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当前共找到 10349 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-12-17 |
USPPAR is a cost-effective, scalable, and highly sensitive single-cell RNA sequencing workflow compatible with diverse specimens
2025-Dec, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003537
PMID:41396975
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研究论文 | 本文提出了一种名为USPPAR的单细胞RNA测序工作流程，该流程具有成本效益、可扩展性和高灵敏度，适用于多种样本类型 | 通过优化末端脱氧核苷酸转移酶条件，实现对难以处理的平端和3'凹陷dsDNA末端的高效聚脱氧腺苷酸化，并利用部分螯合的Cu²⁺作为广谱核酸酶抑制剂，支持从核酸酶丰富组织中稳定提取RNA | 未明确提及具体样本数量限制或跨物种验证的全面性 | 开发一种高灵敏度、高通量且兼容多样本的单细胞RNA测序方法 | HEK293细胞、原代PBMCs、小鼠脾脏、玉米组织以及肝脏和胰腺等组织样本 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | 未明确指定具体样本数量，但涉及多种细胞和组织类型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x平台（未指定具体产品） | NA |
| 62 | 2025-12-17 |
Single-cell analysis reveal cell-type-specific RNA methylation patterns in breast cancer
2025-Dec, The Journal of international medical research
IF:1.4Q4
DOI:10.1177/03000605251405638
PMID:41397449
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了乳腺癌原发灶和转移淋巴结中细胞类型特异性的RNA甲基化模式及其在癌症进展和免疫调控中的作用 | 首次在单细胞水平上系统比较了乳腺癌原发灶与转移淋巴结的RNA甲基化模式，并关联了细胞分化、免疫通讯及患者预后 | 样本量较小（仅5名患者），且为观察性研究，需进一步实验验证因果机制 | 探究乳腺癌中细胞类型特异性的RNA甲基化模式及其在癌症转移和免疫调控中的功能 | 乳腺癌患者的原发肿瘤和匹配的转移淋巴结组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | AUCell方法 | 单细胞RNA测序数据 | 5名乳腺癌患者（原发癌和匹配的转移淋巴结） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2025-12-17 |
Stress-Induced Disruption of Circadian and Neuroimmune Networks in Lacrimal Glands Drives Dry Eye Pathogenesis
2025-Dec-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.15.53
PMID:41400313
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研究论文 | 本研究探讨了慢性心理压力如何通过破坏泪腺的昼夜节律和神经免疫网络，驱动干眼病的发病机制 | 揭示了慢性压力导致泪腺中核心时钟振荡器保持完整但节律基因表达丧失的昼夜节律输出解耦现象，并首次在单细胞水平上映射了压力激素受体在泪腺细胞类型中的表达 | 研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠，未考虑性别差异；干预措施仅部分恢复了节律转录和泪液分泌，未完全逆转压力效应 | 研究慢性心理压力如何改变泪腺的昼夜节律调控及神经内分泌信号在压力诱导干眼病中的作用 | 雄性C57BL/6J小鼠的泪腺组织 | 数字病理学 | 干眼病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 血浆激素检测 | NA | RNA测序数据, 组织学图像, 免疫组化数据, 激素水平数据 | 未明确样本数量，但涉及多时间点采集和单细胞分析 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2025-12-17 |
Transformer and graph variational autoencoder to identify microenvironments: A deep learning protocol for spatial transcriptomics
2025-Nov-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104206
PMID:41313684
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研究论文 | 本文介绍了一个名为TG-ME的计算框架，该框架结合了Transformer和图变分自编码器，用于通过空间转录组学和形态学图像解析空间微环境 | 创新点在于首次将Transformer与图变分自编码器集成，以深度学习方式识别组织微环境，适用于健康、肿瘤和感染组织 | 未在摘要中明确提及具体限制，但可能涉及数据标准化和特征提取的复杂性 | 研究目标是开发一个深度学习协议，用于识别和分析组织中的空间微环境 | 研究对象包括空间转录组学数据和形态学图像，应用于健康、肿瘤和感染组织 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | Transformer, 图变分自编码器 | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 65 | 2025-12-17 |
Protocol for quantifying hepatitis B virus transcript abundance and genomic segment distribution from single-cell RNA-seq
2025-Nov-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104230
PMID:41313688
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研究论文 | 本文介绍了一种从HBV感染的肝组织中测序单细胞的协议，用于量化每个细胞的HBV转录本丰度和基因组范围的读段分布图 | 开发了一种新的单细胞RNA测序协议，专门用于分析HBV感染肝组织中的病毒转录本丰度和基因组分布，实现了单细胞分辨率下的病毒表达模式和HBV-宿主相互作用的详细分析 | NA | 量化HBV转录本丰度和基因组片段分布，以分析病毒表达模式和HBV-宿主相互作用 | HBV感染的肝组织 | 数字病理学 | 肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2025-12-17 |
Protocol to track single-cell-derived clones using DNA barcoding combined with single-cell RNA sequencing
2025-Nov-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104229
PMID:41317321
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研究论文 | 本文介绍了一种结合DNA条形码与单细胞RNA测序来追踪单细胞来源克隆的协议 | 通过结合DNA条形码和单细胞RNA测序，实现永久性细胞标记，以追踪克隆动态并关联克隆生长活性与转录组谱 | NA | 开发一种协议来追踪肿瘤异质性中克隆的适应性和可塑性，以研究疾病进展和治疗抵抗的分子过程 | 单细胞来源的克隆 | 单细胞测序 | 肿瘤 | DNA条形码，单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2025-12-17 |
Benchmarking large language models for cell typing in single-cell RNA-Seq
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf677
PMID:41396814
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研究论文 | 本研究系统性地评估了七种大型语言模型和三种传统生物信息学工具在单细胞RNA测序数据细胞类型注释中的性能 | 首次为LLMs在scRNA-seq细胞分型中的应用建立了系统性评估框架，提出了基于统计显著性和log₂倍数变化筛选标记基因的优化策略，并开发了集成顶级模型的精英集成方法 | 研究仅基于34个人类和鼠类数据集，可能未覆盖所有细胞类型或组织；评估主要关注注释准确性，对计算效率、可解释性等方面的考量可能不足 | 评估和比较大型语言模型与传统方法在单细胞RNA测序数据细胞类型注释中的性能，并开发优化的应用框架 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大型语言模型 | 基因表达数据 | 34个不同的人类和鼠类数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 68 | 2025-12-17 |
Ursolic acid ameliorates ocular surface dysfunction in dry eye via targeting EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1 pathway
2025-Nov, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2025.101294
PMID:41399414
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研究论文 | 本研究评估了熊果酸（UA）通过靶向EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1通路改善干眼症（DE）相关眼表功能障碍的治疗效果及机制 | 首次结合网络药理学、单细胞测序和分子对接模拟，系统揭示了UA通过调控EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1信号通路缓解干眼症眼表损伤的分子机制 | 研究主要基于细胞和动物模型，尚未在人类临床试验中验证UA眼药水的疗效和安全性 | 探究熊果酸对干眼症眼表功能障碍的治疗作用及其分子机制 | 人角膜上皮细胞（HCEs）和干眼症小鼠模型 | 数字病理学 | 干眼症 | 单细胞RNA测序，RNA测序，分子对接模拟 | NA | 单细胞测序数据，RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2025-12-17 |
Bi-specific T cell-engaging antibody triggers protective immune memory and glioma microenvironment remodeling in immune-competent preclinical models
2025-Oct-28, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011714
PMID:41151835
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研究论文 | 本研究在免疫健全的临床前模型中评估了双特异性T细胞衔接抗体（BTE）对胶质母细胞瘤的治疗机制，揭示了其通过激活宿主免疫系统、诱导免疫记忆和重塑肿瘤微环境来延长生存期的机制 | 首次在免疫健全的动物模型中系统研究BTE的作用机制，揭示了其在胶质母细胞瘤治疗中诱导免疫记忆和重塑肿瘤微环境的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，结果向人类临床转化的有效性仍需进一步验证 | 探究双特异性T细胞衔接抗体在胶质母细胞瘤治疗中的作用机制 | 表达IL13RA2的胶质母细胞瘤细胞和免疫健全的小鼠模型 | NA | 胶质母细胞瘤 | 多色流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光、多参数MRI | NA | 流式细胞数据、单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像、MRI图像 | 多个临床前胶质母细胞瘤模型中的小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2025-12-17 |
Activation and Spatial Redistribution of RNA Splicing Factors Trigger Hepatic Regeneration
2025-Sep-29, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101654
PMID:41033443
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研究论文 | 本研究揭示了RNA剪接因子在肝脏再生中的关键作用及其空间重分布机制 | 首次结合时空测序与单细胞RNA测序，阐明剪接因子在启动肝脏再生中的核心作用，并识别出HNRNPU作为关键因子 | 研究主要基于小鼠模型和类器官，在人体中的直接验证尚需进一步研究 | 探究肝脏再生启动的精确空间和分子机制，寻找肝病的潜在治疗靶点 | 再生肝脏、肝细胞类器官、基因敲除小鼠模型 | 数字病理学 | 肝病 | 时空测序、高通量单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2025-12-17 |
LncCE: Landscape of Cellularly-elevated lncRNAs in Single Cells Across Normal and Cancer Tissues
2025-09-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf069
PMID:40833782
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研究论文 | 本文介绍了LncCE资源，用于在单细胞分辨率下系统探索正常和癌症组织中细胞特异性高表达的长非编码RNA | 首次在单细胞水平上创建了一个全面的、定量的细胞特异性高表达lncRNA图谱，涵盖多种正常和癌症组织，并提供临床关联分析 | 基于现有单细胞RNA测序数据集，可能受数据质量和覆盖范围的限制，且未涉及功能验证实验 | 系统探索长非编码RNA在单细胞水平上的细胞特异性表达模式及其在癌症中的变化 | 长非编码RNA在正常和癌症组织中的细胞类型特异性表达 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 181个单细胞RNA测序数据集，涵盖20个胎儿正常组织、59个成人正常组织、32种成人癌症类型和5种儿童癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2025-12-17 |
Targeting Atf4 for enhanced neuroprotection: Role of quercetin-loaded EVs in ischemic stroke
2025-Sep, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2025.101312
PMID:41079784
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研究论文 | 本研究探讨了负载槲皮素-3-β-d-葡萄糖醛酸的细胞外囊泡在脑缺血再灌注损伤中的神经保护作用及其机制 | 首次结合单细胞RNA测序技术，明确了神经元细胞在脑缺血再灌注损伤中的关键作用，并揭示了Atf4在介导负载槲皮素的细胞外囊泡神经保护效应中的核心调控功能 | 研究主要基于小鼠模型，其结论在人体中的适用性有待进一步验证；Atf4的具体下游作用通路尚未完全阐明 | 探究负载槲皮素的细胞外囊泡对脑缺血再灌注损伤的神经保护作用及其分子机制 | 脑缺血再灌注损伤小鼠模型、神经元细胞、细胞外囊泡 | 数字病理学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、蛋白质分析数据、行为学评估数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 73 | 2025-12-17 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629785
PMID:39763720
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研究论文 | 本文提出了一种名为RASP的新型空间感知降维方法，用于高效处理高分辨率空间转录组学数据 | 提出了一种计算效率极高的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，可扩展到超过10万个位置的数据集，并支持灵活整合非转录组协变量 | NA | 开发一种计算高效的方法，用于高分辨率空间转录组学数据的降维和空间域识别 | 人类和小鼠组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 随机化PCA框架 | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, 10x Xenium, 以及Stereo-Seq和MERFISH技术 |
| 74 | 2025-12-17 |
HLA-DQB1*03:01 strongly affects age of onset of type 1 narcolepsy independently of DQA1 and ethnicity
2025-Jun-16, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.06.14.25328971
PMID:40585110
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研究论文 | 本研究探讨了HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响，通过跨种族数据分析发现该等位基因独立于DQA1和种族背景，显著降低发病年龄 | 首次进行跨种族研究，发现HLA-DQB1*03:01对发病年龄的强烈且独立影响，并通过TCR分析揭示了其可能的作用机制 | 研究依赖于已收集的数据集，且尚未直接识别导致疾病的T细胞，限制了病理生理机制的深入理解 | 探究HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响及其与种族和DQA1的独立性 | 5,339例来自中国、欧洲、韩国、日本和美国的1型发作性睡病患者 | 遗传学与免疫学 | 发作性睡病 | GWAS, HLA等位基因推算, TCR分析, 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 遗传数据, RNA-seq数据 | 5,339例患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2025-12-17 |
Spatial Transcriptomics Unveils the Blueprint of Mammalian Lung Development
2025-06-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf053
PMID:40493888
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研究论文 | 本研究构建了小鼠肺发育从早期假腺期到肺泡期的全面空间转录组图谱，揭示了基因表达的空间模式、转录因子调控网络及细胞间通讯的动态变化 | 首次整合空间转录组与空间表观基因组数据，识别了早期肺发育中关键的上皮祖细胞eRegulons，并揭示了胶原通路在肺泡AT1和AT2细胞空间汇聚形成初级肺泡中的作用机制 | 研究仅基于小鼠模型，其发现向人类肺发育的转化仍需进一步验证；空间分辨率可能不足以解析所有细胞亚型的微环境 | 解析哺乳动物肺发育过程中空间基因表达模式与调控机制 | 小鼠肺组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，空间表观基因组学 | NA | 空间转录组数据，表观基因组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 76 | 2025-12-17 |
An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657738
PMID:40502179
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研究论文 | 本研究通过整合新数据集与已发表数据，构建了一个更新且经过空间验证的Hydractinia symbiolongicarpus体细胞单细胞图谱 | 整合固定细胞与活细胞数据，显著扩大了细胞数量与转录组深度，发现了新的假定免疫细胞群、神经亚型、两个空间上不同的腺细胞群、一个匍匐茎特异性细胞类型，并完整解析了刺细胞的发育轨迹 | 未明确提及，但可能涉及样本类型（仅来自摄食息肉和匍匐茎组织）或技术整合的潜在偏差 | 构建一个更全面、经过空间验证的单细胞图谱，以深入理解Hydractinia symbiolongicarpus的细胞多样性和动态变化 | Hydractinia symbiolongicarpus（一种用于干细胞和再生研究的刺胞动物模型）的体细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 超过47,000个细胞，来自摄食息肉和匍匐茎组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2025-12-17 |
Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657034
PMID:40502161
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了新生儿期吗啡暴露导致青少年小鼠中脑基因表达广泛改变，以及益生菌干预如何逆转这些改变 | 首次提供了新生儿吗啡暴露及益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集，揭示了益生菌对早期阿片类药物暴露的神经发育影响的逆转作用 | 研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，且机制探索可能不够深入 | 探究新生儿吗啡暴露对青少年疼痛通路的长期神经发育影响，以及益生菌干预的潜在治疗作用 | 青少年小鼠的中脑单细胞 | 单细胞转录组学 | 疼痛相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 107,427个中脑单细胞，来自新生儿期暴露于盐水、吗啡或吗啡加益生菌的青少年小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2025-12-17 |
Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap
2025-05-30, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005
PMID:39945785
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据构建了正常造血过程的综合参考层次结构，并开发了HematoMap工具，用于解析白血病异质性和谱系异常 | 利用单细胞RNA测序数据和余弦距离算法，构建了正常造血参考层次，并开发了LASSO评分模型和R包HematoMap，以快速识别和可视化白血病谱系异常 | NA | 解析白血病异质性和谱系异常，以理解白血病发生机制并增强风险分层和个性化治疗 | 急性髓系白血病和B细胞前体急性淋巴细胞白血病样本 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | LASSO | RNA测序数据 | 超过100,000个来自25名健康供者的骨髓单核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2025-12-17 |
EryDB: A Transcriptomic Profile Database for Erythropoiesis and Erythroid-related Diseases
2025-05-30, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae029
PMID:39436241
|
研究论文 | 本文介绍了EryDB，一个专为红细胞生成和红细胞相关疾病设计的开放获取转录组数据库，整合了多种物种和疾病的数据 | EryDB是首个全面整合红细胞生成和红细胞相关疾病转录组数据的数据库，支持单细胞和批量RNA测序数据的计算分析 | 数据库目前仅包含三个物种的数据，可能未覆盖所有相关疾病或组织类型 | 构建一个综合数据库以促进红细胞生成和红细胞相关疾病的基因表达数据挖掘和大规模研究 | 红细胞生成过程、红细胞相关疾病以及来自人类、小鼠和斑马鱼的转录组数据 | 生物信息学 | 红细胞相关疾病 | RNA测序（包括单细胞和批量RNA测序） | NA | 转录组数据 | 3803个样本和1,187,119个单细胞，来自107项公共研究 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2025-12-17 |
Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655632
PMID:40501660
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研究论文 | 本研究通过多模态单细胞测序和刺激实验，定义了来自不同组织（肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结）的人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性特征 | 首次系统性地定义了人类黏膜和淋巴器官中巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性转录和蛋白特征，并揭示了这些特征在极化刺激下仍能保持 | 研究样本来自器官捐献者，可能无法完全反映所有生理或病理状态；研究聚焦于特定器官，未涵盖所有组织类型 | 阐明人类巨噬细胞在不同组织（尤其是黏膜和淋巴器官）中的身份如何与其居住部位耦合，并在激活和极化过程中维持 | 从器官捐献者分离的肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结组织中的巨噬细胞和单核细胞 | 单细胞组学 | NA | 多模态单细胞测序，刺激实验 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白数据 | 来自个体器官捐献者的多个组织样本（肺、小肠、脾、骨髓、淋巴结） | NA | 单细胞测序 | NA | NA |