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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9621 | 2025-10-07 |
ZNF385A was identified as a novel colorectal cancer-related functional gene by analysis of the interaction and immune characteristics of oxidative stress and the inflammatory response
2025-Mar-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02024-1
PMID:40064736
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研究论文 | 本研究通过分析氧化应激与炎症反应的相互作用及免疫特征,鉴定ZNF385A为结直肠癌相关新功能基因 | 首次发现ZNF385A作为结直肠癌新型致癌基因,并构建了包含7个特征的预后风险模型 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于SW620细胞系和异种移植模型 | 探索氧化应激和炎症反应与结直肠癌的关系,寻找新的预后标志物和治疗靶点 | 结直肠癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,qPCR,免疫组化,EDU检测,集落形成实验,ROS检测,transwell实验,异种移植模型 | LASSO-Cox风险模型 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 结直肠癌单细胞RNA测序数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9622 | 2025-10-07 |
Tumor Prognostic Risk Model Related to Monocytes/Macrophages in Hepatocellular Carcinoma Based on Machine Learning and Multi-Omics
2025-Mar-10, Biological procedures online
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s12575-025-00270-9
PMID:40065214
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研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序数据构建了与单核细胞/巨噬细胞相关的肝细胞癌预后风险模型 | 首次基于单核细胞/巨噬细胞相关基因构建单基因UQCRH预后模型,并揭示其与药物敏感性和免疫治疗反应的关系 | 样本量相对有限,仅使用10个HCC组织活检样本进行单细胞分析 | 探索肝细胞癌中单核细胞/巨噬细胞相关基因表达谱,构建预后模型并研究其与耐药性和免疫治疗反应的关系 | 肝细胞癌患者、HCC细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,Western blot | 机器学习预后模型 | 基因表达数据,临床数据 | 10个HCC组织活检样本(24,597个细胞),TCGA数据集外部验证 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 9623 | 2025-10-07 |
FK506-binding proteins: Emerging target and therapeutic opportunity in multiple tumors
2025-Mar-08, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141914
PMID:40064252
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综述 | 总结FK506结合蛋白家族在多种肿瘤中的双重功能及其作为诊断和预后生物标志物的潜力 | 首次系统阐述FKBP家族成员在不同肿瘤类型中促进或抑制肿瘤发生的双重功能 | 尚未结合单细胞测序技术解析FKBP亚型的空间分布,缺乏临床验证数据 | 探讨FKBP家族作为肿瘤治疗靶点和诊断标志物的潜力 | FK506结合蛋白家族及其在肿瘤信号通路调控中的作用 | 肿瘤生物学 | 多种肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9624 | 2025-10-07 |
Nuclear receptor 4A1 facilitates complete Freund's adjuvant-induced inflammatory pain in rats by promoting ferroptosis in spinal glial cells
2025-Mar, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2024.12.152
PMID:39722371
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研究论文 | 本研究揭示核受体NR4A1通过促进脊髓胶质细胞铁死亡加剧CFA诱导的炎性疼痛的分子机制 | 首次发现NR4A1是三种脊髓胶质细胞共有的铁死亡相关基因,并阐明其通过转录激活MAPK3诱导脂质过氧化的新通路 | 研究仅在大鼠模型中进行,尚未在人类样本验证 | 探究炎性疼痛发展过程中铁死亡发生的分子机制 | 大鼠脊髓星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞 | 分子病理学 | 炎性疼痛 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹, 免疫染色, 蛋白质组学分析, 染色质免疫沉淀, 双荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 9625 | 2025-10-07 |
Primed Mesenchymal Stem Cells by IFN-γ and IL-1β Ameliorate Acute Respiratory Distress Syndrome through Enhancing Homing Effect and Immunomodulation
2025-Mar-01, Biomolecules & therapeutics
IF:3.0Q2
DOI:10.4062/biomolther.2025.004
PMID:39973472
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研究论文 | 本研究探讨了经IFN-γ和IL-1β预处理的间充质干细胞通过增强归巢效应和免疫调节改善急性呼吸窘迫综合征的治疗效果 | 首次发现IFN-γ和IL-1β联合预处理的MSCs能显著增强对T细胞活性的抑制,同时调节巨噬细胞因子表达,并通过空间转录组学阐明其治疗机制 | 研究仅限于LPS诱导的小鼠ARDS模型,未涉及其他病因导致的ARDS | 评估预处理MSCs对ARDS的治疗效果及其作用机制 | 间充质干细胞、T细胞、巨噬细胞、LPS诱导的ARDS小鼠模型 | 细胞治疗 | 急性呼吸窘迫综合征 | 混合淋巴细胞反应、共培养实验、RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | LPS诱导的ARDS小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9626 | 2025-10-07 |
The forkhead transcription factor FKH-7/FOXP acts in chemosensory neurons to regulate developmental decision-making
2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638733
PMID:40027766
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研究论文 | 研究发现FKH-7/FOXP转录因子在化学感应神经元中调控发育决策过程 | 首次揭示FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能,建立了连接两个进化保守自闭症相关基因的新框架 | 研究在特定发育决策范式背景下进行,结果可能不适用于其他神经发育环境 | 探究FOXP1转录因子在神经发育中的具体分子机制 | 化学感应神经元、幼虫发育决策过程 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9627 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis of the early immune response in the lymph nodes of Borrelia burgdorferi-infected mice
2025-Feb, Microbes and infection
IF:2.6Q3
DOI:10.1016/j.micinf.2024.105424
PMID:39306236
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析伯氏疏螺旋体感染小鼠淋巴结早期免疫反应的特征 | 首次在单细胞水平揭示伯氏疏螺旋体感染早期淋巴结的免疫景观,发现滤泡外免疫反应的关键特征 | 仅关注早期感染阶段(感染后四天),未研究长期感染动态 | 阐明伯氏疏螺旋体感染早期淋巴结免疫反应的细胞和分子机制 | 伯氏疏螺旋体感染小鼠模型的淋巴结淋巴细胞 | 单细胞组学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 感染伯氏疏螺旋体的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9628 | 2025-10-07 |
Opportunities and challenges in the application of single-cell transcriptomics in plant tissue research
2025-Feb, Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s12298-025-01558-6
PMID:40070535
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在植物组织研究中的应用价值、整合方法及其发展前景 | 系统总结了多源单细胞转录组数据与单细胞多模态数据的整合方法及其在构建综合细胞图谱中的创新应用 | 单细胞RNA测序无法全面捕获所有细胞和基因,单模态数据难以完全解释细胞状态和系统变化 | 探讨单细胞转录组学在植物组织研究中的机遇与挑战 | 植物组织单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据,多模态数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | NA | NA |
| 9629 | 2025-10-07 |
Portable-CELLxGENE: standalone executables of CELLxGENE for easy installation
2025, GigaByte (Hong Kong, China)
DOI:10.46471/gigabyte.151
PMID:40070474
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研究论文 | 开发了便携式CELLxGENE软件,通过图形界面简化单细胞转录组数据分析工具的安装和使用 | 创建了独立的CELLxGENE可执行版本,无需命令行操作即可安装和运行 | 主要针对简单分析任务,可能不适合复杂分析需求 | 为非生物信息学背景的研究人员提供易用的单细胞转录组数据分析工具 | 单细胞转录组数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | CELLxGENE | Portable-CELLxGENE standalone executable with CELLxGENE-Gateway Python package extension |
| 9630 | 2025-10-07 |
Therapeutic potential of p-coumaric acid in alleviating renal fibrosis through inhibition of M2 macrophage infiltration and cellular communication
2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.156507
PMID:39978279
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研究论文 | 本研究探讨对香豆酸通过抑制M2巨噬细胞浸润和细胞通讯缓解肾纤维化的治疗潜力 | 首次系统揭示对香豆酸通过特异性靶向M2巨噬细胞并破坏其与肾小管上皮细胞相互作用来缓解肾纤维化的新机制 | 研究主要基于动物模型,临床转化潜力仍需进一步验证 | 评估对香豆酸对肾纤维化的治疗作用并阐明其分子机制 | 单侧输尿管梗阻诱导的肾纤维化模型 | 病理学研究 | 肾脏疾病 | LC-MS, CyTOF, scRNA-seq, 流式细胞术, Western blot, qRT-PCR, 免疫组化, 免疫荧光 | NA | 代谢组数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 9631 | 2025-10-07 |
Dihydromyricetin regulates the miR-155-5p/SIRT1/VDAC1 pathway to promote liver regeneration and improve alcohol-induced liver injury
2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.156522
PMID:39986231
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研究论文 | 本研究探讨二氢杨梅素通过调控miR-155-5p/SIRT1/VDAC1通路促进肝脏再生并改善酒精性肝损伤的作用机制 | 首次揭示DMY通过调控miR-155-5p/SIRT1/VDAC1正反馈环路改善肝脏炎症和细胞衰老,促进肝脏再生 | NA | 探索DMY在酒精性肝病相关肝脏再生障碍中的治疗潜力及分子机制 | 酒精性肝病小鼠模型、临床ALD样本、体外细胞实验 | 分子生物学 | 酒精性肝病 | 血清非靶向代谢组学、肝脏转录组学、单细胞测序、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、免疫荧光 | NA | 代谢组数据、转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质印迹数据 | NA | NA | 单细胞测序, 代谢组学, 转录组学 | NA | NA |
| 9632 | 2025-10-07 |
Modeling epilepsy by loss-of-function of the CUG-binding protein Elav-like family member 2 in zebrafish with multi-omics analysis
2025-Mar-11, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003398
PMID:40066778
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研究论文 | 通过斑马鱼模型和多组学分析研究CELF2基因功能缺失与癫痫的关联机制 | 首次建立CELF2基因敲除/敲低的斑马鱼癫痫模型,并结合单细胞测序、蛋白质组学和代谢组学多维度解析致病机制 | 研究主要基于斑马鱼模型,人类临床样本数量有限 | 探究CELF2基因突变在癫痫发病中的致病机制 | 斑马鱼模型和一名婴儿癫痫痉挛综合征患者 | 多组学分析 | 癫痫 | 全外显子组测序, CRISPR/Cas9, 单细胞测序, 蛋白质组学, 代谢组学 | 斑马鱼基因敲除模型 | 基因组数据, 行为数据, 电生理数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据 | 1名患者+斑马鱼模型群体 | NA | 单细胞测序, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 9633 | 2025-10-07 |
Lactylation modification in cancer: mechanisms, functions, and therapeutic strategies
2025-Mar-08, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-025-00622-x
PMID:40057816
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综述 | 全面总结乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及治疗策略 | 首次系统阐述组蛋白乳酸化这一新型翻译后修饰在癌症中的作用机制 | 乳酸化修饰机制研究仍存在诸多障碍和挑战 | 探索乳酸化修饰在癌症中的分子机制及治疗潜力 | 癌症细胞及肿瘤微环境 | 分子生物学 | 癌症 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 9634 | 2025-10-07 |
Role of GPX3+ astrocytes in breast cancer brain metastasis activated by circulating tumor cell exosomes
2025-Mar-07, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00833-9
PMID:40055530
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研究论文 | 本研究揭示了循环肿瘤细胞外泌体激活GPX3+星形胶质细胞驱动乳腺癌脑转移的新机制 | 首次发现CTC外泌体通过激活GPX3+星形胶质细胞促进IL-1β产生和Th17细胞分化,从而形成转移前微环境 | 使用小鼠模型,需要进一步验证人类临床样本中的相关性 | 探究乳腺癌脑转移的分子机制,特别是GPX3+星形胶质细胞在转移过程中的作用 | 乳腺癌脑转移小鼠模型中的GPX3+星形胶质细胞和循环肿瘤细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,代谢组学 | 条件性基因敲除模型 | 基因表达数据,代谢物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9635 | 2025-10-07 |
Scupa: single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf090
PMID:39999031
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研究论文 | 开发了首个用于全面评估免疫细胞极化的计算方法Scupa | 首个利用单细胞基础模型进行免疫细胞极化评估的计算方法,整合了免疫字典数据和通用细胞嵌入 | NA | 开发系统性评估细胞因子驱动极化的计算方法 | 免疫细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 基础模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9636 | 2025-10-07 |
Heat Shock Protein Family A Member 1A Attenuates Apoptosis and Oxidative Stress via ERK/JNK Pathway in Hyperplastic Prostate
2025-Mar, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70129
PMID:40066224
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研究论文 | 本研究探讨热休克蛋白HSPA1A通过ERK/JNK信号通路抑制细胞凋亡和氧化应激在前列腺增生中的作用机制 | 首次揭示HSPA1A在良性前列腺增生中的表达上调及其通过ERK/JNK通路调控细胞凋亡和氧化应激的新机制 | 研究样本量有限,临床相关性分析仅基于单中心数据 | 探究HSPA1A在良性前列腺增生发病机制中的作用 | 前列腺增生组织样本、BPH-1和WPMY-1细胞系、睾酮诱导的大鼠BPH模型 | 分子病理学 | 前列腺增生 | RNA测序, 单细胞测序, 组织芯片分析 | NA | 基因表达数据, 组织切片, 细胞实验数据 | 139例BPH组织标本 | NA | 单细胞RNA测序, 组织芯片 | NA | NA |
| 9637 | 2025-10-07 |
A novel signature predicts prognosis in pancreatic cancer based on tumor membrane-associated genes
2025-Feb-28, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42791
PMID:40066030
|
研究论文 | 基于肿瘤膜相关基因构建胰腺癌预后预测模型MaGPS | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质表达数据,识别肿瘤上皮细胞特异性膜相关基因构建预后模型 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发胰腺癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点 | 胰腺癌患者 | 生物信息学 | 胰腺癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, 空间转录组学, LASSO回归, Cox回归 | 预后风险预测模型 | 基因表达数据, 生存数据, 蛋白质表达数据 | 来自TCGA、ICGC和GEO数据库的多个患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9638 | 2025-10-07 |
The tumor coagulome as a potential biological determinant of postsurgical recurrence of oral squamous cell carcinoma
2025, Frontiers in oral health
IF:3.0Q1
DOI:10.3389/froh.2025.1554739
PMID:40065838
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研究论文 | 本研究通过转录组分析探讨口腔鳞状细胞癌凝血组特征与术后复发的关系 | 首次系统分析口腔鳞癌凝血组作为术后复发预测生物标志物的潜力,并发现7个与复发相关的凝血相关基因 | 研究基于回顾性数据分析,需要前瞻性研究验证;机制解释主要基于相关性分析 | 探究口腔鳞状细胞癌凝血组特征与术后复发的关系 | 口腔鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 机器学习 | 机器学习模型 | 转录组数据 | TCGA等多来源数据集,包含匹配的原发/复发OSCC样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9639 | 2025-10-07 |
Augmenting the human interactome for disease prediction through gene networks inferred from human cell atlas
2025, Animal cells and systems
IF:2.5Q1
DOI:10.1080/19768354.2025.2472002
PMID:40066175
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研究论文 | 开发了scNET框架,通过单细胞转录组数据推断细胞类型特异性共表达网络,并整合到人类相互作用组中以提高疾病基因预测准确性 | 提出了专门针对单细胞数据噪声和稀疏性问题的网络推断框架,通过数据预处理流程成功整合了超过85万个细胞类型特异性相互作用到现有相互作用组中 | 未明确说明具体使用的数据集规模和验证方法的详细局限性 | 通过单细胞基因表达数据推断细胞类型特异性共表达网络,增强人类相互作用组以改进疾病基因预测 | 人类单细胞图谱数据中的各种细胞类型和组织 | 生物信息学 | 多种疾病 | 单细胞转录组测序,网络推断 | scNET框架 | 单细胞基因表达数据 | 覆盖多种细胞类型和组织的单细胞图谱数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9640 | 2025-10-07 |
USP7 - A novel target for controlling periodontal inflammation through modulation of macrophage polarization
2025-Jun, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2025.106981
PMID:39946796
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研究论文 | 本研究探讨了USP7及其抑制剂P5091通过调节巨噬细胞极化在牙周炎炎症控制中的作用 | 首次发现USP7在牙周炎中表达升高,并证实其抑制剂P5091可通过调节巨噬细胞极化影响牙周炎症 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 研究USP7在牙周炎巨噬细胞极化中的作用及其治疗潜力 | 牙周炎组织、RAW264.7巨噬细胞系、小鼠实验性牙周炎模型 | 免疫学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, Western blot, 慢病毒敲低 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |