本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9561 | 2025-10-07 |
Dehydrodiisoeugenol targets the PLK1-p53 axis to inhibit breast cancer cell cycle
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1545498
PMID:40093330
|
研究论文 | 本研究筛选出益智仁中主要抗乳腺癌活性成分脱氢二异丁香酚,并揭示其通过调控PLK1-p53信号轴诱导细胞周期阻滞的机制 | 首次系统鉴定益智仁中抗乳腺癌主要活性成分DHIE,并阐明其通过PLK1-p53信号轴诱导细胞周期阻滞的新机制 | DHIE在不同乳腺癌亚型中调控p53的具体机制及与其他化疗药物相比的组合优势仍需进一步探索 | 探究益智仁抗乳腺癌的主要活性成分及其作用机制 | 乳腺癌细胞系和荷瘤小鼠模型 | 癌症研究 | 乳腺癌 | LC-MS, WGCNA, 网络药理学, 分子对接, 转录组测序, 免疫浸润分析, 单细胞测序, CCK-8, 流式细胞术, Western blot | NA | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 9562 | 2025-10-07 |
Current status and future perspectives of the diagnostic of plant bacterial pathogens
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1547974
PMID:40093602
|
综述 | 本文综述植物细菌病原体诊断技术的发展现状与未来展望 | 系统分析从传统培养方法到光谱技术和单细胞测序的诊断技术演进路径 | 光谱方法需要先验数据库且无法检测未知病原体 | 探讨植物细菌病原体诊断技术的演进与未来发展 | 植物细菌病原体 | NA | NA | 微拉曼光谱,单细胞测序,合成生物学 | NA | 光谱数据,基因组数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 9563 | 2025-10-07 |
From Gene to Intervention: NLRC4 and WIPI1 Regulate Septic Acute Lung Injury Through Autophagy
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S510691
PMID:40093959
|
研究论文 | 本研究通过多组学数据分析发现NLRC4和WIPI1通过调控自噬通路影响脓毒症急性肺损伤的发病机制 | 首次揭示NLRC4和WIPI1作为关键差异表达自噬相关基因在脓毒症急性肺损伤中的调控作用,并发现WIPI1与非经典自噬通路的特殊关联 | 研究主要基于数据库分析和实验验证,临床转化应用仍需进一步探索 | 探究自噬相关基因在脓毒症急性肺损伤中的分子机制 | 人类样本数据集和实验模型 | 生物信息学 | 脓毒症急性肺损伤 | 微阵列分析,单细胞测序,流式细胞术,免疫荧光,qPCR,Western Blotting,siRNA | NA | 基因表达数据,单细胞数据 | 两个微阵列数据集(GSE33118和GSE131761)和三个单细胞测序数据集(SCP43,SCP548,SCP2156) | NA | 单细胞测序,微阵列 | NA | NA |
| 9564 | 2025-10-07 |
The aggrephagy-related gene TUBA1B influences clinical outcomes in glioma patients by regulating the cell cycle
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1531465
PMID:40094001
|
研究论文 | 本研究通过识别胶质瘤中的聚集性自噬亚型并发现TUBA1B基因作为独立预后标志物,揭示了其在调控细胞周期和免疫微环境中的关键作用 | 首次将聚集性自噬相关基因TUBA1B与胶质瘤预后联系起来,并通过多组学分析和实验验证阐明了其通过细胞周期调控影响肿瘤进展的机制 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多独立队列验证;动物模型数量有限 | 探索胶质瘤的预后生物标志物和治疗靶点 | 胶质瘤患者组织样本和细胞系 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞测序,qRT-PCR,体外功能实验,小鼠异种移植模型 | 机器学习,多变量Cox回归,列线图模型 | 基因表达数据,临床数据,单细胞测序数据 | TCGA和CGGA数据库中的GBM和LGG样本,GEO数据库GSE167960单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9565 | 2025-10-07 |
Multi-omics analysis of the dynamic role of STAR+ cells in regulating platinum-based chemotherapy responses and tumor microenvironment in serous ovarian carcinoma
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1545762
PMID:40098624
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析发现STAR+细胞是浆液性卵巢癌中一种新型癌症相关成纤维细胞亚型,能够增强铂类化疗敏感性 | 首次鉴定出STAR+细胞作为新型CAF亚型,发现其通过调节代谢通路和抑制WNT信号通路增强化疗敏感性 | STAR+细胞与肿瘤细胞相互作用的具体机制尚未完全阐明 | 探索CAF亚型与化疗敏感性之间的关系 | 浆液性卵巢癌患者组织样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据, 蛋白质表达数据 | 化疗敏感和化疗耐药的SOC患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 9566 | 2025-10-07 |
Integrating machine learning and single-cell sequencing to identify shared biomarkers in type 1 diabetes mellitus and clear cell renal cell carcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1543806
PMID:40098701
|
研究论文 | 通过整合机器学习和单细胞测序技术识别1型糖尿病和肾透明细胞癌的共同生物标志物 | 首次结合WGCNA、LASSO和SVM算法从多组学数据中鉴定T1DM和ccRCC的共享枢纽基因,并利用单细胞测序解析其细胞特异性表达 | 基于公共数据集的分析需要进一步实验验证,临床样本规模有限 | 识别T1DM和ccRCC的共同生物标志物以促进高危人群的预防和早期检测 | 1型糖尿病和肾透明细胞癌的基因表达数据及临床样本 | 机器学习 | 糖尿病, 肾癌 | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | WGCNA, LASSO, SVM | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 多个公共数据集及临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9567 | 2025-10-07 |
STsisal: a reference-free deconvolution pipeline for spatial transcriptomics data
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1512435
PMID:40098978
|
研究论文 | 开发了一种无需参考数据的空间转录组学反卷积方法STsisal | 提出了一种整合标记基因选择、混合比例分解和细胞类型特征矩阵分析的新型参考自由反卷积方法 | NA | 解决空间转录组学数据中缺乏单细胞分辨率的问题 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | SISAL算法 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9568 | 2025-10-07 |
Integration of single-nuclei and spatial transcriptomics to decipher tumor phenotype predictive of relapse-free survival in Wilms tumor
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1539897
PMID:40098972
|
研究论文 | 通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据,鉴定与肾母细胞瘤复发相关的肿瘤亚型并构建预后预测模型 | 首次在肾母细胞瘤中识别出与不良无复发生存期相关的Scissor+肿瘤细胞亚型,并发现其对EGFR抑制剂的敏感性 | 基于公共数据库的回顾性研究,需要前瞻性临床验证 | 识别驱动肾母细胞瘤复发的分子特征并发现新的治疗靶点 | 肾母细胞瘤患者样本 | 数字病理学 | 肾母细胞瘤 | 单核RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, 免疫组织化学 | 集成机器学习模型, Cox回归, LASSO回归 | 基因表达数据, 突变数据, 拷贝数变异数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 9569 | 2025-10-07 |
The Role of PLIN3 in Prognosis and Tumor-Associated Macrophage Infiltration: A Pan-Cancer Analysis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S509245
PMID:40098998
|
研究论文 | 通过泛癌分析探讨PLIN3在预后和肿瘤相关巨噬细胞浸润中的作用 | 首次系统评估PLIN3对肿瘤免疫微环境的影响及其作为免疫治疗反应预后指标的潜力 | 研究主要基于数据库分析,实验验证主要在肺腺癌细胞中进行 | 评估PLIN3作为癌症诊断和预后生物标志物的潜力及其对免疫细胞浸润的影响 | 多种正常和癌组织、肺腺癌细胞 | 生物信息学 | 多种癌症 | 单细胞转录组学、空间转录组学、多重荧光染色、分子对接 | 计算算法 | mRNA表达数据、蛋白质表达数据、转录组数据 | 多个数据库中的多样化组织样本 | NA | 单细胞转录组学,空间转录组学,批量转录组学 | NA | NA |
| 9570 | 2025-10-07 |
Key genes linking gut microbiota, immune cells, and osteoporosis: A multi-omics approach
2025-May, Microbial pathogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.micpath.2025.107412
PMID:39993547
|
研究论文 | 通过整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和生物信息学分析,探索肠道微生物群、免疫细胞调控与骨质疏松症之间的因果关系 | 首次采用多组学方法系统揭示肠道微生物群通过免疫细胞介导影响骨质疏松的分子机制,并识别出关键基因USP6NL、SELENOT和TAF1A | 研究主要基于欧洲人群数据(UK Biobank和芬兰队列),结果在其他人群中的普适性需要进一步验证 | 阐明肠道微生物群通过免疫调控影响骨质疏松的分子机制 | 骨质疏松症患者与对照样本 | 生物信息学 | 骨质疏松症 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | 两样本孟德尔随机化 | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | UK Biobank和芬兰队列数据,包含412种肠道微生物物种和731种免疫细胞类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9571 | 2025-10-07 |
Identification of DIO2 as a Molecular Therapeutic Target for Depression in Chronic Rhinosinusitis: A Comprehensive Bioinformatics and Experimental Study
2025-Mar-16, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11085-4
PMID:40089956
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,鉴定DIO2作为慢性鼻窦炎合并抑郁症的分子治疗靶点 | 首次发现DIO2基因在慢性鼻窦炎和抑郁症共病中的关键作用,并通过单细胞RNA测序和动物实验验证其治疗潜力 | 研究主要基于公共数据库和动物模型,需要在人类临床样本中进一步验证 | 识别慢性鼻窦炎与抑郁症之间的分子联系和潜在治疗靶点 | 慢性鼻窦炎患者和抑郁症患者的基因表达数据,以及CRS小鼠模型 | 生物信息学 | 慢性鼻窦炎,抑郁症 | 单细胞RNA测序,差异表达基因分析,加权基因共表达网络分析,机器学习算法 | 随机森林,LASSO回归 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的多个基因表达数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9572 | 2025-10-07 |
Multi-Targeting CAR-T Cell Strategies to Overcome Immune Evasion in Lymphoid and Myeloid Malignancies
2025-Mar-14, Oncology research and treatment
IF:2.0Q3
DOI:10.1159/000543806
PMID:40090318
|
综述 | 探讨多靶向CAR-T细胞策略在克服淋巴和髓系恶性肿瘤免疫逃逸中的应用 | 提出逻辑门控CAR、适配器CAR等多靶向策略应对抗原逃逸问题 | NA | 改善CAR-T细胞疗法在血液恶性肿瘤中的治疗效果和持久性 | 淋巴和髓系恶性肿瘤患者 | NA | 淋巴瘤、多发性骨髓瘤 | 下一代测序(NGS)、直接随机光学重建显微镜(dSTORM)、多参数流式细胞术、CRISPR筛选、单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9573 | 2025-10-07 |
Smoothie: Efficient Inference of Spatial Co-expression Networks from Denoised Spatial Transcriptomics Data
2025-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.26.640406
PMID:40060619
|
研究论文 | 提出一种名为Smoothie的方法,通过高斯平滑去噪空间转录组数据并构建全基因组共表达网络 | 结合隐式和显式并行化技术,能够处理超过1亿个空间分辨点的数据集,具有快速运行和低内存使用的优势 | NA | 从空间转录组数据中提取深度生物学见解 | 空间基因表达数据和共表达网络 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,高斯平滑 | NA | 空间转录组数据 | 超过1亿个空间分辨点 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9574 | 2025-10-07 |
Recurrent ERBB2 alterations are associated with esophageal adenocarcinoma brain metastases
2025-Feb-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.02.19.25322558
PMID:40061311
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示食管腺癌脑转移中ERBB2基因的复发性改变及其临床意义 | 首次在食管腺癌脑转移中发现ERBB2基因的复发性扩增,并证明其与单克隆播散相关 | 样本量较小(10例),需要更大规模研究验证 | 探究食管腺癌脑转移的分子特征和临床治疗策略 | 食管腺癌脑转移患者及其匹配的原发肿瘤 | 数字病理学 | 食管癌 | 全基因组测序, 单细胞空间转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 10例食管腺癌脑转移患者 | NA | 全基因组测序, 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 9575 | 2025-10-07 |
Consequences of training data composition for deep learning models in single-cell biology
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639127
PMID:40060416
|
研究论文 | 系统研究训练数据组成对单细胞转录组深度学习模型性能的影响 | 首次系统探讨单细胞基础模型中训练数据组成对模型行为的影响,揭示了数据多样性对模型泛化能力的重要性 | 研究主要聚焦于人类造血系统,可能在其他生物系统或疾病类型中的普适性有待验证 | 探索训练数据组成如何影响单细胞转录组深度学习模型的性能和泛化能力 | 人类造血系统的单细胞转录组数据,包括成体和发育组织、疾病状态和扰动图谱的细胞 | 单细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞转录组测序 | 深度学习模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9576 | 2025-10-07 |
MolGene-E: Inverse Molecular Design to Modulate Single Cell Transcriptomics
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.638723
PMID:40060426
|
研究论文 | 开发了一种名为MolGene-E的深度生成框架,用于基于单细胞转录组数据设计新药物分子 | 首个能够利用单细胞组学数据设计新药物分子的机器学习方法,结合了跨模态数据协调和对比学习生成模型 | 单细胞组学数据存在噪声、异质性、稀缺性和高维度等挑战 | 开发能够调节单细胞转录组学的逆向分子设计方法 | 疾病细胞与健康细胞的转录组状态 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | 深度生成框架,跨模态模型,对比学习生成模型 | 单细胞转录组数据,化学扰动的大量转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9577 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics combined with single-nucleus RNA sequencing reveals glial cell heterogeneity in the human spinal cord
2025-Nov-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-01876
PMID:38934400
|
研究论文 | 本研究结合空间转录组学和单核RNA测序技术,揭示了人类脊髓中胶质细胞的异质性 | 首次在人类脊髓中系统绘制胶质细胞的转录组异质性图谱,并进行跨物种比较分析 | 样本数量有限,未涵盖所有可能的病理状态 | 探索人类脊髓胶质细胞的分子异质性及其在物种间的差异 | 人类和小鼠脊髓中的星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞 | 空间转录组学 | 神经系统疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间位置数据 | NA | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 9578 | 2025-10-07 |
Exosomes originating from neural stem cells undergoing necroptosis participate in cellular communication by inducing TSC2 upregulation of recipient cells following spinal cord injury
2025-Nov-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00068
PMID:38993124
|
研究论文 | 本研究探讨了脊髓损伤后经历坏死性凋亡的神经干细胞来源的外泌体在细胞通讯中的作用及其对受体细胞TSC2表达的影响 | 首次揭示了神经干细胞坏死性凋亡来源的外泌体通过诱导TSC2上调参与脊髓损伤后细胞通讯的新机制 | 研究主要基于体外实验模型,体内验证仍需进一步深入 | 探究脊髓损伤后神经干细胞坏死性凋亡来源的外泌体在细胞通讯中的功能 | 胚胎小鼠神经干细胞、外泌体、脊髓损伤模型 | 单细胞组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序、转录组测序 | NA | RNA测序数据 | 16-17天胚胎小鼠神经干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9579 | 2025-10-07 |
Oligodendroglial heterogeneity in health, disease, and recovery: deeper insights into myelin dynamics
2025-Nov-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00694
PMID:39665821
|
综述 | 通过单细胞RNA测序技术重新定义少突胶质细胞谱系的五种细胞状态,并探讨其在健康和疾病状态下的功能意义 | 提出基于单细胞RNA测序发现的少突胶质细胞谱系新分类系统,将传统两种细胞类型扩展为五种连续细胞状态 | NA | 建立统一的少突胶质细胞术语体系以促进跨研究数据整合,深化对髓鞘病理机制的理解 | 少突胶质细胞谱系细胞 | 单细胞生物学 | 多发性硬化症,阿尔茨海默病,肌萎缩侧索硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9580 | 2025-10-07 |
Lactate drives senescence-resistant lineages in hepatocellular carcinoma via histone H2B lactylation of NDRG1
2025-Apr-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217567
PMID:39978571
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序轨迹分析重建肝细胞癌克隆演化,发现乳酸通过LDHA-NDRG1轴介导的组蛋白H2B乳酰化驱动衰老抵抗谱系 | 首次揭示乳酸通过LDHA-NDRG1轴介导的组蛋白H2B K58位点乳酰化表观遗传机制,连接代谢重编程与衰老逃逸 | 研究主要基于小鼠模型和公共数据集,需要进一步临床验证 | 探索肝细胞癌异质性机制和衰老抵抗的分子基础 | 肝细胞癌细胞谱系和克隆演化 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,轨迹分析,加权基因共表达网络分析 | 预后模型 | 单细胞RNA测序数据,公共HCC数据集 | 902个特征基因跨越7种细胞状态,14基因预后模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |