单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 10779 篇文献，本页显示第 8341 - 8360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8341 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-Seq data have prevalent blood contamination but can be rescued by Originator, a computational tool separating single-cell RNA-Seq by genetic and contextual information
2025-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.04.588144
PMID:38617220
|
研究论文 | 开发了一种名为Originator的计算工具，用于识别和分离单细胞RNA测序数据中的血液污染细胞 | 提出首个结合遗传信息和背景信息来分离单细胞RNA测序数据中血液污染细胞的计算框架 | 未提及方法在特定组织类型或实验条件下的性能限制 | 解决单细胞RNA测序数据中普遍存在的血液污染问题 | 人类复杂组织中的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 计算框架 | 单细胞RNA测序数据 | 多种人工混合和真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8342 | 2025-10-06 |
Polymorphisms in immunosuppression-related genes are associated with AML
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1530510
PMID:39975548
|
研究论文 | 本研究通过检测免疫抑制相关基因的多态性，分析其与急性髓系白血病易感性、治疗反应和预后的关联 | 首次系统研究五个免疫抑制相关基因(CIITA、CD200、CD163、MRC1和LILRB4)中九个SNP与AML的关联 | 样本量相对有限(307例患者和316例对照)，仅检测了特定基因的SNP | 探讨免疫抑制相关基因多态性在AML发病机制和治疗预后中的作用 | 307例AML患者和316例健康对照个体 | 生物医学研究 | 急性髓系白血病 | SNP基因分型、单细胞转录组学 | NA | DNA样本、基因分型数据 | 307例AML患者和316例健康对照 | Agena Bioscience | SNP基因分型 | MassARRAY | MassARRAY平台 |
| 8343 | 2025-10-06 |
Unveiling macrophage dynamics and efferocytosis-related targets in diabetic kidney disease: insights from single-cell and bulk RNA-sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1521554
PMID:40046045
|
研究论文 | 通过单细胞和bulk RNA测序揭示糖尿病肾病中巨噬细胞动态变化及胞葬作用相关靶点 | 首次系统阐明糖尿病肾病中巨噬细胞亚型动态转变过程，并识别出CD36、ITGAM和CX3CR1三个关键胞葬作用调控基因 | 研究主要基于早期糖尿病肾病样本，晚期疾病阶段的验证相对有限 | 阐明糖尿病肾病中巨噬细胞异质性、表型动态变化及胞葬作用关键靶点 | 糖尿病肾病患者的免疫细胞和肾脏组织 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 伪时间轨迹分析 | 差异表达基因分析 | RNA测序数据 | 早期人类糖尿病肾病测序数据，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | CD45富集的免疫细胞单细胞RNA测序，NephroseqV5平台临床数据分析 |
| 8344 | 2025-10-06 |
Single-cell genomics and spatial transcriptomics in islet transplantation for diabetes treatment: advancing towards personalized therapies
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1554876
PMID:40051625
|
综述 | 本文综述了单细胞基因组学和空间转录组学在胰岛移植治疗糖尿病中的应用及其推动个性化治疗的潜力 | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面揭示胰岛移植中的细胞多样性、功能状态及组织微环境相互作用 | 未涉及具体实验数据，主要基于现有研究综述，且未详细讨论技术实施中的具体操作挑战 | 探索先进组学技术如何提升胰岛移植疗效并推动糖尿病个性化治疗发展 | 胰岛移植过程中的细胞类型、基因表达特征及组织微环境 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8345 | 2025-10-06 |
Development of a prognostic model for hepatocellular carcinoma based on microvascular invasion characteristic genes by spatial transcriptomics sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1529569
PMID:40051627
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组测序开发了基于微血管入侵特征基因的肝细胞癌预后预测模型 | 首次利用空间转录组测序技术筛选MVI区域特异性基因，构建了7基因预后模型并在多个外部验证队列中证实其优越性 | 仅使用4个不同分级的MVI样本进行空间转录组测序，样本量有限 | 开发基于微血管入侵特征基因的肝细胞癌预后预测模型 | 肝细胞癌患者和微血管入侵样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 空间转录组测序, 单核RNA测序, 多重免疫荧光 | Cox回归, LASSO回归, 随机生存森林 | 空间转录组数据, 单核RNA测序数据, 图像数据 | 4个不同分级的MVI样本用于空间转录组测序，三个外部验证队列 | NA | 空间转录组测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 8346 | 2025-10-06 |
Tumor microenvironment-driven resistance to immunotherapy in non-small cell lung cancer: strategies for Cold-to-Hot tumor transformation
2025, Cancer drug resistance (Alhambra, Calif.)
DOI:10.20517/cdr.2025.14
PMID:40342732
|
综述 | 本文综述了非小细胞肺癌肿瘤微环境驱动的免疫治疗耐药机制及冷肿瘤向热肿瘤转化的策略 | 提出了将冷肿瘤转化为热肿瘤的多维框架，整合了新兴机制如中性粒细胞胞外诱捕网、三级淋巴结构和外泌体信号网络 | NA | 克服非小细胞肺癌免疫治疗耐药性，实现冷肿瘤向热肿瘤的转化 | 非小细胞肺癌肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞测序、空间转录组学、纳米医学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 8347 | 2025-10-06 |
The Low Tumorigenic Risk and Subtypes of Cardiomyocytes Derived from Human-induced Pluripotent Stem Cells
2025, Current stem cell research & therapy
IF:2.1Q4
|
研究论文 | 本研究评估了人诱导多能干细胞来源心肌细胞的肿瘤形成风险和亚型组成 | 首次通过单细胞RNA测序和全外显子组测序系统评估hiPSC-CMs的肿瘤风险并解析其细胞亚型组成 | 研究仅在NOD-SCID小鼠模型中进行了3个月的肿瘤形成观察，缺乏更长期的随访数据 | 评估hiPSC-CMs的肿瘤形成风险并鉴定其细胞亚型组成 | 人诱导多能干细胞来源的心肌细胞 | 干细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,全外显子组测序,流式细胞术,电生理学 | NA | 基因表达数据,基因组数据,细胞表型数据 | 分化第25天的hiPSC-CMs | NA | 单细胞RNA测序,全外显子组测序 | NA | NA |
| 8348 | 2025-10-06 |
Comprehensive profiling of cell type-specific expression and distribution of complement genes in mouse and human kidneys: insights into normal physiology and response to kidney transplantations
2025-Dec, Renal failure
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/0886022X.2025.2471568
PMID:40015727
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序全面分析了小鼠和人类肾脏中补体基因的细胞类型特异性表达模式 | 首次在肾脏细胞景观演变背景下系统分析补体基因表达，比较了正常与移植排斥肾脏的差异 | 研究主要基于现有数据库的二次分析，缺乏实验验证 | 探究肾脏中补体基因的表达分布及其在肾脏移植排斥反应中的变化 | 健康人类受试者、C57BL/6小鼠和肾脏移植排斥小鼠 | 单细胞转录组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 基因表达数据 | 来自NCBI GEO数据库的健康人类、正常小鼠和移植排斥小鼠肾脏单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8349 | 2025-10-06 |
Immunogenic cuproptosis in cancer immunotherapy via an in situ cuproptosis-inducing system
2025-Aug, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 本研究通过构建铜死亡诱导系统，探索铜死亡在结直肠癌免疫治疗中的免疫原性作用机制 | 首次系统评估12种细胞死亡模式的免疫原性，发现铜死亡与免疫原性细胞死亡和免疫应答的强相关性，并开发了原位铜死亡诱导系统 | 研究主要聚焦于结直肠癌，在其他癌种中的适用性需要进一步验证 | 探索铜死亡在癌症免疫治疗中的作用机制并开发新型治疗策略 | 结直肠癌细胞和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 癌症免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，体外和体内实验 | NA | 基因表达数据，实验数据 | 内部队列和独立队列的多组样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 8350 | 2025-05-12 |
The MYC/TXNIP axis mediates NCL-Suppressed CD8+T cell immune response in lung adenocarcinoma
2025-May-09, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-025-01224-3
PMID:40346484
|
研究论文 | 本研究探讨了核仁蛋白NCL通过MYC/TXNIP轴调节CD8+T细胞的葡萄糖代谢和免疫功能，从而影响肺腺癌的免疫逃逸 | 揭示了NCL通过MYC/TXNIP轴调控CD8+T细胞葡萄糖代谢的新机制 | 研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探究NCL在T细胞葡萄糖代谢和肺腺癌免疫逃逸中的作用 | CD8+T细胞和肺腺癌细胞 | 肿瘤免疫学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位移植小鼠模型 | NA | 基因表达数据、实验数据 | 来自GEO和TCGA的数据库数据，以及体外和小鼠实验样本 | NA | NA | NA | NA |
| 8351 | 2025-05-12 |
Single-cell and bulk transcriptome sequencing identifies circadian rhythm disruption and cluster-specific clinical insights in colorectal tumorigenesis
2025-May-08, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02521-3
PMID:40338428
|
research paper | 该研究通过单细胞和批量转录组测序，探讨了结直肠癌（CRC）中昼夜节律（CR）的失调，并构建了CR亚型分类器，分析了不同CR簇的预后意义、肿瘤微环境状态及对免疫检查点阻断（ICB）治疗的反应 | 首次在CRC中构建了CR亚型分类器和CR评分系统（CRS），揭示了CR基因与CRC预后之间的潜在联系，并识别了影响CRC预后的潜在靶基因 | 研究样本量有限，且未进行实验验证CR基因与CRC预后的直接因果关系 | 探讨昼夜节律失调在结直肠癌发生发展中的作用，并开发基于CR相关基因的预后模型 | 结直肠癌患者及其肿瘤组织 | digital pathology | colorectal cancer | bulk and single-cell RNA sequencing | machine learning | RNA-seq data | 未明确提及具体样本数量，但涉及CRC患者和正常组织的转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 8352 | 2025-05-12 |
Isoform-resolution single-cell RNA sequencing reveals the transcriptional panorama of adult Baoshan pig testis cells
2025-May-08, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11636-4
PMID:40340725
|
研究论文 | 本研究通过整合长读长（Nanopore）和短读长（Illumina）单细胞RNA测序技术，对保山猪睾丸细胞进行了转录组分析，揭示了睾丸细胞的异质性和精子发生的分子调控机制 | 首次在保山猪睾丸中应用长读长和短读长单细胞RNA测序技术，全面解析了睾丸细胞的转录组特征和精子发生的动态过程 | 研究仅针对保山猪睾丸细胞，结果可能不适用于其他物种或猪的其他品种 | 解析猪睾丸细胞的异质性和精子发生的分子调控机制 | 保山猪睾丸细胞 | 生殖生物学 | NA | Nanopore长读长测序, Illumina短读长测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 11,520个单细胞和23,402个基因 | NA | NA | NA | NA |
| 8353 | 2025-05-12 |
Single-cell multi-omics delineates the dynamics of distinct epigenetic codes coordinating mouse gastrulation
2025-May-08, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11619-5
PMID:40340740
|
研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术描绘了小鼠原肠胚形成过程中不同表观遗传代码的动态变化 | 整合scRNA-seq和单细胞ChIP-seq分析揭示了增强子激活与基因表达之间的'时间滞后'过渡模式，并构建了以关键转录因子为中心的基因调控网络 | 研究仅关注H3K27ac和H3K4me1两种组蛋白修饰，可能忽略了其他重要的表观遗传调控机制 | 阐明表观遗传重编程在小鼠原肠胚形成过程中的分子协调机制 | 小鼠胚胎 | 表观遗传学 | 先天性疾病 | 单细胞ChIP-seq, scRNA-seq | NA | 表观遗传组数据, 转录组数据 | 六个连续时间点收集的小鼠胚胎样本 | NA | NA | NA | NA |
| 8354 | 2025-05-12 |
Transcriptome-wide analysis reveals potential roles of CFD and ANGPTL4 in fibroblasts regulating B cell lineage for extracellular matrix-driven clustering and novel avenues for immunotherapy in breast cancer
2025-May-08, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-025-01237-y
PMID:40340806
|
研究论文 | 通过转录组和基因组数据分析乳腺癌中细胞外基质（ECM）的组成模式及其生物学功能，并探索其对免疫治疗的影响 | 首次识别了乳腺癌中三种不同的ECM簇，并发现ANGPTL4+和CFD+成纤维细胞通过不同信号通路调控B细胞谱系，为免疫治疗提供了新的生物标志物 | 研究主要依赖公共数据库数据，缺乏实验验证 | 探索乳腺癌中ECM的组成模式及其在肿瘤微环境中的作用，以及其对免疫治疗的影响 | 乳腺癌患者 | 数字病理 | 乳腺癌 | 转录组分析、单细胞RNA测序、机器学习 | 非负矩阵分解（NMF）、加权基因共表达网络分析（WGCNA） | 转录组数据、基因组数据 | TCGA数据库中的乳腺癌患者数据，以及10个独立公共队列（共6,736例样本） | NA | NA | NA | NA |
| 8355 | 2025-05-12 |
Identification of the "Collagen-Macrophage" sub-category of patients with colorectal cancer as an extension of the CMS4 subtype with THBS2 as a therapeutic target
2025-May-08, BMC gastroenterology
IF:2.5Q2
DOI:10.1186/s12876-025-03918-8
PMID:40340827
|
research paper | 该研究通过整合结肠癌转录组和单细胞转录组数据集，识别出一类富含'胶原蛋白-TAMs'的结直肠癌患者亚群，称为CM类，并发现CAF衍生的THBS2可作为潜在生物标志物 | 提出了一种新的结直肠癌患者分类系统CM类，作为传统CMS分类系统的扩展，并发现THBS2作为新的潜在免疫治疗联合靶点 | 未提及研究样本的具体数量或研究人群的详细信息 | 提高结直肠癌的分类准确性和治疗效果 | 结直肠癌患者及其肿瘤微环境 | digital pathology | colorectal cancer | 转录组测序, 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8356 | 2025-05-12 |
High-throughput strategies for monoclonal antibody screening: advances and challenges
2025-May-08, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-025-00513-z
PMID:40340930
|
综述 | 本文综述了高通量单克隆抗体筛选策略的最新进展与挑战 | 介绍了抗体库展示、单B细胞抗体技术和单细胞测序等新技术，显著降低了成本并提高了抗体开发效率 | 未具体讨论这些新技术在实际应用中可能遇到的具体技术障碍或限制条件 | 探讨高通量抗体开发的最新进展及其相对于传统方法的潜在优势 | 单克隆抗体的高通量筛选技术 | 生物医学工程 | NA | 抗体库展示、单B细胞抗体技术、单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8357 | 2025-05-12 |
The cancer stem cells characteristics analysis of LGR5 + cells that influence lung cancer risk by using single cell RNA-seq analysis
2025-May-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-00585-3
PMID:40341189
|
research paper | 通过单细胞RNA测序分析LGR5+细胞的癌症干细胞特性，研究其对肺癌风险的影响 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别LGR5+干细胞在肺腺癌进展中的关键作用，并发现其hub基因如HLA-DPB1、CD74、CTSH和HLA-DRB5介导独特的转录状态 | 研究仅基于公开数据库GSE149655的数据，实验验证部分仅使用了BEAS-2B和A549细胞系，可能无法完全代表临床样本的复杂性 | 探索肺腺癌中癌症干细胞的特性及其在癌症进展中的作用 | 肺腺癌(LUAD)中的LGR5+干细胞 | digital pathology | lung cancer | single cell RNA-seq, qRT-PCR, western blotting, wound healing, trans-well assays, EdU tests, flow cytometry | NA | RNA-seq数据 | GSE149655数据集中的单细胞RNA-seq数据，以及BEAS-2B和A549细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 8358 | 2025-05-12 |
Integrated analysis of MIOX gene in prognosis of clear-cell renal cell carcinoma
2025-May-08, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07698-7
PMID:40341358
|
研究论文 | 本研究通过整合分析MIOX基因在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)预后中的作用，揭示了其作为独立预后标志物的潜力 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组分析确定了MIOX在ccRCC中的特异性，并验证了其作为独立预后标志物的价值 | 研究主要基于TCGA数据库，缺乏外部验证队列 | 探索铁死亡相关基因对ccRCC患者预后的影响 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者 | 癌症基因组学 | 肾癌 | scRNA-seq, 空间转录组分析, Lasso回归分析, Kaplan-Meier分析 | NA | 基因表达数据 | TCGA数据库中的ccRCC样本与正常组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 8359 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals an Aggressive Basal-Like Tumor Cell Subpopulation Associated With Poor Prognosis in Intrahepatic Cholangiocarcinoma
2025-May, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.16915
PMID:39993788
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析发现与肝内胆管癌不良预后相关的侵袭性基底样肿瘤细胞亚群 | 首次在肝内胆管癌中鉴定出具有基底上皮特征的侵袭性肿瘤细胞亚群，并揭示其通过HGF-MET轴与炎症性癌相关成纤维细胞的相互作用机制 | 样本量相对有限（23例患者），需要更大规模研究验证发现 | 解析肝内胆管癌的肿瘤异质性并识别新的治疗靶点 | 肝内胆管癌患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 免疫组织化学染色, 多重免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, bulk RNA-seq数据, 图像数据 | 26个肿瘤样本（来自23例患者）+ 6个肿瘤切片（来自6例患者）+ 两个公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 8360 | 2025-10-06 |
Centromere protein U mediates the ubiquitination and degradation of RPS3 to facilitate temozolomide resistance in glioblastoma
2025-May, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy
IF:15.8Q1
DOI:10.1016/j.drup.2025.101214
PMID:40023134
|
研究论文 | 本研究揭示了着丝粒蛋白U通过介导RPS3的泛素化降解促进胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药的新机制 | 首次发现CENPU通过TRIM5α介导RPS3在K214位点的多聚泛素化降解，激活ERK1/2通路并上调RAD51表达，从而增强DNA损伤修复能力 | NA | 阐明胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药的分子机制并探索增强其敏感性的方法 | 胶质母细胞瘤类器官、胶质瘤小鼠模型、胶质母细胞瘤细胞 | 癌症生物学 | 胶质母细胞瘤 | 转录组测序、单细胞测序、免疫组织化学、免疫荧光、慢病毒转导、免疫共沉淀、质谱分析、碱性彗星实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、组织病理学图像 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |