本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9661 | 2025-10-07 |
Sustained NF-κB activation allows mutant alveolar stem cells to co-opt a regeneration program for tumor initiation
2025-Mar-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.01.011
PMID:39978341
|
研究论文 | 本研究通过命运图谱和单细胞转录组学揭示了肺再生与肿瘤发生之间的相似性,发现持续NF-κB激活使突变肺泡干细胞劫持再生程序启动肿瘤 | 发现两个独立的AT2干细胞亚群具有不同的致瘤能力,揭示Il1r1作为AT2重编程的共同激活因子,阐明NF-κB持续激活是肿瘤发生与再生区别的关键机制 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究干细胞命运调控信号破坏如何导致肿瘤发生 | 小鼠野生型和KrasG12D突变型肺泡II型干细胞 | 单细胞生物学 | 肺癌 | 命运图谱、克隆分析、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据、谱系追踪数据 | 数千个小鼠AT2干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9662 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq reveals the immune response of Co-infection with streptococcus pneumoniae after influenza A virus by a lung-on-chip: The molecular structure and mechanism of tight junction protein ZO-1
2025-Mar-06, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141815
PMID:40057081
|
研究论文 | 利用肺芯片模型和单细胞RNA测序技术研究甲型流感病毒与肺炎链球菌共感染对肺部免疫反应的影响,重点关注紧密连接蛋白ZO-1的分子结构和作用机制 | 首次结合肺芯片模型和单细胞RNA测序技术揭示IAV和SP共感染诱导的独特转录组变化,特别是ZO-1表达下调和定位异常的分子机制 | 研究基于体外肺芯片模型,可能与体内真实肺部环境存在差异 | 探索甲型流感病毒与肺炎链球菌共感染对肺部免疫反应的影响机制 | 人肺芯片模型、肺上皮细胞、外周血单核细胞分化的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序、GO富集分析、多重微珠免疫分析、免疫荧光染色 | 肺芯片模型 | 单细胞转录组数据、图像数据、细胞因子数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9663 | 2025-10-07 |
Endoplasmic reticulum stress and unfolded protein response play roles in recurrent pregnancy loss: A bioinformatics study
2025-Mar, Journal of reproductive immunology
IF:2.9Q2
DOI:10.1016/j.jri.2025.104446
PMID:39923360
|
研究论文 | 通过生物信息学方法探讨内质网应激和未折叠蛋白反应在复发性流产中的作用机制 | 首次整合多组学数据系统分析ERS/UPR在RPL中的作用,发现单核/巨噬细胞中相关基因表达上调 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 探索ERS和UPR过程作为复发性流产预防、诊断和治疗潜在靶点的可能性 | 复发性流产患者基因表达数据 | 生物信息学 | 复发性流产 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | GSE165004和GSE26787数据集 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9664 | 2025-10-07 |
Endothelial senescence induced by PAI-1 promotes endometrial fibrosis
2025-Mar-06, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02377-0
PMID:40050610
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现纤溶酶原激活物抑制剂-1(PAI-1)诱导的内皮细胞衰老促进子宫内膜纤维化的机制 | 首次揭示PAI-1通过uPAR受体诱导内皮细胞衰老在宫腔粘连发病机制中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究宫腔粘连中子宫内膜纤维化的分子机制 | 宫腔粘连患者和小鼠模型中的内皮细胞与基质细胞 | 单细胞生物学 | 妇科疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9665 | 2025-10-07 |
Targeting Caveolin-1 for enhanced rotator cuff repair: findings from single-cell RNA sequencing
2025-Mar-05, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02359-2
PMID:40044676
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肩袖损伤组织中细胞亚群的异质性,并评估Caveolin-1对脂肪细胞浸润的调控作用 | 首次在单细胞水平揭示Cav-1表达与成脂活性的负相关性,并验证其作为治疗靶点的潜力 | NA | 探索Caveolin-1在肩袖损伤修复中的作用机制 | 肩袖损伤组织中的细胞亚群 | 单细胞测序 | 肩袖损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9666 | 2025-10-07 |
Identification of increased dedifferentiation along the Prom1+ cancer cells in Müllerian adenosarcoma with sarcomatous overgrowth
2025-Mar, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-02943-4
PMID:39920368
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析苗勒管腺肉瘤中Prom1+癌细胞谱系的异质性和去分化过程 | 首次在MASO中发现Prom1+癌细胞存在三种表型分化轨迹,并鉴定出HMGB2/3+亚型为主要的去分化样癌细胞 | 样本量较小,研究聚焦于单一癌症类型 | 探究苗勒管腺肉瘤伴肉瘤样过度生长的肿瘤发生机制 | MASO肿瘤组织及配对正常组织 | 单细胞测序 | 子宫肉瘤 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,免疫组织化学,体外实验 | 轨迹分析 | 单细胞RNA测序数据,TCGA数据,免疫组化图像 | MASO和配对正常组织(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9667 | 2025-10-07 |
PCBP2 promotes immune evasion via cGAS-STING pathway in biochemical recurrence of prostate cancer
2025-Mar, APL bioengineering
IF:6.6Q1
DOI:10.1063/5.0250173
PMID:40051782
|
研究论文 | 本研究探索前列腺癌中癌症内在免疫逃逸相关基因,并开发了预测生化复发的风险特征 | 首次发现PCBP2通过抑制cGAS-STING通路促进前列腺癌免疫逃逸,并建立了基于CIERGs的生化复发预测模型 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索前列腺癌免疫逃逸机制并开发生化复发预测模型 | 前列腺癌患者和癌细胞系 | 生物信息学 | 前列腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO回归, 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | TCGA-PRAD和GSE70769队列数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 9668 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing defines distinct disease subtypes and reveals hypo-responsiveness to interferon in asymptomatic Waldenstrom's Macroglobulinemia
2025-Feb-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56323-w
PMID:39929803
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示无症状华氏巨球蛋白血症的疾病亚型和干扰素低反应性特征 | 首次在单细胞水平定义了华氏巨球蛋白血症的分子亚型,并发现干扰素低反应性这一治疗脆弱点 | 样本量相对有限(79例患者),需要进一步验证研究 | 解析华氏巨球蛋白血症进展的肿瘤内在和免疫机制 | 华氏巨球蛋白血症患者、冒烟型骨髓瘤患者和健康捐赠者的骨髓肿瘤和免疫细胞 | 单细胞组学 | 华氏巨球蛋白血症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 294,206个骨髓细胞,来自30例AWM/WM患者、26例冒烟型骨髓瘤患者和23例健康捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9669 | 2025-10-07 |
Spatiotemporal transcriptome and metabolome landscapes of cotton somatic embryos
2025-Jan-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-55870-6
PMID:39833155
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术,揭示了棉花体细胞胚胎发育过程中的时空基因表达和代谢模式 | 首次在棉花中应用单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学的整合分析方法,构建了公开可用的网络资源数据库 | 棉花体细胞胚胎发生过程仍然存在难以操作的问题,研究可能受限于样本获取的难度 | 解析棉花体细胞胚胎发生过程中的基因表达重编程机制 | 棉花体细胞胚胎 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间转录组数据, 代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 9670 | 2025-10-07 |
AI applications in HIV research: advances and future directions
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1541942
PMID:40051479
|
综述 | 探讨人工智能在HIV研究中的应用进展及未来发展方向 | 整合人工智能与单细胞测序等技术,实现精准生物标志物识别和改进治疗靶向 | 存在数据限制和模型可解释性等挑战 | 探索人工智能技术在HIV研究各领域的应用进展 | 人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)和获得性免疫缺陷综合征(AIDS) | 机器学习 | 艾滋病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9671 | 2025-10-07 |
Heterogeneities of Site-Specific N-Glycosylation in the Hippocampus of Depression-like Behavior Models in Mice Induced by Acute Stress and Chronic Stress
2025-Mar-07, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00655
PMID:39992808
|
研究论文 | 通过整合N-糖蛋白组学和蛋白质组学分析,研究急性和慢性应激诱导的小鼠抑郁样行为模型中海马区糖蛋白和位点特异性糖基化的异质性 | 首次在急性和慢性应激抑郁模型中系统分析海马区位点特异性N-糖基化异质性,并发现两种应激模式对糖基化的不同影响模式 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;样本量相对有限 | 探索应激诱导抑郁的糖基化机制 | 对照组、急性应激组和慢性温和应激组小鼠的海马组织 | 蛋白质组学 | 抑郁症 | N-糖蛋白组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序 | tSNE | 蛋白质组数据、糖基化数据、单细胞转录组数据 | 三组小鼠海马组织(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9672 | 2025-03-08 |
Erratum for the Research Article "Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria" by A. Sarfatis et al
2025-Mar-07, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx0881
PMID:40048545
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9673 | 2024-10-04 |
Unravelling lipidomic disruptions across multiple tissues in Chd8-mutant ASD mice through integration of lipidomics and single-cell transcriptomics
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332972
PMID:39358004
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9674 | 2025-10-07 |
Adipose-derived stem cells attenuate rheumatoid arthritis by restoring CX3CR1+ synovial lining macrophage barrier
2025-Mar-05, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04144-5
PMID:40038808
|
研究论文 | 本研究探讨了脂肪来源干细胞通过恢复CX3CR1+滑膜巨噬细胞屏障来缓解类风湿关节炎的机制 | 首次揭示ADSCs通过线粒体转移改善CX3CR1+巨噬细胞能量代谢并促进屏障修复的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化需要进一步验证 | 探究ADSCs治疗类风湿关节炎的分子机制及其与CX3CR1+巨噬细胞的相互作用 | 血清转移诱导的关节炎模型小鼠和CX3CR1+滑膜巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 线粒体移植 | NA | 基因表达数据 | 关节炎模型小鼠(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 9675 | 2025-10-07 |
GCLink: a graph contrastive link prediction framework for gene regulatory network inference
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf074
PMID:39960893
|
研究论文 | 提出一种基于图对比学习的链接预测框架GCLink,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 引入图对比学习策略聚合基因的特征和邻域信息,减少对样本量的依赖并提升预测潜在基因调控相互作用的能力 | 未明确说明模型在极稀疏数据场景下的性能表现 | 开发能够从单细胞RNA测序数据准确推断基因调控网络的计算方法 | 基因调控网络和基因间调控相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图对比学习链接预测模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9676 | 2025-10-07 |
Benchmarking copy number aberrations inference tools using single-cell multi-omics datasets
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf076
PMID:40037644
|
研究论文 | 本研究对五种从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的计算方法进行了全面性能评估 | 首次对单细胞多组学数据集中的拷贝数变异推断工具进行独立综合基准测试 | 仅评估了五种计算方法,可能未涵盖所有可用工具 | 评估和比较从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的计算工具性能 | 五种最先进的拷贝数变异推断计算方法 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9677 | 2025-10-07 |
Single cell immunoprofile of synovial fluid in rheumatoid arthritis with TNF/JAK inhibitor treatment
2025-Mar-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57361-0
PMID:40038288
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析类风湿关节炎患者滑膜液中免疫细胞的特征及其在TNF/JAK抑制剂治疗后的变化 | 首次在单细胞水平揭示滑膜液来源的致病细胞(SPP1巨噬细胞和CXCL13CD4 T细胞)在类风湿关节炎治疗中的功能作用及细胞间通讯机制 | 样本量有限,主要关注滑膜液细胞而未全面分析其他组织类型 | 研究类风湿关节炎患者滑膜液中致病细胞在TNF/JAK抑制剂治疗过程中的变化机制 | 类风湿关节炎患者的滑膜液样本和胶原诱导关节炎小鼠模型 | 单细胞组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 类风湿关节炎患者滑膜液样本(治疗前后对比) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9678 | 2025-10-07 |
E3 ubiquitin ligase RNF128 promotes Lys63-linked polyubiquitination on SRB1 in macrophages and aggravates atherosclerosis
2025-Mar-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57404-6
PMID:40038329
|
研究论文 | 本研究揭示E3泛素连接酶RNF128通过促进SRB1的Lys63多聚泛素化加重动脉粥样硬化 | 首次发现RNF128在动脉粥样硬化巨噬细胞中的特异性表达及其通过调控SRB1循环的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究RNF128在动脉粥样硬化发病机制中的作用 | 巨噬细胞、泡沫细胞形成过程 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、分子机制研究 | NA | 基因表达数据、分子相互作用数据 | ApoE和LDLR缺陷的雄性和雌性小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9679 | 2025-10-07 |
Investigation of cell development and tissue structure network based on natural Language processing of scRNA-seq data
2025-Mar-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06263-2
PMID:40038714
|
研究论文 | 提出一种基于自然语言处理的单细胞RNA测序数据分析方法,通过将基因类比为单词构建嵌入表示 | 首次将自然语言处理中的word2vec技术应用于单细胞RNA测序数据分析,将基因序列视为单词进行嵌入表示 | 未提及具体的数据集验证和性能对比分析 | 开发计算高效的单细胞多组学数据分析方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因、细胞和组织 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | word2vec | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9680 | 2025-10-07 |
Single-cell lineage tracing techniques in hematology: unraveling the cellular narrative
2025-Mar-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06318-4
PMID:40038725
|
综述 | 本文综述了单细胞谱系追踪技术在血液学领域的应用进展 | 重点介绍了整合条形码、CRISPR条形码和碱基编辑器等新兴单细胞谱系追踪技术的优势 | NA | 探索单细胞谱系追踪技术在血液系统研究中的应用价值 | 血液系统中的细胞谱系,包括造血干细胞和血液系统恶性肿瘤细胞 | 单细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞谱系追踪技术 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |