本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-07-10 |
Faecalibacterium prausnitzii-derived outer membrane vesicles reprogram gut microbiota metabolism to alleviate Porcine Epidemic Diarrhea Virus infection
2025-04-02, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-025-02078-x
PMID:40176190
|
研究论文 | 探讨粪杆菌外膜泡通过重编程肠道菌群代谢减轻猪流行性腹泻病毒感染的作用机制 | 首次发现粪杆菌外膜泡是缓解PEDV感染的主要功能成分,并揭示其通过增加磷脂酰胆碱水平、改变肠道细胞组成及抑制坏死性凋亡信号通路的新机制 | 研究仅基于猪仔模型,且未在人体中验证该益生菌及外膜泡的潜在应用 | 探究粪杆菌在减轻猪流行性腹泻病毒感染中的作用及其机制 | 粪杆菌及其外膜泡在PEDV感染猪仔模型中的作用 | 微生物组学 | 猪流行性腹泻 | 蛋白质组学、非靶向代谢组学、小RNA测序、宏基因组学、单细胞测序 | NA | 蛋白质、代谢物、RNA、DNA序列、单细胞数据 | 猪仔模型,具体数量未在摘要中提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞测序用于分析肠道细胞相对丰度 |
| 82 | 2026-07-10 |
CellBouncer, A Unified Toolkit for Single-Cell Demultiplexing and Ambient RNA Analysis, Reveals Hominid Mitochondrial Incompatibilities
2025-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.23.644821
PMID:40166335
|
研究论文 | 提出CellBouncer工具包用于单细胞测序中的多路分解和背景RNA分析,并揭示人科线粒体不相容性 | 首次统一处理单细胞测序数据中的多路分解与背景RNA分析,并发现跨物种线粒体不相容性 | 可能受限于特定实验设计和细胞融合模型,通用性需进一步验证 | 开发并验证用于合并实验单细胞测序数据的计算工具 | 细胞混合物(多物种、多个体)、线粒体单倍型、脂质偶联条形码、CRISPR sgRNA和四倍体复合细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞测序 | NA | 图像 | 10个细胞融合系的细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2026-07-10 |
Immune mechanisms in multiple sclerosis: CD3 levels on CD28+ CD4+ T cells link antibody responses to human herpesvirus 6
2025-03, Cytokine
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.cyto.2025.156866
PMID:39884183
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化分析和单细胞测序,研究抗体介导的免疫反应与多发性硬化症之间的关系,揭示CD3水平在CD28+ CD4+ T细胞上通过改变人疱疹病毒6型抗体比例影响MS进展 | 首次通过孟德尔随机化结合单细胞测序,发现CD3在特定T细胞上的水平通过调节HHV-6抗体反应影响MS进展的因果关系 | 未明确提及研究局限性,可能包括样本量有限或因果推断的假设限制 | 探究抗体介导的免疫反应与多发性硬化症之间的因果关系,并识别潜在的感染病原体 | MS患者与对照组的免疫细胞浸润及抗体反应关联 | 机器学习 | 多发性硬化症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 84 | 2026-07-10 |
Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria
2025-01-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr0932
PMID:39847624
|
研究论文 | 结合1000倍体积膨胀和多重误差鲁棒荧光原位杂交技术,创建细菌MERFISH方法,实现单个细菌内数千个操纵子的高通量空间分辨分析 | 首次将MERFISH技术应用于细菌空间转录组学,通过1000倍体积膨胀克服细菌mRNA高密度难题 | 未明确提及局限性 | 开发细菌高多重空间转录组学方法并研究细菌在复杂环境中的单细胞行为 | 细菌(包括炭疽杆菌和肠道共生菌) | 数字病理学 | NA | MERFISH, 膨胀显微术 | NA | 图像 | 单个细菌水平 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | 细菌MERFISH(结合1000倍体积膨胀和多重误差鲁棒荧光原位杂交) |
| 85 | 2026-07-10 |
Distinct myeloid-derived suppressor cell populations in human glioblastoma
2025-01-17, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abm5214
PMID:39818911
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析33例胶质瘤,在IDH野生型胶质母细胞瘤中鉴定出两种不同的髓源性抑制细胞亚群,并揭示其与肿瘤干细胞的相互作用 | 首次在人类胶质母细胞瘤中鉴定出早期祖细胞型MDSC和单核细胞型MDSC两种亚群,并发现它们与代谢性干细胞样肿瘤细胞在假栅栏区的空间共定位和配体-受体相互作用的分子机制 | 未提及具体局限性 | 阐明胶质瘤相关髓系细胞在肿瘤生长和免疫逃逸中的作用 | 33例胶质瘤的免疫细胞和肿瘤细胞 | 计算生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 33例胶质瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台,10x Visium空间转录组学平台 |
| 86 | 2026-07-10 |
Single-cell RNA sequencing: an emerging tool revealing dysregulated innate and adaptive immune response at single cell level in Kawasaki disease
2025-01, Expert review of clinical immunology
IF:3.9Q2
DOI:10.1080/1744666X.2024.2401105
PMID:39230194
|
综述 | 本文强调了单细胞RNA测序技术在川崎病中揭示先天性和适应性免疫反应失调的关键作用 | 首次系统综述scRNA-seq在川崎病免疫细胞转录组谱和信号通路表征中的高分辨率应用潜力 | 依赖现有文献数据,缺乏原始实验验证;scRNA-seq技术本身存在成本高、数据分析复杂等局限性 | 探讨scRNA-seq在川崎病诊断、预后和个性化治疗中的诊断和治疗潜力 | 川崎病患者的免疫细胞转录组和信号/反应通路 | 机器学习 | 川崎病 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 87 | 2026-07-10 |
Understanding developing kidneys and Wilms tumors one cell at a time
2025, Current topics in developmental biology
DOI:10.1016/bs.ctdb.2024.11.005
PMID:40254343
|
综述 | 综述了单细胞测序技术在正常肾脏发育和肾母细胞瘤研究中的应用,讨论了不同技术的优劣及其组合策略 | 系统总结了单细胞测序技术在肾脏发育和肾母细胞瘤领域的应用,并分析了不同技术组合如何最大化生物学理解 | 未提供实验数据验证,仅基于现有文献综述技术现状 | 探讨单细胞测序技术在肾脏发育和肾母细胞瘤研究中的应用及技术选择策略 | 发育中的肾脏和肾母细胞瘤 | 数字病理学 | 肾母细胞瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 88 | 2026-07-10 |
Genomic Exploration of Nonalcoholic Fatty Liver Disease: Insights From Gene Expression and Variation in Morbidly Obese Individuals
2025, Journal of obesity
IF:3.8Q2
DOI:10.1155/jobe/9245699
PMID:40365443
|
研究论文 | 利用整合生物信息学分析,包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq,探索非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的差异表达基因及其遗传变异,重点关注肥胖患者中NAFLD的发病机制 | 鉴定了与代谢、免疫和脂质功能相关的新基因(如和),并在肥胖患者肝细胞中过表达,同时发现这些基因的新型致病性变异可能与NAFLD相关 | 研究可能受限于样本代表性、验证范围或致病性变异的直接功能验证不足 | 通过基因表达和遗传变异分析,阐明NAFLD的疾病机制并识别潜在治疗靶点和生物标志物 | 肥胖患者的肝组织及相关基因(如和) | 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝病 | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据,遗传变异数据 | NA | NA | bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-07-06 |
Spatiotemporal analysis of lung immune dynamics in lethal Coccidioides posadasii infection
2025-05-14, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.02562-24
PMID:39611685
|
research paper | 使用单细胞RNA测序和空间转录组学分析了致死性Coccidioides posadasii感染期间的肺部免疫动态 | 首次在高时间分辨率下结合单细胞RNA测序和空间转录组学揭示致死性球孢子菌感染中单核细胞源性巨噬细胞(表达Trem2)驱动组织重塑和纤维化的机制 | 主要基于小鼠模型,人类感染中的免疫反应差异尚未验证 | 阐明致死性球孢子菌感染期间肺部免疫反应的时空动态及其在组织损伤和纤维化中的作用 | 感染Coccidioides posadasii的小鼠肺部组织 | digital pathology | lung disease | single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics | NA | gene expression data, spatial transcriptomics data | 小鼠肺部样本 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium |
| 90 | 2026-07-05 |
YAP-Induced Glycolysis Drives Fibroinflammation and Disrupts Fibroblast Fidelity
2025-Dec-05, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326480
PMID:41165345
|
研究论文 | 本研究揭示了YAP诱导的糖酵解驱动纤维炎症并破坏成纤维细胞谱系保真度的机制 | 首次发现右心房成纤维细胞比其他心脏腔室具有更高的糖酵解活性和YAP活性,并揭示YAP通过诱导糖酵解驱动纤维化,同时破坏成纤维细胞谱系保真度使其转化为表达SOX9的骨软骨祖细胞状态 | NA | 探究Hippo/YAP通路如何调控心脏成纤维细胞的代谢微环境及其在纤维炎症中的作用 | 心脏成纤维细胞及其在不同心脏腔室的代谢和转录组差异 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞核RNA测序, 单细胞核ATAC测序, 空间转录组学, 同位素标记葡萄糖摄取实验 | NA | 转录组数据, 表观组数据, 空间转录组数据 | 人类和小鼠心脏样本 | 10x Genomics | 单细胞核RNA测序, 单细胞核ATAC测序, 空间转录组学 | 10x Chromium | 10x Chromium平台进行单细胞核RNA测序和单细胞核ATAC测序 |
| 91 | 2026-07-05 |
PFKFB3 Promotes Myofibroblast Differentiation and Cardiac Fibrosis Through its Intra- and Extra- Cellular Roles
2025-10, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-025-10688-x
PMID:41166052
|
研究论文 | 本研究揭示了PFKFB3通过细胞内糖酵解调控和细胞外信号双重作用促进心脏纤维化的机制 | 首次发现PFKFB3通过细胞内糖酵解调控和细胞外信号双重驱动心脏纤维化,并揭示其作为治疗靶点的转化潜力 | NA | 阐明PFKFB3在心脏纤维化发病机制中的角色及其潜在治疗价值 | 小鼠模型(异丙肾上腺素和冠状动脉结扎诱导)和心肌病患者 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、Western blot、ELISA | NA | 转录组数据、蛋白质表达数据 | 小鼠模型(异丙肾上腺素和冠状动脉结扎诱导)以及心肌病患者血浆样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统用于分析心肌病中激活的心脏肌成纤维细胞 |
| 92 | 2026-07-05 |
Single-cell dissection of the genotype-immunophenotype relationship in glioblastoma
2025-Sep-03, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awaf129
PMID:40215269
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究胶质母细胞瘤的基因型与免疫表型关系 | 利用基因工程小鼠模型在单细胞水平系统性地描绘了三种胶质母细胞瘤亚型(EGFRvIII、PDGFB和NF1驱动)的基因型-免疫表型关系 | 未明确提及局限性,但可能包括小鼠模型与人类肿瘤的差异以及样本量限制 | 揭示胶质母细胞瘤中驱动突变对肿瘤微环境免疫表型的影响,为人鼠整合分析平台提供基础 | 基因工程小鼠胶质母细胞瘤模型(EGFRvIII、PDGFB和NF1驱动突变) | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种基因工程小鼠模型,具体样本数未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 93 | 2026-07-05 |
LncRNA MIR181A1HG Deficiency Attenuates Vascular Inflammation and Atherosclerosis
2025-Apr-11, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325196
PMID:40047069
|
研究论文 | 本研究探讨长链非编码RNA MIR181A1HG在血管炎症和动脉粥样硬化中的调控作用 | 首次发现MIR181A1HG通过隔离Foxp1远离目标基因启动子,激活NLRP3炎症小体,驱动血管内皮炎症和动脉粥样硬化,独立于miR-181a1/b1簇功能 | 未进一步研究其他潜在分子机制或临床人群样本验证 | 研究MIR181A1HG在调控血管炎症和动脉粥样硬化中的作用和分子机制 | 人类和小鼠动脉粥样硬化病变中的内皮细胞及免疫细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀 | NA | 基因表达数据 | 人类和小鼠主动脉样本,MIR181A1HG敲除和过表达小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 94 | 2026-07-05 |
Protocol for directly selecting cell type marker genes for single-cell clustering analyses by Festem
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103514
PMID:39700012
|
研究论文 | 提出Festem协议,直接从单细胞RNA测序数据中选择细胞类型标记基因,以优化下游聚类分析 | 利用期望最大化检验(Festem)直接选择细胞类型标记基因,无需预先聚类即可识别关键基因,提高单细胞数据分析的效率和可解释性 | 未提及具体局限,但依赖单细胞RNA测序数据质量和参数设置可能影响结果 | 开发一种直接选择细胞类型标记基因的方法,以简化单细胞聚类分析流程 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型标记基因 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 95 | 2026-07-04 |
Identification of sepsis pyroptosis-related genes based on single-cell sequencing technology and experimental verification
2025-12-05, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-025-00785-6
PMID:41350624
|
研究论文 | 基于单细胞测序技术鉴定脓毒症焦亡相关基因并进行实验验证 | 结合单细胞测序技术与多种机器学习方法(随机森林、SVM、Lasso回归)联合识别核心基因,并通过孟德尔随机化分析探讨基因表达与疾病风险的因果关系 | 未提及研究的具体局限性 | 筛选脓毒症的新型生物标志物 | 脓毒症患者和健康志愿者的外周血样本 | 机器学习 | 脓毒症 | RNA-seq, 单细胞测序 | 随机森林, SVM, Lasso回归 | 基因表达数据 | 23名脓毒症患者和10名健康志愿者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 96 | 2026-07-04 |
Single-cell RNA sequencing reveals immune cell dysfunction and rewired interaction networks in the peripheral blood of active tuberculosis patients
2025-11-28, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-025-00780-x
PMID:41315935
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析活动性肺结核患者外周血中免疫细胞功能障碍和网络交互重编程 | 首次利用单细胞RNA测序全面解析活动性肺结核患者外周血免疫细胞功能障碍和配体-受体交互网络的重编程,揭示RNA代谢失调和TGF-β介导的免疫抑制为关键机制 | 依赖于外周血样本,样本量小,缺乏蛋白质水平的验证 | 探索活动性肺结核的免疫机制,为结核病免疫病理学研究和治疗开发提供见解 | 活动性肺结核患者和健康对照者的外周血单核细胞 | 机器学习 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | 细胞通信分析(CellChat) | 单细胞转录组数据 | 3名活动性肺结核患者和2名健康对照者的外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 97 | 2026-07-04 |
Cleanet: Robust Doublet Detection in Cytometry Data Based on Protein Expression Patterns
2025-11, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.24961
PMID:41065042
|
研究论文 | 提出Cleanet方法,基于蛋白表达模式自动检测流式和质谱流式细胞术数据中的双细胞事件,并验证其有效性 | 首次将单细胞转录组学中的双细胞检测方法应用于细胞术领域,并利用模拟双细胞事件基于蛋白表达模式进行识别,可自动检测同型和异型双细胞,还能根据组成细胞类型对双细胞进行分类,挖掘细胞间相互作用信息 | 文中未明确提及,但可能包括对双细胞模拟的准确性依赖、在复杂样本中的泛化能力等(根据上下文推测) | 自动化细胞术数据中的双细胞检测与分类,提高大规模研究的数据分析效率并准确表征免疫细胞群体和细胞间相互作用 | 流式细胞术和质谱流式细胞术数据中的单细胞与双细胞事件 | 计算生物学,数字病理学 | NA | 流式细胞术,质谱流式细胞术 | Cleanet(基于模拟双细胞事件和蛋白表达相似性识别的方法) | 蛋白表达数据 | 验证使用质谱和流式细胞术获取的数据集,并利用ImageStream和Discover A8仪器的成像流式细胞术数据验证,具体样本规模未提及 | NA | 流式细胞术,质谱流式细胞术,成像流式细胞术 | ImageStream,Discover A8 | ImageStream成像流式细胞仪,Discover A8仪器 |
| 98 | 2026-07-04 |
Single-cell transcriptomics of cervical lymph node tuberculosis reveals cellular heterogeneity and enhanced cellular communication
2025-10-21, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-025-00763-y
PMID:41120826
|
研究论文 | 利用单细胞转录组学分析宫颈淋巴结结核,揭示免疫细胞异质性和增强的细胞间通讯 | 首次对活动性结核感染淋巴结进行配对单细胞RNA测序,揭示细胞类型特异性转录重编程和细胞间相互作用网络 | 样本量较小(5例患者),缺乏功能验证实验,未探讨治疗干预效果 | 解析结核分枝杆菌感染宫颈淋巴结的局部免疫微环境及细胞间通讯机制 | 5例宫颈淋巴结结核患者的结核阳性肿大淋巴结和邻近正常淋巴结 | 单细胞转录组学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | CellChat | 基因表达数据 | 5例患者的配对淋巴结样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2026-07-04 |
Current concepts in the pathogenesis and clinical management of lymphangioleiomyomatosis
2025-09-01, Current opinion in pulmonary medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/MCP.0000000000001185
PMID:40501369
|
综述 | 综述了淋巴管平滑肌瘤病在发病机制和临床管理方面的最新进展,包括激素通路、免疫系统相互作用、mTOR信号抑制和肿瘤微环境等 | 整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和人工智能等新技术在该罕见病诊断和治疗开发中的应用潜力 | 未明确讨论当前研究的局限性,可能受限于罕见病的样本量小和研究数据有限 | 总结淋巴管平滑肌瘤病的发病机制和治疗管理的最新研究进展,为未来诊断和治疗策略提供方向 | 淋巴管平滑肌瘤病(LAM)及其相关细胞和分子机制 | 机器学习 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 人工智能 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 100 | 2026-07-04 |
Taming renal inflammation: signaling pathways and therapeutic advances in lupus nephritis
2025-09-01, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-025-04434-3
PMID:40890617
|
综述 | 本文综述了狼疮性肾炎的免疫发病机制、信号通路及治疗进展,强调了单细胞转录组学和多组学平台在个性化治疗中的应用 | 整合新兴的单细胞转录组学与多组学平台,重点介绍CD19靶向CAR-T细胞疗法在狼疮性肾炎中诱导无药缓解的突破性进展 | 未提供定量数据或荟萃分析结果,主要基于已有研究的定性总结 | 总结狼疮性肾炎的免疫病理机制及新兴治疗策略,推动精准医学应用 | 狼疮性肾炎患者的肾脏组织及免疫细胞 | 生物信息学, 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞转录组学, 多组学分析 | NA | 转录组数据, 信号通路数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 多组学 | NA | NA |