本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 881 | 2026-01-03 |
Multipotent lineage potential in B cell acute lymphoblastic leukemia is associated with distinct cellular origins and clinical features
2025-Jul, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00987-2
PMID:40579588
|
研究论文 | 本研究通过整合89个B-ALL样本的单细胞转录组测序数据与正常B细胞发育图谱,揭示了B-ALL的发育起源与谱系可塑性及临床特征之间的关联 | 首次系统性地将B-ALL单细胞数据与正常B细胞发育图谱整合,揭示了亚型特异性发育阶段关联,并开发了与不良生存相关的'多能性评分' | 研究样本量相对有限(89例),且主要基于转录组数据,可能需要更多功能验证和更大队列验证 | 探索B细胞急性淋巴细胞白血病的发育起源及其与谱系可塑性、治疗反应的关系 | B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)患者样本(89例)及正常人类B细胞发育过程 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 89个B-ALL样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 882 | 2026-01-03 |
Genital herpes shedding episodes associate with alterations in the spatial organization and activation of mucosal immune cells
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.661157
PMID:40667113
|
研究论文 | 本研究探讨了HSV-2感染期间生殖器疱疹脱落对阴道黏膜免疫细胞空间组织和活化的影响 | 首次结合空间转录组学、流式细胞术和免疫荧光成像,系统分析了HSV-2脱落期间阴道黏膜免疫细胞的局部变化 | 研究样本量有限(232名参与者),且未详细探讨长期免疫后果或与其他性传播感染的交互作用 | 研究HSV-2感染对宫颈阴道道免疫的影响,特别是病毒脱落期间的免疫细胞动态 | HSV-2血清阳性和阴性参与者的宫颈阴道组织和血液样本 | 数字病理学 | 生殖器疱疹 | 流式细胞术、免疫荧光成像、可溶性免疫因子分析、空间转录组学 | NA | 组织样本、血液样本、图像数据、转录组数据 | 232名参与者(包括HSV-2血清阳性和阴性个体) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 883 | 2026-01-03 |
Club (Clara) cells in human prostate: A survival guide for conventional histologists/histopathologists
2025-Jan-02, Histology and histopathology
IF:2.5Q2
DOI:10.14670/HH-25-029
PMID:41480713
|
综述 | 本文综述了人类前列腺中Club(Clara)细胞的当前知识,包括其形态、功能和在疾病中的表型转换 | 整合了单细胞RNA测序和RNA原位等先进研究方法,构建了正常和病理前列腺的三维细胞图谱,并首次系统探讨了前列腺Cc细胞的抗炎、再生和免疫调节潜力 | 作为综述文章,未提供新的实验数据,且主要基于现有文献和作者原始材料,可能受限于当前研究进展 | 全面总结前列腺Club(Clara)细胞的生物学特性、功能及其在前列腺疾病中的作用 | 人类前列腺中的Club(Clara)细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, RNA原位 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 884 | 2026-01-03 |
Unveiling Cancer-Related Metaplastic Cells in Both Helicobacter pylori Infection and Autoimmune Gastritis
2025-Jan, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.08.032
PMID:39236896
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中癌症相关化生细胞的相似性 | 首次在幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中鉴定出表达ANPEP/CD13的癌症相关化生细胞亚型 | 未明确说明样本量大小及具体单细胞测序平台细节 | 比较幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎诱导的胃化生细胞特征及其癌症风险 | 小鼠模型和人类参与者(幽门螺杆菌感染及自身免疫性胃炎患者) | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组学,免疫荧光,组织病理学评估 | NA | 转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 885 | 2026-01-03 |
Isolation and Preparation of Embryonic Zebrafish Retinal Cells for Single-Cell RNA Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_6
PMID:39240518
|
研究论文 | 本文描述了一种从斑马鱼胚胎眼睛中可重复制备高质量单细胞悬液的方法,用于单细胞RNA测序 | 提供了针对斑马鱼胚胎眼睛组织的标准化单细胞分离和质量控制方法,解决了该领域获取高质量单细胞悬液的技术难题 | 方法主要针对胚胎期斑马鱼眼睛组织,在其他发育阶段或再生组织中的适用性需要进一步验证 | 建立斑马鱼眼睛组织单细胞RNA测序的标准化实验流程 | 斑马鱼胚胎视网膜细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10× Genomics v3.1系统 |
| 886 | 2026-01-03 |
The Kidney Precision Medicine Project and Single-Cell Biology of the Injured Proximal Tubule
2025-Jan, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.09.006
PMID:39332674
|
综述 | 本文综述了肾脏精准医学项目单细胞RNA测序图谱中定义的近端小管细胞状态,并比较了不同研究中的命名和分类方法 | 整合肾脏精准医学项目与其他重要研究的单细胞数据,统一近端小管细胞状态的转录组标记和分类标准 | 主要基于现有文献综述,缺乏新的实验数据验证 | 理解近端小管在健康和疾病状态下的细胞亚型及其在损伤和再生过程中的转录组变化 | 近端小管细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 887 | 2026-01-03 |
Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease
2025-Jan, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.1177/13872877241299119
PMID:39584353
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,在早期阿尔茨海默病模型中探索了背侧中缝核(DRN)内基因表达的空间差异,并识别出与疾病病理相关的关键基因 | 首次在阿尔茨海默病模型中应用Visium空间基因表达平台,揭示了DRN内不同亚区域对tau病理的敏感性差异,并发现长链非编码RNA Map2k3os可能参与tau磷酸化调控 | 研究依赖于小鼠模型,可能无法完全模拟人类阿尔茨海默病的复杂性,且空间转录组学技术需要结合其他验证方法以克服其局限性 | 识别与阿尔茨海默病病理中5-羟色胺神经元易感性或抗性相关的遗传成分 | 过表达人类tau蛋白的转基因小鼠(htau小鼠)的背侧中缝核 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,RNAscope,免疫组织化学 | NA | 空间基因表达数据,图像数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间基因表达平台 |
| 888 | 2026-01-03 |
ScRNA-Seq Analysis of Tongue Tissues in Chronic Hyperplastic Candidiasis
2025-Jan, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241282948
PMID:39586800
|
研究论文 | 本研究首次对慢性增生性念珠菌病(CHC)影响的舌组织进行了单细胞RNA测序分析,揭示了其微环境变化和免疫学病因 | 首次对CHC舌组织进行单细胞RNA测序分析,构建了全面的细胞图谱和免疫景观,揭示了成纤维细胞在细胞间相互作用中的核心作用,并识别了与炎症和癌变相关的配体-受体对 | NA | 揭示慢性增生性念珠菌病的微环境变化、免疫学病因和潜在恶性转化机制 | 慢性增生性念珠菌病(CHC)影响的舌组织 | 数字病理学 | 口腔念珠菌病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 889 | 2026-01-03 |
Matrix glycosaminoglycans and proteoglycans in human cornea organoids and similarities with fetal corneal stages
2025-Jan, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2024.11.007
PMID:39615587
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫组织化学分析,比较了人角膜类器官与胎儿角膜的糖胺聚糖和蛋白聚糖表达模式,评估其成熟度 | 首次利用单细胞RNA测序技术详细比较人角膜类器官与不同发育阶段胎儿角膜的相似性,并评估糖胺聚糖沉积作为成熟度指标 | 类器官的糖胺聚糖沉积模式仍显示为未成熟组织特征,且不同iPSC系间存在差异,需进一步优化以获得更成熟的基质细胞 | 评估人角膜类器官的发育成熟度,并比较其与胎儿角膜的相似性 | 人角膜类器官(来自iPSC系IMR90.4和NCRM-1)和不同发育阶段的人胎儿角膜 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | 两个iPSC系(IMR90.4和NCRM-1)生成的角膜类器官,以及不同发育阶段的人胎儿角膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 890 | 2026-01-03 |
Induction of a Müller Glial Cell-Specific Protective Pathway Safeguards the Retina From Diabetes-Induced Damage
2025-Jan-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-0199
PMID:39446557
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析糖尿病大鼠视网膜中不同细胞类型的转录变化,揭示了糖尿病敏感细胞类型及Müller胶质细胞通过Zfp36基因发挥保护作用的机制 | 首次利用单细胞转录组学系统描绘糖尿病进展中视网膜细胞类型特异性响应,并鉴定出Zfp36作为Müller胶质细胞保护性通路的关键基因 | 研究仅基于大鼠模型,人类视网膜的响应机制可能不同;单细胞转录组学未能完全揭示蛋白质水平变化 | 阐明糖尿病诱导视网膜病变的细胞类型特异性分子机制,并探索保护性干预靶点 | 糖尿病大鼠模型的视网膜细胞 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 891 | 2024-12-28 |
Advances in Single-Cell Sequencing and Spatial Profiling of Kidney Disease
2025-Jan, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.10.010
PMID:39722281
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 892 | 2026-01-03 |
Visium spatial transcriptomics and proteomics identifies novel hepatic cell populations and transcriptomic signatures of alcohol-associated hepatitis
2025-Jan, Alcohol, clinical & experimental research
DOI:10.1111/acer.15494
PMID:39592394
|
研究论文 | 本研究利用Visium空间转录组学和蛋白质组学技术,识别了酒精性肝炎中的新型肝细胞群及其转录组和蛋白质组变化 | 首次结合空间转录组学和蛋白质组学分析人类酒精性肝炎,揭示了细胞类型、转录组和蛋白质组的全局性改变,并识别了疾病相关肝细胞的基因和蛋白质特征 | 样本量较小(仅2例AH患者和2例非ALD对照),可能限制结果的普遍性和统计效力 | 研究酒精性肝炎的细胞群和分子变化,以识别新型治疗靶点 | 人类酒精性肝炎患者的肝组织样本 | 数字病理学 | 酒精性肝炎 | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | 空间转录组数据,空间蛋白质组数据 | 4例样本(2例AH患者,2例非ALD对照) | 10x Genomics | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | 10x Visium | 10x Visium FFPE(用于福尔马林固定石蜡包埋组织) |
| 893 | 2026-01-03 |
Inhibition of A2AR alleviates adenosine-mediated suppression of plasma cell differentiation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1702402
PMID:41472728
|
研究论文 | 本研究探讨了A2AR在腺苷介导的B细胞向抗体分泌细胞分化抑制中的作用,并评估了A2AR拮抗剂inupadenant的逆转效果 | 首次通过空间转录组学分析揭示inupadenant治疗患者肿瘤活检中抗体分泌细胞在三级淋巴结构中特异性增加 | 样本量较小(10个肿瘤样本用于质谱成像,5名患者用于体内评估),且主要基于体外和临床前模型 | 研究A2AR对人类B细胞在肿瘤微环境中分化的影响 | 人类B细胞、浆细胞、肿瘤浸润免疫细胞、扁桃体和肿瘤相关B细胞 | 免疫学 | 癌症 | 定量质谱成像、GeoMx分析、免疫组化、多重免疫荧光、scRNA-seq、流式细胞术、LegendPLEX、Visium空间转录组学 | NA | 图像、单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据 | 10个肿瘤样本用于质谱成像,5名癌症患者肿瘤活检用于体内评估 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组学平台用于肿瘤活检分析 |
| 894 | 2026-01-03 |
EGR3 as a dual tumor-immune regulator: a machine learning-driven prognostic target for cold breast cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1627133
PMID:41472745
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学方法和机器学习,识别并验证了EGR3作为乳腺癌预后标志物和免疫调节靶点 | 利用机器学习优化的3基因预后模型,并首次验证EGR3在肿瘤抑制和免疫调节中的双重功能 | 研究基于多个公共数据集,可能受数据异质性影响,且需进一步临床验证 | 识别乳腺癌的关键分子驱动因子并验证其临床相关性 | 乳腺癌患者的多组学数据及临床样本 | 机器学习 | 乳腺癌 | 差异表达分析、加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序 | StepCox-Random Survival Forest | 基因表达数据、临床数据 | TCGA、GEO(GSE42568、GSE9893、GSE7390)和METABRIC数据集中的多个队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 895 | 2026-01-03 |
The Neuroimmune Axis in Atopic Dermatitis: From Pathogenic Mechanisms to Targeted Neuroimmunotherapy
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S578036
PMID:41473600
|
综述 | 本文综述了神经免疫轴在特应性皮炎发病机制中的核心作用,并探讨了基于该机制的靶向神经免疫疗法 | 将神经免疫轴置于AD发病机制的核心位置,系统整合了从分子机制到多组学、系统生物学方法的最新发现,并强调了生物标志物指导下的精准治疗策略 | 文中提到的生物标志物和新型疗法的临床验证、长期安全性、可及性以及在多样化患者群体中的实施仍面临挑战 | 阐明特应性皮炎的神经免疫发病机制,并探索基于该机制的精准诊断和靶向治疗策略 | 特应性皮炎 | NA | 特应性皮炎 | 单细胞转录组学、空间转录组学、神经影像学、微生物组分析 | NA | 多组学数据、神经影像数据、微生物组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 896 | 2026-01-03 |
DIAPH3 is upregulated in high-grade gliomas and linked to chromosomal instability
2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdaf233
PMID:41473744
|
研究论文 | 本研究探讨了DIAPH3在胶质瘤中的表达及其与染色体不稳定性的关联 | 首次在临床胶质瘤样本中确认DIAPH3在高级别胶质瘤中特异性上调,并验证其与染色体不稳定性及不良预后的关联 | DIAPH3的预后价值未超越WHO CNS5胶质瘤分类,且研究主要依赖公开数据集和细胞系实验 | 研究DIAPH3在胶质瘤中的表达模式及其对染色体稳定性的影响 | 胶质瘤样本(包括低级别和高级别)及胶质母细胞瘤细胞系 | 癌症生物学 | 胶质瘤 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 来自公开数据集的胶质瘤样本及胶质母细胞瘤细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 897 | 2026-01-02 |
Meningioma cell reprogramming and microenvironment interactions underlie brain invasion
2025-Dec-31, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf292
PMID:41476144
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了脑膜瘤脑侵袭的分子机制,包括肿瘤细胞重编程与微环境相互作用 | 首次整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学数据,结合功能实验验证脑膜瘤脑侵袭界面的关键分子特征和细胞间通讯 | 样本量相对有限(特别是脑侵袭肿瘤仅33例),功能机制研究仍需进一步深入验证 | 探究脑膜瘤脑侵袭的分子和细胞机制 | 脑膜瘤患者肿瘤组织(包括肿瘤核心和脑-肿瘤界面) | 数字病理学 | 脑膜瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫荧光, 共培养实验 | NA | 转录组数据, 图像数据, 电生理数据 | 199例脑膜瘤(含33例脑侵袭肿瘤)的bulk RNA-seq数据,患者匹配的单细胞RNA-seq和空间转录组样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 898 | 2026-01-02 |
LAPTM5 drives omental metastasis in high-grade serous ovarian cancer via TGF-β/Smad-mediated epithelial plasticity
2025-Dec-30, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07319-z
PMID:41462255
|
研究论文 | 本研究通过整合分析单细胞RNA测序数据,揭示了LAPTM5在高级别浆液性卵巢癌网膜转移中的关键作用机制 | 首次发现LAPTM5作为转移相关上皮亚群的标志物,通过激活TGF-β/Smad信号通路驱动上皮可塑性和网膜转移 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型,临床样本验证和机制深度有待进一步扩展 | 探究高级别浆液性卵巢癌网膜转移的分子机制 | 高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)细胞和组织样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化、免疫荧光、qPCR、Western blot、Transwell迁移/侵袭实验、伤口愈合实验、流式细胞术、单核苷酸变异(SNV)和可变剪接(AS)分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、基因表达数据、蛋白质表达数据 | 正常卵巢、原发性肿瘤和网膜转移组织的单细胞RNA测序数据,TCGA数据集,以及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 899 | 2026-01-02 |
Single-cell and spatial transcriptome sequencing analysis reveals characteristics of a unique subpopulation in high-grade IDH-mutant astrocytoma
2025-Dec-29, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01139-5
PMID:41460424
|
研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组测序技术,分析了高级别IDH突变型星形细胞瘤中一个独特亚群的特征 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组测序以及TCGA和CGGA数据库,系统识别了高级别IDH突变型星形细胞瘤中一个具有免疫抑制表型且富集于发育生物学和钙信号通路的独特肿瘤细胞亚群 | 未明确说明样本的具体数量,且研究主要基于测序数据分析,缺乏实验验证 | 识别高级别IDH突变型星形细胞瘤中独特肿瘤细胞亚群的特征,以期为治疗策略开发提供新见解 | 高级别(WHO 3-4级)和低级别(WHO 2级)IDH突变型星形细胞瘤样本 | 数字病理学 | 星形细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 900 | 2026-01-02 |
Geometry-preserving vector field reconstruction of high-dimensional cell-state dynamics using ddHodge
2025-Dec-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67782-6
PMID:41461643
|
研究论文 | 本文开发了一种基于Hodge分解的ddHodge框架,用于从稀疏高维单细胞RNA测序数据中精确重建细胞状态动力学的向量场,并揭示发育过程中的基因表达动态遵循由势能景观塑造的梯度系统 | 首次提出基于Hodge分解的ddHodge框架,能够从稀疏高维数据中准确恢复向量场的所有基本分量(梯度、旋度、散度),包括作为二阶导数的细胞状态加速度,并将方法扩展到在低维数据流形上近似高维基因表达动态 | 未明确说明方法在计算效率或处理超大规模数据集时的具体限制 | 开发计算框架以分析复杂生物系统中的细胞命运决定,特别是从单细胞RNA测序数据中重建细胞状态动力学 | 小鼠胚胎发生过程中的单细胞RNA测序数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | Hodge分解框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |