单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-04-03	Mechanism and Efficacy of Etanercept in Treating Autoimmune-like Manifestations of Coronavirus Disease 2019 in elderly individuals 2025-Mar-28, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152898 PMID:40168796	研究论文	评估依那西普（一种TNF抑制剂）在老年COVID-19患者中的治疗效果及其机制	首次通过单细胞测序分析老年COVID-19患者的自身免疫样表现，并发现依那西普通过抑制血小板因子4和TNF-α缓解症状	样本量较小（7名接受依那西普治疗的患者和2名未感染个体），且为观察性研究	探索老年COVID-19患者的治疗选择，特别是针对自身免疫样表现的治疗	老年COVID-19患者	NA	COVID-19	单细胞测序、分子对接	NA	临床指标、转录组数据	7名接受依那西普治疗的老年COVID-19患者和2名未感染个体
862	2025-04-03	Identification of druggable targets in acute kidney injury by proteome- and transcriptome-wide Mendelian randomization and bioinformatics analysis 2025-Mar-27, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00631-0 PMID:40148878	研究论文	通过蛋白质组和转录组范围的孟德尔随机化及生物信息学分析，识别急性肾损伤的可药物靶点	整合遗传数据与AKI GWAS结果，利用多组学孟德尔随机化方法识别潜在因果蛋白和基因，并通过反向MR和外部队列分析验证其稳健性	研究结果需在独立队列中进一步验证，且药物再利用分析的实际效果尚待临床实验确认	识别急性肾损伤（AKI）的潜在治疗靶点并探索药物再利用机会	与AKI相关的5,883个独特蛋白质和基因	生物信息学	急性肾损伤	GWAS, 孟德尔随机化, 单细胞转录组分析	NA	遗传数据, 转录组数据	涉及多个独立队列的样本，具体数量未明确说明
863	2025-03-22	Spatial Transcriptomics Reveals Differential Inflammatory Pathways in Discoid Lupus Erythematosus and Lichen Planus 2025-Mar-18, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.02.148 PMID:40113031	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
864	2025-04-03	Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data 2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643160 PMID:40161614	研究论文	介绍了一种基于图神经网络的细胞分割工具segger，用于提高成像空间转录组学数据中转录本分配的准确性和效率	提出了一种基于异构图表示的图神经网络方法，将细胞分割任务转化为转录本到细胞的链接预测问题，并能够利用单细胞RNA-seq信息改进转录本分配	未明确提及具体局限性	提高成像空间转录组学数据中细胞分割的准确性和效率	成像空间转录组学数据中的细胞和转录本	数字病理学	NA	成像空间转录组学	图神经网络	图像	多个Xenium数据集基准测试
865	2025-04-03	scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder 2025-Mar-13, ArXiv PMID:39606715	研究论文	提出了一种名为scMEDAL的框架，用于单细胞转录组数据的可解释分析，通过深度混合效应自编码器实现批次效应的可视化	scMEDAL通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，支持回顾性分析，并能预测细胞在不同批次中的表达	未明确提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据中批次效应的量化与建模问题，提升数据解释性和分析准确性	单细胞转录组数据	生物信息学	自闭症、白血病、心血管疾病	scRNA-seq	深度混合效应自编码器（包括对抗自编码器和贝叶斯自编码器）	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本量
866	2025-04-03	Molecular and cellular neurocardiology in heart disease 2025-Mar, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP284739 PMID:38778747	研究论文	本文更新并扩展了先前关于心脏神经生物学分子和细胞基础的论文，重点关注心脏自主神经发育、新型细胞内通路和神经可塑性的最新发现	讨论了利用患者特异性干细胞研究交感神经损伤的新方法，以及新型成像技术和空间转录组学在治疗心脏自主神经功能障碍中的应用	文中提到了一些未解决的问题和争议领域	探索心脏疾病的分子和细胞神经心脏病学基础	心脏自主神经系统、交感神经损伤、心脏自主神经功能障碍	神经心脏病学	心血管疾病	患者特异性干细胞、新型成像技术、空间转录组学	NA	分子和细胞数据	NA
867	2025-04-03	Biophysical modelling of intrinsic cardiac nervous system neuronal electrophysiology based on single-cell transcriptomics 2025-Mar, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287595 PMID:40077928	research paper	该研究基于单细胞转录组数据开发了心脏内神经系统神经元电生理的计算模型库	首次利用单细胞转录组数据构建心脏内神经系统神经元的电生理模型，填补了分子水平基因表达与细胞水平电生理功能之间的研究空白	模型依赖于转录组数据的阈值选择，可能影响离子通道组合的准确性	研究心脏内神经系统在心脏调节和病理中的功能作用	心脏内神经系统（ICNS）神经元	计算生物学	心血管疾病	单细胞转录组测序	神经元电生理模型	转录组数据	NA
868	2025-04-03	Myeloid-derived suppressor cell inhibits T-cell-based defense against Klebsiella pneumoniae infection via IDO1 production 2025-Mar, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012979 PMID:40096073	研究论文	本研究探讨了高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）感染通过IDO1产生抑制T细胞防御的机制	首次揭示了hvKp感染通过促进色氨酸代谢和IDO1产生增强MDSCs的免疫抑制活性，从而抑制T细胞防御的机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性需要进一步验证	探究hvKp感染导致高死亡率的机制，并开发新的免疫治疗策略	高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）和髓系来源的抑制细胞（MDSCs）	免疫学	肺炎	单细胞RNA测序	小鼠菌血症模型	基因表达数据	未明确说明样本量，但使用了小鼠模型
869	2025-04-03	Inhibition of ERK1/2 mediated activation of Drp1 alleviates intervertebral disc degeneration via suppressing pyroptosis and apoptosis in nucleus pulposus cells 2025-Mar, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.01.013 PMID:40160807	research paper	研究探讨了Drp1在椎间盘退变(IVDD)中的作用机制，并评估了Drp1抑制剂Mdivi-1的治疗效果	首次揭示了Drp1通过ERK1/2磷酸化调控椎间盘退变的机制，并验证了Mdivi-1的治疗潜力	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验	阐明Drp1在椎间盘退变中的作用机制并评估其抑制剂的效果	椎间盘髓核细胞(NPCs)和8周龄大鼠	NA	椎间盘退变	单细胞测序分析、Western blot、流式细胞术、免疫荧光染色	大鼠椎间盘退变模型	分子生物学数据、影像学数据	NA
870	2025-04-03	Exploring the regulatory role of CNPY3 as a prognostic biomarker on human glioma cell migration, invasion and immune infiltration 2025-Mar, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592251328162 PMID:40171811	research paper	本研究探讨了CNPY3作为预后生物标志物在人类胶质瘤细胞迁移、侵袭和免疫浸润中的调控作用	首次揭示了CNPY3在胶质瘤中的调控作用及其与免疫微环境和预后的关联	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探索CNPY3在胶质瘤中的调控机制及其作为预后生物标志物的潜力	人类胶质瘤细胞	肿瘤生物学	胶质瘤	生物信息学分析、COX回归分析、GO分析、KEGG分析、TIMER、CIBERSORT、Pearson相关分析、GSVA分析、单细胞测序、细胞划痕实验、transwell实验	NA	基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据	公共数据库中的胶质瘤样本及U87MG细胞系
871	2025-04-03	Cross-cellular analysis of chromatin accessibility markers H3K4me3 and DNase in the context of detecting cell-identity genes: An "all-or-nothing" approach 2025-Feb, Journal of bioinformatics and computational biology IF:0.9Q4 DOI:10.1142/S0219720025400025 PMID:40169369	研究论文	本研究探讨了染色质可及性标记H3K4me3和DNase在不同细胞系中与细胞特异性基因状态关联的可能性，并提出了一种称为跨细胞染色质开放性（CCO）水平的测量方法	提出了一种新的测量方法CCO水平，用于预测基因的必要性状态，并与现有的scRNA-Seq和bulk RNA-Seq方法进行了比较	数据可能难以获取，特别是对于全新的生物样本	研究染色质可及性标记与细胞特异性基因状态之间的关联	染色质可及性标记H3K4me3和DNase，以及细胞特异性基因	生物信息学	NA	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
872	2025-04-03	A quantitative prediction method utilizing whole omics data for biosensing 2025-01-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84323-1 PMID:39870652	研究论文	开发了一种名为OmicSense的定量预测方法，利用全组学数据进行生物传感预测	使用混合高斯分布作为概率分布，提高了对多维和噪声数据的鲁棒性，并优先利用网络中的中心节点	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	开发一种能够充分利用组学数据进行生物标志物预测的定量方法	转录组、代谢组和微生物组数据集	机器学习	NA	全组学数据分析	混合高斯分布模型	转录组、代谢组和微生物组数据	未明确提及具体样本数量
873	2025-04-03	Elucidating the role of pyrimidine metabolism in prostate cancer and its therapeutic implications 2025-01-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86052-5 PMID:39814835	研究论文	本研究探讨了嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其与免疫微环境、药物敏感性和肿瘤突变负荷的关联	揭示了嘧啶代谢相关基因在前列腺癌P2亚组中的显著上调，以及其与免疫细胞调控和药物敏感性的潜在联系	NA	研究嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其治疗意义	前列腺癌样本	NA	前列腺癌	转录组和单细胞RNA测序分析	NA	转录组数据	NA
874	2025-04-03	Integrated bioinformatics analysis identified cuproptosis-related hub gene Mpeg1 as potential biomarker in spinal cord injury 2025-01-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86170-0 PMID:39814871	research paper	该研究通过整合生物信息学分析，确定了与铜死亡相关的枢纽基因Mpeg1作为脊髓损伤的潜在生物标志物	首次揭示了铜死亡在脊髓损伤中的作用，并识别出关键基因Mpeg1	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有待进一步加强	探索铜死亡在脊髓损伤中的作用机制并寻找潜在治疗靶点	脊髓损伤样本和铜死亡相关基因	生物信息学	脊髓损伤	RNA测序、ssGSEA、WGCNA、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1、3、7天脊髓损伤样本（来自GEO数据库）
875	2025-04-03	Exploring the comorbidity mechanisms between atherosclerosis and hashimoto's thyroiditis based on microarray and single-cell sequencing analysis 2025-01-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85112-0 PMID:39805933	research paper	本研究通过微阵列和单细胞测序分析探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	识别了PTPRC和TYROBP作为关键的潜在生物标志物和治疗靶点，揭示了异常免疫反应可能是AS和HT的共同致病机制	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证，样本来源和数量可能限制结果的普适性	探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	动脉粥样硬化(AS)和桥本甲状腺炎(HT)患者基因表达数据	生物信息学	心血管疾病, 自身免疫性疾病	微阵列分析, 单细胞测序, WGCNA, CIBERSORT	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的AS和HT相关数据集
876	2025-04-03	Integrated RNA sequencing analysis and machine learning identifies a metabolism-related prognostic signature in clear cell renal cell carcinoma 2025-01-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85618-7 PMID:39799252	研究论文	通过整合RNA测序分析和机器学习，识别出与透明细胞肾细胞癌代谢相关的预后特征	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）去卷积构建具有代谢差异的恶性细胞层次结构，并开发了基于机器学习的代谢相关预后特征（MRPS）方法	需要进一步研究代谢重编程如何影响透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的患者间异质性和预后	研究代谢重编程对透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者异质性和预后的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	机器学习	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	RNA测序数据	NA
877	2025-04-03	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Hearts in Patients with Fetal Tetralogy of Fallot 2025, Cardiology IF:1.9Q3 DOI:10.1159/000540406 PMID:39097963	research paper	通过单细胞RNA测序分析胎儿法洛四联症患者心脏的细胞学特征	首次在胎儿法洛四联症中应用单细胞RNA测序技术，比较了正常与缺陷心脏细胞的差异	样本量较小，仅包括一个TOF患者和一个健康胎儿的心脏样本	探索法洛四联症的细胞学特征及其早期检测和治疗的新方法	胎儿心脏样本（一个TOF患者和一个健康胎儿）	digital pathology	cardiovascular disease	single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq data	两个样本（一个TOF患者和一个健康胎儿）
878	2025-04-03	Single-cell analysis of CD14+CD16+ monocytes identifies a subpopulation with an enhanced migratory and inflammatory phenotype 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1475480 PMID:40051633	research paper	通过单细胞RNA测序分析CD14+CD16+单核细胞，发现了一个具有增强迁移和炎症表型的亚群	首次在CD14+CD16+单核细胞中鉴定出具有特定基因表达特征和功能的Group 1亚群	研究仅基于体外实验，未在体内验证Group 1单核细胞的作用	探究CD14+CD16+单核细胞在神经炎症疾病中的异质性和功能	人类CD14+CD16+单核细胞	单细胞测序	HIV相关神经认知障碍(HIV-NCI)	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
879	2025-04-03	Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1556739 PMID:40160460	研究论文	通过单细胞测序技术研究桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的改善作用及其细胞和分子机制	首次使用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化治疗中的作用，揭示了其通过调节M1/M2巨噬细胞比例和T细胞反应减轻纤维化的潜在机制	需要进一步的实验验证以确定其临床应用价值	探究桦褐孔菌（Chaga）对肾纤维化的治疗作用及其机制	叶酸诱导的肾纤维化小鼠模型	数字病理	肾脏疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, UPLC-MS	小鼠模型	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 组织学图像	82,496个肾脏细胞
880	2025-04-03	A research protocol for a prospective, multicenter, cohort study on interferon therapy for chronic hepatitis B combined with metabolism-associated fatty liver disease to achieve clinical cure 2025, Frontiers in public health IF:3.0Q2 DOI:10.3389/fpubh.2025.1546182 PMID:40161022	研究论文	一项前瞻性、多中心、队列研究，探讨聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病以实现临床治愈的效果	填补了慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病治疗策略的空白，并探索了T淋巴细胞特性及单细胞转录组测序技术在HBsAg清除中的免疫学机制	干扰素治疗常伴随副作用，可能降低患者依从性，影响长期随访和结果监测；MAFLD人群的异质性可能对干扰素治疗的疗效产生不同影响	评估聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病的疗效和安全性，并阐明MAFLD对HBsAg清除的影响	慢性乙型肝炎患者（以NA治疗为主，HBsAg <1,500 IU/mL，HBeAg阴性，HBV DNA <10 IU/mL）及慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病患者	临床医学	慢性乙型肝炎, 代谢相关脂肪性肝病	单细胞转录组测序技术	NA	临床数据	多中心设计，具体样本量未明确提及