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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9441 | 2025-10-07 |
CD4+ T cell-innate immune crosstalk is critical during Staphylococcus aureus craniotomy infection
2025-Feb-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.183327
PMID:39989461
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了CD4+ T细胞在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的关键作用及其与先天免疫细胞的相互作用机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术系统揭示开颅手术感染中CD4+ T细胞的转录异质性及其与单核/巨噬细胞的广泛相互作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究CD4+ T细胞在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的免疫功能和作用机制 | 小鼠模型和人类开颅手术感染样本 | 免疫学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 细胞过继转移, 抗体中和实验 | 动物模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9442 | 2025-10-07 |
Effect of aging on pulmonary cellular responses during mechanical ventilation
2025-Feb-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.185834
PMID:39946196
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研究论文 | 本研究探讨衰老对机械通气期间肺细胞反应的影响 | 首次通过单细胞RNA测序揭示衰老小鼠在机械通气下肺泡巨噬细胞炎症反应减弱和内皮细胞细胞连接形成改变的分子机制 | 研究仅使用雄性小鼠模型,未考虑性别差异;体外实验未能完全模拟体内复杂微环境 | 探究衰老如何影响机械通气过程中的肺细胞反应和损伤易感性 | 年轻和老年雄性小鼠的肺组织细胞 | 单细胞生物学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序,体外功能分析 | NA | 基因表达数据,功能实验数据 | 年轻和老年雄性小鼠群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9443 | 2025-10-07 |
Inhibition of histone methyltransferase EZH2 for immune interception of colorectal cancer in Lynch syndrome
2025-Feb-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177545
PMID:39946195
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研究论文 | 本研究通过EZH2抑制剂GSK503干预林奇综合征小鼠模型和结肠类器官,探索表观遗传调控在结直肠癌免疫预防中的作用机制 | 首次揭示EZH2抑制剂通过表观遗传重编程增强免疫反应,为林奇综合征携带者提供癌症预防新策略 | 研究基于小鼠模型和类器官,临床转化效果需进一步验证 | 开发针对林奇综合征的免疫干预策略以预防结直肠癌发生 | 林奇综合征小鼠模型和体外培养的结肠类器官 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, ChIP测序, 表观遗传分析 | 动物模型, 类器官模型 | 基因表达数据, 表观遗传数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, ChIP-seq | NA | NA |
| 9444 | 2025-10-07 |
Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER
2025-Feb-12, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100766
PMID:39914388
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研究论文 | 开发了一种名为CLEANSER的混合模型,用于过滤单细胞CRISPR筛选中的环境gRNA噪声 | 利用CRISPR混合实验表征环境gRNA,开发了包含gRNA和细胞特异性归一化参数的混合模型 | NA | 提高单细胞CRISPR筛选实验中gRNA-细胞分配准确性 | 单细胞CRISPR筛选中的环境gRNA污染 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序CRISPR筛选 | 混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9445 | 2025-10-07 |
Regulation of lung progenitor plasticity and repair by fatty acid oxidation
2025-Feb-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.165837
PMID:39927460
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研究论文 | 本研究揭示了脂肪酸氧化代谢通路在调控肺祖细胞修复和肺纤维化发展中的关键作用 | 首次发现脂肪酸氧化基因在IPF肺脏肺泡上皮细胞中表达显著降低,并证明CPT1a缺失导致肺祖细胞获得异常中间状态 | 研究主要基于小鼠模型,在人类疾病中的直接适用性需要进一步验证 | 探究代谢通路在肺泡再生和肺纤维化发展中的作用机制 | 肺祖细胞、肺泡上皮细胞、小鼠模型 | 细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、组织染色、基因抑制、药物抑制 | NA | 基因表达数据、组织图像数据 | IPF患者肺组织、基因工程小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9446 | 2025-10-07 |
Targeting fibroblast-endothelial cell interactions in LAM pathogenesis using 3D spheroid models and spatial transcriptomics
2025-Feb-04, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.187899
PMID:39903528
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研究论文 | 本研究通过3D球体模型和空间转录组学探索淋巴管平滑肌瘤病中成纤维细胞-内皮细胞相互作用的机制 | 首次结合空间转录组学和3D共培养球体模型揭示LAM发病机制中PDGFR/FGFR信号通路的关键作用,并发现索拉非尼比雷帕霉素更有效抑制细胞侵袭 | 研究主要基于体外模型,需要进一步体内验证;样本量有限 | 探索淋巴管平滑肌瘤病的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 淋巴管平滑肌瘤病患者肺组织、原代LAM成纤维细胞、淋巴管内皮细胞和TSC2缺失型肾血管平滑肌脂肪瘤细胞 | 空间转录组学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 空间转录组学, 激酶阵列, 3D球体共培养 | 3D球体模型 | 基因表达数据, 细胞侵袭数据 | 未明确样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9447 | 2025-10-07 |
RBM47 is a novel immunotherapeutic target and prognostic biomarker in gliomas
2025-01-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-84719-z
PMID:39757245
|
研究论文 | 本研究探讨RNA结合蛋白RBM47在胶质瘤免疫微环境中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 | 首次系统揭示RBM47在胶质瘤免疫调节中的关键作用,并证实其在CD163+巨噬细胞中的富集特征 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 阐明RBM47在胶质瘤免疫景观塑造和肿瘤免疫应答中的功能 | 胶质瘤患者和正常组织样本 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 基因表达分析、免疫组织化学、免疫荧光、单细胞测序 | NA | 基因表达数据、临床数据、多组学数据 | TCGA训练组和CGGA验证组患者样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 9448 | 2025-10-07 |
Pig jejunal single-cell RNA landscapes revealing breed-specific immunology differentiation at various domestication stages
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1530214
PMID:40151618
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析猪空肠组织,揭示不同驯化阶段猪品种间免疫细胞分化的特异性差异 | 首次构建猪空肠单细胞图谱,开发免疫细胞评估系统,发现驯化相关的品种特异性基因表达模式 | 样本数量有限,仅包含三个代表性猪品种 | 探究猪驯化过程中肠道免疫功能的进化变化 | 野猪、金华猪(中国地方品种)和杜洛克猪(集约化品种)的空肠组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),标记基因分析,细胞通讯分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 26,246个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9449 | 2025-10-07 |
Unraveling the PANoptosis Landscape in Osteosarcoma: A Single-Cell Sequencing and Machine Learning Approach to Prognostic Modeling and Tumor Microenvironment Analysis
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/6915258
PMID:40151638
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和机器学习方法探索骨肉瘤中的PANoptosis景观并构建预后模型 | 首次在骨肉瘤中系统研究PANoptosis(包含焦亡、凋亡和坏死性凋亡的细胞死亡机制)景观,并采用101种机器学习算法构建预后模型 | 需要在临床环境中进一步验证模型的实用性 | 探索骨肉瘤中PANoptosis的作用机制并开发预后预测模型 | 骨肉瘤患者样本 | 机器学习 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | CoxBoost, 机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据 | 来自GEO数据库(GSE162454)和TARGET数据库的骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 9450 | 2025-10-07 |
Endothelial PPARδ Ablation Exacerbates Vascular Hyperpermeability via STAT1/CXCL10 Signaling in Acute Lung Injury
2025-Mar-28, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325855
PMID:39996324
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞PPARδ通过STAT1/CXCL10信号通路调控急性肺损伤中血管高通透性的新机制 | 首次发现内皮细胞PPARδ缺失通过激活STAT1/CXCL10信号通路加剧血管高通透性,并阐明CXCL10通过泛素-蛋白酶体系统降解紧密连接蛋白的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证;机制研究集中在STAT1/CXCL10通路,可能存在其他调控途径 | 探究PPARδ在内皮屏障功能中的作用及其在急性肺损伤中的调控机制 | 内皮细胞特异性PPARδ基因敲除小鼠和同窝对照小鼠 | 分子生物学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序,基因敲除技术,免疫学方法 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,病理学数据 | 使用基因工程小鼠模型进行实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9451 | 2025-10-07 |
Stressed hepatocyte sustains alcohol-associated hepatitis progression by producing leukocyte cell-derived chemotaxin 2
2025-Mar-26, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334318
PMID:40139745
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研究论文 | 本研究揭示了LECT2-PHB2相互作用在酒精性肝炎中促进中性粒细胞活化和肝损伤的新机制 | 首次发现LECT2通过结合PHB2破坏PHB1/PHB2异源二聚体结构,导致ROS积累和中性粒细胞活化,形成肝细胞与中性粒细胞之间的恶性循环 | NA | 研究LECT2在肝细胞-中性粒细胞相互作用中的调控作用及其对酒精性肝炎进展的影响 | 酒精性肝炎患者样本、基因修饰小鼠、体外细胞实验 | 分子生物学 | 酒精性肝炎 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 基因敲除, 过表达 | NA | RNA测序数据, 血清和肝脏样本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 9452 | 2025-10-07 |
Applying integrated transcriptome and single-cell sequencing analysis to develop a prognostic signature based on M2-like tumor-associated macrophages for breast cancer
2025-Mar-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02161-7
PMID:40131644
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研究论文 | 本研究通过整合转录组和单细胞测序分析,开发了基于M2样肿瘤相关巨噬细胞的乳腺癌预后特征模型 | 首次结合转录组和单细胞测序数据,识别M2样TAM相关基因并构建乳腺癌预后特征 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发基于M2样肿瘤相关巨噬细胞的乳腺癌预后特征模型 | 乳腺癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR | WGCNA, Cox回归, LASSO回归, 风险评分模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | TCGA-BRCA, GSE20685, GSE176078数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 9453 | 2025-10-07 |
Integrated single-cell transcriptome and comparative genome analysis reveals the origin of intermuscular bones in zebrafish
2025-Mar-22, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142397
PMID:40127795
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组和比较基因组分析揭示斑马鱼肌间骨的起源 | 首次结合比较基因组学和单细胞转录组学技术研究肌间骨的进化发育机制,成功构建了间充质干细胞向成骨细胞的分化轨迹并鉴定出关键调控基因 | 研究仅针对斑马鱼模型,未在其他鱼类中进行验证 | 探究鱼类肌间骨发育的分子调控机制和进化过程 | 斑马鱼肌间骨组织及15种有/无肌间骨的鱼类基因组 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 比较基因组分析, RNA速率分析, 伪时间分析, 基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据, 基因组数据 | 15种鱼类(4种有肌间骨,11种无肌间骨)及斑马鱼肌间骨组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9454 | 2025-10-07 |
Hepatic Growth Factor as a Potential Biomarker for Lung Adenocarcinoma: A Multimodal Study
2025-Mar-19, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47030208
PMID:40136462
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研究论文 | 本研究通过多模态方法探索炎症细胞因子与肺腺癌之间的因果关系,并识别肝细胞生长因子作为潜在生物标志物 | 首次整合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和转录组测序数据,系统揭示炎症细胞因子与肺腺癌的因果机制 | 研究主要基于遗传数据和测序分析,需要进一步实验验证具体的分子机制 | 探索炎症细胞因子与肺腺癌之间的因果关系及潜在分子机制 | 肺腺癌患者及相关炎症细胞因子 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9455 | 2025-10-07 |
Multi-Omics Profiling Reveals Glycerolipid Metabolism-Associated Molecular Subtypes and Identifies ALDH2 as a Prognostic Biomarker in Pancreatic Cancer
2025-Mar-18, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo15030207
PMID:40137171
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了胰腺癌中甘油脂代谢相关的分子亚型,并确定ALDH2作为预后生物标志物 | 首次在胰腺癌中系统表征甘油脂代谢异质性,发现新的分子亚型和预后生物标志物ALDH2 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 探究甘油脂代谢在胰腺癌中的作用机制和临床意义 | 胰腺癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,脂质组学,随机森林算法,PCR,免疫组化 | 随机森林 | 基因组数据,转录组数据,脂质组数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 930例胰腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,脂质组学,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 9456 | 2025-10-07 |
K-Volume Clustering Algorithms for scRNA-Seq Data Analysis
2025-Mar-11, Biology
DOI:10.3390/biology14030283
PMID:40136539
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研究论文 | 提出了一种基于凸体积的新型聚类算法用于单细胞RNA测序数据分析 | 使用簇内点定义的总凸体积作为生物学相关且几何可解释的聚类标准,通过非线性优化同时优化层次结构和每层簇数量 | NA | 开发适用于高维结构化数据的聚类算法 | 单细胞和多组学数据集 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | K-体积聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 9457 | 2025-10-07 |
Burn-Related Glycocalyx Derangement and the Emerging Role of MMP8 in Syndecan Shedding
2025-Mar-06, Biology
DOI:10.3390/biology14030269
PMID:40136525
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研究论文 | 本研究通过分析烧伤患者血清和单细胞RNA测序,揭示了MMP8在烧伤后糖萼破坏和肺损伤中的新作用机制 | 首次发现MMP8在烧伤后糖萼脱落中的关键作用,并验证其在肺泡上皮细胞中的直接效应 | 样本量较小(28例患者),且主要为观察性研究 | 探究烧伤后糖萼紊乱的分子机制及其与肺损伤的关系 | 烧伤患者血清样本和体外肺组织模型 | 分子生物学 | 烧伤 | 单细胞RNA测序, 微阵列转录组分析 | 体外肺组织模型 | RNA测序数据, 微阵列数据, 血清分析数据 | 28例烧伤患者 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | NA |
| 9458 | 2025-10-07 |
mastR: an R package for automated identification of tissue-specific gene signatures in multi-group differential expression analysis
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf114
PMID:40098239
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研究论文 | 开发了一个用于批量RNA-seq数据自动识别组织特异性基因标记的R软件包 | 首个专门为标记的批量RNA-seq数据设计的自动化标记识别方法,明确考虑背景表达并使用信噪比方法最小化背景信号 | 主要针对批量RNA-seq数据,对单细胞数据的适用性需要进一步验证 | 开发自动化基因标记识别工具,用于疾病生物标志物发现 | 转录组数据中的组织特异性基因标记 | 生物信息学 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | edgeR, limma, 基于秩积的置换检验 | 转录组数据 | NA | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9459 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomics Identified Fibrosis-Activated Valve Interstitial Cells Involved in Functional Tricuspid Regurgitation
2025-Mar, JACC. Asia
DOI:10.1016/j.jacasi.2025.01.013
PMID:40148022
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析功能性三尖瓣反流患者的瓣膜细胞组成和基因表达变化 | 首次构建人类三尖瓣单细胞图谱,识别出纤维化激活的瓣膜间质细胞亚群及其在功能性三尖瓣反流中的作用 | 样本量较小(仅10例患者),需要更大规模研究验证发现 | 研究功能性三尖瓣反流的发病机制和潜在治疗靶点 | 人类三尖瓣组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,多重荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据,空间分布图像数据 | 10例患者(5例中度至重度功能性三尖瓣反流患者,5例非疾病对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9460 | 2025-10-07 |
Identification and Validation of Key Biomarkers in the Proximal Aqueous Humor Outflow Pathway
2025-Feb-25, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47030147
PMID:40136401
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研究论文 | 通过转录组分析识别并验证了房水流出通路中关键细胞的生物标志物 | 首次通过微阵列与单细胞RNA测序数据交叉验证,发现了TM细胞标志物CTTNBP2和MGARP,以及SCE细胞新标志物JAM2、PODXL和IFI27 | 研究仅使用体外培养细胞,未进行体内功能验证 | 识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物 | 人源小梁网细胞和Schlemm管内皮细胞 | 生物信息学 | 青光眼 | 微阵列, 单细胞RNA测序, qPCR | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | NA |