本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8241 | 2025-10-06 |
Comprehensive Analysis Identifies THEMIS2 as a Potential Prognostic and Immunological Biomarker in Glioblastoma
2025-01-07, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14020066
PMID:39851494
|
研究论文 | 首次发现THEMIS2作为胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞介导免疫抑制的关键调控因子 | 首次揭示THEMIS2在胶质母细胞瘤免疫微环境中的关键作用及其与肿瘤相关巨噬细胞免疫抑制功能的关联 | NA | 探索胶质母细胞瘤免疫逃逸机制并寻找新的预后标志物和治疗靶点 | 胶质母细胞瘤患者样本和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8242 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing of adult primate neocortex reveals the regulatory dynamics of neural plasticity
2025, American journal of translational research
IF:1.7Q4
DOI:10.62347/ZEOR5569
PMID:40385068
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析成年灵长类新皮质基因表达动态,揭示神经可塑性的调控机制 | 首次在成年灵长类新皮质中发现抑制性神经元的基因表达轨迹与发育期相似,并识别出与神经可塑性相关的关键驱动基因 | 研究仅聚焦于初级视觉皮层的特定抑制神经元亚型,未涵盖其他脑区或神经元类型 | 探究成年灵长类新皮质基因表达动态及其分子基础 | 食蟹猴初级视觉皮层的抑制性神经元(源自内侧神经节隆起) | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, RNA velocity, scVelo算法 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8243 | 2025-10-06 |
Intra-tumoural RAMP1+ B cells promote resistance to neoadjuvant anti-PD-1-based therapy in oesophageal squamous cell carcinoma
2025, Immunotherapy advances
IF:4.1Q2
DOI:10.1093/immadv/ltaf012
PMID:40385640
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现RAMP1+ B细胞在食管鳞癌中对新辅助免疫治疗产生耐药性,并揭示了其通过CGRP-RAMP轴抑制CD8+ T细胞活性的机制 | 首次在食管鳞癌中发现RAMP1+ B细胞亚群介导免疫治疗耐药,并证明靶向CGRP-RAMP轴可增强抗PD-1疗法效果 | 研究主要基于体外实验,需要进一步临床验证 | 研究B细胞亚群及其分化上游信号在食管鳞癌免疫治疗耐药中的作用 | 食管鳞癌患者肿瘤样本 | 单细胞生物学 | 食管鳞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 具有不同免疫治疗反应的食管鳞癌标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8244 | 2025-10-06 |
Targeting Tumor Differentiation Grade-related Genes Prognostic Signature Including COL5A1 Based on Single-cell RNA-seq in Gastric Cancer
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.107509
PMID:40386054
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序技术鉴定胃癌肿瘤分化等级相关基因预后标志物 | 首次通过单细胞RNA测序结合WGCNA分析构建包含COL5A1的胃癌分化等级相关基因预后特征 | 基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 建立胃癌肿瘤分化等级相关的基因预后标志物 | 胃癌患者样本 | 单细胞测序分析 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析,HE染色,Kaplan-Meier生存分析 | Cox回归模型 | 单细胞RNA测序数据,临床数据 | GEO数据库中的胃癌单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8245 | 2025-10-06 |
IL7-IL7R Interaction Mediates Fibroblast-Driven Macrophage-to-Osteoclast Differentiation in Periodontitis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S524284
PMID:40386183
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和实验验证发现IL7R+巨噬细胞是牙周炎中潜在的破骨细胞前体,并揭示了成纤维细胞通过IL7-IL7R信号轴驱动巨噬细胞向破骨细胞分化的新机制 | 首次鉴定出IL7R+巨噬细胞作为牙周炎中具有显著破骨分化潜能的特定亚群,并揭示成纤维细胞通过分泌IL7激活该信号通路的新机制 | NA | 鉴定牙周炎中具有破骨细胞生成潜能的巨噬细胞亚群及其调控机制 | 人类和小鼠牙周炎样本中的巨噬细胞和单核细胞 | 单细胞生物学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, ELISA, TRAP染色, micro-CT, qPCR, 流式细胞术, 免疫荧光染色 | 机器学习 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8246 | 2025-10-06 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomics Explore Purine Metabolism-Related Prognostic Risk Model and Tumor Immune Microenvironment Modulation in Ovarian Cancer
2025, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/5530325
PMID:40386292
|
研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学探索嘌呤代谢相关预后风险模型及其在卵巢癌肿瘤免疫微环境调控中的作用 | 首次构建基于12个嘌呤代谢相关基因的预后风险模型,并发现NME6+上皮细胞作为卵巢癌保护性因子 | 使用公共数据集,样本来源可能受限;需要进一步实验验证 | 探索嘌呤代谢在卵巢癌预后评估和免疫微环境调控中的作用机制 | 卵巢癌患者样本和细胞系 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, RT-qPCR | LASSO回归, 多元回归分析 | 单细胞测序数据, 空间转录组数据, 基因表达数据 | 来自不同公共数据集的卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8247 | 2025-10-06 |
Spatial multi-omics analysis of metabolic heterogeneity in zebrafish exposed to microcystin-LR and its disinfection byproducts
2025-Jul-15, Water research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.watres.2025.123599
PMID:40209558
|
研究论文 | 本研究采用空间多组学技术分析斑马鱼暴露于微囊藻毒素-LR及其消毒副产物后的代谢异质性 | 首次将空间多组学技术应用于环境污染物研究,整合代谢组学、空间代谢组学和空间转录组学,揭示污染物在器官层面的空间分布特征 | 研究仅针对斑马鱼模型,结果向其他物种的推广需要进一步验证 | 探究微囊藻毒素-LR及其消毒副产物对斑马鱼的生物效应和空间代谢异质性 | 斑马鱼 | 空间多组学 | 环境毒理学 | 空间代谢组学, 空间转录组学, 代谢组学 | NA | 空间多组学数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 8248 | 2025-05-20 |
Integration of Bulk RNA and Single-Cell Analyses Reveal Distinct Expression Patterns of Anoikis-Related Genes and the Immunosuppressive Role of NQO1+ Macrophages in Hepatocellular Carcinoma
2025-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202501310R
PMID:40386974
|
研究论文 | 本研究通过整合批量RNA和单细胞RNA测序分析,探讨了anoikis相关基因(ARGs)在肝细胞癌(HCC)中的预后价值及其对免疫抑制微环境的影响 | 建立了一个包含11个ARGs的anoikis相关基因风险评分模型(ARGRS),并通过单细胞RNA测序评估了ARGs在HCC中的异质性,同时揭示了NQO1+巨噬细胞的免疫抑制作用 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内实验验证 | 探讨ARGs在HCC中的预后价值及其对免疫抑制微环境的影响 | 肝细胞癌(HCC)患者和NQO1+巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 批量RNA测序和单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习模型 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8249 | 2025-10-06 |
Cutaneous granulomas: mechanisms, cellular interactions and therapeutic insights
2025-May-19, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf096
PMID:40080709
|
综述 | 本文系统综述皮肤肉芽肿的形成机制、细胞相互作用及治疗前景 | 重点关注TREM2+巨噬细胞在肉芽肿形成中的作用及单细胞RNA测序技术揭示的细胞异质性 | 肉芽肿形成的精确过程及其功能意义仍不明确 | 探讨肉芽肿的本质及其在皮肤疾病中的形成机制 | 皮肤肉芽肿及相关疾病(结节病、环状肉芽肿、结核、麻风等) | NA | 皮肤肉芽肿性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8250 | 2025-10-06 |
New insights into tumor microenvironment and HPV integrations in cervical cancer pathogenesis revealed by single-cell transcriptome data
2025-May-17, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddaf027
PMID:40151001
|
研究论文 | 通过单细胞转录组数据分析宫颈癌肿瘤微环境和HPV整合事件 | 开发了从单细胞RNA测序数据识别HPV整合事件的方法,发现了新的HPV重复整合基因 | 样本量相对有限,仅分析了特定疾病阶段的患者 | 研究宫颈癌发病机制中细胞异质性与HPV整合的关联 | 正常患者和三个疾病阶段(HSIL、MIC、CSCC)的宫颈组织 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 正常患者和三个疾病阶段患者的宫颈组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8251 | 2025-10-06 |
Histone HIST1 genes and tumor-infiltrating lymphocytes in a child with γδ T cell acute lymphoblastic leukemia by single-cell sequencing
2025-Apr-23, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiaf022
PMID:39973604
|
病例报告 | 通过单细胞测序技术研究儿童γδ T细胞急性淋巴细胞白血病中HIST1组蛋白基因与肿瘤浸润淋巴细胞的关系 | 首次在γδ T-ALL中发现HIST1组蛋白基因与疾病的相关性,并揭示γδ T细胞对抗该白血病的潜在效应功能 | 单一样本病例研究,结果需要更大样本量验证 | 探索γδ T-ALL的生物学特征和潜在治疗靶点 | 儿童γδ T细胞急性淋巴细胞白血病患者 | 单细胞测序 | 急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例儿童患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8252 | 2025-10-06 |
Exploring the comorbidity mechanisms between atherosclerosis and hashimoto's thyroiditis based on microarray and single-cell sequencing analysis
2025-01-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85112-0
PMID:39805933
|
研究论文 | 本研究通过微阵列和单细胞测序分析探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制 | 首次结合WGCNA、生物信息学分析和单细胞测序技术系统揭示AS与HT的共享致病机制,鉴定出PTPRC和TYROBP作为关键生物标志物 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证;样本来源和数量可能存在限制 | 探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病分子机制 | 动脉粥样硬化和桥本甲状腺炎患者基因表达数据 | 生物信息学 | 心血管疾病,自身免疫性疾病 | 微阵列测序,单细胞测序分析,生物信息学分析 | WGCNA, Limma, CIBERSORT, cytoHubba | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的多个数据集,包含119个候选基因 | NA | 单细胞测序,微阵列分析 | NA | NA |
| 8253 | 2025-10-06 |
TransAnno-Net: A Deep Learning Framework for Accurate Cell Type Annotation of Mouse Lung Tissue Using Self-supervised Pretraining
2025-Jul, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108809
PMID:40315689
|
研究论文 | 提出一种基于自监督预训练和Transformer架构的深度学习框架,用于小鼠肺组织单细胞RNA测序数据的细胞类型注释 | 采用自监督预训练策略,利用大量未标记数据预训练模型,仅需少量标记数据进行微调,显著降低标注成本并提高模型效率和可迁移性 | 主要针对小鼠肺组织数据,在其他组织或物种中的适用性需要进一步验证 | 开发高效准确的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法 | 小鼠肺组织单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 肺疾病 | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | 约100,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8254 | 2025-10-06 |
DNA hypermethylation of PLTP mediated by DNMT3B aggravates vascular dysfunction in diabetic retinopathy via the AKT/GSK3β signaling pathway
2025-May-17, Clinical epigenetics
IF:4.8Q1
DOI:10.1186/s13148-025-01874-4
PMID:40380281
|
研究论文 | 本研究揭示DNMT3B介导的PLTP基因DNA高甲基化通过AKT/GSK3β信号通路加重糖尿病视网膜病变中的血管功能障碍 | 首次发现DNMT3B介导的PLTP启动子高甲基化在糖尿病视网膜病变血管功能障碍中的关键作用机制 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,需要进一步临床验证 | 阐明PLTP在糖尿病视网膜病变血管功能障碍中的作用及DNA甲基化调控机制 | 人视网膜微血管内皮细胞和高糖处理的糖尿病小鼠模型 | 分子生物学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞测序,转录组测序,免疫共沉淀,荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据,甲基化数据,蛋白互作数据 | 细胞系和小鼠模型 | NA | 单细胞测序,转录组测序 | NA | NA |
| 8255 | 2025-10-06 |
Integrating multi-omics data to identify the role of Aggrephagy-related genes in tumor microenvironment and key tumorigenesis factors of GB from the perspective of single-cell sequencing
2025-May-16, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02431-4
PMID:40377747
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术探索聚集性自噬相关基因在胶质母细胞瘤肿瘤微环境中的作用及其与肿瘤发生的关系 | 首次从单细胞测序角度系统研究聚集性自噬相关基因在胶质母细胞瘤中的作用,发现TUBA1C和UBB作为潜在治疗靶点 | NA | 揭示聚集性自噬相关基因在胶质母细胞瘤肿瘤微环境和肿瘤发生中的关键作用 | 胶质母细胞瘤肿瘤微环境中的细胞亚型 | 单细胞测序 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞测序,非负矩阵分解,分子对接分析 | 非负矩阵分解 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 8256 | 2025-10-06 |
Deciphering the interaction between the expression of LRP2 served as a mitochondrial metabolism-related gene and prognosis in colon cancer integrating multi-omics analysis
2025-May-16, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02568-2
PMID:40377809
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨线粒体代谢相关基因LRP2在结肠癌中的表达及其预后价值 | 首次将LRP2鉴定为结肠癌中线粒体代谢相关关键基因,并系统验证其与预后、病理分期和药物敏感性的关联 | 研究样本量有限,机制研究深度不足,需要更多实验验证LRP2的具体作用机制 | 探索LRP2在结肠癌中的表达特征及其临床预后价值 | 结肠腺癌患者样本和结肠癌细胞系 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞测序,转录组学,免疫组化,细胞增殖检测 | Cox回归分析,共识聚类 | 基因表达数据,临床数据,细胞实验数据 | TCGA数据库结肠癌样本和GEO数据库验证样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 8257 | 2025-10-06 |
Sialyltransferase gene signature as a predictor of prognosis and therapeutic response in kidney renal clear cell carcinoma
2025-May-16, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02566-4
PMID:40377806
|
研究论文 | 本研究基于唾液酸转移酶相关基因构建了一个预测肾透明细胞癌预后和治疗反应的预后模型 | 首次基于唾液酸转移酶相关基因构建KIRC预后模型,并通过单细胞RNA测序分析揭示了唾液酸化在肿瘤微环境中的关键作用 | 研究主要依赖公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发基于唾液酸转移酶相关基因的预后模型,预测KIRC患者的预后和治疗反应 | 肾透明细胞癌患者 | 生物信息学 | 肾癌 | RNA-Seq, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | Cox回归风险模型 | 基因表达数据 | TCGA和ICGC数据库中的KIRC样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 8258 | 2025-10-06 |
The critical role of BMP signaling in gastric epithelial cell differentiation revealed by organoids
2025-May-16, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-025-00237-x
PMID:40377813
|
研究论文 | 本研究通过胃类器官模型揭示了BMP信号在胃上皮细胞分化中的关键作用 | 发现BMP4信号刺激pit细胞和壁细胞分化,鉴定Zbtb7b为pit细胞分化的新调控因子,并揭示小鼠与人类在壁细胞和主细胞分化要求上的差异 | 研究主要基于体外类器官模型,需要进一步在体内验证 | 阐明胃上皮细胞分化的分子调控机制 | 小鼠和人类胃类器官 | 发育生物学 | 胃疾病 | 单细胞RNA测序,信号通路调控,类器官培养 | 类器官模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8259 | 2025-10-06 |
Advances in spatial transcriptomics and its application in the musculoskeletal system
2025-May-16, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-025-00429-w
PMID:40379648
|
综述 | 总结空间转录组学技术进展及其在肌肉骨骼系统研究中的应用 | 系统梳理空间转录组学在肌肉骨骼系统研究中的最新应用,强调其在解析组织空间结构和细胞互作方面的独特优势 | NA | 探讨空间转录组学技术在肌肉骨骼系统研究中的应用现状与前景 | 肌肉骨骼系统 | 空间转录组学 | 肌肉骨骼系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 8260 | 2025-10-06 |
USP2 inhibition unleashes CD47-restrained phagocytosis and enhances anti-tumor immunity
2025-May-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59621-5
PMID:40379682
|
研究论文 | 本研究揭示USP2通过去泛素化稳定CD47蛋白,抑制USP2可促进CD47降解并重塑肿瘤微环境,从而增强抗PD-1免疫治疗效果 | 首次发现USP2通过去泛素化机制调控CD47稳定性,并证明靶向USP2-CD47轴可增强抗肿瘤免疫 | 研究主要基于小鼠模型,临床相关性仍需进一步验证 | 探索CD47的调控机制并开发更有效的联合免疫疗法 | 肿瘤细胞、巨噬细胞、CD8 T细胞等免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |