单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-07-05	Identification of three T cell-related genes as diagnostic and prognostic biomarkers for triple-negative breast cancer and exploration of potential mechanisms 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1584334 PMID:40606662	研究论文	本研究通过分析TCGA-BRCA数据集和GEO数据库的单细胞RNA测序数据，识别了三个与T细胞相关的基因（CACNA1H、KCNJ11和S100B）作为三阴性乳腺癌（TNBC）的诊断和预后生物标志物	首次将T细胞相关基因与TNBC的诊断和预后联系起来，并构建了基于这三个基因的逻辑回归模型，其诊断TNBC的AUC达到0.917	研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证，且样本量可能不足以覆盖所有TNBC亚型	识别TNBC的诊断和预后生物标志物，探索其潜在的免疫相关机制	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习算法	逻辑回归（LR）模型	转录组数据、临床数据	TCGA-BRCA数据集和GEO数据库中的样本
862	2025-07-05	Comprehensive bioinformatics analysis of the common mechanism of atherosclerosis and atrial fibrillation: emphasizing mitochondrial metabolic disorder and immune inflammation 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1595048 PMID:40607061	研究论文	通过综合生物信息学分析揭示动脉粥样硬化和心房颤动的共同机制，重点关注线粒体代谢紊乱和免疫炎症	首次提出MRPS23作为连接线粒体功能障碍和免疫失调的新型生物标志物，并探索其在动脉粥样硬化和心房颤动共病中的潜在作用	需要进一步的临床前模型和临床队列验证以转化为诊断或治疗应用	揭示动脉粥样硬化和心房颤动的共同分子通路，并识别诊断生物标志物	动脉粥样硬化(AS)和心房颤动(AF)的转录组数据集	生物信息学	心血管疾病	GO和KEGG富集分析、WGCNA、LASSO、SVM、随机森林、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	LASSO、SVM、随机森林	转录组数据	NA
863	2025-07-05	Interferon Regulatory Factor 4 Recruits Immature B Cells to Signal Tertiary Lymphoid Structure Immaturity and Progression of Clear Cell Renal Cell Carcinoma 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.113737 PMID:40607252	research paper	该研究通过整合转录组和临床数据，构建了一个与三级淋巴结构（TLS）相关的预后风险评分，并揭示了干扰素调节因子4（IRF4）在促进TLS不成熟和免疫功能障碍中的机制作用	构建了TLS相关的预后风险评分，揭示了IRF4在TLS不成熟和免疫功能障碍中的新机制	研究主要基于ccRCC患者数据，结果可能不适用于其他类型的癌症	探究TLS在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后相关性及其调控机制	928名ccRCC患者的转录组和临床数据，以及786-O和769-P ccRCC细胞系	肿瘤免疫学	透明细胞肾细胞癌	转录组分析、免疫组化、多重免疫荧光分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	机器学习算法	转录组数据、临床数据、图像数据	928名ccRCC患者
864	2025-07-05	Integrative multi-omics analysis of IFNγ-induced macrophages and atherosclerotic plaques reveals macrophage-dependent STAT1-driven transcription in atherosclerosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1590953 PMID:40607379	research paper	该研究通过整合多组学分析，揭示了IFNγ诱导的巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块中STAT1驱动的转录机制在动脉粥样硬化中的作用	发现了STAT1与PU.1在巨噬细胞特异性IFNγ激活转录反应中的协同作用，并鉴定了新的生物标志物和治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类动脉粥样硬化的复杂性	探究巨噬细胞STAT1介导的信号在动脉粥样硬化进展中的作用	IFNγ诱导的巨噬细胞和人类及小鼠的动脉粥样硬化病变	digital pathology	cardiovascular disease	ATAC-seq, ChIP-seq, RNA-seq, scRNA-seq	NA	genomic data, transcriptomic data	人类颈动脉和冠状动脉粥样硬化病变样本，以及LDLr-/-和ApoE-/-高脂饮食小鼠模型的主动脉病变样本
865	2025-07-05	Integrative analysis of T cell-associated markers in Ewing sarcoma reveals prognostic signatures and immune dynamics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1586544 PMID:40607387	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA-seq分析，探讨了尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态	识别了CLEC11A、BDP1和ID3作为关键的T细胞相关预后标志物，并构建了一个预测模型，揭示了ID3在免疫逃逸和肿瘤增殖中的作用	研究样本量较小，且仅基于RNA-seq数据，未考虑其他分子层面的影响	探索尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态，以改善预后评估和免疫治疗策略	尤文肉瘤患者样本和细胞系	数字病理学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序、批量RNA-seq、WGCNA、CIBERSORT算法	Cox回归模型	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但使用了外部数据集进行验证
866	2025-07-05	Single-cell analysis of peripheral blood and pleural effusion reveals functional diversity of γδ T cells in tuberculosis infection 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1605827 PMID:40607390	研究论文	通过单细胞测序分析结核病患者外周血和胸水中的γδ T细胞亚群，揭示其在结核感染中的功能多样性	首次在单细胞水平上鉴定出结核病患者外周血和胸水中的7个γδ T细胞亚群，并发现具有强效应功能的Vδ2细胞亚群	研究样本量有限，且仅关注了γδ T细胞，未涉及其他免疫细胞类型的相互作用	探究γδ T细胞在结核病免疫应答中的具体作用和分化机制	结核病患者的外周血单个核细胞(PBMC)和结核性胸水细胞(TPE)	免疫学	结核病	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，仅提及结核病患者的外周血和胸水样本
867	2025-07-05	Decoding neuroinflammation in Alzheimer's disease: a multi-omics and AI-driven perspective for precision medicine 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1616899 PMID:40607399	research paper	本文探讨了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和AI驱动的多组学平台解码阿尔茨海默病（AD）中复杂的免疫炎症网络，以实现精准医疗	结合scRNA-seq和AI驱动的多组学分析，突破了传统大规模组织分析中的信号平均化限制，发现了与疾病相关的新的细胞亚群和关键分子标志物	尽管技术先进，但有效的治疗选择仍然有限	解码AD中的神经炎症，实现精准医疗	阿尔茨海默病（AD）患者脑组织	精准医疗	阿尔茨海默病	scRNA-seq, AI-driven analytics, multi-omics platforms	AI-driven analytics	RNA-seq数据, 多组学数据	NA
868	2025-07-05	Landscape analysis of matrix metalloproteinases reveals key prognostic markers for prostate cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1582992 PMID:40607407	研究论文	本研究全面分析了基质金属蛋白酶（MMPs）在前列腺癌（PCa）中的作用，并特别强调了MMP11在肿瘤微环境重编程中的关键作用	首次全面评估了MMPs在PCa中的表达特征和预后价值，并发现MMP11通过重塑肿瘤微环境促进PCa进展	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于细胞水平	探索MMPs在PCa中的预后价值和生物学功能	前列腺癌组织和细胞	肿瘤生物学	前列腺癌	生物信息学分析（UCSC/GEO数据库）、COX回归分析、单细胞转录组分析、空间转录组分析	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	来自UCSC和GEO数据库的多个前列腺癌数据集
869	2025-07-05	The functional and clinical significance of nucleoporin NUP153 across human cancers: a systematic study based on multi-omics analysis and bench work validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1613688 PMID:40607419	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，探讨了核孔蛋白NUP153在多种癌症中的功能和临床意义	首次系统研究了NUP153在多种癌症中的表达模式、突变情况、诊断价值及其与肿瘤免疫微环境的关系，并验证了其在胃癌中的高表达及其与免疫细胞浸润的相关性	需要进一步研究阐明NUP153在癌症中的具体分子机制及其临床应用的可行性	探索NUP153在癌症中的功能和临床意义	多种癌症类型，特别是胃癌	癌症研究	多种癌症，包括胆管癌、结直肠癌、头颈部鳞状细胞癌、胃癌等	多组学分析、免疫组化、RT-qPCR、单细胞分析、空间转录组学	NA	基因表达数据、免疫细胞浸润数据、药物敏感性数据	来自TCGA和GTEx等公共数据库的数据，以及胃癌组织的实验验证样本
870	2025-07-05	Identification and validation of a KRAS-macrophage-associated gene signature as prognostic biomarkers and potential therapeutic targets in melanoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1566432 PMID:40607411	研究论文	本研究通过多平台方法识别并验证了一个与KRAS信号和巨噬细胞相关的基因特征（KMPAG），作为黑色素瘤的预后生物标志物和潜在治疗靶点	首次构建了KRAS-巨噬细胞预后相关基因特征（KMPAG），并验证其在黑色素瘤预后和治疗反应预测中的价值	研究主要基于公共数据库数据，实验验证部分仍需进一步扩展	探索KRAS信号通路在黑色素瘤肿瘤微环境中的作用，并开发预后生物标志物	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者样本和细胞系	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因集富集分析（GSEA）、免疫组化（IHC）	LASSO回归模型	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的黑色素瘤样本
871	2025-07-04	Large-scale dependency and drug screens to characterize the therapeutic vulnerabilities of multiple myeloma with 1q 2025-Jul-03, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025102 PMID:40073369	研究论文	通过大规模依赖性和药物筛选，系统性表征了1q+多发性骨髓瘤的治疗脆弱性，并发现其对MCL1和PI3K抑制剂的敏感性增加	首次系统性揭示了1q+多发性骨髓瘤对MCL1和PI3K抑制剂的敏感性，并阐明了其作用机制	研究主要基于体外实验，尚未进行临床验证	开发针对1q+多发性骨髓瘤的靶向治疗策略	1q+多发性骨髓瘤患者	肿瘤学	多发性骨髓瘤	大规模依赖性筛选、药物筛选、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
872	2025-07-04	IFN-γ promotes the progression of iMCD by activating inflammatory monocytes 2025-Jul-03, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027689 PMID:40163892	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了特发性多中心Castleman病（iMCD）患者的免疫景观，揭示了IL-6和IFN-II信号通路在疾病进展中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了iMCD患者中CCL单核细胞通过IFN-II信号与NK/NKT细胞相互作用，以及IFN-γ水平与疾病严重程度和治疗抵抗的正相关性	样本量较小（15例iMCD患者和4例健康对照），且部分发现需要在大规模独立队列中进一步验证	深入了解iMCD的免疫机制，建立早期预后分层并发现新的治疗靶点	特发性多中心Castleman病（iMCD）患者的外周血单个核细胞（PBMCs）、淋巴结和骨髓样本	免疫学	特发性多中心Castleman病（iMCD）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	15例iMCD患者和4例健康对照的外周血单个核细胞（PBMCs），以及部分淋巴结和骨髓样本
873	2025-07-04	Choroid Plexus Fibroblast-ILC2 Niche Promotes Adult Hippocampal Neurogenesis after Traumatic Brain Injury 2025-Jul-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415984 PMID:40605604	研究论文	本文研究了创伤性脑损伤（TBI）后脉络丛（ChP）中2型固有淋巴细胞（ILC2）的积累及其对神经发生的影响	首次揭示了ILC2通过优化免疫微环境和促进神经发生在TBI后的潜在治疗作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨TBI后脉络丛的结构变化和免疫细胞浸润特征及其对神经发生的影响	创伤性脑损伤（TBI）小鼠模型	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、单核RNA测序、组织学分析	小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据	未明确提及具体样本数量
874	2025-07-04	Cathepsin K Aggravates Pulmonary Fibrosis Through Promoting Fibroblast Glutamine Metabolism and Collagen Synthesis 2025-Jul-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413017 PMID:40605618	研究论文	本文研究了组织蛋白酶K（CTSK）如何通过促进成纤维细胞的谷氨酰胺代谢和胶原合成加剧肺纤维化	首次发现CTSK通过SNX9介导的内吞作用促进TGF-β1诱导的SMAD3激活，进而上调GLS1和谷氨酰胺富集，最终增加胶原合成	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究肺纤维化中成纤维细胞异常活化的触发因素及其分子机制	肺纤维化小鼠模型和患者血清样本	分子病理学	肺纤维化	蛋白质组学、单细胞测序	NA	蛋白质组数据、单细胞测序数据、血清生化指标	小鼠模型和患者血清样本（具体数量未明确说明）
875	2025-07-04	Single-cell transcriptomics reveals depletion and dysregulation of Mycobacterium tuberculosis-specific Th1 and Th17 cells early after acquisition of HIV 2025-Jul-03, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf354 PMID:40605619	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了HIV感染早期对结核分枝杆菌特异性Th1和Th17细胞的耗竭和功能失调	首次在HIV感染早期阶段，通过单细胞RNA测序技术揭示了结核分枝杆菌特异性CD4 T细胞的耗竭和功能失调机制	研究样本量有限，且仅关注了HIV感染早期的变化	探究HIV感染如何影响对结核分枝杆菌的CD4 T细胞免疫应答	HIV感染者和非感染者的结核分枝杆菌特异性CD4 T细胞	免疫学	结核病/HIV感染	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	一组HIV感染者和非感染者的样本（具体数量未明确说明）
876	2025-07-04	Engineering a Lipid Nanoparticle with Atypical Calcium Crystal Structure for Enhanced IFNβ-Mediated Immunotherapy 2025-Jul-03, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202419870 PMID:40605669	研究论文	本研究开发了一种具有非典型晶体结构和pH响应特性的纳米材料NanoCa，用于增强IFNβ介导的免疫治疗	发现NanoCa通过Ca-calcineurin-NFATc2-PKCβ-IRF3信号通路触发干扰素，增强抗肿瘤免疫反应	未明确提及具体局限性	探索金属离子通过干扰素激活促进树突状细胞成熟的机制，并开发新型抗肿瘤免疫治疗策略	钙磷酸盐脂质体纳米材料(NanoCa)及其在肿瘤模型中的免疫调节作用	纳米医学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CT26肿瘤模型	基因表达数据	多种肿瘤模型(具体数量未明确)
877	2025-07-04	Lamin A/C Expression in Hematopoietic Cells Declines During Human Aging and Constrains Atherosclerosis in Mice 2025-Jul-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322893 PMID:40605747	research paper	研究探讨了人类衰老过程中造血细胞中Lamin A/C表达下降的现象及其对小鼠动脉粥样硬化的影响	首次在体内模型中研究了Lamin A功能增益对动脉粥样硬化的影响，并揭示了Lamin A/C作为年龄相关动脉粥样硬化的新型调节因子	研究主要基于小鼠模型，人类数据的直接应用可能存在限制	探究衰老过程中造血细胞Lamin A/C表达变化及其对动脉粥样硬化的影响	人类循环白细胞和小鼠模型	生物医学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、活体显微镜检查	Lmna-null小鼠和Lmnatg小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明样本数量，涉及人类白细胞和小鼠模型
878	2025-07-04	A Comparative Analysis Dissecting the Immune Landscape of Vitiligo and Melanoma from a single-cell Perspective: Two Sides of the Same Coin? 2025-Jul-03, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02332-2 PMID:40608219	研究论文	通过单细胞RNA测序技术比较分析白癜风和黑色素瘤的免疫微环境差异	首次从单细胞角度全面比较白癜风和黑色素瘤的免疫微环境，揭示两者在免疫激活与逃逸机制上的根本差异	样本来源和数量未明确说明，可能影响结果的普适性	解析白癜风和黑色素瘤免疫微环境的异同点	健康对照者、白癜风患者和黑色素瘤患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	皮肤病（白癜风和黑色素瘤）	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
879	2025-07-04	Nonhuman Primates Model of Super-selective Intraarterial Ophthalmic Arterial Interventional Thrombolysis for Treatment of Ophthalmic Arterial Embolism Resulting From Hyaluronic Acid Filler Cosmetic Injection 2025-Jul-02, Aesthetic surgery journal IF:3.0Q1 DOI:10.1093/asj/sjaf132 PMID:40601619	研究论文	本研究提出了一种非人灵长类动物的视网膜缺血再灌注模型，用于研究透明质酸填充剂美容注射导致的眼动脉栓塞的治疗方法	首次建立了非人灵长类动物眼动脉缺血再灌注的临床相关模型，并生成了缺血损伤的视网膜细胞图谱	研究仅使用恒河猴作为模型，可能无法完全模拟人类临床情况	验证动脉内溶栓治疗对透明质酸注射导致的视力障碍的有效性	恒河猴眼动脉栓塞模型	眼科研究	眼动脉栓塞	数字减影血管造影(DSA)、眼底荧光素血管造影(FFA)、视网膜电图(ERG)、苏木精-伊红(HE)染色、透射电子显微镜(TEM)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	恒河猴动物模型	影像数据、电生理数据、组织学数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量，使用恒河猴作为研究对象
880	2025-07-04	Synovial tissue atlas in juvenile idiopathic arthritis reveals pathogenic niches associated with disease severity 2025-Jul-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6050 PMID:40601776	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学技术，构建了幼年特发性关节炎（JIA）滑膜组织的细胞图谱，揭示了与疾病严重程度相关的致病生态位	首次在治疗初期的JIA患儿中，通过多组学技术构建了滑膜组织的细胞图谱，并识别了与关节炎严重程度和疾病风险相关的效应细胞群	研究样本仅限于治疗初期的JIA患儿，可能无法代表疾病晚期或治疗后的情况	提高对幼年特发性关节炎滑膜炎症细胞基础的理解，以指导精准靶向治疗	幼年特发性关节炎（JIA）患儿的滑膜组织、滑液和外周血	数字病理学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、空间转录组学	NA	基因表达数据、图像数据	未明确提及具体样本数量，但包括治疗初期的JIA患儿滑膜活检样本及匹配的滑液和外周血样本