本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9341 | 2025-10-07 |
Targeting mTOR in myeloid cells prevents infection-associated inflammation
2025-Apr-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112163
PMID:40177636
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现mTOR通路在COVID-19患者髓系细胞调控中的关键作用,并开发了靶向髓系细胞的mTOR抑制纳米生物制剂 | 首次开发靶向髓系细胞及其骨髓前体细胞的mTOR抑制纳米生物制剂,证明其能有效抑制感染相关炎症 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果需进一步验证 | 探索mTOR通路在感染相关炎症中的作用并开发相应治疗策略 | COVID-19患者循环免疫细胞、人原代免疫细胞、高炎症和急性呼吸窘迫综合征小鼠模型 | 单细胞测序 | COVID-19 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, F-FDG摄取检测 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据, 代谢活性数据 | COVID-19患者循环免疫细胞、人原代免疫细胞和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9342 | 2025-10-07 |
AXL-Mediated Drug Resistance in ALK-Rearranged NSCLC Enhanced by GAS6 From Macrophages and MMP11 Positive Fibroblasts
2025-Apr, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70006
PMID:39904499
|
研究论文 | 本研究揭示了AXL介导的ALK重排非小细胞肺癌耐药机制,发现肿瘤微环境中巨噬细胞和MMP11阳性成纤维细胞分泌的GAS6增强耐药性 | 首次发现肿瘤微环境中特定CAFs和TAMs亚群是Gas6主要来源,并揭示MMP11上调与耐药性关联 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系实验,人类患者样本验证有限 | 探究ALK重排NSCLC对alectinib耐药的分子机制 | ALK重排非小细胞肺癌细胞系H3122、小鼠模型、患者样本 | 癌症生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 患者耐药样本、细胞系和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9343 | 2025-10-07 |
High-throughput single cell -omics using semi-permeable capsules
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.642805
PMID:40166174
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于半透性胶囊的高通量单细胞多组学技术 | 开发了半透性胶囊技术,克服了液滴微流控系统长期培养的限制,支持单细胞克隆扩增并提供优异的转录本捕获能力 | NA | 开发适用于多种高通量核酸分析的单细胞多组学技术 | 造血系统疾病患者的白细胞,特别是急性髓系白血病样本 | 单细胞多组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序,数字PCR,基因组测序,FACS分选 | NA | 单细胞转录组数据 | 造血系统疾病患者的白细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | CapSeq(胶囊测序) | 基于半透性胶囊的单细胞测序技术 |
| 9344 | 2025-10-07 |
Mouse-Geneformer: A deep learning model for mouse single-cell transcriptome and its cross-species utility
2025-Mar, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011420
PMID:40106407
|
研究论文 | 开发了针对小鼠单细胞转录组的深度学习模型mouse-Geneformer,并验证其跨物种应用潜力 | 构建了首个基于2100万小鼠单细胞转录组数据预训练的Geneformer模型,并首次系统评估了该模型在跨物种分析中的效用 | 在人类COVID-19模型中的预测结果与人类专用Geneformer仅部分一致,表明物种特异性模型对某些疾病机制捕获存在局限 | 开发适用于小鼠单细胞转录组分析的深度学习模型,并探索其跨物种应用能力 | 小鼠和人类的单细胞转录组数据 | 自然语言处理, 机器学习 | 心肌梗死, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | Transformer Encoder | 单细胞转录组数据 | 2100万个小鼠单细胞转录组图谱 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9345 | 2025-10-07 |
Chemokine Ligands and Receptors Regulate Macrophage Polarization in Atherosclerosis: A Comprehensive Database Mining Study
2025-Mar, CJC open
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.cjco.2024.11.018
PMID:40182401
|
研究论文 | 通过生物信息学方法研究趋化因子配体和受体在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用机制 | 首次通过公共数据库挖掘和单细胞RNA测序数据系统分析趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的网络机制 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证 | 研究趋化因子在动脉粥样硬化发生发展中的作用机制 | 巨噬细胞极化过程及相关趋化因子 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 数据库挖掘, 信号通路富集分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9346 | 2025-10-07 |
Spatial profiling of the interplay between cell type- and vision-dependent transcriptomic programs in the visual cortex
2025-Feb-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2421022122
PMID:39946537
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组分析揭示了视觉经验对初级视觉皮层L2/3神经元细胞类型空间组织和转录程序的调控机制 | 首次结合空间转录组学和单核RNA-seq数据,应用多任务理论揭示L2/3细胞类型空间分区与基因表达连续性的关联,并识别出视觉剥夺诱导的两个独立转录程序 | 研究仅聚焦于L2/3细胞类型,分析基于500个基因的空间转录组数据,可能未涵盖所有相关基因 | 探究视觉经验在关键期内如何影响哺乳动物新皮层神经元细胞类型的空间组织和转录调控 | 初级视觉皮层(V1)的L2/3神经元细胞类型 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组分析, 单核RNA-seq | 多任务理论, 2D流形模型 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 正常饲养和暗饲养条件下的L2/3细胞 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9347 | 2025-10-07 |
A prognostic model based on autophagy-and senescence-related genes for gastric cancer: implications for immunotherapy and personalized treatment
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1509771
PMID:40182050
|
研究论文 | 基于自噬和衰老相关基因构建胃癌预后模型并评估其对免疫治疗和个性化治疗的指导价值 | 首次联合分析自噬和衰老相关基因构建胃癌预后特征,并系统评估其与肿瘤微环境、免疫治疗疗效的关系 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步的前瞻性临床验证 | 开发能够预测胃癌预后和免疫治疗反应的生物标志物模型 | 胃癌患者组织样本和细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞测序,基因表达谱分析,药物敏感性分析 | Cox回归,LASSO回归,共识聚类 | 基因表达数据,临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9348 | 2025-10-07 |
Recent advances in single-cell RNA sequencing of bacteria: Techniques, challenges, and applications
2025-May, Journal of bioscience and bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.jbiosc.2025.01.008
PMID:39984340
|
综述 | 本文综述了细菌单细胞RNA测序技术的最新进展、技术挑战及其在微生物学中的应用 | 系统比较了不同细菌scRNA-seq方法的优劣,并探讨了在微生物生理学、宿主-病原体相互作用等领域的潜在应用 | 细菌mRNA缺乏poly-A尾和单个细菌细胞RNA含量低等技术挑战尚未完全解决 | 总结细菌单细胞RNA测序技术的发展现状和未来方向 | 细菌单细胞转录组 | 微生物组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 板式方法、分裂-汇集条形码技术、液滴基技术 |
| 9349 | 2025-10-07 |
BASELINE: A CRISPR Base Editing Platform for Mammalian-Scale Single-Cell Lineage Tracing
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644238
PMID:40166145
|
研究论文 | 开发了一种基于CRISPR碱基编辑的哺乳动物规模单细胞谱系追踪平台BASELINE | 使用Cas12a腺嘌呤碱基编辑器在50个合成靶位点生成高分辨率谱系树,信息记录量比现有技术提高50倍 | 在细胞工程使小型分布式系统具有挑战性的情况下应用可能受限 | 开发高分辨率单细胞谱系追踪技术 | 哺乳动物细胞谱系,胰腺癌模型 | 基因编辑技术 | 胰腺癌 | CRISPR碱基编辑,单细胞测序 | NA | 基因组编辑记录,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞谱系追踪,碱基编辑 | BASELINE平台 | 使用Cas12a腺嘌呤碱基编辑器在50个合成基因组靶位点进行不可逆编辑 |
| 9350 | 2025-10-07 |
Recurrent Composite Markers of Cell Types and States
2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.17.549344
PMID:37503180
|
研究论文 | 提出RECOMBINE算法,用于识别可定义层次细胞身份的复发性复合标记集 | 开发了首个能够识别复发性复合标记集以定义层次细胞身份的算法,相比现有方法具有更高准确性 | 算法在模拟和生物数据集上的验证仍需更多实际应用场景的测试 | 解码生物复杂性,识别可定义和区分层次细胞身份的可解释复合标记集 | 细胞类型和状态,包括小鼠视觉皮层细胞、CD8+ T细胞状态、肠道亚群和人类多种组织细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | RECOMBINE算法 | 单细胞数据,空间转录组数据 | 多个数据集,包括小鼠视觉皮层、Tabula Sapiens项目的人类多种组织数据 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 9351 | 2025-10-07 |
Uncovering gene and cellular signatures of immune checkpoint response via machine learning and single-cell RNA-seq
2025-Apr-02, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00883-z
PMID:40169777
|
研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和机器学习方法预测免疫检查点抑制剂治疗反应 | 开发了可解释的机器学习模型,在保持单细胞分辨率的同时预测治疗反应,并识别出跨癌种通用的11基因标志物 | 研究主要基于黑色素瘤数据,在其他癌种中的验证仍需进一步研究 | 预测免疫检查点抑制剂治疗反应并识别关键生物标志物 | 黑色素瘤浸润免疫细胞 | 机器学习 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | XGBoost, 强化学习 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9352 | 2025-10-07 |
Characterization of shell field populations in gastropods and their autonomous specification mechanism independent of inter-quartet interactions
2025-Apr-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204538
PMID:40105679
|
研究论文 | 本研究重新探讨了帽贝壳场特化的诱导假说,发现壳场细胞群具有自主特化机制 | 首次在帽贝中证明壳场细胞群(源自第二四分体)的特化不依赖于与其他四分体细胞的相互作用 | 研究仅针对帽贝一种物种,结论在其他软体动物中的普适性有待验证 | 探究软体动物胚胎壳场特化的细胞自主性机制 | 帽贝胚胎和分离的第二四分体(2q)细胞 | 发育生物学 | NA | 双色原位杂交,单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据,转录组数据 | 16细胞期胚胎及分离的2q细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9353 | 2025-10-07 |
Deletion of hepcidin disrupts iron homeostasis and hematopoiesis in zebrafish embryogenesis
2025-Apr-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204307
PMID:40110772
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR/Cas9技术构建铁调素敲除斑马鱼模型,揭示其在胚胎期铁稳态和造血过程中的关键作用 | 首次在斑马鱼模型中证实铁调素缺失导致胚胎铁过载和造血异常,并发现特定血液祖细胞亚型出现铁死亡现象 | 研究局限于斑马鱼模型,需进一步验证在哺乳动物系统中的适用性 | 探究铁调素在斑马鱼胚胎造血过程中的调控机制 | 斑马鱼胚胎和血液祖细胞 | 发育生物学 | 血液疾病 | CRISPR/Cas9基因编辑,单细胞RNA测序 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9354 | 2025-10-07 |
Differentiation stage predicts radiosensitivity in mesenchymal-like pancreatic cancer
2025-Apr-01, International journal of radiation oncology, biology, physics
DOI:10.1016/j.ijrobp.2025.03.034
PMID:40180058
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据开发分化阶段分类器,用于预测间充质样胰腺癌的放射敏感性 | 首次发现胰腺癌细胞分化阶段与放射敏感性相关,并证明染色质压缩状态与分化阶段存在关联 | 研究主要基于细胞系数据,需要进一步临床验证 | 开发基因组分类器预测胰腺癌放射敏感性,实现基因组指导的放射治疗 | 胰腺癌细胞系和胰腺癌患者 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | 基因组分类器 | 基因表达数据 | 45个胰腺癌细胞系,TCGA胰腺癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9355 | 2025-10-07 |
An atlas of early human mandibular endochondral and osteogenic paracrine signaling regions of Meckel's cartilage
2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2420466122
PMID:40096606
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析构建了人类胎儿Meckel软骨的时空图谱,揭示其在下颌骨骨化中的关键作用 | 首次发现Meckel软骨的两个不同区域通过不同机制参与下颌骨骨化过程 | 研究仅涵盖7-15周孕期的胎儿样本,需要进一步验证机制 | 探究Meckel软骨在下颌骨骨化过程中的作用机制 | 人类胎儿Meckel软骨组织 | 空间转录组学 | 口腔颅面疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学分析, 体内谱系追踪 | 小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 7-15周孕期人类胎儿样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 9356 | 2025-10-07 |
Construction of a Single-cell Atlas of Thyroid Cancer
2025-Mar-10, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术构建甲状腺癌的单细胞图谱,揭示肿瘤异质性并探索分子特征 | 首次构建甲状腺癌全景单细胞图谱,发现lncRNA XIST在未分化甲状腺癌中的高表达及其m6A修饰调控机制 | 样本量有限(20例患者),数据来源于公共数据库 | 探索甲状腺癌的肿瘤异质性及其分子特征,为临床分期和治疗策略提供新见解 | 甲状腺癌患者的肿瘤组织、癌旁组织、转移淋巴结和远处转移灶 | 单细胞测序分析 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 生物信息学分析 | 单细胞转录组数据 | 20例患者的27个组织样本(11个原发肿瘤、6个癌旁组织、8个转移淋巴结、2个远处转移) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9357 | 2025-10-07 |
Integrating Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveals the Prognostic Significance of HOXC9-Related Immune Gene Signatures in Hepatocellular Carcinoma
2025, OncoTargets and therapy
IF:2.7Q3
DOI:10.2147/OTT.S509625
PMID:40177614
|
研究论文 | 本研究整合了bulk和单细胞RNA测序数据,构建了基于HOXC9相关免疫基因的风险评分模型,并评估其在肝细胞癌中的预后价值 | 首次整合bulk和单细胞RNA测序数据构建HOXC9相关免疫基因风险评分模型,揭示了其在肝细胞癌预后评估和免疫治疗预测中的新作用 | 研究数据主要来自公共数据库TCGA和GEO,需要进一步实验验证 | 构建HOXC9相关免疫基因风险评分模型并评估其在肝细胞癌预后和免疫治疗中的价值 | 肝细胞癌患者样本和癌细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归分析, CIBERSORT, ESTIMATE算法, 细胞实验 | 风险评分模型, LASSO-Cox回归模型 | RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据, 临床信息 | TCGA和GEO数据库中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 9358 | 2025-04-04 |
Integration of Flow Cytometry and Single-Cell RNA Sequencing Analysis to Explore the Fibroblast Subpopulations in Keloid that Correlate with Recurrence
2025-Apr-03, Advances in wound care
IF:5.8Q1
DOI:10.1089/wound.2024.0262
PMID:40177712
|
研究论文 | 本研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序分析,探索了与瘢痕疙瘩复发相关的成纤维细胞亚群 | 首次鉴定了影响瘢痕疙瘩复发的关键致病性成纤维细胞亚群FB1,并发现CD26+/CD117+/CD34+表型可作为复发预测标志物 | 研究样本来源为公共数据库,缺乏独立验证队列 | 鉴定参与瘢痕疙瘩复发的关键致病性细胞亚群 | 瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞亚群 | 单细胞组学 | 皮肤纤维化疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术(FCM) | 逻辑回归分析 | 单细胞转录组数据、流式细胞数据 | 公共数据库中的瘢痕疙瘩组织样本(具体数量未说明) | NA | NA | NA | NA |
| 9359 | 2025-10-07 |
PKCδ Germline Variants and Genetic Deletion in Mice Augment Antitumor Immunity through Regulation of Myeloid Cells
2025-Apr-02, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0999
PMID:39808445
|
研究论文 | 本研究通过分析种系变异发现PKCδ是癌症免疫治疗的潜在靶点,并证实其缺失可通过调节髓系细胞增强抗肿瘤免疫 | 首次将PKCδ种系变异与肿瘤免疫特征关联,并证明其通过调控巨噬细胞M1/M2表型转换增强抗PD-1/PD-L1疗效 | 主要基于小鼠模型,临床样本验证仍需扩展 | 探索新型癌症免疫治疗靶点 | PKCδ基因变异、髓系细胞、肿瘤微环境 | 癌症免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、基因敲除、条件性基因删除 | NA | 基因表达数据、临床样本数据 | 小鼠模型和临床样本(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9360 | 2024-12-30 |
Correction to: Unveiling the dynamics of B lymphocytes in systemic lupus erythematosus patients treated with belimumab through longitudinal single-cell RNA sequencing
2025-Apr-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae694
PMID:39731783
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |