单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
921	2025-07-04	Sp140L Is a Novel Herpesvirus Restriction Factor 2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.13.628399 PMID:39713285	研究论文	该研究揭示了Sp140L作为一种新型疱疹病毒限制因子，其在抵抗疱疹病毒感染中的作用机制	首次发现Sp140L作为疱疹病毒的限制因子，并揭示了其在干扰素非依赖性先天免疫反应中的作用	研究主要关注EB病毒和疱疹病毒saimiri，对其他DNA病毒的适用性需要进一步验证	探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制，特别是EBNA-LP蛋白在其中的作用	EB病毒(EBV)和疱疹病毒saimiri	病毒学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	EBNA-LP敲除模型	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，使用EBNA-LP敲除感染的B细胞
922	2025-07-04	[Research Advances in the Replication of Animal Models for Periodontal Diseases] 2025-Mar-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition DOI:10.12182/20250360103 PMID:40599292	综述	本文综述了近年来牙周病动物模型的复制方法及其特点，并提出了一个整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架	提出了整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架，以克服现有研究挑战	当前可用的牙周炎动物模型难以同时捕捉疾病复杂性、追踪动态修复过程并满足转化需求	研究牙周病的病理机制及治疗方法	啮齿类动物模型	牙周病研究	牙周病	空间转录组学、单细胞测序、荧光成像	NA	NA	NA
923	2025-07-04	Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens 2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.17.643805 PMID:40166301	research paper	该研究探讨了新生儿MR1T细胞的TCR使用多样性、细胞毒性降低以及对常见儿童病原体反应能力的不足	揭示了新生儿MR1T细胞与成人相比具有更广泛的TCR使用多样性、较低的细胞毒性和对常见儿童病原体反应能力的限制	研究样本量较小（n=5），且仅针对特定MR1-5-OP-RU-tetramer(+)细胞进行分析	了解新生儿MR1T细胞的免疫特性及其在新生儿败血症中的作用	新生儿脐带血和成人外周血中的MR1T细胞	免疫学	新生儿败血症	单细胞RNA测序/TCR测序（scRNA-seq/scTCR-seq）	NA	基因表达数据和TCR序列数据	5例新生儿脐带血样本和5例成人外周血样本
924	2025-07-04	SpatialDeX Is a Reference-Free Method for Cell-Type Deconvolution of Spatial Transcriptomics Data in Solid Tumors 2025-Jan-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1472 PMID:39387817	研究论文	开发了一种名为SpatialDeX的参考自由方法，用于在固体肿瘤的空间转录组数据中进行细胞类型去卷积	SpatialDeX是一种基于回归模型的方法，无需单细胞RNA-seq参考即可估计肿瘤ST点中的细胞类型比例，并在性能上与基于参考的方法相当，优于其他参考自由方法	NA	开发一种无需单细胞RNA-seq参考的方法，用于解析空间转录组数据中的细胞类型比例，以更深入地了解肿瘤微环境的动态	固体肿瘤的空间转录组数据	数字病理学	肿瘤	空间转录组学(ST)	回归模型	基因表达数据	NA
925	2025-07-04	Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing 2025-Jan, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00755-4 PMID:39537987	research paper	该研究通过Xenium空间转录组学技术识别了一种在伤口愈合过程中诱导产生的具有促炎特征的p21高表达衰老细胞群，并发现清除这些细胞可以加速伤口闭合	首次识别并描述了p21高表达衰老细胞群在伤口愈合中的独特作用，揭示了其通过NF-κB抑制部分介导的机制	未明确p21高表达衰老细胞群的具体分子机制及其与其他类型衰老细胞的相互作用	探究衰老细胞在组织重塑中的多功能性，特别是p21高表达细胞在伤口愈合中的作用	p21高表达的衰老细胞	生物医学	伤口愈合	Xenium空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
926	2025-07-04	Triple-Negative Breast Cancer on the Rise: Breakthroughs and Beyond 2025, Breast cancer (Dove Medical Press) DOI:10.2147/BCTT.S516125 PMID:40599557	综述	本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）的发病率上升、分子遗传学特征、治疗进展及个性化诊断和治疗的新趋势	总结了TNBC的最新治疗进展，包括免疫检查点抑制剂、PARP抑制剂和抗体药物偶联物的应用，以及机器学习成像和空间转录组学等诊断工具的进展	作为综述文章，未涉及原始研究数据，主要依赖已有文献的综合分析	探讨TNBC的发病率、分子机制、治疗选择和诊断技术的进展	三阴性乳腺癌（TNBC）及其患者群体	数字病理学	乳腺癌	机器学习成像、空间转录组学	NA	NA	NA
927	2025-07-04	Identification of anoikis-related subtypes and a risk score prognosis model, the association with TME landscapes and therapeutic responses in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1602831 PMID:40599775	研究论文	本研究通过分析肝癌中与失巢凋亡相关基因的表达、突变和拷贝数变异，建立了预后风险评分模型，并探讨了其与肿瘤微环境特征和免疫治疗反应的关系	首次在肝癌中鉴定了两种不同的失巢凋亡亚型，并开发了一个基于TTC26和TPX2的双基因预后模型，揭示了TTC26在肝癌细胞增殖、迁移和侵袭中的促进作用	研究主要基于公共数据集，需要更多独立队列验证模型的临床适用性	阐明失巢凋亡相关基因在肝癌中的预后意义和治疗相关性	肝癌患者和肝癌细胞系	肿瘤基因组学	肝癌	WGCNA, LASSO Cox回归, 单细胞RNA-seq	预后风险评分模型	基因表达数据, 突变数据, 拷贝数变异数据	公共数据集中的肝癌样本
928	2025-07-04	Single-cell RNA sequencing: new insights for pulmonary endothelial cells 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1576067 PMID:40599812	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肺内皮细胞（PECs）研究中的新见解及其在生理和病理条件下的应用	利用scRNA-seq技术揭示了PECs在表型多样性和分子特征上的异质性，及其在肺微环境中的空间定位依赖性	未提及具体的技术限制或样本量不足等问题	探讨scRNA-seq在PECs研究中的应用及其对肺病理生理学治疗的推动作用	肺内皮细胞（PECs）	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
929	2025-07-03	Hydroxychloroquine cures autoimmune myocarditis by inhibiting the innate immune system via the C-X-C motif chemokine ligand 16 and C-X-C motif receptor 6 axis between macrophages and T cells 2025-Aug, British journal of pharmacology IF:6.8Q1 DOI:10.1111/bph.70028 PMID:40222951	研究论文	本研究评估了羟氯喹（HCQ）通过抑制先天免疫系统中的CXCL16和CXCR6轴治疗自身免疫性心肌炎的疗效	揭示了HCQ通过抑制YY1转录因子下调CXCL16表达，从而减少Th17和NKT细胞的趋化作用，改善心肌炎的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	评估HCQ治疗心肌炎的疗效及其作用机制	实验性自身免疫性心肌炎（EAM）小鼠模型	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blotting	小鼠EAM模型	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	未明确提及具体样本数量，使用EAM小鼠模型
930	2025-07-03	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Functional Exhaustion of T Cells in Oral Lichen Planus 2025-Aug, Molecular oral microbiology IF:2.8Q3 DOI:10.1111/omi.12495 PMID:40366262	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示口腔扁平苔藓中T细胞的功能耗竭	首次使用单细胞RNA测序技术揭示口腔扁平苔藓中T细胞的组成和异质性，并发现CD8+耗竭T细胞的增加	样本量较小（仅3名患者和3名健康个体），且动物模型可能无法完全模拟人类疾病	研究口腔扁平苔藓的发病机制，特别是T细胞在其中的作用	口腔扁平苔藓患者和健康个体的口腔黏膜组织，以及小鼠慢性炎症模型	单细胞测序	口腔扁平苔藓	scRNA-seq, RT-qPCR, HE染色, 免疫荧光染色	小鼠慢性炎症模型	单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 组织病理学数据	3名口腔扁平苔藓患者和3名健康个体的口腔黏膜组织
931	2025-07-03	Machine learning-based integration develops a hypoxia-derived signature for improving outcomes in glioma 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112023 PMID:40585359	研究论文	该研究通过机器学习整合开发了一个基于缺氧微环境的特征，用于改善胶质瘤的预后	首次利用单细胞RNA测序分析揭示了缺氧微环境中不同类型细胞间的异质性通讯，并开发了一个11基因特征来预测临床结果	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证	研究缺氧微环境在胶质瘤中的临床意义并开发预后工具	胶质瘤患者	机器学习	胶质瘤	单细胞RNA测序，RT-qPCR	机器学习	基因表达数据	六个队列的胶质瘤患者样本
932	2025-07-03	BDNF as a Key Mediator in Eosinophilic Inflammation in CRSwNP: Insights From Transcriptomic and Functional Analysis 2025-Jul-02, International forum of allergy & rhinology IF:7.2Q1 DOI:10.1002/alr.23628 PMID:40600933	研究论文	本研究探讨了脑源性神经营养因子（BDNF）在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中作为嗜酸性炎症关键介质的作用	首次将BDNF定位为CRSwNP中上皮细胞-嗜酸性粒细胞相互作用的关键调控因子，并揭示了其通过Th2通路和JAK/STAT信号传导促进炎症的机制	样本量相对较小（23个鼻黏膜样本和95个鼻腔分泌物），且主要关注嗜酸性CRSwNP亚型	阐明BDNF在CRSwNP发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者（特别是嗜酸性亚型）的鼻黏膜组织和鼻腔分泌物	免疫病理学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）	Bulk-RNA测序、ELISA、免疫荧光染色、单细胞RNA测序、流式细胞术、transwell实验	NA	转录组数据、蛋白质定量数据、细胞实验数据	23个鼻黏膜样本和95个鼻腔分泌物样本
933	2025-07-03	Exploring the interconnection between PANoptosis and chronic inflammatory diseases: identifying key targets and therapeutic strategies for periodontitis and ulcerative colitis 2025-Jul-02, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04320-7 PMID:40600991	研究论文	本研究探讨了PANoptosis与慢性炎症性疾病（如牙周炎和溃疡性结肠炎）之间的关联，并识别了关键靶点和治疗策略	首次将PANoptosis与牙周炎和溃疡性结肠炎联系起来，识别了BAG3、LYN和APOE等核心基因作为潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析和小鼠模型，需要进一步临床验证	探索PANoptosis在慢性炎症性疾病中的作用机制并识别潜在治疗靶点	牙周炎(PD)和溃疡性结肠炎(UC)	生物医学	牙周炎, 溃疡性结肠炎	差异表达分析, 加权基因共表达网络分析, GO和KEGG富集分析, LASSO和SVM-RFE算法, 单细胞RNA测序, 分子对接模拟	DSS诱导的UC小鼠模型	基因表达数据	GSE16134(PD)和GSE87466(UC)数据集, 实验小鼠模型
934	2025-07-03	Gene expression and hormonal signaling in osteoporosis: from molecular mechanisms to clinical breakthroughs 2025-Jul, Journal of biomaterials science. Polymer edition DOI:10.1080/09205063.2024.2445376 PMID:39729311	综述	本文综述了骨质疏松症管理中基因表达和激素调控的最新发现，包括单细胞RNA测序和长链非编码RNA等新方法	介绍了骨质疏松症治疗中的最新方法，如单细胞RNA测序、长链非编码RNA研究，以及基于遗传和激素变异的个性化治疗策略	需要进一步研究和科学家与临床医生的合作，以将这些新发现应用于实际医疗中	探讨骨质疏松症的分子机制和临床治疗突破	骨质疏松症的基因表达和激素信号传导	医学研究	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
935	2025-07-03	Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human BAL Cells by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA PMID:40392631	研究论文	比较基于液滴和微孔的方法对冷冻保存的人类BAL细胞进行单细胞RNA测序的效果	首次比较了两种冷冻保存和单细胞RNA测序方法在人类BALF细胞中的应用效果，特别是对肺泡巨噬细胞、上皮细胞、肥大细胞和T细胞的转录本和基因计数有显著差异	研究仅基于四个BALF样本，样本量较小	解决人类样本冷冻保存和单细胞RNA测序方法的选择问题	人类BALF细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	四个BALF样本
936	2025-07-03	Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer 2025-Jul, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432 PMID:40424767	研究论文	该研究通过整合AI/ML和多组学方法，探讨了TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的潜在治疗靶点作用	结合了多组学分析、深度学习驱动的QSAR建模和基于transformer的深度学习方法SELFormer，首次预测并验证了TNFRSF10A作为胰腺癌的治疗靶点	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探索胰腺癌中TNFRSF10A/TRAILR1的潜在治疗靶点作用	胰腺导管腺癌(PDAC)及其微环境中的癌细胞	数字病理学	胰腺癌	多组学分析（基因组学、单细胞空间转录组学、蛋白质组学、ceRNA网络分析）、QSAR建模、分子动力学模拟	transformer-based deep learning (SELFormer), QSAR	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、化学结构数据	NA
937	2025-07-03	Analysis of Hyperexpanded T Cell Clones in SARS-CoV-2 Vaccine-Associated Liver Injury by Spatial Proteomics and Transcriptomics 2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.70172 PMID:40522253	研究论文	通过空间蛋白质组学和转录组学分析SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤中的超扩增T细胞克隆	使用新型的mIF-RISH结合方法和Xenium原位平台进行单细胞空间转录组学分析，首次在SV ALI患者肝脏样本中定位和表征超扩增CD8+ T细胞克隆	研究仅基于一例严重SV ALI患者的肝脏样本，样本量较小	阐明SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤(SV ALI)的免疫病理机制	SV ALI患者的肝脏移植样本中的T细胞克隆	空间多组学	肝损伤	T细胞受体测序、多重免疫荧光(mIF)、RNA原位杂交(RISH)、Xenium原位单细胞空间转录组学	NA	空间多组学数据(蛋白质组+转录组)	1例SV ALI患者的肝脏移植样本
938	2025-07-03	Integration of Machine Learning Algorithms and Single-Cell Sequencing Analysis Reveals the Efferocytosis-Related Molecular Subtype and Prognostic Scoring Index in Colon Adenocarcinoma 2025-Jul, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16985 PMID:40296254	研究论文	通过整合机器学习算法和单细胞测序分析，揭示了结肠腺癌中与胞葬作用相关的分子亚型和预后评分指数	首次在结肠腺癌中整合多组学数据和机器学习算法，开发了与胞葬作用相关的分子亚型及预后评分系统，并验证了TIMP1作为关键调节因子的作用	研究结果需要进一步的临床验证，且样本来源仅限于公共数据库	探究结肠腺癌中胞葬作用相关基因的分子特征及其临床意义	结肠腺癌患者的多组学数据及体外功能实验	生物信息学	结肠腺癌	单细胞测序、多组学整合分析、机器学习算法	机器学习算法（未指定具体模型）	多组学数据（基因表达、单细胞测序等）	162个胞葬作用相关基因，22个在结肠腺癌中异常表达的基因
939	2025-07-03	Single-nuclei sequencing of Moricandia arvensis reveals bundle sheath cell function in the photorespiratory shuttle of C3-C4 intermediate Brassicaceae 2025-Jul-01, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/eraf245 PMID:40590299	研究论文	本研究通过单核RNA测序技术揭示了Moricandia arvensis中束鞘细胞在C3-C4中间型光合作用中的功能	首次利用单核RNA测序技术研究Brassicaceae科C3-C4中间型植物的细胞特异性表达模式，揭示了与光呼吸反应相关的基因表达变化	研究仅限于Brassicaceae科中的一个物种，结果可能不具有广泛代表性	探究C3-C4中间型植物中细胞特异性如何影响相互关联的代谢途径	Moricandia arvensis（具有C3-C4中间型特征的Brassicaceae植物）和拟南芥（C3植物）	植物分子生物学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 电子显微镜免疫金标记	NA	RNA测序数据, 显微镜图像	Moricandia arvensis和拟南芥的叶片组织
940	2025-07-03	Stem Cells within the HPA Axis in Tissue Homeostasis and Disease 2025-Jul-01, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf039 PMID:40590582	综述	本文综述了HPA轴中干细胞在组织稳态和疾病中的作用，包括其起源、定位、性别特异性活动以及在病理生理条件下的功能	总结了单细胞RNA测序揭示的HPA轴干细胞群体的异质性，并探讨了在衰老过程中替换丢失或受损干细胞的新兴策略	对HPA轴干细胞动态组织可塑性的机制理解仍有限，尤其是在人类中的研究不足	探讨HPA轴中干细胞在组织稳态和疾病中的作用及其潜在治疗应用	HPA轴中的干细胞和祖细胞	干细胞生物学	代谢疾病、癌症、应激相关疾病	单细胞RNA测序、体外分化技术	NA	NA	NA