本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9881 | 2025-10-07 |
Screening and analysis of programmed cell death related genes and targeted drugs in sepsis
2025-Mar-19, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-025-00403-w
PMID:40108736
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学方法识别脓毒症中程序性细胞死亡相关基因并探索潜在治疗药物 | 首次整合WGCNA、LASSO、随机森林和孟德尔随机化方法系统分析脓毒症中PCD相关基因,并构建TF-miRNA-枢纽基因网络 | 研究主要基于生物信息学分析,需要后续实验验证 | 识别脓毒症诊断相关的程序性细胞死亡基因并探索潜在治疗药物 | 脓毒症患者的基因表达数据和血液细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,WGCNA,LASSO,随机森林,CIBERSORT,孟德尔随机化 | NA | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据,GWAS数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9882 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals CD8 + T cell heterogeneity and identifies a prognostic signature in cervical cancer
2025-Mar-18, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13901-x
PMID:40102789
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示宫颈癌中CD8+T细胞的异质性并构建预后风险模型 | 首次系统描绘宫颈癌中CD8+T细胞的异质性、发育轨迹和调控网络,并建立基于CD8+T细胞特征的预后模型 | NA | 表征宫颈鳞癌中CD8+T细胞的异质性、发育轨迹、调控网络和细胞间通讯,构建基于CD8+T细胞转录组特征的预后风险模型 | 宫颈癌肿瘤样本中的CD8+T细胞 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,机器学习 | 预后风险模型 | 单细胞RNA测序数据,批量转录组数据 | 整合TCGA和GEO数据库的宫颈癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9883 | 2025-10-07 |
Increased melanin induces aberrant keratinocyte - melanocyte - basal - fibroblast cell communication and fibrogenesis by inducing iron overload and ferroptosis resistance in keloids
2025-Mar-18, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02116-z
PMID:40102920
|
研究论文 | 本研究探讨黑色素通过诱导铁过载和抗铁死亡能力促进瘢痕疙瘩中成纤维细胞纤维化的机制 | 首次揭示黑色素通过诱导铁过载和抗铁死亡促进瘢痕疙瘩纤维化的新机制,并发现MITF抑制剂ML329的治疗潜力 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,在人体中的治疗效果需要进一步验证 | 研究黑色素在促进瘢痕疙瘩成纤维细胞纤维化中的作用机制,并评估干预黑色素的治疗潜力 | 瘢痕疙瘩患者的皮肤组织、黑色素细胞、角质形成细胞、成纤维细胞以及瘢痕疙瘩裸鼠模型 | 细胞生物学 | 皮肤纤维化疾病 | 单细胞RNA测序, Masson-Fontana染色, 批量测序, Perl's染色, 细胞活力检测, 脂质ROS检测, 丙二醛检测 | NA | 基因表达数据, 组织染色图像, 细胞功能检测数据 | 瘢痕疙瘩患者组织和细胞, 瘢痕疙瘩裸鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 9884 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal the heterogeneity and intercellular communication of cancer-associated fibroblasts in gastric cancer
2025-Mar-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06376-8
PMID:40102930
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示胃癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及细胞间通讯 | 首次在胃癌中整合单细胞测序与空间转录组数据,系统鉴定六种CAF亚群并揭示其与恶性上皮细胞的空间互作关系 | 样本量有限(24例),缺乏功能性实验验证 | 解析胃癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性及细胞间通讯网络 | 胃癌患者肿瘤组织中的癌症相关成纤维细胞和恶性上皮细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫组化 | Seurat, CellChat | 单细胞测序数据, 空间转录组数据, 免疫组化图像 | 24例胃癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 9885 | 2025-10-07 |
Single-Cell Landscape of Bronchoalveolar Lavage Fluid Identifies Specific Neutrophils during Septic Immunosuppression
2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202406218
PMID:39887584
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析脓毒症患者支气管肺泡灌洗液,揭示了中性粒细胞驱动的肺部免疫抑制程序 | 首次在脓毒症免疫抑制期发现CXCR2和CD274IL1RN中性粒细胞亚群的显著增加及其发育轨迹 | 研究样本量有限,主要关注肺部免疫细胞,未涉及其他器官的免疫抑制机制 | 探索脓毒症免疫抑制期间肺部免疫细胞的分子特征和机制 | 脓毒症患者的支气管肺泡灌洗液样本 | 单细胞组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 脓毒症患者BALF样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9886 | 2025-10-07 |
Lepidopteran scale cells derive from sensory organ precursors through a canonical lineage
2025-Mar-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204501
PMID:40052482
|
研究论文 | 本研究通过发育生物学和转录组学证据证明鳞翅目昆虫的鳞片细胞来源于感觉器官前体细胞 | 首次通过活体成像和单细胞转录组测序证明鳞翅目鳞片与果蝇机械感刚毛的同源发育路径,并发现新的转录因子pdm3参与鳞片分化 | 研究主要聚焦早期蛹期翅膀发育,未涵盖所有鳞片类型和发育阶段 | 探究鳞翅目昆虫鳞片细胞的发育起源和分子机制 | 鳞翅目昆虫(蝴蝶和蛾类)的翅膀鳞片细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞核RNA测序, 活体成像 | NA | 基因表达数据, 影像数据 | 早期蛹期翅膀组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9887 | 2025-10-07 |
Aberrant Hematopoiesis and CD8+ T-Cell Activation in Thymoma-Associated Pure Red Cell Aplasia
2025-Mar, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.70046
PMID:40109027
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析胸腺瘤相关纯红细胞再生障碍的免疫机制 | 首次在单细胞水平揭示胸腺瘤-PRCA患者骨髓中CD8+T细胞异常激活导致红细胞生成障碍的机制 | 样本量较小且为观察性研究,需进一步验证因果关系 | 阐明胸腺瘤相关纯红细胞再生障碍的免疫发病机制 | 胸腺瘤-PRCA患者和健康对照者的骨髓细胞及外周血CD8+T细胞 | 单细胞组学 | 纯红细胞再生障碍 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 流式细胞术, 细胞因子分析 | NA | 单细胞转录组数据, bulk转录组数据, 流式细胞数据, 细胞因子数据 | 胸腺瘤-PRCA患者和健康对照者(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 9888 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq reveals disease-specific CD8+ T cell clonal expansion and a high frequency of transcriptionally distinct double-negative T cells in diabetic NOD mice
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0317987
PMID:40106422
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示糖尿病NOD小鼠中疾病特异性CD8+ T细胞克隆扩增和转录独特双阴性T细胞的高频出现 | 首次在单细胞分辨率下同时分析T细胞转录组和T细胞受体库,发现疾病依赖性CD8+ T细胞发育和独特双阴性T细胞群体 | 研究结果需要未来进一步验证,未在人类样本中确认发现 | 识别与1型糖尿病进展相关的T细胞克隆扩增和转录组特征 | 非肥胖糖尿病(NOD)小鼠的外周血和胰岛T细胞 | 单细胞基因组学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、T细胞受体序列数据 | NOD小鼠纵向收集的外周血和胰岛样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9889 | 2025-10-07 |
A single-cell RNA sequencing atlas of the healthy canine lung: a foundation for comparative studies
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1501603
PMID:40114924
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建健康犬肺组织的细胞图谱,为比较研究提供基础 | 首次系统描绘健康犬肺组织的单细胞转录组图谱,发现46个转录特征不同的细胞亚群,包括罕见细胞类型 | 仅使用4只犬的样本,样本量有限 | 建立健康犬肺组织的单细胞转录组参考图谱,为肺部疾病研究提供分子基础 | 健康犬肺组织细胞 | 单细胞组学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4只犬的26,278个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 液滴式单细胞RNA测序 |
| 9890 | 2025-10-07 |
Targeting glycolysis in esophageal squamous cell carcinoma: single-cell and multi-omics insights for risk stratification and personalized therapy
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1559546
PMID:40115255
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和多组学方法研究食管鳞状细胞癌中糖酵解代谢的作用机制,并开发风险分层模型 | 首次在ESCC中整合单细胞转录组学和多组学数据识别糖酵解活性细胞亚型,并建立基于七基因的糖酵解相关风险评分模型 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索糖酵解在食管鳞状细胞癌进展中的作用机制,开发风险分层和个性化治疗策略 | 食管鳞状细胞癌患者组织和细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 多组学分析, Western blotting | 非负矩阵分解(NMF), Cox回归 | 转录组数据, 临床数据 | TCGA和GEO数据库的食管鳞状细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 多组学 | NA | NA |
| 9891 | 2025-10-07 |
Ibudilast Protects Retinal Bipolar Cells From Excitotoxic Retinal Damage and Activates the mTOR Pathway
2025-May, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.24657
PMID:39916387
|
研究论文 | 本研究利用小鸡兴奋性毒性视网膜损伤模型,探讨了伊布地特对视网膜神经元的保护作用及其机制 | 首次发现伊布地特通过抑制磷酸二酯酶激活mTOR通路,对视网膜双极细胞具有特异性保护作用 | 研究仅使用动物模型,尚未进行临床试验验证 | 探究伊布地特在兴奋性毒性视网膜损伤中的神经保护作用机制 | 小鸡视网膜神经元,特别是双极细胞和Müller胶质细胞 | 神经科学 | 视网膜神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 光谱域光学相干断层扫描(SD-OCT), 视网膜电图 | NA | 基因表达数据, 影像数据, 电生理数据 | 小鸡视网膜损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9892 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals ECM remodeling-tumor stiffness-FAK as a key driver of vestibular schwannoma progression
2025-Apr, Progress in neurobiology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.pneurobio.2025.102730
PMID:39988022
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示细胞外基质重塑-肿瘤硬度-FAK信号通路是前庭神经鞘瘤进展的关键驱动因素 | 首次在单细胞水平揭示前庭神经鞘瘤进展与机械刺激反应和神经营养因子信号通路的关联,并明确ECM重塑-肿瘤硬度-FAK信号轴的作用机制 | 研究主要基于体外实验,需要进一步的体内验证和临床前研究 | 探究肿瘤硬度-FAK信号通路在前庭神经鞘瘤进展中的作用机制 | 前庭神经鞘瘤细胞 | 单细胞测序分析 | 前庭神经鞘瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9893 | 2025-10-07 |
SPARROW reveals microenvironment-zone-specific cell states in healthy and diseased tissues
2025-Mar-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101235
PMID:40112778
|
研究论文 | SPARROW是一种计算框架,通过联合学习细胞类型和细胞组织的潜在嵌入和软聚类,实现健康与疾病组织中微环境区域特异性细胞状态的发现 | 将细胞类型推断和细胞邻域识别整合为联合学习过程,在共享潜在空间中整合空间转录组和单细胞RNA测序数据 | 未在摘要中明确说明方法的具体限制 | 开发能够跨尺度、样本和条件全面表征组织特征的计算方法 | 人类和小鼠组织样本,特别是人类扁桃体组织 | 空间转录组学 | NA | 空间分辨转录组学,单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 潜在嵌入学习,软聚类 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间分辨转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9894 | 2025-10-07 |
Downregulated STAT3 and STAT5B are prognostic biomarkers for colorectal cancer and are associated with immune infiltration
2025-Mar-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02085-2
PMID:40100436
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析发现STAT3和STAT5B在结直肠癌中表达下调,并验证其作为预后生物标志物和免疫治疗靶点的潜力 | 首次系统评估STAT家族在结直肠癌中的表达、预后价值及免疫功能,并利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术深入分析 | 样本量有限,临床样本仅30例,且主要依赖公共数据库数据 | 探究STAT家族在结直肠癌中的表达特征、预后价值及与免疫浸润的关系 | 结直肠癌患者样本(包括TCGA数据库644例、GTEx数据库308例和临床样本30例) | 生物信息学 | 结直肠癌 | 多组学分析,单细胞RNA测序,空间转录组学,DNA甲基化分析 | 列线图预测模型 | 基因表达数据,临床数据,单细胞测序数据,空间转录组数据 | 总计982个样本(TCGA 644例,GTEx 308例,临床样本30例) | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9895 | 2025-03-22 |
Spatial transcriptomics reveals differential inflammatory pathways in discoid lupus erythematosus and lichen planus
2025-Mar-18, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.02.148
PMID:40113031
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9896 | 2025-10-07 |
[Nafamostat Mesylate Alleviates Renal Ischemia-Reperfusion Injury in a Rat Model Through HMGB1 Modulation: An Omics Analysis -Based Study of the Protective Effect and the Mechanisms Involved]
2025-Jan-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition
DOI:10.12182/20250160506
PMID:40109453
|
研究论文 | 本研究通过组学分析探讨甲磺酸萘莫司他在大鼠肾脏缺血再灌注损伤模型中的保护作用及其机制 | 首次结合单细胞RNA测序和HMGB1调控机制研究甲磺酸萘莫司他对肾脏缺血再灌注损伤的保护作用 | 样本量较小(每组7只大鼠),仅观察24小时时间点,机制研究仍需进一步验证 | 研究甲磺酸萘莫司他对肾脏缺血再灌注损伤的保护作用及分子机制 | 健康雄性Sprague-Dawley大鼠 | NA | 肾脏缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, Western blotting, HE染色, TUNEL染色 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 组织病理学图像 | 21只SD大鼠(每组7只) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单核RNA测序 |
| 9897 | 2025-10-07 |
Identification of a Subpopulation of Astrocyte Progenitor Cells in the Neonatal Subventricular Zone: Evidence that Migration is Regulated by Glutamate Signaling
2025-Jan-09, Neurochemical research
IF:3.7Q2
DOI:10.1007/s11064-024-04326-2
PMID:39789409
|
研究论文 | 本研究通过荧光标记技术识别了新生小鼠脑室下区的星形胶质细胞前体细胞亚群,并证明谷氨酸信号调控其迁移过程 | 首次发现tdTomato标记的胶质前体细胞亚群,并证明谷氨酸信号通过离子型谷氨酸受体和谷氨酸转运体调控其向皮层的迁移 | 研究主要基于转基因小鼠模型,人类相关性需进一步验证;体外器官型切片培养可能无法完全模拟体内环境 | 探究星形胶质细胞前体细胞的发育起源和迁移调控机制 | 新生小鼠脑室下区的胶质前体细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,免疫荧光,器官型切片培养 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 新生小鼠(PND1-PND7)脑组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9898 | 2025-10-07 |
LKB1 inactivation promotes epigenetic remodeling-induced lineage plasticity and antiandrogen resistance in prostate cancer
2025-Jan, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-024-01025-z
PMID:39743630
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了LKB1失活在前列腺癌中促进表观遗传重塑诱导的谱系可塑性和抗雄激素耐药性的机制 | 首次发现LKB1失活通过引起全基因组DNA低甲基化驱动AR非依赖性谱系可塑性,并提出靶向DNA低甲基化的治疗策略 | 研究主要基于基因工程小鼠模型,在人类患者中的临床验证仍需进一步研究 | 探索雄激素受体非依赖性谱系可塑性的分子机制并开发潜在治疗策略 | 人类和小鼠前列腺癌样本 | 癌症生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,全基因组亚硫酸氢盐测序 | 基因工程小鼠模型 | 转录组数据,表观遗传数据 | 未明确指定具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,全基因组测序 | NA | NA |
| 9899 | 2025-10-07 |
Identification and Evaluation of Lipocalin-2 in Sepsis-Associated Encephalopathy via Machine Learning Approaches
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S504390
PMID:40109658
|
研究论文 | 通过机器学习方法识别和评估脂质运载蛋白-2在脓毒症相关脑病中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法系统性地识别LCN2作为中性粒细胞诱导SAE的关键基因 | 研究主要基于动物模型,需要在人类患者中进行进一步验证 | 识别脓毒症相关脑病的关键基因并探索潜在靶向治疗 | 脓毒症患者和脓毒症小鼠模型 | 机器学习 | 脓毒症相关脑病 | 单细胞RNA测序, Western blotting, 行为测试 | 四种二分类机器学习算法, AddModuleScore算法, CellCall算法 | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质印迹数据, 行为学数据 | 脓毒症患者和脓毒症小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9900 | 2025-10-07 |
Integrated single-cell analysis reveals the regulatory network of disulfidptosis-related lncRNAs in bladder cancer: constructing a prognostic model and predicting treatment response
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1527036
PMID:40110199
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞分析构建了膀胱癌中双硫死亡相关lncRNAs的调控网络和预后模型 | 首次将双硫死亡与lncRNAs结合构建膀胱癌预后模型,并揭示其与免疫状态和治疗反应的关系 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证模型的临床适用性 | 探索双硫死亡相关lncRNAs作为膀胱癌预后生物标志物的潜力 | 膀胱癌患者 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞测序, RNA测序, RT-qPCR, LASSO回归, Cox回归 | 预后模型, nomogram | 单细胞测序数据, RNA测序数据, 临床信息 | 来自GEO和TCGA数据库的膀胱癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |