单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 10572 篇文献，本页显示第 7781 - 7800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7781 | 2025-10-06 |
Pericytes in castration-resistant prostate cancer associated with disease progression and immunotherapy response: insights from single-cell analysis
2025-Jun-03, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03838-3
PMID:40462105
|
研究论文 | 通过单细胞分析揭示周细胞在去势抵抗性前列腺癌中的关键作用及其与免疫治疗反应的关系 | 首次在单细胞水平鉴定出CRPC特异性周细胞亚群，发现其通过PDGF信号通路促进肿瘤进展并抑制抗肿瘤免疫 | 研究主要基于临床样本分析和小鼠模型验证，需要进一步的功能实验确认机制 | 解析周细胞在去势抵抗性前列腺癌中的生物学功能及其与肿瘤微环境的相互作用 | 前列腺癌组织样本、小鼠RM-1皮下肿瘤模型 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组测序、免疫荧光染色、RNA-seq、微阵列分析 | NA | 单细胞转录组数据、批量RNA-seq数据、微阵列数据、图像数据 | 多个前列腺癌临床数据集和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7782 | 2025-10-06 |
DeepGFT: identifying spatial domains in spatial transcriptomics of complex and 3D tissue using deep learning and graph Fourier transform
2025-Jun-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03631-5
PMID:40462157
|
研究论文 | 提出一种结合深度学习和图傅里叶变换的空间转录组学分析方法DeepGFT，用于识别复杂组织和3D组织的空间结构域 | 首次将深度学习与图傅里叶变换相结合，同时建模位点间和基因间关系，实现更准确的空间结构域识别 | NA | 开发空间转录组数据分析方法以准确识别组织空间结构域 | 人类乳腺癌组织、人类淋巴结组织、3D果蝇发育数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间分辨转录组学 | 深度学习 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7783 | 2025-10-06 |
PDE3B and HBB are key prognostic biomarkers driving cell proliferation and regulating immune microenvironment in breast cancer
2025-Jun-03, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-025-00470-z
PMID:40462176
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和TCGA数据分析，发现PDE3B和HBB是乳腺癌的关键预后生物标志物，驱动细胞增殖并调节免疫微环境 | 首次在单细胞水平识别恶性细胞亚群类型3的高增殖潜力，并确定PDE3B和HBB作为乳腺癌预后和免疫调节的关键驱动因子 | 研究主要基于MDA-MB-231细胞系验证，需要在更多乳腺癌细胞模型和临床样本中进一步验证 | 探索PDE3B和HBB在乳腺癌中的预后价值和功能作用，特别是对细胞增殖和免疫微环境调节的贡献 | 乳腺癌细胞、单细胞RNA测序数据、TCGA数据库、MDA-MB-231细胞系 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 免疫组织化学, Western blot, 增殖实验 | LASSO回归, Kaplan-Meier生存分析, EPIC反卷积 | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 临床生存数据 | TCGA数据库乳腺癌样本和单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7784 | 2025-10-06 |
Transcriptional analysis of metastatic hormone-naïve prostate cancer primary tumor biopsies reveals a relevant role for SOX11 in prostate cancer cell dissemination
2025-Jun-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03623-5
PMID:40462200
|
研究论文 | 首次对转移性激素初治前列腺癌原发肿瘤进行转录组学表征，发现SOX11在肿瘤细胞转移中的关键作用 | 首次提供mHNPC原发肿瘤的全面转录组学特征，发现SOX11在触发异型通讯和转移特性获得中的核心作用 | NA | 探索转移性激素初治前列腺癌的分子特征和转移机制 | 转移性激素初治前列腺癌患者的原发肿瘤标本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7785 | 2025-10-06 |
Patient-Derived Three-Dimensional Lung Tumor Models to Evaluate Response to Immunotherapy
2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654890
PMID:40475675
|
研究论文 | 开发了一种新型患者来源三维肺肿瘤模型用于评估免疫检查点抑制剂的治疗反应 | 建立了能够维持人类细胞外基质特征、细胞间相互作用和组织结构的三维肺肿瘤模型，可模拟肿瘤微环境并快速评估免疫治疗反应 | 模型仍需进一步验证其与临床实际治疗反应的一致性 | 评估免疫检查点抑制剂在肺肿瘤中的治疗反应并开发预测生物标志物 | 非小细胞肺癌患者来源的三维肺肿瘤模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | 三维肿瘤模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7786 | 2025-10-06 |
Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveal intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits
2025-Apr-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.02.012
PMID:40081369
|
研究论文 | 开发了一种结合空间转录组学和CRISPR筛选的新方法Perturb-FISH，用于研究单细胞分辨率下的遗传和分子关联 | 首次将成像空间转录组学与原位扩增引导RNA的光学检测相结合，能够同时分析细胞内、细胞间和功能转录回路 | NA | 开发一种能够在单细胞分辨率下研究空间和功能生物学遗传分子关联的通用方法 | 培养单细胞、三维异种移植模型、人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞 | 空间转录组学 | 自闭症谱系障碍 | CRISPR筛选、空间转录组学、单细胞RNA测序 | Perturb-FISH | 空间转录组数据、功能表型数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7787 | 2025-10-06 |
Identification of Causal Plasma Proteins in Hepatocellular Carcinoma via Two-Sample Mendelian Randomization and Integrative Transcriptomic‒Proteomic Analysis
2025-03-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0553
PMID:39991825
|
研究论文 | 通过两样本孟德尔随机化和整合转录组-蛋白质组分析鉴定肝细胞癌中的因果血浆蛋白 | 首次结合大规模血浆蛋白质组数据和孟德尔随机化方法鉴定肝细胞癌的因果血浆蛋白，并通过单细胞RNA测序数据和分子对接验证 | 研究依赖于UK Biobank Pharma Proteomics Project的数据，样本来源相对单一 | 鉴定肝细胞癌的早期诊断和治疗靶点 | 肝细胞癌患者和相关的血浆蛋白质 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 两样本孟德尔随机化，单细胞RNA测序，分子对接 | 孟德尔随机化模型 | 蛋白质组数据，基因组数据，单细胞RNA测序数据 | UK Biobank Pharma Proteomics Project的大规模样本 | NA | 蛋白质组学，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7788 | 2025-10-06 |
Unveiling patterns in spatial transcriptomics data: a novel approach utilizing graph attention autoencoder and multiscale deep subspace clustering network
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae103
PMID:39804726
|
研究论文 | 提出了一种名为STMSGAL的新型空间转录组数据分析框架，整合了图注意力自编码器和多尺度深度子空间聚类网络 | 首次将图注意力自编码器与多尺度深度子空间聚类相结合，构建细胞类型感知的共享最近邻图(ctaSNN)，能够更好地解析空间转录组数据中的复杂结构 | NA | 开发更准确的空间转录组数据分析方法，用于识别空间域、差异表达基因和细胞轨迹推断 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组测序 | 图注意力自编码器, 多尺度深度子空间聚类网络 | 空间基因表达数据 | 4个10x Genomics Visium数据集, 1个小鼠视觉皮层STARmap数据集, 2个Stereo-seq小鼠胚胎数据集, 2个乳腺癌组织, 1个成年小鼠大脑(FFPE) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 7789 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals cellular dynamics and chemokine CXCL2-mediated smooth muscle cell proliferation in arterial repair
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1591557
PMID:40463365
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示动脉修复中的细胞动态及趋化因子CXCL2介导的平滑肌细胞增殖机制 | 首次在股动脉损伤模型中通过单细胞RNA测序识别出分泌CXCL2的炎症性平滑肌细胞亚群(SMC2)，并证实其通过促进平滑肌细胞增殖介导动脉重塑 | 研究主要基于动物模型，在人体中的适用性仍需进一步验证 | 探究PCI术后动脉修复的细胞机制及CXCL2在其中的作用 | 股动脉损伤模型中的细胞群体 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 股动脉损伤动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7790 | 2025-10-06 |
Succinylation-related molecular activities in cancer: metabolic adaptations, immune landscape, and prognostic significance in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1571446
PMID:40463370
|
研究论文 | 通过泛癌分析揭示琥珀酰化在代谢调控、免疫微环境和结直肠癌预后中的重要作用 | 首次系统性分析琥珀酰化在泛癌中的分子活动特征，构建基于琥珀酰化的预后模型并发现PCED1A的促癌功能 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证集中在结直肠癌，需要更多功能实验验证机制 | 探究琥珀酰化在癌症代谢适应、免疫景观和预后中的分子机制 | 泛癌数据集和结直肠癌样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组分析、单细胞RNA测序、空间转录组、免疫组化、Western blotting | 预后风险模型 | 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据 | 来自TCGA、GEO、TISCH等多个数据库的泛癌数据集和结直肠癌队列 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7791 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing identifies two fibroblast subtypes and a Trem2+ macrophage subtype as the possible specific cellular targets in abdominal aortic aneurysms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1551308
PMID:40463378
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别腹主动脉瘤中两种成纤维细胞亚型和一种Trem2+巨噬细胞亚型作为特异性细胞靶点 | 首次在腹主动脉瘤中鉴定出特定的成纤维细胞亚型(Fib_Apoc1+/Fabp4+和inflam-Fib1)和巨噬细胞亚型(Mac_TREM2)，并揭示它们在疾病发展中的协同作用 | 研究基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证；抗炎疗法在临床应用中已被证明无效 | 探究腹主动脉瘤发病机制并识别新的治疗靶点 | 小鼠腹主动脉瘤模型中的细胞组成和功能表型 | 单细胞生物学 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7792 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics in colorectal cancer uncover the potential of metastasis and immune dysregulation of a cell cluster overexpressed PRSS22
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1586428
PMID:40463392
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学在结直肠癌中发现过表达PRSS22的细胞簇具有转移和免疫失调潜力 | 首次通过单细胞测序技术识别出与结直肠癌进展相关的PRSS22高表达上皮细胞亚群，并验证其作为免疫治疗新靶点的潜力 | 样本量相对有限（25例癌组织和10例癌旁组织），需要在更大规模队列中验证 | 探索结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的特性及其在肿瘤发生中的作用 | 结直肠癌患者组织样本中的细胞亚群 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | Boruta特征选择算法 | 单细胞转录组数据 | 25例结直肠癌组织和10例癌旁正常组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7793 | 2025-10-06 |
Unveiling the Therapeutic Potential of Baicalin in Intervertebral Disc Degeneration: Integrative Bulk and Single-Cell Transcriptome Analysis with Experimental Validation of PANoptosis Inhibition
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S519179
PMID:40463856
|
研究论文 | 本研究通过整合分析和实验验证揭示了黄芩素通过抑制PANoptosis延缓椎间盘退变的治疗潜力 | 首次发现PANoptosis在椎间盘退变中的关键作用，并验证黄芩素通过调控PANoptosis相关基因发挥治疗作用 | 研究样本量有限，需要更大规模的临床验证 | 探索PANoptosis在椎间盘退变中的作用及黄芩素的治疗机制 | 椎间盘退变患者样本、体外NPC退变模型和大鼠IVDD模型 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 转录组测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，单细胞数据 | 多个公共数据集(GSE167199, GSE245147, GSE266883, GSE244889)及实验样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 7794 | 2025-10-06 |
Depletion of Adipose Stroma-Like Cancer-Associated Fibroblasts Potentiates Pancreatic Cancer Immunotherapy
2025-01-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0298
PMID:39620946
|
研究论文 | 本研究通过靶向清除表达脂肪基质细胞标志物的癌症相关成纤维细胞，增强胰腺癌免疫检查点阻断疗法的疗效 | 首次揭示不同CAF亚群对胰腺癌进展的差异性影响，并开发特异性清除ASC样CAFs的肽段D-CAN | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证 | 探究癌症相关成纤维细胞亚群在胰腺癌进展和治疗抵抗中的作用 | 胰腺导管腺癌小鼠模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7795 | 2025-10-06 |
SGTB: A graph representation learning model combining transformer and BERT for optimizing gene expression analysis in spatial transcriptomics data
2025-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 提出一种结合Transformer和BERT的图表示学习模型SGTB，用于优化空间转录组数据的基因表达分析 | 首次将图卷积网络、Transformer和BERT语言模型集成到空间转录组数据分析中，通过多尺度特征提取和语义表示优化数据表征能力 | NA | 优化空间转录组数据的表示学习，提高细胞类型分类和基因调控网络构建的准确性 | 空间转录组数据中的细胞和基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 图卷积网络(GCN), Transformer, BERT | 基因表达矩阵, 空间分布数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7796 | 2025-10-06 |
Identification and validation of biomarkers in Alzheimer's disease based on machine learning algorithms and single-cell sequencing analysis
2025-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 通过机器学习算法和单细胞测序分析识别并验证阿尔茨海默病的生物标志物 | 结合三种机器学习算法和单细胞测序技术系统识别AD诊断标志物，首次发现SCG3作为早期诊断生物标志物的潜力 | 样本量相对有限（295个样本），需要进一步临床验证 | 识别和验证阿尔茨海默病的诊断生物标志物 | 阿尔茨海默病患者和正常对照的基因表达数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 机器学习算法, 免疫荧光检测 | LASSO, SVM-RFE, Random Forest | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 295个样本（153个AD患者和142个正常对照） | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 7797 | 2025-10-06 |
scDGG: Dynamic gene graphs for enhancing clustering analysis of single-cell RNA sequencing data via spatiotemporal representations
2025-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 提出一种名为scDGG的多视图图学习架构，通过动态基因图增强单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 首次提出动态基因图概念，能够更全面地观察调控机制，相比静态基因图能更好地传达动态调控机制 | 未明确说明方法在特定疾病类型或复杂生物环境中的适用性限制 | 提高单细胞RNA测序数据聚类分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多视图图学习架构 | 基因表达数据 | 基准scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7798 | 2025-10-06 |
The analysis of X chromosome activity of porcine embryonic stem Cells: Study based on parthenogenetic embryonic stem cells with LCDM medium
2025-Sep-15, Theriogenology
IF:2.4Q1
|
研究论文 | 本研究通过建立猪孤雌生殖胚胎干细胞系并分析X染色体活性，探讨其与多能性状态的关系 | 首次在LCDM培养基中建立猪孤雌生殖胚胎干细胞系，并发现传代过程中出现X染色体侵蚀样状态与正常X染色体失活状态的异质性 | 猪 naïve ESCs尚未成功建立，缺乏标准化表征评估标准 | 建立猪胚胎干细胞系并分析X染色体活性特征 | 猪孤雌生殖胚胎干细胞(ppLCDM) | 干细胞生物学 | NA | XIST RNA-FISH, 免疫荧光染色, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | 猪囊胚期胚胎来源的干细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7799 | 2025-10-06 |
Activated Schwann cells promote tumor growth in colon cancer
2025-Aug-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217791
PMID:40349909
|
研究论文 | 本研究揭示了活化雪旺细胞通过c-Jun依赖性机制促进结肠癌生长的关键作用 | 首次发现肿瘤相关非髓鞘形成雪旺细胞在结肠癌中显著增加，并阐明其通过c-Jun激活和IL-6分泌促进肿瘤生长的机制 | 未明确雪旺细胞与其他肿瘤微环境成分相互作用的详细分子通路 | 探究雪旺细胞在结肠癌进展中的具体作用机制 | 结肠癌组织样本、雪旺细胞、肿瘤细胞、癌症相关成纤维细胞 | 肿瘤微环境研究 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序、共培养实验、基因敲除 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 结肠癌组织样本与正常组织对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7800 | 2025-10-06 |
Decipher the single-cell level responses to chemotherapy in pancreatic ductal adenocarcinoma by a cross-time context graph model
2025-Aug-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217751
PMID:40294840
|
研究论文 | 通过开发跨时间上下文图模型解析胰腺导管腺癌对化疗的单细胞水平响应机制 | 提出scConGraph可扩展双层图模型，能够有效整合跨时间上下文信息重构动态肿瘤细胞响应 | 基于静态单细胞RNA测序快照推断动态过程可能存在局限性 | 研究胰腺导管腺癌对吉西他滨化疗的耐药机制 | 胰腺导管腺癌患者来源异种移植模型 | 单细胞分析 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 单细胞基因表达数据 | PDX模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |