甲双胍新辅助免疫治疗的应答预测因子和耐药机制 先前未治疗的非糖尿病头颈鳞状细胞癌患者 数字病理学 头颈鳞状细胞癌 多组学分析,空间转录组学 NA 临床数据,病理数据,多组学数据 未明确指定样本数量,但来自一项随机新辅助临床试验(NCT03618654) NA 空间转录组学 NA NA
92 2025-12-16
Molecular glue degrader function of SPOP inhibitors enhances STING-dependent immunotherapy efficacy in melanoma models
2025-Dec-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究揭示了SPOP通过降解STING促进黑色素瘤生长,并发现SPOP抑制剂可作为分子胶降解剂增强STING依赖性免疫治疗效果 首次发现SPOP抑制剂具有分子胶降解剂功能,能重定向SPOP降解新底物如CBX4,从而增强DNA损伤和先天免疫反应 研究主要基于小鼠黑色素瘤模型,人类临床相关性尚需进一步验证 探索SPOP在肿瘤免疫中的作用及其抑制剂在免疫治疗中的潜在应用 黑色素瘤细胞、小鼠B16肿瘤模型、STING蛋白、CBX4蛋白 癌症免疫学 黑色素瘤 单细胞RNA测序、免疫检查点阻断、CAR-T细胞疗法 NA RNA-seq数据、免疫细胞浸润数据 小鼠B16肿瘤模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
93 2025-12-16
Artificial Intelligence and Multimodality Data Integration Decipher Tertiary Lymphoid Structure Maturity in Gastric Cancer
2025-Dec-15, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 本研究开发了一种基于Transformer的深度学习模型,用于从胃腺癌全切片图像中定量表征三级淋巴结构(TLS)的成熟度,并结合多组学数据揭示了成熟TLS中关键的免疫细胞相互作用 首次开发了基于Transformer的AI模型来自动化评估胃腺癌中TLS成熟度,并通过整合单细胞RNA测序、多重免疫组化、流式细胞术和功能共培养实验,揭示了CD8+组织驻留记忆T细胞与B细胞通过CXCL13-CXCR5轴形成的免疫回路 样本量相对有限(单细胞RNA测序仅来自17例患者),且模型在外部验证队列中的泛化能力未明确说明 开发自动化工具以评估胃腺癌中三级淋巴结构的成熟度,并探究其与患者预后及抗肿瘤免疫机制的关系 胃腺癌患者组织样本及其相关的多模态数据 数字病理学 胃腺癌 单细胞RNA测序, 多重免疫组化, 流式细胞术, 功能共培养实验 Transformer 图像, 基因表达数据, 蛋白质表达数据 253例胃腺癌患者(全切片图像),其中17例进行了单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA-seq NA NA
94 2025-12-16
An Anti-Inflammatory and Pro-Angiogenic Porous Aloe Polysaccharide-Collagen Dressing Accelerates Wound Healing
2025-Dec-15, ACS applied bio materials IF:4.6Q2
研究论文 本研究开发了一种由芦荟多糖和胶原蛋白组成的新型多孔复合伤口敷料,并评估其物理性质、生物相容性及促进伤口愈合的效果 结合芦荟多糖和胶原蛋白开发新型多孔复合伤口敷料,通过单细胞测序分析揭示其对免疫细胞比例的影响 未明确提及样本量或长期安全性数据 开发并评估一种新型伤口敷料以促进伤口愈合 芦荟多糖-胶原蛋白伤口敷料(AP-CD) 生物医学工程 伤口愈合 单细胞测序 NA 图像、生化数据、测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
95 2025-12-16
The cell-type-specific genetic architecture of chronic pain in brain and dorsal root ganglia
2025-Dec-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究整合了慢性疼痛的GWAS数据与人类大脑和背根神经节的单细胞RNA测序数据,揭示了慢性疼痛在特定细胞类型中的遗传结构 通过整合GWAS与单细胞测序数据,首次系统性地揭示了慢性疼痛在中央和周围神经系统特定细胞类型中的遗传富集模式,包括谷氨酸能神经元和特定神经元亚型 研究主要基于相关性分析,未进行功能验证实验;样本来源和数量可能限制结果的普适性;依赖动物模型数据可能不完全反映人类生物学 探究慢性疼痛在细胞类型特异性层面的遗传基础,以理解其病理机制 人类大脑、背根神经节(hDRG)、小鼠背角组织 生物信息学 慢性疼痛 GWAS, 单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 单细胞染色质可及性分析 NA 基因组关联数据, 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞染色质可及性分析 NA NA
96 2025-12-16
IL-17-producing γδ T cells in the tumor microenvironment promote radioresistance in mice
2025-Dec-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究揭示了肿瘤微环境中产生IL-17的γδ T细胞通过招募髓源性抑制细胞促进小鼠放疗抵抗的机制 首次阐明了放疗后肿瘤微环境中γδ T细胞通过产生IL-17A促进放疗抵抗的具体机制,并发现肿瘤细胞来源的微粒通过cGAS-STING/NF-κB通路调控CCL20表达的关键作用 研究基于小鼠模型,在人体中的适用性有待验证;机制研究主要集中在γδ T细胞和巨噬细胞的相互作用,其他免疫细胞的作用可能未完全涵盖 探究γδ T细胞在肿瘤放疗抵抗中的作用机制 小鼠肿瘤模型中的γδ T细胞、髓源性抑制细胞、巨噬细胞及肿瘤细胞 肿瘤免疫学 癌症 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
97 2025-12-16
Distinct Cellular and Molecular Patterns in Pretreatment Peripheral Blood Are Associated with CAR T-cell Outcomes in Diffuse Large B-cell Lymphoma
2025-Dec-15, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析了弥漫性大B细胞淋巴瘤患者治疗前外周血样本和CAR T细胞产品,揭示了与临床结局相关的分子和细胞特征 首次在单细胞水平上系统关联了治疗前外周血免疫特征与CAR T细胞治疗结局,并识别了与良好反应相关的B细胞存在 样本量相对有限(57例患者),且为观察性研究,需要更大规模的前瞻性验证 探究CAR T细胞治疗在弥漫性大B细胞淋巴瘤中反应和耐药的决定因素 57例弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的治疗前外周血样本和抗CD19 CAR T细胞产品 单细胞组学 弥漫性大B细胞淋巴瘤 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 57例弥漫性大B细胞淋巴瘤患者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
98 2025-12-16
Targeting KRAS Inhibitor-Resistant Pancreatic Cancer with an MUC1-C Antibody-Drug Conjugate
2025-Dec-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1
研究论文 本研究探讨了MUC1-C蛋白在胰腺导管腺癌中对KRAS抑制剂耐药性的作用,并评估了抗MUC1-C抗体-药物偶联物的治疗效果 首次揭示KRAS G12D抑制剂通过激活MUC1-C/NF-κB p65自诱导通路诱导MUC1-C表达,进而驱动耐药性,并证明抗MUC1-C ADC能有效克服耐药 研究主要基于细胞系、类器官和异种移植模型,临床样本验证有限,且未涉及其他KRAS突变亚型 探究MUC1-C在胰腺癌KRAS抑制剂耐药中的作用,并开发靶向治疗策略 胰腺导管腺癌KRAS G12D突变细胞系、患者来源类器官、患者来源异种移植模型及患者肿瘤组织 肿瘤学 胰腺癌 单细胞RNA测序、免疫组化染色 NA 基因表达数据、图像数据 3个PDAC KRAS G12D突变细胞系、患者来源类器官和异种移植模型、患者肿瘤组织 NA 单细胞RNA测序 NA NA
99 2025-12-16
Identification and validation of efferocytosis-related biomarkers for the diagnosis of atherosclerosis based on bioinformatics and machine learning
2025-Dec-15, European journal of medical research IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过生物信息学和机器学习方法,识别并验证了与胞葬作用相关的生物标志物,用于动脉粥样硬化的诊断 结合机器学习模型筛选出5个潜在诊断生物标志物,并利用单细胞RNA测序和细胞实验验证其在动脉粥样硬化病变巨噬细胞中的特异性上调 研究依赖于公共数据库数据,外部验证中TNF基因未显示上调,可能受样本异质性影响 识别和验证与胞葬作用相关的生物标志物,以诊断动脉粥样硬化 动脉粥样硬化样本和对照样本的基因表达数据 生物信息学 心血管疾病 基因表达分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析、相关性分析、功能富集分析、机器学习、免疫浸润分析、单细胞转录组分析、细胞实验 机器学习模型 基因表达数据 从GEO数据库获取的动脉粥样硬化样本和对照样本数据,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
100 2025-12-16
Endothelial-specific genes TMTC1, RPS6KA2, and F8 are downregulated in hypertrophic cardiomyopathy
2025-Dec-15, European journal of medical research IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据,识别了与肥厚型心肌病内皮功能障碍相关的关键基因TMTC1、RPS6KA2和F8,并验证了TMTC1对血管紧张素II诱导的内皮细胞损伤的保护作用 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,系统性地识别了肥厚型心肌病中内皮细胞特异性的关键下调基因,并通过功能实验验证了TMTC1基因对内皮细胞损伤的保护作用 研究主要基于公共数据库的测序数据,功能验证仅在HUVECs细胞系中进行,缺乏体内实验和临床样本的直接验证 探究肥厚型心肌病中内皮细胞功能障碍的分子机制和潜在生物标志物 肥厚型心肌病患者的心脏组织测序数据以及人脐静脉内皮细胞 生物信息学 心血管疾病 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, qPCR, CCK-8检测, Transwell实验 NA 基因表达数据 来自三个GEO数据集(GSE255296, GSE249925, GSE180313)的测序数据 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
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