单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
921	2025-04-02	Simultaneous inference for generalized linear models with unmeasured confounders 2025-Mar-15, ArXiv PMID:37744467	研究论文	本文研究了在存在混杂效应的情况下，多元广义线性模型的大规模假设检验问题，并提出了一种统一的统计估计和推断框架	提出了一种利用正交结构并将线性投影整合到三个关键阶段的统一框架，以解决混杂效应导致的偏差问题	需要样本和响应量趋近于无穷大才能保证渐近z检验的有效性	解决基因组研究中由于未测量的混杂因素导致的标准统计方法偏差问题	多元广义线性模型中的大规模假设检验	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义线性模型	基因表达数据	NA
922	2025-04-02	Charting Postnatal Heart Development Using In Vivo Single-Cell Functional Genomics 2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.10.642473 PMID:40161658	研究论文	通过整合单核转录组学和基于图像的空间转录组学，绘制出生后心脏发育的时间空间图谱，揭示心肌细胞成熟的动态调控网络	开发了PIP-seq（基于探针的Indel可检测扰动测序）高通量平台，用于在单核分辨率下直接捕获sgRNA表达、扰动状态和转录组图谱，并鉴定了21个心肌细胞成熟的新调控因子	NA	解析出生后心脏发育的调控机制，特别是心肌细胞成熟的动态过程	出生后心脏的细胞类型，特别是心肌细胞	功能基因组学	心血管疾病	单核转录组学、空间转录组学、PIP-seq	NA	转录组数据、空间转录组数据	NA
923	2025-04-02	High throughput identification of genetic regulators of microglial inflammatory processes in Alzheimer's disease 2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.09.642133 PMID:40161839	research paper	该研究通过CRISPR抑制筛选和单细胞RNA测序技术，系统研究了阿尔茨海默病GWAS变异如何影响人类小胶质细胞的炎症反应	首次结合CRISPRi筛选和scRNA-seq技术，系统解析AD GWAS变异对小胶质细胞炎症状态的调控机制	研究主要基于hiPSC来源的小胶质细胞模型，与体内真实情况可能存在差异	阐明阿尔茨海默病遗传风险因素调控小胶质细胞炎症反应的分子机制	人类诱导多能干细胞来源的小胶质细胞(iMGLs)	基因组学	阿尔茨海默病	CRISPR抑制筛选(CRISPRi), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), CROP-seq	hiPSC-derived microglia模型	基因组数据, 转录组数据	针对119个AD GWAS位点进行筛选
924	2025-04-02	A single-cell atlas of circulating immune cells over the first 2 months of age in extremely premature infants 2025-Mar-05, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr0942 PMID:40043141	research paper	该研究通过单细胞RNA测序等技术，分析了极早产婴儿出生后头两个月内循环免疫细胞的动态变化	首次在极早产婴儿中进行了纵向多组学分析，揭示了其外周免疫发育的独特轨迹	样本量较小（仅10名极早产婴儿），且未评估长期临床结局	了解极早产婴儿外周免疫系统的发育特征	极早产婴儿（EPIs）、健康成人、早产和足月脐带血样本	免疫学	早产儿相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T和B细胞受体测序、磷酸化蛋白质质谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	10名极早产婴儿（1周、1个月和2个月时采样）及对照样本
925	2025-04-02	Kurarinone regulates Th17/Treg balance and ameliorates autoimmune uveitis via Rac1 inhibition 2025-Mar, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.03.013 PMID:38522752	研究论文	研究探讨了苦参酮（KU）通过抑制Rac1调节Th17/Treg平衡并改善自身免疫性葡萄膜炎（AU）的作用机制	首次利用单细胞RNA测序技术全面描绘KU治疗的EAU小鼠免疫景观，并发现KU通过抑制Rac1和Id2/Pim1轴改善Th17/Treg平衡	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验验证	探究KU对自身免疫性葡萄膜炎的治疗效果及其调节机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型和葡萄膜炎患者外周血单核细胞（PBMCs）	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），siRNA干扰，选择性抑制剂	EAU动物模型	RNA测序数据，细胞分析数据	EAU小鼠模型和人类PBMCs样本
926	2025-04-02	Integrative single-cell and spatial transcriptome analysis reveals heterogeneity of human liver progenitor cells 2025-Mar-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000662 PMID:40008906	research paper	通过整合单细胞和空间转录组分析，揭示人类肝脏祖细胞的异质性	首次在人类肝脏中系统性地研究了肝脏祖细胞的异质性，并发现了其与胆管细胞的空间共定位	样本量相对有限，仅分析了4种肝脏状态下的细胞	探究人类肝脏祖细胞的异质性及其在肝脏再生中的作用	人类肝脏祖细胞(LPCs)	digital pathology	liver disease	spatial transcriptomics sequencing	NA	single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics	259,400个单细胞，来自胎儿、健康、肝硬化和肝癌影响的肝脏
927	2025-04-02	Polygenic enrichment analysis in multi-omics levels identifies cell/tissue specific associations with schizophrenia based on single-cell RNA sequencing data 2025-Mar, Schizophrenia research IF:3.6Q1 DOI:10.1016/j.schres.2025.02.008 PMID:40036903	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据，在多组学水平上进行多基因富集分析，以识别与精神分裂症相关的细胞/组织特异性关联	使用单细胞疾病相关性评分（scDRS）算法，在单细胞分辨率下将大脑单细胞RNA测序与精神分裂症风险联系起来，并识别出与精神分裂症相关的基因过表达的细胞类型	样本量较小（59个SCUBE3表达细胞和21个FN1表达细胞），可能限制结果的普遍性	探索精神分裂症的细胞起源和组织异质性，以深入了解疾病病因	大脑单细胞RNA测序数据及多组学面板（ATAC-seq、RNA-seq、TWAS和GWAS）中的精神分裂症相关基因	生物信息学	精神分裂症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATAC-seq、RNA-seq、TWAS、GWAS	scDRS算法	单细胞RNA测序数据、多组学数据	59个SCUBE3表达细胞和21个FN1表达细胞
928	2025-04-02	Unraveling enhanced liver regeneration in ALPPS: Integrating multi-omics profiling and in vivo CRISPR in mouse models 2025-Mar-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000630 PMID:40048448	研究论文	本研究通过建立小鼠模型，结合多组学分析和CRISPR基因编辑技术，探讨了ALPPS手术在促进肝脏再生中的优势及其分子机制	首次整合RNA-seq、microRNA-seq和scRNA-seq多组学分析，结合CRISPR-cas9体内验证，揭示了ALPPS促进肝脏再生的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究ALPPS手术促进肝脏再生的分子机制	小鼠肝脏组织	分子生物学	肝脏疾病	RNA-seq, microRNA-seq, scRNA-seq, CRISPR-cas9	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
929	2025-04-02	Single-cell RNA sequencing of the spleen reveals differences in Salmonella typhimurium infection mechanisms between different chicken breeds 2025-Feb, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104669 PMID:39793244	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究不同鸡品种脾脏在沙门氏菌感染中的免疫反应差异	首次对鸡脾脏进行单细胞转录组分析，比较了北京油鸡和科宝肉鸡在细菌感染后的免疫反应差异	仅研究了两种鸡品种，结果可能不适用于其他品种	探究不同鸡品种对沙门氏菌感染的免疫反应机制差异	北京油鸡和科宝肉鸡的脾脏CD45+免疫细胞	单细胞转录组学	细菌感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	54,487个细胞
930	2025-04-02	Combining machine learning and single-cell sequencing to identify key immune genes in sepsis 2025-01-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85799-1 PMID:39789158	research paper	本研究通过结合机器学习和单细胞测序技术，识别脓毒症中的关键免疫基因	结合多种机器学习算法和单细胞测序数据，识别并验证了脓毒症中的关键免疫基因	样本量较小（脓毒症患者23例，健康对照10例），可能影响结果的普遍性	识别脓毒症的新型生物标志物	脓毒症患者和健康对照的外周血样本	machine learning	sepsis	RNA-seq, qPCR, single-cell sequencing	Random Forest, LASSO regression, SVM, XGBoost, Logistic regression, AdaBoost, KNN	RNA sequencing data	脓毒症患者23例，健康对照10例
931	2025-04-02	Integrative bioinformatics and immunohistochemical analysis unravel the prognostic significance and immunological implication of LIMCH1 in breast cancer: a retrospective study 2025-01-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85255-0 PMID:39789044	research paper	通过整合生物信息学和免疫组化分析，揭示LIMCH1在乳腺癌中的预后意义和免疫学影响	首次将生物信息学分析与临床免疫组化数据结合，研究LIMCH1在乳腺癌中的预后价值和免疫微环境影响	回顾性研究设计可能引入选择偏倚，需要前瞻性研究验证	探索LIMCH1作为乳腺癌预后标志物和治疗靶点的潜力	乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	bioinformatics analysis, immunohistochemistry (IHC), single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	nomogram	genomic data, clinical data, image data	TCGA队列和临床IHC队列数据
932	2025-04-02	Genetic associations of plasma metabolites with immune cells in hyperthyroidism revealed by Mendelian randomization and GWAS-sc-eQTLs xQTLbiolinks analysis 2025-01-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85664-1 PMID:39779799	research paper	该研究利用孟德尔随机化（MR）和GWAS-sc-eQTLs xQTLbiolinks分析，探讨了血浆代谢物与免疫细胞在甲状腺功能亢进症（HD）中的遗传关联	首次揭示了特定免疫细胞表型（如CD25在幼稚成熟B细胞和CD8+NKT细胞上）与HD之间的因果关系，并发现硫酸百里香酚作为潜在代谢介质	研究结果依赖于GWAS数据的可用性和质量，且样本主要来自欧洲人群，可能限制结果的普适性	探究免疫细胞表型、HD及血浆代谢物之间的因果关系和潜在机制	免疫细胞表型、HD患者及血浆代谢物	遗传学与免疫学	甲状腺功能亢进症	孟德尔随机化（MR）、GWAS、sc-eQTL分析	MR-Egger、MR-PRESSO、多变量MR	基因组数据、代谢组数据	免疫细胞表型GWAS数据（n=18,622）、HD数据（3,731病例，480,867对照）、血浆代谢物数据（n=115,078）
933	2025-04-01	Expression of co-signaling molecules TIM-3/Galectin-9 at the maternal-fetal interface 2025-Apr, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.03.002 PMID:40068377	研究论文	研究母胎界面共信号分子TIM-3/Galectin-9的表达及其在维持免疫耐受微环境中的作用	首次系统研究了Galectin-9和TIM-3在母胎界面的分布和功能，揭示了其与妊娠维持的潜在关联	研究主要聚焦于表达分析，功能机制研究有待深入	探究母胎界面免疫耐受微环境的分子机制	母胎界面的免疫细胞和胎盘细胞	生殖免疫学	妊娠相关疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、多重免疫组化	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	永生化人子宫内膜基质细胞及母胎界面组织样本
934	2025-04-01	Endothelial FOSL1 drives angiotensin II-induced myocardial injury via AT1R-upregulated MYH9 2025-Apr, Acta pharmacologica Sinica IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41401-024-01410-9 PMID:39592734	研究论文	本研究探讨了FOSL1/MYH9轴在血管紧张素II（Ang II）诱导的心肌损伤中的作用及其分子机制	揭示了FOSL1通过直接结合MYH9启动子激活其转录，进而导致血管功能障碍的新机制，并发现FOSL1是心肌缺血再灌注诱导的内皮细胞损伤的潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	阐明Ang II诱导心肌损伤的分子机制并探索潜在治疗靶点	小鼠心肌血管重塑及人脐静脉内皮细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序、双荧光素酶报告基因检测、染色质免疫共沉淀	小鼠心肌缺血再灌注模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型和人脐静脉内皮细胞实验
935	2025-04-01	Uncovering somatic genetic drivers in prostate cancer through comprehensive genome-wide analysis 2025-Mar-29, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01623-8 PMID:40156736	研究论文	通过全基因组范围分析揭示前列腺癌中的体细胞遗传驱动因素	识别了150个与前列腺癌有因果关联的基因，其中MSMB基因在所有四项评估中均表现出强一致性	仅44.67%的基因在TCGA数据集中的结果与孟德尔随机化分析一致	探索散发性前列腺癌的体细胞遗传驱动因素	前列腺癌相关基因	基因组学	前列腺癌	eQTL分析、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA-seq、共定位分析	NA	基因组数据、表达数据	UK Biobank（9131病例和173,493对照）、PRACTICAL研究（79,148病例和61,106对照）、FinnGen队列（13,216病例和119,948对照）
936	2025-04-01	The transcription factor LHX2 mediates and enhances oncogenic BMP signaling in medulloblastoma 2025-Mar-28, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-025-01488-6 PMID:40148468	研究论文	本研究探讨了转录因子LHX2在髓母细胞瘤中介导和增强致癌BMP信号通路的机制	揭示了LHX2通过转录诱导BMP I型受体(ACVR1)表达，进而增强BMP信号通路，促进髓母细胞瘤的干性和化疗耐药性	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化仍需进一步验证	探索BMP信号通路在髓母细胞瘤中的作用机制	髓母细胞瘤患者来源的肿瘤组织和细胞模型	肿瘤生物学	髓母细胞瘤	空间转录组学、转录组分析、免疫组织化学分析	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据	多组髓母细胞瘤亚型患者来源的肿瘤样本
937	2025-04-01	Integrative analysis of bulk and single-cell sequencing reveals TNFSF9 as a potential regulator in microsatellite instability stomach adenocarcinoma 2025-Mar-28, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02471-0 PMID:40148957	研究论文	通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了TNFSF9作为微卫星不稳定胃腺癌中潜在的调控因子	首次在微卫星不稳定胃腺癌中识别TNFSF9作为关键基因，并揭示其在肿瘤微环境中的调控作用	样本量相对较小，尤其是单细胞RNA测序样本（MSI=7，Non-MSI=19）	阐明微卫星不稳定胃腺癌中肿瘤微环境的差异及其潜在机制	胃腺癌患者的肿瘤组织和细胞系（SNU-1和AGS）	数字病理	胃腺癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序，免疫组化（IHC），定量PCR（qPCR），Western blot（WB）	NA	RNA测序数据，免疫组化图像，蛋白质印迹数据	单细胞RNA测序：MSI=7，Non-MSI=19；批量RNA测序：MSI=39，Non-MSI=198；免疫组化：MSI=13，Non-MSI=10
938	2025-04-01	C-FOS promotes the formation of neutrophil extracellular traps and the recruitment of neutrophils in lung metastasis of triple-negative breast cancer 2025-Mar-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03370-2 PMID:40148973	研究论文	本研究探讨了c-FOS在三阴性乳腺癌（TNBC）肺转移中促进中性粒细胞胞外陷阱（NETs）形成和中性粒细胞募集的分子机制	揭示了ROS-p38-cFOS-PAD4轴在TNBC中增加NETs形成和促进炎症因子表达的机制，并提出了靶向该通路的新治疗策略	未明确提及研究的局限性	阐明NETs介导的三阴性乳腺癌肺转移的分子机制，并探索靶向治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者样本和实验模型	癌症研究	三阴性乳腺癌	单细胞测序生物信息学分析、体外和体内实验	NA	生物样本数据、测序数据	未明确提及具体样本数量
939	2025-04-01	Deciphering the preeclampsia-specific immune microenvironment and the role of pro-inflammatory macrophages at the maternal-fetal interface 2025-Mar-28, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100002 PMID:40152904	研究论文	本研究通过分析先兆子痫（PE）胎盘中的免疫微环境，揭示了促炎性巨噬细胞（pro-inflam Macs）在PE发病机制中的关键作用	首次揭示了PE特异性免疫细胞网络，并发现促炎性巨噬细胞通过IGF1-IGF1R通路诱导记忆样Th17细胞的产生，从而促进PE的发展和复发	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究先兆子痫胎盘免疫微环境的特异性及其与妊娠糖尿病（GDM）的差异	先兆子痫（PE）和妊娠糖尿病（GDM）患者的胎盘组织	免疫学	先兆子痫	飞行时间细胞术（cytometry by time of flight）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据	未明确提及具体样本数量，但涉及PE、GDM及正常妊娠（NP）的胎盘组织
940	2025-04-01	Synergistic potential of CDH3 in targeting CRC metastasis and enhancing immunotherapy 2025-Mar-28, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13845-2 PMID:40155851	研究论文	本研究探讨了CDH3在结直肠癌转移中的作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了CDH3在结直肠癌转移中的新机制，并提出了阿法替尼作为靶向CDH3的潜在药物	研究主要基于公共数据库分析，需要进一步的实验验证	探索CDH3在结直肠癌转移中的作用及其治疗潜力	结直肠癌组织和相关公共数据库数据	癌症研究	结直肠癌	免疫组织化学、单细胞测序、分子对接	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	多个公共数据库（TCGA、HCMDB、UALCAN等）的结直肠癌样本