单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2025-04-01	Heterogeneity of T cells regulates tumor immunity mediated by Helicobacter pylori infection in gastric cancer 2025-Mar-28, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13957-9 PMID:40155861	research paper	本研究探讨了幽门螺杆菌（H. pylori）感染状态对胃癌患者生存的影响，并通过单细胞RNA测序分析了T细胞的异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了H. pylori感染状态对胃癌T细胞反应的调控机制，并识别了与预后相关的特定T细胞亚群	样本量相对较小（6个肿瘤样本），且仅分析了T细胞	探究H. pylori感染状态对胃癌患者生存和免疫反应的影响	488名胃癌患者和18,717个来自6个肿瘤样本的T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	488名胃癌患者（临床数据）和18,717个T细胞（来自6个肿瘤样本）
942	2025-04-01	Benchmarking spatial transcriptomics technologies with the multi-sample SpatialBenchVisium dataset 2025-Mar-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03543-4 PMID:40156041	research paper	该研究通过创建SpatialBenchVisium数据集，评估了10x Genomics Visium平台在不同组织制备协议下的空间转录组学技术性能	提出了一个独特的多样本参考数据集，用于比较不同组织制备方法对数据质量的影响，并验证了CytAssist技术在提高数据质量方面的优势	研究仅使用了小鼠脾脏组织，可能无法完全代表其他组织类型的表现	评估和比较不同组织制备协议下Visium平台的空间转录组学技术性能	小鼠脾脏组织在疟疾感染反应中的基因表达	空间转录组学	疟疾	10x Genomics Visium平台，单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据	多个小鼠脾脏组织样本（包括新鲜冷冻和FFPE处理样本）
943	2025-04-01	Cancer associated fibroblasts in cancer development and therapy 2025-Mar-28, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-025-01688-0 PMID:40156055	综述	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在癌症发展和治疗中的关键作用及其在肿瘤微环境（TME）中的多功能性	总结了CAFs的异质性和可塑性，以及通过scRNA-seq研究揭示的CAFs亚型及其功能特性	未提及具体实验数据或样本量，主要基于已有研究的综述	探讨CAFs在癌症发展和治疗中的作用及其作为治疗靶点的潜力	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其与肿瘤微环境（TME）的相互作用	肿瘤生物学	癌症	scRNA-seq	NA	NA	NA
944	2025-04-01	Single-cell analysis reveals that GFAP+ dedifferentiated Schwann cells promote tumor progress in PNI-positive distal cholangiocarcinoma via lactate/HMGB1 axis 2025-Mar-27, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07543-x PMID:40148311	研究论文	通过单细胞分析揭示了GFAP+去分化雪旺细胞通过乳酸/HMGB1轴促进PNI阳性远端胆管癌的肿瘤进展	首次在PNI阳性远端胆管癌中鉴定了五种雪旺细胞亚群的组成和功能表型，并揭示了NEAT1恶性细胞和GFAP去分化雪旺细胞在PNI形成中的关键作用	样本量较小（仅两对肿瘤和邻近组织），需要在更大样本中验证结果	解析PNI阳性远端胆管癌中肿瘤细胞与神经细胞之间的复杂相互作用机制	远端胆管癌（dCCA）肿瘤组织和邻近组织中的细胞	单细胞测序	胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	24,715个细胞，来自两对PNI阳性dCCA肿瘤和邻近组织
945	2025-04-01	CD248-targeted BBIR-T cell therapy against late-activated fibroblasts in cardiac repair after myocardial infarction 2025-Mar-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56703-2 PMID:40148319	研究论文	本文开发了一种针对CD248的靶向T细胞疗法，用于治疗心肌梗死后心脏修复中的晚期激活成纤维细胞	首次通过单细胞RNA测序鉴定出小鼠心脏间质细胞中的晚期激活成纤维细胞亚群F-Act及其特征抗原CD248，并开发了针对该抗原的T细胞疗法	研究中仅在动物模型中验证了治疗效果，尚未在人体临床试验中进行验证	开发针对心肌梗死后心脏纤维化的新型治疗方法	心肌梗死后晚期激活的成纤维细胞亚群F-Act	细胞治疗	心血管疾病	单细胞RNA测序	BBIR-T细胞疗法	基因表达数据	小鼠心脏间质细胞
946	2025-04-01	Molecular mechanisms and therapeutic targets in glioblastoma multiforme: network and single-cell analyses 2025-Mar-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92867-z PMID:40148380	研究论文	本文通过整合网络和单细胞分析，探讨了多形性胶质母细胞瘤（GBM）的分子机制和治疗靶点	结合功能富集分析、加权基因共表达网络分析和单细胞RNA测序数据，揭示了GBM中细胞外基质和突触重塑的关键作用，并提出了新的治疗靶点	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索GBM肿瘤微环境的作用并识别潜在的治疗靶点	多形性胶质母细胞瘤（GBM）患者	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、微阵列分析	Cox回归、LASSO分析	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus（GEO）的胶质瘤相关微阵列和单细胞RNA测序数据集
947	2025-04-01	scMalignantFinder distinguishes malignant cells in single-cell and spatial transcriptomics by leveraging cancer signatures 2025-Mar-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07942-y PMID:40148533	研究论文	本文提出了一种名为scMalignantFinder的机器学习工具，用于在单细胞和空间转录组学中区分恶性细胞	结合数据和知识驱动策略，利用九种泛癌基因特征校准恶性细胞注释，训练模型超过40万个单细胞转录组	未提及具体局限性	开发一种高效工具以检测肿瘤异质性中的恶性细胞群体	恶性细胞与正常细胞	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	单细胞转录组数据	超过40万个单细胞转录组
948	2025-04-01	SCITUNA: single-cell data integration tool using network alignment 2025-Mar-27, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06087-3 PMID:40148808	研究论文	介绍了一种名为SCITUNA的新型单细胞数据整合工具，用于校正批次效应	SCITUNA通过网络对齐方法有效整合单细胞数据，优于现有方法，且在保留原始数据生物信号方面表现优异	在肺数据集的多批次整合中表现略逊于现有方法，差异为0.004	开发一种高效的单细胞数据整合工具，以解决批次效应问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	网络对齐	单细胞基因组数据	来自四个真实数据集和一个模拟数据集的39个独立批次
949	2025-04-01	Single-cell network biology enabling cell-type-resolved disease genetics 2025-Mar-27, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00042-7 PMID:40148916	review	本文综述了基于单细胞RNA测序技术的细胞类型特异性基因网络模型及其在疾病遗传学中的应用	提出了基于单细胞RNA测序数据的细胞类型特异性基因网络模型，为疾病遗传学提供了细胞层面的解析	未提及具体的技术实施难点或数据局限性	探索细胞类型特异性基因网络在疾病遗传学中的作用	单细胞RNA测序数据和基因网络模型	生物信息学	NA	scRNA-seq	基因网络模型	单细胞RNA测序数据	NA
950	2025-04-01	Integrated single-cell and bulk transcriptomic analysis identifies a novel macrophage subtype associated with poor prognosis in breast cancer 2025-Mar-27, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03750-w PMID:40148933	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组分析，识别出一种与乳腺癌不良预后相关的新型巨噬细胞亚型	发现了一种新型巨噬细胞亚型M_Macrophage-SPP1-C1Q，并开发了基于随机森林的预测模型Macro.RF	未提及具体样本量限制或数据来源的局限性	研究乳腺癌肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的异质性及其临床意义	乳腺癌患者的单细胞RNA测序和批量RNA测序数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）	随机森林（RF）	RNA测序数据	NA
951	2025-04-01	Loss of OBSCN expression promotes bladder cancer progression but enhances the efficacy of PD-L1 inhibitors 2025-Mar-27, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01379-w PMID:40149008	研究论文	本研究探讨了OBSCN基因表达缺失在膀胱癌进展中的作用及其对PD-L1抑制剂疗效的影响	首次报道了OBSCN在膀胱癌中的作用，发现OBSCN低表达患者预后较差但对PD-L1抑制剂反应更好	研究主要基于公共数据库和有限样本量的组织芯片，需要更多独立队列验证	探索膀胱癌免疫逃逸的内在机制，寻找预测性生物标志物和干预新靶点	膀胱癌患者和癌细胞系	肿瘤免疫学	膀胱癌	RNA测序、免疫组化(IHC)、Western blot、单细胞测序分析	COX回归模型、Kaplan-Meier生存分析	基因表达数据、临床数据、组织样本	80例膀胱癌患者组织样本(来自曙光医院)和TCGA等公共数据库数据
952	2025-04-01	Combined targeting of glioblastoma stem cells of different cellular states disrupts malignant progression 2025-Mar-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58366-5 PMID:40140646	研究论文	本研究通过靶向胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）的不同细胞状态，揭示了其恶性进展的分子机制并提出联合靶向治疗策略	发现MEOX2-NOTCH和SRGN-NFκB轴在CL和MES GSCs中的关键作用，并鉴定出FDA批准的靶向药物	未明确说明实验样本的具体数量及临床前模型的局限性	探索胶质母细胞瘤干细胞异质性机制并开发联合靶向治疗方案	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）的经典（CL）和间充质（MES）亚群	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
953	2025-04-01	IGF1 Signaling Regulates Neuropeptide Expression in Hypothalamic Neurons Under Physiological and Pathological Conditions 2025-Mar-24, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaf051 PMID:40105689	研究论文	本研究探讨了胰岛素样生长因子1（IGF1）在下丘脑神经元中的作用及其调控机制	揭示了IGF1信号在生理和病理条件下对下丘脑神经元神经肽表达的调控作用，并发现高胰岛素血症是驱动细胞IGF1抵抗的新机制	研究主要基于小鼠和人类模型，可能无法完全反映人体内的复杂调控网络	探究IGF1在下丘脑神经元中的作用及其调控机制	下丘脑神经元，特别是NPY/AgRP和POMC神经元	神经科学	代谢性疾病	RT-qPCR, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类模型
954	2025-04-01	Protocol for single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics of bladder Ewing sarcoma 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103687 PMID:40067823	研究论文	本文介绍了一种从膀胱尤文肉瘤组织中分离单细胞并获取高质量空间转录组数据的实验方案	提出了一种结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术研究膀胱尤文肉瘤的新实验方案	未提及该方案在临床应用中的具体效果验证	开发用于膀胱尤文肉瘤研究的单细胞和空间转录组学实验方案	膀胱尤文肉瘤组织	数字病理学	膀胱尤文肉瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确说明样本数量
955	2025-04-01	Protocol for isolating the single bacteriocyte from whiteflies for single-cell RNA-seq analysis 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103691 PMID:40073021	研究论文	本文提出了一种从粉虱中分离单个含菌细胞的方案，用于单细胞RNA测序分析	提供了一种便捷高效的单个含菌细胞分离和单细胞测序方案，并具有应用于其他昆虫细胞的潜力	未提及方案的具体性能指标或验证结果	开发一种用于单细胞RNA测序的含菌细胞分离方案	粉虱中的含菌细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
956	2025-04-01	Population dynamics modeling reveals that myeloid bias involves both HSC differentiation and progenitor proliferation biases 2025-Mar-20, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025598 PMID:39791596	研究论文	通过种群动态模型揭示了骨髓偏向性涉及造血干细胞分化和祖细胞增殖的双重偏向	首次定量评估了造血干细胞分化偏向性对骨髓偏向性的贡献，并发现早期骨髓偏向性祖细胞的增殖增加是另一个重要机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更广泛的人类样本中验证	探究骨髓偏向性产生的细胞机制	造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	计算生物学	骨髓性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 微分方程模型	微分方程模型	单细胞转录组数据	IκB-小鼠模型、野生型小鼠、老年小鼠和人类骨髓性肿瘤患者的HSPCs
957	2025-04-01	Single-cell multiome and spatial profiling reveals pancreas cell type-specific gene regulatory programs driving type 1 diabetes progression 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.13.637721 PMID:40027657	研究论文	通过单细胞多组学和空间转录组学揭示了胰腺细胞类型特异性基因调控程序在1型糖尿病进展中的作用	首次在多达32名非糖尿病、自身抗体阳性和1型糖尿病胰腺供体中进行了单核多组学和空间转录组学分析，揭示了1型糖尿病进展中的细胞类型特异性调控程序	样本量相对有限（32名供体），且仅针对胰腺组织进行研究	揭示1型糖尿病在胰腺中的进展机制	非糖尿病、自身抗体阳性和1型糖尿病胰腺供体的853,005个细胞	生物医学	1型糖尿病	单核多组学、空间转录组学	NA	单细胞基因组数据、空间转录组数据	32名胰腺供体的853,005个细胞
958	2025-04-01	An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution 2025-Mar-17, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.02.043 PMID:40157887	研究论文	该研究构建了一个包含1,348,268个T细胞的人类T细胞参考数据库，并开发了一个名为STCAT的自动注释工具，用于从单细胞RNA测序数据中自动注释T细胞亚型和状态	构建了最大的人类T细胞参考数据库，开发了STCAT自动注释工具，其准确率比现有工具高28%	NA	为T细胞亚型和状态提供参考列表和自动注释工具，以促进T细胞免疫和肿瘤免疫学研究	人类T细胞	生物信息学	肺癌、COVID-19、卵巢癌	scRNA-seq	分层模型和标记校正	单细胞RNA测序数据	1,348,268个T细胞，来自35种条件和16种组织
959	2025-04-01	Current Applications of Single-Cell RNA Sequencing in Glioblastoma: A Scoping Review 2025-Mar-14, Brain sciences IF:2.7Q3 DOI:10.3390/brainsci15030309 PMID:40149830	综述	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在胶质母细胞瘤（GBM）中的应用，重点关注其在解决肿瘤复杂性和治疗耐药性以及改善患者预后方面的潜力	通过scRNA-seq技术揭示GBM的复杂细胞和免疫景观，为改进诊断和个性化治疗铺平道路	仅纳入2009年至2024年间发表的英文或西班牙语研究，可能遗漏其他语言的重要研究	探索scRNA-seq在GBM诊断、预后、治疗及癌症生物学理解中的临床应用	胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤微环境和细胞亚群	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	24项研究，其中11项关注GBM样本的肿瘤微环境和细胞亚群，5项研究GBM癌症生物学，3项研究疾病预后，3项应用转化研究，2项解决治疗相关问题
960	2025-04-01	Extraction of a stromal metastatic gene signature in breast cancer via spatial profiling 2025-Mar-08, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03353-3 PMID:40065328	研究论文	通过空间转录组学分析，识别乳腺癌转移灶的基质特征基因签名	利用空间转录组学技术，首次系统性地分析了乳腺癌原发灶和转移灶的基质转录特征，并验证了其作为预后工具的潜力	研究样本量有限，且主要在人类乳腺癌数据集和小鼠模型中进行验证	探索乳腺癌转移的分子特征，特别是肿瘤外基质的作用	乳腺癌原发灶和转移灶的微区域	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	代表性微区域集合（具体数量未说明）