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当前共找到 10549 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-05-12 |
CSsingle: A Unified Tool for Robust Decomposition of Bulk and Spatial Transcriptomic Data Across Diverse Single-Cell References
2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.07.588458
PMID:38645128
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research paper | 介绍CSsingle，一种通过解决细胞异质性关键挑战来增强bulk和空间转录组数据分解的统一工具 | CSsingle利用ERCC spike-in对照进行细胞大小校正，能准确考虑不同细胞类型间RNA含量差异，实现精确的bulk数据反卷积，并在空间转录组数据中实现精细尺度分析 | 未明确提及局限性 | 开发一种统一工具，用于将bulk和空间转录组数据与单细胞RNA-seq数据整合，推进复杂生物系统和疾病过程的研究 | bulk和空间转录组数据，以及单细胞RNA-seq参考数据 | machine learning | 食管腺癌，巴雷特食管，食管鳞状细胞癌 | RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 超过700个正常和患病样本（来自胃食管组织） | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2026-05-12 |
Cotton2035: From genomics research to optimized breeding
2025-02-03, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.01.010
PMID:39844464
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综述 | 本文回顾了棉花基因组研究在过去十年中的进展，提出通过基因组到育种策略优化棉花育种，并倡议启动棉花ENCODE项目以系统解码基因组功能元件和调控网络 | 提出棉花ENCODE项目以系统解码功能元件和调控网络，强调单细胞测序和高分辨率时空组学技术结合多组学数据、基因编辑及人工智能推动基因组驱动育种 | 未具体讨论现有技术整合的挑战或潜在应用障碍 | 通过从基因组研究到育种的转变，优化棉花关键农艺性状的遗传改良 | 棉花（包括野生和栽培棉属物种） | 基因组学 | NA | 单细胞测序, 高分辨率时空组学, 基因组编辑, 人工智能 | NA | 基因组序列, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 83 | 2026-05-12 |
SpatialSNV: A novel method for identifying and analyzing spatially resolved SNVs in tumor microenvironments
2025-01-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf065
PMID:40515555
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研究论文 | 开发了一种名为SpatialSNV的新方法，用于识别和分析肿瘤微环境中空间分辨的单核苷酸变异 | 首次利用多种空间转录组平台识别肿瘤切片中的有效SNV，揭示SNV反映区域肿瘤进化轨迹并超越RNA表达变化，发现肿瘤边缘具有独特突变谱，且新SNV随距离递减 | 未明确指出局限性 | 理解肿瘤微环境中SNV的动态及其对肿瘤免疫串扰的影响，并识别潜在治疗靶点 | 肿瘤组织切片中的单核苷酸变异 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | 多种空间转录组平台 | NA |
| 84 | 2026-05-12 |
SeuratExtend: streamlining single-cell RNA-seq analysis through an integrated and intuitive framework
2025-01-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf076
PMID:40627366
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研究论文 | SeuratExtend是一个基于Seurat框架的R包，通过集成多种工具和数据库，简化单细胞RNA-seq数据分析流程 | 通过统一R接口集成多个流行Python工具（如scVelo、Palantir、SCENIC），并引入通路水平分析和簇注释的新应用 | 未提及具体局限性 | 为scRNA-seq数据提供集成、直观且用户友好的分析框架 | 肿瘤相关高内皮小静脉和自身炎症性疾病的scRNA-seq数据 | 机器学习 | 癌症, 自身炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2026-05-12 |
A framework to mine laser microdissection-based omics data and uncover regulators of pancreatic cancer heterogeneity
2025-01-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf101
PMID:40910795
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研究论文 | 提出并验证了一个优化框架，用于对激光显微切割获取的多个空间分辨肿瘤区域进行RNA测序，以揭示胰腺导管腺癌的异质性及其调控机制 | 开发了LMD-seq优化框架，提高了检测低表达基因的灵敏度，优于单细胞RNA-seq方法，特别在识别稀有肿瘤细胞群体和低表达转录程序方面 | 未在标题和摘要中明确说明研究的局限性 | 挖掘基于激光显微切割的组学数据，揭示胰腺癌异质性的调控因子 | 胰腺导管腺癌的多个空间分辨肿瘤区域 | 机器学习 | 胰腺癌 | RNA测序 | NA | 测序数据 | 未在标题和摘要中明确说明样本数量 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 多个空间分辨激光显微切割肿瘤区域的RNA测序 |
| 86 | 2026-05-12 |
AEnet: a practical tool to construct the splicing-associated phenotype atlas at a single cell level
2025-01-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf110
PMID:40990037
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research paper | AEnet是一种结合基因表达与可变剪接模式的新型方法，用于在单细胞水平构建剪接相关表型图谱 | 首次将基因表达水平与可变剪接模式整合，提出'细胞亚群'新概念，并识别关键剪接事件及其调控机制 | 单细胞测序数据存在测序深度浅、高丢失率和批次效应等固有局限性 | 开发AEnet工具以剖析细胞异质性并定义细胞亚群 | 肿瘤细胞、泛癌免疫细胞和胚胎细胞 | machine learning | cancer | scRNA-seq | AEnet | gene expression profiles and splicing patterns | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2026-05-12 |
GTestimate: improving relative gene expression estimation in scRNA-seq using the Good-Turing estimator
2025-01-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf084
PMID:41159548
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研究论文 | 提出了基于Good-Turing估计器的GTestimate方法，改进了scRNA-seq中相对基因表达估计并开发了验证方法cta-seq | 首次将Good-Turing估计器应用于单细胞RNA-seq数据标准化，解决传统方法忽略未观测基因的问题，并开发了细胞靶向PCR扩增方法cta-seq进行验证 | 未提及具体局限性，但依赖Seurat工作流可能限制了与其他工具的兼容性 | 改进单细胞RNA-seq数据中相对基因表达估计的准确性 | 单细胞RNA-seq数据中的相对基因表达估计 | 机器学习 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, PCR扩增 | Good-Turing估计器 | 基因表达数据 | 4个示例数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2026-05-12 |
Unsupervised multiscale clustering of single-cell transcriptomes to identify hierarchical structures of cell subtypes
2025-01-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf111
PMID:41066207
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研究论文 | 开发一种无监督多尺度聚类方法MSC，用于从单细胞转录组数据中识别细胞亚型的层次结构 | 提出多尺度聚类方法MSC，通过构建稀疏细胞-细胞关联网络，能够在多个分辨率下无监督识别新的细胞类型和亚型，并揭示有生物学意义的细胞层次结构 | 未在摘要中明确提及局限性 | 开发一种能够更精细解析单细胞RNA测序数据中细胞层次结构的无监督聚类方法 | 模拟银标准、金标准数据以及真实疾病单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | MSC（多尺度聚类） | 单细胞转录组数据 | NA（未明确样本数量） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-05-12 |
Microglia phagocytosis of PNNs mediates PV-positive interneuron dysfunction and associated gamma oscillations in neuroinflammation-induced cognitive impairment in mice
2025-01-01, Neuropharmacology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.neuropharm.2024.110205
PMID:39489286
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研究论文 | 研究揭示小胶质细胞吞噬周神经网介导PV阳性中间神经元功能障碍及γ振荡在神经炎症诱导的小鼠认知损伤中的作用 | 首次发现小胶质细胞通过ApoE介导的周神经网吞噬作用导致PV阳性中间神经元功能障碍和γ振荡异常，从而引发认知损伤，并通过抑制ApoE或过表达Hapln1改善损伤 | 研究仅使用小鼠模型，未在人类样本中验证；长期神经炎症的影响未评估 | 探讨神经炎症引起认知损伤中周神经网与ApoE的关联机制 | C57BL/6J小鼠和CX3CR1-CreERT2小鼠 | 数字病理学 | 认知障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 90 | 2026-05-12 |
Spatial transcriptomics reveals Inhba/Smad2/E2f4 axis in Lrp2high thecal cell proliferation in androgen-induced PCOS mice
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1633254
PMID:40831751
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research paper | 利用空间转录组学揭示雄激素诱导的PCOS小鼠模型中Lrp2高表达膜细胞增殖的Inhba/Smad2/E2f4轴 | 首次通过空间转录组学在细胞分辨率下揭示PCOS小鼠卵巢中Lrp2高表达膜细胞亚群及其Inhba/Smad2/E2f4信号轴对细胞增殖的调控作用 | 研究基于小鼠模型，尚未在人类PCOS卵巢组织中进行验证；功能验证仅限于体外细胞实验，缺乏体内数据支持 | 阐明PCOS中膜细胞异常增殖的分子机制 | DHEA诱导的PCOS小鼠模型中的卵巢膜细胞 | spatial transcriptomics | 多囊卵巢综合征 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | DHEA诱导的PCOS小鼠模型卵巢组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 91 | 2026-05-12 |
Identification of Dendritic Cell-Associated Genes in COPD Based on Bioinformatics
2025, International journal of chronic obstructive pulmonary disease
IF:2.7Q2
DOI:10.2147/COPD.S543753
PMID:41185886
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研究论文 | 通过生物信息学预测和实验验证，识别慢性阻塞性肺疾病（COPD）肺组织中与树突状细胞相关的基因 | 首次利用单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析综合鉴定COPD中树突状细胞相关基因，并通过体内外实验验证了RASGRP3、C1QB、BLOC1S2和VSIG4的表达变化 | 未提供明确局限性信息 | 利用生物信息学预测和实验验证，识别COPD患者肺组织中与树突状细胞相关的关键基因 | COPD患者肺组织及香烟烟雾诱导的肺气肿小鼠模型 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序（RNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、实时定量PCR（RT-qPCR）、蛋白质印迹法（Western blot） | NA | 基因表达数据 | 多个公开数据集（GSE196638、GSE26296、GSE38974）及小鼠模型（香烟烟雾诱导肺气肿小鼠和骨髓来源树突状细胞） | NA | scRNA-seq、RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2026-05-12 |
ER Stress-Related Biomarkers in Chronic Obstructive Pulmonary Disease: A Comprehensive Transcriptome, Mendelian Randomization, and Machine-Learning Analysis
2025, International journal of chronic obstructive pulmonary disease
IF:2.7Q2
DOI:10.2147/COPD.S548160
PMID:41328289
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研究论文 | 通过转录组分析、孟德尔随机化和机器学习方法，识别慢性阻塞性肺疾病（COPD）中内质网应激相关基因DNAJB1作为风险基因及其诊断价值 | 首次整合单细胞测序、孟德尔随机化和机器学习方法，系统鉴定DNAJB1作为COPD风险基因，并建立包含9个关键基因的诊断生物标志物组合 | 研究基于公开数据集，需要进一步在独立队列中验证；孟德尔随机化揭示的因果关联需更深入的机制研究证实 | 探究内质网应激相关基因DNAJB1在COPD发病中的风险角色及临床诊断价值 | 慢性阻塞性肺疾病患者及对照样本的转录组数据和遗传变异数据 | 机器学习 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序、微阵列分析、孟德尔随机化 | 机器学习分类器 | 基因表达数据、遗传变异数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、微阵列分析 | NA | NA |
| 93 | 2026-05-12 |
Two-Step Positive Selection Method for the Magnetic Isolation of Lymphatic Endothelial Cells
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4706-6_2
PMID:40859071
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研究论文 | 描述了一种利用双抗体磁珠分选法从组织中分离淋巴内皮细胞（LEC）的方法 | 采用两步阳性选择策略，结合双抗体标记，高效富集稀有淋巴内皮细胞，解决了常规分离方法中LEC纯度低的问题 | 未提及与其他分离方法的直接比较，可能对组织来源和细胞状态有依赖性 | 开发一种可靠的稀有细胞分离方法，用于研究淋巴内皮细胞在生理和病理状态下的功能 | 淋巴内皮细胞（LEC） | 分子生物学 | NA | 磁珠分选 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 94 | 2026-05-10 |
Hypoxia Affects Stem Cell Fate in Patient-Derived Ileum Enteroids in a HIF-1α-Dependent Manner
2025-Dec-23, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15010031
PMID:41511315
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研究论文 | 本研究探讨缺氧如何通过HIF-1α依赖性方式影响患者来源回肠类器官中干细胞命运 | 首次证明生理性缺氧通过HIF-1α稳定化直接调控肠道上皮干细胞命运，揭示氧梯度在隐窝-绒毛轴中维持肠道稳态的机制 | 未明确说明，但可能包括类器官模型与体内环境的差异及样本量限制 | 研究氧气可用性如何影响肠道干细胞增殖和分化 | 患者来源的人回肠类器官（肠类器官） | 数字病理学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 患者来源的人回肠类器官（具体数量未提及） | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | 批量RNA测序和单细胞RNA测序于Illumina NovaSeq平台 |
| 95 | 2026-05-10 |
Accurate imputation of pathway-specific gene expression in spatial transcriptomics with PASTA
2025-Dec-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67421-0
PMID:41397970
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研究论文 | 提出一种名为PASTA的空间通路基因表达插补方法，利用细胞类型和空间邻近性提高预测准确性 | 创新性地将通路信息整合到空间转录组基因表达插补过程中，利用邻近细胞及同类型细胞的相似表达模式提高预测鲁棒性和生物学相关性 | 标题和摘要未明确提及方法的局限性 | 准确预测空间转录组中未测量的基因表达，特别是在通路水平上实现稳定且具有生物学意义的插补 | 空间转录组数据中未测量的基因表达 | 机器学习 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | PASTA（通路导向空间基因插补模型） | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 96 | 2026-05-10 |
Differential Localization of β-Catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles
2025-Sep, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791
PMID:40348058
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研究论文 | CTNNB1突变型子宫内膜癌中β-catenin蛋白差异定位导致不同的转录谱 | 首次揭示突变型β-catenin蛋白在子宫内膜癌中的不同亚细胞定位（细胞核 vs 膜/细胞质）与独特转录谱的关联，并发现TROP2作为潜在治疗靶点 | 未提及 | 研究具有CTNNB1外显子3突变的子宫内膜样子宫内膜癌中，β-catenin蛋白核定位与非核定位对下游基因表达的影响 | CTNNB1突变型子宫内膜样子宫内膜癌肿瘤组织 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 | 10x Genomics | 空间转录组学 | NA | 基于蛋白定位选择感兴趣区域（ROIs）进行空间转录组分析 |
| 97 | 2026-05-10 |
A STAT3/integrin axis accelerates pancreatic cancer initiation and progression
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116010
PMID:40701148
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研究论文 | 本文发现STAT3/整合素轴通过调控ITGB3表达加速胰腺癌的起始与进展，并揭示其表观遗传调控机制 | 首次发现STAT3通过结合ITGB3增强子区域调控其表达，建立18基因预后特征，为胰腺癌分层治疗提供新靶点 | 未在临床样本中验证18基因特征的实际应用，缺乏体内动物模型对机制的直接验证 | 阐明STAT3通路在胰腺导管腺癌进展中的下游调控机制及临床意义 | 缺氧或制瘤素M处理的胰腺导管腺癌细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | ChIP-seq, 单细胞转录组学 | NA | 测序数据 | 未指定样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台进行单细胞转录组分析 |
| 98 | 2026-05-10 |
A Spatially Coordinated Keratinocyte-Fibroblast Circuit Recruits MMP9+ Myeloid Cells to Drive IFN-I-Driven Inflammation in Photosensitive Autoimmunity
2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.19.670635
PMID:40894544
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学等方法，揭示紫外线B通过角化细胞-成纤维细胞-髓系细胞环路驱动光敏感性自身免疫的机制 | 首次发现MMP9+ CD14+髓系细胞是光敏感性的关键效应细胞，并描述了角化细胞-成纤维细胞-髓系细胞多细胞炎症级联环路 | 研究主要基于人类体外模型和临床样本，可能未完全复制体内微环境的复杂性 | 阐明紫外线B暴露如何触发皮肤特异性自身免疫的分子机制 | 皮肤红斑狼疮和皮肌炎患者皮肤组织及健康对照皮肤 | 数字病理学 | 皮肤红斑狼疮, 皮肌炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 (seqFISH+), 紫外线B激发, 体外模型 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 涉及皮肤红斑狼疮和皮肌炎患者皮损及非皮损皮肤样本，健康对照皮肤样本，具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | seqFISH+ | NA |
| 99 | 2026-05-10 |
High KYNU Expression Is Associated with Poor Prognosis, KEAP1/STK11 Mutations, and Immunosuppressive Metabolism in Patient-Derived but Not Murine Lung Adenocarcinomas
2025-May-16, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17101681
PMID:40427178
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研究论文 | 本研究发现了肺腺癌中KYNU基因的双峰表达与患者预后不良相关，并揭示了其与KEAP1/STK11突变及免疫抑制代谢的关系 | 首次揭示KYNU在肺腺癌患者来源肿瘤中与KEAP1/STK11共突变相关且具有免疫抑制代谢表型，而在小鼠模型中表达模式与人类不一致，凸显了物种差异 | 小鼠肺腺癌模型无法忠实再现人类KYNU的表达模式，给临床前模型研究带来挑战 | 发现肺腺癌中与预后相关的双峰表达基因，揭示其潜在致癌基因型及新的治疗见解 | 肺腺癌患者肿瘤样本及其对应的免疫微环境、代谢状态和小鼠模型 | 机器学习 | 肺腺癌, 胰腺癌, 肾癌, 黑色素瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | 聚类模型 | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 代谢组数据 | 多个肺腺癌数据集，具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |
| 100 | 2026-05-10 |
Defining pathogenic IL-17 and CSF-1 gene expression signatures in chronic graft-versus-host disease
2025-May-08, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024025337
PMID:39977705
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研究论文 | 通过单细胞测序技术在慢性移植物抗宿主病中定义致病性IL-17和CSF-1基因表达特征 | 利用信息丰富的临床前慢性移植物抗宿主病模型，通过单细胞测序“逆向工程”定义小鼠血液中可随时间变化的IL-17和CSF-1特征，用于评估患者 | 靶向治疗仅对部分患者有效，且费用高昂、美国以外地区难以获取，目前依赖试错法使用 | 定义致病性IL-17和CSF-1基因表达特征，以促进选择合适治疗和识别高危个体进行预防性治疗 | 慢性移植物抗宿主病（cGVHD）患者和临床前模型小鼠 | 机器学习 | 慢性移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 70%的cGVHD诊断患者和一半移植后100天发展为cGVHD的患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序系统 |