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当前共找到 10430 篇文献，本页显示第 9741 - 9760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9741 | 2025-10-07 |
A novel coarsened graph learning method for scalable single-cell data analysis
2025-Apr, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109873
PMID:39999493
|
研究论文 | 提出一种基于特征感知图粗化的新型方法FACH，用于可扩展的单细胞数据分析 | 首次将局部敏感哈希技术整合到图粗化过程中，实现高效的单细胞数据分析 | NA | 解决单细胞数据大规模图表示的计算挑战 | 单细胞RNA测序和质谱流式细胞术数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | 图神经网络 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 9742 | 2025-10-07 |
Enhanced single-cell RNA-seq embedding through gene expression and data-driven gene-gene interaction integration
2025-Apr, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109880
PMID:39999494
|
研究论文 | 提出一种整合基因表达和基因间相互作用的新型单细胞RNA测序嵌入方法 | 通过构建细胞-叶图(CLG)和K近邻图(KNNG)的融合图结构，首次将数据驱动的基因间相互作用整合到单细胞嵌入中 | 未明确说明方法对特定细胞类型或组织的适用性限制 | 开发更全面的单细胞RNA测序数据分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络, 随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9743 | 2025-10-07 |
X-scPAE: An explainable deep learning model for embryonic lineage allocation prediction based on single-cell transcriptomics revealing key genes in embryonic cell development
2025-Apr, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109787
PMID:39946788
|
研究论文 | 提出一种基于单细胞转录组数据的可解释深度学习模型X-scPAE，用于预测胚胎细胞谱系分配并识别关键基因 | 结合PCA降维、自编码器特征提取、注意力机制和反事实梯度归因算法，构建可解释的深度学习模型 | NA | 准确预测细胞谱系分配并识别谱系间基因表达差异 | 人类和小鼠的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 胚胎发育疾病 | 单细胞RNA测序 | 自编码器, 注意力机制, 逻辑回归 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9744 | 2025-10-07 |
Profiling Multiple CD8+ T-cell Functional Dimensions Enhances Breast Cancer Immune Assessment
2025-Mar-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0235
PMID:39715293
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研究论文 | 开发基于bulk RNA测序的FuncDimen模型评估CD8+ T细胞多功能维度，提升乳腺癌免疫评估 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据开发多维度功能评估模型，克服传统CD8+ T细胞丰度评估的局限性 | 临床应用中单细胞RNA测序技术存在限制 | 提升乳腺癌抗肿瘤免疫力评估和免疫治疗反应预测 | 乳腺癌患者CD8+ T细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 免疫荧光, 成像质谱流式 | FuncDimen模型, FuncAggre评分模型 | RNA测序数据, 免疫组化数据 | 乳腺癌队列和外部数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9745 | 2024-09-13 |
From genes to geography: Mapping allergic disease landscapes with spatial transcriptomics
2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.08.025
PMID:39260791
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9746 | 2025-10-07 |
Cell autonomous TLR4 signaling modulates TGF-β induced activation of human cardiac fibroblasts
2025-Feb-28, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42452
PMID:40028530
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现TLR4是心脏成纤维细胞中主要表达的免疫传感器，并证明抑制TLR4信号可减轻TGF-β诱导的纤维化变化 | 首次揭示心脏成纤维细胞中自主性TLR4信号通路在调节TGF-β诱导纤维化过程中的关键作用 | 研究仅在体外实验条件下进行，缺乏体内验证 | 探究细胞自主性免疫信号在成人心脏成纤维细胞纤维化调节中的作用机制 | 小鼠和人类心力衰竭患者的心脏成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | FACS, 单细胞测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 来自Collagen1-α1GFP小鼠和人类心力衰竭患者的心脏成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9747 | 2025-10-07 |
Phylogeny and species delimitation of ciliates in the genus Spirostomum (class Heterotrichea) using single-cell transcriptomes
2025-Feb-27, BMC ecology and evolution
IF:2.3Q3
DOI:10.1186/s12862-025-02353-3
PMID:40011795
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组数据对旋口虫属纤毛虫进行系统发育分析和物种界定 | 首次在旋口虫属中应用单细胞转录组数据，结合多物种溯祖模型进行物种界定，并开发了从转录组数据重建核糖体RNA基因序列的工作流程 | 样本主要来自韩国和美国，地理覆盖范围有限，可能无法完全代表该属的全球多样性 | 阐明旋口虫属纤毛虫的系统发育关系和物种边界 | 旋口虫属纤毛虫（代表6个形态种） | 系统发育基因组学 | NA | 单细胞RNA测序，系统发育分析，物种界定分析 | 多物种溯祖模型，邻接网络分析 | 转录组数据，蛋白质编码基因序列 | 37个旋口虫标本（25个新生成转录组+12个来自GenBank） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9748 | 2025-10-07 |
Global landscape of hepatic organoid research: A bibliometric and visual study
2025-Feb-27, World journal of hepatology
IF:2.5Q2
DOI:10.4254/wjh.v17.i2.95624
PMID:40027550
|
文献计量分析 | 通过文献计量学方法分析全球肝类器官研究的发展格局和趋势 | 首次对肝类器官研究领域进行全面的文献计量学分析，识别关键研究趋势和学术合作机会 | 仅基于Web of Science数据库，可能未涵盖所有相关文献 | 分析肝类器官研究的全球科研产出并评估当前成就与未来趋势 | 肝类器官研究相关的科学文献 | 生物医学研究 | 肝病 | 文献计量分析，单细胞RNA测序 | NA | 文献数据 | 991篇文献（2010-2024年） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9749 | 2025-10-07 |
Uncovering immune cell heterogeneity in hepatocellular carcinoma by combining single-cell RNA sequencing with T-cell receptor sequencing
2025-Feb-27, World journal of hepatology
IF:2.5Q2
DOI:10.4254/wjh.v17.i2.99046
PMID:40027555
|
研究论文 | 通过结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，揭示肝细胞癌中免疫细胞的异质性 | 首次在肝细胞癌中结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析免疫细胞异质性，发现两个新的T细胞亚群 | 样本量有限，研究结果需要在更大队列中验证 | 研究肝细胞癌发展过程中的关键生物标志物基因和免疫细胞亚群反应 | 肝细胞癌患者肿瘤组织和癌旁正常组织中的免疫细胞 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序 | 生物信息学分析 | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 肝细胞癌患者的肿瘤和癌旁组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | NA |
| 9750 | 2025-10-07 |
Cross-tissue multi-omics analyses reveal the gut microbiota's absence impacts organ morphology, immune homeostasis, bile acid and lipid metabolism
2025-Feb, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.272
PMID:40027481
|
研究论文 | 通过跨组织多组学分析揭示肠道微生物缺失对器官形态、免疫稳态、胆汁酸和脂质代谢的影响 | 首次整合空间转录组学、单细胞RNA测序和靶向胆汁酸代谢组学系统评估无菌小鼠多器官表型 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探究肠道微生物缺失对宿主多器官生理功能的系统性影响 | 无菌小鼠和特定病原体自由小鼠 | 多组学整合分析 | 代谢性疾病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 靶向代谢组学 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据, 代谢组数据 | 无菌小鼠和特定病原体自由小鼠的比较研究 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 靶向代谢组学 | NA | NA |
| 9751 | 2025-10-07 |
Shiba: A versatile computational method for systematic identification of differential RNA splicing across platforms
2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596331
PMID:38895326
|
研究论文 | 开发了一种名为Shiba的计算方法，用于系统识别不同RNA测序平台上的差异RNA剪接 | 整合了转录本组装、剪接事件识别、读数计数和差异剪接分析，能够捕获注释和未注释的剪接事件，解决了连接读段不平衡问题 | NA | 开发一种跨平台的差异RNA剪接识别计算方法 | RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 统计框架 | RNA测序数据 | n=1 RNA-seq数据集 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9752 | 2025-10-07 |
Single-Cell Sequencing and Transcriptome Analysis Explored Changes in Midnolin-Related Immune Microenvironment and Constructed Combined Prognostic Model for Pancreatic Cancer
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S503326
PMID:40026303
|
研究论文 | 通过单细胞测序和转录组分析探索midnolin相关免疫微环境变化并构建胰腺癌联合预后模型 | 首次将MIDN、midnolin相关基因和midnolin相关免疫浸润细胞整合构建胰腺癌联合预后模型 | NA | 评估MIDN及相关因子在胰腺癌预后中的价值并构建预后模型 | 胰腺癌患者数据及胰腺癌细胞系 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞测序,转录组分析,CIBERSORT,Cox回归,LASSO | Cox回归模型,LASSO模型 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9753 | 2025-10-07 |
Integration of Single Cell and Bulk RNA-Sequencing Reveals Key Genes and Immune Cell Infiltration to Construct a Predictive Model and Identify Drug Targets in Endometriosis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S497643
PMID:40026309
|
研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，揭示子宫内膜异位症的关键基因和免疫细胞浸润特征，构建预测模型并识别潜在药物靶点 | 首次整合单细胞和bulk RNA测序数据系统分析子宫内膜异位症，识别出8个关键基因构建高精度预测模型，并发现相关免疫细胞浸润变化 | 样本来源仅限于基因表达综合数据库，需要进一步实验验证 | 探索子宫内膜异位症的免疫机制和分子差异，开发疾病诊断和预测模型 | 子宫内膜异位症患者和健康对照者的增生期内膜组织 | 生物信息学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, RT-qPCR, LASSO回归分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 来自Gene Expression Omnibus数据库的子宫内膜样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 9754 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Peripheral Immune Cell Senescence and Inflammatory Phenotypes in Patients with Premature Ovarian Failure
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S496130
PMID:40026314
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示早发性卵巢功能不全患者外周免疫细胞衰老和炎症表型 | 首次在单细胞水平系统描绘POF患者外周免疫细胞特征，发现非经典单核细胞通过CCL5介导CD8+效应T细胞趋化和卵巢损伤的新机制 | 样本量较小（3例健康对照和4例POF患者），需要在更大队列中验证发现 | 探究早发性卵巢功能不全的免疫学机制 | 早发性卵巢功能不全患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 早发性卵巢功能不全 | 单细胞RNA测序 | SCENIC分析、拟时序分析 | 单细胞转录组数据 | 3例健康对照和4例POF患者的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9755 | 2025-10-07 |
RNA research for drug discovery: Recent advances and critical insight
2025-May-05, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149342
PMID:39983851
|
综述 | 本文探讨RNA研究在药物开发领域的最新进展、历史转折点及其在新型疗法开发中的关键意义 | 系统梳理了反义寡核苷酸、mRNA疗法和RNA干扰等突破性技术，强调高通量测序和单细胞RNA测序等技术对揭示RNA生物学复杂性的贡献 | RNA稳定性、递送系统和脱靶效应等挑战仍需持续创新和伦理考量 | 评估RNA研究的现状和前景，强调其在药物发现中的变革潜力 | RNA相关技术及其在治疗应用中的相互作用 | 自然语言处理 | NA | 高通量测序, 单细胞RNA测序, 表观转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9756 | 2025-10-07 |
Integration of single-cell RNA sequencing and network pharmacology to elucidate the effect of Yantiao Formula on alleviating ALI by regulating the polarization of alveolar macrophages
2025-Mar-13, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2025.119436
PMID:39914692
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和网络药理学方法，探讨验条方通过调节肺泡巨噬细胞极化缓解脓毒症诱导急性肺损伤的作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序、网络药理学和分子对接技术系统研究验条方治疗急性肺损伤的多成分-多靶点作用机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验，临床验证尚需进一步研究 | 探索验条方治疗脓毒症诱导急性肺损伤的潜在分子机制 | 验条方化学成分、脓毒症诱导急性肺损伤小鼠模型、NR8383细胞 | 生物信息学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序, 网络药理学, 分子对接, 免疫组织化学, UPLC | NA | 基因表达数据, 化学组分数据 | NA | Waters | UPLC, 单细胞RNA测序 | ACQUITY UPLC I-Class | ACQUITY UPLC I-Class系统用于化学成分表征 |
| 9757 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing in autoimmune diseases: New insights and challenges
2025-Mar, Pharmacology & therapeutics
IF:12.0Q1
DOI:10.1016/j.pharmthera.2025.108807
PMID:39894174
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综述 | 本文探讨单细胞RNA测序技术在自身免疫性疾病研究中的应用与挑战 | 系统阐述scRNA-seq如何揭示自身免疫性疾病中细胞异质性和细胞通讯网络的新机制 | 需要解决scRNA-seq技术本身的局限性才能实现进一步突破 | 研究单细胞RNA测序在自身免疫性疾病中的潜在应用价值 | 自身免疫性疾病相关的各类细胞类型 | 单细胞组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 9758 | 2025-10-07 |
IL-1β and associated molecules as prognostic biomarkers linked with immune cell infiltration in colorectal cancer: an integrated statistical and machine learning approach
2025-Feb-28, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01989-3
PMID:40019680
|
研究论文 | 本研究通过整合生物信息学和机器学习方法，识别结直肠癌中与免疫细胞浸润相关的预后生物标志物 | 开发了结合统计分析和机器学习的综合流程，首次系统鉴定IL-1β等关键基因作为结直肠癌诊断和预后的生物标志物 | 基于公开数据集的分析，需要实验验证；样本来源和数量未明确说明 | 开发结直肠癌诊断和预后生物标志物识别方法 | 结直肠癌患者基因表达数据和临床数据 | 机器学习 | 结直肠癌 | scRNA-seq, 启动子甲基化分析, 基因表达分析 | KNN, ANN, 随机森林 | 基因表达数据, 甲基化数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9759 | 2025-10-07 |
SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data
2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637514
PMID:39990434
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研究论文 | 开发了一种名为SpaceBar的空间条形码技术，能够在空间转录组数据中同时进行克隆追踪和基因表达分析 | 提出结合96种合成条形码序列与成像空间转录组技术(seqFISH)的新方法，实现克隆身份识别与空间基因表达的同时分析 | 目前仅在小鼠黑色素瘤异种移植模型中验证，尚未在其他肿瘤类型或更复杂组织中测试 | 开发能够在复杂组织环境中区分克隆动态与环境驱动转录调控的分析框架 | 黑色素瘤细胞和小鼠肿瘤异种移植模型 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 成像空间转录组技术(seqFISH), 细胞条形码标记 | NA | 空间转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | seqFISH (顺序荧光原位杂交) 空间转录组技术 |
| 9760 | 2025-10-07 |
Spatially distinct cellular and molecular landscapes define prognosis in triple negative breast cancer
2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637503
PMID:39990419
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析三阴性乳腺癌不同预后患者的肿瘤异质性 | 首次利用空间转录组学深入揭示三阴性乳腺癌不同预后的细胞和分子基础 | 回顾性研究，样本量有限（32例患者） | 探索三阴性乳腺癌不同预后的空间和分子异质性机制 | 三阴性乳腺癌患者的FFPE组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学，免疫荧光，细胞类型反卷积，空间熵分析，功能富集分析 | 卷积神经网络 | 空间转录组数据，图像数据 | 32例初治女性患者（17例良好预后，15例不良预后） | NanoString | 空间转录组学 | GeoMX Digital Spatial Profiler | GeoMx人类全转录组图谱面板 |