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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9861 | 2025-10-07 |
Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED
2025-Feb-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57157-2
PMID:39987196
|
研究论文 | 开发了一种名为sciRED的可解释单细胞因子分解方法,用于改进scRNA-seq数据分析 | 通过去除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的未解释因子 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的因子分析可解释性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 因子分解模型 | 基因表达数据 | 多个scRNA-seq数据集(肾脏图谱、PBMC数据集、大鼠肝脏图谱、健康人类肝脏图谱) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9862 | 2025-10-07 |
Human nasal turbinate stem cells with specific gene signatures (HAS2, CXCL1, KRTAP1-5, GSTT2B, and C4B) attenuate rheumatoid arthritis
2025-Feb-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-90707-8
PMID:39987230
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研究论文 | 本研究探讨人鼻甲来源干细胞对类风湿性关节炎的治疗效果及其相关基因特征 | 首次发现具有特定基因特征(HAS2、CXCL1、KRTAP1-5、GSTT2B和C4B)的人鼻甲干细胞对类风湿性关节炎具有治疗潜力 | 研究基于小鼠模型,临床转化需进一步验证;样本量有限(20例健康对照) | 研究人鼻甲干细胞对类风湿性关节炎的治疗效果及机制 | 人鼻甲来源干细胞、胶原诱导性关节炎小鼠模型 | 干细胞治疗 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序、微阵列分析、RT-qPCR、流式细胞术、TRAP染色 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 20名健康对照的鼻甲干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9863 | 2025-10-07 |
Unravelling approaches to study macrophages: from classical to novel biophysical methodologies
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19039
PMID:39989743
|
综述 | 本文综述了从经典到新型生物物理学方法研究巨噬细胞的技术进展 | 整合了单细胞测序、单细胞质谱、微流控技术和原子力光谱等前沿生物物理方法研究巨噬细胞 | NA | 探讨研究巨噬细胞的方法学进展 | 巨噬细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞测序, 单细胞质谱, 微流控技术, 扫描探针显微镜, 原子力光谱 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9864 | 2025-10-07 |
Calnexin promotes glioblastoma progression by inducing protective mitophagy through the MEK/ERK/BNIP3 pathway
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.105591
PMID:39990231
|
研究论文 | 本研究揭示钙连接蛋白通过MEK/ERK/BNIP3通路诱导保护性线粒体自噬促进胶质母细胞瘤进展的分子机制 | 首次发现CANX通过激活MEK/ERK通路促进BNIP3介导的保护性线粒体自噬,阐明了GBM化疗耐药的新机制 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究CANX在胶质母细胞瘤进展和化疗耐药中的作用机制 | 胶质母细胞瘤细胞系和颅内异种移植小鼠模型 | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | 转录组测序、单细胞测序、透射电镜、Western blot、免疫荧光、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 9865 | 2025-10-07 |
CD34+ PI16+ fibroblast progenitors aggravate neointimal lesions of allograft arteries via CCL11/CCR3-PI3K/AKT pathway
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.104650
PMID:39990233
|
研究论文 | 本研究揭示了CD34+ PI16+成纤维祖细胞通过CCL11/CCR3-PI3K/AKT通路促进移植动脉新生内膜病变的机制 | 首次鉴定出CD34+ PI16+成纤维祖细胞亚群,并阐明其通过分泌CCL11激活平滑肌细胞PI3K/AKT通路驱动新生内膜增生的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体组织中验证 | 探究CD34干细胞/祖细胞在移植动脉粥样硬化中的作用机制 | 遗传修饰小鼠模型(BALB/c、C57BL/6J等)和细胞亚群 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 趋化因子抗体微阵列, ELISA, 免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据, 免疫组织化学图像 | 多种遗传修饰小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9866 | 2025-10-07 |
Establishment of a Lactylation-Related Gene Signature for Hepatocellular Carcinoma Applying Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/3547543
PMID:39990773
|
研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序分析建立了肝细胞癌的乳酸化相关基因特征 | 首次开发了肝细胞癌的乳酸化相关基因特征,结合单细胞RNA测序揭示了基因在不同细胞类型中的表达模式 | NA | 开发肝细胞癌的乳酸化相关基因特征并评估其预后预测价值 | 肝细胞癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 批量RNA测序,单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归模型,风险评分模型,列线图 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9867 | 2025-10-07 |
Contribution of cuproptosis and immune-related genes to idiopathic pulmonary fibrosis disease
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1458341
PMID:39991151
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析探讨铜死亡和免疫相关基因在特发性肺纤维化中的诊断价值 | 首次系统分析铜死亡相关基因在IPF中的作用,并识别出具有诊断价值的免疫相关生物标志物 | 研究基于公共数据库的微阵列数据,需要进一步实验验证 | 探索铜死亡和免疫相关基因对特发性肺纤维化的诊断价值 | 特发性肺纤维化患者基因表达数据 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 微阵列分析,单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析,蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | ROC曲线分析 | 基因表达数据 | 四个GEO微阵列数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,微阵列 | NA | NA |
| 9868 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing of circulating immune cells supports inhibition of TNFAIP3 and NFKBIA translation as psoriatic arthritis biomarkers
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1483393
PMID:39991156
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析银屑病关节炎患者循环免疫细胞,发现TNFAIP3和NFKBIA翻译抑制可作为生物标志物 | 首次在单细胞水平揭示TNFAIP3和NFKBIA基因在银屑病关节炎不同T细胞亚群中的差异翻译调控机制 | 样本量较小(仅8个样本),需要更大规模研究验证 | 鉴定区分银屑病关节炎与单纯皮肤银屑病及健康对照的生物标志物 | 银屑病关节炎患者、单纯皮肤银屑病患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 银屑病关节炎 | 单细胞RNA测序, 免疫印迹 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 8个样本(3例PsA, 3例PsC, 2例HC) | NanoString | 单细胞RNA-seq | NanoString nCounter | NanoString nCounter平台用于验证单细胞RNA测序发现的差异表达基因 |
| 9869 | 2025-10-07 |
Integrative multi-omics and machine learning identify a robust signature for discriminating prognosis and therapeutic targets in bladder cancer
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.105066
PMID:39991573
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,开发了膀胱癌预后预测模型并识别了潜在治疗靶点 | 首次整合转录组学、蛋白质组学、蛋白乙酰化测序和单细胞RNA测序数据,采用一致性聚类和LASSO Cox回归建立膀胱癌预后模型 | 样本量相对较小(6对肿瘤与癌旁组织),需要更大规模验证 | 开发膀胱癌预后预测模型并识别治疗靶点 | 膀胱癌患者组织样本和公共数据库数据 | 机器学习 | 膀胱癌 | 转录组测序, 蛋白质组测序, 蛋白乙酰化测序, 单细胞RNA测序 | Cox回归, LASSO Cox回归, 一致性聚类 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞数据 | 6对膀胱癌肿瘤与癌旁组织,整合TCGA-BLCA和GSE13507数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序, 蛋白质组测序 | NA | NA |
| 9870 | 2025-10-07 |
Single-Cell Sequencing Reveals PD-L1-Mediated Immune Escape Signaling in Lung Adenocarcinoma
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.103656
PMID:39991571
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸信号机制 | 首次在单细胞水平系统描绘PD-L1阳性与阴性样本的免疫细胞组成差异,并鉴定出11个与PD-L1/PD-1免疫逃逸轴相关的差异表达基因 | 样本量较小(仅8例患者),缺乏功能性验证实验 | 探究肺腺癌免疫逃逸的分子机制并开发预测和治疗靶点 | 8例肺腺癌患者的肿瘤组织样本 | 单细胞生物学 | 肺腺癌 | 单细胞测序, qPCR | UMAP降维分析 | 单细胞基因表达数据 | 8例患者肿瘤组织,共58,810个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9871 | 2025-10-07 |
Novel therapeutic targets uncovered by genome-wide integrative analysis in bronchopulmonary dysplasia
2025-Dec, The journal of maternal-fetal & neonatal medicine : the official journal of the European Association of Perinatal Medicine, the Federation of Asia and Oceania Perinatal Societies, the International Society of Perinatal Obstetricians
DOI:10.1080/14767058.2025.2469837
PMID:39988826
|
研究论文 | 通过整合基因组关联研究、单细胞转录组学和孟德尔随机化分析,识别支气管肺发育不良的基因表达失调和分子通路 | 首次将GWAS、scRNA-seq和MR分析整合应用于BPD研究,发现肌成纤维细胞是关键互作细胞类型并鉴定出CDH4等保护基因和GRB10风险基因 | 未提及样本量大小和研究人群特征,缺乏实验验证 | 探索支气管肺发育不良的遗传机制并识别新的治疗靶点 | 极早产儿支气管肺发育不良患者 | 基因组学 | 支气管肺发育不良 | GWAS, scRNA-seq, MR分析 | 孟德尔随机化模型 | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9872 | 2025-10-07 |
The Role of Autophagy and Cell Communication in COPD Progression: Insights from Bioinformatics and scRNA-seq
2025-Dec, COPD
IF:2.2Q3
DOI:10.1080/15412555.2024.2444663
PMID:39991824
|
研究论文 | 通过生物信息学和单细胞RNA测序分析自噬相关基因在COPD中的作用及细胞通讯模式 | 结合生物信息学工具和单细胞RNA测序技术,首次系统分析吸烟激活的自噬相关基因在COPD免疫景观和细胞通讯中的作用 | NA | 研究自噬和细胞通讯在慢性阻塞性肺疾病进展中的作用机制 | COPD患者(重点关注吸烟激活的自噬相关基因和免疫细胞) | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9873 | 2025-10-07 |
Presence of tertiary lymphoid structures and exhausted tissue-resident T cells determines clinical response to PD-1 blockade in renal cell carcinoma
2025-Feb-24, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0991
PMID:39992403
|
研究论文 | 通过转录组分析确定肾细胞癌对PD-1抑制剂反应的生物标志物 | 首次整合三级淋巴结构和组织驻留耗竭T细胞作为联合生物标志物预测PD-1阻断疗效 | 样本量有限(102例患者),单中心研究 | 探索肾细胞癌对PD-1单药治疗反应的机制 | 晚期肾细胞癌患者 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 转录组分析, 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 102例肾细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9874 | 2025-10-07 |
A Case-Driven Multi-Omics Analysis for Longitudinal Ibrutinib Response Evaluation of Patients With Chronic Lymphocytic Leukemia
2025-Feb-23, European journal of haematology
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/ejh.14397
PMID:39988467
|
研究论文 | 通过多组学方法评估慢性淋巴细胞白血病患者对伊布替尼治疗的纵向反应 | 首次结合单细胞转录组学等多组学方法分析伊布替尼治疗期间克隆惰性的分子机制 | 仅纳入两名患者样本,样本量较小 | 建立伊布替尼治疗反应评估的多组学分析框架 | 慢性淋巴细胞白血病患者 | 多组学分析 | 慢性淋巴细胞白血病 | 单细胞转录组学, DNA和RNA多组学分析 | NA | 血液样本, 分子数据 | 2名患者 | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 9875 | 2025-10-07 |
FOXO regulation of TXNIP induces ferroptosis in satellite cells by inhibiting glutathione metabolism, promoting Sarcopenia
2025-Feb-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05592-1
PMID:39982519
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和转录组分析揭示了FOXO1调控TXNIP表达并通过抑制谷胱甘肽代谢诱导卫星细胞铁死亡导致肌肉减少症的分子机制 | 首次发现FOXO1-TXNIP轴通过抑制谷胱甘肽代谢诱导卫星细胞铁死亡在肌肉减少症发病机制中的核心作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 阐明肌肉减少症的分子发病机制 | 年轻和年老小鼠的骨骼肌组织及卫星细胞 | 单细胞生物学 | 肌肉减少症 | 单细胞测序, 转录组分析, 体外实验, 体内实验 | NA | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据 | 年轻和年老小鼠骨骼肌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 9876 | 2025-10-07 |
Systematic inference of super-resolution cell spatial profiles from histology images
2025-Feb-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57072-6
PMID:39984438
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研究论文 | 提出一种弱监督深度学习方法HistoCell,可从组织学图像直接推断单核级别的超分辨率细胞空间特征 | 首次实现从组织学图像直接推断单核级别的超分辨率细胞空间特征,包括细胞类型、状态及其空间网络 | NA | 从组织学图像推断细胞空间特征以支持癌症诊断和治疗 | 多种癌症组织的组织学图像 | 数字病理学 | 癌症 | 深度学习 | 弱监督深度学习 | 组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9877 | 2025-10-07 |
Bioinformatics analysis reveals key mechanisms of oligodendrocytes and oligodendrocyte precursor cells regulation in spinal cord Injury
2025-Feb-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-90489-z
PMID:39984610
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研究论文 | 通过生物信息学分析揭示少突胶质细胞及其前体细胞在脊髓损伤中的调控机制 | 提出基于预后差异表达ODC/OPC分化相关基因的新型脊髓损伤分类模型 | NA | 研究脊髓损伤中少突胶质细胞及其前体细胞的调控机制 | 小鼠样本和人类临床队列中的脊髓损伤细胞 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, 微阵列分析 | 分类模型 | 单细胞测序数据, 微阵列数据, 临床评估数据 | 小鼠样本39个(59,558个细胞), 微阵列样本167个(164个SCI+3个未损伤), 临床队列58人(38例SCI患者+10例健康对照+10例创伤对照) | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
| 9878 | 2025-10-07 |
Predicting immunotherapy prognosis and targeted therapy sensitivity of colon cancer based on a CAF-related molecular signature
2025-Feb-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-90899-z
PMID:39984646
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研究论文 | 本研究基于癌症相关成纤维细胞(CAF)构建分子标志物CAFscore,用于预测结肠癌免疫治疗预后和靶向治疗敏感性 | 首次利用WGCNA识别CAF相关基因并构建CAFscore,揭示CAF通过NAMPT配体-受体相互作用促进免疫逃避的新机制 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要前瞻性临床研究验证CAFscore的临床应用价值 | 开发预测结肠癌免疫治疗预后和靶向治疗敏感性的分子标志物 | 结肠癌患者 | 生物信息学 | 结肠癌 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 单因素Cox回归, LASSO回归, 单细胞RNA测序 | Cox回归模型, LASSO回归模型 | 基因表达数据, 临床数据, 单细胞RNA测序数据 | TCGA和GSE39582队列的结肠癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9879 | 2025-10-07 |
Integrating transcriptomics and scPagwas analysis predicts naïve CD4 T cell-related gene DRAM2 as a potential biomarker and therapeutic target for colorectal cancer
2025-Feb-21, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13731-x
PMID:39984869
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组学和scPagwas分析,预测与初始CD4 T细胞相关的基因DRAM2作为结直肠癌的潜在生物标志物和治疗靶点 | 首次结合单细胞转录组学和scPagwas算法识别CD4Tn细胞在结直肠癌中的关键作用,并发现DRAM2基因的潜在治疗价值 | 研究样本量有限,需要更大规模的临床验证 | 探索结直肠癌与初始CD4 T细胞的关系,识别生物标志物和治疗靶点 | 结直肠癌患者和结直肠癌细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学, 批量转录组学, 基因敲低实验 | scPagwas算法, 加权基因共表达网络分析, 反卷积算法, SMR算法 | 转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 9880 | 2025-10-07 |
Analysis of thyroid carcinoma composition and spatial architecture in the progression of dedifferentiation, lymphatic metastasis, and gastric metastasis
2025-Feb-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06252-5
PMID:39984992
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研究论文 | 利用空间转录组学分析甲状腺癌去分化、淋巴转移和胃转移过程中的细胞组成和空间结构特征 | 首次通过空间转录组学揭示甲状腺癌去分化和转移过程中肿瘤特异性髓系细胞的空间分布特征及其与CD44+组织干细胞的共定位关系 | 胃肠道转移病例罕见,样本量有限,需要更大规模研究验证 | 探索甲状腺癌及其胃肠道转移细胞的空间分布特征和潜在机制 | 甲状腺乳头状癌(PTC)、未分化甲状腺癌(ATC)、ATC相关淋巴转移(ATC-LM)和ATC相关胃转移(ATC-GM) | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 空间转录组学,免疫荧光染色 | NA | 空间基因表达数据,图像数据 | 包含PTC、ATC、ATC-LM和ATC-GM四种病理类型的组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |