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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8561 | 2025-10-07 |
Evaluation of the digestion protocol of mouse neonatal epidermis for single-cell RNA sequencing
2025-01, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151159
PMID:39681052
|
研究论文 | 比较三种酶消化方案对新生小鼠表皮单细胞RNA测序的影响 | 首次系统比较Trypsin、TrypLE和Liberase三种酶对新生小鼠表皮单细胞解离的效果差异 | 仅针对新生小鼠表皮组织,未验证其他发育阶段或组织类型 | 优化新生小鼠表皮单细胞RNA测序的组织解离方案 | 新生小鼠表皮组织 | 单细胞测序 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 新生小鼠表皮样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8562 | 2025-10-07 |
Extracellular Vesicles From Bone Marrow-Derived Macrophages Enriched in ARG1 Enhance Microglial Phagocytosis and Haematoma Clearance Following Intracerebral Haemorrhage
2025-Jan, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70041
PMID:39868438
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研究论文 | 本研究揭示了骨髓源性巨噬细胞通过富含ARG1的细胞外囊泡增强小胶质细胞吞噬功能促进脑出血后血肿清除的新机制 | 首次发现骨髓源性巨噬细胞通过细胞外囊泡递送ARG1增强小胶质细胞吞噬能力,揭示了脑出血后新的细胞间通讯通路 | NA | 探究脑出血后骨髓源性巨噬细胞通过细胞外囊泡调控小胶质细胞吞噬功能的机制 | 骨髓源性巨噬细胞、小胶质细胞、细胞外囊泡 | 神经科学 | 脑出血 | 多组学分析、蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8563 | 2025-10-07 |
Integrative Machine Learning of Glioma and Coronary Artery Disease Reveals Key Tumour Immunological Links
2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70377
PMID:39868675
|
研究论文 | 结合机器学习和单细胞RNA测序探索胶质瘤肿瘤微环境,发现与癌症和心血管疾病相关的遗传变异 | 首次整合机器学习、单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法,揭示胶质瘤与冠状动脉疾病之间的免疫学联系 | NA | 探索胶质瘤肿瘤微环境的异质性及其对治疗反应的影响 | 胶质瘤肿瘤微环境中的细胞和分子相互作用 | 机器学习 | 胶质瘤,冠状动脉疾病 | 单细胞RNA测序,全基因组关联研究,孟德尔随机化 | 机器学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8564 | 2025-10-07 |
A single-cell atlas of the Culex tarsalis midgut during West Nile virus infection
2025-Jan, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012855
PMID:39869679
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了库蚊中肠细胞图谱,并研究了西尼罗河病毒感染动态 | 首次在库蚊中肠建立单细胞图谱,揭示了特定细胞类型对病毒感染的易感性差异 | 未检测到典型蚊虫抗病毒免疫基因在中肠整体水平的上调 | 研究西尼罗河病毒在库蚊中肠的感染动态和细胞特异性反应 | 库蚊中肠细胞 | 单细胞测序 | 西尼罗河病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8565 | 2025-10-07 |
Multi-omics analysis reveals distinct gene regulatory mechanisms between primary and organoid-derived human hepatocytes
2025-Jan-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.050883
PMID:39878507
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组和染色质可及性分析揭示原代人类肝细胞与类器官来源肝细胞之间的基因调控机制差异 | 首次应用整合单细胞多组学分析揭示AP-1因子与肝特异性转录因子在成熟肝细胞中的协同调控机制,并发现ELF3在类器官来源肝细胞中的独特作用 | 研究主要关注转录调控机制,可能未完全涵盖其他层面的生物学差异 | 探究原代人类肝细胞与肝类器官来源肝细胞之间的基因调控差异 | 原代人类肝细胞和肝内胆管细胞类器官来源的人类肝细胞 | 单细胞多组学 | 肝脏疾病 | 单细胞转录组测序, 单细胞染色质可及性分析 | 整合分析 | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 8566 | 2025-10-07 |
Integrating RNA-seq and scRNA-seq to explore the prognostic features and immune landscape of exosome-related genes in breast cancer metastasis
2025-Dec, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2024.2447917
PMID:39847423
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研究论文 | 通过整合RNA-seq和scRNA-seq数据探索外泌体相关基因在乳腺癌转移中的预后特征和免疫景观 | 首次整合RNA-seq和单细胞RNA-seq数据构建基于外泌体相关基因的乳腺癌转移预后模型 | 模型预测性能的AUC值相对较低(0.602-0.654),需要进一步验证 | 探索外泌体相关基因在乳腺癌转移中的作用并建立预后模型 | 乳腺癌样本 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq, scRNA-seq, CIBERSORT, ssGSEA | Cox回归, Lasso-Cox回归, 风险评分模型 | 基因表达数据 | TCGA数据库中的乳腺癌队列 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8567 | 2025-10-07 |
Revealing the role of natural killer cells in ankylosing spondylitis: identifying diagnostic biomarkers and therapeutic targets
2025-Dec, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2025.2457523
PMID:39853176
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证揭示了自然杀伤细胞在强直性脊柱炎中的作用机制 | 首次整合多个微阵列数据集和单细胞RNA测序数据系统分析NK细胞在AS中的功能,并识别出6个关键基因作为潜在诊断标志物 | 样本量有限,部分结果验证依赖于公共数据集,需要更大规模临床样本验证 | 探索自然杀伤细胞在强直性脊柱炎发病机制中的作用,识别诊断生物标志物和治疗靶点 | 强直性脊柱炎患者和对照组的基因表达数据 | 生物信息学 | 强直性脊柱炎 | 微阵列分析, 单细胞RNA测序, 实时PCR, WGCNA分析 | 逻辑回归分析, 列线图 | 基因表达数据 | 多个公共数据集(GSE25101, GSE73754, GSE194315等) | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 8568 | 2025-10-07 |
Mosaic loss of Y chromosome and mortality after coronary angiography
2025-May-02, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehaf035
PMID:39935193
|
研究论文 | 本研究探讨Y染色体嵌合体缺失与接受冠状动脉造影男性患者心血管死亡率之间的关联 | 首次在人类队列中证实Y染色体嵌合体缺失是心血管死亡的独立风险因素,并发现其通过RPS5基因调控心脏纤维化的机制 | 研究仅针对接受冠状动脉造影的男性患者,样本代表性有限 | 确定Y染色体嵌合体缺失与心血管死亡率之间的关联 | 1698名接受冠状动脉造影的男性患者 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,全基因组甲基化分析 | NA | 基因组数据,蛋白质表达数据,临床数据 | 1698名男性参与者 | NA | 单细胞RNA测序,全基因组甲基化分析 | NA | NA |
| 8569 | 2025-10-07 |
Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics for Squamous Cell Carcinoma Arising From Ovarian Mature Teratoma
2025-May, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70022
PMID:39948701
|
研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学分析卵巢成熟畸胎瘤来源的鳞状细胞癌,识别新的治疗靶点 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术研究SCC-MT的分子特征,发现KLF5在癌变过程中的关键作用 | 样本量有限,需进一步研究验证KLF5相关治疗靶点的临床价值 | 探索SCC-MT的分子病理机制并寻找新的治疗靶点 | 卵巢成熟畸胎瘤来源的鳞状细胞癌临床样本及NOSCC-1细胞系 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单核RNA测序, 空间转录组学, 功能分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间基因表达数据 | 临床SCC-MT样本(具体数量未明确) | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8570 | 2025-10-07 |
Novel CHI3L1-Associated Angiogenic Phenotypes Define Glioma Microenvironments: Insights From Multi-Omics Integration
2025-May, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70028
PMID:39989140
|
研究论文 | 通过多组学整合分析揭示CHI3L1相关血管表型在神经胶质瘤微环境中的作用 | 提出基于CHI3L1的新型血管表型分类系统,并构建血管相关风险评分作为预后预测工具 | 未明确说明样本量大小和研究队列的具体特征 | 探索CHI3L1信号通路在神经胶质瘤血管生成和肿瘤微环境中的作用机制 | 神经胶质瘤患者样本 | 数字病理学 | 神经胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 基因组学, 转录组学, 数字病理 | 机器学习算法, 无监督共识聚类 | 转录组数据, 基因组数据, 临床数据, 病理图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 8571 | 2025-10-07 |
The correlation between immune profiles and pathological changes in pulmonary tuberculosis granulomas revealed by bioinformatic analysis and experimental validation
2025-May, Tuberculosis (Edinburgh, Scotland)
DOI:10.1016/j.tube.2025.102614
PMID:39999566
|
研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证揭示肺结核肉芽肿中免疫特征与病理变化的相关性 | 首次整合单细胞转录组、微环境空间特征和外周血转录组数据,结合机器学习方法系统分析肺结核肉芽肿的免疫机制 | 研究样本量有限,仅验证了6种细胞因子与肉芽肿大小的相关性 | 探究免疫系统在肺结核肉芽肿结构形成中的作用机制 | 肺结核肉芽肿组织和外周血免疫细胞 | 生物信息学 | 肺结核 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫荧光, 流式细胞术, 机器学习 | 机器学习 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 外周血转录组数据 | 本地队列和已发表数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术 | NA | NA |
| 8572 | 2025-10-07 |
Selective changes in vasopressin neurons and astrocytes in the suprachiasmatic nucleus of Prader-Willi syndrome subjects
2025-May, Journal of neuroendocrinology
IF:3.3Q2
DOI:10.1111/jne.70015
PMID:40055943
|
研究论文 | 本研究通过分析普瑞德-威利综合征患者下丘脑视交叉上核的细胞变化,发现该疾病选择性地影响加压素神经元和星形胶质细胞 | 首次揭示普瑞德-威利综合征患者视交叉上核中加压素神经元增加和星形胶质细胞减少的特定细胞类型变化 | 样本量有限,使用死后组织可能受死后变化影响 | 探究普瑞德-威利综合征患者视交叉上核细胞类型特异性变化与昼夜节律紊乱的关联 | 普瑞德-威利综合征患者和匹配对照的下丘脑视交叉上核组织 | 神经科学 | 普瑞德-威利综合征 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,组织图像数据 | 普瑞德-威利综合征患者和匹配对照的死后下丘脑组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8573 | 2025-10-07 |
Mitochondrial fatty acid oxidation regulates adult muscle stem cell function through modulating metabolic flux and protein acetylation
2025-May, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00397-1
PMID:40065099
|
研究论文 | 本研究揭示了线粒体脂肪酸氧化通过调节代谢通量和蛋白质乙酰化调控成年肌肉干细胞功能的新机制 | 首次发现脂肪酸氧化通过调控乙酰辅酶A水平和选择性蛋白质乙酰化来调节卫星细胞功能 | 研究主要关注急性肌肉损伤模型,对其他生理或病理状态下卫星细胞功能的适用性有待验证 | 探究线粒体脂肪酸氧化在肌肉干细胞功能和再生中的作用机制 | 骨骼肌卫星细胞(成年肌肉干细胞) | 干细胞生物学 | 肌肉再生障碍 | 单细胞RNA测序,基因敲除,代谢分析 | NA | 基因表达数据,代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8574 | 2025-10-07 |
Systemic inflammation impairs myelopoiesis and interferon type I responses in humans
2025-May, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02136-4
PMID:40251340
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研究论文 | 本研究通过LPS诱导的系统性炎症模型揭示了炎症早期出现的炎性单核细胞亚群和晚期免疫抑制阶段的髓系生成受损及I型干扰素反应减弱机制 | 首次在人体内系统性炎症模型中同时研究急性和晚期免疫阶段,发现infMono单核细胞亚群并证实IFNβ治疗可恢复免疫反应 | 研究样本量有限,主要基于LPS诱导模型,临床验证需要更大规模研究 | 阐明系统性炎症过程中免疫反应动态变化的分子机制 | 人类系统性炎症模型和患者队列(细菌性脓毒症和冠状病毒疾病) | 免疫学 | 系统性炎症疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类LPS诱导炎症模型和患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8575 | 2025-10-07 |
Unveiling the immune microenvironment of complex tissues and tumors in transcriptomics through a deconvolution approach
2025-May-01, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14089-w
PMID:40307726
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研究论文 | 开发了一个用于从转录组数据解析免疫微环境的两步工作流程和网络应用工具 | 整合了hisat2-stringtie流程与反卷积算法,提供比现有方法更准确的免疫细胞组成分析 | 仅使用合成伪批量数据进行了验证,缺乏真实临床样本的广泛验证 | 开发解析肿瘤浸润白细胞组成的生物信息学工具 | 黑色素瘤和头颈癌患者的转录组数据 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序,单细胞RNA测序 | 反卷积算法 | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | Galaxy/Docker环境 |
| 8576 | 2025-10-07 |
Molecular landscape of atherosclerotic plaque progression: insights from proteomics, single-cell transcriptomics and genomics
2025-May-01, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04058-2
PMID:40307879
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研究论文 | 本研究通过整合蛋白质组学、单细胞转录组学和基因组学方法,深入分析了颈动脉粥样硬化斑块的分子特征 | 首次采用数据非依赖采集蛋白质组学与单细胞RNA测序相结合的方法,系统描绘了不同阶段动脉粥样硬化斑块的分子图谱,并通过孟德尔随机化验证了关键蛋白与缺血性中风的因果关系 | 样本量相对有限(87例颈动脉斑块),且仅针对特定类型的斑块(AHA IV-VI型)进行分析 | 揭示动脉粥样硬化斑块进展的分子机制,识别潜在的生物标志物和治疗靶点 | 人类颈动脉粥样硬化斑块 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 数据非依赖采集蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 | NA | 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据, 基因组数据 | 87例人类颈动脉斑块 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 8577 | 2025-10-07 |
Transcriptome associated with single-cell analysis reveal the role of S-palmitoylation in coronary artery disease
2025-Apr-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-99648-8
PMID:40307438
|
研究论文 | 通过生物信息学方法结合单细胞测序分析,揭示S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的关键作用 | 首次通过整合差异表达基因、WGCNA分析和单细胞测序,鉴定出CXCL12、KRTAP4-7和PPP2R2B作为CAD中关键的棕榈酰化枢纽基因 | 研究主要基于生物信息学分析,需要实验验证来确认机制 | 阐明S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的作用机制 | 冠状动脉疾病相关的基因和细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,WGCNA,PPI网络分析,机器学习,免疫浸润分析 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 基于GSE113079和GSE121893数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8578 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing unveils the transcriptomic landscape of castration-resistant prostate cancer-associated fibroblasts and their association with prognosis and immunotherapy response
2025-Apr-30, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14212-x
PMID:40307786
|
研究论文 | 通过单细胞测序揭示去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的转录组特征及其与预后和免疫治疗反应的关系 | 首次在单细胞水平揭示CRPC-CAFs的转录组特征,发现TGF-β信号通路和ECM重塑功能上调,并证实抗TGF-β治疗可增强免疫治疗效果 | 需要进一步验证CRPC-CAFs作为治疗靶点的临床可行性 | 探究去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的分子特征及其在肿瘤进展和免疫治疗中的作用 | 前列腺癌相关成纤维细胞(CAFs),特别是去势抵抗性前列腺癌(CRPC)中的CAFs | 数字病理 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),bulk RNA-seq,基因调控网络分析 | NA | 单细胞转录组数据,批量RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8579 | 2025-10-07 |
Multiple-omics analysis of aggrephagy-related cellular patterns and development of an aggrephagy-related signature for hepatocellular carcinoma
2025-Apr-30, World journal of surgical oncology
IF:2.5Q1
DOI:10.1186/s12957-025-03816-z
PMID:40307857
|
研究论文 | 通过多组学分析构建了肝细胞癌中聚集自噬相关特征并评估其临床意义 | 首次在肝细胞癌中系统分析聚集自噬相关基因,结合单细胞转录组数据揭示其在肿瘤微环境中的细胞特异性表达模式 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证机制 | 探索聚集自噬在肝细胞癌中的调控机制和临床意义 | 肝细胞癌患者样本和肿瘤微环境细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 组织芯片 | Cox回归, LASSO回归, AUCell算法 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | TCGA和GEO数据库的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 8580 | 2025-10-07 |
High-resolution single-cell RNA-seq data and heterogeneity analysis of human ESCs and ffEPSCs
2025-Apr-22, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05024-6
PMID:40263373
|
研究论文 | 通过对无饲养层扩展多能干细胞和人类胚胎干细胞进行单细胞转录组分析,揭示多能性异质性和早期发育机制 | 首次结合Smart-seq2单细胞RNA测序和T2T数据库的重复序列分析,揭示了从原始多能性向扩展多能状态转变的关键分子通路和阶段特异性重复元件 | NA | 理解人类早期发育和多能性细胞异质性 | 无饲养层扩展多能干细胞(ffEPSCs)和人类胚胎干细胞(ESCs) | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 重复序列分析 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq2 | Smart-seq2单细胞RNA测序技术 |