本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8301 | 2025-10-06 |
Application of scRNA-seq in Dental Research: Seeking Regenerative Clues From the Structure of Tooth and Periodontium in Physical or Pathological States
2025-Feb-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL26200
PMID:40018926
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在牙齿和牙周组织研究中的应用,揭示了组织细胞组成并识别了新细胞类型 | 通过单细胞测序首次系统揭示牙齿和牙周组织的细胞组成变化及细胞间通讯模式在病理状态下的改变 | NA | 探索牙齿和牙周组织在生理和病理状态下的再生机制 | 牙齿和牙周组织 | 单细胞生物学 | 牙科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8302 | 2025-10-06 |
A novel classification method for LUAD that guides personalized immunotherapy on the basis of the cross-talk of coagulation- and macrophage-related genes
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1518102
PMID:40018029
|
研究论文 | 基于凝血和巨噬细胞相关基因的交叉作用,开发了一种新的肺腺癌分类方法以指导个性化免疫治疗 | 首次整合凝血相关基因和巨噬细胞相关基因,定义了33个COMAR基因并建立了肺腺癌三种新亚型分类系统 | 需要外部数据队列和临床样本进一步验证模型的普适性 | 探索基于凝血和巨噬细胞的新型分类方法,以更好地指导肺腺癌患者的精准治疗 | 肺腺癌(LUAD)患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | WGCNA, scRNA-seq分析, 无监督聚类分析, 差异表达基因分析 | 预后风险评分模型 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 未明确具体样本数量,但使用了外部数据队列和临床样本进行验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8303 | 2025-10-06 |
Modulation of double-negative T cells by Huang-Lian-Jie-Du Decoction attenuates neuroinflammation in ischemic stroke: insights from single-cell transcriptomics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1537277
PMID:40018035
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了黄连解毒汤通过调节双阴性T细胞亚型平衡减轻缺血性脑卒中神经炎症的机制 | 首次在缺血性脑卒中中发现双阴性T细胞存在活化细胞毒性和静息免疫抑制两种功能亚型,并揭示中药复方黄连解毒汤可通过调节这两种亚型平衡发挥神经保护作用 | 双阴性T细胞介导免疫反应的具体机制尚未完全阐明,黄连解毒汤在其他神经炎症疾病中的应用需要进一步研究 | 探讨黄连解毒汤对缺血性脑卒中急性期双阴性T细胞的调节作用及其神经保护机制 | 缺血性脑卒中模型中的双阴性T细胞 | 单细胞转录组学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8304 | 2025-10-06 |
Elevated levels of IRF1 and CASP1 as pyroptosis-related biomarkers for intestinal epithelial cells in Crohn's disease
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1551547
PMID:40018047
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,识别出IRF1和CASP1作为克罗恩病肠道上皮细胞焦亡相关的关键生物标志物 | 首次系统识别并验证IRF1和CASP1在克罗恩病肠道上皮细胞焦亡中的关键作用,并证明其在不同CD亚型中的诊断价值 | 研究主要聚焦于IRF1和CASP1,其他焦亡相关基因的作用仍需进一步探索 | 探索焦亡在克罗恩病肠道上皮细胞中的作用机制并识别关键生物标志物 | 克罗恩病患者肠道上皮细胞、TNBS诱导的结肠炎大鼠模型 | 生物信息学 | 克罗恩病 | 差异表达分析、机器学习算法、单细胞测序分析、RT-PCR、蛋白质印迹 | 机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | GEO数据库数据集、临床样本、TNBS诱导的结肠炎大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8305 | 2025-05-12 |
Integration of bulk RNA-seq and scRNA-seq reveals transcriptomic signatures associated with deep vein thrombosis
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1551879
PMID:40342960
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,揭示了与深静脉血栓形成(DVT)相关的转录组特征,并识别了潜在的遗传标记 | 结合bulk RNA-seq和scRNA-seq技术,识别了DVT相关的8个高度特征性基因,并验证了CXCR4作为潜在遗传标记的作用 | 样本量相对较小(内部测试集11例患者+6例对照,外部测试集12例患者+6例对照),需要更大规模研究验证 | 识别和验证与深静脉血栓形成(DVT)相关的最具特征性的基因 | DVT患者和对照组的全血样本 | 生物信息学 | 心血管疾病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, 机器学习算法, 免疫荧光 | WGCNA, 机器学习算法 | RNA-seq数据 | 内部测试集17例(11患者+6对照),外部测试集18例(12患者+6对照),scRNA-seq 6例(3患者+3对照) | NA | NA | NA | NA |
| 8306 | 2025-05-12 |
Decoding immune cell interactions during cardiac allograft vasculopathy: insights derived from bioinformatic strategies
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1568528
PMID:40342971
|
review | 本文综述了单细胞和多组学方法在心脏同种异体移植血管病变(CAV)研究中的应用,总结了最新发现并讨论了其对理解CAV发病机制的意义 | 总结了单细胞RNA测序等先进技术在揭示CAV中免疫-内皮-基质相互作用方面的突破性发现 | 目前将这些技术应用于CAV的研究仍然较少,限制了这些发现向临床实践的转化 | 理解心脏移植后慢性同种异体移植血管病变(CAV)的发病机制 | 心脏移植受者的血管病变 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8307 | 2025-05-12 |
PDGF-BB overexpressing dental pulp stem cells improve angiogenesis in dental pulp regeneration
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1578410
PMID:40343206
|
research paper | 研究通过scRNA-seq发现PDGF(+)间充质亚群具有增强的血管生成特征,并通过过表达PDGF-BB的DPSCs改善牙髓再生中的血管生成 | 通过scRNA-seq识别PDGF(+)亚群并验证其与血管的关联,以及通过基因工程增强DPSCs的血管生成能力 | 研究主要基于体外和动物模型,尚未进行临床试验 | 改善牙髓再生中的血管生成问题 | 牙髓干细胞(DPSCs)和PDGF(+)间充质亚群 | digital pathology | dental disease | scRNA-seq, 多重免疫组化, 慢病毒载体转染 | NA | RNA-seq数据, 免疫组化图像 | 人类牙髓样本和大鼠肾囊移植模型 | NA | NA | NA | NA |
| 8308 | 2025-05-12 |
Leveraging transcriptome-wide association studies identifies the relationship between upper respiratory flora and cell type-specific gene expression in severe respiratory disease
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0322864
PMID:40343915
|
研究论文 | 本研究利用转录组范围关联研究(TWAS)探讨了上呼吸道菌群与严重流感样疾病(ILI)中免疫细胞特异性基因表达的关系 | 首次结合GWAS数据和scRNA-seq数据,通过TWAS方法揭示了上呼吸道菌群与免疫细胞基因表达的关联,并识别了影响ILI进展的关键免疫细胞类型和通路 | 研究样本量相对有限(1195例GWAS数据),且仅关注了严重ILI患者 | 探究上呼吸道菌群如何通过调节免疫细胞功能影响ILI的疾病进展 | 上呼吸道菌群和免疫细胞(如CD4+T效应记忆细胞、cDCs、NK细胞等) | 基因组学与免疫学 | 呼吸道疾病 | GWAS、scRNA-seq、LDSC、MAGMA、scDRS、FUSION | TWAS | 基因组数据和单细胞转录组数据 | 1195例严重ILI相关的GWAS数据 | NA | NA | NA | NA |
| 8309 | 2025-05-12 |
scRNA-seq and scATAC-seq analyses highlight the role of TNF signaling pathway in chronic obstructive pulmonary disease model mice
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0322538
PMID:40343927
|
研究论文 | 通过scRNA-seq和scATAC-seq分析,研究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病模型小鼠中的作用 | 结合scRNA-seq和scATAC-seq技术,揭示了TNF信号通路在COPD模型小鼠中的重要作用 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人体中验证 | 探究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病(COPD)发病机制中的作用 | C57BL/6小鼠的肺组织样本 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq | COPD小鼠模型 | 单细胞测序数据 | 未明确说明数量的小鼠肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 8310 | 2025-05-11 |
Mature tertiary lymphoid structures evoke intra-tumoral T and B cell responses via progenitor exhausted CD4+ T cells in head and neck cancer
2025-May-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59341-w
PMID:40335494
|
research paper | 研究头颈癌中成熟三级淋巴结构(mTLS)通过祖细胞耗竭的CD4+ T细胞促进肿瘤内T和B细胞反应的机制 | 揭示了mTLS通过祖细胞耗竭的CD4+ T细胞激活B细胞和DC-LAMP树突状细胞,从而支持CD8+ T细胞活化的新机制 | 研究仅针对头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者,未涉及其他癌症类型 | 探究mTLS在肿瘤免疫中的作用机制及其对免疫检查点阻断(ICB)治疗反应的影响 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者的肿瘤组织 | 肿瘤免疫学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序、抗原受体测序和空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者肿瘤组织样本(具体数量未提及) | NA | NA | NA | NA |
| 8311 | 2025-05-11 |
Spatial transcriptomics reveals tumor microenvironment heterogeneity in EBV positive diffuse large B cell lymphoma
2025-May-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-00410-x
PMID:40335578
|
研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术,研究EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境异质性及其与预后的关系 | 首次整合10X Visium空间转录组学和scRNA-seq技术,揭示EBV+DLBCL中PD-1/PD-L1信号通路的免疫抑制特性,并验证PD-1/PD-L1抑制剂BMS202的治疗潜力 | 研究样本量未明确说明,且功能验证仅限于EBV+Farage细胞系 | 探究EBV+DLBCL肿瘤微环境异质性及其对患者生存的影响 | EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤(EBV+DLBCL) | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 10X Visium空间转录组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8312 | 2025-05-11 |
Immunodynamic axis of fibroblast-driven neutrophil infiltration in acute pancreatitis: NF-κB-HIF-1α-CXCL1
2025-May-07, Cellular & molecular biology letters
IF:9.2Q1
DOI:10.1186/s11658-025-00734-6
PMID:40335899
|
研究论文 | 本研究揭示了成纤维细胞通过NF-κB-HIF-1α-CXCL1信号轴驱动中性粒细胞浸润在急性胰腺炎中的免疫动力学机制 | 首次证明成纤维细胞激活是中性粒细胞浸润的免疫驱动因素之一,并阐明NF-κB-HIF-1α通路驱动的糖酵解是成纤维细胞分泌CXCL1趋化中性粒细胞的内在分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本验证不足 | 阐明急性胰腺炎中成纤维细胞驱动中性粒细胞过度浸润的分子机制 | C57BL/6J小鼠模型和人类胰腺星状细胞 | 免疫学 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞迁移实验、细胞转染、免疫荧光、流式细胞术、Western blot、RT-qPCR、共免疫沉淀(co-IP) | 小鼠急性胰腺炎模型 | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本数量,使用C57BL/6J小鼠和人类胰腺星状细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 8313 | 2025-05-11 |
Surgery/anesthesia may cause monocytes to promote tumor development
2025-May-07, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-025-01213-6
PMID:40335909
|
研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术探讨了手术/麻醉对围手术期外周血单个核细胞的影响 | 首次在围手术期使用单细胞测序技术深入分析手术/麻醉对免疫细胞的影响,特别是发现单核细胞可能促进肿瘤发展 | 样本量较小(仅4名患者),观察时间较短(仅48小时) | 研究手术/麻醉对围手术期患者免疫系统的影响 | 接受大手术患者的围手术期外周血单个核细胞 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞测序, RT-PCR | NA | 单细胞RNA测序数据 | 4名手术患者 | NA | NA | NA | NA |
| 8314 | 2025-05-11 |
PAQR5 drives the malignant progression and shapes the immunosuppressive microenvironment of hepatocellular carcinoma by activating the NF-κB signaling
2025-May-07, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00785-z
PMID:40336138
|
研究论文 | 本研究揭示了PAQR5通过激活NF-κB信号通路促进肝细胞癌(HCC)恶性进展和免疫抑制微环境形成的分子机制 | 首次系统阐明了PAQR5在HCC中的致癌作用机制,并通过多组学分析和实验验证揭示了其通过ERK/NF-κB信号轴驱动肿瘤进展的新机制 | 研究主要基于细胞和动物模型,临床转化应用仍需进一步验证 | 阐明PAQR5在肝细胞癌进展中的作用机制及其对肿瘤免疫微环境的调控 | 肝细胞癌组织和细胞系 | 肿瘤生物学 | 肝细胞癌 | 多组学分析(包括bulk转录组、单细胞转录组和空间转录组)、体外实验和体内实验 | NA | 转录组数据、实验数据 | 未明确说明具体样本量,但涉及多个转录组队列和实验模型 | NA | NA | NA | NA |
| 8315 | 2025-05-11 |
Positive Prognostic Overall Survival Impacts of Methylated TGFB2 and MGMT in Adult Glioblastoma Patients
2025-Mar-27, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17071122
PMID:40338274
|
research paper | 探讨了TGFB2和MGMT基因甲基化对成人胶质母细胞瘤患者总体生存期的积极影响 | 首次发现TGFB2和MGMT基因甲基化水平升高可预测胶质母细胞瘤患者总体生存期改善,尤其在年轻成年男性患者中效果显著 | 研究基于TCGA数据集,可能需要更多独立数据集验证 | 评估TGFB2和MGMT基因甲基化对胶质母细胞瘤患者预后的影响 | 成人胶质母细胞瘤患者 | digital pathology | glioblastoma | 甲基化分析,单细胞RNA-seq | Cox比例风险模型 | 基因表达数据 | TCGA数据集中的胶质母细胞瘤患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 8316 | 2025-05-10 |
Loss of ADAP1/CentA1 Protects Against Autoimmune Demyelination
2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202403078R
PMID:40326762
|
研究论文 | 本文研究了ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫中的作用,发现其缺失可以部分抵抗实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)的发展 | 揭示了ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫中的新功能,特别是在调节Tregs、单核细胞和NK细胞功能方面的作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性的验证尚不充分 | 探究ADAP1/CentA1在中枢神经系统自身免疫疾病中的机制作用 | ADAP1/CentA1缺陷小鼠和实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型 | 神经免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | EAE小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8317 | 2025-05-10 |
Allometry of cell types in planarians by single-cell transcriptomics
2025-May-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adm7042
PMID:40333969
|
research paper | 研究通过单细胞RNA测序技术探索了涡虫中细胞类型的异速生长关系 | 首次利用scRNA-seq技术研究涡虫细胞类型的异速生长,揭示了不同大小涡虫中细胞类型比例的变化及其与能量储存的关系 | 研究仅针对无性繁殖的涡虫,结果可能不适用于其他生物 | 探索细胞类型异速生长的分子和细胞机制 | 无性繁殖的涡虫 | 单细胞转录组学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 不同大小的涡虫样本 | NA | NA | NA | NA |
| 8318 | 2025-05-10 |
Impaired ketogenesis in Leydig Cells drives testicular aging
2025-May-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59591-8
PMID:40328805
|
研究论文 | 该研究揭示了睾丸衰老过程中Leydig细胞酮生成受损的关键作用及其机制 | 首次发现Leydig细胞中酮生成关键酶Hmgcs2表达随年龄下降,并阐明β-羟基丁酸通过Foxo3a延缓细胞衰老的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类睾丸衰老的类似机制仍需验证 | 探究睾丸衰老的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 年轻与老年小鼠的Leydig细胞 | 生殖生物学 | 睾丸功能障碍 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 小鼠衰老模型 | 基因表达数据、代谢物浓度数据 | 年轻与老年小鼠睾丸组织及Leydig细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 8319 | 2025-05-10 |
Integrative bioinformatics and machine learning identify key crosstalk genes and immune interactions in head and neck cancer and Hodgkin lymphoma
2025-May-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-99017-5
PMID:40328901
|
research paper | 该研究通过整合生物信息学和机器学习技术,识别头颈癌和霍奇金淋巴瘤中的关键交叉基因和免疫相互作用 | 首次探索头颈癌和霍奇金淋巴瘤之间的分子交叉作用,并利用机器学习算法筛选关键生物标志物 | 研究依赖于公开数据集,未进行实验验证 | 阐明头颈癌和霍奇金淋巴瘤的共享分子机制,识别潜在诊断生物标志物和治疗靶点 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)和霍奇金淋巴瘤(HL) | 生物信息学 | 头颈癌, 霍奇金淋巴瘤 | RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 加权基因共表达网络分析(WGCNA) | LASSO回归, 随机森林, SVM-RFE | RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8320 | 2025-05-10 |
Recurrence of acute allergic asthma depends on the role of ILC2 driven by Il1rl1 signaling
2025-May-06, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02220-0
PMID:40329299
|
研究论文 | 研究通过建立急性过敏性哮喘复发小鼠模型,揭示了ILC2s通过Il1rl1信号通路在哮喘复发中的关键作用 | 首次发现ILC2s通过Il1rl1信号通路驱动急性过敏性哮喘的复发,并验证了Il1rl1缺失可显著抑制哮喘复发 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类患者中验证 | 探索哮喘复发的细胞和分子机制,寻找预防哮喘恶化的新治疗策略 | 急性过敏性哮喘小鼠模型 | 免疫学 | 哮喘 | 单细胞转录组学、流式细胞术、基因敲除实验 | 小鼠模型 | 转录组数据、流式细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |