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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9921 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomes reveal cell-type-specific and sample-specific gene function in human cancer
2025-Feb-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42218
PMID:39959484
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研究论文 | 通过单细胞转录组数据分析揭示人类癌症中细胞类型特异性和样本特异性基因功能 | 构建基于共表达网络和邻近投票方法的评估框架,首次系统比较单细胞与批量转录组在基因功能预测中的性能差异 | 研究仅基于116,814个细胞的数据,可能未涵盖所有癌症类型和细胞类型 | 探索单细胞RNA测序在理解癌症基因功能中的作用 | 人类癌症细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 共表达网络,邻近投票方法 | 单细胞转录组数据 | 116,814个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium, Smart-seq2 | 10x Genomics平台与Smart-seq2平台的比较 |
| 9922 | 2025-10-07 |
Matrix mechano-sensing at the invasive front induces a cytoskeletal and transcriptional memory supporting metastasis
2025-Feb-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56299-7
PMID:39952917
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研究论文 | 本研究揭示了细胞外基质在肿瘤侵袭前沿通过机械感知诱导细胞骨架和转录记忆,从而支持转移的机制 | 首次在体内外模型中系统表征肿瘤不同区域的ECM组织特征,发现转移灶能重现原发肿瘤的ECM特征,并识别出与不良预后相关的机械炎症程序 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,在人类肿瘤中的直接验证仍需进一步研究 | 探究细胞外基质组织如何影响肿瘤局部侵袭和远处转移 | 人类和鼠类肿瘤样本,包括原发肿瘤和转移灶 | 癌症生物学 | 肿瘤转移 | 空间转录组学,体外培养模型 | 鼠类肿瘤模型 | 组织样本,转录组数据 | 人类和鼠类肿瘤样本(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9923 | 2025-10-07 |
One-carbon metabolism is distinct metabolic signature for proliferative intermediate exhausted T cells of ICB-resistant cancer patients
2025-Feb-14, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02332-z
PMID:39952933
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序数据,发现一碳代谢是免疫检查点抑制剂耐药患者中增殖性中间耗竭T细胞的独特代谢特征 | 首次揭示一碳代谢在增殖性中间耗竭T细胞中的特异性表达,并发现其与CD137信号通路的关联 | 研究主要基于转录组数据分析,需要进一步实验验证一碳代谢的功能机制 | 阐明一碳代谢在肿瘤免疫微环境中的功能作用,特别是对免疫治疗耐药性的影响 | 肺癌、胶质母细胞瘤、肾细胞癌、结直肠癌和三阴性乳腺癌患者 | 生物信息学 | 多种癌症 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多种癌症类型的患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 9924 | 2025-10-07 |
Single-cell analysis identifies Ifi27l2a as a gene regulator of microglial inflammation in the context of aging and stroke in mice
2025-Feb-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56847-1
PMID:39953063
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析发现Ifi27l2a是衰老和脑卒中背景下小胶质细胞炎症的关键调控基因 | 首次发现Ifi27l2a在神经退行性疾病中的作用机制,证明其通过促进线粒体ROS产生驱动小胶质细胞炎症反应 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本仅使用尸检脑组织,样本来源有限 | 探索缺血性脑卒中中小胶质细胞炎症的调控机制 | 年轻和老年小鼠脑组织、细胞培养模型、人类尸检脑样本 | 单细胞生物学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠脑组织、人类尸检脑样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9925 | 2025-10-07 |
An integrated multi-omics analysis identifies protein biomarkers and potential drug targets for psoriatic arthritis
2025-Feb-14, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07698-5
PMID:39953266
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研究论文 | 通过整合多组学分析鉴定银屑病关节炎的蛋白质生物标志物和潜在药物靶点 | 首次采用全蛋白质组孟德尔随机化分析鉴定出7个与银屑病关节炎显著相关的血浆蛋白生物标志物 | NA | 识别银屑病关节炎的生物标志物和治疗靶点 | 银屑病关节炎患者 | 生物信息学 | 银屑病关节炎 | 多组学分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 全表型关联研究 | NA | 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据, 遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9926 | 2025-10-07 |
CCR7 in esophageal squamous cell carcinoma: an identification from single-cell and bulk transcriptome sequencing
2025-Feb-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01927-3
PMID:39953263
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和批量转录组测序揭示了CCR7在食管鳞状细胞癌中的表达机制及其与KRAS信号通路的关联 | 首次在单细胞水平系统分析CCR7在食管鳞癌中的表达特征,并发现其与KRAS信号通路激活的正相关性 | 研究样本来源有限,主要依赖公共数据库数据,需要更多实验验证 | 揭示CCR7在食管鳞状细胞癌中的具体作用机制 | 食管鳞状细胞癌细胞 | 单细胞转录组学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, 细胞功能实验 | Seurat软件分析 | 基因表达数据 | 28,281个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 9927 | 2025-10-07 |
Role of CD4+ T cells in cancer immunity: a single-cell sequencing exploration of tumor microenvironment
2025-Feb-14, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06167-1
PMID:39953548
|
综述 | 通过单细胞测序技术探讨CD4+ T细胞在肿瘤免疫微环境中的作用 | 整合单细胞测序数据系统阐述CD4+ T细胞表型异质性及其在肿瘤免疫中的功能特异性 | NA | 探讨CD4+ T细胞在肿瘤免疫微环境中的功能作用及治疗潜力 | CD4+ T淋巴细胞及其在肿瘤微环境中的亚群 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9928 | 2025-10-07 |
A morphological cell atlas of the freshwater sponge Ephydatia muelleri with key insights from targeted single-cell transcriptomes
2025-Feb-14, EvoDevo
IF:4.1Q1
DOI:10.1186/s13227-025-00237-7
PMID:39953556
|
研究论文 | 本研究通过构建淡水海绵Ephydatia muelleri的形态学细胞图谱并结合靶向单细胞转录组分析,揭示了海绵细胞类型的多样性和功能复杂性 | 首次描述了海绵中多种新型细胞特征,包括极化外上皮、新型收缩筛细胞、动纤毛和非动纤毛细胞,并通过活细胞成像展示了中胶层运动细胞的独特行为特征 | 研究主要聚焦于单一海绵物种,对非两侧对称动物形态学的理解仍有限,可能无法完全代表所有海绵物种的细胞多样性 | 旨在弥合两侧对称动物与非两侧对称动物在细胞和组织层面理解的差距,探索动物细胞类型和组织结构的进化起源 | 淡水海绵Ephydatia muelleri的细胞和组织类型 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组测序,活细胞成像 | NA | 转录组数据,形态学图像 | 三种细胞类型(囊细胞、领细胞和原始细胞)的活细胞样本,其中包含5个领细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9929 | 2025-10-07 |
Integrated bulk and single-cell RNA sequencing to identify potential biomarkers in intervertebral disc degeneration
2025-Feb-14, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-02346-4
PMID:39953636
|
研究论文 | 通过整合bulk和单细胞RNA测序识别椎间盘退变中的潜在生物标志物 | 首次结合hdWGCNA和Monocle3伪时间序列分析,整合bulk和单细胞测序数据识别椎间盘退变关键基因 | 样本量有限,需要更大规模研究验证基因标志物的临床适用性 | 识别椎间盘退变的潜在生物标志物并阐明其发病机制 | 退变性髓核组织和正常髓核组织 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 机器学习, PCR, 组织染色 | SVM-RFE, 随机森林 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9930 | 2025-10-07 |
Tissue-Resident Regulatory T Cells Expressing CD83 Maintain Local Homeostasis and Restrict Th2 Responses in Asthma
2025-Feb, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202451525
PMID:39955650
|
研究论文 | 本研究首次揭示了肺组织驻留调节性T细胞表达CD83在维持局部稳态和限制哮喘中Th2反应的关键作用 | 首次阐明CD83在非淋巴组织Tregs中的生物学意义,发现CD83缺失导致Tregs分化不足但过度激活,进而加剧哮喘疾病进展 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究肺组织驻留Tregs表达CD83在稳态和哮喘状态下的功能作用 | 肺组织驻留调节性T细胞和哮喘模型小鼠 | 免疫学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序,基因敲除模型 | CD83条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,细胞表型分析 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9931 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptome Decoding Umbilical Cord-Derived Mesenchymal Stem Cell Heterogeneity Reveals a Unique IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSC With Osteogenesis and Chondrogenesis Signatures
2025-Feb, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.70004
PMID:39956958
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了人脐带间充质干细胞在不同培养系统中的异质性,并鉴定出具有高成骨和软骨形成潜能的IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSC亚群 | 首次创建了hUC-MSC在不同培养系统中的单细胞转录组图谱,鉴定出具有独特IL1R1和PDGFRA高表达的Ultroser-G-MSC功能亚群,并发现Wnt5信号通路是成骨和软骨形成表型动态转化的关键通路 | 研究主要聚焦于体外培养系统,需要进一步体内实验验证其临床应用的可行性和安全性 | 阐明人脐带间充质干细胞在不同培养系统中的异质性来源,以指导hUC-MSCs的精准临床应用 | 人脐带间充质干细胞(hUC-MSCs) | 单细胞转录组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9932 | 2025-10-07 |
Therapeutic Potential of Inhibiting Hmox1 in Sepsis-Induced Lung Injury: A Molecular Mechanism Study
2025-Feb, Journal of biochemical and molecular toxicology
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jbt.70134
PMID:39959930
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研究论文 | 本研究揭示了Hmox1抑制剂通过激活FSP1/CoQ10/NADPH通路增强自噬活性并抑制铁死亡,从而减轻脓毒症诱导的肺损伤 | 首次发现Hmox1抑制剂通过调控自噬-铁死亡通路缓解脓毒症肺损伤的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,需要进一步临床验证 | 探索Hmox1抑制剂对脓毒症诱导肺损伤的治疗潜力及分子机制 | 肺泡上皮细胞和脓毒症小鼠模型 | 分子机制研究 | 脓毒症肺损伤 | RNA-seq, scRNA-seq, 透射电子显微镜 | NA | 转录组数据, 细胞实验数据, 动物实验数据 | 多个公共数据集(GSE236391, GSE263867, GSE207651)和实验模型 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 9933 | 2025-10-07 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal a potential role of ATF3 in brain metastasis of lung adenocarcinoma
2025-Jan-24, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-784
PMID:39958219
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组技术揭示ATF3在肺腺癌脑转移中的潜在作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组技术解析肺腺癌脑转移的细胞组成空间分布,发现ATF3是间质-上皮转化程序的潜在调控因子 | 样本量较小(3例自测样本+10例公共数据验证) | 解析肺腺癌脑转移的细胞组成空间分布并识别潜在治疗靶点 | 肺腺癌脑转移肿瘤组织 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组, Western blotting, qRT-PCR | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 3例LUAD脑转移样本(自测)+10例LUAD脑转移样本(公共数据) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
| 9934 | 2025-10-07 |
Evaluation of Salivary Diagnostics: Applications, Benefits, Challenges, and Future Prospects in Dental and Systemic Disease Detection
2025-Jan, Cureus
DOI:10.7759/cureus.77520
PMID:39958008
|
综述 | 本文评估了唾液诊断在口腔和全身疾病检测中的应用、优势、挑战及未来前景 | 系统总结了唾液诊断技术的最新进展,包括唾液组学、单细胞测序等新兴技术在疾病诊断中的应用 | 存在唾液样本变异性和标准化方面的挑战,需要进一步研究解决 | 评估唾液诊断技术在疾病检测中的临床应用价值和发展前景 | 人类唾液样本及相关生物标志物 | 医学诊断 | 糖尿病、心血管疾病、癌症(胰腺癌、前列腺癌) | ELISA、唾液组学、单细胞测序、定量质谱、拉曼光谱 | NA | 生物标志物数据、文献资料 | 基于文献综述,未指定具体样本数量 | NA | 单细胞测序、质谱分析、光谱分析 | NA | NA |
| 9935 | 2025-10-07 |
Transcriptomic analysis of EGFR co-expression and activation in glioblastoma reveals associations with its ligands
2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdae229
PMID:39959305
|
研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了胶质母细胞瘤中EGFR共表达和激活机制,及其与配体的关联 | 首次系统比较GBM和LUAD中EGFR信号传导模式的差异,并发现BTC和EREG配体与EGFR表达的负相关关系 | 样本量相对有限(TCGA-GBM: 169例,Intellance-2: 166例),且为回顾性分析 | 阐明GBM和LUAD之间EGFR激活和调控分子机制的差异 | 胶质母细胞瘤和肺腺癌患者 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | TCGA-GBM队列169例,Intellance-2队列166例 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9936 | 2025-10-07 |
Dual Role of α-MSH in Colitis Progression: Mediating Neutrophil Differentiation via Bone Marrow
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S503621
PMID:39959638
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研究论文 | 本研究揭示了结肠炎通过激活下丘脑-垂体轴促进α-MSH分泌,进而调控骨髓造血干细胞分化为中性粒细胞的分子机制 | 首次发现α-MSH在结肠炎进展中的双重作用机制,既能增强急性期病原体清除,又能在缓解期诱导持续炎症反应 | 研究主要基于小鼠DSS诱导的结肠炎模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究下丘脑-垂体轴在炎症性肠病发病过程中的作用机制 | DSS诱导的结肠炎小鼠模型 | 免疫学 | 炎症性肠病 | 免疫荧光,RT-qPCR,ELISA,流式细胞术,腺相关病毒介导的基因沉默,联体共生,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9937 | 2025-10-07 |
RETRACTION: Prognostic Value and Potential Mechanism of Cellular Senescence and Tumor Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma: Insights From Bulk Transcriptomics and Single-Cell Sequencing Analysis
2025-Mar, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24453
PMID:39584580
|
撤稿声明 | 本文宣布撤回一篇关于肝细胞癌中细胞衰老与肿瘤微环境预后价值的研究论文 | NA | 该文章因同行评审过程存在问题而被撤稿 | NA | NA | NA | 肝细胞癌 | 批量转录组学,单细胞测序分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 9938 | 2025-10-07 |
Revolutionizing prognosis: Introducing cell death index (CDI) as a powerful prognostic tool for CSCC patients
2025-Mar, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24265
PMID:39887534
|
研究论文 | 本研究构建了细胞死亡指数(CDI)作为宫颈鳞癌的新型预后预测工具 | 首次提出细胞死亡指数的概念,并基于23个基因构建预后模型 | 使用公共数据库数据,需要进一步临床验证 | 开发宫颈鳞癌的预后预测指标 | 宫颈鳞癌患者 | 生物信息学 | 宫颈癌 | RNA-seq, scRNA-seq | 预后模型 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的训练和验证队列 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 9939 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomic analysis identifies epithelium-macrophage crosstalk in endometriotic lesions
2025-Feb-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.111790
PMID:39935459
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研究论文 | 通过空间转录组学分析揭示了子宫内膜异位病灶中上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用机制 | 首次发现浅表腹膜子宫内膜异位病灶上皮细胞通过补体3驱动炎症信号并促进巨噬细胞向促修复表型转化 | 仅关注浅表腹膜病灶,未涉及其他类型子宫内膜异位病变 | 阐明子宫内膜异位病灶中细胞类型特异性基因表达变化及细胞间通讯机制 | 子宫内膜异位病灶和患者匹配的在位子宫内膜组织 | 空间转录组学 | 子宫内膜异位症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 患者匹配的子宫内膜异位病灶和在位子宫内膜组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9940 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome sequencing in synovial joint: insights of new progenitors and targets in joint development and disease
2025-Feb-17, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxaf008
PMID:39957282
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组测序技术在滑膜关节发育和疾病研究中的应用与进展 | 系统总结了单细胞测序技术在揭示滑膜关节细胞异质性、发育机制和疾病病理方面的新见解 | NA | 探讨单细胞转录组测序在滑膜关节发育和疾病研究中的应用价值 | 滑膜关节(包括膝关节、颞下颌关节和脊柱关节) | 单细胞组学 | 骨关节炎、类风湿关节炎、椎间盘退变 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |