本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9341 | 2025-10-07 |
Repertoire-based mapping and time-tracking of T helper cell subsets in scRNA-Seq
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1536302
PMID:40255395
|
研究论文 | 本研究开发了一种利用免疫受体库数据将表型分选的T辅助细胞亚群映射到单细胞RNA测序谱的方法 | 开发了TCR-Track方法,利用免疫受体库数据精确映射T辅助细胞亚群,优于基于CITE-Seq的映射方法 | 研究样本数量有限,仅包含122名供体 | 解析单细胞RNA测序聚类与传统表征的T辅助细胞亚群之间的关系 | CD4+ T辅助细胞亚群 | 单细胞生物学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,CITE-Seq,免疫受体库分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫受体库数据 | 122名供体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9342 | 2025-10-07 |
Single-cell and spatial transcriptomic insights into glioma cellular heterogeneity and metabolic adaptations
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1561388
PMID:40255400
|
综述 | 整合单细胞和空间转录组技术解析胶质母细胞瘤的细胞异质性与代谢重编程 | 首次系统整合单细胞RNA测序与空间转录组技术揭示胶质瘤细胞亚群的空间分布特征及其代谢适应性 | 存在代谢冗余和时空动态变化等未解决挑战 | 解码胶质母细胞瘤代谢景观并探索新型治疗策略 | 胶质母细胞瘤细胞亚群(恶性增殖细胞、干细胞样细胞、间充质样细胞、免疫相关细胞) | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 9343 | 2025-10-07 |
Longitudinal Changes in Peripheral and Alveolar Monocyte and Inflammatory Biomarkers are Distinct in Hypercapnia Patients Following Pulmonary Sepsis-Induced ARDS
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S508311
PMID:40255660
|
研究论文 | 比较肺炎败血症诱发的ARDS患者中高碳酸血症与非高碳酸血症患者的单核细胞和炎症生物标志物的纵向变化 | 首次通过单细胞RNA测序揭示高碳酸血症患者单核细胞表型和细胞因子风暴基因的独特变化模式 | 样本量相对较小(61例患者),研究时间较短(仅7天随访) | 探究高碳酸血症在肺炎败血症诱发ARDS中的免疫学机制 | 肺炎败血症诱发的ARDS患者,包括高碳酸血症和非高碳酸血症两组 | 单细胞组学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,细胞因子检测 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,临床数据 | 61例重症肺炎患者(11例非败血症对照,50例ARDS患者,其中26例高碳酸血症) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9344 | 2025-10-07 |
Integrated multi-omics analysis reveals the functional and prognostic significance of lactylation-related gene PRDX1 in breast cancer
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1580622
PMID:40256656
|
研究论文 | 通过整合多组学分析揭示乳酸化相关基因PRDX1在乳腺癌中的功能和预后意义 | 首次系统研究乳酸化相关基因在乳腺癌中的作用,发现PRDX1是关键基因,并构建了基于PRDX1阳性单核细胞的预后预测模型 | 需要进一步整合其他生物标志物以提高个性化医疗的精确度 | 研究乳酸化相关基因在乳腺癌中的调控机制和预后意义 | 乳腺癌患者和相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 多组学分析,包括GWAS、单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk RNA测序 | Cox回归,LASSO回归 | 基因组数据,转录组数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多个乳腺癌数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9345 | 2025-10-07 |
Immune Landscape Variation in Antineutrophil Cytoplasmic Antibody-Associated Vasculitis Circulation Before and After Plasmapheresis by Single-Cell Transcriptome
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/5531382
PMID:40256686
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析探讨血浆置换前后ANCA相关性血管炎患者外周血免疫细胞的变化 | 开发了新的单核细胞分类方法,并发现特定单核细胞亚群与AAV疾病活动性的相关性 | 样本量有限,机制研究仍需深入验证 | 阐明血浆置换治疗ANCA相关性血管炎的免疫机制 | ANCA相关性血管炎患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | ANCA相关性血管炎 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | AAV患者治疗前后配对样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9346 | 2025-10-07 |
Comprehensive evaluation of methods for identifying tissues or cell types of origin of the plasma cell-free transcriptome
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19241
PMID:40256737
|
研究论文 | 系统评估七种解卷积方法在识别血浆游离RNA组织或细胞来源方面的性能 | 首次综合比较多种解卷积方法在cfRNA溯源分析中的表现,并采用单细胞RNA测序数据作为参考进行深入评估 | 未明确说明样本规模和具体疾病类型,评估方法可能受限于现有数据集的完整性 | 评估不同解卷积方法在识别血浆游离RNA组织细胞来源方面的准确性和稳健性 | 血浆游离RNA及其组织细胞来源 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 解卷积算法 | 七种不同的解卷积方法 | RNA测序数据, 模拟cfRNA数据, 真实血浆cfRNA数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9347 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic reveals network topology changes of cancer at the individual level
2025-Aug, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析癌症和溃疡性结肠炎中细胞类型特异性网络的拓扑结构变化 | 首次在个体水平利用单细胞RNA测序数据构建细胞类型特异性网络,分析不同病理状态下网络拓扑特征的变化 | 仅使用四个公开数据集,样本量有限;分析方法依赖于特定的软件包 | 探究不同病理状态下细胞类型特异性网络拓扑特征的变化规律 | 癌症和溃疡性结肠炎患者的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络、共表达网络 | 单细胞转录组数据 | 四个公开scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9348 | 2025-10-07 |
Multiple omics-based machine learning reveals specific macrophage sub-clusters in renal ischemia-reperfusion injury and constructs predictive models for transplant outcomes
2025-Aug, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本研究通过多组学机器学习方法揭示肾脏缺血再灌注损伤中特定的巨噬细胞亚群,并构建移植结局预测模型 | 创新性地将基因表达矩阵转换为图形像素模块并应用计算机视觉算法构建DGF预测模型,同时使用10种机器学习算法的111种组合开发移植物存活预测特征 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 分析巨噬细胞在IRI中的发育分化特征,识别IRI分子亚型,建立DGF和移植物存活的预测策略 | 肾脏缺血再灌注损伤患者和小鼠模型 | 机器学习,计算机视觉 | 肾脏疾病 | scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, qRT-PCR, WB, IHC | 深度学习算法,随机生存森林,hdWGCNA | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据,图像数据 | GEO数据库中的scRNA-Seq数据和小鼠IRI模型 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 9349 | 2025-10-07 |
scRCA: A Siamese network-based pipeline for annotating cell types using noisy single-cell RNA-seq reference data
2025-May, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110068
PMID:40158457
|
研究论文 | 开发了一种基于孪生网络的scRCA流程,用于使用有噪声的单细胞RNA-seq参考数据准确注释细胞类型 | 首次构建了能够处理参考数据中固有标注错误的计算流程,并开发了解释器评估注释可靠性 | NA | 开发高质量细胞类型注释的计算流程,解决参考数据中噪声问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | 孪生网络 | 基因表达数据 | 14个数据集和4名多发性骨髓瘤患者的独立数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9350 | 2025-10-07 |
Involvement of ryanodine receptors in the contraction of small pulmonary veins
2025-May-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00375.2024
PMID:40183687
|
研究论文 | 本研究探讨了兰尼碱受体在小肺静脉收缩中的作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序和功能性实验证明兰尼碱受体在小肺静脉收缩中的刺激依赖性作用 | 研究主要基于离体肺切片模型,可能无法完全反映体内生理环境 | 阐明兰尼碱受体在小肺静脉平滑肌细胞收缩机制中的作用 | 人和大鼠肺组织中的小肺静脉平滑肌细胞 | 分子生物学 | 肺血管疾病 | 单细胞RNA测序, 离体精准肺切片模型 | NA | 基因表达数据, 功能实验数据 | 人和大鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9351 | 2025-10-07 |
Single-Cell Atlas of the Peripheral Immune Response in Patients With Chronic Hepatitis B
2025-May, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70360
PMID:40255189
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析慢性乙型肝炎患者外周血免疫细胞的组成和转录差异 | 发现新型CD14+CD163+VSIG4+ M2样巨噬细胞群体在严重CHB患者中富集,揭示了免疫耗竭和免疫逃逸机制 | 样本量相对有限,主要关注外周血免疫细胞而未深入分析肝脏局部免疫环境 | 研究慢性乙型肝炎患者的免疫反应失调机制 | 慢性乙型肝炎患者和健康供体的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 慢性乙型肝炎患者和健康供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9352 | 2025-10-07 |
Deciphering the complex clonal heterogeneity of polycythemia vera and the response to interferon alfa
2025-Apr-22, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024012600
PMID:39874500
|
研究论文 | 通过整合集落形成实验与单细胞RNA测序技术,解析干扰素α治疗真性红细胞增多症的克隆异质性机制 | 首次结合集落形成实验与单细胞RNA测序揭示IFN-α通过靶向核糖体基因诱导特定克隆凋亡的治疗机制 | 样本量有限,未涉及其他MPN亚型,机制研究仍需进一步验证 | 探究IFN-α治疗真性红细胞增多症的分子响应机制和克隆异质性 | 真性红细胞增多症患者来源细胞与健康对照细胞 | 单细胞组学 | 真性红细胞增多症 | 单细胞RNA测序,集落形成实验,基因分型 | NA | 单细胞转录组数据 | PV患者和健康对照的细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9353 | 2025-10-07 |
GRLGRN: graph representation-based learning to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-seq data
2025-Apr-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06116-1
PMID:40251476
|
研究论文 | 提出一种基于图表示学习的深度学习模型GRLGRN,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 使用图变换器网络从先验基因调控网络中提取隐含链接,结合注意力机制改进特征提取,实现基因调控关系的预测 | 未明确说明模型在处理高度稀疏单细胞数据时的具体限制 | 从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 基因调控网络中的转录因子与靶基因之间的调控关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图变换器网络, 注意力机制 | 基因表达谱数据 | 7个细胞系数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9354 | 2025-10-07 |
Novel PD-1-targeted, activity-optimized IL-15 mutein SOT201 acting in cis provides antitumor activity superior to PD1-IL2v
2025-Apr-17, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010736
PMID:40250867
|
研究论文 | 本文介绍了一种新型PD-1靶向免疫细胞因子SOT201,通过顺式作用机制展示出优于PD1-IL2v的抗肿瘤活性 | 开发了新型顺式作用免疫细胞因子SOT201,通过PD-1靶向递送减毒IL-15,能更有效地重新激活耗竭CD8+ T细胞 | 研究主要基于小鼠肿瘤模型,临床疗效需进一步验证 | 评估新型PD-1靶向免疫细胞因子SOT201的抗肿瘤疗效和作用机制 | 人类外周血单核细胞、细胞系及小鼠肿瘤模型(MC38、CT26、B16F10、CT26 STK11 KO) | 免疫治疗 | 晚期转移性癌症 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多种小鼠肿瘤模型及体外细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9355 | 2025-10-07 |
Multi-omics analysis reveals key immunogenic signatures induced by oncolytic Zika virus infection of paediatric brain tumour cells
2025-Apr-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-97804-8
PMID:40240536
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了溶瘤寨卡病毒感染儿童脑肿瘤细胞诱导的关键免疫原性特征 | 首次全面研究寨卡病毒感染儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎样横纹肌样瘤的转录组反应,并发现TNF-α信号通路在溶瘤作用中的关键作用 | 分子机制尚未完全阐明,需要进一步实验验证 | 探究溶瘤寨卡病毒感染儿童脑肿瘤细胞的分子机制和免疫反应特征 | 儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎样横纹肌样瘤细胞 | 生物信息学 | 脑肿瘤 | 转录组分析, 49-plex ELISA, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析 | NA | NA |
| 9356 | 2025-10-07 |
JAK3 A573V and JAK3 M511I mutations in peripheral T-cell lymphoma mediating resistance to anti-PD-1 therapy through the STAT3/PD-L1 pathway
2025-Apr-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010783
PMID:40199606
|
研究论文 | 本研究揭示了外周T细胞淋巴瘤中JAK3 A573V和M511I突变通过STAT3/PD-L1通路介导抗PD-1治疗耐药的新机制 | 首次发现JAK3特异性突变(A573V和M511I)通过STAT3/PD-L1通路导致抗PD-1治疗耐药,并证明Tofacitinib对JAK3突变患者更有效 | 研究样本量相对有限(109例患者),且为观察性研究,需要更大规模临床试验验证 | 阐明外周T细胞淋巴瘤抗PD-1治疗耐药的分子机制 | 复发/难治性外周T细胞淋巴瘤患者和细胞系模型 | 肿瘤免疫学 | 外周T细胞淋巴瘤 | 靶向二代测序, 单细胞转录组学, 蛋白质印迹, 流式细胞术 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质数据 | 109例r/r PTCL患者 | NA | 单细胞转录组学, 靶向测序 | NA | NA |
| 9357 | 2025-10-07 |
Genome-coverage single-cell histone modifications for embryo lineage tracing
2025-Apr, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08656-1
PMID:40011786
|
研究论文 | 开发TACIT方法实现小鼠早期胚胎七种组蛋白修饰的单细胞全基因组覆盖分析 | 开发了TACIT方法首次实现单细胞水平七种组蛋白修饰的全基因组覆盖分析,建立了多模态染色质状态注释系统 | 研究仅限于小鼠早期胚胎发育阶段,尚未在其他物种或发育阶段验证 | 探索早期胚胎发育过程中的表观遗传重编程和细胞命运决定机制 | 小鼠早期胚胎(从受精到囊胚形成阶段) | 发育生物学 | NA | 单细胞组蛋白修饰分析,单细胞RNA测序,CRISPR激活 | 机器学习 | 表观基因组数据,转录组数据 | 小鼠早期胚胎单细胞 | NA | 单细胞组蛋白修饰分析,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9358 | 2025-10-07 |
RETRACTION: Exploring Wound Management in Dental Pulp: Utilizing Single-Cell RNA Sequencing for Global Transcriptomic Analysis in Healthy and Inflamed Pulpal Tissues
2025-Apr, International wound journal
IF:2.6Q1
DOI:10.1111/iwj.70539
PMID:40251782
|
撤稿声明 | 关于牙髓伤口管理研究的论文因同行评审过程存在问题而被撤稿 | NA | 论文因同行评审过程被破坏而被撤稿,研究结果不可靠 | 利用单细胞RNA测序分析健康和炎症牙髓组织的转录组 | 牙髓组织 | 数字病理学 | 牙髓疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9359 | 2025-10-07 |
Integrative machine learning approach for identification of new molecular scaffold and prediction of inhibition responses in cancer cells using multi-omics data
2025-Jan-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf006
PMID:40251828
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,识别新的分子支架并预测癌细胞中的抑制反应 | 结合机器学习与多组学数据预测药物反应,并采用相似性搜索方法从ChEMBL数据库识别潜在先导化合物 | 研究为计算机模拟分析,尚未进行实验验证 | 开发预测癌症细胞药物抑制反应的方法并识别新的治疗分子 | 癌细胞系和MDM2抑制剂 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA-seq, 分子对接, 分子动力学 | 机器学习 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9360 | 2025-10-07 |
Understanding developing kidneys and Wilms tumors one cell at a time
2025, Current topics in developmental biology
DOI:10.1016/bs.ctdb.2024.11.005
PMID:40254343
|
综述 | 本文总结了单细胞测序技术在肾脏发育和Wilms肿瘤研究中的应用现状与技术选择 | 系统比较不同单细胞测序技术在肾脏发育和Wilms肿瘤研究中的适用性,并提出技术组合策略 | NA | 评估单细胞测序技术在肾脏发育和Wilms肿瘤研究中的最佳应用方案 | 肾脏发育过程与Wilms肿瘤 | 生物医学 | Wilms肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |