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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9701 | 2025-10-07 |
Different fibroblast subtypes propel spatially defined ileal inflammation through TNFR1 signalling in murine ileitis
2025-Mar-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57570-7
PMID:40155385
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示成纤维细胞亚型通过TNFR1信号通路在小鼠回肠炎中驱动空间特异性炎症的机制 | 首次发现不同成纤维细胞亚型在回肠炎不同解剖部位(固有层和粘膜下层)分别调控炎症起始和进展的空间分工机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究成纤维细胞亚型在克罗恩病样回肠炎发病机制中的空间特异性作用 | TNF过表达小鼠模型的回肠组织细胞 | 单细胞生物学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠回肠组织细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9702 | 2025-10-07 |
Defining gastric cancer ecology: the crucial roles of TREM2+ macrophages and fibroblasts in tumor microenvironments
2025-Mar-28, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07512-2
PMID:40155473
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示胃癌微环境中TREM2+巨噬细胞与癌症相关成纤维细胞通过CXCL12-CXCR4信号轴的相互作用机制 | 首次阐明CAFs通过CXCL12-CXCR4信号轴增强TREM2脂质相关巨噬细胞免疫抑制功能的具体机制 | NA | 解析胃癌微环境中细胞间相互作用机制及其对肿瘤进展的影响 | 胃癌微环境中的TREM2脂质相关巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA分析, 体外实验 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9703 | 2025-10-07 |
Cytolytic γδ T-cells and IFNγ-producing CD4-lymphocytes characterise the early response to MTBVAC tuberculosis vaccine
2025-Mar-28, NPJ vaccines
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41541-025-01110-3
PMID:40155627
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析MTBVAC结核病候选疫苗的早期免疫反应特征 | 首次发现MTBVAC疫苗能特异性激活具有细胞毒性的γδ T细胞和产生IFNγ的CD4淋巴细胞,这些细胞表型与结核感染控制者中的效应细胞相似 | 研究仅关注早期免疫反应,未评估长期保护效果;体外实验可能无法完全反映体内免疫应答 | 评估MTBVAC结核病候选疫苗的早期免疫应答特征 | MTBVAC疫苗激发的免疫细胞反应 | 免疫学 | 结核病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9704 | 2025-10-07 |
DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation
2025-Mar-28, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01452-6
PMID:40156071
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研究论文 | 本研究探讨了胰腺腺泡-导管化生(ADM)过渡状态中DNA甲基化记忆的形成及其在KRAS下游信号通路中的作用 | 首次发现在无致癌突变情况下,ADM过渡状态会形成持久的DNA甲基化记忆,影响PI3K和Rho GTPase信号通路 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究ADM过渡状态中表观遗传记忆的获得和保留机制 | 转基因小鼠KLF4诱导的ADM模型和人类胰腺上皮内瘤变(PanIN)样本 | 表观遗传学 | 胰腺癌 | DNA甲基化组测序,转录组测序,单细胞空间转录组学 | NA | DNA甲基化数据,基因表达数据 | 转基因小鼠模型和人类PanIN样本 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 9705 | 2025-10-07 |
TNFR1-mediated senescence and lack of TNFR2-signaling limit human intervertebral disc cell repair potential in degenerative conditions
2025-Mar-24, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.02.791
PMID:40139648
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研究论文 | 本研究探讨了TNFR1介导的衰老和TNFR2信号缺失如何限制人椎间盘细胞在退变条件下的修复潜力 | 首次通过单细胞RNA测序揭示椎间盘退变中TNFR1和TNFR2的表达模式,并证明TNFR1主导的代谢损伤和衰老反应 | TNFR2在天然椎间盘细胞膜上表达有限,其调节对细胞无影响,可能限制了治疗策略的开发 | 识别疼痛性椎间盘退变进展的机制和治疗靶点,重点关注促炎性TNFR1和促修复性TNFR2信号 | 椎间盘退变患者和尸检对象的椎间盘组织和细胞,特别是人纤维环细胞 | 单细胞生物学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序, 多重蛋白阵列, 批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 基因表达数据 | 椎间盘退变和尸检对象的组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9706 | 2025-10-07 |
Single-cell multiomics reveals disrupted glial gene regulatory programs in Alzheimer's disease via interpretable machine learning
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643349
PMID:40166228
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研究论文 | 通过可解释机器学习分析单细胞多组学数据,揭示阿尔茨海默病中胶质细胞基因调控程序的紊乱 | 开发了多组学整合分析流程,首次在细胞亚群分辨率上系统揭示AD中胶质细胞特异性调控程序紊乱,发现SLC家族基因在多种胶质细胞类型中的深度参与 | 样本量相对有限(26个人脑样本),研究聚焦于胶质细胞而未全面涵盖所有脑细胞类型 | 研究阿尔茨海默病的细胞和分子机制,特别关注胶质细胞的基因调控程序 | 人类脑组织样本中的胶质细胞亚群 | 生物信息学, 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学整合分析 | 可解释机器学习 | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 26个人脑样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 9707 | 2025-10-07 |
Combining machine learning and single-cell sequencing to identify key immune genes in sepsis
2025-01-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85799-1
PMID:39789158
|
研究论文 | 通过结合机器学习和单细胞测序技术识别脓毒症中的关键免疫基因 | 整合多种拓扑分析算法和机器学习方法识别关键基因,并首次通过单细胞测序验证这些基因在免疫细胞中的表达 | 样本量较小(脓毒症患者23例,健康对照10例) | 识别脓毒症的新型生物标志物 | 脓毒症患者和健康对照者的外周血样本 | 机器学习 | 脓毒症 | RNA测序,单细胞测序,qPCR | 随机森林,LASSO回归,SVM,XGBoost,逻辑回归,AdaBoost,KNN | RNA测序数据,单细胞测序数据 | 脓毒症患者23例,健康对照10例 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 9708 | 2025-10-07 |
Integrative bioinformatics and immunohistochemical analysis unravel the prognostic significance and immunological implication of LIMCH1 in breast cancer: a retrospective study
2025-01-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85255-0
PMID:39789044
|
研究论文 | 通过生物信息学和免疫组化分析揭示LIMCH1在乳腺癌中的预后价值和免疫学意义 | 首次采用整合方法系统研究LIMCH1在乳腺癌中的双重作用,并开发了包含LIMCH1表达的可预测总生存率的列线图 | 回顾性研究设计,需要前瞻性验证 | 探讨LIMCH1在乳腺癌中的预后意义和免疫学作用机制 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 生物信息学分析,免疫组化(IHC),单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 列线图(nomogram) | 基因表达数据,临床病理数据,单细胞测序数据 | TCGA队列和临床IHC队列 | NA | 单细胞RNA测序,免疫组化 | NA | NA |
| 9709 | 2025-10-07 |
Genetic associations of plasma metabolites with immune cells in hyperthyroidism revealed by Mendelian randomization and GWAS-sc-eQTLs xQTLbiolinks analysis
2025-01-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85664-1
PMID:39779799
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞分析揭示血浆代谢物与甲亢免疫细胞的遗传关联 | 首次结合孟德尔随机化与单细胞eQTL分析,发现百里酚硫酸盐通过PTK2B遗传变异介导CD8+NKT细胞演化影响甲亢发病的新机制 | 研究基于欧洲人群数据,结果在其他种族的普适性需验证;部分关联的生物学机制仍需实验证实 | 探究免疫细胞表型、甲亢与血浆代谢物之间的因果关系及中介机制 | 免疫细胞表型、甲亢患者、血浆代谢物 | 生物信息学 | 甲亢 | 孟德尔随机化, GWAS, 单细胞eQTL分析, 共定位分析 | MR-Egger, MR-PRESSO, 逆方差加权 | 基因组数据, 转录组数据, 代谢组数据 | 免疫细胞表型: 18,622例; 甲亢: 3,731病例/480,867对照; 代谢物: 115,078例 | UK Biobank | 全基因组关联分析, 单细胞转录组 | NA | NA |
| 9710 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of bulk and single-cell sequencing reveals TNFSF9 as a potential regulator in microsatellite instability stomach adenocarcinoma
2025-Mar-28, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-02471-0
PMID:40148957
|
研究论文 | 通过整合分析bulk和单细胞测序数据,揭示TNFSF9作为微卫星不稳定胃腺癌中肿瘤微环境的潜在调控因子 | 首次结合bulk RNA测序和单细胞RNA测序系统分析MSI胃腺癌的肿瘤微环境特征,并鉴定TNFSF9作为关键调控基因 | 样本量相对有限,单细胞测序样本MSI=7,Non-MSI=19;需要进一步功能验证实验 | 阐明微卫星不稳定胃腺癌中肿瘤微环境的差异及其潜在机制 | 胃腺癌患者组织样本和细胞系(SNU-1和AGS) | 生物信息学 | 胃腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,免疫组化,qPCR,Western blot | 差异表达基因分析,通路富集分析,细胞通讯分析 | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 单细胞测序26例(MSI=7, Non-MSI=19),bulk RNA测序237例(MSI=39, Non-MSI=198),免疫组化23例(MSI=13, Non-MSI=10) | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 9711 | 2025-10-07 |
C-FOS promotes the formation of neutrophil extracellular traps and the recruitment of neutrophils in lung metastasis of triple-negative breast cancer
2025-Mar-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03370-2
PMID:40148973
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研究论文 | 本研究揭示了c-FOS通过ROS-p38-cFOS-PAD4轴促进中性粒细胞胞外诱捕网形成和中性粒细胞募集,从而推动三阴性乳腺癌肺转移的分子机制 | 首次发现c-FOS通过结合PAD4启动子区域促进NETs形成,并阐明ROS-p38-cFOS-PAD4信号轴在TNBC肺转移中的作用 | NA | 探究NETs介导的三阴性乳腺癌肺转移分子机制及治疗靶点 | 三阴性乳腺癌标本、血清样本、中性粒细胞 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞测序、生物信息学分析、体外实验、体内实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9712 | 2025-10-07 |
Deciphering the preeclampsia-specific immune microenvironment and the role of pro-inflammatory macrophages at the maternal-fetal interface
2025-Mar-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.100002
PMID:40152904
|
研究论文 | 本研究通过分析胎盘免疫微环境,揭示了先兆子痫特异性免疫细胞网络及促炎巨噬细胞在母胎界面的关键作用 | 首次系统揭示先兆子痫特异性免疫微环境特征,发现促炎巨噬细胞通过IGF1-IGF1R通路诱导记忆样Th17细胞产生的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证尚不充分;未详细探讨其他潜在免疫细胞亚群的作用 | 阐明先兆子痫胎盘免疫微环境特征及其与妊娠期糖尿病的差异 | 先兆子痫患者和小鼠模型的胎盘组织及免疫细胞 | 免疫学 | 先兆子痫 | 飞行时间细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9713 | 2025-10-07 |
Synergistic potential of CDH3 in targeting CRC metastasis and enhancing immunotherapy
2025-Mar-28, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13845-2
PMID:40155851
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了CDH3在结直肠癌转移中的作用及其免疫治疗潜力 | 首次系统评估CDH3在结直肠癌转移中的多功能作用,并通过药物重定位发现阿法替尼作为潜在治疗药物 | 主要依赖公共数据库分析,需要进一步实验验证机制 | 探索CDH3在结直肠癌转移中的作用机制及其治疗潜力 | 结直肠癌组织和相关生物信息学数据 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 免疫组化, 单细胞测序, 分子对接, 生物信息学分析 | 预后模型, 分子对接模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 临床病理数据 | 多个公共数据库整合数据(TCGA, GEO等) | NA | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | NA | NA |
| 9714 | 2025-10-07 |
Heterogeneity of T cells regulates tumor immunity mediated by Helicobacter pylori infection in gastric cancer
2025-Mar-28, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13957-9
PMID:40155861
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析幽门螺杆菌感染状态对胃癌患者T细胞异质性和预后的影响 | 首次在单细胞水平揭示幽门螺杆菌感染通过调节CD8 T细胞亚群分布影响胃癌免疫微环境和患者生存 | 样本量有限(6个肿瘤样本),需要更大规模研究验证 | 探究幽门螺杆菌感染状态对胃癌患者生存和T细胞免疫应答的影响 | 胃癌患者和其肿瘤组织中的T细胞 | 单细胞测序分析 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 488例胃癌患者(预后分析),6例肿瘤样本中的18,717个T细胞(单细胞测序) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9715 | 2025-10-07 |
Single-cell analysis reveals that GFAP+ dedifferentiated Schwann cells promote tumor progress in PNI-positive distal cholangiocarcinoma via lactate/HMGB1 axis
2025-Mar-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07543-x
PMID:40148311
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析PNI阳性远端胆管癌中肿瘤细胞与神经细胞的相互作用机制 | 首次在PNI阳性远端胆管癌中发现GFAP+去分化雪旺细胞通过乳酸/HMGB1轴促进肿瘤进展 | 样本量较小(仅2对肿瘤与癌旁组织),需要更大规模验证 | 解析PNI阳性远端胆管癌中肿瘤细胞与神经细胞的相互作用机制 | 远端胆管癌患者肿瘤组织与癌旁组织 | 单细胞测序分析 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,功能实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 24,715个细胞来自2对PNI阳性dCCA肿瘤和癌旁组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9716 | 2025-10-07 |
CD248-targeted BBIR-T cell therapy against late-activated fibroblasts in cardiac repair after myocardial infarction
2025-Mar-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56703-2
PMID:40148319
|
研究论文 | 开发靶向CD248的工程化T细胞疗法,特异性清除心肌梗死后晚期活化成纤维细胞以改善心脏修复 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出心脏晚期活化成纤维细胞亚群F-Act及其特征抗原CD248,并开发了针对该靶点的工程化T细胞疗法 | NA | 治疗心肌梗死后心脏纤维化并改善心脏功能 | 小鼠心脏间质细胞及人类心脏组织 | 单细胞测序 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 工程化T细胞疗法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9717 | 2025-10-07 |
Molecular mechanisms and therapeutic targets in glioblastoma multiforme: network and single-cell analyses
2025-Mar-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-92867-z
PMID:40148380
|
研究论文 | 通过整合网络分析和单细胞测序技术探索胶质母细胞瘤的分子机制及治疗靶点 | 结合加权基因共表达网络分析与单细胞RNA测序揭示细胞外基质和突触重塑在GBM中的关键作用 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 探索胶质母细胞瘤肿瘤微环境的分子机制并识别新的治疗靶点 | 胶质母细胞瘤患者样本中的周细胞、内皮细胞和胶质瘤细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 微阵列分析, Cox回归, LASSO分析 | 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的胶质瘤相关数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | 使用Seurat软件包处理单细胞RNA测序数据 |
| 9718 | 2025-10-07 |
scMalignantFinder distinguishes malignant cells in single-cell and spatial transcriptomics by leveraging cancer signatures
2025-Mar-27, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07942-y
PMID:40148533
|
研究论文 | 开发了一种名为scMalignantFinder的机器学习工具,用于在单细胞和空间转录组学中准确识别恶性细胞 | 采用数据和知识双驱动策略,通过整合九个泛癌基因特征来校准恶性细胞注释,能够捕捉肿瘤进展中的动态特征 | NA | 解决单细胞RNA测序中恶性细胞准确识别的挑战 | 肿瘤细胞和正常细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 机器学习 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 超过400,000个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 9719 | 2025-10-07 |
SCITUNA: single-cell data integration tool using network alignment
2025-Mar-27, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06087-3
PMID:40148808
|
研究论文 | 开发了一种名为SCITUNA的单细胞数据整合工具,通过网络对齐方法有效校正批次效应 | 提出基于网络对齐的新型批次效应校正方法,在保留生物信号方面优于现有方法 | 在肺数据集的多批次整合中性能略低于现有方法(差异为0.004) | 开发单细胞数据整合工具以解决批次效应问题 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 网络对齐 | 单细胞基因组数据 | 来自4个真实数据集和1个模拟数据集的39个独立批次 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 9720 | 2025-10-07 |
Single-cell network biology enabling cell-type-resolved disease genetics
2025-Mar-27, Genomics & informatics
DOI:10.1186/s44342-025-00042-7
PMID:40148916
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综述 | 介绍基于单细胞RNA测序数据构建细胞类型特异性基因网络的方法及其在疾病遗传学中的应用 | 提出单细胞网络生物学作为解析基因-细胞-疾病轴的关键方法,开发了基于参考和从头推断的基因功能互作网络 | NA | 建立细胞类型解析的疾病遗传学研究方法 | 单细胞RNA测序数据、基因功能互作网络、疾病遗传机制 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因网络模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |