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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9421 | 2025-10-07 |
Benchmarking computational methods for detecting spatial domains and domain-specific spatially variable genes from spatial transcriptomics data
2025-Apr-10, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf303
PMID:40240000
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研究论文 | 对19种空间转录组数据分析方法在识别空间域和空间可变基因方面的性能进行全面基准测试 | 首次对空间转录组数据分析方法进行大规模综合评估,提出量化策略评估域特异性SVG识别结果,并发现整合不同方法可改善聚类和SVG结果 | 没有单一方法在所有数据集上表现最佳,方法性能高度依赖于数据和SRT平台 | 评估和比较空间转录组数据分析方法的性能,为方法选择提供实用指南 | 空间转录组数据分析方法 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | GNN | 空间转录组数据 | 30个真实数据集和27个合成数据集,覆盖6种SRT技术 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9422 | 2025-10-07 |
NAT10 Promotes Gastric Cancer Liver Metastasis by Modulation of M2 Macrophage Polarization and Metastatic Tumor Cell Hepatic Adhesion
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202410263
PMID:39985269
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研究论文 | 本研究揭示了RNA乙酰转移酶NAT10通过调控M2巨噬细胞极化和肿瘤细胞肝粘附促进胃癌肝转移的分子机制 | 首次发现NAT10介导的RNA修饰在胃癌肝转移中的关键作用,并阐明NAT10/KLF5信号轴通过调控巨噬细胞极化和肿瘤细胞粘附的双重机制 | 研究主要基于临床样本分析和小鼠模型,需要进一步在人体中验证治疗靶点的有效性 | 探究RNA修饰在胃癌肝转移中的作用机制及潜在治疗靶点 | 胃癌细胞、肝转移灶、巨噬细胞、小鼠模型和类器官模型 | 癌症生物学 | 胃癌 | 单细胞测序, 临床样本分析, 小鼠模型, 类器官模型 | 动物模型, 类器官模型 | 基因表达数据, 临床数据, 实验数据 | 临床样本和小鼠模型,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 9423 | 2025-10-07 |
CpG-Based Nanovaccines Enhance Ovarian Cancer Immune Response by Gbp2-Mediated Remodeling of Tumor-Associated Macrophages
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202412881
PMID:39985265
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研究论文 | 本研究开发了一种基于CpG的纳米疫苗,通过Gbp2介导的机制重塑肿瘤相关巨噬细胞,增强卵巢癌免疫反应 | 开发了PLGA-CpG@ID8-M纳米疫苗,首次阐明Gbp2-Pin1-NFκB通路在TAMs M1极化中的作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中验证 | 开发新型纳米疫苗并阐明其通过重塑肿瘤相关巨噬细胞增强抗肿瘤免疫的机制 | ID8卵巢癌细胞、4T1乳腺癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | ID8荷瘤小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 9424 | 2025-10-07 |
Multiscale Dissection of Spatial Heterogeneity by Integrating Multi-Slice Spatial and Single-Cell Transcriptomics
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413124
PMID:39999288
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研究论文 | 提出一种名为SMILE的新型深度学习方法,用于整合多切片空间转录组和单细胞转录组数据以解析空间异质性 | 首次结合图对比自编码器和多层感知器,通过局部约束学习多尺度信息性spot表示,能够同时分析不同尺度的空间变异 | 未明确说明方法在计算效率或大规模数据集上的表现 | 开发能够同时进行多切片空间对齐和细胞类型解卷积的计算方法 | 空间转录组数据和单细胞转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序,单细胞RNA测序 | 图对比自编码器,多层感知器 | 空间转录组数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9425 | 2025-10-07 |
ANKRD11 as a potential biomarker for brain metastasis from lung adenocarcinoma via cerebrospinal fluid liquid biopsy
2025-Mar-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-800
PMID:40248734
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研究论文 | 本研究通过脑脊液液体活检识别ANKRD11作为肺腺癌脑转移的潜在生物标志物 | 首次通过脑脊液ctDNA测序结合单细胞RNA测序分析发现ANKRD11在肺腺癌脑转移中的表达逐渐降低及其抑癌功能 | 样本量较小(仅7例患者),需要更大规模研究验证 | 探索肺腺癌脑转移的新型生物标志物 | 肺腺癌脑转移患者、细胞系、裸鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | ctDNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 7例BM-LUAD患者脑脊液样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 液体活检 | NA | NA |
| 9426 | 2025-10-07 |
Single cell RNA-seq and bulk RNA-seq analysis identifies MUC1 as a key gene for lung adenocarcinoma to neuroendocrine transformation
2025-Mar-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-806
PMID:40248742
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析,揭示了MUC1基因在肺腺癌向神经内分泌癌转化过程中的关键作用 | 首次结合孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术系统研究肺腺癌向神经内分泌癌转化的分子机制,并识别MUC1作为关键调控基因 | 样本量相对有限(6个组织活检样本),需要在更大规模队列中验证研究结果 | 探索肺腺癌向神经内分泌癌转化过程中的遗传和免疫特征 | 肺腺癌和神经内分泌癌组织样本 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 孟德尔随机化分析, WGCNA, CIBERSORT | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 16,765个细胞,来自6个组织活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 9427 | 2025-10-07 |
Male-Dominant Spinal Microglia Contribute to Neuropathic Pain by Producing CC-Chemokine Ligand 4 Following Peripheral Nerve Injury
2025-03-23, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14070484
PMID:40214438
|
研究论文 | 本研究揭示了雄性小鼠脊髓小胶质细胞通过产生CCL4促进神经病理性疼痛的性别特异性机制 | 首次发现雄性小鼠脊髓小胶质细胞中CCL4表达显著增加,并证实其通过CCL4-CCR5信号通路特异性加剧雄性小鼠的神经病理性疼痛 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性尚需验证;机制研究尚未完全阐明CCL4作用的下游通路 | 探究外周神经损伤后脊髓小胶质细胞在神经病理性疼痛中的性别特异性作用机制 | 雄性小鼠脊髓小胶质细胞 | 神经科学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序,行为学测试,药理学干预 | NA | 基因表达数据,行为学数据 | 小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9428 | 2025-10-07 |
Cancer-associated fibroblasts: multidimensional players in liver cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1454546
PMID:40248197
|
综述 | 本文综述了癌症相关成纤维细胞在肝癌微环境中的多维作用及其亚群功能 | 利用单细胞RNA测序技术结合基因工程小鼠模型,首次在肝癌前微环境和肝内胆管癌微环境中鉴定出多种CAF亚群 | NA | 阐明不同CAF亚群在肝癌发展中的具体作用和调控机制 | 癌症相关成纤维细胞(CAFs)及其亚群 | 肿瘤微环境研究 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9429 | 2025-10-07 |
OmniClust: A versatile clustering toolkit for single-cell and spatial transcriptomics data
2025-Jun, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2025.03.007
PMID:40057293
|
研究论文 | 开发了一个名为OmniClust的多功能聚类工具包,用于单细胞和空间转录组学数据分析 | 开发了首个同时整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据的聚类工具包,采用深度学习算法处理空间转录组数据,机器学习算法处理单细胞RNA测序数据 | NA | 开发一个能够整合单细胞和空间转录组学数据的通用聚类工具包 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 深度学习,机器学习 | 转录组数据 | 12个空间转录组基准数据集和4个单细胞RNA测序基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 9430 | 2025-02-23 |
Decoding cell-cell communication using spatial transcriptomics
2025-May, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-025-00824-3
PMID:39984677
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9431 | 2025-10-07 |
Identification of the crucial roles of BAXhigh NK cells in human derived mesenchymal stem cell therapy for chronic heart failure patients
2025-May, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.155924
PMID:40174277
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析,揭示了BAX高表达NK细胞在间充质干细胞治疗慢性心力衰竭中的关键作用机制 | 首次发现BAX高表达NK细胞在心力衰竭发病机制中的作用,并阐明间充质干细胞通过抑制BAX表达改善NK细胞功能的治疗机制 | 样本量有限,机制研究仍需进一步实验验证 | 探究间充质干细胞治疗心力衰竭的分子机制 | 慢性心力衰竭患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 心力衰竭患者治疗前后外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9432 | 2025-10-07 |
Identification of a cancer stem cell-like subpopulation that promotes HCC metastasis
2025-May, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101302
PMID:40242316
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析,鉴定并表征了肝细胞癌中促进转移的癌症干细胞样亚群 | 首次在肝细胞癌中鉴定出促进转移的癌症干细胞样亚群,并揭示其通过ICAM1信号通路诱导免疫抑制微环境的新机制 | 样本量相对有限(19例单细胞RNA测序样本和12例空间转录组样本),需要更大规模研究验证 | 探索癌症干细胞在肝细胞癌转移中的作用机制 | 肝细胞癌患者肿瘤组织中的癌症干细胞样细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 生物信息学分析, 免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 临床队列数据 | 19例肝细胞癌样本(单细胞RNA测序), 12例肝细胞癌样本(空间转录组), 9个临床队列 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 9433 | 2025-04-19 |
Single-Cell Transcriptomics Revealed E-Cigarettes-Induced Vascular Remodeling by Enhancing Tcf21 Expression
2025-May, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70183
PMID:40248042
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9434 | 2025-10-07 |
CRISPR/Cas9-mediated SHP-1-knockout T cells combined with simvastatin enhances anti-tumor activity in humanized-PDX HCC model
2025-Apr-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112266
PMID:40241752
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR/Cas9敲除SHP-1的CD8 T细胞联合辛伐他汀治疗,增强了对肝细胞癌的抗肿瘤活性 | 首次将CRISPR编辑的SHP-1敲除T细胞与HMGCR抑制剂辛伐他汀联合使用,通过双重策略克服肝癌免疫治疗耐药性 | 研究基于人源化PDX模型,尚未进行临床试验验证 | 开发增强肝细胞癌免疫治疗疗效的新策略 | 肝细胞癌患者T细胞、人源化PDX肝癌模型 | 癌症免疫治疗 | 肝细胞癌 | CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、转录组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9435 | 2025-10-07 |
CXCR4+ PD-L1+ neutrophils are increased in non-survived septic mice
2025-Apr-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112083
PMID:40241761
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析脓毒症小鼠免疫细胞,揭示CXCR4+ PD-L1+中性粒细胞在非存活小鼠中增加的现象 | 首次发现非存活脓毒症小鼠血液中未成熟CXCR4+ PD-L1+中性粒细胞频率增加,并鉴定该细胞群作为治疗靶点的潜力 | 研究仅限于CLP脓毒症小鼠模型,未在人类患者中验证 | 探究中性粒细胞在脓毒症高炎症表型中的免疫学机制 | 存活和非存活的CLP脓毒症小鼠 | 免疫学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 脓毒症小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9436 | 2025-10-07 |
Circular RNA discovery with emerging sequencing and deep learning technologies
2025-Apr-17, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02157-7
PMID:40247051
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综述 | 本文总结了环状RNA发现、表征和功能分析算法的最新突破 | 整合长读长和单细胞RNA测序技术与深度学习算法,以前所未有的分辨率和规模研究环状RNA | 整合大规模环状RNA测序数据仍面临挑战 | 探索环状RNA在基因调控和疾病发病机制中的作用 | 环状RNA分子 | 自然语言处理 | NA | 长读长测序, 单细胞RNA测序 | 深度学习 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9437 | 2025-10-07 |
Progranulin deficiency in the brain: the interplay between neuronal and non-neuronal cells
2025-Apr-16, Translational neurodegeneration
IF:10.8Q1
DOI:10.1186/s40035-025-00475-8
PMID:40234992
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综述 | 本文综述了颗粒蛋白前体缺乏在脑部疾病中的作用机制,重点关注神经元与非神经元细胞之间的相互作用 | 系统阐述了颗粒蛋白前体缺乏导致神经退行性病变的非细胞自主机制,特别关注脂滴积累小胶质细胞和髓鞘脂质含量改变等新发现 | NA | 探讨颗粒蛋白前体缺乏如何通过不同脑细胞群体及其异常相互作用导致额颞叶痴呆的神经退行性变和神经炎症 | 神经元、小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞、内皮细胞和周细胞等脑部细胞群体 | 神经科学 | 额颞叶痴呆 | 单细胞转录组学、诱导多能干细胞技术、基因工程器官样体 | NA | 患者脑组织、生物体液、体外模型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9438 | 2025-10-07 |
Senescence-induced p21high macrophages contributed to CD8+ T cells-related immune hyporesponsiveness in kidney transplantation via Zfp36/IL-27 axis
2025-Apr-15, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-025-00784-2
PMID:40234384
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研究论文 | 本研究揭示了衰老诱导的p21高表达巨噬细胞通过Zfp36/IL-27轴抑制CD8+ T细胞功能,从而减轻肾移植排斥反应的机制 | 首次发现衰老相关巨噬细胞通过Zfp36调控IL-27表达影响CD8+ T细胞功能的免疫抑制机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床验证仍需进一步开展 | 探究衰老免疫系统对肾移植排斥反应的影响机制 | 肾移植受者和小鼠移植模型 | 免疫学 | 肾移植排斥反应 | 单细胞转录组分析,基因敲除,siRNA沉默,中和抗体 | 小鼠肾移植模型,条件性基因敲除模型 | 临床数据,单细胞转录组数据,体外功能实验数据 | 来自中国和德国两个医疗中心的临床数据,小鼠移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9439 | 2025-10-07 |
Redefining the high variable genes by optimized LOESS regression with positive ratio
2025-Apr-15, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06112-5
PMID:40234751
|
研究论文 | 开发了一种基于优化LOESS回归的单细胞RNA测序特征选择算法 | 利用优化的局部加权散点平滑回归精确捕捉基因平均表达水平与阳性比率的关系,同时最小化过拟合 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的特征选择效果 | 单细胞RNA测序数据中的高变基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | LOESS回归 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 9440 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic dynamics of scallop heart reveals the heterogeneous response to heat stress
2025-Apr-15, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02210-1
PMID:40234911
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了扇贝心脏在热应激下的异质性响应机制 | 首次在开放循环系统动物中揭示心室肌细胞和心房肌细胞对热应激的差异化响应模式,并鉴定出关键热响应基因PLRP2-like | 研究仅针对单一物种,未涉及其他开放循环系统动物的比较分析 | 探究开放循环系统动物心脏对高温应激的细胞异质性响应机制 | 软体动物模型Argopecten irradians(扇贝)的心脏组织 | 单细胞生物学 | 热应激反应 | 单细胞RNA测序,RNA干扰 | NA | 单细胞转录组数据,形态学数据,代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |