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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 801 | 2026-03-10 |
TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes
2025-02-28, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baaf012
PMID:40036846
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研究论文 | 本研究构建了TcEVdb数据库,通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中探索T细胞来源的小细胞外囊泡的表达和聚类 | 首次创建了专门针对T细胞来源小细胞外囊泡的综合性数据库,整合了多项目、多组织来源的单细胞转录组数据,揭示了TcEV的异质性 | 数据库依赖于现有单细胞RNA测序数据的质量和覆盖范围,可能无法完全捕捉所有TcEV亚群 | 探索T细胞来源细胞外囊泡的转录组特征和异质性,以促进基于EV的疾病诊断和治疗研究 | T细胞来源的小细胞外囊泡 | 生物信息学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | SEVtras方法 | 单细胞转录组数据 | 277,265个EV液滴,来自21个项目中的221个样本,涵盖51种T细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 802 | 2026-03-10 |
ScLineageAtlas: a comprehensive single-cell genomics database for characterizing cellular clones in cancer
2025-01-18, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baaf046
PMID:40996711
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研究论文 | 介绍了一个名为ScLineageAtlas的综合单细胞基因组学数据库,用于表征多种癌症类型中的细胞克隆 | 整合了24个处理过的单细胞RNA测序数据集,涵盖13种不同癌症类型,并利用先进计算方法识别细胞克隆,提供克隆关系和进化动力学的详细视图 | 数据库目前仅包含24个数据集,可能覆盖的癌症类型和样本量有限,且依赖于现有计算方法,可能受算法准确性限制 | 通过表征细胞克隆来研究癌症的起始、发展和治疗机制,促进对肿瘤异质性和进化轨迹的理解 | 多种癌症类型中的细胞克隆,包括单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 24个处理过的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 803 | 2026-03-09 |
Epithelial pyroptosis-induced TREM1+ macrophages activate Th17 cells to accelerate oral mucosal inflammation
2025-Nov-29, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02853-7
PMID:41318555
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组等技术,揭示了口腔黏膜慢性炎症中上皮细胞焦亡诱导的TREM1+巨噬细胞通过激活Th17细胞加速炎症发展的机制 | 首次揭示了上皮细胞焦亡诱导的TREM1+巨噬细胞在口腔黏膜慢性炎症中的关键作用,并建立了ORGUAMIA在线数据库整合多组学数据 | NA | 探究口腔慢性炎症的发病机制,特别是口腔扁平苔藓的恶性进展过程 | 口腔黏膜组织、免疫细胞(巨噬细胞、Th17细胞) | 数字病理学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序, 空间转录组, 批量RNA测序, 多重免疫组化 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据, 临床随访数据 | 大型临床随访队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 804 | 2026-03-09 |
Causality between Cholecystectomy, Blood Lipids, and Major Adverse Cardiac and Cerebrovascular Events: A Multimodal Approach Highlighting Lipid Regulation
2025-Nov, Bulletin of experimental biology and medicine
IF:0.9Q4
DOI:10.1007/s10517-026-06583-3
PMID:41706273
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研究论文 | 本研究采用孟德尔随机化等多种方法,评估了胆囊切除术对血脂水平和主要不良心脑血管事件风险的因果影响 | 首次采用多模态方法(包括孟德尔随机化、富集分析、多变量MR和表达数量性状位点MR)系统研究胆囊切除术与心血管风险的因果关系,并利用单细胞测序技术解析关键基因的细胞分布 | 研究结果基于公共数据库的遗传数据,可能存在人群特异性和未测量的混杂因素 | 评估胆囊切除术对血脂水平和主要不良心脑血管事件(MACCE)风险的因果影响 | 胆囊切除术患者、血脂水平、主要不良心脑血管事件(包括心绞痛、冠心病、心力衰竭、心肌梗死和中风) | 生物信息学 | 心血管疾病 | 孟德尔随机化(MR)、富集分析、多变量MR、表达数量性状位点MR、单细胞测序 | 孟德尔随机化模型 | 遗传数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 805 | 2026-03-08 |
In vivo differentiation of embryonic cells devoid of key reprogramming factors
2025-Nov-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116498
PMID:41171758
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-seq分析斑马鱼胚胎中NPS突变细胞在野生型胚胎中的命运,探讨了NPS在发育重编程和分化中的作用 | 揭示了NPS在协调核与细胞质重编程、防止谱系特异性分化程序过早激活中的关键作用,并发现部分细胞可绕过短暂全能性达到类似野生型的中间发育状态 | 研究基于斑马鱼模型,结果可能不直接适用于其他物种;单细胞RNA-seq技术可能无法完全捕捉所有转录动态 | 探究NPS(Nanog、Pou5f3、Sox19b)在胚胎细胞发育重编程和分化中的功能 | 斑马鱼胚胎中的NPS突变细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 未明确指定样本数量,涉及斑马鱼胚胎细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 806 | 2026-03-08 |
Myeloid cells mediate interferon-driven resistance to immunotherapy in advanced renal cell carcinoma
2025-Nov-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.10.013
PMID:41175876
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据,分析了肾细胞癌中干扰素信号在肿瘤免疫微环境中的作用,并探讨了其如何影响免疫检查点阻断疗法的疗效 | 通过混合效应模型推断细胞类型中干扰素诱导基因的可诱导性,并发现髓系细胞中的IFNγ信号而非肿瘤细胞信号可预测对一线免疫联合疗法的原发性耐药 | 研究主要基于体外实验和临床队列的推断模型,缺乏体内机制的深入验证 | 探究干扰素信号在肾细胞癌免疫治疗耐药中的作用机制 | 肾细胞癌的肿瘤免疫微环境,特别是髓系细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 混合效应模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 807 | 2026-03-08 |
Retrospective transcriptomic analysis indicates temporal dysregulation of mitochondrial genes and metabolic pathways after volumetric muscle loss injury
2025-Nov, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70612
PMID:41178047
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研究论文 | 本研究利用现有RNA-seq数据集,回顾性分析了体积性肌肉损失(VML)损伤后线粒体基因和代谢通路的时序性失调 | 通过整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,揭示了VML损伤后长达42天的转录组变化,特别是线粒体相关基因和代谢通路的动态调控 | 研究为回顾性分析,依赖于现有公开数据集,可能受原始实验设计和技术差异的限制 | 探究VML损伤后线粒体和代谢转录组的变化 | 大鼠(Rattus norvegicus)和小鼠(Mus musculus)的肌肉组织 | 数字病理学 | 肌肉损伤 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 808 | 2026-03-08 |
Advances in Epigenomic Sequencing and Their Applications in Cancer Diagnostics
2025-Oct-27, Precision chemistry
DOI:10.1021/prechem.5c00014
PMID:41170156
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综述 | 本文综述了表观基因组测序技术的进展及其在癌症诊断中的应用 | 强调了表观基因组测序技术与多组学技术的整合,以及其在癌症诊断中的临床应用潜力 | 讨论了表观基因组测序技术在临床常规诊断中面临的挑战和限制 | 推动表观基因组测序技术在精准医学中的进展 | 癌症的表观基因组特征,包括DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质可及性 | NA | 癌症 | 表观基因组测序,包括bulk测序、单细胞测序和空间工具 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多组学技术 | NA | NA |
| 809 | 2026-03-07 |
[FPCAM: a weighted dictionary-based single-cell annotation model for pulmonary fibrosis]
2025-Jul-23, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250198
PMID:41755618
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研究论文 | 本文开发了一种名为FPCAM的基于加权字典的单细胞注释模型,专门用于肺纤维化研究,旨在提高细胞类型注释的效率和准确性 | FPCAM整合了多源标记基因数据库与动态更新策略,并采用创新的加权注释算法,实现了高效、灵活且精确的细胞类型识别,克服了现有工具对参考数据集的依赖、标记基因多态性及人工干预引入的主观偏差等限制 | 模型性能评估主要基于与现有工具的比较,可能未涵盖所有复杂细胞亚群或跨平台数据集的全面测试,且依赖于手动整理的肺纤维化相关细胞-基因关联字典,可能引入特定疾病背景的偏差 | 开发一个全自动的单细胞注释工具,以提升肺纤维化等疾病中细胞类型注释的效率和准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 基于Seurat框架的加权字典模型 | 单细胞转录组数据 | 未在摘要中明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 810 | 2026-03-06 |
Chronic alcohol consumption drives inflammaging and transposon derepression in hematopoietic stem and progenitor cells
2025-Dec-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.25.696246
PMID:41497601
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研究论文 | 本研究探讨了慢性酒精摄入如何通过单细胞转录组和表观基因组分析,揭示其在人类和小鼠造血干细胞祖细胞中引发炎症衰老和转座子去抑制的机制 | 首次在单细胞水平上结合RNA-seq和ATAC-seq,揭示了慢性酒精暴露导致造血干细胞祖细胞中炎症反应增强、转座子去抑制及年龄依赖性表观遗传失调 | 研究主要基于动物模型和异种移植实验,人类样本的直接验证有限,且长期酒精戒断后的恢复机制需进一步探究 | 探究慢性酒精摄入对造血干细胞祖细胞炎症衰老和表观遗传调控的影响 | 人类和小鼠的造血干细胞祖细胞 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 人类和小鼠造血干细胞祖细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 811 | 2026-03-06 |
Dual regulation of Atf3 and Lonp1 as therapeutic targets in cerebral ischaemia-reperfusion injury
2025-Dec-23, Stroke and vascular neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1136/svn-2024-003324
PMID:40044488
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子Atf3和线粒体蛋白酶Lonp1在脑缺血再灌注损伤中的调控作用及其对线粒体功能和神经元存活的影响 | 首次在单细胞水平揭示Atf3通过调控Lonp1表达影响线粒体功能的新机制,为脑缺血损伤提供了新的治疗靶点 | 研究主要基于转录组和蛋白质组学分析,缺乏体内功能验证实验 | 阐明Atf3和Lonp1在脑缺血再灌注损伤中的分子调控机制 | 脑缺血再灌注损伤模型中的神经元 | 神经科学 | 脑血管疾病 | 单细胞转录组学、蛋白质组学分析 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 812 | 2026-03-06 |
Multimodal mass spectrometry imaging for plaque- and region-specific neurolipidomics in Alzheimer's disease mouse models
2025-Dec-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65956-w
PMID:41365882
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研究论文 | 本研究开发了一种多模态质谱成像框架,用于在阿尔茨海默病小鼠模型中绘制斑块和区域特异性的神经脂质组图谱 | 整合了MALDI-2质谱成像、离子淌度质谱和荧光显微镜的多模态成像框架,提高了检测灵敏度和空间化学分辨率,并建立了多模态图像配准与斑块相关脂质发现的计算流程 | 研究仅使用雌性小鼠模型,未涉及人类样本,且机制验证主要基于与现有空间转录组数据的关联分析 | 探究阿尔茨海默病中淀粉样斑块形成相关的脂质组学变化及其生化机制 | 雌性5xFAD和APP转基因阿尔茨海默病小鼠模型 | 质谱成像与神经科学 | 阿尔茨海默病 | 基质辅助激光解吸/电离后电离质谱成像、离子淌度质谱、荧光显微镜成像 | 多模态图像配准与数据分析流程 | 质谱成像数据、离子淌度数据、荧光图像数据 | 未明确说明样本数量,使用两种转基因小鼠模型 | NA | 质谱成像、空间转录组学 | NA | MALDI-2质谱成像系统与离子淌度质谱联用平台 |
| 813 | 2026-03-06 |
Distinct senotypes in p16- and p21-positive cells across human and mouse aging tissues
2025-Dec, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00601-2
PMID:41162753
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研究论文 | 本研究通过分析人类和小鼠衰老组织的单细胞RNA测序数据,揭示了p21和p16阳性细胞在衰老过程中的异质性及其与衰老相关分泌表型的关系 | 首次在体内系统比较了p21和p16阳性细胞的转录组差异,发现它们具有独立的轨迹动态且缺乏共表达,并识别出组织特异性的衰老相关分泌表型变异 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证;样本来源为公共数据集,可能存在批次效应;未进行功能实验验证核心SASP因子的具体作用机制 | 阐明p21和p16在细胞衰老过程中的异质性作用及其与衰老相关分泌表型的关系 | 人类和小鼠多种衰老组织中的p21和p16阳性细胞 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | RNA velocity分析、拟时序分析 | 单细胞转录组数据 | 多个公共单细胞RNA测序数据集(未明确具体样本数) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 814 | 2026-03-06 |
DTCFinder: a bench-to-bits toolkit for label-free, whole-spectrum analysis of disseminated and circulating tumor cells in liquid biopsies
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.27.690914
PMID:41409151
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DTCFinder的无标记、全谱分析方法,用于液体活检中播散性和循环肿瘤细胞的检测与分子特征分析 | 整合高通量单细胞RNA测序与机器学习,实现无偏检测、深度分子表征和精确组织来源追踪,即使在外周血中肿瘤细胞极稀少且测序深度低的情况下也能工作 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 开发一种用于液体活检中播散性和循环肿瘤细胞检测与分析的稳健且多功能工具包,以提升癌症转移的理解 | 播散性肿瘤细胞和循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 815 | 2026-03-06 |
Mitochondrial iron transport via MFRN1 is required for erythroid cell cycle progression
2025-Nov-25, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024014887
PMID:40601908
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研究论文 | 本研究开发了体内方法,探讨铁如何调节红细胞生成,并报告了通过mitoferrin-1(MFRN1)的线粒体铁运输对红细胞细胞周期进程至关重要 | 揭示了MFRN1介导的线粒体铁运输在红细胞细胞周期G2/M期进展中的关键作用,并通过铁补充实验验证了其机制 | 研究主要基于斑马鱼胚胎模型,可能需要在其他生物系统中进一步验证 | 探究铁代谢如何调节红细胞生成过程,特别是细胞周期和分化 | 斑马鱼胚胎中的红细胞(erythroid cells) | NA | NA | 单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing),荧光激活流式分选(fluorescence-activated flow sorting) | NA | RNA测序数据,流式细胞术数据 | 斑马鱼胚胎(包括野生型和mfrn1突变体),具体样本数量未明确说明 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 816 | 2026-03-06 |
Polymer-based chemo-immunotherapy: Combining immunogenic cell death induction and PD-L1 blockade enhances antitumor immunity in melanoma
2025-Nov-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2025.114193
PMID:40907793
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研究论文 | 本研究探讨了一种基于聚合物的化学免疫疗法策略,结合诱导免疫原性细胞死亡的药物与PD-L1阻断剂,以增强黑色素瘤的抗肿瘤免疫反应 | 开发了一种结合可诱导免疫原性细胞死亡的HPMA共聚物-表柔比星偶联物(KT-1)与多价HPMA共聚物-PD-L1肽拮抗剂(MPPA)的新型聚合物化学免疫疗法,并证明其优于传统免疫检查点抑制剂单药治疗,且安全性更高 | 研究主要在B16F10黑色素瘤模型中进行,尚未在更广泛的肿瘤类型或临床环境中验证 | 开发一种更安全有效的化学免疫疗法,以克服黑色素瘤对传统免疫检查点抑制剂治疗的抵抗 | 黑色素瘤(B16F10模型) | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 817 | 2026-03-06 |
TransST: transfer learning embedded spatial factor modeling of spatial transcriptomics data
2025-Nov-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06099-z
PMID:41199193
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研究论文 | 本文提出了一种名为TransST的新型迁移学习框架,用于从空间转录组学数据中推断细胞水平的异质性 | TransST通过自适应地利用外部来源的细胞标记信息,提高了空间转录组学数据中细胞亚群识别和生物标志物检测的准确性和鲁棒性 | NA | 开发一种迁移学习框架,以克服空间转录组学技术中分辨率和测序深度的限制,从而更可靠地提取生物信号 | 空间转录组学数据,特别是乳腺癌研究中的细胞亚群 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 迁移学习框架 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 818 | 2026-03-06 |
High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer
2025-Oct-16, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx3800
PMID:40705858
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研究论文 | 本文介绍了一种基于prime editing的进化谱系追踪技术PEtracer,用于高分辨率空间映射细胞状态和谱系动态 | 开发了PEtracer技术,结合单细胞测序和多模态成像,能在组织中高分辨率同时分析细胞状态和谱系 | NA | 研究发育和疾病中细胞命运决定的时空动态 | 小鼠肿瘤转移模型中的细胞 | 数字病理学 | 肿瘤转移 | prime editing, MERFISH空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据, 成像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 819 | 2026-03-06 |
Endothelial type I interferon signaling modulates the vascular response to ischemic brain injury
2025-Oct-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.09.675258
PMID:41000728
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研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞I型干扰素信号在调节缺血性脑损伤后血管正常化中的关键作用 | 首次在人和小鼠缺血性卒中组织中鉴定出独特的脑内皮细胞I型干扰素特征,并证明内皮IFN1信号通过调节VEGF信号促进血管正常化 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限,且具体分子机制细节有待进一步阐明 | 探究免疫和发育信号通路如何协调缺血性卒中后的血管正常化过程 | 人类和小鼠的缺血性脑卒中组织、脑内皮细胞 | 数字病理 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、BBB功能测定 | NA | 转录组数据、功能实验数据 | 未明确指定具体样本数量,涉及人类和小鼠缺血性卒中组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 820 | 2026-03-06 |
Human airway epithelial B-cell activating factor is reduced in early life but is virally induced via JAK/STAT
2025-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.04.034
PMID:40409377
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研究论文 | 本研究探讨了人类气道B细胞在生命早期的发育动态,以及气道上皮细胞(AECs)产生的B细胞活化因子(BAFF)在病毒感染下的诱导机制 | 首次揭示了人类婴儿气道上皮细胞中BAFF的产生受I型和III型干扰素通过JAK/STAT信号通路诱导,并阐明了该机制在病毒感染时对气道B细胞早期成熟的关键作用 | 研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据分析,体内验证样本可能有限,且未详细探讨不同病毒类型对BAFF诱导的差异性影响 | 探究人类气道B细胞在生命早期的发育动态及其与气道上皮细胞的相互作用,特别是病毒感染如何影响B细胞生存和成熟因子的产生 | 人类气道B细胞和气道上皮细胞(AECs),重点关注婴儿(<12个月)和较大儿童 | 单细胞组学 | 呼吸道病毒感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),PCR,体外病毒刺激实验 | NA | 单细胞转录组数据,体外细胞培养数据,临床样本数据 | 涉及多个儿科年龄组的气道样本,具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |