单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-09-06	Supervised Gromov-Wasserstein Optimal Transport with Metric-Preserving Constraints 2025, SIAM journal on mathematics of data science IF:1.9Q1 DOI:10.1137/24m1630499 PMID:40893388	研究论文	提出一种带度量保持约束的监督Gromov-Wasserstein最优传输方法，扩展了传统GW框架并应用于单细胞RNA测序数据对齐	在Gromov-Wasserstein最优传输中引入无穷大成本张量条目，通过求解最小顶点覆盖问题实现高阶约束到耦合矩阵约束的转换	NA	开发一种能够控制距离保持程度的监督最优传输方法，用于部分重叠数据集的对齐	合成数据集和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督Gromov-Wasserstein最优传输，mirror-C下降迭代	数值数据，基因表达数据	NA
862	2025-09-06	Machine Learning-Derived Neddylation Gene Signature for Predicting Prognosis and Immunotherapy Benefits in Colorectal Cancer 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S532644 PMID:40894303	研究论文	通过机器学习开发neddylation相关基因标签，用于预测结直肠癌患者的预后和免疫治疗反应	首次结合单细胞RNA测序和十种机器学习算法构建neddylation相关基因标签，并系统分析其与免疫微环境和治疗反应的关系	需要进一步验证	探索neddylation在结直肠癌中的作用并开发预后预测模型	结直肠癌患者	机器学习	结直肠癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习算法	多种机器学习算法组合	基因表达数据	来自TISCH、TCGA和GEO数据库的结直肠癌样本
863	2025-09-06	Cellular interactions and Ion channel signatures in atrial fibrillation remodeling: insights from single-cell analysis and machine learning 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1615574 PMID:40894480	研究论文	通过单细胞分析和机器学习探究心房颤动中心肌细胞相互作用和离子通道特征	首次结合单细胞RNA测序与机器学习算法（LASSO和SVM）系统揭示AF结构重塑中的细胞亚型分化轨迹及离子通道标志物ANO1/GRIK2	研究样本量有限，未进行实验验证预测的药物靶向效果	阐明心房颤动结构重塑和电重塑的细胞分子机制	心房颤动患者和窦性心律对照者的心房成纤维细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 机器学习(LASSO/SVM), GO/KEGG/GSEA富集分析	LASSO, SVM	单细胞转录组数据，微阵列数据	未明确样本数量（AF患者与SR对照组心房成纤维细胞）
864	2025-09-06	eQTL and multi-omics integration reveal PPIH as a prognostic and immunotherapeutic biomarker 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1647722 PMID:40895540	研究论文	通过整合多组学数据识别PPIH作为跨癌种的预后和免疫治疗生物标志物	首次通过孟德尔随机化整合eQTL与GWAS数据，结合单细胞转录组分析揭示PPIH在肿瘤微环境中的新功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅局限于肝癌细胞系	系统识别跨癌种生物标志物并评估其临床应用潜力	多癌种患者数据（食管腺癌、胃癌、肾透明细胞癌等）及肝癌细胞系	生物信息学	多癌种（泛癌）	孟德尔随机化、多组学整合分析、单细胞转录组测序、体外实验	NA	基因组、转录组、单细胞数据	多种癌症类型的GWAS和eQTL汇总统计数据，具体样本量未明确说明
865	2025-09-06	A fusion ORF3a-E subgenomic RNA involved in SARS-CoV-2 infection efficacy by influencing cellular protein synthesis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1619538 PMID:40895568	研究论文	本文发现SARS-CoV-2的一种新型亚基因组RNA（ORF3a-E-sgRNA）通过调控细胞蛋白合成影响病毒感染效率	首次鉴定出同时编码ORF3a和E蛋白的融合型亚基因组RNA，并揭示其通过促进核糖体蛋白RPS3表达增强病毒翻译能力的机制	NA	探究SARS-CoV-2亚基因组RNA在病毒感染过程中的功能机制	SARS-CoV-2病毒及其感染的16HBE人支气管上皮细胞系	病毒学	COVID-19	单细胞测序	NA	RNA测序数据	SARS-CoV-2感染的细胞系（未注明具体样本数量）
866	2025-09-06	The osteosarcoma immune microenvironment in progression: PLEK as a prognostic biomarker and therapeutic target 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1651858 PMID:40895569	研究论文	本研究通过多组学分析发现PLEK是骨肉瘤中与免疫浸润和代谢重编程相关的关键预后生物标志物和潜在治疗靶点	首次将PLEK鉴定为骨肉瘤免疫微环境中的核心调控枢纽，并揭示其在连接免疫应答与代谢重编程中的双重功能	研究主要基于回顾性数据分析，实验验证仅限于体外模型，缺乏体内功能验证和临床前瞻性研究	识别骨肉瘤中的免疫代谢生物标志物，并探讨PLEK在肿瘤微环境中的调控作用	骨肉瘤组织样本、肿瘤浸润免疫细胞（特别是巨噬细胞）、TCGA/GTEx数据库转录组数据	肿瘤免疫学	骨肉瘤	RNA-seq、单细胞RNA-seq、qRT-PCR、Western blot、siRNA敲低、细胞共培养	蛋白相互作用网络分析、GO/KEGG富集分析、CytoHubba算法	转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质表达数据	多个骨肉瘤转录组数据集（含TCGA/GTEx数据）和单细胞RNA-seq数据集（GSE162454），实验验证使用临床OS样本
867	2025-09-06	Targeting macrophages and ion homeostasis in T2D: new genes and therapeutic pathways identified 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1514243 PMID:40895573	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习探索2型糖尿病中巨噬细胞特异性基因表达与异常血单价无机阳离子浓度相关基因的交叉作用，识别关键基因和潜在治疗靶点	整合scRNA-seq与机器学习方法，首次系统鉴定巨噬细胞与离子稳态相关基因（ABRGs）在T2D中的交叉作用网络，并揭示STAT3和特定miRNA的核心调控作用	样本量有限（44例患者），且仅为观察性研究，需进一步实验验证机制	识别2型糖尿病的新型基因标志物和治疗靶点	2型糖尿病患者的胰岛细胞（27例非糖尿病患者和17例T2D患者）	生物信息学	2型糖尿病	scRNA-seq, 机器学习, ssGSEA, 免疫反应富集分析（IREA）	GBM（梯度提升机）	单细胞RNA测序数据	44例人类胰岛样本（27 ND + 17 T2D）
868	2025-09-06	Transcriptomic features of immune inflammation and neural plasticity associated with early neurological improvement in acute ischemic stroke patients with large vessel occlusion 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1581758 PMID:40896336	研究论文	本研究通过转录组分析探讨大血管闭塞性急性缺血性卒中患者早期神经功能改善的外周血mRNA特征及机制	首次揭示ENI组存在免疫激活与神经可塑性抑制的动态平衡，发现NOD样受体/Toll样受体等新型信号通路关联	样本量较小（仅20例患者），回顾性研究设计可能存在选择偏倚	探究血管内取栓后早期神经功能改善的分子机制以指导个体化治疗	大血管闭塞性急性缺血性卒中患者	生物信息学	脑血管疾病	mRNA转录组测序、生物信息分析、蛋白质互作网络分析	NA	转录组数据	20例患者（13例ENI组，7例非ENI组）
869	2025-09-06	Marker genes reveal dynamic features of cell evolving processes 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf185 PMID:40896714	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据揭示细胞演化过程中标记基因的动态特征	发现关键基因在分支点前后呈现不同的统计特征和表达模式，并揭示调控强度、爆发大小和频率沿伪时间轨迹的变化规律	NA	揭示细胞命运决定过程中动态特征并补充现有标记基因筛选方法	小鼠胚胎细胞、小鼠胚胎成纤维细胞、人类骨髓和肠道类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	四个单细胞RNA测序数据集
870	2025-09-06	Natural killer cell subpopulations in the peripheral blood of single ventricle/hypoplastic left heart syndrome patients via single-cell RNA sequencing 2025, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2025.10524 PMID:40893145	研究论文	通过单细胞RNA测序分析单心室/左心发育不全综合征患者外周血中的自然杀伤细胞亚群	发现两个新的NK细胞亚群，这些亚群无法通过传统scRNA-seq流程或流式细胞术检测，并揭示了与免疫应答异质性和应激适应相关的独特基因表达谱	样本量较小（仅3例患者和3例健康对照），且使用去标识化样本可能限制临床相关性分析	探究SV/HLHS患者NK细胞的免疫学特征及其在疾病并发症中的作用	单心室/左心发育不全综合征患者和健康对照者的外周血单个核细胞中的自然杀伤细胞	免疫学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	3例SV/HLHS患者和3例健康对照的PBMC样本
871	2025-09-06	Silencing RPL11 attenuates acute kidney injury by suppressing tubular apoptosis and macrophage-driven inflammation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1642446 PMID:40895534	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，揭示核糖体蛋白RPL11在急性肾损伤（AKI）中的关键作用及其机制	首次发现RPL11作为AKI核心调控因子，并开发了肾脏靶向纳米干预技术沉默RPL11	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化需进一步验证	探究RPL11在急性肾损伤发病机制中的作用并开发治疗策略	小鼠肾脏组织、HK-2人肾小管上皮细胞系	分子病理学	急性肾损伤	scRNA-seq, RNA-seq, siRNA转染, Western blotting, qPCR, 流式细胞术	NA	基因组数据、蛋白质数据、细胞成像数据	小鼠AKI模型和HK-2细胞模型（具体数量未明确说明）
872	2025-09-06	Dysregulated Immune Responses in Sepsis: Insights From Treg-Related Gene Expression 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S523019 PMID:40896540	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探索了脓毒症中调节性T细胞（Treg）的动态变化及CD82基因的新作用，并开发了一个高精度的诊断基因标志物	首次发现CD82在脓毒症Treg细胞中的上调表达及其免疫调节作用，并利用多数据集整合机器学习构建了七基因诊断模型	CD82的具体作用机制尚需进一步实验验证，研究样本量有限且主要依赖公共数据库	阐明脓毒症中Treg细胞的免疫调节机制并寻找新的诊断标志物	脓毒症患者外周血样本和CLP小鼠模型	生物信息学	脓毒症	scRNA-seq, 流式细胞术, RT-qPCR, 机器学习（SVM, LASSO, random forest）	集成学习模型	基因表达数据	380个样本（来自三个GEO数据集）加患者和小鼠实验样本
873	2025-09-06	Correction: Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1671133 PMID:40909286	correction	对先前发表的关于矽肺损伤肺中应激诱导EMT样上皮亚群驱动免疫激活的单细胞与空间转录组学研究进行更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
874	2025-09-05	Emerging molecular targets in deep vein thrombosis: from inflammation to coagulation 2025-Dec, Hematology (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1080/16078454.2025.2548735 PMID:40898418	综述	本文综述了深静脉血栓形成中连接炎症与凝血途径的新兴分子靶点	聚焦于免疫血栓形成机制，系统整合了NETs、PAD4、P-selectin等新型分子靶点及其交叉调控网络	临床转化面临物种差异、脱靶效应及免疫防御平衡等挑战	探索深静脉血栓的新型治疗靶点以开发出血风险更低的疗法	中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）、PAD4、P-选择素等分子靶点	分子病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、CRISPR筛选	NA	文献数据	NA
875	2025-09-05	A human-mouse atlas of intrarenal myeloid cells identifies conserved disease-associated macrophages in lupus nephritis 2025-Nov-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20241873 PMID:40900124	研究论文	通过跨物种单细胞分析比较人类和小鼠狼疮性肾炎中的肾内髓系细胞，鉴定保守的疾病相关巨噬细胞	首次建立人类与小鼠肾内髓系细胞图谱，发现跨物种保守的疾病相关单核/巨噬细胞亚群及其基因表达特征	研究基于155例患者和四种小鼠模型，样本量和模型多样性可能存在限制	探索狼疮性肾炎中髓系细胞的病理机制及小鼠模型对人类疾病的转化价值	人类狼疮性肾炎患者和小鼠模型的肾内髓系细胞	数字病理学	狼疮性肾炎	单细胞测序、空间转录组学、功能研究	NA	单细胞数据、空间转录数据	155例狼疮性肾炎患者和四种小鼠模型
876	2025-09-05	Alternative splicing as a novel pathogenic mechanism in chronic kidney disease 2025-Nov, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111972 PMID:40614890	综述	本文探讨选择性剪接作为慢性肾病新型致病机制的调控作用及治疗潜力	首次系统阐述选择性剪接在慢性肾病中的致病机制，并提出靶向剪接的治疗新策略	需进一步研究剪接动态变化及其调控因子在疾病中的具体功能贡献	阐明选择性剪接与慢性肾病之间的功能联系	肾小管上皮细胞及剪接异构体	病理机制研究	慢性肾病	单细胞测序	NA	基因组数据	全球超过10%人口（流行病学数据）
877	2025-09-05	N-glycosylation stabilized TNFAIP6 promotes ovarian cancer metastasis by activating the PI3K-AKT signaling pathway 2025-Nov, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112013 PMID:40701312	研究论文	本研究揭示N-糖基化稳定的TNFAIP6通过激活PI3K-AKT信号通路促进卵巢癌转移	首次发现N-糖基化通过抑制泛素化降解稳定TNFAIP6蛋白，并阐明其通过PI3K/AKT通路调控EMT和免疫抑制微环境的新机制	研究主要基于细胞和动物模型，临床转化价值需进一步验证	阐明卵巢癌转移的分子机制并寻找治疗靶点	卵巢癌细胞系、动物模型及临床样本数据	癌症生物学	卵巢癌	RNA-seq, scRNA-seq, Western blot, 免疫荧光, 慢病毒敲低/过表达, Co-IP, 计算反卷积算法	NA	基因组数据、蛋白质数据、临床预后数据	TCGA和GEO数据库的多组学数据，具体样本量未明确说明
878	2025-09-05	A STAT1-GBP3-STING positive feedback loop governs inflammation, oxidative stress, and DNA damage to trigger acute aortic dissection 2025-Nov, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112015 PMID:40714274	研究论文	本研究揭示了STAT1-GBP3-STING正反馈环路在急性主动脉夹层中调控炎症、氧化应激和DNA损伤的分子机制	首次发现STAT1-GBP3-STING正反馈环路是连接炎症、氧化应激和DNA损伤的核心机制，并验证STAT1抑制剂Fludarabine的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，人类临床验证尚需进一步开展	阐明急性主动脉夹层的分子发病机制并探索潜在治疗靶点	小鼠主动脉夹层模型、IFN-γ刺激的血管平滑肌细胞和人升主动脉组织	分子病理学	心血管疾病	ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞RNA测序, ROS染色, ChIP-PCR, CoIP分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质互作数据	小鼠主动脉夹层模型和人类主动脉组织（具体数量未明确说明）
879	2025-09-05	G protein-coupled estrogen receptor promotes human extravillous trophoblast invasion via YAP-Snail-mediated CYR61 expression 2025-Nov, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112033 PMID:40744331	研究论文	本研究揭示了G蛋白偶联雌激素受体通过YAP-Snail信号轴调控CYR61表达促进滋养细胞侵袭的分子机制	首次发现GPER-YAP-Snail-CYR61信号轴在滋养细胞侵袭中的调控作用，并证实该通路在子痫前期患者中异常	机制研究主要基于细胞模型，需进一步体内实验验证	探究GPER调控CYR61表达的分子机制及其在滋养细胞侵袭中的作用	人绒毛外滋养细胞（HTR-8/SVneo细胞系和原代细胞）	分子生物学	子痫前期	scRNA-seq, 功能缺失实验	NA	基因表达数据	细胞系实验及公共scRNA-seq数据库分析
880	2025-09-05	The Landscape of SPP1 + Macrophages Across Tissues and Diseases: A Comprehensive Review 2025-Oct, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13952 PMID:40395129	综述	本文全面综述了SPP1+巨噬细胞在不同组织和疾病中的分布、功能异质性及其在肿瘤和非癌性疾病中的作用	系统整合单细胞RNA测序技术的最新发现，首次全面比较SPP1+巨噬细胞在不同病理环境中的保守特性和组织特异性差异	NA	探讨SPP1+巨噬细胞在疾病微环境中的适应性及其对疾病进展的影响，为治疗靶点开发提供新视角	SPP1+巨噬细胞及其在肿瘤和非癌性疾病（如纤维化）中的功能表现	免疫学	多疾病范畴（包含癌症及非癌性疾病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA（基于多项研究的综合回顾）