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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9041 | 2025-10-07 |
Applications of Nanotechnology for Spatial Omics: Biological Structures and Functions at Nanoscale Resolution
2025-01-14, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c11505
PMID:39704725
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综述 | 探讨纳米技术在空间组学中的应用及其对生物结构和功能纳米级分辨率研究的推动作用 | 系统阐述纳米技术如何突破传统空间组学的分辨率限制,实现纳米级精度的生物分子空间分布分析 | 作为综述文章,未涉及具体实验数据验证,主要基于现有文献总结 | 综述纳米技术在空间组学各领域的应用进展与发展前景 | 空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学、表观基因组学和多组学方法 | 空间组学 | NA | 超分辨率显微镜、质谱成像、DNA纳米结构、微流控芯片、DNA条形码 | NA | 空间分子分布数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 空间代谢组学, 空间表观基因组学, 空间多组学 | NA | NA |
| 9042 | 2025-10-07 |
A comprehensive analysis framework for evaluating commercial single-cell RNA sequencing technologies
2025-Jan-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1186
PMID:39675380
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研究论文 | 本研究对九种商业单细胞RNA测序技术进行了全面评估和比较 | 引入了读取利用率指标来区分不同scRNA-seq试剂盒的性能,并首次对四种技术类别的九种商业试剂盒进行系统性比较 | 仅使用单一供体的外周血单个核细胞进行评估,可能无法完全代表其他细胞类型或样本的适用性 | 评估商业单细胞RNA测序技术的性能、成本和实用性 | 外周血单个核细胞(PBMCs) | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 169,262个细胞 | 10x Genomics, BD Biosciences | 单细胞RNA-seq | Chromium Fixed RNA Profiling kit, Rhapsody WTA kit | 10x Genomics Chromium Fixed RNA Profiling(基于探针的RNA检测方法), BD Rhapsody WTA kit |
| 9043 | 2025-10-07 |
Integrating Prior Knowledge Using Transformer for Gene Regulatory Network Inference
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409990
PMID:39605181
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研究论文 | 提出一种基于Transformer的基因调控网络推断框架GRNPT,整合大型语言模型和时序卷积网络自编码器 | 首次将大型语言模型嵌入与scRNA-seq轨迹数据结合,能够预测未见细胞类型和调控因子的调控关系 | NA | 开发更准确和通用的基因调控网络推断方法 | 基因调控网络 | 自然语言处理, 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer, 大型语言模型, 时序卷积网络自编码器 | 基因表达数据, 文本数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9044 | 2025-10-07 |
Accurate Spatial Heterogeneity Dissection and Gene Regulation Interpretation for Spatial Transcriptomics using Dual Graph Contrastive Learning
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202410081
PMID:39605202
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研究论文 | 开发了一种名为stDCL的双图对比学习方法,用于空间转录组数据的空间域识别和基因调控解释 | 提出双图对比学习框架,同时捕捉空间结构和基因调控信息,实现高精度的空间异质性解析 | NA | 准确解析空间转录组数据的空间异质性并解释基因调控机制 | 空间转录组数据,包括复杂皮层数据集和阿尔茨海默病相关星形胶质细胞亚型 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 图对比学习,图嵌入自编码器 | 双图对比学习,图嵌入自编码器 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9045 | 2025-10-07 |
Qingfei Yin alleviates Streptococcus pneumoniae pneumonia by promoting complete autophagy to suppress necroptosis
2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2024.156280
PMID:39637472
|
研究论文 | 本研究探讨清肺饮通过促进完全自噬抑制坏死性凋亡缓解肺炎链球菌肺炎的作用机制 | 首次结合单细胞转录组学揭示清肺饮通过下调p62表达促进完全自噬进而抑制坏死性凋亡的新机制 | 研究主要聚焦肺上皮细胞,其他细胞类型的作用尚未深入探讨 | 探究清肺饮治疗肺炎链球菌肺炎的分子机制 | 肺炎链球菌感染的小鼠模型和TC-1小鼠肺上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 肺炎 | 单细胞转录组测序, 蛋白质印迹, 免疫荧光, 吖啶橙染色, 碘化丙啶染色 | 动物模型, 细胞模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 图像数据 | 113,353个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9046 | 2025-10-07 |
Harnessing machine learning and multi-omics to explore tumor evolutionary characteristics and the role of AMOTL1 in prostate cancer
2025-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138402
PMID:39643184
|
研究论文 | 本研究结合机器学习和多组学技术探索前列腺癌的肿瘤进化特征及AMOTL1基因的作用 | 开发了肿瘤进化特征预测指标TECPI,在预后预测和疗效指导方面优于传统临床预测因子和81个已发表模型 | NA | 探索前列腺癌肿瘤进化特征及其在精准医疗中的应用 | 前列腺癌肿瘤细胞 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞测序, bulk RNA测序, 多组学整合分析 | 机器学习 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 9047 | 2025-10-07 |
PPARα agonist ameliorates cholestatic liver injury by regulating hepatic macrophage homeostasis
2025-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138510
PMID:39647740
|
研究论文 | 本研究探讨PPARα激动剂通过调节肝脏巨噬细胞稳态改善胆汁淤积性肝损伤的免疫调控机制 | 首次结合CyTOF和单细胞RNA测序技术揭示PPARα激动剂通过调节巨噬细胞发育轨迹和极化状态改善胆汁淤积性肝损伤 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明PPARα激动剂改善胆汁淤积性肝损伤的免疫调控机制 | 胆汁淤积小鼠模型中的肝脏巨噬细胞和免疫细胞 | 免疫学 | 胆汁淤积性肝病 | CyTOF, scRNA-seq | NA | 单细胞蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | 胆汁淤积小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 9048 | 2025-10-07 |
Expansion of peripheral cytotoxic CD4+ T cells in Alzheimer's disease: New insights from multi-omics evidence
2025-Jan, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110976
PMID:39657893
|
研究论文 | 通过多组学证据揭示阿尔茨海默病患者外周血中细胞毒性CD4+T细胞的扩增现象及其机制 | 首次在阿尔茨海默病患者外周血中发现CD4细胞毒性T细胞的显著扩增,并鉴定出关键转录因子TBX21和MYBL1以及风险基因SRGN和ITGB1 | 研究主要聚焦于外周血单核细胞,未深入探讨中枢神经系统的免疫反应 | 探究阿尔茨海默病中适应性免疫反应的作用机制 | 阿尔茨海默病患者的外周血单核细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 阿尔茨海默病患者外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9049 | 2025-10-07 |
Control of Cellular Differentiation Trajectories for Cancer Reversion
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202402132
PMID:39661721
|
研究论文 | 提出单细胞布尔网络推断与控制计算框架,识别分化轨迹主调控因子并实现结直肠癌细胞向正常肠上皮细胞逆转 | 开发BENEIN计算框架首次系统识别分化轨迹主调控因子,并通过联合抑制实现癌细胞表型逆转 | 仅针对人类大肠单细胞转录组数据验证,未涉及其他癌症类型或组织 | 识别细胞分化轨迹关键调控因子并探索癌细胞表型逆转策略 | 人类大肠单细胞转录组数据和结直肠癌细胞 | 计算生物学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序 | 布尔网络模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9050 | 2025-10-07 |
Identification of core immune-related genes CTSK, C3, and IFITM1 for diagnosing Helicobacter pylori infection-associated gastric cancer through transcriptomic analysis
2025-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138645
PMID:39667460
|
研究论文 | 通过转录组分析鉴定与幽门螺杆菌感染相关胃癌诊断的核心免疫相关基因CTSK、C3和IFITM1 | 首次整合差异表达基因分析、WGCNA和随机森林模型识别出CTSK、C3和IFITM1作为幽门螺杆菌相关胃癌的关键诊断标志物 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 识别幽门螺杆菌感染导致胃癌的诊断基因和相关机制 | 幽门螺杆菌感染相关胃癌患者的基因表达数据 | 生物信息学 | 胃癌 | 转录组分析, 单细胞RNA测序, 随机森林模型 | 随机森林 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9051 | 2025-10-07 |
Cholesterol restriction primes antiviral innate immunity via SREBP1-driven noncanonical type I IFNs
2025-Jan, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00346-9
PMID:39668245
|
研究论文 | 本研究揭示了胆固醇限制通过SREBP1驱动的非经典I型干扰素增强抗病毒天然免疫的机制 | 首次发现胆固醇合成限制通过SREBP1转录因子诱导非经典I型干扰素(如IFN-ω)表达,从而增强RIG-I介导的抗病毒信号通路 | 研究主要关注特定细胞类型,在人类临床应用的转化价值需要进一步验证 | 探究胆固醇代谢与天然免疫应答之间的分子机制联系 | 细胞系、小鼠模型、肺泡巨噬细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 化学筛选、单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型和特定细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9052 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing unveils dynamic transcriptional profiles during the process of donkey spermatogenesis and maturation
2025-Jan, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110974
PMID:39694081
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了驴精子发生和成熟过程中的动态转录谱 | 首次在驴中构建了精子发生和成熟过程的单细胞转录图谱,鉴定了特定生殖细胞和附睾主细胞的标志基因 | 未在摘要中明确提及研究局限性 | 提供驴精子发生和成熟的全面单细胞景观分析 | 驴睾丸和附睾组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未在摘要中明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9053 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of myofibroblasts in wound repair
2025-Jan, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110982
PMID:39706310
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示伤口修复中肌成纤维细胞的异质性 | 首次在皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常疤痕中系统鉴定出13个细胞簇和11个肌成纤维细胞亚群,发现溃疡中特异性富集的亚群1具有独特的分子特征 | 样本来源仅限于皮肤伤口,未涉及其他组织类型的伤口修复研究 | 探究不同伤口愈合场景下肌成纤维细胞的多样性特征 | 皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常疤痕组织 | 单细胞组学 | 皮肤伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 89,148个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9054 | 2025-10-07 |
Identifying similar populations across independent single cell studies without data integration
2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf042
PMID:40276039
|
研究论文 | 提出一种无需数据整合即可量化独立单细胞研究间细胞群相似性的统计方法 | 开发了无需数据校正或整合即可跨数据集比较细胞群相似性的新方法,避免了信息丢失和人为误差 | NA | 开发跨独立单细胞研究识别相似细胞群体的计算方法 | 单细胞数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞蛋白质组学 | 统计方法 | 单细胞多组学数据 | 成年小鼠运动皮层和脊髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 9055 | 2025-10-07 |
Metabolic alterations and immune heterogeneity in gastric cancer metastasis
2025-May-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112296
PMID:40276776
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了胃癌转移过程中的代谢重编程和免疫异质性 | 首次发现线粒体ATP合成酶亚基ATP5MC2在胃癌早期转移中的独特改变,并构建了胃癌转移的单细胞图谱 | 样本量相对有限(11个胃癌样本和8个转移灶),需要更大规模验证 | 探究胃癌转移过程中的代谢改变和免疫异质性机制 | 胃癌组织样本和转移病灶 | 单细胞测序分析 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 19个样本(11个胃癌原发灶和8个转移灶),共92,842个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9056 | 2025-10-07 |
Integration of Single-Cell and Spatial Transcriptomic Data Reveals Spatial Architecture and Potential Biomarkers in Alzheimer's Disease
2025-May, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-024-04617-3
PMID:39543008
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研究论文 | 本研究整合单细胞和空间转录组数据,揭示阿尔茨海默病患者前额叶皮层的空间结构和潜在生物标志物 | 首次整合多个单细胞RNA测序数据集构建AD患者前额叶皮层的空间架构,发现少突胶质细胞亚型在疾病中的新作用并鉴定出潜在血液生物标志物PLXDC2 | 研究样本数量有限,主要关注前额叶皮层区域,需要更多独立队列验证生物标志物的临床应用价值 | 揭示阿尔茨海默病患者前额叶皮层的细胞组成、空间结构和分子特征 | 正常对照和阿尔茨海默病患者的脑组织样本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 微阵列 | CARD工具, 无监督聚类 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 微阵列数据 | 8个单细胞RNA测序数据集(包含正常对照和AD患者) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 9057 | 2025-10-07 |
Hypoxia-Driven Neurovascular Impairment Underlies Structural-Functional Dissociation in Diabetic Sudomotor Dysfunction
2025-May, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70173
PMID:40276644
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研究论文 | 本研究揭示了缺氧驱动的神经血管损伤是糖尿病自主神经病变中汗腺结构与功能分离的潜在机制 | 首次通过整合转录组和蛋白质组分析发现汗腺微环境对缺氧的反应上调,并利用单细胞RNA测序揭示内皮细胞、神经细胞和汗腺细胞间的复杂通讯网络 | 研究主要基于糖尿病足溃疡患者和小鼠模型,结果在其他糖尿病并发症中的普适性需要进一步验证 | 阐明糖尿病自主神经病变中汗腺功能障碍的分子机制 | 糖尿病患者的汗腺组织、糖尿病神经病变小鼠模型 | 糖尿病并发症研究 | 糖尿病神经病变 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 蛋白质组分析, 组织染色, 组织透明化技术 | 体外SGC-NC相互作用模型(SNIM) | 基因表达数据, 蛋白质数据, 组织图像 | 糖尿病足溃疡患者汗腺组织、糖尿病神经病变小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9058 | 2025-10-07 |
Enhanced Translational Activity Is Linked to Lymphatic Endothelial Cell Activation in Cutaneous Leishmaniasis
2025-Apr-25, Lymphatic research and biology
IF:1.6Q4
DOI:10.1089/lrb.2024.0080
PMID:40279249
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术揭示了皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞的激活状态及其在抗原呈递中的潜在作用 | 首次将淋巴管内皮细胞的翻译活性与其免疫激活状态相关联,并证明其在病变微环境中具有超越其他细胞类型的高翻译活性 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证 | 探究皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞的免疫学功能 | 小鼠皮肤利什曼病模型中的淋巴管内皮细胞 | 单细胞生物学 | 皮肤利什曼病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,嘌呤霉素标记法 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,蛋白质合成数据 | 感染小鼠与对照小鼠的皮肤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9059 | 2025-10-07 |
Transcriptomics, single-cell sequencing and spatial sequencing-based studies of cerebral ischemia
2025-Apr-24, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-02596-2
PMID:40275374
|
综述 | 本文综述了基于转录组学、单细胞测序和空间测序的脑缺血研究进展 | 整合多水平转录组学数据揭示脑缺血的分子机制 | NA | 研究脑缺血的病理生理过程并寻找新的治疗策略 | 脑缺血 | 生物信息学 | 脑缺血 | 转录组学, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 9060 | 2025-10-07 |
Cellular immunotherapy targeting CLL-1 for juvenile myelomonocytic leukemia
2025-Apr-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59040-6
PMID:40268927
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研究论文 | 本研究开发了靶向CLL-1的CAR-T细胞免疫疗法用于治疗幼年型粒单核细胞白血病 | 首次发现CLL-1在JMML细胞表面过表达,并开发了靶向CLL-1的CAR-T细胞疗法 | 目前仅进行了临床前研究,尚未在人体临床试验中验证 | 开发针对幼年型粒单核细胞白血病的新型免疫治疗方法 | 幼年型粒单核细胞白血病患者细胞及白血病干细胞 | 免疫治疗 | 幼年型粒单核细胞白血病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 质谱分析, 流式细胞术 | CAR-T细胞疗法 | RNA测序数据, 蛋白质质谱数据, 流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |