单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 10570 篇文献,本页显示第 861 - 880 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
861 2026-08-25
Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence
2025-05-21, Cell systems IF:9.0Q1
研究论文 本研究利用单细胞测序技术,系统性地分析了嵌合抗原受体(CAR)细胞内信号结构域(ICD)架构如何调控T细胞功能,并识别出驱动体内持久性的特定信号特征。 首次通过单细胞测序对临床相关的ICD架构库进行系统映射,揭示了与体内持久性和抗肿瘤功效相关的特定强直信号签名,为下一代CAR设计提供理性指导。 研究主要关注液体肿瘤中的持久性,对实体瘤中的效果有限,且未涉及其他免疫细胞类型或体内微环境的复杂影响。 解码CAR信号设计原则,以优化ICD架构在体内的功能。 表达不同ICD架构的工程化T细胞。 免疫学、单细胞基因组学 液体肿瘤和实体瘤 单细胞测序 NA 单细胞转录组数据 未在标题和摘要中提供具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
862 2026-08-25
Combining spatial transcriptomics and ECM imaging in 3D for mapping cellular interactions in the tumor microenvironment
2025-05-21, Cell systems IF:9.0Q1
研究论文 本研究将三维空间转录组学与细胞外基质成像相结合,在临床肺癌样本中系统量化肿瘤微环境中的分子状态、细胞间相互作用和ECM重塑 创新性地整合三维空间转录组与ECM成像,突破常规二维组织切片的限制,实现三维细胞邻域内细胞间及细胞-ECM相互作用的系统分析 作为概念验证研究,样本量有限(单个临床肺癌样本),且未提供大规模验证或功能实验 开发并验证一种结合空间转录组和ECM成像的三维分析方法,用于绘制肿瘤微环境中的细胞相互作用图谱,以指导微环境靶向治疗 临床肺癌组织样本,具体为单个临床肺腺癌病例的连续切片 空间转录组学、数字病理学 肺癌 空间转录组测序、ECM成像 NA 空间转录组数据、ECM成像数据 1例临床肺腺癌组织,多个连续切片 NA 空间转录组学 NA NA
863 2026-08-25
Scalable image-based visualization and alignment of spatial transcriptomics datasets
2025-05-21, Cell systems IF:9.0Q1
研究论文 提出了一种基于图像的可扩展计算框架STIM,用于空间转录组数据集的可视化和对齐分析 利用ImgLib2和BigDataViewer框架,将图像处理技术应用于序列数据领域,支持不规则测量间距和任意空间分辨率的数据处理,实现了自动配准和分割 未在文中明确提及,但可能受限于其图像处理方法的通用性和对特定数据类型的适用性 开发一个可扩展的框架,用于空间转录组数据集的交互式可视化和自动对齐,促进空间测序数据的分析 13个小鼠脑组织的连续切片和19个人类转移性淋巴结切片的公共空间测序数据 计算生物学 癌症(人类转移性淋巴结) 空间转录组学(原位测序) NA 图像 13个小鼠脑连续切片和19个人类转移性淋巴结切片 NA 空间转录组学 NA NA
864 2026-08-25
Explainable modeling of single-cell perturbation data using attention and sparse dictionary learning
2025-04-16, Cell systems IF:9.0Q1
研究论文 提出CellCap,一种用于单细胞扰动实验端到端分析的深度生成模型,通过注意力机制和稀疏字典学习揭示细胞状态与扰动反应之间的关系 采用稀疏字典学习在潜在空间分解细胞状态特异性的扰动反应,并利用注意力机制捕捉细胞状态与扰动反应之间的对应关系,实现了模型的可解释性 未提及具体限制 开发一种可解释的深度生成模型,用于分析单细胞扰动数据,揭示细胞状态与扰动反应之间的复杂关系 单细胞扰动数据 机器学习 NA 单细胞转录组测序 深度生成模型 单细胞转录组数据 多个模拟场景及两个真实单细胞扰动数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
865 2026-08-25
Expression Distribution of Keratins in Normal and Pathological Corneas and the Regulatory Role of Krt17 on Limbal Stem Cells
2025-04-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 本研究比较了正常和病理角膜中角蛋白(KRTs)的表达分布,并探讨了Krt17对角膜缘干细胞的调控作用 首次系统分析正常和病理角膜中压力角蛋白Krt17和Krt16的上调及其对角膜缘干细胞干性、增殖和分化的调控机制 研究主要基于小鼠和人类细胞模型,缺乏体内验证及临床样本的全面分析 探讨角蛋白在角膜上皮稳态和病理调节中的作用,特别是Krt17对角膜缘干细胞功能的调控 正常和病理角膜组织、小鼠角膜单细胞数据、人角膜缘上皮细胞(HLECs) 分子生物学 角膜疾病 mRNA测序、蛋白质组学测序、单细胞测序、qPCR、免疫荧光染色、中性粒细胞趋化实验、单纯疱疹病毒1型感染实验 NA 基因表达数据、蛋白质数据、单细胞数据、图像 未明确样本数量,包括正常和病理角膜组织、人角膜缘上皮细胞系 NA 单细胞测序、mRNA测序 NA NA
866 2026-08-23
Aging-associated transcriptional programs in T cells signify constituents of TGF-β signaling for immunosenescence
2025-12-15, BMC biology IF:4.4Q1
研究论文 本研究利用单细胞和批量RNA测序数据,分析T细胞中与衰老相关的转录程序,并揭示TGF-β信号通路在免疫衰老中的作用 首次系统性地描绘了年龄组特异性T细胞转录调控网络,并识别出TGF-β信号通路成分ZEB2和TGFBR3作为关键的靶基因,这些基因可能促进T细胞终末分化和耗竭 未提供明确的局限性信息 阐明TGF-β信号通路在终末分化效应记忆T细胞中与免疫衰老相关的角色 健康人类不同年龄组的外周T细胞,特别是CD8+ Temra细胞和CD8+ 初始T细胞 转录组学 免疫衰老 单细胞RNA测序和批量RNA测序 NA 基因表达数据 基于公共数据集,具体样本数量未提供 NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
867 2026-08-23
HDAC4 Promotes Neuroprotection of Retinal Ganglion Cells After Optic Nerve Injury
2025-12-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 本研究通过小鼠视神经挤压模型和单细胞RNA测序,发现HDAC4能促进视网膜神经节细胞的存活和轴突再生 首次发现HDAC4在视神经损伤后对RGC具有神经保护作用,并通过增强其活性来促进轴突再生,为青光眼等视神经病变的治疗提供了新靶点 研究仅限于小鼠模型,未在人体组织或临床环境中验证,且HDAC4下游具体机制未完全阐明 探究HDAC4在视网膜神经节细胞变性和轴突再生中的作用 小鼠视网膜神经节细胞 神经科学 视神经病变 单细胞RNA测序, 病毒转导 NA 基因表达数据 小鼠视神经挤压模型中的视网膜神经节细胞 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
868 2026-08-23
A Multi-Omics Dataset of Prostate Cancer Response to Oncolytic Virus OH2 Treatment
2025-11-19, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 本研究利用多组学整合分析,探究溶瘤病毒OH2对前列腺癌肿瘤微环境的影响,并提供了相关的数据资源。 首次采用多组学整合分析(转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序)系统研究溶瘤病毒OH2对前列腺癌肿瘤微环境的调节机制。 研究基于体外细胞模型和小鼠皮下移植瘤模型,缺乏人体样本验证,且对溶瘤病毒作用于肿瘤微环境的复杂机制尚未完全阐明。 探究溶瘤病毒OH2治疗对前列腺癌肿瘤微环境的影响,揭示其调节基因表达、代谢重编程和免疫细胞动力学的机制。 前列腺癌,包括转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)的肿瘤微环境。 基因组学、转录组学、代谢组学、单细胞测序 前列腺癌 转录组测序、代谢组学分析、单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、代谢谱数据、单细胞转录组数据 RM-1小鼠皮下移植瘤模型及体外细胞模型样本 NA 单细胞RNA测序、转录组测序、代谢组学 NA NA
869 2026-08-23
Murine vascular organoids are responsive and adaptable 3D systems with cellular heterogeneity and dynamic plasticity
2025-10-24, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 本文描述了从小鼠胚胎干细胞逐步生成和表征血液血管类器官的方法,并引入荧光示踪系统追踪其形成和成熟过程,通过单细胞RNA测序、FACS和全组织免疫组化揭示了其异质性和动态可塑性 引入了荧光示踪系统以可视化血管类器官的形成和成熟,并通过单细胞RNA测序揭示了多种内皮、间充质和巨噬细胞簇的异质性和动态轨迹,以及内皮细胞向动脉、静脉、毛细血管和尖端/柄细胞的高可塑性 摘要中未提及具体局限性 探索小鼠血液血管类器官作为可适应体外平台的特性,用于研究血管生物学中的细胞异质性和动态可塑性 小鼠胚胎干细胞衍生的血液血管类器官 数字病理学 不适用 单细胞RNA测序, FACS, 全组织免疫组化 不适用 单细胞RNA测序数据, 图像数据 不同胚胎干细胞系来源的小鼠血液血管类器官 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
870 2026-08-23
Human airway epithelial B-cell activating factor is reduced in early life but is virally induced via JAK/STAT
2025-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1
研究论文 本研究调查了人类气道B细胞群体的发育动态,以及气道上皮细胞产生的B细胞激活因子随年龄的变化,并研究了病毒感染如何通过JAK/STAT信号传导影响其产生 研究首次揭示了BAFF/BAFF受体轴在生命早期B细胞成熟和生存中的关键作用,并发现AECs中BAFF的产生在婴儿期减少,但可通过I型和III型干扰素经JAK/STAT信号传导诱导,为感染期间气道B细胞反应的早期成熟提供了机制见解 研究中未明确讨论局限性 研究人类气道B细胞群体的发育动力学,以及气道上皮细胞衍生的B细胞存活和成熟因子随年龄的变化,及其对病毒性呼吸道感染的反应 儿童年龄组的气道B细胞群体和气道上皮细胞(AECs) 免疫学 呼吸道感染 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据及体外细胞实验数据 不同儿科年龄组的样本,包括婴儿和年龄较大的儿童 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序用于分析气道B细胞群体
871 2026-08-23
Single-Cell Transcriptomic Atlas of Peripheral Blood Reveals B-Cell-Driven Signature Predictive of Acute Pancreatitis Severity
2025-Oct, MedComm IF:10.7Q1
研究论文 通过单细胞转录组分析,发现MZB1+浆细胞与急性胰腺炎严重程度相关,并建立九基因B细胞来源的转录组特征用于预测疾病严重程度 首次整合单细胞RNA测序和T/B细胞受体分析,识别出MZB1+浆细胞在急性胰腺炎中的机制和预测作用,并开发了优于标准临床评分系统的预测模型 研究样本量较小,外部验证的临床异质性可能影响模型泛化能力,未探讨MZB1+浆细胞功能调控的详细机制 阐明急性胰腺炎全身免疫反应的分子特征,并开发基于免疫细胞的早期严重程度预测策略 急性胰腺炎患者的外周血单核细胞及独立队列中的血清样本 单细胞转录组学 急性胰腺炎 单细胞RNA测序,T/B细胞受体分析 预测模型(具体算法未提及,可能为机器学习模型) 基因表达数据、血清免疫和细胞因子数据 发现队列7例(多个时间点),独立验证14例,血清检测32例,内部验证114例,外部验证87例和174例 未提及 单细胞RNA测序,T/B细胞受体分析 未提及 未提及
872 2026-08-23
Single-Cell Transcriptomics Shows Cellular Heterogeneity, Intercellular Communication, and Extracellular Matrix Remodeling in Corneal Fibrosis In Vivo
2025-10-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序表征体内纤维化角膜中的细胞异质性、细胞间通讯和细胞外基质重塑 首次在体内兔角膜纤维化模型中利用单细胞转录组学整合细胞异质性、通讯和ECM重塑轨迹 未提及具体限制 描述纤维化角膜中的成纤维细胞异质性、细胞轨迹、细胞间通讯和ECM蛋白重塑 新西兰白兔的初始和碱损伤纤维化角膜 单细胞转录组学 角膜纤维化 单细胞RNA测序 无监督聚类、轨迹推断、CellChat 单细胞转录组数据、图像 未指定样本数量 NA 单细胞RNA-seq NA NA
873 2026-08-23
Pancreatic tumor microenvironment reprogramming via alloantigenexpressing virotherapy elicits tumor rejection and improves immunotherapy response
2025-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究提出一种利用重组溶瘤病毒rVMG-H-2Kk表达同种异体抗原,重塑胰腺癌肿瘤微环境,增强免疫治疗应答的新策略 创新性地利用急性移植排斥机制,通过表达MHC I类同种异体抗原H-2Kk的溶瘤病毒,诱导肿瘤特异性抗原错配反应,将免疫冷肿瘤转化为热肿瘤,并增强免疫检查点抑制剂疗效 研究主要在免疫活性小鼠模型中进行,需进一步验证在人类中的适用性和安全性;病毒诱导的补偿性免疫抑制通路可能限制疗效 开发一种新型免疫治疗平台,通过同种异体抗原表达的溶瘤病毒重塑胰腺癌肿瘤微环境,提高免疫治疗应答并建立持久抗肿瘤免疫 胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤模型及肿瘤微环境 肿瘤免疫学 胰腺癌 空间转录组学、多重免疫组化、免疫表型分析 溶瘤病毒(rVMG-H-2Kk) 空间转录组数据、免疫组化图像、生存数据 两个独立的免疫活性PDAC小鼠模型 NA 空间转录组学 NA NA
874 2026-08-23
Targeting RPE Senescence Via Suppressing IL-6/IL-6R Signaling for Treating Retinal Degenerative Diseases
2025-09-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 本研究探讨了IL-6/IL-6R信号轴在视网膜色素上皮细胞衰老中的作用,并评估了抑制该通路对治疗视网膜退行性疾病的疗效。 首次揭示IL-6/IL-6R/STAT3信号轴形成衰老诱导环路,并证明托珠单抗可阻断该通路,扩大其临床应用指征。 研究主要基于小鼠模型,人体有效性需进一步验证。 探究IL-6/IL-6R轴是否在RPE细胞中建立衰老诱导环路,并评估其抑制对挽救衰老RPE细胞和退行性视网膜的治疗效果。 小鼠视网膜色素上皮细胞及视网膜组织。 分子生物学,眼科学 视网膜退行性疾病 单细胞RNA测序,AAV介导基因敲除,免疫荧光染色 小鼠模型 基因表达数据,图像数据 未明确提及,使用NaIO₃诱导的视网膜变性小鼠模型 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'转录组测序
875 2026-08-23
Autophagy Regulates Müller Glial Cell Inflammatory Activation
2025-08-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 该研究探讨了自噬在视网膜Müller胶质细胞炎症激活中的调节作用,通过基因敲除和单细胞测序等方法揭示了自噬限制细胞激活和炎症的机制。 首次发现自噬通过调节Müller细胞的激活状态来维持眼内免疫特权,并揭示了自噬缺乏导致所有Müller细胞变为胶质化状态的新机制。 研究主要基于小鼠模型,可能不完全适用于人类;此外,未深入探讨自噬调节Müller细胞激活的上游信号通路。 探究自噬在视网膜Müller胶质细胞炎症激活中的作用及其对眼内免疫特权的维持机制。 小鼠视网膜Müller胶质细胞 分子生物学 眼科炎症性疾病 单细胞RNA测序、基因敲除、小干扰RNA敲低、免疫荧光共聚焦显微镜、流式细胞术 NA 基因表达数据、图像数据 使用对照组和Atg5基因敲除的小鼠视网膜Müller细胞 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium 单细胞RNA测序平台
876 2026-08-23
DGAT: A Dual-Graph Attention Network for Inferring Spatial Protein Landscapes from Transcriptomics
2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出了一种名为DGAT的双图注意力网络,用于从转录组数据推断空间蛋白质表达谱 首次通过构建整合转录组、蛋白质组和空间信息的异构图,并利用图注意力网络从仅含转录组的空间数据中推断蛋白质表达 未在摘要中明确提及局限性 弥合空间转录组学缺乏蛋白质测量的关键空白,实现从转录组数据中获得蛋白质层面的见解,增强癌症、免疫学和精准医学中的功能解读 扁桃体、乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤的空间转录组数据集及相应的空间CITE-seq数据集 机器学习和空间组学 乳腺癌、胶质母细胞瘤、恶性间皮瘤 空间CITE-seq 图注意力网络 空间转录组数据、蛋白质表达数据、空间信息 多个公共和内部数据集 未明确提及 空间转录组学、空间CITE-seq 未明确提及 未明确提及
877 2026-08-23
Boosting data interpretation with GIBOOST to enhance visualization of complex high-dimensional data
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出GIBOOST框架,通过贝叶斯方法和优化自编码器整合多个降维方法,提升高维单细胞数据可视化和解释能力 首次利用贝叶斯框架和GI优化自编码器系统整合多个降维方法的输出,自动选择最优组合,显著提高聚类敏感性和生物学相关性 主要依赖降维方法输出,可能对极大数据集计算开销较大,且需要已知生物学过程进行验证 开发一种AI驱动框架,增强复杂高维单细胞数据的可视化和可解释性,保留全局与局部结构 单细胞RNA-seq数据集,包括上皮-间质转化、CiPSC重编程、精子发生和胎盘发育等动态生物学过程 机器学习 NA 单细胞RNA测序 自编码器、贝叶斯模型 基因表达数据 包含约400,000个细胞,28种细胞类型,来自七个胎盘区域的数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
878 2026-08-23
Histone deacetylases facilitate Th17-cell differentiation and pathogenicity in autoimmune uveitis via CDK6/ID2 axis
2025-06, Journal of advanced research IF:11.4Q1
研究论文 本文通过单细胞RNA测序和实验模型,揭示了组蛋白去乙酰化酶通过CDK6/ID2轴促进自身免疫性葡萄膜炎中Th17细胞分化和致病性的机制 首次发现HDACs通过CDK6/ID2正反馈环路调控Th17细胞致病性,并提出HDAC抑制剂Belinostat作为潜在治疗策略 未明确说明研究的局限性 探究自身免疫性葡萄膜炎中组蛋白去乙酰化酶对Th17细胞分化和致病性的作用机制,并评估HDAC抑制剂的治疗潜力 自身免疫性葡萄膜炎患者的外周血单个核细胞和小鼠实验性自身免疫性葡萄膜炎模型 免疫学 自身免疫性葡萄膜炎 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、siRNA、特异性抑制剂、过继转移实验 NA 单细胞转录组数据、流式细胞术数据 未明确说明患者和动物样本的具体数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
879 2026-08-23
High KYNU Expression Is Associated with Poor Prognosis, KEAP1/STK11 Mutations, and Immunosuppressive Metabolism in Patient-Derived but Not Murine Lung Adenocarcinomas
2025-May-16, Cancers IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过荟萃分析发现KYNU基因在肺腺癌中双峰表达与预后相关,并揭示其与KEAP1/ST11突变和免疫抑制代谢的关联。 首次系统揭示KYNU作为肺腺癌预后生物标志物,其表达模式在患者来源肿瘤与小鼠模型中存在显著差异,并提出基于模型的聚类方法优于中位数二分化方法。 物种特异性表达模式给临床前建模带来挑战,且需进一步验证其跨癌种的治疗潜力。 旨在发现双峰表达基因与患者预后的关联,揭示潜在致癌基因型,并为肺腺癌提供新的治疗见解。 肺腺癌患者的数据集及小鼠模型,以及其他癌症类型的预后数据。 癌症基因组学、转录组学、代谢组学 肺腺癌 荟萃分析、批量转录组学、单细胞转录组学、代谢组学 基于模型的聚类分析 基因表达数据、代谢数据、单细胞数据 多个肺腺癌数据集(未指定具体数量) NA NA NA NA
880 2026-08-23
Subcellular level spatial transcriptomics with PHOTON
2025-May-14, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 提出PHOTON方法,结合高分辨率成像与高通量测序,实现亚细胞分辨率下的空间转录组分析 首次在亚细胞水平实现空间转录组分析,能够原位捕获特定细胞类型及亚细胞区室(如核仁、线粒体、应激颗粒)的转录组信息 未提及 开发一种在亚细胞水平分析空间转录组的方法,以理解RNA的亚细胞定位与功能关系 卵巢颗粒细胞、核仁、线粒体、应激颗粒 空间转录组学 NA 空间转录组测序 NA 基因表达数据 未提及 NA 空间转录组学 NA NA
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